3QC4A

Pdk1 in complex with dfg-out inhibitor xxx
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
284
structure length
276
Chain Sequence
KKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEYLIFQKIIKLEYDFPAAFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery of a potent and highly selective PDK1 inhibitor via fragment-based drug discovery.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
total genus 73
structure length 276
sequence length 284
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2011-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3qc4A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3qc4A01
4HGLA 3BV2A 4FA2A 4S31A 3KMWA 4CYJA 2VTIA 5CEMA 2HYYA 3HUCA 4QTDA 2X6EA 4D55A 4DA5A 4DH1A 2QVSE 2R3LA 1UA2A 1R0EA 3JY0A 3T3VA 2BTRA 4EH7A 4RX8A 4YJTA 5BMSA 3N4VA 4LFIA 4R8QA 1EH4A 3VS3A 4C33A 3GC9A 2VN9A 1NVSA 5C8NA 1SM2A 3L8SA 3JY9A 4H39A 2C3JA 5LARA 3QX4A 4CRSA 2UZDA 5HGIA 1VEBA 2XK8A 4U81A 3TUBA 4DCEA 4EH9A 4CVAA 2UZBA 3DXPA 4OTPA 4NW5A 4EQCA 1KUTA 5JGBA 3VW6A 4I94A 3BYMA 2YCFA 4XNEA 1QL6A 3N9XA 1YI4A 4BGQA 1WVYA 3E87A 3HZTA 2P33A 3QKKA 2X39A 3QTRA 3V8TA 4G34A 2RGPA 2C5OA 3QKLA 3LOKA 4MD9E 2BVAA 4CFXA 3ZC6A 3MFSA 4XHKB 2ERKA 4ZLZA 4APPA 5CNNA 4F7JA 2W1GA 3ZSIA 4BYJA 2R0IA 4PL5A 4U5JA 2Y6OA 3R22A 1F0QA 5T68A 3OBGA 4JS8A 5F1ZA 4CT2A 3F6XA 1MRUA 3GQIA 4CFNA 1BL6A 2PVLA 4L44A 4FT5A 4XMOA 4EJ7A 3KN5A 4BIEA 3W33A 3GQLA 3KXNA 4BTKA 4R1YA 3ANQA 2W06A 2W0JA 4WBBB 5J1VA 3FMEA 4KIQA 2UW7A 1ZMUA 3A7HA 3RGFA 3P1AA 2JDVA 4MWIA 2IZSA 2VWXA 4E8AA 3R9RA 3SGCA 3ODZX 4I6FA 2GCDA 2YIXA 3CC6A 1JOWB 1A06A 5CENA 3V04A 5C8MA 1J91A 1DAYA 3DB6A 1IAHA 4AZVA 1AGWA 4YR8A 2JKQA 1ATPE 5J79A 4R3RA 4ZIMA 3AC8A 4EZ3A 2PSQA 4GK4A 3V6RA 2YIRA 4U8ZA 2JBOA 3TTIA 3C9WA 4BGGA 3H9OA 4PL4A 5HU9A 3EZRA 4K33A 3QD0A 4U44A 1M17A 5DYJA 2E9NA 4FG7A 4QP6A 4DG0E 3SW7A 4V05A 3I6UA 3LKMA 3HV6A 3NSZA 1HCKA 5EOLA 1YRPA 5BUEA 2C0OA 4KIKB 1YXSA 4RFMA 5E91A 5EM7A 3ODYX 3ZZWA 5EYDA 4D2RA 4RX7A 4IHPA 1DAWA 4U6RA 4AG8A 1H24A 4IZ7A 4EK5A 1UNHA 1BMKA 5FBOA 3FC2A 3KXZA 3VUHA 5IZFA 4MXYA 5I9UA 2OICA 5FEQA 1FPUA 4C61A 3ZM9A 3QU0A 3C50A 4QYGA 2VTLA 4TYGA 1OI9A 4RVTA 3IDCA 4QMWA 3C0GA 5AIRA 4Z16A 4NH1A 4ITHA 5CF5A 2A19B 2O8YA 4L43A 5L2TA 3NNUA 4BFMA 4MEDA 3G15A 1FGIA 4YZMA 5HQ0A 4OTIA 3TN8A 3VULA 3SXFA 2UZUE 4BCOA 4KKHA 3G0EA 3DQWA 2BDJA 3POOA 2VTSA 4EUTA 2XNOA 3RM7A 3VIDA 3T8OA 3IDBA 3A4OX 5EW8A 4C4HA 4YNOA 4ERWA 3S00A 2Y6MA 2J6MA 4L00A 2GTMA 3R9NA 3NUYA 3RZFA 3QTWA 4DEAA 2CKQA 2QO7A 3VUGA 5A4EA 3TNQB 2OLCA 3SLSA 4QQCA 2ITNA 5IEYA 3R28A 2NNWB 2DUVA 4I21A 2BZKB 5KZ0A 4AUAA 5J9LA 5AR5A 5E9EA 1ZXEA 5DI1A 2ONLC 4GV1A 5AADA 3D15A 4GT5A 1PXOA 2XKFA 2OJIA 4MXZA 1O6LA 4N6ZA 4BHZA 4F1TA 3GC8A 4A4LA 5C8KA 4D5KA 1V1KA 4FKSA 4TL0A 3FLSA 5AV2A 2B52A 4F7NA 4ZJVA 2H96A 3MI9A 3EQPA 2GHMA 4L7SA 1H01A 3NYXA 4GIIA 4BKZA 2J7TA 5L2IA 3QCYA 3W55A 2PUUA 3FI4A 1H0WA 3RPOA 1T45A 4ASZA 4S2ZA 4O7NA 2O64A 5TKDA 2ZM3A 4JG8A 5HCXA 4O84A 1PKDA 3H0YA 4EOIA 2CLQA 3RAIA 5FQDC 5LXMA 4CTBA 3DZOA 4NK9A 4OTWA 5E8TA 3B8RA 4I4FA 2R3IA 2RL5A 4CKRA 1QPJA 4FUYA 1GIIA 2WMXA 4ZY6A 4AN3A 4EOSA 5AM6A 4K6ZA 3I0QA 4KABA 5CF4A 2XK7A 4I3ZA 5CU4A 3TUCA 3A7IA 1MUOA 4KB8A 3IO7A 1GY3A 4UXQA 2WQOA 1ZYJA 3TZ7A 3ZBFA 4A9RA 3LMIA 3UMWA 5IQGA 1FGKA 2YM6A 3E3BX 3HUBA 2XJ2A 2FSTX 4FIGA 2XYNA 4MQ2A 2EWAA 2XIYA 5FP6A 2GPHA 5ANEA 4Z7HA 5D1JA 2XP2A 3VBQA 5ITAA 4IM3A 4X2FA 3W2PA 5FBNC 3PG1A 3ZDUA 3H4JA 3P08A 4EH5A 3PVBA 4MBIA 4NM7A 1UKHA 4M67A 4A9TA 4FTQA 5M09A 2ITUA 4K0YA 3NNWA 3I5ZA 3PPKA 4IXPA 4QMLA 3ZYAA 5CWZA 2QI8A 4EH6A 4NFNA 3H30A 3CS9A 2J51A 4HYUA 3OWJA 1VR2A 3A8XA 4O2PA 5HESA 2WIPA 5CNOA 3HMOA 4KSQA 4F70A 2E9VA 2R3RA 2WTKB 3QFVA 1O6YA 1XH8A 4Y72A 1WVXA 4HW7A 3F3WA 2W1IA 3F5PA 2HIWA 4FZFB 4AGUA 1JKSA 3WARA 3MVJA 4JX3A 4X7QA 3RWPA 3Q5IA 2P4IA 3UTOA 4YJQA 3KB7A 2XB7A 4YJVA 5EYKA 3BHUA 3MESA 2F49A 3EL7A 2XCHA 3E8EA 4DGNA 4DFXE 2V62A 1JLUE 2W4OA 3IKAA 4L68A 4FTNA 2VO3A 4FTAA 2GHLA 2E9OA 2IN6A 4FSRA 3ZFYA 3LPBA 4DC2A 3VQHA 1J7LA 3FL5A 4MXOA 2ITOA 1PY5A 2JKKA 5JEBA 1PKGA 4QTEA 4JIKA 4NKAA 3MY1A 5HCZA 2UW4A 4EKKA 4JQEA 3EL8A 3TZ9A 4L67A 1F3MC 3PLSA 4YZCA 5AAEA 4O7VA 1OKYA 3QX2A 4BCKA 1P2AA 2C6DA 4IZAA 3D2KA 4A4XA 4C4EA 2E9PA 3VC4A 3ZLSA 1J1BA 3PE1A 3IG7A 4AXAA 4QQTA 3GOPA 4GG5A 4F9YA 4HCTA 4L3JA 2VD5A 2ETRA 3ZO2A 2EXCX 4O7TA 1H28A 1TQMA 4GFMA 4L3LA 2XEZA 4U97A 4UWYA 1M2QA 4MXXA 1OM1A 5A4TA 5FDPA 4BR3A 3NDMA 3MFUA 2CLXA 3CGFA 3PIYA 5ACBC 1UWHA 1ND4A 2YAAA 2C4GA 3KRXA 3QD2B 2VRXA 5DT3A 2IW6A 3VS0A 2GFSA 3Q96A 1SVGA 5CSPA 1Z57A 2WEVA 4AW1A 3I7CA 4ZAUA 5GIPE 4EOPA 5J5TA 4F9BA 4FODA 2UW3A 5CU3A 5AUWA 4CGAA 4EEVA 5IU2A 3LE6A 2GU8A 3PXZA 5T6KA 3IDPA 2W4JA 4EYJA 4OBOA 2BRGA 3CIKA 3QKMA 5IH6A 2W9ZB 1CKIA 3A8WA 4IFGA 3S2PA 3O23A 5LVOA 5IA3A 4NW6A 3ZDIA 2HOGA 4C3PA 3O17A 4IADA 2I0HA 2R2PA 3FZOA 3FL4A 1OZ1A 3CE3A 4RG0A 3W10A 2VX0A 3QCSA 4QMXA 2PE2A 2H9VA 2XMYA 3LXLA 5T3QA 4FVPA 1BYGA 2J50A 3DAJA 4AOIA 1YHWA 5CEKA 4B7TA 5HVJA 2ACXA 2HY81 5L2QA 1PXLA 2B9HA 4IAAA 2AC5A 4IH8A 4KRCA 3I60A 2OJ9A 4F9AA 1U59A 4OTRA 1H4LA 4ZTRA 2B1PA 2E9UA 5LMKA 2JGZA 3CTJA 3DNDA 3Q2JA 4CFUA 3D7TA 5HIEA 1MQ4A 3KULA 3O7LB 3AT4A 5A46A 5GNKA 5CEPA 3OUNB 2XZSA 3ZLXA 2QR7A 3QTZA 4N6YA 4YO6A 1ZMWA 3EQGA 5AR4A 3V8WA 3ZO4A 3V51A 4UMPA 2OH4A 3QZFA 3KXHA 5HG7A 3DXNA 5ETCA 2OFUA 2F4JA 3HGKA 3IOKA 3RNIA 4DH5A 5C1QB 4GK3A 3L8PA 3TDWA 4FG8A 4D1ZA 1MRVA 2ZYBA 4UWCA 4C37A 4OTQA 3HP5A 4UWBA 4WUAA 4D9UA 5LJJA 4ONAA 2XRUA 4FTMA 3HDNA 2GNIA 3RINA 1VYZA 3V5TA 2HK5A 2ZM1A 4S30A 2UZLA 4QMUA 3BGZA 2BRNA 2GNLA 3BV3A 5JRQA 1ZOEA 3FY2A 3ORZA 2PWLA 3M42A 4XOYA 4AA4A 4Z3VA 4YZBA 4M0ZA 4EC8A 4BCGA 1Q24A 5J5SA 3THBA 1JSUA 4FUXA 4DH7A 4FV7A 3Q4ZA 2UZOA 4HVHA 4USFA 1LR4A 3DDPA 5M51A 4G3FA 4FYNA 4QQJA 2PUPA 3OW4A 1I09A 3L9MA 5AP7A 2YZLA 3QLFA 1XH4A 4QNYA 4FKWA 3GCUA 2BFXA 4MAOA 4PV0A 3LFDA 3GFWA 1JPAA 4TW9A 4LMUA 1XH6A 3NCGA 4XV9A 4YJRA 4KSPA 4AT3A 1TQPA 5CU0A 2OU7A 3R8MA 3FZTA 4X6QC 4V0GA 4PTEA 3Q3BA 3NVKI 1V0OA 5FRIA 5L3AA 1TQIA 4UBAA 4F9WA 1OKZA 2HXLA 3MFTA 4E20A 3AC5A 3EYHA 3IECA 3SX9A 5JZNA 4BCHA 2PVRA 3GGFA 1SZMA 3OT3A 1WBVA 3QRUA 1CSNA 4BBFA 5A6NA 3UIBA 4C4IA 3BYUA 2C3LA 5JGAA 3DLZA 2QU5A 3G6GA 4ZSAA 3PVWA 5FDXA 3DBFA 4QP2A 3MTLA 1J7UA 2UW0A 3I4BA 3Q9YA 4J53A 2ETKA 4BL1A 2GSFA 4ZY4A 4DCAA 5E1SA 4DH3A 3R1QA 4BDBA 2IO6A 1PXMA 3RAHA 4DEEA 3WF7A 4GT3A 1YHSA 3UVPA 1WVWA 4ZTLA 4U3YA 4LM5A 2VGPA 4QMVA 5JKGA 4LG4A 3GCVA 3KGAA 1E1VA 1P14A 2GFCA 2OZAB 3BBWA 4IFCA 1UU8A 4XEYA 4Y95A 4J8NA 5CXHA 1WBPA 3OS3A 3O8UA 2BUJA 3HP2A 3LXKA 2B9JA 1STCE 3F9NA 3ZM4A 3EQBA 5IQIA 3Q6UA 4OUCA 4C3FA 2XNBA 3NUNA 5AJQA 3TXOA 4E5WA 2QO2A 5CU6A 2QODA 4KKEA 5J95A 4I1ZA 4HYHA 5KE0A 4CFMA 4DLIA 4AOJA 3I0OA 4DT9A 4L9IA 4IX6A 5AV1A 4UMQA 2ITVA 3U87A 1KOAA 3H9RA 4BZOA 3PIXA 4D2SA 4CD0A 5CALA 4PDYA 4BYIA 5GJGA 3D2IA 3FV8A 4G9RA 4IVAA 4NWMA 2EVAA 3QZIA 3C0IA 4BWKA 4PMPA 3OY1A 2F7ZE 4TYHA 4D2WA 3TJDA 5E8XA 1ERKA 3W8QA 3FXXA 4YLJA 2A27A 3NYVA 5DVRA 4BBEA 4DEIA 2JIIA 3ZZEA 2PULA 2VTRA 4CKJA 4R77A 2UW8A 3A2CA 4MD7E 4AZSA 2RF9A 3TIZA 4GVJA 3QD4A 1JAMA 3ACKA 5B0XA 4AN2A 5KO1A 2VWWA 4ITIA 3BEGA 1OGUA 3FXZA 4IAZA 2QCSA 5HICA 1M7QA 1OBGA 4OAVB 5ANGA 3FLNC 4EHGA 2UUEA 1YWVA 2FB8A 2HAKA 5IUIA 4LRKA 4WNMA 2AC3A 4FI1A 4P5ZA 5CI6A 4AW2A 4RJ4A 5DIAA 3ZRMA 4GG7A 5F94A 2W1CA 2XRWA 4BKJA 3UMXA 3NUPA 4ZY5A 3ATTA 3QQKA 3LFFA 4OR5A 4RX9A 4LL0A 5L8LA 2V55A 4Q5HA 5E7RA 2UW5A 4FEWA 5CT0A 5M53A 5I3RA 4QTBA 2UZNA 5FEEA 2PUIA 4EZ5A 1PXKA 5TO8A 4GU6A 3DB8A 4EL9A 3F61A 5FLFA 4BKYA 1F5QA 3E8DA 3PXYA 4QP7A 1DM2A 4RFYA 3VVHA 4DEBA 1H1WA 3HV7A 2DWBA 2GNHA 3D5XA 4MNFA 4O6LA 4PWNA 3VHKA 4E6CA 3GT8A 1H1PA 4FKUA 4AZEA 4FL1A 5LMKC 4DT8A 4ZXTA 4NTTA 1CKJA 1GIJA 2YWPA 4FK6A 5IA5A 4CYIA 2BKKA 2VNWA 3C0HA 3VRZA 4D5HA 1YQJA 4NIFA 3KRJA 4PX6A 3G51A 3N51A 5LVLA 5DG5A 3QCXA 4L53A 4CG9A 4PMMA 3EIDA 4ZS0A 2W5AA 3GU5A 4HVIA 3HA8A 2I40A 2Z8CA 3QZHA 3G9NA 4E5BA 5AUTA 5BUIA 3ZSHA 3RK7A 3GU4A 5I9YA 4BC6A 1KSWA 4O7LA 3VS2A 4MTAA 5HVKA 4EH2A 3QRKA 4YP8A 4FKJA 4UYNA 2YITA 3LQ5A 4G9CA 5A14A 4F6SA 1CDKA 5M4FA 4EONA 4CV9A 4HVSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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