3NYVA

Calcium-dependent protein kinase 1 from toxoplasma gondii (tgcdpk1) in complex with non-specific inhibitor whi-p180
Total Genus 149
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
149
sequence length
466
structure length
457
Chain Sequence
HSTAIFSDRYKGQRVLGKGSFGEVILCKDKITGQECAVKVISKRQVKQKTDKESLLREVQLLKQLDHPNIMKLYEFFEDKGYFYLVGEVYTGGELFDEIISRKRFSEVDAARIIRQVLSGITYMHKNKIVHRDLKPENLLLESKSKDANIRIIDFGLSTHFEASKKMKDKIGTAYYIAPEVLHGTYDEKCDVWSTGVILYILLSGCPPFNGANEYDILKKVEKGKYTFELPQWKKVSESAKDLIRKMLTYVPSMRISARDALDHEWIQTYTKDVPSLDNAILNIRQFQGTQKLAQAALLYMGSKLTSQDETKELTAIFHKMDKNGDGQLDRAELIEGYKELMRDASMLDASAVEHEVDQVLDAVDFDKNGYIEYSEFVTVAMDRKTLLSRERLERAFRMFDSDNSGKISSTELATIFGVSDVDSETWKSVLSEVDKNNDGEVDFDEFQQMLLKLCGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Binding modes of non-specific inhibitors of Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (CDPK1) from T. gondii and C. parvum
rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Toxoplasma gondii
molecule keywords Calmodulin-domain protein kinase 1
total genus 149
structure length 457
sequence length 466
ec nomenclature ec 2.7.11.17: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase.
pdb deposition date 2010-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
A PF13405 EF-hand_6 EF-hand domain
A PF13499 EF-hand_7 EF-hand domain pair
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3nyvA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3nyvA01
4QT1A 5E1SA 4G17A 5K4IA 2PPQA 1FGIA 4YTIA 3NVMB 2ITUA 4YJVA 2XJ1A 3IW8A 4FTNA 5KKRC 5AR5A 3TV6A 4CG9A 5JGAA 1RE8A 3UGCA 2BAKA 4RG0A 2BZHB 4OTFA 4IZAA 4O0UA 4GS6A 2C68A 2NPQA 4NW5A 3LKMA 1TVOA 4KBAA 1QMZA 3ORKA 4C62A 4EZ5A 4IDTA 3IW7A 4C38A 4E5WA 3BPRA 4C36A 3WZUA 5JQ5A 5AP4A 5AX9A 3EJ1A 4FV5A 4IIRA 2XF0A 5GIOE 1OKYA 2GS6A 5IH5A 4ACHA 1IAHA 4E93A 2WKMA 4GT3A 1JLUE 4ENYA 4ZEGA 3Q3BA 3PTGA 4F09A 4UWBA 2J0IA 1YDTE 5J9ZA 5FEQA 1SNUA 4RJ3A 5C03A 5E8UA 5L3AA 4XP0A 5KMKA 3MA6A 4QMSA 3BYMA 1QCFA 3POZA 1H25A 2PZPA 4X21A 5GIPE 5BMMA 4YSJA 1ND4A 1BUHA 4PNKA 5HLWA 2JKKA 3QRJA 2WU7A 3VQUA 3A7JA 5CSWA 5JFXA 3R7GA 4IB5A 3U9CA 3R1QA 3ZONA 4CSVA 2IZTA 2VNWA 3DK6A 4LL5A 3PJ1A 5I9YA 3QF9A 4OAVB 4IFCA 2GQRA 3VS5A 2E9PA 4RFMA 1L8TA 4YZMA 3ID6C 2X2LA 3V3VA 1XBAA 4JQ7A 4F99A 2YM6A 3TCPA 3UVRA 1R3CA 3I7CA 2I0YA 5DBXA 3TJCA 3ODYX 5DOSA 5EYCA 4NCTA 3MSSA 1XJDA 4Z55A 2YCRA 3LXKA 3KFAA 2ITWA 3NCZA 2YIRA 3PG3A 3RHKA 3NGAA 4FTJA 4YTFA 5EH0A 3HAMA 2PZ5A 3VJOA 4CFNA 1U4DA 4XG7A 3PJCA 1WMKA 4XRJA 1FQ1B 2BIKB 2CLQA 5M06A 3PVUA 3FZTA 3QHWA 3QXOA 4BCIA 4W8EA 3PJ2A 3JYAA 1BL7A 4A9SA 1H1QA 4QMZA 2C30A 4YO4A 4CG8A 4IX4A 2A1AB 3EFKA 2AUHA 3NUSA 4F1OA 2VTOA 4GIIA 1U5RA 3MY1A 4GSBA 3LHJA 2IN6A 4MXCA 5M56A 2YDIA 1GIIA 4JIAA 4EONA 2B7AA 5KMOA 4FNYA 2VWUA 3DTCA 4KWPA 3HA6A 4FTOA 4Z16A 3NNVA 3ZO2A 4EKKA 5IEVA 2YM4A 1PF8A 4IX3A 2FYSA 3W1FA 1M52A 4IMYA 1ZYCA 3C4CA 3AD6A 4BDEA 2X0GA 3W18A 2GPHA 2CCIA 2R3LA 3S1HA 3THBA 3ZFYA 2H96A 3FKLA 2XNGA 4Q5EA 5EYMA 4EBVA 2YZLA 3KMMA 1ZOEA 3P7BA 4H1JA 4QD6A 5HTIA 5EHYA 2G01A 3REPA 4PDYA 1JVPP 2UW3A 3P1AA 5T3QA 4DF3A 3D83A 4FIGA 2VTTA 2QU5A 5CXZA 1Q3WA 3ACKA 1XO2B 3CSVA 3NPCA 2KULA 1CM8A 2W5AA 3CXWA 3FI4A 3GEQA 1GOLA 4I24A 4PTGA 3WF6A 2W9ZB 2NNWB 3C0HA 5CF8A 5L2SA 5DE2A 4ZXTA 3MN3A 1S9IA 3PSDA 5EOBA 4F0FA 4QQTA 3R01A 4EQCA 4I21A 3HV7A 4FEXA 4XLIA 3ZUUA 3U9NA 4AP7A 4F7SA 1PXLA 4F65A 4I0SA 3BZ3A 5AAGA 3W32A 1ZARA 3MJ1A 4IAYA 4EJ7A 2P2IA 4LUEA 3MV5A 4FIEA 3QZIA 5IMEA 4UYAA 1OPJA 3A8WA 3QGYA 4G34A 5L2IA 4L67A 4O2PA 2JLDA 2UZNA 5DT4A 5HIDA 5B2KA 3L8SA 5CAOA 4C4HA 3IOPA 3QX2A 4FKOA 4O7VA 2VWBA 2W4JA 3WE4A 4PMTA 5A4EA 3Q2MA 4DEEA 2WD1A 5HKMA 3TNHA 4X6RA 3ZCLA 3LCKA 3NMUF 4FKGA 3DS6A 2CNVA 5FBNC 2XA4A 3OEFX 4I5HA 5CXHA 2C3IB 3GB2A 3D7TB 1PYXA 4IM3A 2WHBA 4ID7A 5ETFA 3W2OA 2IZRA 4AZVA 5EM5A 5BPYA 3PJ8A 4G9RA 5CAVA 1LEWA 3V5WA 3H30A 2GNFA 2IPXA 1F3MC 3PPZA 1Q8WA 5AJQA 5HNGA 4F70A 5HGIA 5CYIA 4UB7A 3WBLA 4C3FA 3G51A 4ANLA 3VUIA 1LPUA 3EL7A 3GU5A 2X8IA 5CF5A 2XNOA 3CC6A 5CASA 4XOYA 5FXRA 5L6OA 3KRRA 3DDQA 3D94A 2VO0A 3AMAA 5H8EA 3FLSA 2PVRA 5AA9A 2H8HA 1ZYSA 2WQMA 4II5A 4CXAA 2PUNA 4FKJA 3L9LA 4MNFA 1ERKA 4S34A 5LMAA 3EKNA 4FKSA 5EDQA 3D4QA 5HBEA 3BEAA 3CKXA 4IB3A 3ZC6A 4L01A 4UWCA 5JRSA 3OHTA 4A06A 4GW8A 3DDPA 4H3PA 2VWVA 3GCVA 2VUWA 3OOMA 4BI0A 3R9RA 3HV5A 4NT4A 2BMCA 3FLWA 5HE1A 3HL7A 3PA5A 3R8ZA 4B99A 4FBXA 4DFLA 5EQYA 5A6OA 1H26A 5EM6A 2BZJA 5AWMA 2YZAA 5H3QA 3TI1A 4AOTA 4JDJA 4RMZA 3VBXA 3DBCA 4ANSA 5AA8A 3KK8A 4XH6A 3PE2A 2WMAA 5HD7A 3ZLYA 2A2AA 1MRUA 3OXZA 2DUVA 5G6VA 4ACCA 2RFNA 1XHAA 2B9IA 4DAWA 4YZCA 4EOPA 4TYJA 3RK5A 3OWLA 4I94A 3ZDIA 3PP1A 4EHEA 4HVHA 4Y8DA 1Y91A 3ROYA 3R73A 3VS1A 3BQRA 4JS8A 1H1WA 4AGUA 2JDTA 4NFNA 5I4NA 5LARA 3U87A 4IFGA 3R22A 4PDPA 3CCNA 3DZOA 2BAJA 2WTDA 1UU8A 3QTSA 5HCYA 3EN5A 4CRSA 1YQJA 4CEGA 4WBOA 3SW7A 2C6IA 2XCHA 3FXXA 4C2WA 4UXQA 4EC8A 4XV3A 3PXKA 5EI6A 4DH5A 3B8QA 4YJRA 5H8BA 4CMOA 3AGLA 4RSSA 1LR4A 3HAVA 2PHKA 4KBKA 3EWHA 1G8AA 4BBEA 2XH5A 2I7QA 2CSNA 3IDPA 4U80A 2R4BA 2VGOA 2RG5A 3H0ZA 3RZBA 4F4PA 2ITOA 4XS2A 4EI4A 2LAVA 2ITQA 3TNIA 4C3PA 3FJQE 1M7NA 3HMMA 4I92A 2PUUA 4E8AA 4YHJA 4L3LA 5A54A 4GT4A 3LW0A 5EDRA 5CANA 3E8CA 3HDNA 1KOAA 3CD8A 1OITA 4PDSA 3R7OA 4ALVA 4BCMA 5EI2A 1YHWA 4E5AX 3E64A 3IW5A 2W1GA 4IAZA 5HIBA 2OH4A 4FX3A 5FTQA 4DEAA 4CD0A 2UW8A 4O0RA 4BGHA 4IZ5A 3OY3A 4Y83A 3MH2A 3VS0A 4QMPA 5EW9A 4M69A 5AV3A 4CTCA 2PUPA 2G9XA 2OJFE 4BKYA 4EOLA 4C59A 2YFXA 4DBXA 5CT7A 4Y72A 1UKHA 2P2HA 4W4XA 1BX6A 3CGFA 3P23A 4F9CA 3HV4A 3OP5A 5LMKA 4D1ZA 4O27B 5CZHA 4FKLA 5JT2A 2Z7QA 3KRLA 4M3QA 4BCPA 3SV0A 4C4EA 1JKSA 3D5VA 2OJGA 1GZKA 4HNFA 4LGGA 5HCZA 3E8DA 5KCVA 3RAIA 2FB8A 4PPBA 4ASXA 3BGQA 4F7JA 1H08A 3KB7A 3H9OA 4XG9A 2LGCA 2J6MA 2WELA 4OTRA 5FEDA 3K5VA 4PX6A 4S2ZA 3FEGA 4IX6A 1BMKA 5FBOA 1ZLTA 2CN8A 2UZUE 3FZSA 4AGCA 3ETAA 3ZRMA 4H3BA 4JBQA 1YHVA 4XBRA 1WZYA 4EK5A 4U0IA 4W4WA 3D5XA 4ZLOA 5FM2A 5I5ZA 4GYIA 4K9YA 4XEYA 4KIKB 3IOKA 4X2GA 4EH9A 4G9CA 3C1XA 4MD9E 4EH3A 4NJ3A 1W8CA 1Z5MA 2W5BA 4I6BA 3QYZA 4QMUA 2ITPA 4BCKA 4BTJA 5IEXA 2VN9A 3F2RA 3NSZA 4YJQA 4FSQA 2JD5A 5CNOA 2R2PA 3DLZA 3E3BX 1M2QA 3O7LB 4XP3A 1GZ8A 2VO7A 2CHLA 4QQJA 2R7IA 3QCSA 4RX5A 5KNJA 2DWBA 3TTIA 2YJSA 3RNIA 3KKVA 2Z2WA 3GT8A 4NM7A 2X4ZA 1KE8A 2B55A 2SRCA 3CJGA 1OKWA 4EWQA 5CI6A 5E8WA 4IZ7A 5D7AA 2WTVA 3BLQA 1UV5A 3ZSGA 1SM2A 5KKRB 4DE4A 2CKEA 3OXIA 4QO9A 3UJGA 4AN2A 2GCDA 4P5ZA 4DTAA 2I0EA 2JEDA 2PUIA 3NS9A 4YJSA 2R3KA 3D15A 3KEXA 5AR4A 3UVQA 4PTCA 4WD5A 3ZO3A 3UQCA 3FY0A 4UEUA 3DQWA 3G6GA 4MKCA 2VU3A 5ANIA 2E2BA 4CFFA 4TKSA 4D9TA 4EK8A 1Y6AA 2QI8A 3HV3A 4MQ1A 2YWPA 4MXAA 1Q3DA 1JPAA 2JAVA 1REKA 1E1XA 4J52A 1Q5KA 3AG9A 1W98A 4D1XA 4R7HA 3FL4A 3EQBA 4E73A 5ETCA 4BCNA 1OECA 4QYFA 2PE1A 3R1YA 2UZTA 2ITZA 3W2RA 4O84A 4ZOGA 3K54A 2OJJA 3IGGA 3VC4A 5BVEA 4GKIA 3ORZA 1E1VA 2OO8X 4MK0A 3NW6A 3KXGA 3QD3A 3GU6A 3R83A 4F64A 4AGDA 2YITA 4RC3A 3L9PA 3NUNA 4JOAA 4X3FB 4EUUA 3NNWA 3M42A 4HNIA 3OEZA 3KCKA 4R3RA 4C35A 4EH4A 5HTBA 3GQIA 3IW4A 4FMQA 5DFPA 3COKA 3MFUA 5F1ZA 5HIEA 1WAKA 2J50A 2XBAA 3KULB 2GMXA 2HYYA 4BVUA 2R0IA 4O96A 4WNMA 5TO8A 1IA9A 5E92A 3EH9A 5CAUA 4D0WA 1OPLA 4GV1A 3WF5A 2R3QA 4C2VA 4MXZA 1MUOA 4RC4A 2KTYA 3AMBA 4FSNA 3WF9A 4CCUA 4MNEB 3NUXA 1BYGA 4W4YA 5FUTA 4DGOA 4D58A 2HIWA 5KZIA 2GS2A 2IO6A 3SRVA 5HTCA 5IA5A 5I9WA 3ATSA 3LFAA 3UMWA 3EQFA 2HW6A 5D9HA 4O0VA 4FUYA 3QLGA 5D12A 5LOHA 5TF9A 4ZY6A 4CQGA 4JX7A 5IQGA 4L7FA 5M44A 5M4UA 4CLJA 1CDKA 2W06A 3ZM9A 4L3JA 4QRCA 1PRYA 1GY3A 1JSVA 2VO3A 4S31A 4FE2A 3I4BA 3PP0A 2FSMX 2BAQA 1WBSA 2C5VA 5AUZA 4AW1A 2PVJA 5IA2A 4G1WA 4QMXA 3ZO1A 4MXYA 2YCQA 3GCUA 4QPSA 4J53A 4CV9A 2QQ7A 2I40A 4ORKA 3E62A 4PTEA 5E7RA 5AV1A 5I9UA 1NY3A 4GG7A 3Q4CA 5E90A 3VO3A 1OIUA 4ZTMA 2X4FA 4K18A 4NM0A 4TYIA 4X2FA 3ZS5A 2W9FB 2YDKA 5ACBC 3FXZA 3ROCA 1GZOA 3GNIB 3LFQA 4FV6A 5DGZA 4BL1A 2B9HA 3IDBA 3MGYA 4NIFA 4J97A 4O0WA 3TDVA 2C0TA 4TYEA 3R8MA 3EN9A 3KCFA 4BZOA 3FXWA 4FL1A 4BCFA 3FKOA 4WA9A 3KY2A 3UPXA 5C8KA 4FIHA 3SVVA 4OBOA 1ZWSA 4ENXA 2FSLX 4HCTA 4JAIA 3OT3A 1CKIA 4MCVA 2GU8A 2QLUA 2ZAZA 3A8XA 2R9SA 3IQ7A 3SOCA 5HESA 3MA3A 2XNBA 3HUBA 3O71A 3E8EA 1IRKA 3K2LA 4HYSA 4D9UA 3HMPA 4R1YA 4I4FA 5AM7A 3LVPA 3VN9A 5IG1A 3D7ZA 3DFAA 3SLSA 5LVPA 2BRGA 1KV1A 1A06A 2VX3A 4RA5A 4OTDA 2OH0E 2YA9A 3GENA 4MBIA 2XJ2A 2QVSE 4UY9A 2BZIB 3R9HA 4CRLA 3EYHA 3AD4A 4AAAA 5A4QA 5AFVA 2WMRA 3ORIA 3W2PA 5HORA 2WMSA 2W05A 2BTRA 2BDJA 2PTKA 2XCKA 3OUKA 4WKQA 4EK6A 2VRXA 5CQWA 1A9UA 3BYUA 4USFA 1PMNA 3FSKA 3R00A 4YLLA 4ANOA 5J1WA 2OXDA 4FEWA 3DXPA 2JFLA 2WO6A 3Q52A 4AZEA 4FT9A 3EIDA 3PLSA 2VO6A 4LUDA 4TWPA 1I09A 2UW5A 2PVKA 2RSVA 4J99A 4NFMA 3BEGA 4IC7A 4IH8A 4IWQA 4AZFA 4RIXA 4BDJA 1OKZA 2P3GX 3E8NA 5FM3A 4TWNA 5HBJA 3QYWA 4TL0A 2CN5A 2WPAA 3WARA 3LFDA 2OW3A 3RCDA 3FLQA 4I6FA 4IM0A 2IZUA 4YURA 3ZOSA 4DYMA 3VBQA 2XNPA 1J3HA 4AW0A 4PP7A 3FMHA 2QG5A 4GJ3A 4O83A 1PKGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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