3QHRA

Structure of a pcdk2/cyclina transition-state mimic
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
298
structure length
297
Chain Sequence
GHMENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Briefly Bound to Activate: Transient Binding of a Second Catalytic Magnesium Activates the Structure and Dynamics of CDK2 Kinase for Catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell division protein kinase 2
molecule tags Transferase/protein binding
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 297
sequence length 298
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2011-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3qhrA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3qhrA01
3O51A 4BTFA 3G33A 4FTUA 4WO5A 4HYHA 4D1ZA 4EH7A 3ZLWA 2VNYA 3WOWA 3P9JA 4EOJA 4PL4A 5C8KA 5DLSA 1XH9A 3DFCB 4BBEA 2XIZA 4RBLA 4G6LA 4ALVA 3A7FA 3ZBFA 3C4XA 5CSXA 3DXNA 2R3OA 2C0OA 3PG1A 3W16A 4QYHA 2QQ7A 4MNEA 2Y4IC 4FSUA 3ORZA 4FV0A 3DTCA 5DWRA 5DT3A 1ZZ2A 4FIHA 4PNIA 3HNGA 4X21A 4QMUA 4JAIA 2NRUA 3QTSA 5E8SA 2OH0E 4CZTA 1XJDA 4BGQA 4EH4A 4JQ8A 4R3CA 2X7OA 3OWLA 4FKVA 3GC0A 1SMHA 4JAJA 3R9HA 2GDOA 2IVSA 2QU5A 4BDCA 1V0PA 1H01A 2ZV2A 3EL8A 1CKIA 3QKMA 3QRJA 5ACKA 2IVVA 2CKEA 2VTOA 4X3JA 1KUTA 4NW6A 4TNBA 4MAOA 4YBJA 3TKHA 4WNOA 4BKYA 4AZFA 3KN6A 4BIBA 4D9TA 5BYLA 3UGCA 5EH0A 5IEVA 3F7WA 1UKIA 3FMNA 3SAYA 3FI4A 3WF6A 2P4IA 3ORLA 1ZY4A 5IQIA 4ANSA 5KNJA 5E8TA 4O6LA 4FZ7A 5HE0A 4TWPA 3AC5A 4Q9ZA 4ERKA 3FE3A 4BGHA 3IOPA 3ZZWA 2Y6MA 4G3FA 4UB7A 5AP3A 2G01A 3PIYA 4LRKA 4J98A 4DFZE 3U4WA 3UNJA 5JT2A 4NIFA 3JYAA 2VX0A 2BAQA 1VYZA 5DT0A 1E1XA 3IO7A 3MH3A 2B9FA 4IACA 3UVPA 3VN9A 2YM3A 4RIXA 2CNVA 4F65A 5KMIA 5JMSA 3PVUA 3CKWA 5CQUA 4R3RA 4YTHA 4XEYA 5HE2A 4U42A 1Q24A 3OT3A 2XIRA 2UW5A 3K5UA 3W1FA 1GY3A 5J8IA 3V6SA 5EK7A 1W98A 3IDPA 3KRRA 3E62A 4IJ9A 2IZUA 1GJOA 1OKZA 3VNTA 5CLPA 3R22A 5TO8A 5IQAA 3C4ZA 1M7QA 4O7ZA 2WTKB 3KMMA 4FL2A 3ZMMA 3TUDA 3BWJA 4E5WA 3QGYA 5EOLA 2IW8A 3U51A 2R3IA 2R7IA 1HCLA 2WTWA 2YIYA 2PL0A 4Y73A 2ZB1A 4I5CA 4FEQA 2W17A 4FVPA 2BRBA 2XCHA 4G34A 4BRXA 3MSSA 4N57A 1WFCA 4TPTA 4FKUA 4EC9A 3D14A 1H1PA 4D0WA 4JQ7A 5AR8A 5E8XA 1YXSA 5DH3A 5CF6A 1JKSA 4GIIA 5A4CA 3Q4CA 1IASA 2GHMA 3R9OA 4BDAA 4RQKA 4KNBA 1KE6A 1H28A 4UYAA 5L2WA 3I60A 4FA2A 2PZYA 2ONLC 3QXPA 3OP5A 4HVIA 4S30A 3NMUF 3MBLA 3NYNA 3MFSA 5LXMA 3MN3A 5CALA 3F66A 4LUEA 5CF8A 4ACHA 4AGDA 2WPAA 4ZLOA 3TTIA 3TZ7A 5ANGA 2VGOA 2CGVA 4FX3A 5FWKK 3JS2A 4ANLA 3FAAA 3H9FA 1UA2A 5HVYA 4DITA 2ZDUA 1V1KA 5HNBA 4AOTA 3U54A 4Y5HA 3NUNA 1NVRA 1ZYDA 4X6QC 3PIXA 2P3GX 2VWXA 1BI8A 3KF7A 4HCUA 3BV3A 2WMUA 3R28A 4FTJA 3QCSA 4WG5A 5K3YA 4UXLA 4Y8DA 4CXAA 5I4NA 3FHRA 1T45A 4DH8A 2BAKA 4IVAA 3BV2A 3RPOA 2GS2A 2ITNA 2BZIB 3F3WA 5KKRC 2CLQA 3TI1A 3KFAA 3O7LD 3KK9A 1G3NA 1GZ8A 5EW9A 4S31A 5IZFA 1MUOA 4U5JA 4TWCA 3F5UA 3NW7A 1JSVA 1OIQA 4EQMA 2JIIA 1XBBA 1PJKA 3P23A 5C26A 2PMOX 2XK7A 5B2KA 4AU8A 4O7TA 4KIQA 4NM3A 4R7IA 3O7LB 1Y8GA 4JDJA 2UW0A 1Z9XA 2XRWA 3GNIB 4JX7A 4NIFB 2BRGA 4WBOA 4NJ3A 5HTCA 3A61A 2JBPA 1OB3A 4ACGA 2WEIA 3CKXA 3NGAA 2ESMA 2NP8A 3FMJA 3ODYX 1CMKE 3QRIA 4GMYA 4BYIA 4RX5A 5KZIA 3AMYA 3K5VA 3QD3A 4I22A 3NCGA 2XKFA 3HEGA 3VVHA 1XBAA 3EMGA 3TUCA 5DPVA 4FNWA 3FI8A 2Y9QA 4GW8A 2NO3A 1H4LA 1UU7A 2XYNA 3EQRA 4TYIA 5AV2A 4I24A 3DB6A 5DRDA 3BLRA 2RFEA 4PRJA 4HVDA 3PXKA 2UW3A 4WOVA 3OC1A 5I9YA 4IBMA 4EOIA 2Y8OA 2C47A 3CD8A 3O0GA 5I9XA 3F88A 3FZSA 4WBBB 4USDA 4EUTA 1QL6A 2W1HA 4AA0A 4JDIA 3H0ZA 3ZOSA 3HUCA 4MBLA 3OW4A 3F3VA 3EQDA 3V8SA 4K18A 2P0CA 1YDTE 5DGZA 3MA6A 5DRBA 3V8TA 4K33A 5EFQA 4LFIA 3HV5A 3RPSA 3IW4A 4HNFA 3UJGA 5LMKA 5GJGA 4FSYA 4MX9A 3L9LA 4ZZOA 4CV8A 4ASXA 4XX9A 4CT1A 2YAAA 4EC8A 3E87A 2C3IB 3E8CA 2XM9A 5ANOA 3ZDIA 2PU8A 3BE9A 5HEZA 4D55A 3BU3A 2YZLA 4FKIA 4HZSA 4M13A 3UC4A 4FV8A 4AS0A 1Q99A 2QHMA 3VS5A 2IG7A 3CY3A 3OS3A 3EFLA 3LKMA 3F3TA 3DDQA 5HI2A 3IDBA 3O2MA 3M42A 3LFEA 4RWKA 3F5XA 3OCSA 4FT5A 4E1ZA 4ZTMA 4Q2AA 5E1SA 3FY0A 3SQQA 2YA9A 2V22A 3II5A 3PFQA 5HBEA 2CHLA 3MY5A 2I6LA 3PJCA 3CEKA 3H0YA 4DLJA 1OL7A 3V6RA 5M09A 2X9EA 4LV8A 4WNPA 2RG5A 1IA8A 3WIGA 2HW7A 5IF1A 1XH5A 4J8NA 1PRYA 5HU3A 4H3PA 3VS2A 2AC3A 3O71A 2WEVA 4A07A 4FTMA 4AG8A 2JGZA 3FZ1A 3OZ6A 4D4VA 1QPJA 2WTVA 2RG6A 2QR8A 3B2TA 5CF4A 4ZS4A 3UNZA 1P4OA 3HRCA 4FV2A 1SNXA 4C0TA 3C0IA 2R4BA 4D28A 3NAXA 4BDIA 4I0TA 5BMMA 3V5QA 4ACDA 2RIOA 2VWWA 5DVRA 5HESA 3VIDA 1JLUE 4QNAA 4QPAA 1WAKA 4ERWA 2QG7A 3POZA 4RJ5A 3FC1X 4V05A 1HOWA 3ELJA 4RC2A 4IFGA 4Y5QA 4G3GA 3FMKA 5HBHA 4DCEA 2ITVA 4QMSA 4FKTA 3BYSA 4LV5A 1BUHA 4KBKA 4AP7A 2W1CA 4W8DA 3W33A 3ORTA 3KVWA 3NWWA 4RJ7A 4ALWA 4N4SA 4USFA 3EN6A 3LFNA 3HDNA 1JKKA 4JLCA 2PTKA 2QU6A 3V3VA 3SV0A 4O83A 4U40A 3LOKA 4F1TA 2B9IA 4C37A 4QP2A 3L1SA 3UQFA 4U41A 1WBOA 3UDBA 1RJBA 3GT8A 4OTWA 4YUQA 3DNDA 4IAKA 4JQEA 2FA2A 3U8WA 5H8BA 4ASEA 4MK0A 4FF8A 4ZSJA 2OSCA 3QZFA 4OTGA 3C5IA 4GU9A 3I0OA 4U43A 4GFOA 3CJFA 2XK9A 3PSBA 1CTPE 4AN9A 3MGYA 3KRLA 5CXHA 5BNJA 2UW6A 4BDGA 4O91A 3F82A 3FI2A 3HV3A 2C5XA 2CJMA 4FL3A 4ZMEA 2C5YA 4EK4A 3F6XA 3G0FA 5DI1A 4EOOA 5F1ZA 4QMYA 4A9TA 4JDKA 2W1GA 5L2IA 3AOXA 3C50A 3HMOA 3QQUA 2JKMA 4CFWA 4IB1A 4EONA 5K9IA 3E5AA 1PMVA 4O22A 1JBPE 2AUHA 2HWOA 3BHUA 3LJ2A 1SVGA 4IAAA 1Q8WA 2VO6A 2VWUA 3ZS5A 1OECA 5JFVA 4EZ3A 5TE0A 4F09A 1U4DA 1NXKA 4KSQA 3GCQA 3HGKA 4FV6A 4G2FA 3QTRA 2PZIA 4CCUA 5EQEA 1OL5A 4OAUC 3Q6WA 4I1ZA 4FTQA 4YC6A 4QQJA 4IM0A 4TYHA 3D15A 4CSVA 4IZAA 1YI6A 3FMLA 4QYFA 4X6RA 4IVCA 5K0KA 2O2UA 2BPMA 2YDIA 1W82A 2O65A 3BZ3A 5E91A 4FSQA 3VJNA 3FLWA 3VUKA 4LG4A 5CAVA 1REJA 5D7AA 1MQBA 3BEGA 1Z57A 1LEWA 3PA5A 5HO8A 3UIBA 5CVGA 2QOLA 4JX3A 2O3PA 4FIGA 5C8MA 5J87A 3TG1A 3V5WA 3A99A 4F64A 4AXAA 1YDSE 4I94A 5LMBA 4N0SA 3FLQA 2UW7A 5EI6A 2R3MA 2F2UA 4MNFA 3SXRA 3R1QA 4C2VA 2X6DA 4X3FA 4IADA 2BR1A 4IDVA 2JD5A 4G3DA 3QHWA 4QPSA 4WG4A 3RAHA 4OTQA 3R8LA 2UZTA 3ATTA 3PJ8A 3VUTA 5L4QA 3F5GA 3HZTA 4JDHA 3Q2JA 4PTEA 4OBQA 5E90A 3GP0A 1FOTA 3ID6C 4U44A 3B8RA 2J5EA 4IC7A 4ENYA 4L6QA 4CYIA 3RCJA 2V55A 3CPCA 3ZLYA 5HE3A 2KULA 4BCFA 1OUYA 2X7FA 1H00A 4OTIA 5FGKA 4DEGA 2FYSA 1G5SA 3NUUA 4BCGA 4FTOA 3LFFA 2YDKA 3UPZA 5CEPA 4D2SA 3DS6A 2CKOA 3LCSA 5HORA 3EJ1A 3D9VA 4DTBA 3U4UA 3L8PA 5EKNA 4X2JA 4G31A 2OJIA 2CN8A 2HCKA 3OCBA 3RZFA 3JR1A 1JAMA 4RJ6A 1URWA 4AACA 4EK5A 2YFXA 4O21A 2QONA 1OKVA 3D7ZA 4GL9A 4E6CA 4TTHB 4JS8A 4WKQA 1KOBA 1J1CA 4IX5A 4NKAA 4NUSA 5AP5A 5H2UA 2WMXA 4D1XA 1OBGA 3UO5A 3QA0A 4IZ5A 2YIWA 3KCKA 4NW5A 4PDSA 5JEBA 1E1VA 5LOHA 4QP3A 4UMPA 2OJFE 2ZAZA 5CTPA 3UG2A 4RX7A 4ZAUA 3QA8A 3VBYA 1MRUA 3KXXA 4O38A 3NUYA 5AP6A 4FEVA 2C30A 2OXDA 4MKCA 3KXNA 3PE2A 3ZSGA 1XBCA 1OKWA 1ZLTA 3VF8A 3WF7A 4K77A 1NW1A 2C0TA 5CEMA 1ZMVA 4O0VA 4YGAA 1H07A 1LP4A 1QPDA 3NLBA 2RFSA 3QTXA 4FTLA 4I4EA 4QPMA 3FBVA 4KD1A 2ITZA 2UZNA 3OUNB 4D4RA 5AMNA 4YMJA 1B39A 5EI8A 4RPVA 4U81A 2XB7A 1E9HA 4G5JA 3D83A 3ZM4A 2X8DA 2OH4A 3FQHA 4HZRA 4AOJA 3KL8A 4EZ5A 1H1WA 2FH9A 5EHYA 5EM7A 1OM1A 3TJCA 2C5NA 4XV1A 4F99A 4BWPA 4TYHB 2VO7A 4YJOA 4E6DA 2VTRA 4BI1A 2VU3A 3PLSA 5AX9A 4R1YA 3UC3A 3UO6A 2VTLA 3VRYA 2PUPA 4XNEA 2RF9A 3Q9YA 4B0GA 2UZWE 3QYZA 3QL8A 4FKJA 3KN5A 2VRXA 5JRQA 3QWJA 4FE2A 1H8FA 4ZJVA 3P7AA 2YABA 3FSFA 4ZLZA 1YDRE 5JK3A 1ZY5A 3D2IA 4QT1A 3CR0A 3EQHA 3EQCA 3M2WA 3R8UA 4OBOA 4CFXA 3FLZA 3PPJA 5M4UA 4CG9A 3M1SA 2GS6A 1XH6A 3VBVA 5FDXA 4DN5A 3P08A 5EQPA 3UG1A 4FZFB 4O0WA 2XK3A 2QOIA 3EHAA 1EH4A 5I5ZA 3E7VA 1NY3A 3KKVA 4O81A 4MF0A 3QYWA 2PVLA 4KS7A 1SYKA 4FICA 3D2KA 3TDVA 3VUDA 2C3KA 1DI8A 2R2PA 4G1WA 1Y91A 2F4JA 3MIYA 5AUWA 3TNHA 5AAGA 3NCZA 4XOZA 3AD5A 3UMWA 2XNOA 3SW7A 1UWHA 4OT5A 4YJSA 1PMNA 2EB2A 4W4WA 3H4JA 3MVHA 5DNRA 3AT3A 2FSMX 2ITYA 2REIA 4RWJA 5B7VA 3POOA 2WTCA 2DUVA 1CKJA 1MRVA 2WOTA 5F95A 3K3JA 5AP7A 3RHXA 5IEXA 4O7YA 4AGCA 1JKTA 4FOCA 2JDRA 4YSMA 4ZTLA 2X1NA 3THBA 2GTMA 3FZOA 2IWIA 4PPCA 2NNWB 5AR5A 3RK5A 3PXYA 3TTJA 3BGQA 3D0EA 3QRTA 3COKA 3O23A 4LRJA 4MXXA 4BN1A 4CZUA 5CU4A 3TCPA 5EKOA 3ENHA 3VULA 4GFMA 2QLUA 4YJUA 4PP9A 5D41A 2CDZA 1KE9A 5J95A 3C5UA 5CNOA 2ZYBA 2BMCA 4YPDA 5FM3A 2R3FA 3PZHA 5BX0A 3CGOA 4O7LA 2OU7A 3R21A 4FSWA 4QP8A 4QMNA 4UBAA 1KE5A 3QC9A 2WTKC 4F7JA 3KQ7A 5IDPA 4JIAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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