3VBVA

Exploitation of hydrogen bonding constraints and flat hydrophobic energy landscapes in pim-1 kinase needle screening and inhibitor design
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
271
structure length
268
Chain Sequence
ESQYQVGPLLGSGGFGSVYSGIRVSDNLPVAIKHVEKDRISDWGELTRVPMEVVLLKKVSSGFSGVIRLLDWFERPDSFVLILERPEPVQDLFDFITERGALQEELARSFFWQVLEAVRHCHNCGVLHRDIKDENILIDLNRGELKLIDFGSGALLKDTVYTDFDGTRVYSPPEWIRYHRYHGRSAAVWSLGILLYDMVCGDIPFEHDEEIIRGQVFFRQRVSSECQHLIRWCLALRPSDRPTFEEIQNHPWMQDVLLPQETAEIHLH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Implications of promiscuous Pim-1 kinase fragment inhibitor hydrophobic interactions for fragment-based drug design.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase pim-1
total genus 81
structure length 268
sequence length 271
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-01-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3vbvA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3vbvA01
3LQ3A 2E9PA 3QHWA 5LMKA 2J5EA 3QCYA 4IADA 4D4VA 2WTKC 5B7VA 3RINA 3HRCA 4TYHA 2VTOA 4XRJA 4EBWA 3ORXA 2ZMDA 3OW3A 2VN9A 1E1VA 3ETAA 4JX3A 3EN9A 4FZFB 3CCNA 4MYGA 4U41A 5HCZA 1TKIA 2CGXA 3PSBA 4JXFA 5T3QA 4CCUA 4DGMA 5IA3A 5KKRB 1JSUA 2VTAA 4II5A 4EH8A 2C5NA 4MD7E 4IB1A 5C01A 2ZV7A 4BVUA 3KRLA 3UIXA 4Y8DA 1TQMA 3V3VA 1GZNA 1VEBA 2OGVA 3CPBA 5BNJA 3E64A 3D0EA 3LXLA 4C2VA 3SKCA 3Q9ZA 4D9TA 3LFQA 3W18A 2GMXA 3MPAA 4A9RA 2B0QA 2ZYBA 3NUSA 1BKXA 4AZTA 4EHGA 4EOPA 2C0OA 3DLSA 5AV2A 3F3TA 4FMQA 3WZEA 4CQEA 3LLTA 4CQGA 2XEZA 3PWDA 2GHGA 5FEQA 4RIYB 2CNQA 3S95A 3DK6A 1WBOA 1MQBA 1X8BA 3D5XA 4FV5A 4RVTA 5AP2A 3SXSA 5EQEA 3LHJA 3PLSA 4J1RA 3PLAE 3EQPA 3R01A 1V0BA 3ORLA 3PG3A 3IQ7A 2XKCA 3CBLA 5AR4A 4F6WA 2ITXA 3GENA 3T9IA 2GSFA 2RFEA 3BYMA 4OBOA 4QQJA 1H4LA 4AN2A 3RKBA 4K6ZA 5CQWA 1ZLTA 5GZ8A 1HCKA 5BYLA 5ANDA 5E1SA 3R9HA 4DG0E 4PNIA 2ITUA 4EK4A 2JFLA 5CU0A 3M2WA 4FTIA 1JSVA 2HXQA 4FTJA 2PVNA 1UKHA 3D2IA 4GMYA 2YHVA 2XKFA 4H3QA 4YJNA 3BKBA 2PK9A 4IAIA 3FWQA 4JDKA 2FO0A 1Q4LA 3SX9A 4XBRA 5GJFA 2OLCA 4DGGA 5JQ8A 3MTLA 5EM6A 4OAVB 2XK3A 3PVBA 2W1GA 5EHOA 3RNIA 1PYXA 1ZARA 2C6KA 4UMRA 3A7GA 4S33A 3BV2A 4M0ZA 4Q5EA 4WUNA 3OBGA 3DAJA 4HCTA 2CNVA 4KNBA 1U4DA 3S00A 4NSTA 2B55A 4KINA 3ZONA 3AT4A 2VWUA 1SVGA 4CFXA 5L3AA 2ZJWA 2JIIA 4ZSLA 1BI7A 1R39A 2BZJA 4FKPA 5CALA 1SNUA 3SRVA 4QMVA 3ZSIA 4B8LA 2A4LA 3PJ1A 4KABA 4GFGA 3E3BX 3EFJA 3IGGA 2EXCX 2Q83A 2C3LA 3UIBA 4UMTA 4I6BA 2EXMA 1YI3A 3DJ5A 5DYJA 4FYOA 3TI1A 3LVPA 3NUYA 2WTVA 4DG2E 2W1CA 5AUUA 2J0KA 1FGIA 4KS7A 1GIHA 2W4OA 2YDJA 2IG7A 5CNNA 3BLRA 5TKDA 4BFMA 4YO4A 4RJ6A 5CQUA 4GSBA 4AW5A 5AV3A 3FSFA 3A8WA 4AN3A 2BTRA 4RZVA 4NK9A 3V04A 3R30A 3CS9A 3FZ1A 4L8MA 3LCKA 3F5GA 3GU7A 3R8MA 3BHYA 2QOBA 4JAJA 5DRBA 4E6DA 5KNJA 5TT7A 4EUUA 2QHMA 2R3RA 3MV5A 2C6LA 3G33A 3C0HA 4RIXA 3DLZA 4OLIA 4D55A 4DTAA 2PMOX 5J8IA 4QP6A 4CLJA 2UVZA 2BTSA 3AOXA 3OTUA 4MEDA 4QMZA 5JMSA 3OBJA 2PTKA 3SQQA 2C69A 1K9AA 2GHLA 2YIRA 4BDAA 2ZM3A 4X2NA 3R83A 5IEXA 1Q97A 5HO8A 1ZWSA 3PJ3A 3ZC5A 2GHMA 4TN6A 2XKDA 3V5TA 3OCSA 1ZZ2A 2GDOA 3UJGA 3LKMA 3EQBA 5E90A 3UNZA 5CT7A 4KA3A 5TOZA 4ACDA 2OZAB 3CP9A 1Z5MA 4PPCA 4BBMA 4EQCA 1QPCA 1W82A 5HBJA 1AQ1A 3JY9A 1P4OA 2W5AA 2XH5A 3SW7A 3RCDA 4F9AA 4BI1A 3FMMA 3FMDA 4HYUA 4YSMA 2BKZA 1KWPA 3EYGA 5GJDA 2W06A 3LFSA 2Z7QA 3CY3A 4GU6A 2OBJA 1J7IA 3NUUA 3TZ9A 3O50A 1XJDA 2Z7RA 5HE1A 4Y5QA 3H9FA 3EQHA 1OITA 1YDTE 4RX8A 4XOYA 4FSTA 2JKQA 5AP7A 2NNWB 4R77A 3WF9A 3QTXA 5AV0A 3GCSA 5IQEA 2BILB 4IE9A 4NM7A 2QC6A 2PUIA 4M97A 2J9MA 4D2PA 3BGQA 2WO6A 4GT5A 2UW3A 3HECA 3OT3A 5FRIA 5IH6A 4JIAA 3I0OA 3QTZA 4ACGA 1H0VA 2HWPA 4DC2A 5GZAA 4IC7A 5E8YA 4GJ2A 2WFYA 2J6MA 3MVLA 1YHSA 2W5BA 3TKHA 3TV6A 3KN5A 4GG7A 4BGQA 2DYLA 4YURA 3W2PA 1H08A 3KVWA 3IECA 5JN2A 5HZNA 2VTLA 5AIKA 3CKWA 4UYNA 3WF6A 5IDNA 2CKOA 2JIVA 4PP7A 4IZYA 5C1QB 5M44A 3TT0A 2XNBA 4ZLZA 1XH9A 4N6ZA 3E62A 2QOHA 4RWLA 5A4TA 3QF9A 3UPZA 3QCQA 3Q4CA 5DT4A 5FG8A 4FTOA 3S2PA 3UNKA 3UC3A 2YCSA 5AR7A 1CMKE 1YKRA 3LW0A 5KZ0A 2ZAZA 3RM6A 3WZUA 4U81A 2UW7A 2XMYA 3OCGA 3KA0A 3LQ8A 3O7LD 4DFXE 1W83A 1OKYA 2GNHA 4FIEA 4YHFA 4BC6A 4BKZA 1YI6A 2UV2A 2R3GA 4BTMA 5IU2A 2YDIA 3JR1A 1H25A 1IA8A 1FPUA 4MNEB 2GNJA 4AQCA 4IC8A 2VTMA 2X81A 3ZTXA 4BCIA 4QMMA 4UEUA 4GT3A 3ANRA 1H00A 3Q2MA 2HOGA 4JNWA 3A8XA 3GI3A 3R7UA 3AMBA 2A2AA 4ORKA 2QODA 4EJ7A 4J99A 4EOKA 2UW8A 3M11A 2XNPA 3F5XA 3UQCA 3EQFA 3QUDA 4R1VA 2UZOA 5F94A 2XJ2A 5HCYA 4USEA 4AGWA 4HPTE 5ETFA 4DGNA 4RJ7A 4XYFA 2VD5A 3IPHA 4H58A 4FV0A 3I7CA 2UW6A 5F95A 3QCXA 2YM7A 2KULA 4FK6A 5J7BA 2B7AA 5JFWA 2Y6OA 4YU2A 4O7YA 4X2JA 3ZFYA 2YACA 4USDA 5EKOA 4FTTA 4DFNA 4GJ3A 2ERZE 4O0WA 1PMVA 2OH4A 4L00A 4QOXA 5HBEA 3VUIA 3OOMA 4IZAA 3BHHA 2OJJA 1U59A 3UVPA 5JRSA 3FPMA 2XIYA 4IAKA 1YOJA 4E1ZA 4PTEA 3FL5A 3I6WA 2BROA 4WNOA 3H30A 4AUAA 2Y6MA 4M13A 1KOAA 4WNKA 4F7SA 2SRCA 4S34A 4WA9A 4ZJIA 4D58A 1Q99A 5HNGA 5K4IA 3KCKA 3RZFA 3FUPA 2BIKB 3I5ZA 3V5QA 4C4GA 2QNJA 4TWCA 2QKWB 1QPEA 3BE9A 4TT7A 4NM3A 3IDBA 3OC1A 5H8GA 4M66A 3G9LX 3C4ZA 5H3QA 2QOOA 4FF8A 3LQ5A 4KBAA 1YW2A 3KEXA 5L2QA 2B9HA 3BRBA 4IBMA 1V0OA 3KMMA 5AAFA 3VBTA 3JS2A 4JG6A 2ZV2A 5BVFA 4L68A 4DITA 3U4WA 4F9CA 3V8TA 4Y46A 2IZTA 3OXZA 4F08A 4XNEA 3PIYA 3UQGA 3EQIA 5AEPA 4O0TA 4BBFA 4M84A 3THBA 3SG8A 4JAIA 4IMYA 4PDOA 1R0EA 4X6RA 4WOVA 5J9LA 3MGYA 4IAFA 4ID7A 1LP4A 4RVMA 3FC2A 2BZHB 2FSMX 2O3PA 4MXYA 4XG7A 4ASZA 1TQPA 2YEXA 3PWYA 2CDZA 4QYFA 4BYJA 3ELJA 4XEYA 3TDWA 2H6DA 2OW3A 2XJ0A 5HCXA 3E8NA 3ERKA 3ZLWA 3EKNA 4YZNA 5AAGA 3FHIA 4UMUA 3ACKA 3F3WA 3NS9A 4W8DA 4KS8A 4IQ6A 3ORMA 3QQJA 4G3GA 4QPAA 4AZVA 4BDBA 4KWPA 4BHZA 4V01A 5I4NA 2CKPA 2ZB1A 4H3PA 2R3PA 2A1AB 2PMIA 3VBXA 3GCQA 1OB3A 1XBBA 3UYTA 3DU8A 4YLLA 3POZA 1M2PA 3FXXA 3OY1A 4USFA 2G15A 3QWKA 4W4YA 3AGLA 4R7IA 1PMNA 2NRYA 2BKKA 1OKWA 4P7EA 2B9IA 1REJA 3TKUA 4BY9E 4CG9A 4ZTNA 4TTHB 3MWUA 4FT3A 4ZSEA 4EORA 3GU4A 3ATTA 4C34A 2XYNA 5GZ9A 1WVYA 3GU5A 4UWYA 2VX0A 3Q2JA 2W05A 3DTCA 1PYEA 3VBWA 4OTDA 4MD9E 3V5LA 4F7NA 2W4JA 3F3UA 3HKOA 3ZRLA 4IJ9A 4X3JA 5EDQA 4B0GA 5I3RA 1VYZA 5BVNA 5CAPA 2XVDA 2VRXA 4WUAA 5CAOA 4MXCA 3O96A 4KUJA 5AUWA 4V05A 2PVHA 2GTNA 5JEBA 1ZAOA 5HG9A 1JPAA 4U6RA 1XQZA 5HD4A 3PA4A 3BEAA 2PE1A 2VU3A 5EM8A 3OOGA 1R0PA 4R8QA 4BDCA 3D5UA 1VZOA 3KK8A 1W7HA 4GUBA 4UZHA 4FNYA 3GFEA 3GT8A 4A06A 4DBNA 4ZTSA 3VUTA 1G8SA 4O2ZA 3FLYA 3PXFA 3QA0A 5D41A 4CNHA 5HU9A 5A46A 4MXZA 4Q9SA 5E8SA 5J95A 2PZPA 4O0SA 4LGGA 3QD2B 4DFLA 2QO7A 3W2QA 3DZOA 3ZC6A 2PYWA 4M14A 3PA3A 5JT2A 4ONAA 4FZAB 4AZWA 4BI0A 2C1BA 3FMLA 5KMIA 4EH6A 4I6FA 2P0CA 3T9TA 4ASXA 4AXAA 3RWPA 3B2WA 4PX6A 1FVTA 3O17A 4IAZA 4AWIA 4BTKA 2WQNA 3DKGA 3W2RA 4AACA 4PWNA 3MH0A 3FI3A 5IMEA 1XH8A 2QOLA 2C6EA 4BDJA 4FEQA 4W8EA 3VS0A 1G3NA 4K8AA 2E9OA 3FKOA 4E6CA 3U87A 3NNVA 3U55A 2F2CB 4FTRA 4U40A 4FIHA 4MBIA 1R3CA 2JKKA 5I9UA 4ANQA 2CSNA 1Q5KA 3UYSA 3VUMA 2HENA 2WMQA 5CF6A 1PJKA 4WSQA 4AA0A 2R2PA 1AD5A 3TZMA 5DMZA 4YMJA 3ATSA 3WF7A 2HCKA 2R4BA 4K1BA 3MYGA 3HLLA 4WO5A 2OU7A 5AIRA 2VTPA 3OWKA 3N9XA 5AR5A 3R7OA 3FY0A 1H1WA 3FEGA 4F63A 2XS0A 5CU4A 5FLFA 5AP3A 5T6KA 2XYUA 2W1ZA 3ZEWA 3EN6A 3OTVA 2HELA 3QAME 1M2RA 4UYAA 4MF1A 5I9WA 4ITIA 4IZ7A 3PVWA 5LVOA 4TWOA 4CFFA 3P79A 4Y72A 5CSXA 4BIBA 4MXXA 5EI6A 4MBJA 4R3PA 3Q9YA 3QX4A 4QYEA 4BDKA 1YWVA 4QP7A 3AQVA 2WELA 4NIFB 3BI6A 3I5NA 5AR3A 2NO3A 4G3CA 5HLNA 1RE8A 4UV0A 4IAAA 4YLKA 1ZOGA 1S9JA 3CQUA 4EHZA 5HX8A 1WCCA 4JBOA 3TIYA 4HW7A 2R3FA 3ULZA 1XR1A 2I7QA 2BAQA 2A0CX 3CY2A 4BBEA 3G15A 4HVHA 3ZLYA 3LZBA 4I5PA 3AMAA 3Q6UA 5FQDC 2RFSA 2XJ1A 3R2BA 3IG7A 5IH5A 2ITQA 4TXCA 3FAAA 4EC9A 5HO7A 3SG9A 5I9XA 1WBSA 3IW6A 3O7LB 1OM1A 3DCVA 3FKNA 3UGCA 2R3JA 4J8NA 3P1AA 2OZOA 2UW0A 3HL7A 5A9UA 4L44A 2JBPA 4QP2A 4XG9A 4XS2A 3ZFXA 4D4RA 3D4QA 4K33A 3G6GA 2VZ6A 3UBDA 4FKIA 3UMWA 5BMSA 2YERA 3GU6A 2PE2A 3LFNA 4ITJA 2WGJA 2B54A 4X7QA 4ZK5A 4GYIA 3C1XA 3QD3A 4K18A 2F7XE 3TNQB 2JDTA 3MB6A 5IQIA 1PXLA 2QLUA 4CGAA 5BVOA 4C3FA 1CKJA 2RGPA 3FPQA 4K2RA 3UOKA 4GVAA 4K0YA 5KMKA 4O91A 3D2KA 3BEGA 3EN7A 3A2CA 1Q8UA 4Z16A 5AP6A 5K9IA 3IW7A 5LWMA 4PMMA 3EKKA 4UZDA 2EB2A 5IA5A 3ZEPA 5FXRA 5M51A 4MQ1A 1B38A 4D2WA 4X3FB 3Q32A 5FXSA 4O7VA 4ZXTA 4WRGA 3E92A 4E8AA 3VS2A 2UVXA 1PXMA 3IW8A 3CD8A 2ONLA 4B99A 4ITHA 4IWPA 2OJGA 2W0JA 4C4EA 5L4QA 2V0DA 4FTQA 4CLIA 1ZZLA 4KIQA 2XM9A 3NRMA 1CM8A 4G3DA 3DXNA 2C6IA 3R02A 4EH9A 2WQEA 5C9CA 5KCVA 1DS5A 4BB4A 5EFQA 4DH8A 4O0VA 2HWOA 4I6QA 4CFMA 4FV9A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LQ3 A;  2E9P A;  3QHW A;  5LMK A;  2J5E A;  3QCY A;  4IAD A;  4D4V A;  2WTK C;  5B7V A;  3RIN A;  3HRC A;  4TYH A;  2VTO A;  4XRJ A;  4EBW A;  3ORX A;  2ZMD A;  3OW3 A;  2VN9 A;  1E1V A;  3ETA A;  4JX3 A;  3EN9 A;  4FZF B;  3CCN A;  4MYG A;  4U41 A;  5HCZ A;  1TKI A;  2CGX A;  3PSB A;  4JXF A;  5T3Q A;  4CCU A;  4DGM A;  5IA3 A;  5KKR B;  1JSU A;  2VTA A;  4II5 A;  4EH8 A;  2C5N A;  4MD7 E;  4IB1 A;  5C01 A;  2ZV7 A;  4BVU A;  3KRL A;  3UIX A;  4Y8D A;  1TQM A;  3V3V A;  1GZN A;  1VEB A;  2OGV A;  3CPB A;  5BNJ A;  3E64 A;  3D0E A;  3LXL A;  4C2V A;  3SKC A;  3Q9Z A;  4D9T A;  3LFQ A;  3W18 A;  2GMX A;  3MPA A;  4A9R A;  2B0Q A;  2ZYB A;  3NUS A;  1BKX A;  4AZT A;  4EHG A;  4EOP A;  2C0O A;  3DLS A;  5AV2 A;  2AQX A;  3F3T A;  4FMQ A;  3WZE A;  3LLT A;  4CQG A;  2XEZ A;  3PWD A;  2GHG A;  5FEQ A;  4RIY B;  2CNQ A;  3S95 A;  3DK6 A;  1WBO A;  1MQB A;  1X8B A;  3D5X A;  4FV5 A;  4RVT A;  5AP2 A;  3SXS A;  5EQE A;  3LHJ A;  3PLS A;  4J1R A;  3PLA E;  3EQP A;  3R01 A;  1V0B A;  3ORL A;  3PG3 A; 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