3REPA

Crystal structure of the ilk/alpha-parvin core complex (mnatp)
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
268
structure length
268
Chain Sequence
HSGIDFKQLNFLTKLNENHSGELWKGRWQGNDIVVKVLKVRDWSTRKSRDFNEECPRLRIFSHPNVLPVLGACQSPPAPHPTLITHWMPYGSLYNVLHEGTNFVVDQSQAVKFALDMARGMAFLHTLEPLIPRHALNSRSVMIDEDMTARISMADVKFSFQSPGRMYAPAWVAPEALQKKPEDTNRRSADMWSFAVLLWELVTREVPFADLSNMEIGMKVALEGLRPTIPPGISPHVSKLMKICMNEDPAKRPKFDMIVPILEKMQDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of the ILK/alpha-parvin core complex (MnATP)
rcsb
molecule tags Cell adhesion
source organism Homo sapiens
molecule keywords Integrin-linked kinase
total genus 80
structure length 268
sequence length 268
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2011-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3repA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3repA01
3FQEA 3OVVA 3Q4UA 4FSTA 4WA9A 3GVUA 3QRIA 2O65A 3OG7A 3K3IA 4GYIA 4OR5A 2VX0A 3OXTA 3Q04A 4FNXA 4DH8A 3V8TA 3TZ9A 2YM7A 2XK3A 4HZSA 2XEZA 3QZFA 3W32A 2R7IA 3O7LD 3QHRA 5HIBA 3VQHA 5LMKA 2CKOA 3C9WA 3E88A 4CRSA 3QU0A 4ORKA 2QU6A 2WMWA 2GNGA 3R1QA 4EL9A 1OPKA 4ANLA 2QHMA 2UZEA 5DVRA 3FKOA 2VNWA 4IVAA 3V51A 1GZOA 3PA5A 3VS4A 4QOXA 4ZIMA 4GIIA 2IG7A 3EQGA 4ZTMA 3TKHA 4EBVA 3O71A 1FVTA 3QF9A 5KX8A 5L4QA 5LCJA 2BRMA 3A7JA 3VNTA 2C6TA 3LFSA 4PMTA 3BGQA 3QCXA 4I5HA 4JBVA 4EOKA 4PP7A 5AP7A 4W9WA 1B39A 5CU3A 4RX5A 4G34A 3IDBA 5D12A 3ORMA 2OJJA 1W84A 2GNIA 4FK6A 4AZFA 5GZAA 2C6LA 1J7UA 5K4IA 5EM8A 5KMLA 5C8KA 1Q8TA 3IK3A 3LQ8A 3QQHA 4QMVA 4U42A 2ZMCA 4ERKA 3E87A 3Q6UA 5HESA 4OTDA 4NCTC 4V01A 3VUKA 3CSVA 4O91A 4RJ5A 1QPEA 4I1ZA 2OWBA 2ZYBA 2UW5A 2VUWA 4WOVA 1DAYA 1UU3A 3CR0A 3HP2A 3OROA 3UQFA 2PTKA 5TE0A 2C3JA 3CQEA 5CF8A 3GQIA 3MJ2A 4X3FA 4LRKA 3NMUF 3BWJA 3LW0A 2H9VA 4R5SA 2XBJA 5I0BA 2AYPA 4ALUA 4IZYA 4JG7A 4LUDA 1DI9A 3U54A 3ZEWA 5CI6A 2QR8A 3D4QA 3I60A 4RFZA 4YJUA 3DBEA 4AA0A 5KMJA 4LOOA 1OMWA 1R1WA 4AG8A 3KRRA 4YURA 2QO2A 4ASXA 4EYJA 3DCVA 4S32A 3FLZA 5HX8A 4RSSA 2ZV7A 2BAJA 4YLLA 3WZDA 5EOLA 3GEQA 4ZS4A 2PZ5A 2VX3A 4FKQA 5L6OA 3KN5A 2YCSA 3FDNA 4CV8A 4ACGA 4QTEA 2YN8A 3W10A 3N51A 3H3CA 5LCKA 4AN9A 4LFIA 4I0SA 4S30A 3AOXA 5H3QA 2ZDTA 3E5AA 5HVJA 4E5WA 2W1HA 4CFXA 4UYAA 3D94A 3EN9A 4AACA 1K9AA 3ZFYA 4DEIA 2FB8A 3HRBA 5EM5A 1H24A 4FV3A 4O38A 5KNJA 3DBDA 3ZEPA 1OL2A 3BV2A 4BI1A 5A4CA 2XA4A 5AUTA 2WEIA 2HELA 3VS1A 4DCAA 4TWNA 4QMZA 5ANGA 4AW5A 5FTQA 3CPCA 2XKDA 3WF8A 4EH6A 5LXMA 4QTCA 5I9YA 2GHMA 2ZB1A 5DBXA 2ZDUA 2R3IA 5CEIA 1Y57A 3MW1A 4EC8A 3NLBA 4FT7A 4KRDA 5LVNA 1YVJA 3KRWA 2I0VA 3O7LB 4IZ5A 5HQ0A 3OOGA 3EZRA 4CTCA 3W1FA 4GU6A 1OGUA 2BVAA 4FTLA 1FVRA 4MQ2A 1BI7A 5JRSA 4C36A 3R9OA 3HEGA 5C4LA 4IJPA 4FSMA 1BUHA 3C50A 4M12A 4JX3A 2G01A 2ZMDA 4YBJA 4CMTA 2WTKB 5KMMA 1NXKA 4MXXA 3SC1A 4PMPA 3UMXA 4MCVA 3UOLA 4QTDA 3QQLA 4IACA 4RIYB 4Z7GA 3NPCA 3R71A 5KBQA 5JZNA 1KWPA 2JKMA 4QQTA 5BVKA 3GGFA 5AAEA 4XLIA 3TT0A 3P0MA 4FTCA 3NUPA 2OF2A 4ZSAA 2EXEA 3PFQA 4YO4A 3EQPA 5CS6A 4IZAA 5C8NA 4EH2A 3NVMB 2Z7LA 1DAWA 5DI1A 4DEGA 2GDOA 5KZIA 4MBJA 3VUTA 2W17A 4PY1A 4YU2A 5DT0A 4U6RA 1E1VA 3H9OA 3D5VA 4HZRA 5CNNA 5IKWA 3V8SA 4ALVA 4I21A 4C33A 2YIXA 4IZ7A 4IX6A 3LAUA 4NSTA 3OWPA 4A9UA 3TTJA 3FMLA 4JLCA 2WAJA 3FY2A 2YERA 5L8JA 4D28A 3OEZA 4J8NA 4Z16A 2VO0A 4FSUA 2X6DA 3UOKA 1I09A 2GU8A 3PSBA 3CQWA 3QGYA 4QYEA 2OSCA 3PXZA 5HOAA 4PTEA 4KBCA 2R2PA 3RZFA 4L3PA 2QOOA 5JEBA 5FGKA 3O17A 2XJ0A 2O64A 4K8AA 2R3OA 4NK9A 4CMUA 1JKSA 3QRJA 1ZWSA 4FBXA 4U3ZA 3F5PA 4NTSA 1Z5MA 4A4XA 3HKOA 4FTUA 5K4JA 4H58A 4JAJA 2YFXA 4JJRA 4RMZA 4E4LA 3I6WA 3KK8A 3KRJA 3QD0A 5CQUA 1BMKA 1H1PA 4K9YA 3I0QA 3P9JA 4TW9A 4BR3A 4D2RA 1X8BA 3HV4A 4WSQA 3OBGA 5DNRA 5L3AA 1ZLTA 4HYUA 5ANKA 4O7VA 5FXRA 5HO8A 1I44A 3O8UA 3MYGA 1TQPA 1YWRA 5K0KA 4G3EA 3GU4A 4PWNA 3ATSA 1TVOA 3A8WA 1TQIA 2C5XA 3EFWA 4XP0A 5CXHA 5K3YA 3R8LA 2OXXA 3IO7A 3QUPA 4ZY6A 3OWJA 2G2IA 3QTXA 5HNIX 4BF2A 5CAQA 3I7BA 2CKPA 4C34A 3R8VA 4D0WA 2W0JA 4FOBA 1P4FA 3QQFA 4LGDA 1VYWA 2GCDA 3F2AA 3FC2A 4EORA 5CWZA 2ONLA 4F6WA 2IZTA 3SX9A 1UNLA 5CSVA 5G1XA 4IDTA 3V5PA 1W98A 3PIYA 3QTRA 3VS5A 4RFYA 3AT2A 2UW0A 4Y85A 2OZAB 4BFMA 4YLJA 5BUEA 2UZOA 1Y6BA 2J90A 4RIWA 3R8PA 5CI7A 2BMCA 5T68A 1FQ1B 4NIFA 4GYGA 2JKOA 5JRQA 2WD1A 5AV3A 1GZ8A 3ZDUA 2ITZA 1XH5A 2W06A 2XIKA 3JVSA 4E4NA 1OPJA 2IZSA 3MTLA 4FI1A 4WG4A 3CD3A 4ACCA 1R0PA 3A60A 4G16A 2GHGA 1KSWA 1PXJA 3R63A 3RK9A 2YA9A 3CTHA 2GNJA 4G5PA 2PE0A 5FEQA 2OO8X 2Y0AA 3TL8A 4DG0E 4EZ3A 4OTRA 4KKGA 4CQEA 4EUTA 5L6WL 3WF9A 4AE9A 3ATTA 4ACDA 3PJ2A 5B0XA 3I79A 1WBNA 3F88A 3R22A 4ERWA 4I94A 1H25A 3ZLYA 4EH9A 2FGIA 1UNHA 4OBPA 5ETAA 4XRJA 1HOWA 3R21A 3N4VA 4QMOA 5DEWA 2ZM1A 3OCSA 3CLYA 1YRPA 2Q83A 1STCE 3R6XA 4I6HA 2QG7A 4HJOA 4AT3A 4X2FA 5GJFA 4GUEA 3GNIB 5G6VA 2W1DA 3FLNC 3QRTA 4F0IA 2XNOA 2YM4A 3VUGA 4D4RA 4BIBA 2PMOX 3ETAA 5TOZA 5H2UA 4C4HA 5BUJA 4TNBA 1W0XC 5CEOA 5K0XA 5JGDA 3MVMA 2VTHA 3AC3A 3KL8A 5ANDA 4C37A 3EL8A 5HO6A 2C5VA 4I6QA 4QPAA 4DTBA 2FSMX 2X7FA 3R02A 3E8EA 4PL3A 4FKGA 4MK0A 4XH6A 1OIQA 2LAVA 2QOQA 2UZTA 2JIVA 2ZOQA 4IB0A 3BLRA 3DA6A 3RINA 4HVIA 2VWYA 4CGAA 2OFVA 3ORZA 4IC8A 3RPYA 5AR7A 2XIRA 4OTQA 4CD0A 1GNGA 4DINA 3QKMA 3ERKA 1LPUA 4ITHA 4CLIA 3NNUA 3RK7A 3DJ5A 3U6JA 3MH2A 3Q4CA 4V0GA 3PPZA 2BKZA 4GFOA 3RPOA 4GK3A 5A4EA 1H1SA 2UZBA 1NVQA 5L8LA 3BI6A 3RAHA 4MNEA 5HCXA 3ORLA 2UW9A 3R73A 1WAKA 4CCUA 3RK5A 2OLCA 5HNBA 3PLSA 4OT6A 3FXZA 4CYJA 2XH5A 4PF4A 4FV5A 4FKJA 4R1VA 2XP2A 3PRIA 1H00A 1XH6A 4W8DA 2XM9A 2VTQA 2WQBA 3FMMA 4FIIA 3RAKA 4C4JA 4JL9A 5AM7A 5EH0A 4GW8A 3ZOSA 5L6PA 4O22A 3HRCA 3WI6A 3L9MA 4IM2A 1OIRA 3Q6WA 4LV8A 4MEDA 2DYLA 2YEXA 1DM2A 5D1JA 2YCQA 4DCEA 1WVWA 2WMBA 2CLXA 3FMEA 5EQEA 5M4FA 2GTNA 2I6LA 4DN5A 4YZDA 1LEWA 4FKSA 3AGMA 1YDSE 3Q96A 5AUZA 1F0QA 2VWVA 5E90A 3OW3A 2ZV9A 3ROYA 3FPMA 2I0YA 2OGVA 1XH7A 4O27B 3O96A 4A9TA 1VEBA 1GOLA 4O84A 4D9TA 4DYMA 5A4TA 3C7QA 1OL6A 1Z57A 4M0ZA 4O2PA 4WRSA 4C61A 3EN5A 4FZ7A 3LOKA 1V0OA 3BHUA 1ZY4A 5AEPA 4BBFA 5M57A 1E1XA 4U97A 3HAVA 4BCHA 4JQ7A 5JFVA 5A46A 2G2HA 4I23A 2PE1A 5ACBC 4FYOA 1ZRZA 3VO3A 4UX9A 4Y46A 4E1ZA 4JX7A 4XRLA 4NWMA 4N4SA 4GRBA 1VR2A 4XG3A 5DFPA 2V7AA 5HKMA 1VZOA 1ZYLA 3EZVA 1URWA 5HGIA 4ANBA 4KINA 1O9UA 2PUPA 3FBVA 3ORXA 4L67A 4ITJA 2F49A 2WOTA 3CP9A 3QWJA 4KSQA 5DA3A 5AR2A 5KKRC 5GNKA 4C58A 3EB0A 2YIWA 1XBCA 4LGGA 4QMSA 4DTKA 3HV5A 2WMSA 5T3QA 5HIEA 3AMYA 2R7BA 4J96A 4RG0A 5DRDA 3FYJX 1M14A 3U51A 4L9IA 3GQLA 1T46A 3OOMA 4L68A 3SXRA 1RDQE 4X7QA 3WZEA 3H10A 5BVFA 1H07A 2ITQA 3OY1A 4QP7A 4ZY5A 4CKRA 3TUCA 4FTAA 2ITYA 1H1RA 2HY0A 3BGPA 5DT3A 1KV1A 2JD5A 2UZUE 4RJ4A 3CS9A 3AD4A 1FGIA 2EB2A 4FEWA 4W4XA 5D7VA 4TYGA 5DR2A 4AT5A 5M09A 2HXLA 3MB6A 4G6OA 5CSWA 5AP6A 5HU9A 4ZXTA 1OL5A 4U8ZA 3VVHA 5ACKA 2GQSA 2XIXA 2BKKA 2VTOA 4D4SA 2IVTA 3SW7A 2J0MB 3T8OA 5A6OA 3WE8A 5AX3A 3NYOA 2R0UA 4AA5A 5TKDA 4GSBA 1PY5A 4FTOA 4XLVA 4O0TA 5J1WA 3UIUA 4LI5A 3RNIA 2QOHA 2HK5A 4W9XA 3DT1A 3PWYA 2CGWA 2BFYA 2OI4X 3DXNA 4YJRA 5EDRA 1UA2A 3PJ1A 4IX3A 4DFZE 5F95A 4CEGA 2P3GX 2C6MA 3ORPA 4FKUA 2O63A 2Z8CA 4IAYA 4QYFA 5ANEA 4ANNA 3UBDA 2WMTA 2J51A 3P1AA 3HUCA 4PNKA 2XVDA 4ZJVA 1WVYA 3BX5A 2RGPA 3GCSA 3Q4TA 3RHXA 2FVDA 2JDRA 3HMMA 5AR5A 3UZTA 2CN5A 4U9AA 4E26A 4JDIA 4QO9A 3Q5ZA 4JBQA 3DBFA 4AUAA 5AA8A 1W8CA 2ITTA 4YR8A 4ENYA 2WXVA 4MF0A 4AGCA 2WNTA 1ZZLA 2XK7A 4WSYA 4JT3A 4XP2A 1U5QA 2CGUA 1LP4A 3AC5A 4NJ3A 5JZJA 3E8DA 4ZEGA 1KUTA 4GT5A 4HGSA 3BEAA 2HZ4A 3DS6A 3REPA 3HYHA 1WBSA 3NWWA 2YIQA 2JITA 5EOBA 4BWXA 4NU1A 3UIMA 3PP1A 2W1GA 4BKZA 2OXDA 4FV6A 4PDOA 5EKOA 2WTWA 4IC7A 4QYYA 2C6DA 5EG3A 3GBZA 4N70A 3IOKA 4EH8A 4YZ9A 4G6LA 4CKJA 4FOCA 2BUJA 2WTVA 4AXAA 1ZYCA 3O8PA 4JIAA 4XV9A 3NVKI 3ODYX 1R0EA 2XRUA 5KCVA 1U54A 3LXLA 5JQ5A 4YHFA 4JR3A 3EQDA 3OT8A 4X3FC 2WMRA 4FKPA 3FKLA 4BZNA 5B2KA 4I20A 4JBOA 3PZHA 4DT8A 3ZO4A 3QZHA 3TNPC 4PPCA 3QUDA 1OUYA 3TZMA 4Y5QA 4AZSA 4RIXB 2KULA 3GI3A 1JAMA 3I81A 4ACMA 4KD1A 3ORIA 3NR9A 3H9RA 3Q9YA 4JRVA 4ANQA 4DEHA 2OIBA 5DG5A 4WT6A 4YJNA 1Y6AA 3KF4A 1SMHA 2BDWA 3EQCA 1UVRA 2QVSE 1SVGA 3LFAA 4DC2A 2C6OA 4FT5A 4FV8A 4J52A 3R2YA 4N6YA 4RGJA 2I7QA 4LGHA 4U3YA 3NNWA 3CEKA 4W8EA 3MB7A 4BDBA 1JNKA 2CN8A 4FIEA 5AP4A 2Z02A 3QWKA 1Q24A 4YJVA 3WILA 2BZIB 4J71A 3TV6A 3TDVA 4F7LA 5IF1A 4JXFA 2J4ZA 2QLQA 2DS1A 2REIA 4BL1A 4DFLA 2BAQA 3QD2B 4YZBA 5BX0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3I5N A;  2BFX A;  1WCC A;  3PSD A;  4KAB A;  4AE6 A;  3C5I A;  3FL4 A;  2XK8 A;  3OXZ A;  3HZT A;  3FJQ E;  2EUF B;  4AGD A;  4TPT A;  2BRH A;  5E91 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3FQE A;  3OVV A;  3Q4U A;  4FST A;  4WA9 A;  3GVU A;  3QRI A;  2O65 A;  3OG7 A;  3K3I A;  4GYI A;  4OR5 A;  2VX0 A;  3OXT A;  3Q04 A;  4FNX A;  4DH8 A;  3V8T A;  3TZ9 A;  4AXC A;  2YM7 A;  2XK3 A;  4HZS A;  2XEZ A;  3QZF A;  3W32 A;  2R7I A;  3O7L D;  3QHR A;  5HIB A;  3VQH A;  4DHJ A;  5LMK A;  2CKO A;  3C9W A;  3E88 A;  4CRS A;  3QU0 A;  4ORK A;  2QU6 A;  2WMW A;  2GNG A;  3R1Q A;  4EL9 A;  1OPK A;  4ANL A;  2QHM A;  2UZE A;  5DVR A;  3FKO A;  2VNW A;  4IVA A;  3V51 A;  1GZO A;  3PA5 A;  3VS4 A;  4QOX A;  4ZIM A;  4GII A;  2IG7 A;  3EQG A;  4ZTM A;  3TKH A;  4EBV A;  3O71 A;  1FVT A;  3QF9 A;  5KX8 A;  2X0P A;  5L4Q A;  2BRM A;  3A7J A;  3VNT A;  2C6T A;  5LCJ A;  3LFS A;  4PMT A;  3BGQ A;  3QCX A;  4I5H A;  4JBV A;  4EOK A;  4PP7 A;  5AP7 A;  4W9W A;  1B39 A;  5CU3 A;  4RX5 A;  4G34 A;  3IDB A;  5D12 A;  3ORM A;  2OJJ A;  1W84 A;  2GNI A;  4FK6 A;  4AZF A;  5GZA A;  2C6L A;  1J7U A;  5K4I A;  5EM8 A;  5KML A;  5C8K A;  1Q8T A;  3IK3 A;  3LQ8 A;  3QQH A;  4QMV A;  4U42 A;  2ZMC A;  4ERK A; 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