4AGCA

Crystal structure of vegfr2 (juxtamembrane and kinase domains) in complex with axitinib (ag-013736) (n-methyl-2-(3-((e)-2-pyridin-2-yl- vinyl)-1h-indazol-6-ylsulfanyl)-benzamide)
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
318
structure length
304
Chain Sequence
YLSIVMDPDELPLPYDASKWEFPRDRLKLGKPLGRGAFGQVIEADAFGIDKTATCRTVAVKMLKEGATHSEHRALMSELKILIHIGHHLNVVNLLGACTKPGGPLMVIVEFCKFGNLSTYLRSKRNEFVPYYKDFLTLEHLICYSFQVAKGMEFLASRKCIHRDLAARNILLSEKNVVKICDFGLARDIYKDPDYVRKGDARLPLKWMAPETIFDRVYTIQSDVWSFGVLLWEIFSLGASPYPGVKIDEEFCRRLKEGTRMRAPDYTTPEMYQTMLDCWHGEPSQRPTFSELVEHLGNLLQANA
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular Conformations, Interactions, and Properties Associated with Drug Efficiency and Clinical Performance Among Vegfr Tk Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords VASCULAR ENDOTHELIAL GROWTH FACTOR RECEPTOR 2
total genus 100
structure length 304
sequence length 318
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2012-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4agcA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4agcA01
5HG8A 3V51A 3SHEA 3VUGA 2QOBA 2B7AA 3TZMA 1R78A 4GG5A 4V01A 4JBQA 4BTJA 4QO9A 5A14A 4XRLA 5IDPA 3DDQA 2O64A 2JFMA 2ONLC 4FIGA 1YKRA 1K2PA 4ENXA 3FMKA 4BN1A 4II5A 4OBOA 4S32A 1J7UA 5CNNA 5LVOA 1P14A 2A4LA 5ETIA 4JLCA 4E5AX 1PJKA 2WKMA 4J97A 4U43A 3ZFXA 4MXCA 4APCA 4UEUA 4E73A 4D4VA 4PDOA 3U6JA 3ACKA 3CQUA 3GNIB 4JS8A 4X3JA 1IAHA 5DHJA 2BTSA 2PVFA 2WHBA 4M69B 4RIYB 4RX5A 4Y8DA 3HAMA 4PDPA 1AQ1A 2FSOX 3OTVA 2QKWB 4DC2A 4EZ5A 4AAAA 3QZIA 4PTCA 1IA8A 4DH1A 1JQHA 3AC1A 4FC0A 3R04A 3VJOA 4E4MA 4RIXA 4F63A 3BGZA 3D94A 3DGKA 4KINA 4P4CA 4E8AA 4F65A 4IDTA 4D1XA 3FZRA 4P7EA 3RHKA 4CVAA 2VO0A 3LIJA 4GVJA 2IG7A 2IZTA 4WRSA 5H2UA 2Z7SA 4C7TA 4KIQA 5IQBA 3WIGA 5HCZA 2QG5A 4ANSA 1UV5A 2G15A 3GCUA 3Q5IA 3R0TA 3U6HA 1PXPA 4PY1A 4XG6A 4ZLYA 1NT2A 3HV6A 4NJ3A 2OJFE 3DFAA 4I92A 3P23A 3CQWA 3K3JA 5M4UA 4QMSA 4FZFB 4L3PA 1OVEA 4HYIA 3ORTA 5IQFA 3KFAA 4X2KA 3I6WA 3ROCA 4FE2A 4RIOA 3E8DA 3PLAE 3Q6WA 5C8KA 5CSWA 4UB7A 3MY1A 4EYJA 2PMLX 3EQRA 4FV1A 5HQ0A 3KRLA 4LG4A 2E9OA 4RJ6A 3A7IA 3I60A 4GU6A 4IVCA 4JR3A 4R3PA 2UW0A 2Y6OA 1ZMUA 3PZEA 4A7CA 2JDRA 3U4WA 2XP2A 1R39A 3TV6A 1ZY5A 2VX1A 4QP3A 4I6BA 4F9YA 3DAEA 3WE8A 3ZUVA 4I24A 2IPXA 4EHEA 3TDVA 2QOKA 4KUJA 2BZIB 5CWZA 3QX2A 3TDWA 3R9OA 4K6ZA 3FI3A 2HZIA 2Q0BA 3L9MA 4KIKB 4L01A 3ZEWA 2BFYA 4TRLA 4E26A 4IAFA 2PVMA 2BILB 2WQBA 1WBSA 4NW6A 4TWCA 3VVHA 5IA4A 3QXOA 2X7GA 4U44A 3H0YA 2PZYA 3F7WA 3ACJA 5IH6A 3TUDA 5IA2A 3MBLA 1QPDA 2X81A 3MWUA 3EQFA 4OLIA 4BGHA 2JFLA 2RIOA 4RJ4A 2OG8A 4BTKA 2WTVA 3LXPA 5GJDA 3H9RA 4FZDB 2OJIA 3EN7A 4S30A 5AEPA 5AA8A 4M0ZA 1MRVA 4IMYA 3CGFA 3NNUA 4QMVA 4AF3A 4Z55A 2XCKA 1WBOA 4BDFA 3SLSA 4FL1A 4FTLA 4ANQA 1BLXA 3H30A 4OTIA 4LMUA 4CMTA 4UMTA 5FP5A 3W55A 2PMNX 1GZOA 3OD6X 3T8OA 4BCFA 4QQTA 3DJ7A 4G1WA 3UPXA 3CR0A 1Q3DA 2F57A 4U9AA 4D2WA 4IAIA 3PXYA 4FOCA 4MQ2A 1M17A 4F1TA 5H8EA 2H9VA 4FEVA 2BDWA 2W0JA 3R8PA 3P9JA 4JOAA 4FNWA 4FZAB 1TKIA 3E8NA 2WPAA 4FVRA 1M7QA 4LQMA 4WIHA 2GHGA 3OXIA 4AZFA 1NVRA 1M52A 3H10A 3QZHA 4R7BA 4RX7A 4NKAA 2ITZA 3IECA 2P3GX 1SVHA 2R3IA 4DH8A 3QL8A 3I0QA 3VS2A 5FEDA 5TF9A 4CFWA 2OBJA 4FGBA 5EYMA 2R3LA 3NYXA 1GIIA 2BZKB 5AP6A 4I0RA 3RAIA 3RALA 2J9MA 3SG8A 5H9BA 4FTAA 1F5QA 2XMYA 3Q52A 5CZHA 3Q9ZA 2ETMA 1WVYA 2XK9A 3FSFA 3MTFA 2JDVA 2X9FA 4YNOA 5AJQA 2JKQA 2FVDA 3ZM9A 4FSTA 1U5QA 5CX9A 5FTQA 3TZ8A 3ZZEA 4UMRA 1HCLA 5HZNA 3OMVA 4J1RA 4BDKA 5HG7A 4QP7A 2YLFA 4HCVA 3IOKA 5CSPA 4RX8A 4L53A 3C5IA 4IH8A 2BRHA 4J99A 5CENA 5C27A 3QCSA 1JKLA 1OL1A 4AN3A 4AZEA 1YXUA 5JGAA 4O7WA 4P2KA 4ZTSA 3CD8A 3MIAA 3LAUA 1ZXEA 3DKOA 4CLJA 4NK9A 3O50A 4YBJA 3ZZWA 4CZYB 3AOXA 2WOTA 4ZSAA 3NAXA 3GCPA 3L9NA 2QO7A 4FT5A 4ZSGA 2W9FB 2XNPA 2OZAA 1H27A 3V3VA 2O2UA 3EQHA 4RSSA 4ZJVA 4O81A 3QALE 1REJA 2C3KA 2QOCA 4MBIA 2JAMA 3DFCB 5HE2A 3IKAA 4I6FA 4GJ3A 4CV8A 4USEA 3ELJA 4H3BA 4PP9A 3QD2B 3EJ1A 3DOGA 2HELA 4FTMA 4RC4A 2WMSA 3C51A 4C4HA 2I40A 2V55A 3TIYA 2JD5A 2GDOA 4EWHA 5LOHA 4WKQA 3KULA 1H1SA 3UQFA 4LOPA 2Y4IB 5LWMA 4ENYA 4O7LA 3MN3A 3LFAA 3NAYA 4DLJA 4FZ7A 5M53A 5J1VA 5CEQA 4BY9E 2CLQA 3KU2A 3PVUA 3Q4ZA 4YZBA 3BV3A 3MH0A 3R9RA 3ODZX 4AE9A 3RCJA 5IA1A 4WOVA 3HRFA 2QI8A 3ZRKA 4S31A 3GCQA 2GNFA 3HMPA 4BBFA 2JBOA 3QC4A 3AD5A 5J7HA 2VWIA 4IAKA 1PMVA 4Q5HA 2BDFA 2QD9A 5EI2A 4O7SA 2RFEA 4Q5EA 4EOSA 2R64A 5FUTA 3MIYA 4W8EA 3W8QA 4DTKA 3H4JA 3SXSA 1H00A 4N6YA 3UBDA 5KBQA 1UKHA 4I4EA 3VW6A 4BDIA 2UW7A 5E8VA 2Y7JA 3OF0A 3PXKA 4I3ZA 2R3OA 4RJ5A 5EOLA 1LPUA 3QYWA 3ID6C 4X2JA 4A4OA 3FUPA 2IZRA 1Q8UA 3AMBA 3C4FA 3MV5A 3RZBA 4C4FA 3OEZA 3OROA 4U6RA 3FMJA 2HAKA 1FBNA 1DM2A 5JZNA 4D4YA 2CJMA 4LMNA 4JG6A 5JRQA 5CF5A 5EI6A 5M57A 4YURA 3L8XA 1GZ8A 3NNWA 1SVGA 3IW7A 4ZTMA 4FTJA 3OZ6A 5EW8A 3ZOSA 4YJUA 4ERKA 3CGOA 5AUVA 3QUEA 2GU8A 2X1NA 4G5PA 4V0GA 2WQOA 3EQPA 2W17A 2RF9A 2H96A 3UOHA 3ZLWA 4UMUA 5GINE 2X9EA 3RK5A 2C3IB 5JN2A 3D14A 4NTSA 4XS2A 5ANDA 5J5SA 3KVWA 4L45A 3NRMA 3KCFA 4XBUA 3SXRA 1FMKA 2UVYA 4JDJA 1IAJA 1OIRA 4XG3A 1BL6A 4YPDA 3KB7A 2Z7QA 3LJ1A 3KKVA 5LWNA 3TL8A 4ARKA 2PVYA 5EH0A 3R7EA 2BMCA 4FTUA 2DYLA 3CKWA 5LVLA 1YDSE 2XNNA 4EH3A 4DCAA 3BV2A 3KF4A 2UZVA 2NO3A 3E92A 3UTOA 4FT0A 3C5UA 4WA9A 1S9IA 3MY5A 4MBJA 5HIEA 4QMZA 3BQCA 2CGUA 4MEDA 4RJ7A 5D9HA 1YW2A 3VC4A 5BUJA 5IUGA 5K4IA 2B9JA 4FTCA 4XG9A 1PXIA 2JDOA 5HHWA 4FKRA 5FXRA 1PYEA 2WD1A 4GCJA 4H36A 1MRUA 2R3PA 3DTWA 3QA0A 4QYGA 2C47A 4RC3A 4RIWA 4TT7A 5D12A 2EXCX 1QPEA 4F0GA 4XJ0A 3N4UA 1XBCA 3FI4A 2IO6A 3COMA 3DJ5A 4G9CA 3BYMA 5F20A 5K3YA 3ZFYA 5IISA 1TQMA 3ZEPA 1XBBA 3QHRA 3OC1A 4KKGA 4ZSJA 3AG9A 4QT1A 5BVKA 3R6XA 4YZDA 5AUZA 5CVGA 5M09A 5EDPA 2UW4A 1P2AA 1CDKA 3NNXA 3V5WA 4O1PA 4PQNA 4QQCA 1WMKA 1Z5MA 3BU5A 2XKFA 4RPVA 5KMJA 4F1MA 1JBPE 3M11A 1WVWA 3I7CA 4ACMA 2ZYBA 1TQPA 1J3HA 2PTKA 3QKKA 5DNRA 2XK3A 4HJOA 3VF9A 3WE4A 2H6DA 3P7CA 4MNEA 1O9UA 3SQQA 1ZYDA 1I44A 2YM4A 1IA9A 4F4PA 4OTDA 4OR5A 4QMWA 1G3NA 3MFSA 5HCXA 4MXYA 5EYKA 1O6KA 2QU6A 4AT5A 4DTAA 3CE3A 2VD5A 3I5ZA 2DUVA 4QMOA 4QMQA 2ZV2A 5AX3A 3F66A 3PYYA 1W83A 4ID7A 4LUDA 4K0YA 5JGBA 5CLPA 2WZJA 3MB6A 5CQUA 5IQDA 4F1OA 2A0CX 3ORMA 4KRDA 3ERKA 3OOMA 3OXTA 5C03A 3FZSA 3S0OA 5IDNA 3F2NA 3GOKA 4WRGA 4FIEA 1J1BA 2XJ1A 3MH2A 3QRJA 1AGWA 4M69A 3TM0A 3GC9A 1OKZA 2VV9A 3BHVA 4NFNA 4QNYA 4FSNA 5K4JA 1L8TA 3MB7A 4GFMA 4WBBB 2O8YA 4BCPA 2XIRA 3I5NA 3QU0A 5AIRA 4F7JA 4YP8A 3LCKA 4CTCA 3ORIA 4C4GA 4YU2A 4MD8E 5CF6A 1CMKE 5J9ZA 5AR2A 3AC4A 3R9HA 3UO6A 5LQFA 4DEBA 4BZNA 3RMFA 2OKRA 2NP8A 2AC3A 3ETAA 3TACA 5HVYA 3E87A 1VEBA 4JDKA 5KZIA 4W4XA 5L2TA 3OY3A 4EOKA 3FMHA 2OK1A 4PV0A 3BBWA 2CKEA 3F3UA 4U45A 4DITA 4C34A 3P7BA 2V22A 4CFXA 1BI8A 4YJOA 2BRNA 2VTMA 4IAYA 3BWJA 3P86A 3ZO4A 1X8BA 1NA7A 3IS5A 5AR3A 3FHIA 1CSNA 5G6VA 4FX3A 3R21A 2R3NA 2E9PA 4D2PA 2OU7A 3E3BX 4NCTA 1H07A 3KRRA 3FYJX 3PY1A 4DG2E 2UZNA 2DWBA 4MCVA 3PA4A 4FG8A 4FTOA 4R7HA 3WF9A 5E91A 5GIPE 4IWOA 2W1FA 3MJ2A 3O8UA 3HEGA 3ZXZA 2R3MA 2BHHA 4YJNA 2O3PA 2HWOA 3LCSA 1V0BA 1UNGA 2W99B 4BIEA 4F9WA 1OKYA 3FLWA 3LFDA 4B9DA 5IEYA 4RJ3A 5IA3A 4ASXA 1O6YA 2VTTA 3HKOA 4YJRA 2W1ZA 5BMMA 4U97A 3EL8A 2OSCA 3R2BA 3N51A 2HK5A 4MF0A 3TV7A 4EC8A 4PWNA 3VBYA 3SA0A 1YI6A 1WBPA 3D9VA 4NSTA 4C4EA 1SYKA 4PDSA 3TCPA 3U4UA 4C57A 4USFA 3SOAA 3RI1A 3NW7A 4FEXA 4K1BA 4RA4A 5GJFA 3SDJA 2JDTA 5E8SA 5T68A 4BVUA 3G6GA 3IW5A 2ZMDA 2CPKE 1UA2A 3L9LA 4EJ7A 2W06A 1BL7A 4PNKA 3EZVA 3KA0A 3BI6A 2WNTA 3PWDA 4KABA 4QMTA 1JVPP 2DQ7X 4PL4A 5EI8A 4ZEGA 4YZ9A 4CT1A 5KHXA 2CKQA 2QO9A 1JKSA 3HMOA 3GEQA 5I9YA 1W7HA 5BVEA 4D2RA 4IB3A 3PY0A 4O22A 4ZLZA 2VZ6A 3UVQA 4CNHA 2YISA 2PL0A 4DAWA 4F6UA 1M2PA 4DGMA 3FAAA 4D5HA 3PDTA 2FGIA 2R5TA 4GK2A 1JSTA 3UG2A 4FK6A 2J50A 4O0YA 4HNIA 4OTQA 2JIUA 4ZY5A 4NKSA 3CC6A 4ZLOA 3BRBA 3Q4CA 3DLSA 4FNYA 4BZOA 2F2CB 5KE0A 4JBOA 5CVHA 4KSPA 4CXAA 3DBCA 3VULA 3IW4A 3D2IA 1OL6A 2WMQA 3HDMA 4ANBA 1KUTA 2WU7A 4YSJA 5GJGA 4R1YA 5ANGA 4EH7A 3WZJA 3OY1A 2OZAB 5CVFA 2A1AB 2E9NA 2XKEA 4K11A 1HCKA 4I94A 3MFTA 3ENHA 3OCSA 4CQGA 3C7QA 2XK8A 3WZKA 3NW5A 4ONAA 5DRDA 5HNBA 1OL2A 5A4TA 1URWA 3GI3A 4KSQA 4AW2A 4MXZA 5E7RA 3HMIA 3QLFA 3NCGA 1ZMWA 4PL3A 2PVJA 2W1GA 1H25A 2UZUE 2YM7A 3FY0A 2YIQA 3LFFA 3RPYA 2XKCA 4MAOA 4PTEA 3PPKA 4JDIA 2UV2A 4CTBA 2XVDA 5HNGA 2BKKA 4ANLA 3QWKA 2ZB1A 4H3PA 5IKWA 5ETFA 4EQMA 5FBOA 4FF8A 4PTGA 3TZ7A 5CYIA 3VQHA 2Z7LA 3HECA 1E9HA 5HLWA 2FA2A 3F69A 4R77A 2B52A 5E1EA 3IW8A 1PMEA 1OL7A 2UZOA 5CT0A 2XYUA 3KF7A 2UW8A 5LMKA 4YLKA 4ACHA 1WAKA 5IUHA 1NW1A 2F7EE 3TNWA 2C3JA 4LFIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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