3P78A

P38 inhibitor-bound
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
348
structure length
332
Chain Sequence
RPTFYRQELNKTIWEVPERYQNLSPVGSGSVCAAFDTKTGHRVAVKKLSRPFQSIIHAKRTYRELRLLKHMKHENVIGLLDVFTPARSLEEFNDVYLVTHLMGADLNNIVKCQKLTDDHVQFLIYQILRGLKYIHSADIIHRDLKPSNLAVNEDCELKILDFGATRWYRAPEIMLNWMHYNQTVDIWSVGCIMAELLTGRTLFPGTDHIDQLKLILRLVGTPGAELLKKISSESARNYIQSLAQMPKMNFANVFIGANPLAVDLLEKMLVLDSDKRITAAQALAHAYFAQYHDPDDEPVADPYDQSFESRDLLIDEWKSLTYDEVISFVPPP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of a novel class of non-ATP site DFG-out state p38 inhibitors utilizing computationally assisted virtual fragment-based drug design (vFBDD).
pubmed doi rcsb
molecule keywords Mitogen-activated protein kinase 14
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Mus musculus
total genus 103
structure length 332
sequence length 348
ec nomenclature ec 2.7.11.24: Mitogen-activated protein kinase.
pdb deposition date 2010-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3p78A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3p78A01
5HCYA 3SRVB 3LAUA 4BIEA 4C36A 3VRZA 1K9AA 3R8PA 2PVKA 2GHLA 4FODA 4WNMA 5K0KA 3BIZA 3E93A 3FMEA 4AS0A 5KBQA 4ANMA 5M09A 4D4SA 5CY3A 1ZYSA 1WMKA 2W4KA 5L2QA 4WNOA 5K9IA 4MXCA 1PMUA 5EQYA 1VZOA 4IDTA 3VUMA 3DBFA 4FKLA 4FTQA 4WSQA 3QRUA 4YPSA 3LLTA 4XBRA 5ACKA 3TM0A 3ENHA 5EHOA 3O50A 4YZCA 5IG1A 1WBPA 3MPTA 2JGZA 4HYIA 2C3IB 3OWKA 2R3NA 4LV5A 3FC1X 3SG8A 2EUFB 2V7OA 5HORA 4EUTA 2QNJA 5AR3A 3PA5A 3HNGA 3VBQA 3KXZA 2RFSA 1OKYA 4A9RA 3GC0A 3FY0A 3QZGA 3JYAA 4J7BA 4WHZA 5F20A 3VJNA 4BYJA 2XNBA 5EM7A 4S32A 3HLLA 3AMYA 3RK9A 4M3QA 4BCOA 4YMJA 4EONA 3BGPA 1R78A 2HWPA 2I0VA 4TY1A 2PL0A 3TKHA 2XA4A 3CJGA 3PZEA 4LOQA 4F0IA 2BR1A 3ORMA 1STCE 2WEVA 1LPUA 3CY3A 4NWMA 2F2UA 5F9EA 2WMRA 3QRIA 4RPVA 3QZIA 5IQEA 3LOKA 5HNBA 4QP7A 2VTIA 3G90X 5BUEA 2ZV9A 1KE6A 3LCOA 3R7IA 3G6GA 3BE9A 3QA8A 3G0FA 4M67A 5TE0A 2PVFA 3W2RA 3O96A 5CEKA 1PMNA 2KULA 3EFWA 4I6BA 2YDIA 3PXQA 2X0GA 5K5NA 1FOTA 5EW3A 4C4HA 3C4FA 3B2WA 3HAMA 5BVOA 3UOHA 3VBWA 3H10A 3S2PA 5K3YA 4YO6A 5IISA 4BZNA 4NM7A 4KIOA 2RFNA 3QYZA 5HBJA 3C0IA 5EYMA 3P7AA 2OJFE 4KUJA 1IRKA 1M52A 1W7HA 1F3MC 2X2MA 4O2PA 1QCFA 2VTTA 3AGLA 5G1XA 4HVSA 3KK9A 2P55A 5IKWA 3NUXA 4P5ZA 1TQMA 4PMTA 5EW8A 4FKJA 4ZTSA 3KMMA 2YM7A 5AAGA 5DE2A 3QTIA 1V0PA 3KEXA 1L3RE 1YXUA 2A19B 4FK6A 4M69A 2YM3A 4MX9A 4TYJA 3HX4A 4UWBA 4LRJA 5D11A 3SV0A 3IONA 3F2AA 2JDSA 4IX5A 4QD6A 5E8XA 4R7IA 5D9HA 3W2OA 4GW8A 3ZDIA 3WZUA 1J1CA 2YM4A 5CF8A 3MBLA 4F09A 2QOIA 2PZ5A 4ZJIA 2O0UA 3NUPA 4IB0A 4L7FA 5CAPA 4BICA 4HPUE 2GQRA 4CKRA 5DVRA 5HD7A 3V04A 4WKQA 4BCFA 3VF9A 4CZTA 2CKOA 4BCPA 2HZNA 3O7LB 3IW4A 4C2WA 1MUOA 3T9TA 4G31A 3FKLA 3K54A 2A4LA 1YOLA 4MBJA 2PK9A 4JBOA 5CVGA 4DCAA 3DBCA 2RGPA 5AJQA 4PDOA 3VBTA 3EQHA 2OGVA 2XKEA 3D2IA 4RFZA 1OIUA 1H1SA 5KMKA 5AMNA 3IK3A 4FZ7A 5C8KA 3P7CA 5GZ8A 3BQCA 3PRIA 4N6YA 4PY1A 3FJQE 4ZZOA 5AWMA 1MRVA 1OUYA 3KC3A 2C5XA 5F95A 4U81A 3ZUTA 5EKNA 4GFOA 3U8WA 1OMWA 3JR1A 4EYMA 2QONA 4FSQA 4PUZA 3N4TA 4PMSA 3MTFA 3PSBA 5E8UA 3TZ9A 2R0UA 1ZXEA 2XUUA 2DUVA 3RVGA 4YUQA 4FKWA 4TKSA 4TNBA 2BAJA 4E6AA 3ZEWA 3NX8A 3NNUA 5EYKA 5IQDA 2YERA 4U3YA 5CQUA 4PDSA 1H28A 3ROCA 4CQEA 5CU0A 3G51A 3DLSA 3RK7A 2QCSA 3FZ1A 4JIAA 4UMTA 3VS5A 3VN9A 4Y73A 4GVAA 3K3JA 3VUTA 4XRLA 3V5TA 4H1JA 3EMGA 4MXOA 1PMEA 3I7CA 3QUPA 3U55A 2OXXA 4LFIA 2VTMA 3DK7A 4CQGA 2VTSA 3QQUA 2J5EA 3BEAA 4FV2A 3QTWA 4MD7E 2EB3A 4FT5A 4IJPA 4U3ZA 2P33A 3QD2B 4BWKA 1M7QA 2BZKB 4GS6A 4FOCA 4UXQA 1P2AA 3O8PA 1XH4A 2CCIA 5FDPA 2BFXA 3PPZA 1H8FA 3KK8A 5DEWA 3DGKA 4B8MA 4DFZE 5HU3A 5IEVA 3EKKA 4B4LA 4U42A 3C4CA 3FSKA 4BDDA 4K1BA 4YJOA 2VO7A 2WB8A 2XK4A 5J8IA 4C33A 3GU6A 2Z60A 4R7BA 4MVFA 5HLPA 3A8XA 1ZWSA 3C1XA 2BZJA 2RKUA 5HO7A 2G01A 5HQ0A 2PWLA 2UUEA 1JWHA 2J5FA 4PRJA 3LXPA 4U80A 5BVKA 5AIKA 2BKKA 4KWPA 5EFQA 4O91A 1XWSA 3SDJA 3F5UA 2YLEA 4IZAA 4FSWA 4DEIA 2OK1A 3JY9A 4S34A 2W1FA 3NUSA 5B0XA 3RPVA 1OL1A 3EYHA 3HVCA 3LMHA 2Y4PA 2R3RA 4TWPA 4DF3A 5I3RA 5HVYA 3HV5A 1UWJA 3CLYA 4PL5A 3HA8A 4GK3A 2JDVA 4FV9A 4V0GA 4PP9A 4X2JA 5CI7A 5FEDA 3UP7A 3A2CA 3KY2A 4IXPA 4PDYA 3C13A 3KXHA 1OL2A 1Q61A 3COMA 5DHJA 2JAVA 3ZLYA 2HIWA 4UMPA 2IW9A 1PXLA 4HCVA 3TI1A 2B0QA 2WQNA 3K3IA 5A6OA 3D9VA 5AA8A 5C27A 4FG9A 3BYUA 3P5KA 4HVGA 2EWAA 4LOOA 3G9NA 2ZOQA 5D1JA 3QL8A 4P5QA 2UZEA 5M57A 4QP9A 2ONLC 2OW3A 1KSWA 3OCBA 3OW3A 3PY3A 3I6WA 4M14A 4QMYA 3RJCA 1U5QA 1YI3A 3MW1A 3DK6A 2ZM3A 1R0EA 4BY9E 2KTYA 3D5WA 4I23A 4ZZNA 4OTFA 3VS7A 4RVTA 4ACDA 3R9RA 4DFUA 3V6SA 2UZWE 3V5QA 4FI1A 4YPDA 1KV1A 4F0GA 3GCVA 4RBLA 3RM6A 4RWIA 3FAAA 3KN5A 3ORZA 3M2WA 3A62A 3WZKA 2RFEA 3BWFA 2BUJA 4C61A 2YEXA 1UA2A 3P86A 4L6QA 2H96A 1B6CB 3ZBXA 2QLUA 2DYLA 1WBTA 2RFDA 4P90A 2F2CB 2XIXA 3AT4A 2YCRA 2VTAA 4U7ZA 5AFVA 4TRLA 1WVWA 1CMKE 3DKGA 5ETFA 2ZMCA 5CNOA 3ZOSA 4OR5A 4D28A 5AV2A 1ZYDA 2XNEA 3EOCA 3VS1A 4AWIA 4E6DA 3IKAA 4ENYA 4HGSA 3CGFA 4L52A 4KINA 3D15A 3QXOA 3SHEA 1WBWA 4GKIA 3JY0A 4AE6A 3O51A 3FPMA 5CSVA 4YZMA 5IUHA 3PIYA 2W1HA 3U6JA 5IQBA 3RK5A 2OU7A 3F69A 4ZXTA 3UO5A 4U97A 5KZ0A 4F7JA 4U8ZA 3BPRA 1HOWA 4MXYA 3DXQA 3CTHA 1M17A 3FMDA 3G9LX 4UZHA 4L3LA 4W8EA 4EL9A 4KBKA 3IECA 1TVOA 4ERKA 3FWQA 3MFUA 2IWIA 3R1QA 4F99A 3COIA 4DEAA 2XKDA 4P7EA 4C3FA 4L46A 4WBOA 4O7WA 1CKJA 1XJDA 3R73A 3WF8A 3RNIA 5GINE 4LYNA 4EC9A 3FV8A 2GS2A 3OVVA 4GRBA 1KE9A 5AR2A 3KRWA 4FOBA 2BDWA 5HESA 1VYZA 4I0SA 3HV6A 3DJ7A 5I9YA 4YJRA 2VWZA 3LZBA 3F5XA 1WCCA 4FKTA 4GH2A 4PL3A 3FMKA 3VIDA 4RIOA 1OKZA 4K0YA 4X7QA 2C3KA 4MQ2A 4C8BA 4ZEGA 1KWPA 3O7LD 2B52A 3UE4A 1PXIA 3BZ3A 2CGUA 4FV4A 4G9RA 4MKCA 2YIQA 4NM5A 5HE0A 3FHRA 4E93A 4ANNA 2XP2A 3HYHA 4EH9A 3GFWA 3Q96A 5IQIA 3P7BA 5TO8A 3ANQA 1REJA 4KABA 2LAVA 3HUCA 5AUYA 4ASXA 2ZJWA 3QQKA 5ANIA 4OTHA 1X8BA 3E88A 4GIIA 3TV7A 4DGNA 4MEDA 1UNHA 5BNJA 3NCGA 4IX3A 4UWCA 2R3KA 1Q3DA 3KRLA 4BTFA 4A9YA 3ITZA 1W0XC 5BUIA 2C0IA 4O7LA 2VWYA 3BU3A 3ODYX 5L2IA 5JEBA 4E20A 3R8VA 5JFXA 2J0JA 2WMVA 4LGHA 2VN9A 4CFMA 4LRKA 4H3QA 3VBXA 3OWPA 3LE6A 1H1RA 2IVTA 3E63A 4KBCA 4HZSA 4LMUA 4HCTA 5L6WL 1E1XA 3A4PA 3UNZA 4C59A 4FEXA 4CG9A 1F5QA 3DLZA 5DPVA 1MRYA 2A2AA 4LGGA 5E8VA 5IUIA 5CT0A 3G5DA 3L8XA 2R7IA 2UZTA 2CKQA 5EYCA 1VJYA 4ZIMA 2NRYA 3MVJA 4KRCA 5KMNA 2P2IA 2XNGA 3W2CA 4HGEA 3ZHPC 4WRSA 3HL7A 1H4LA 1OIYA 4NEUA 4RGJA 3KF7A 4GG7A 3ORIA 1A9UA 4I5HA 4XP3A 5ETCA 4HVDA 1Y8YA 3AXWA 3CD8A 4QP8A 2X39A 4JQEA 5JK3A 3FC2A 4TN6A 2OJJA 4AW1A 1QPDA 4XMOA 2FSTX 2GMXA 4RZWA 2PE1A 4BDAA 2HK5A 5H8GA 1OPJA 4F9CA 3PDTA 3OF0A 3QC4A 3VS6A 4E5WA 3O8UA 4EC8A 4IVAA 1QPJA 3RKBA 4IB1A 3NW6A 4APCA 4Z3VA 5J79A 4W4YA 4DG3E 4PDPA 1ZYJA 2VX1A 2UVZA 3DAJA 4JLCA 1YWVA 3C4XA 3HECA 2VTRA 3MPAA 3R7UA 3UPXA 4MWIA 5IA4A 3EFKA 1YW2A 3QD3A 5C03A 1CKPA 4JJRA 3RHXA 4AGUA 1YXVA 4NTTA 3GQLA 3CPBA 4DH1A 4KAOA 4IC8A 1ZZ2A 4BR3A 4I5MA 5TT7A 1SM2A 2Z8CA 3CIKA 3P4KA 3VS3A 3ZMMA 4PP7A 4DBXA 4FKRA 3AT2A 4Z9LA 4WOVA 4NSTA 3ZLXA 4U0IA 3A61A 4RJ8A 3W1FA 5KBRA 4F1OA 1IAJA 4CTBA 2GNGA 5EDPA 2YJRA 3SVVA 3V01A 4AW2A 3RP9A 3OEFX 5DEYA 2OJGA 4OBQA 2VTLA 5FTQA 3U9NA 3WF9A 4DFXE 4ZLYA 5CF4A 3BBWA 5IEYA 3LLAA 5KMJA 2WXVA 3K5VA 2BDFA 4BI0A 4FEVA 3OCTA 4GYIA 4YZBA 4DGMA 5M4CA 2JITA 4S31A 1DS5A 2PTKA 5KE0A 3QHRA 3SC1A 4WUAA 2VUWA 4MXZA 4TWOA 3OD6X 4FV6A 4AACA 3LFFA 3HRFA 2XM8A 4CLJA 2J0LA 3FZSA 4O0RA 3VWAA 5BQ0A 2PZRA 1WFCA 4MYGA 5LVPA 5GHVA 2WD1A 3V5PA 4QPAA 1U5RA 4J52A 4BBFA 4JDHA 2PUIA 4I5CA 5A3XA 5LCJA 3PXZA 3EN7A 2JC6A 1UNGA 2C6OA 5KUPA 2RIOA 3Q9ZA 3Q6WA 2Z7RA 3R00A 2WQMA 4GEOA 4Y83A 5L2SA 5JRSA 3QRTA 2A27A 3E7VA 2C6MA 3LMIA 2IN6A 4ACGA 4D4YA 4QO9A 4DT8A 3Q4UA 2WU7A 3QA0A 2ZV7A 3QCQA 4IX6A 4S2ZA 4BDIA 4H05A 3A7FA 4XYFA 5BVNA 2IVSA 1OM1A 5E1EA 2JIVA 4QMXA 3KVXA 5FXRA 4PX6A 4Q5HA 3ZBFA 4JAIA 4AN9A 5LMKA 1M2RA 5A4CA 3VULA 4W4WA 4YP8A 4FK3A 4PNKA 4TL0A 3DTWA 2CN5A 1HCKA 5JFWA 3HAVA 5AUZA 1XBAA 4F9WA 4GT4A 2G1TA 3AD6A 3EQPA 4IFGA 1BI8A 3SXSA 3V51A 3CPCA 5TR6A 4I41A 4RLLA 2YZLA 3TG1A 2DWBA 3HMNA 4I6QA 3BLHA 4RC4A 3WILA 3DFAA 3KU2A 5M4IA 4JBVA 2J2IB 3LVPA 4AGDA 5AV1A 5IF1A 1XBBA 1ZLTA 1NVQA 3GEQA 3KA0A 4QMQA 3H3CA 3ZONA 5L2WA 3R22A 2UZOA 4I4FA 1H26A 3RPRA 3ZUUA 4ANOA 4G17A 4IJ9A 4YSMA 2WIPA 4FVQA 2VTQA 3CQWA 5CU4A 5A54A 2OZAA 5A4EA 4DH8A 3R02A 2CGVA 4M12A 2JD5A 2WMWA 5HI2A 5AR8A 2QOKA 4OBPA 4BC6A 4ZS4A 1Q3WA 5IMEA 3FI3A 4X3FB 2YIWA 2ITQA 3E87A 5B2MA 3ALNA 4DEGA 1KE7A 5CNNA 2Y0AA 4R7HA 3W8QA 3G0EA 3WYXA 2NNWB 4NL0A 4FBXA 1Z9XA 4YBKA 4HYSA 3C51A 4EH6A 4BGHA 2C6EA 3R8MA 1V0BA 2R3LA 3O17A 1IR3A 2VX0A 4RIYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4C4J A;  5CAV A;  3SW7 A;  4UAL A;  3R9O A;  4FUX A;  2WMS A;  3A8W A;  3EFJ A;  4BCK A;  4IM2 A;  4L9I A;  4O22 A;  4C2V A;  4IWD A;  4WG5 A;  4ZLO A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5HCY A;  3SRV B;  3LAU A;  4BIE A;  4C36 A;  3VRZ A;  1K9A A;  3R8P A;  2PVK A;  2GHL A;  4FOD A;  4WNM A;  5K0K A;  3BIZ A;  3E93 A;  3FME A;  4AS0 A;  5KBQ A;  4ANM A;  5M09 A;  4D4S A;  5CY3 A;  1ZYS A;  1WMK A;  2W4K A;  5L2Q A;  4WNO A;  5K9I A;  4MXC A;  1PMU A;  4FJV A;  5EQY A;  1VZO A;  4IDT A;  3VUM A;  3DBF A;  4FKL A;  4FTQ A;  4WSQ A;  3QRU A;  4YPS A;  3LLT A;  4XBR A;  5ACK A;  3TM0 A;  3ENH A;  5EHO A;  3O50 A;  4YZC A;  5IG1 A;  1WBP A;  3MPT A;  2JGZ A;  4HYI A;  2C3I B;  3OWK A;  2R3N A;  4LV5 A;  3FC1 X;  3SG8 A;  2EUF B;  2V7O A;  5HOR A;  4EUT A;  2QNJ A;  5AR3 A;  3PA5 A;  3HNG A;  3VBQ A;  3KXZ A;  2RFS A;  1OKY A;  4A9R A;  3GC0 A;  3FY0 A;  3QZG A;  3JYA A;  4J7B A;  4WHZ A;  5F20 A;  3VJN A;  4BYJ A;  2XNB A;  5EM7 A;  4S32 A;  4AXF A;  3HLL A;  3AMY A;  3RK9 A;  4M3Q A;  4BCO A;  4YMJ A;  4EON A;  3BGP A;  1R78 A;  2HWP A;  2I0V A;  4TY1 A;  2PL0 A;  3TKH A;  2XA4 A;  3CJG A;  3PZE A;  4LOQ A;  4F0I A;  2BR1 A;  3ORM A;  1STC E;  2WEV A;  1LPU A;  3CY3 A;  4NWM A; 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