3VHKA

Crystal structure of the vegfr2 kinase domain in complex with a back pocket binder
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
355
structure length
297
Chain Sequence
DEHCERLPYDASKWEFPRDRLKLGKPLGRGAFGQVIEADAFGIDKTATCRTVAVKMLKEGATHSEHRALMSELKILIHIGHHLNVVNLLGACTKPGGPLMVIVEFCKFGNLSTYLRSKRNEFVPYKYKDFLTLEHLICYSFQVAKGMEFLASRKCIHRDLAARNILLSEKNVVKICDFGLARDIYKDPDYVRKARLPLKWMAPETIFDRVYTIQSDVWSFGVLLWEIFSLGASPYPGVKIDEEFCRRLKEGTRMRAPDYTTPEMYQTMLDCWHGEPSQRPTFSELVEHLGNLLQANA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Back-to-Front Fragment-Based Drug Design Search Strategy Targeting the DFG-Out Pocket of Protein Tyrosine Kinases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Vascular endothelial growth factor receptor 2
total genus 93
structure length 297
sequence length 355
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2011-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 3vhkA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 3vhkA01
4HOKA 1XQZA 3UNZA 5M4CA 2GS2A 3H3CA 2G1TA 4X3FC 3BHUA 4LL5A 4HYSA 4PUZA 5EM7A 4AZVA 4O1OA 5DN3A 2PE1A 3WILA 2HOGA 3Q9YA 4BN1A 4F0GA 3QQKA 4FG7A 4YO6A 1OIUA 4ANLA 3CPBA 3SRVB 4AXAA 4CLIA 4V0GA 1LR4A 2HZIA 2F2UA 4A4OA 3JY0A 1V0OA 2V7OA 3ACKA 4N6ZA 4EHVA 2YLFA 4DFXE 4NYEA 3NDMA 3NW6A 4QQJA 3L8XA 5C9CA 3WIGA 3QX2A 4WUAA 4BWXA 3BHTA 3BU6A 3L9MA 5M55A 2BFXA 4NU1A 5FTGA 4NW6A 2YM3A 3GU5A 3U4WA 3OUKA 5IUIA 2Z8CA 2ERKA 3D4QA 3QLGA 5K3YA 4Y95A 3LCOA 4U42A 4C02A 2XBAA 3TNPC 3IGOA 4J98A 3LM0A 4FNYA 4TN6A 3RPYA 4IAKA 1FQ1B 3KU2A 4I41A 4D2SA 5H8EA 4DHFA 4HNFA 1UWHA 2ZVAA 3NAXA 3KXZA 2J6MA 2CMWA 5J7BA 2HZ0A 3PE1A 2PZYA 4G3CA 4AOJA 4FSQA 3NVMB 4CRLA 3LKMA 1U54A 4M97A 2ZJWA 3RAHA 4PP7A 5HQ0A 4GKIA 2PSQA 4O6LA 5IUHA 4ZIMA 2X6DA 4NIFB 4ALWA 2VTOA 5J9YA 3PY3A 3ULIA 2W1FA 2XK6A 4UZHA 3WF5A 3P0MA 5FWKK 5H2UA 1WVWA 3MIYA 4NFMA 3E3BX 2YDKA 4YLJA 5H9BA 4FR4A 4Z9LA 3W10A 3L8VA 4XP2A 1OGUA 2ZDUA 5D7VA 3NNXA 4CZTA 2IZSA 5GZ8A 2W1HA 3ORKA 3ZONA 5CI7A 4C58A 2VWWA 3W2RA 5HO7A 5FLFA 3KL8A 4DFYA 5M4FA 5KMJA 1SMHA 1OI9A 3CQWA 3KN6A 4FG9A 4YZCA 4BCKA 3I5NA 2VWUA 5BVEA 1Y8YA 1M2PA 3COIA 3MGYA 3SX9A 5L6OA 4IHPA 1ZLTA 2G01A 1U4DA 4BCHA 5HORA 2DUVA 3VVHA 3NIZA 1CM8A 4QMLA 1HCKA 3KKVA 4KIKA 2DS1A 2X7GA 4M14A 5HTIA 3LFSA 2VGPA 5AA8A 2I7QA 3OTUA 4IVBA 3VS5A 5DLSA 5L3AA 4E5AX 3NUXA 3PE2A 3DBDA 5EYCA 3TUDA 4N57A 1PXPA 2UW3A 2XNGA 4BI0A 3F7WA 4IM0A 4ERWA 3FYJX 1ZOEA 5JK3A 3TCPA 4AP7A 1U5QA 4BKJA 4KRCA 4CMTA 5EKNA 1O6LA 4IWPA 5J87A 3LQ5A 5L6WL 3G6GA 4DYMA 3EKNA 3N4UA 4ACDA 3HNGA 4FZFB 2UZVA 3HMOA 2UV2A 2VX3A 4Y73A 2Y6OA 5EHLA 4LMUA 3ELJA 5GJFA 2YABA 2R3IA 3SXSA 4FEVA 3WF7A 4M13A 2QO2A 4QMMA 4TTHB 3K54A 1Q4LA 4PWNA 5FEDA 1Q24A 4ZS0A 2JKKA 2QU6A 5AIKA 5C4LA 2W1DA 2PZPA 4W8DA 4EHZA 4OGRA 5BVOA 4WSQA 4WOVA 4DBNA 4EWQA 3GU6A 3BHHA 4FKGA 2RFNA 4EZ7A 5BNJA 2B53A 2YCSA 3IK3A 1PMNA 2O8YA 4R7HA 4MHAA 4CFFA 1PKDA 5HE3A 4F6UA 4GIIA 1NY3A 4J96A 1WBPA 4KABA 3HP5A 2QG7A 2W9FB 5FTOA 4U6RA 2VTPA 1H27A 4G3GA 2W5BA 1MUOA 2GNJA 4AWIA 4C62A 3AD6A 4GVJA 3DY7A 2C5VA 4QP6A 2OLCA 3CS9A 3DA6A 5AA9A 2CJMA 4GMYA 4LOPA 5FP6A 5CYIA 5HLWA 4DGLC 5HNGA 4BDHA 3MSSA 2XNPA 5DR9A 2BKKA 4ZY6A 2BHHA 3OT3A 4I4FA 2XNBA 2JBOA 2BFYA 4D4YA 2B1PA 3HECA 4MBLA 4AT5A 4M67A 2R3LA 4QRCA 3R7UA 3GOPA 2BIYA 5AP7A 3FSFA 5KMIA 4XG4A 4AQCA 2JC6A 5KX8A 3FQEA 2PVFA 3L8SA 1W7HA 4BBFA 3C0IA 2IJMA 5KMNA 4ZMEA 2QU5A 5HE1A 3I4BA 3PSBA 4RA5A 4WSYA 4DC2A 2W1ZA 3VULA 1UU9A 4UEUA 3JXWA 4JJRA 4JBQA 3OEZA 3VN9A 3HL7A 4XG3A 4ASZA 3R1YA 3R30A 3WE8A 3VBVA 1H8FA 2XKCA 1QPEA 5FEEA 2UW7A 1E1VA 1Z5MA 2FO0A 5CY3A 3ZTXA 5M07A 4Q5HA 2QG5A 1DAYA 4G6LA 2F7EE 4FG8A 4JI9A 5F94A 3ZBXA 5DR6A 4FV4A 4S31A 5I3OA 4UWCA 5BYZA 4BDJA 3VHKA 1YDSE 3ID6C 3AMBA 4IZ5A 2JFLA 2QOQA 3AC5A 4IW0A 4MK0A 5FDPA 4AT4A 4A4XA 5GIOE 5L2SA 2QODA 3BRBA 4BVUA 3IECA 3ZFXA 3IOKA 1IRKA 4KIOA 3QKKA 4RX8A 4C38A 4FT7A 2RFEA 2FVDA 4QMVA 1UNGA 3PRFA 5CEMA 1B39A 2YAAA 3G9LX 4X3FB 3TWJA 3U6IA 2XM9A 1P14A 1YI3A 2XNOA 4EOKA 4O22A 4WRSA 5GNKA 3JY9A 3WI6A 4GT5A 4ZSEA 4BKYA 3TV7A 3TEIA 2VTRA 1REKA 1GZOA 4J7BA 3NW5A 2OWBA 2ZOQA 2PULA 3TM0A 2C68A 3MB6A 2WELA 5E90A 5AV2A 4FTMA 4G34A 3MWUA 1IG1A 4EOOA 3ENHA 4DT8A 2H8HA 1LEZA 2HENA 4CEGA 3QU0A 2PVLA 3ZXTA 4Y8DA 4UX9A 4FE2A 4DEIA 4PRJA 3ORNA 5D12A 1Y8GA 2GS6A 4KSQA 4M69B 5CSHA 5EKOA 2FSMX 5LWMA 4H1JA 2OW3A 4MF1A 4BTMA 5H8GA 4O7ZA 4E93A 3SW4A 3GCSA 3NGAA 4I23A 3CEKA 4CFNA 3MV5A 3TXOA 2UW4A 4F63A 4FA2A 5CASA 3LW0A 3ACJA 3ZC6A 2R3KA 3Q9ZA 1YWNA 3R9RA 4DT9A 4EK6A 3MVMA 4UALA 3JS2A 3D5XA 3DKFA 4IX6A 3FMHA 5CS6A 3NNWA 2IO6A 5AM7A 2NNWB 4NCTA 2OJJA 3BGQA 3DXQA 3LOKA 2J90A 4FZ6A 3GXLA 3QLFA 4XEYA 4ZTMA 5KCVA 2FB8A 2VTSA 3W2PA 4GU9A 2WO6A 4FV0A 2CN5A 3V51A 5IEXA 1UVRA 2JD5A 3CGFA 3Q2MA 5HO8A 3UIXA 2UZUE 2F2CB 4IAFA 3EQGA 4RJ8A 5B2KA 3DAJA 3ALOA 3ODZX 2YM8A 3KRJA 4EUTA 3QCSA 5L2TA 3KVWA 3KA0A 1J91A 2QKRA 4TW9A 4O91A 3O50A 2WTDA 2XK8A 4RFMA 3R63A 2XNMA 3KVXA 2CDZA 3NYXA 3RALA 4O2ZA 4EUUA 4XG8A 2W5HA 1BKXA 1UA2A 4I0TA 4JLCA 3LM5A 4WG5A 3FKNA 1QCFA 3POZA 4RIYB 5IU2A 2PVHA 1OL7A 3KXNA 4MXXA 2VX0A 3QQGA 3AT3A 4C34A 4OAVB 1ZYLA 1VR2A 2HY0A 4TWOA 3RCJA 4B9DA 4LGHA 1Y57A 3IDCA 4DCEA 5HHWA 5BUEA 4MX9A 1W0XC 2WMAA 4FI1A 5E8YA 2A27A 4FV3A 4PDSA 4QTBA 2YWPA 4TNBA 5BVWA 3VIDA 5DI1A 2Y6MA 4O82A 4D4SA 3PA4A 3NUPA 2GFSA 4PV0A 3A7FA 3PG3A 4CGAA 2C6TA 4OTDA 3UQGA 3A8WA 2LAVA 2O2UA 4BHZA 2W06A 2WTCA 4AG8A 3OD6X 4BWPA 2YM6A 1KSWA 4FGRA 3QALE 5A4EA 5IQDA 3BCEA 1YXUA 4IFGA 2FH9A 2GNIA 1JWHA 4EOIA 1OIYA 3DJ6A 2YA9A 3RGFA 1CKJA 4DFNA 3HUCA 4NEUA 4QYGA 2G15A 5D7AA 2WXVA 3ZSGA 3PP0A 2R3FA 3AGMA 4M8TA 5HLPA 3QQJA 5AAGA 1PMVA 5TR6A 4EH6A 4EL9A 4DTAA 4NZWB 4YC6A 2UZTA 2VWXA 3IW7A 4TYIA 4AA0A 2YDJA 4RLLA 3Q5ZA 4EYMA 2ZB1A 4F9AA 3R7YA 1KE8A 2XJ0A 3BELA 4YZBA 4F70A 2ZV8A 4F9BA 1M52A 3BX5A 4W8EA 1B6CB 2I1MA 5DFPA 3BV3A 4EORA 2QR7A 1ZZ2A 4BY9E 4EONA 2OIBA 3OW4A 3D7ZA 4MTAA 4PPBA 4ORKA 4USEA 2CKOA 4FSZA 2XIKA 4G17A 1WZYA 5IZFA 3K5UA 2F4JA 2R2PA 4X21A 3R83A 4F7SA 5IA3A 4BB4A 2C0TA 4S2ZA 4K6ZA 4QP9A 4AW2A 1YQJA 4EH4A 5ETCA 1XH9A 3ORMA 3G2FA 4A9SA 4P5QA 3NUNA 3RVGA 4XUFA 1OZ1A 3DK6A 4RZWA 1PXNA 2JDSA 2EXMA 2VTLA 3O2MA 5E8VA 4RVMA 4JBVA 2V7AA 4U0IA 3ETAA 3VBXA 3MESA 2W5AA 4Z3VA 4UYAA 1H4LA 2I0EA 1Q8ZA 3PPJA 5BQ0A 3D15A 3RP9A 3BLRA 2KULA 1UKIA 2PZRA 3A7HA 4LV5A 2OH0E 5AM6A 4PY1A 4PDYA 4AW1A 5IMEA 1REJA 4IIRA 4PPAA 3RK7A 5CWZA 4L42A 4IBMA 2AYPA 3QYZA 2ESMA 5D9HA 5DGZA 4FTOA 5FG8A 3EQDA 1H26A 4N4SA 2E9PA 2WAJA 3DQXA 5EQEA 4ZTSA 2R9SA 4DA5A 4BCMA 3QTQA 4ZTNA 3CD3A 4F4PA 3PVGA 4CV8A 5HO6A 3FZPA 3R22A 3FLZA 4CG8A 5IKWA 2Y4PA 3BHYA 2XMYA 3IW8A 5E8UA 4DFZE 3HV6A 3G90X 4C2VA 2QVSE 4CD0A 4YJUA 3DQWA 2E9VA 3KF4A 3QC4A 4AGCA 3SG8A 2A2AA 3EN5A 2XP2A 1Z57A 3RAIA 3ET7A 4MNFA 1JBPE 3E63A 2IVUA 3DFAA 3OT8A 4UWBA 4B4LA 2IN6A 3CKXA 3VJNA 2IW6A 4C37A 1M17A 4AT3A 4A7CA 2EXEA 2QHNA 4EQUA 2E9NA 1QPDA 5T6KA 4ZY5A 5CF4A 4ZP5A 5FM2A 4FV2A 3OEFX 3AT4A 3C7QA 4GK2A 4FKLA 4RX9A 2G9XA 1GY3A 3A8XA 4O38A 3W16A 2XKDA 3RM7A 3T9TA 2JDVA 3MJ1A 5F1ZA 3LFEA 4GH2A 2BRGA 2WMXA 5TOZA 2EUFB 4U45A 4X2NA 4FV7A 5DPVA 2XIZA 4TYEA 5B2MA 1FBNA 3OHTA 4XV3A 4BIBA 3ZUVA 5HU9A 1YXSA 3TTJA 2DYLA 4XJ0A 4W9WA 3VQUA 2OF2A 2P3GX 5CAOA 4QMZA 2UVXA 2PPQA 4QMXA 2Y4IC 2AC5A 4E4NA 2J5EA 5LMAA 3FPQA 5GZAA 2EVAA 5E8ZA 2BROA 4P2KA 2Y0AA 4AGWA 3NYVA 4DEHA 4LM5A 3BYUA 3C4EA 2W9ZB 2F57A 2UW5A 4YNOA 3F2AA 1H08A 3B2WA 3R6XA 1CMKE 2YCFA 3EKKA 1UU3A 3TTIA 4O96A 2ETRA 4APCA 4GYGA 3PA3A 3LHJA 4MNEA 2JKOA 4FKVA 1UV5A 4U40A 2BTSA 4CKRA 5AAFA 5CALA 3KXGA 5EW8A 4R77A 2JITA 3KREA 3EZRA 2PWLA 2BAKA 4L9IA 4U3YA 5A4LA 2QC6A 2W17A 3VWAA 4UMUA 2O64A 1FOTA 3D9VA 5KBRA 4LV8A 1NVRA 4F7JA 1PF8A 4K2RA 4YC3A 3N4TA 4OTQA 3R9DA 4I5HA 2C30A 4L00A 4USDA 3ZM4A 3R8VA 3SV0A 4RJ6A 1I44A 2VTAA 3R00A 4OBQA 4QMYA 4J1RA 1PXKA 3F61A 4WKQA 3G51A 4DE4A 2YIWA 3PUPA 5EYMA 3HMMA 2BRBA 2YN8A 4I6FA 2WQEA 3S4QA 5HBJA 3HMPA 5HIBA 3TJCA 3UGCA 3HA8A 1KUTA 4UBAA 4BCQA 5ANDA 2BZHB 4D4RA 4OTHA 5M57A 1I09A 4BFMA 3FI2A 1LUFA 2OFUA 1WVYA 3ATSA 3GC0A 4PL3A 3QHRA 3F69A 2VN9A 1M7QA 3UZRA 4IZAA 2GNFA 3BE2A 5BVFA 3KF7A 4GS6A 4II5A 3WZKA 2V5QA 3E64A 3MA6A 3MPMA 5EFQA 5FDXA 1H1WA 2Q0BA 1FGKA 3POOA 5CZHA 3PG1A 3DJ5A 4L52A 3F5XA 3OWJA 5CZIA 5L2IA 4MBIA 3LFDA 4W4VA 4UYNA 5DEYA 2QOOA 4DEGA 3ZDUA 4BKZA 2F9GA 3QAME 3QKLA 2Z2WA 1TVOA 5AP6A 3ZRLA 4FKPA 4FV5A 4O84A 3DU8A 2FA2A 3P1AA 4I6QA 3R7VA 4NM5A 2GHGA 3QD4A 2GDOA 1ZZLA 5GHVA 3B8RA 3CLYA 4C8BA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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