3PY0A

Cdk2 in complex with inhibitor su9516
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
298
structure length
294
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRTEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of a Potential Allosteric Ligand Binding Site in CDK2.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cell division protein kinase 2
total genus 88
structure length 294
sequence length 298
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2010-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3py0A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3py0A01
3BHYA 2FB8A 2Z60A 2P4IA 3P78A 2X7FA 3KEXA 4DN5A 3MVHA 3P79A 4TY1A 2UV2A 2GTMA 5HE1A 3ZLXA 2X4ZA 4EEVA 3E7VA 3DJ5A 2XK7A 3PZEA 3CC6A 5A9UA 4KA3A 1OIYA 4M67A 4IAZA 5M51A 4IDTA 3QFVA 2PYWA 4O0UA 1H28A 4R5SA 4NZWB 4DFLA 4JDKA 4AGDA 3NVKI 3GCQA 3TZ7A 3QQUA 1OL2A 2ITXA 5IA0A 5HE2A 3BLHA 3HA8A 4IZ5A 3V5PA 3QQHA 4GIIA 3D4QA 4DEGA 2DYLA 4I41A 3Q96A 4KABA 5AV2A 4AZTA 5HCYA 2ITPA 3NUYA 4MBJA 4FIHA 5KMKA 4ZY4A 3F7WA 1YOMA 4NYEA 1OBDA 2OZAA 3GC8A 1QL6A 3ELJA 4FTQA 4GYGA 4N4SA 2Y9QA 3QRJA 4NFMA 3KFAA 4YSMA 2YIWA 1UVRA 2BR1A 2ZV7A 4AF3A 4TTHB 3GU6A 4ZSJA 4FTTA 3ORIA 3U9CA 3BE9A 4RQVA 3C1XA 4L6QA 4I0RA 5A4EA 4GVAA 5HEZA 4G9CA 2BHHA 5KKRC 3LKMA 2GTNA 2XB7A 5JGAA 2FH9A 4ASZA 1SVEA 2ITTA 4QP1A 4IWQA 3UOHA 3ZFXA 3GU7A 2WQEA 4QP6A 3RM7A 3IGGA 2VTRA 1YHSA 1WBNA 3MB7A 3LPBA 2W0JA 4Q2AA 3DGKA 2X1NA 5J1VA 3FXWA 2QD9A 2G2HA 4GT5A 3R8PA 4BFMA 5JQ8A 1OPLA 4IAYA 4FTJA 4XG7A 3FY2A 4XJ0A 4R5YA 4RC4A 2R9SA 3TNIA 5C1QB 2IW8A 5CU2A 5A6OA 3DAEA 3EN9A 5AA8A 3NUNA 4YURA 3DQXA 4FG9A 1LUFA 4HGSA 4M3QA 2YM7A 3BU5A 4N0SA 4YLJA 3G33A 1U59A 4BKZA 2PWLA 4FZ6A 4IAKA 2GHGA 5HLNA 5HNIX 4O86A 5FG8A 3UP7A 5GJGA 3U6IA 5HTCA 4ZS4A 4FV1A 4E6QA 1WBPA 1H0VA 1H24A 4O0XA 3JYAA 4G34A 4FTMA 2BALA 2BDFA 4AOJA 4QTBA 4U44A 5CANA 2QOQA 4G2FA 4DGOA 5IMEA 3DLSA 3NYVA 2IN6A 3A4PA 3QTRA 4YPSA 2XH5A 5HE3A 4DGLC 2ZM3A 3PJ8A 5M55A 5I0BA 4E6CA 4IAIA 4KINA 1Q24A 3ACKA 3QD3A 4USFA 3ZO2A 1F3MC 4NK9A 4CLJA 3D83A 3LFSA 3P08A 5HD7A 2P2HA 5CF6A 4C3FA 4G1WA 3QKKA 4PWNA 3HEGA 5EFQA 3HMPA 3L9NA 4NSTA 3QTIA 4R3PA 3R8ZA 5DIAA 2PVMA 3MFUA 4QNYA 4RC2A 3Q9XA 4U81A 3FAAA 3MPTA 4AOTA 3AD6A 4EHEA 3AMYA 2X8EA 2RF9A 3IDPA 4FIJA 3V6RA 2G01A 3DNEA 3LFFA 4FKWA 1OZ1A 1Q62A 4HNIA 5KHXA 5H8BA 5HG7A 2F2CB 4UX9A 1IG1A 4F9YA 1YXVA 2DS1A 3LFDA 3OCBA 2PVYA 4G6OA 3LQ3A 3PLAE 3W18A 4KKEA 5J87A 2Z7RA 4AZFA 3SC1A 3FUPA 4LI5A 3W2PA 3EQPA 4HNFA 3QA0A 3EN5A 2SRCA 4QMXA 4WSQA 4F9WA 3PXQA 3AD4A 5AA9A 5JZJA 3E92A 3ZUVA 3QHWA 5C03A 5J1WA 2R64A 2G1TA 4RX8A 4ORKA 4KIOA 5EQYA 5D9HA 1H01A 2P2IA 3Q6UA 2QHMA 4NWMA 5LVNA 4QNAA 4M97A 3L9PA 4QOXA 2R3RA 3BPRA 1G8AA 4AA5A 4AA0A 3RP9A 2JDSA 2OJFE 3FMLA 3UMWA 3QBNA 4UXQA 2G9XA 4AG8A 4F7NA 3OOGA 3RK9A 1F5QA 4WHZA 5DMZA 4YHTA 1GOLA 4JT3A 4LGDA 2HZ0A 3TUDA 1M2RA 1XBBA 5CXZA 3CEKA 3I6WA 4FKJA 3TT0A 4IVCA 4JVGA 1OI9A 2VTIA 4FV9A 1V1KA 1PXJA 4RIWB 5BMMA 4CFWA 4CTBA 3KREA 4EBVA 2VWZA 4QMLA 3RWQA 1OL1A 3ORLA 5AP6A 4IW0A 4DEHA 1ZMWA 2VTQA 2ZV8A 3HX4A 3IO7A 5K0XA 2X39A 5HOAA 4JIAA 3FC2A 4O7SA 3FWQA 4ONAA 3BYVA 3TN8A 4OR5A 3PWDA 4ALWA 3UG1A 1OGUA 5TE0A 4X6QC 3GXLA 4HVDA 2RFEA 3ZLYA 4BC6A 4BCGA 5EI6A 3PSBA 5EW3A 5JMSA 1BLXA 4FSUA 3ULIA 2FO0A 2QO7A 3G5DA 4C4IA 4EZ5A 4DF3A 1UKIA 4NKAA 3SRVB 4Z55A 3A60A 4KIKB 3EQRA 4EZ3A 1L8TA 4H39A 4CFMA 4G9RA 4G31A 1LEZA 1B38A 1Y8GA 2Y0AA 4FSWA 1BMKA 4F0IA 3EQBA 4BYIA 4AW5A 5EDRA 1CDKA 3U9NA 3MDYA 3OWLA 4JG6A 2EXCX 4ACMA 4ZLYA 4I24A 5LQFA 4FUYA 5D41A 5HLPA 5E90A 3TV7A 4FNZA 4QMUA 1URCA 4D28A 4YJUA 5HESA 5TR6A 3OW3A 4G16A 3ZZWA 1AQ1A 1SVGA 4OT5A 2ITUA 4P4CA 3MVLA 5GNKA 4X21A 4E7WA 4QMVA 3F82A 3UO5A 2H6DA 4O7RA 4X3FA 3FSKA 5CNNA 5J79A 4YZMA 4JBVA 1YOLA 2VD5A 4JBOA 1BX6A 5A4CA 2PPQA 4FSMA 2B9HA 1ZLTA 2R5TA 3EFLA 4DH3A 5M07A 2B53A 4J53A 3RCJA 5I9UA 4GG5A 5HD4A 5CSVA 2CKEA 4WUNA 3VBTA 1YWRA 3F2NA 4ZSGA 5AUZA 1SYKA 3LLAA 5IUHA 4HPTE 3KF7A 2V22A 2VX3A 2Z7LA 3ORNA 4AU8A 2B9JA 4GFOA 4V04A 4IX6A 4OTQA 3RPRA 4FKUA 5H2UA 3VS3A 4BYJA 5IH4A 1GIHA 3QQJA 1BYGA 4A9SA 3BGPA 5DYJA 1Y57A 3SA0A 1W98A 4CFXA 4IB1A 3MPAA 5LVMA 2ZM4A 3FHIA 3HECA 4OAVB 3Q5IA 5LMAA 2BKZA 4MF0A 3AT3A 5GJDA 1YI4A 3C0GA 3G9LX 2HWPA 2JKOA 3RHXA 4WD5A 4FNYA 4EQMA 3QTQA 4YTCA 2BPMA 4FOCA 2IZTA 2Z8CA 3LMGA 4HYIA 4J8NA 5FTQA 3E88A 3VBVA 2XBAA 4E5AX 2KULA 4EL9A 2E2BA 1K9AA 2IJMA 2GFSA 4FIFA 2PK9A 2C6EA 2J5EA 3R1YA 4TT7A 3CS9A 2G2IA 4JRNA 3POOA 4KB8A 4PF4A 4DFUA 5F20A 4BCKA 3CD8A 4Y73A 4BL1A 4BVUA 4YZBA 2RFDA 4L67A 4EK8A 4DITA 2R7BA 4O0TA 1BI7A 3V8TA 1DAYA 4GL9A 3ODYX 3M2WA 4WSYA 3VBQA 2J0KA 1XJDA 3TTIA 4D2WA 1YW2A 4CKIA 2UZOA 1PKGA 2XCKA 3I5NA 2JEDA 2W4KA 4MNEB 3HDMA 4LRMA 5AP7A 1FPUA 3EYHA 4PNKA 3V5LA 3RAWA 4UEUA 3SKCA 3ZSIA 4G3DA 3V8WA 4Q9SA 3SLSA 1JVPP 4W4XA 5FBNC 3KVXA 3ZMMA 3L9MA 3UDBA 1Q97A 1JPAA 2X0GA 3BZ3A 4I0SA 4IC7A 4GKIA 3RNYA 2PE2A 4O7WA 2WGJA 4FZ7A 5BVEA 4WG3A 3T3UA 4HVSA 2OXXA 4XOYA 3RBWA 1J1BA 4ZTMA 1JKKA 2A2AA 5D10A 5K4JA 5T3QA 2WIPA 5TKDA 4BCHA 3BYOA 2R3JA 2ETMA 1W8CA 4BHNA 1JNKA 3ACJA 4YNOA 2UW3A 3QQGA 5HI2A 1PY5A 3MH2A 2A19B 3FJQE 3OC1A 3DLZA 4GK3A 4MXZA 3RJCA 3TDWA 2OWBA 3QXOA 2JIVA 4AE9A 3NEWA 3UQGA 3ODZX 1ATPE 3FQEA 4WIHA 4XYFA 5FM2A 5HHWA 3W2QA 2BRMA 4H3QA 2C1AA 2VNYA 4V01A 5AMNA 4AGWA 2QOIA 3PVGA 3KGAA 5HG8A 4ANLA 2Y6MA 3QYZA 2ONLA 2R3OA 5KE0A 4EYJA 2DWBA 4EK4A 3GC7A 4DEEA 4F4PA 4KIPA 4S33A 2JBOA 3FI2A 5AR8A 5HU3A 3EL8A 4CQGA 4FE2A 4JBPA 3ZCLA 4XV9A 2I1MA 3OUKA 5HNBA 3IQ7A 2IVTA 3OOMA 5JH6A 1RE8A 4O38A 4ITJA 5E1SA 4H1MA 5HICA 3ZDUA 3JUHA 3OTUA 4U3ZA 2YZAA 3PVBA 3C50A 3K5UA 3K3JA 4EH3A 1PKDA 3M42A 5HZNA 4XRLA 3SW4A 1M14A 4JJRA 2YM3A 4R7HA 3VNTA 2YISA 4D5HA 3EQFA 2OJ9A 2XF0A 4QQJA 5HU9A 2OBJA 4CKRA 5KMMA 4I5HA 2HENA 4AN3A 3FLQA 2J5FA 3ZLWA 1S9IA 5HE0A 1GZ8A 3ULZA 5IA5A 4FKGA 3T8OA 3KULB 1Y6BA 2GNFA 4AAAA 5JRSA 2HOGA 5M4UA 2PZIA 1URWA 3KXNA 5D11A 4YO6A 1P5EA 4E5WA 2HY81 3V01A 4EH7A 2UW7A 5EG3A 3U6HA 2YITA 5AM7A 3WF6A 4O81A 2WHBA 3KXXA 3LCDA 3OWPA 3PG3A 4TXCA 5CENA 4AX8A 2PUNA 5LMKC 4YJTA 3QLGA 2XIYA 4GH2A 2F57A 2W1DA 1PXPA 3FLYA 4F9BA 3TUCA 2UZNA 2XMYA 4D4SA 2PTKA 5K9IA 4DBXA 3KRJA 4BCFA 2CDZA 2CLQA 3MY1A 5KBRA 2Z7QA 3QTSA 5C8MA 2PU8A 3UODA 4LG4A 3R30A 4TNBA 5E8SA 3MGYA 4U5JA 1H1RA 3PUPA 2JDVA 3IPHA 5AFVA 2ERKA 2GNIA 2WAJA 5EH0A 5F94A 1IA8A 2JDOA 2YWPA 2X8IA 4FR4A 4PRJA 1JAMA 4HVGA 3JR1A 5G6VA 4ZTRA 4BKYA 4DYMA 4JI9A 3TKHA 2XP2A 3DJ6A 4QMMA 1YDTE 4CFNA 4CZYB 3CJGA 3AC4A 3C5IA 2C6KA 2F49A 4O82A 4R6VA 2UZWE 3MY0A 1CSNA 4LYNA 3RHKA 3VUGA 4YUQA 3BYMA 1JKLA 2G2FA 5CEOA 4UMQA 5FEEA 4PL3A 3CSVA 2AC5A 3LCKA 2OJJA 3UPXA 3LXKA 1IA9A 5EKNA 3OY3A 2R2PA 4RC3A 4YZNA 4I93A 2VGOA 1H1WA 4KWPA 1H26A 2B7AA 2PHKA 2VO0A 3R7YA 3U87A 3VF9A 3WE8A 5AX9A 1NVRA 3UYSA 3E8NA 3DBDA 4J71A 3SX9A 2C5XA 1H07A 2WTJA 4K8AA 1M52A 1KUTA 3EJ1A 3EQIA 4YHJA 3UZTA 1U54B 1RJBA 5CSXA 3KMUA 4BDIA 5DFPA 3COKA 3DTCA 2PY3A 1J7LA 5FEQA 4R7BA 3BHUA 3PVUA 1ZMUA 2XNNA 5C9CA 3WF5A 4FBXA 4BDKA 4E26A 3TNHA 1Q99A 3LJ0A 5FM3A 2W5AA 4XG4A 3IDBA 4S30A 5I3OA 3TEIA 4DG2E 2R3HA 4MF1A 4GK4A 5AP0A 5KBQA 3CQWA 1P14A 5BYYA 2XRWA 4C3RA 4D0XA 1UU3A 5CVHA 4QP9A 4XP3A 3AD5A 3C4CA 4F1TA 3S3IA 1ZAOA 3O8UA 4JAJA 4QP8A 3GGFA 1PMNA 4QP4A 3BBWA 3D2KA 2HCKA 3LE6A 4MWHA 4BI1A 2A27A 2BIYA 4X2GA 4CG8A 3VBWA 1R1WA 5CAUA 3TZMA 5AP1A 4KKHA 3UIMA 1G5SA 3QRUA 3DCVA 3VF8A 3H30A 3R8MA 2C6TA 2YN8A 1Y8YA 1WFCA 3BELA 4B8MA 3FDNA 3UVQA 2PSQA 2WOTA 1J7IA 5KHWA 4FTKA 5FXRA 4I6QA 2WXVA 4BZNA 2HYYA 3M11A 3HKOA 2EU9A 5K3YA 2YAAA 3P5KA 3F3VA 3RINA 3TTJA 2RFSA 4XBRA 3QUDA 3VRYA 5LOHA 2OH0E 5CAVA 3TV4A 2UW4A 4OW8A 4WBOA 4YNEA 4BCJA 3NZ0A 4PL5A 2YZLA 4BN1A 1YWNA 3PTGA 3WZDA 4CRSA 1R78A 3IONA 3U4UA 3KCFA 4PMSA 4U9AA 2B9FA 5DLSA 3FE3A 4BDFA 5ETFA 2CNQA 4PMPA 2YJSA 3UMXA 4AZSA 4DCEA 1A48A 3GOKA 2FSOX 4PPBA 2YAKA 4GJ3A 2XK9A 2W06A 4O0YA 4BIBA 4LUEA 2E9OA 4JR3A 4EKKA 3UVPA 1WBOA 2OI4X 4ZMFA 3EQGA 5AUXA 4Z3VA 5J9ZA 5IA3A 5KMJA 1QPDA 3EN6A 3KXGA 5BMSA 5CZIA 1ZYCA 2I0YA 4QQ5A 1W82A 3DZOA 1H1QA 4NEUA 5DR9A 4G3GA 3HAMA 2WMBA 2WU7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2X0Q A;  3BHY A;  2FB8 A;  2Z60 A;  2P4I A;  3P78 A;  2X7F A;  3KEX A;  4DN5 A;  3MVH A;  3P79 A;  4TY1 A;  2UV2 A;  2GTM A;  5HE1 A;  3ZLX A;  2X4Z A;  4EEV A;  3E7V A;  3DJ5 A;  2XK7 A;  3PZE A;  3CC6 A;  5A9U A;  4KA3 A;  1OIY A;  4M67 A;  4IAZ A;  5M51 A;  4IDT A;  3QFV A;  2PYW A;  4O0U A;  1H28 A;  4R5S A;  4NZW B;  4DFL A;  4JDK A;  4AGD A;  3NVK I;  3GCQ A;  3TZ7 A;  3QQU A;  1OL2 A;  2ITX A;  5IA0 A;  5HE2 A;  3BLH A;  3HA8 A;  4IZ5 A;  3V5P A;  3QQH A;  4GII A;  4O4B B;  3D4Q A;  4DEG A;  2DYL A;  4I41 A;  3Q96 A;  4KAB A;  5AV2 A;  4AZT A;  5HCY A;  2ITP A;  3NUY A;  4MBJ A;  4FIH A;  5KMK A;  4ZY4 A;  3F7W A;  1YOM A;  4NYE A;  1OBD A;  2OZA A;  3GC8 A;  1QL6 A;  3ELJ A;  4FTQ A;  4GYG A;  4N4S A;  2Y9Q A;  3QRJ A;  4NFM A;  3KFA A;  4YSM A;  2YIW A;  1UVR A;  2BR1 A;  2ZV7 A;  4AF3 A;  4TTH B;  3GU6 A;  4ZSJ A;  4FTT A;  3ORI A;  3U9C A;  3BE9 A;  4RQV A;  3C1X A;  4L6Q A;  4I0R A;  5A4E A;  4GVA A;  5HEZ A;  4G9C A;  2BHH A;  5KKR C;  3LKM A;  2GTN A;  2XB7 A;  5JGA A;  2FH9 A; 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