3VBQA

Exploitation of hydrogen bonding constraints and flat hydrophobic energy landscapes in pim-1 kinase needle screening and inhibitor design
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
271
structure length
271
Chain Sequence
ESQYQVGPLLGSGGFGSVYSGIRVSDNLPVAIKHVEKDRISDWGELPNGTRVPMEVVLLKKVSSGFSGVIRLLDWFERPDSFVLILERPEPVQDLFDFITERGALQEELARSFFWQVLEAVRHCHNCGVLHRDIKDENILIDLNRGELKLIDFGSGALLKDTVYTDFDGTRVYSPPEWIRYHRYHGRSAAVWSLGILLYDMVCGDIPFEHDEEIIRGQVFFRQRVSSECQHLIRWCLALRPSDRPTFEEIQNHPWMQDVLLPQETAEIHLH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Implications of promiscuous Pim-1 kinase fragment inhibitor hydrophobic interactions for fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase pim-1
total genus 80
structure length 271
sequence length 271
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-01-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3vbqA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3vbqA01
4O86A 5IMXA 3MI9A 3TACA 2VD5A 3ALOA 2GCDA 3PA3A 4M12A 4B7TA 3NWWA 3FL4A 4QYHA 5CEPA 1WAKA 2OZAA 2B52A 5IUHA 2YERA 4CFMA 2CMWA 3VS3A 3AQVA 4W9WA 4O1OA 4R6VA 4IM3A 3IDBA 4GFMA 5EHLA 3C5UA 5EYCA 1J91A 4CLJA 5AM7A 1YDTE 3W1FA 5J79A 4ZY6A 4NM5A 5K0KA 2R3JA 3LQ8A 4NSTA 4S34A 4DFLA 2BIYA 2YWPA 2R3FA 2ZB1A 3RK9A 4RVMA 4R77A 1SMHA 3E7OA 3ZRMA 1P5EA 1A48A 5CI7A 3U87A 3COIA 3FQSA 5EDRA 3WARA 4DEAA 1NVRA 4CLIA 2VWBA 3F7ZA 3C4ZA 2UZDA 3DK3A 3QQGA 5DEWA 1XR1A 3AD5A 1OL7A 4BCOA 4BIEA 4BVUA 4C61A 4CFVA 2QO7A 4RVKA 5FD2A 5GZAA 3LCSA 3L8VA 5FXQA 5J1VA 3AG9A 4MXYA 4G6NA 3GFEA 2HENA 3FZTA 4QMMA 4G6OA 4PRJA 5E8SA 2W1GA 4HZSA 4MQ1A 5EYMA 3V04A 2C6MA 4JDJA 3TV7A 1IASA 3DFCB 4FT9A 1Q24A 2VTHA 3PVUA 2CJMA 5F1ZA 5GJGA 4C0TA 4PP7A 5AAEA 3QFVA 5KBQA 3CTHA 3QTSA 1UNGA 3UE4A 2CGUA 2QHMA 1O6KA 4I5CA 4FIFA 5FG8A 1FMOE 2CGVA 4AW1A 2VAGA 2VTSA 5J5SA 4AACA 4IH8A 4LFIA 2QR7A 4CKRA 2XF0A 4XOYA 4GFGA 3GU5A 3HMOA 2BAKA 4H3BA 4QNYA 2GQRA 2WFYA 1KE9A 4CVAA 1ND4A 4MF0A 4JXFA 4KKEA 2YM3A 3HGKA 4ZP5A 3VJOA 4ANMA 3KXMA 3Q60A 4V05A 3FQHA 5FM2A 4F09A 5I9WA 1ZMVA 4AA4A 3H9OA 4XOZA 3MJ1A 3NEWA 3DTWA 3LE6A 5EOLA 2ZMDA 1WBVA 4L53A 3ELJA 3KFAA 2CKOA 4E20A 1UU3A 5H8EA 4FNWA 3HP5A 3P7AA 4YBJA 2IW8A 3V6RA 3A4PA 3WIGA 4E4NA 4TZRA 4W4XA 2UW7A 3L8XA 3ERKA 2Z2WA 2UW3A 2SRCA 4MYGA 4OBPA 1MRYA 3SV0A 3IS5A 1QPEA 1M17A 4LGGA 3UIUA 4GIIA 1LUFA 3CPBA 3PJ1A 5HTIA 4LV5A 4F64A 1M14A 2BMCA 4I0SA 3QQJA 4P4CA 3VQHA 2W5BA 3VBYA 1R78A 4FT5A 5IEXA 4O7SA 3HMNA 3NUYA 1FVTA 4G9CA 3ZFMA 4FVQA 4FEUA 3NNXA 4LOOA 3C51A 4EK4A 2B54A 5H8GA 4IZYA 1APME 1OKWA 4QMQA 4J52A 4X3FA 2B9IA 2HWPA 3O2MA 3PSCA 4FTLA 2C1AA 4K9YA 2ZM4A 3UQFA 3FQEA 3R7YA 2PY3A 3QUEA 2ZVAA 3OEZA 5BYYA 1U46A 4KABA 1WVYA 3N4UA 4EJ7A 2HXLA 3QGYA 3QZHA 4O82A 4Q5EA 5LMKC 4DA5A 2BZJA 2F7XE 5B2KA 3QQUA 3FMNA 4GW8A 2GTMA 1JSVA 2QURA 3MIAA 4GVAA 2VNWA 5CSVA 5E1EA 4OTHA 3OC1A 3TKHA 4CZTA 3D7TB 4FTOA 1PJKA 2PVNA 3GC0A 4JIAA 4PQNA 5J1WA 3F61A 4S33A 4FE2A 3FLSA 2O64A 5AAGA 4B9DA 2BZKB 3D7ZA 5CU4A 3KN5A 2XEZA 4KIKA 2EXCX 3F5PA 2VWWA 3OHTA 4FT3A 4EONA 4ZK5A 3TG1A 5BVWA 3QHRA 1H07A 4FOCA 3GEQA 3BU3A 1YI6A 3ORLA 5EM7A 3ALNA 5LVLA 3LFNA 4TYIA 4WRSA 4YZCA 4NTTA 3I7BA 3KK9A 1QL6A 3PSDA 4YNOA 4FV8A 3RGFA 4ACHA 4O7ZA 4FGBA 4GFOA 3CPCA 4QPAA 5AMNA 2PZRA 4XG9A 3RMFA 4ZMFA 3DPKA 5AX3A 4A4LA 5AADA 3F66A 4FKPA 5GZ8A 2ZB0A 5TR6A 4MHAA 3PIXA 1PYEA 4JDIA 4KWPA 4NM7A 3PFQA 4NL0A 3OBGA 5GNKA 3IQ7A 4P7EA 4ASZA 4UY9A 4X0MA 3ZUVA 3BBTB 3JUHA 3CQUA 1NVQA 3EL8A 4AZEA 1ZMWA 3AD6A 4M0ZA 3JYAA 3VHKA 3I81A 3UO6A 3NGAA 3KXHA 3RPOA 3OMVA 5BMMA 5AA8A 4NYEA 2UVZA 1SNXA 3UNZA 2C6TA 5IEYA 2CLXA 4GVJA 3RNYA 4BIDA 3L9PA 2UZNA 3CJGA 3ORIA 4X3FC 3TIYA 5GINE 3MVMA 4M67A 2C6DA 2FYSA 3VVHA 3KU2A 5HX8A 1H24A 2FH9A 3MA3A 3Q6WA 3NNWA 5IQDA 2WMRA 4BGHA 4I92A 2B55A 4RX9A 1GOLA 4FV3A 3ZDUA 4MBLA 4O2ZA 5CU2A 2GTNA 1WBSA 3TJCA 3BBWA 5DOSA 3S0OA 4FKGA 5HESA 2WMAA 4Y5QA 2OXYA 2P4IA 3OCGA 4YJUA 2OI4X 3UTOA 2YIRA 1SZMA 4JBPA 4QP6A 5JQ5A 4EOKA 4CGAA 5C8NA 4FBXA 4RLKA 4Z7HA 3CD3A 4IFCA 4HNFA 4YPDA 2FB8A 3PVGA 4RX8A 4FEXA 3RAWA 2YCRA 1YXUA 3B8QA 2WTVA 3L9LA 3V3VA 3QD0A 4A9RA 2JIVA 4RJ6A 5A4TA 5L3AA 1CTPE 4HGTA 2JIUA 1QPCA 2W5AA 2E2BA 3E64A 3LIJA 3MFTA 1H1RA 3QAME 4PL4A 4FIEA 4HYSA 4A4XA 4Q9ZA 5JQ8A 3OWJA 4Z7GA 2V7OA 3GENA 3Q04A 1IG1A 3A7GA 4FC0A 5HEZA 4PPAA 2JKKA 2X6EA 3S00A 4FK3A 4QTDA 3GU7A 4IX3A 5EHOA 3HV4A 4PF4A 4EWHA 4UXQA 4MWIA 5AP4A 2WQEA 2P2HA 5L8LA 3T3VA 5ITAA 4DBXA 3MVJA 3EQFA 3REPA 2FGIA 5E4HA 1RE8A 2VO0A 2YFXA 4RT7A 4GUEA 4YJTA 4CXAA 3SG8A 3GNIB 4GG5A 4Y72A 4E8AA 2PZ5A 4ZTLA 4BYJA 2UUEA 4TL0A 3FLZA 5CX9A 3T8OA 4JQ8A 4DH1A 4X2KA 4AP7A 3F3TA 1FBNA 3GUBA 5J9ZA 4A7CA 5EG3A 1H28A 1PMVA 4CQEA 1J1BA 4L3LA 4FTCA 1Z9XA 5AWMA 1L3RE 4X6QC 3LW0A 2OICA 4J96A 2J7TA 4RMZA 4QMXA 2PVYA 3JY9A 2J9MA 3KGAA 4FIHA 4QMYA 3CC6A 2EU9A 4OTFA 4DCEA 5IQBA 4GJ2A 2JKQA 3VHEA 3GCUA 2OXXA 3LZBA 4YP8A 3Q4ZA 3T9IA 4JT3A 2OFUA 2UZVA 4WG4A 2JGZA 5LCKA 5FGKA 3VS0A 4EQUA 3EQHA 3E87A 4FZDB 4W9XA 4I4FA 1PMEA 5KMNA 3EWHA 3GI3A 4NWMA 4V0GA 4AAAA 5IQEA 4HOKA 4BCFA 3ULZA 4I22A 1H0WA 1LP4A 4L00A 2VTJA 2J0KA 3E63A 4JNWA 2O63A 3QTRA 4O1PA 4FSZA 5CY3A 2WMTA 2IW9A 4CRLA 3C1XA 2XCHA 4EOQA 3NCZA 3A8WA 4FTKA 1ZMUA 5KE0A 2WKMA 4A9TA 5BVOA 4AT5A 4K1BA 4UBAA 3G6HA 3W55A 3NCGA 2XCKA 2C1BA 1JAMA 4MNEB 4QTEA 5B7VA 4M97A 3WI6A 1G3NA 4FIGA 3FWQA 3V5LA 2IO6A 3D83A 5EOBA 4E4XA 1WBWA 2R3RA 4GSBA 5CT0A 4BDCA 4FV5A 3TZ8A 4JL9A 5BPYA 3UG2A 4I0TA 4J99A 2VTTA 5J5TA 3WZJA 3DDPA 4J98A 4EHGA 3PWYA 1ZYJA 3L1SA 2WXVA 2OG8A 4G5PA 2V55A 1R1WA 4YC3A 3IK3A 2X6DA 4D4RA 2OWBA 4EOLA 4EORA 2J5FA 2YM8A 4K77A 5CAPA 4RFMA 1OIQA 1R39A 3PP0A 3VBWA 4WKQA 4ALUA 2YZLA 4W8DA 1ZY4A 4EKKA 2DYLA 2IZSA 3R28A 3WZEA 4BZNA 5KMKA 1MRVA 3NPCA 4F1OA 3GQIA 3MFSA 4RA4A 4BN1A 4USEA 4ANSA 3SRVA 3DBCA 2O5KA 4O81A 5FUTA 4GT4A 3NS9A 2RFEA 3K3IA 4C57A 1CKJA 5KCVA 1CMKE 5L4QA 4JBQA 4X21A 3EN9A 2ITZA 4J53A 4PDOA 4ZTRA 5I3RA 4Z55A 3MVHA 5HI2A 4QT1A 2WQBA 4MXXA 2H9VA 4EH5A 2GSFA 5IA2A 4EHZA 4IE9A 2JAVA 5IPJA 4JLCA 4E26A 3TT0A 4L52A 5HLNA 5CQWA 2X2MA 4QQ5A 3BGPA 4IWDA 5AR2A 3CGFA 5HVYA 4MAOA 1PRYA 5F94A 4HGSA 3RK7A 4R3RA 5D7AA 1URWA 1PXIA 2YN8A 4R1VA 1O6LA 4UEUA 3BLQA 3C9WA 1OIYA 2ZMCA 3H30A 1SVHA 2I0YA 3IW4A 1EH4A 3TZ9A 4PUZA 4WIHA 3SXSA 2VTMA 5HCXA 4UMRA 4FSRA 4CZUA 5EYDA 4EOOA 3A60A 5LVOA 3G90X 1KE8A 3TNQB 4ACCA 4O7LA 3JR1A 4CNHA 5M08A 1JQHA 1XBBA 4CFFA 2Z7LA 4GCJA 3K2LA 4XG7A 3U54A 2F49A 1M2PA 1QPDA 4LI5A 4F6SA 4AGCA 4E4LA 4PP9A 3QL8A 1PXKA 4PMMA 3OWLA 5JFSA 1LEWA 5T68A 4FL1A 4FV9A 3AMAA 3BHYA 1V0OA 3E3PA 2BTSA 3LQ5A 3WZKA 4C4JA 4C3RA 4BY9E 3ORNA 2X8EA 4Q9SA 5E90A 3UVQA 1M7NA 4ITHA 3SGCA 3H4JA 2BAJA 2W9FB 3LCTA 2QOCA 3G6GA 3L8SA 3R01A 4UMUA 5DYJA 3ZTXA 2E9PA 5HE2A 4DLJA 3I1AA 4ZLOA 3QC4A 3DCVA 4O6LA 4CTBA 4PNIA 3P08A 3I0OA 3SC1A 4IX4A 4F7SA 2P33A 3TNIA 3DOGA 3GQLA 3VW6A 2JAMA 1OL5A 3DXQA 3HEGA 3MS9A 1HCLA 2BRMA 5A6OA 1UVRA 4FZ6A 4PY1A 4RIWA 1Q8TA 5FXRA 4XCUA 1GZKA 2Z7RA 5E8WA 3UYTA 4O0XA 3ZONA 3P4KA 5D12A 2QOBA 5C03A 2JFLA 3NUNA 4FGRA 5DR2A 3VAPA 5KZIA 3CSVA 5BNJA 2WIPA 3HAMA 5AFVA 1M52A 2XA4A 4MNFA 4DEIA 2BTRA 5M4UA 3O17A 2BRGA 2C3LA 1REJA 2H8HA 3CJFA 3P0MA 4NTSA 5JGBA 2J4ZA 4BCKA 4JX3A 4YTCA 4Z9LA 3DAKA 1ZXEA 1UWJA 2GNJA 2BCJA 4K8AA 4QMSA 4NZWB 4IB0A 1YOLA 3W16A 3ORXA 4FL3A 2KULA 3FUPA 3RWPA 3QALE 3NW7A 3TN8A 5IH5A 3LFQA 2R2PA 2PZIA 5CANA 4AOTA 4CFUA 4L01A 1KUTA 4TY1A 1AD5A 1F5QA 3ZO3A 4L46A 2XK8A 3C4FA 3OD6X 3R7OA 2VO3A 1PKDA 4FIIA 3AC5A 3SVVA 3P5KA 3HUCA 2VWXA 4IAYA 5EI2A 1NT2A 4TNDA 3RM7A 3AGLA 4JG6A 3IOPA 3ZEPA 4D4SA 5HTCA 4H58A 2YABA 4OTDA 4RZVA 3SDJA 5LXMA 5TT7A 1OECA 1WVXA 3H0ZA 2X1NA 2Z7SA 2BZIB 2C6KA 3NRMA 1O6YA 4O91A 2YM5A 3BEAA 3HLLA 5TOZA 3W18A 2Y4IC 4OTGA 4PPCA 1YWVA 4YZDA 3GB2A 5IZFA 3ZLXA 4XMOA 5AP3A 3HECA 3R7IA 4UX9A 3DT1A 3D15A 4U81A 4GJ3A 4BKYA 5JRSA 2ETRA 4M7IA 2OH4A 4B8LA 1OUKA 3VUMA 2YHVA 3IG7A 3ENMA 4C2VA 4TWPA 4DG0E 3BKBA 2UZLA 2VWUA 2VZ6A 2IPXA 3HMPA 2R64A 2JDSA 4LRJA 3KRJA 4MQ2A 4WUAA 3HVCA 2GFCA 3EFLA 1VR2A 3QRIA 4FSWA 5TKDA 2ITYA 2CSNA 3GBZA 2X8DA 3HP2A 4YZMA 4O6EA 4LG4A 2GPHA 3WYXA 5HU3A 3UIBA 4F6WA 2YISA 4QYFA 4JG7A 3KXNA 4XV2A 3O23A 4BKJA 1U59A 2JLDA 1JKLA 4QP9A 4UWYA 3HMMA 4APPA 2IG7A 5FEDA 2R3HA 1F3MC 3BQRA 2BRHA 3ZOSA 5F4NA 2C3IB 4XBUA 5I9XA 2R3IA 1GZ8A 5FP5A 3N4TA 3LXLA 3TV6A 5CF4A 2XIYA 3P78A 4M69B 4BL1A 3TZMA 3BU6A 3ZHPC 5FEQA 3D5VA 5JGAA 4I6FA 4EJNA 3RM6A 3E8EA 1B6CB 4BCGA 4RIXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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