4DH8 | Genus

Total Genus 105

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	336
structure length	333
Chain Sequence	VKEFLAKAKEDFLKKWETPSQNTAQLDQFDRIKTLGTGSFGRVMLVKHKESGNHYAMKILDKQKVVKLKQIEHTLNEKRILQAVNFPFLVKLEFSFKDNSNLYMVMEYVAGGEMFSHLRRIGRFEPHARFYAAQIVLTFEYLHSLDLIYRDLKPENLLIDQQGYIQVTDFGFAKRVKGRTWLCGTPEYLAPEIILSKGYNKAVDWWALGVLIYEMAAGYPPFFADQPIQIYEKIVSGKVRFPSHFSSDLKDLLRNLLQVDLTKRFGNLKNGVNDIKNHKWFATTDWIAIYQRKVEAPFIPKFKGPGDTSNFDDYEEEEIRVINEKCGKEFTEF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__878592299253969__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__878592299253969__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4DH8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__878592299253969__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"878592299253969","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4DH8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__878592299253969__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03acdd54a80bf26d36ae36/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03acdd54a80bf26d36ae36/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03acdd54a80bf26d36ae36/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03acdd54a80bf26d36ae36/pdb.gz): 1042 ms

reading 333 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

333 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:332});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Mus musculus
publication title	Low- and room-temperature X-ray structures of protein kinase A ternary complexes shed new light on its activity. pubmed doi rcsb
molecule keywords	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha
total genus	105
structure length	333
sequence length	336
ec nomenclature	ec 2.7.11.11: cAMP-dependent protein kinase.
pdb deposition date	2012-01-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	4dh8A01
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	4dh8A02

4HVGA 5H3QA 3II5A 1GZOA 3EFKA 5F20A 3TIZA 2PZPA 1CKIA 1W84A 3UO6A 5FEDA 4HYIA 3DK7A 2CGUA 4FNWA 3FZSA 4TY1A 4O7SA 4BL1A 3TNQB 4AZFA 5LMBA 1ZAOA 5KKRB 4G6NA 1F5QA 2VTHA 3OEFX 2ZM1A 2XKCA 2UZLA 2C6EA 4Z7GA 4J95A 3V5QA 4D5KA 3NX8A 3VUIA 5AUTA 4DGGA 1PKDA 2G01A 3R63A 3T8OA 4GL9A 4KIPA 4NKAA 5M07A 3G51A 3NMUF 1SM2A 3KXHA 4Z9LA 3TXOA 4CZYB 3UIUA 2XK8A 3IPHA 4KKEA 4ZJJA 4FTNA 4DGNA 5FDPA 1URWA 5CXHA 5IA0A 5J79A 4YTFA 2W5HA 4FVQA 3SA0A 4F7SA 5IQIA 2VZ6A 2J0JA 4UALA 3KULA 3NYOA 3ZLWA 4AGCA 4X7QA 3R9HA 3M42A 4Y72A 2PYWA 2PVNA 2Y4IB 4U43A 3PSDA 3OBJA 3VULA 2BKZA 3ANQA 4G6OA 1FVVA 5L2IA 5IISA 2OIDA 2O8YA 3EQPA 2WGJA 4HVHA 3ZMMA 3E63A 3GCQA 4HNFA 4G5PA 4MYGA 1IAJA 4TTHB 4BRXA 4IWPA 3BEAA 4I20A 4D1XA 5IA3A 4KBCA 2G2FA 4I5CA 2C6DA 3UIMA 3ZO1A 1WBWA 2XNNA 1PMEA 3CPBA 4GW8A 4QP8A 4W8EA 5G6VA 3U4WA 5M4FA 4QQTA 4XMOA 4C33A 4QYYA 3OY3A 4C2WA 3BHVA 5EM5A 1O6YA 1PXLA 5EHOA 4EK8A 4OTWA 2PMOX 2VWZA 2H6DA 3DLZA 3ORPA 4YJPA 5HOAA 4QMYA 2R3MA 4D1ZA 5K5NA 3NUAA 1WBNA 2BCJA 3UO5A 1KE8A 4D2SA 3A8WA 2JDVA 1H00A 5HG7A 5CAUA 3AC3A 3HDMA 4KWPA 4XH6A 4G3DA 3DBQA 4S31A 3D7ZA 2YABA 4IVDA 4V01A 3ZH8A 4ZOGA 4WBOA 3ZRLA 2VNYA 3FXZA 1WZYA 2WNTA 3UJGA 4O0SA 2OXYA 4FV6A 4JR7A 3QZGA 4UBAA 2YZLA 2WTKC 4WBBB 4MXYA 2GPHA 3IW8A 2R3RA 2JIVA 5LMAA 3UZTA 2VUWA 2P2IA 5BNJA 5TT7A 4CTCA 4WRGA 5AIRA 2B54A 4JBOA 2FA2A 4LG4A 4O38A 4OBQA 4W4VA 5DRDA 1Q99A 3RZBA 3O23A 4XOZA 3IOKA 4NZWB 5BUIA 1LEWA 3VS2A 4FV7A 4FTRA 4ENXA 4ZLZA 4O2ZA 2WELA 3WF7A 3EQIA 4TYJA 2JEDA 5I5ZA 5HESA 4ITIA 2XP2A 2VO0A 4CYIA 4L3PA 4MD8E 3UODA 3V8TA 4CRLA 4N57A 3DPKA 4CQEA 3A62A 4RA5A 2I7QA 3G2FA 3KMWA 4GEOA 4A9UA 4FIGA 3QQFA 4QP9A 3A7JA 3LPBA 3FKOA 3AC2A 1Q8TA 3HRFA 5AEPA 5B7VA 4IBMA 3DFCB 2XIYA 3PA5A 4JQ8A 3IW4A 2RG6A 1BX6A 4DAWA 1GZKA 4DT8A 2XVDA 3UIBA 5KO1A 3FMKA 4K1BA 4XG7A 4GCJA 5EG3A 3PE2A 2R3HA 4TXCA 4D2WA 3FMNA 3GGFA 5AP3A 3UYSA 1CM8A 5CSPA 1SVEA 4RJ3A 4I6FA 1YW2A 3VRYA 2R3KA 3VBVA 5HNBA 2E2BA 3LM0A 4XHKB 3DBDA 5HLPA 3ZXTA 4NYEA 5AP4A 3TZMA 2IJMA 1RJBA 2XNGA 3AOXA 3AMBA 4GYIA 3ZSHA 3L8SA 4CTBA 5AAGA 2JKOA 3A2CA 3QCQA 4DEAA 3ZTXA 3R8PA 1PXIA 3DOGA 1MRVA 4I94A 3MY1A 4KNBA 4RIWB 4K2RA 1OMWA 2YHVA 1BI8A 5ANGA 4JJRA 5B2KA 3GC0A 4FVPA 1YWRA 1JKSA 3NNWA 3W2PA 4CV8A 5LWNA 4P2KA 4J71A 5T68A 3ODYX 5FG8A 2GTNA 2J0KA 3TM0A 2XH5A 3QU0A 4RVLA 4NJDA 2IWIA 4ZP5A 4K18A 4IVAA 4YZDA 3RHKA 4G9RA 1PYEA 4U3ZA 4DBXA 2XM8A 4R5YA 3UOHA 3RPVA 4IW0A 4JLCA 4OAUC 1PRYA 4BF2A 4F7LA 4IFGA 4EC8A 5AR3A 3MY0A 4IANA 3VBXA 4PNIA 1YI4A 2I40A 5HKMA 2CNVA 3FI8A 1IASA 4EQCA 2ZJWA 4UWYA 4G3EA 2XYUA 2NRUA 3TV6A 2YM8A 3EHAA 4AW5A 4FEVA 2B9FA 4TPTA 4V0GA 2Z2WA 3M11A 2VN9A 4M0YA 4YTCA 4C7TA 4PDPA 3T3UA 3ZU7A 4R78A 4D0WA 3S4QA 1UU3A 5DE2A 3F3VA 5EM8A 5HX6A 1BLXA 2RFDA 3E8CA 4FF8A 2B9HA 2IW6A 1Z9XA 1UNHA 3EQBA 1U5QA 4O91A 4YC6A 3R9DA 3OC1A 1QPCA 1SNXA 2VGOA 4R7HA 1SVHA 4MD9E 3F6XA 3R7IA 2ZB1A 2ZM3A 5E1SA 5JGDA 2G15A 3OF0A 4PPBA 4E4XA 4A9YA 4QRCA 4BCJA 2PVKA 5H8BA 3HNGA 4ALUA 3PXZA 3VIDA 5D7AA 4AQCA 4K6ZA 4KBAA 4R3PA 4BZNA 5M08A 4WG3A 3ZFYA 3RZFA 3PRFA 4DE4A 4C4HA 3PE1A 1JAMA 4RGJA 2QG5A 5BVEA 4F6WA 4RC4A 4H3PA 2CJMA 4KIOA 1MUOA 4J96A 2VO6A 3F3ZA 3F61A 3VS7A 4FV3A 1P14A 3VUKA 4ZTHA 4FKWA 4YR8A 2H8HA 3EH9A 4FV4A 5CVHA 1M52A 4ANLA 5HCYA 2YCSA 3CTHA 3WF8A 4CD0A 3OXTA 3VW8A 3OHTA 1XBAA 3QYZA 4CNHA 4QQ5A 3SX9A 3FI2A 4EUTA 2YM6A 2OJGA 3NYNA 4BTKA 3WOWA 4IQ6A 2C47A 1U54A 2UVXA 5BUEA 4RZVA 4FZ6A 4J8NA 3B2TA 4DT9A 4UZDA 1PXOA 4FGBA 4QP4A 5BYYA 3PDTA 2PUUA 3GCPA 4CG8A 5LXMA 1OKZA 2Z8CA 1JWHA 4UB7A 3GCVA 2XJ0A 3F2NA 2G2IA 1V1KA 1OITA 1ZYDA 3G0FA 2XJ1A 4I4EA 1PXJA 2ESMA 3P0MA 3NZ0A 4IAAA 2J5EA 4LMNA 4HYUA 4LOQA 3D5XA 4A07A 4E73A 3PXRA 2WMQA 3VUMA 2QO2A 4ZSGA 1OUKA 2B9JA 2YAKA 3QZHA 5IMXA 3MTFA 4M97A 4YJVA 4ZXTA 5HCXA 3GC9A 4FZ7A 3SHEA 5LARA 3VS6A 3D4QA 3AQVA 4L43A 4OT5A 2BR1A 1Y57A 2WU6A 3R1YA 2HIWA 1ZYCA 5FM3A 5GJDA 5HICA 1H1WA 3FPQA 5BUJA 1L3RE 4I41A 4IVCA 5AR5A 3MVHA 3RWPA 4IZ5A 3W18A 1OIUA 1Y6AA 1RW8A 3FMHA 2GNLA 2YCRA 5EHLA 3PJ3A 4GFGA 4L3LA 4YO4A 4OTQA 2C5VA 4L44A 2PVLA 4L01A 4FSQA 4WHZA 4JRVA 4BKZA 3IK3A 4KS8A 4EH8A 4DC2A 4ZY4A 2Q0NA 4FNZA 5KBQA 3HZTA 3MJ2A 3CY3A 2ETRA 4FT0A 3R2YA 4X3JA 2W1CA 1PXKA 1ZOGA 2YN8A 2IPXA 5TKDA 4IAYA 3KK9A 3IG7A 3SKCA 2YISA 4U9AA 3LE6A 3GP0A 5AX3A 5GINE 3MB7A 2OSCA 2JDSA 1OGUA 2B1PA 2VTRA 2E9PA 4FSZA 4BDCA 1YOJA 2WEVA 1JBPE 3FYKX 4FV1A 4CGAA 3OVVA 2YM4A 5AR8A 1MQBA 4IZYA 4RBLA 4ZSJA 3VNTA 3ZFMA 4AZVA 3MIYA 4IAZA 4JVGA 5JEBA 5CEKA 5I9YA 4HNIA 3Q6UA 4BICA 5K4JA 5HQ0A 4C4EA 3HV7A 3SG8A 2ITPA 1LR4A 3MH3A 4I92A 2DS1A 3KA0A 4DH1A 3ATTA 3ENMA 5IPJA 5CEIA 5CYIA 2B53A 4X3FC 2XIRA 4IFCA 2C5YA 5DEYA 4U41A 1H0WA 1R78A 3R8MA 3LAUA 4F9AA 3FUPA 3ZEPA 2CSNA 2VWWA 3O51A 3VS0A 1SVGA 3CIKA 2YIQA 3VF8A 5ETFA 3MPMA 3QALE 3NDMA 3W32A 4ALVA 4XG4A 1Q62A 3COIA 4PDOA 4GIIA 2WFYA 5KHXA 3QXOA 2XB7A 1IA8A 1YHSA 3DQXA 4MXXA 4ZTNA 3DA6A 5BYLA 2HENA 3RALA 4BKYA 4C4IA 4AW1A 4XG6A 2UW7A 3MA6A 2A19B 3L8PA 2X8IA 1BYGA 2YWVA 4LOPA 2J4ZA 3LQ5A 3ZCLA 4AN2A 4DH5A 2O2UA 1ZY5A 2CKQA 3BHYA 5CSWA 4IWDA 4YTIA 3C4FA 5AUXA 5CALA 3UVRA 4ZJIA 5FXSA 1AQ1A 3KMMA 4ITJA 4ANQA 3QRUA 4G16A 3E3BX 3W2QA 4L7SA 4YLKA 2R3JA 4EL9A 1U4DA 4AGWA 5CQUA 4ACCA 2P0CA 3AD4A 4EHZA 1WBTA 3I1AA 4AOJA 3IKAA 4G31A 4OTDA 3R83A 3HMNA 3QRJA 3PWYA 4ZTRA 3ZXZA 2GNJA 3V8SA 4FV9A 4YSMA 3ZLSA 5CSVA 3I5ZA 1V0BA 5E1EA 2BHEA 3H9RA 3CQUA 5JFXA 3VUDA 1CTPE 2X8DA 3GFWA 3ZFXA 1YXSA 3VUHA 4DTKA 3G15A 4FTOA 1K2PA 4I23A 2X81A 1IG1A 3BYOA 5C8NA 3PSCA 4EKKA 2PUNA 1H08A 3BHHA 4XOYA 2QO7A 4BHNA 4DEBA 2O0UA 4Z55A 5FBNC 2Q0BA 3OG7A 2C3KA 5D12A 2UZVA 2VTOA 3ZEWA 1YQJA 2BUJA 2ZB0A 1XQZA 2BRMA 3LFEA 4MX9A 3BE9A 4D2TA 3U8WA 3I79A 4ZMFA 2C6TA 3ODZX 2V5QA 4RLKA 5CU6A 4YJRA 5LCKA 4E4MA 3KRWA 5DMZA 5IH6A 3Q9YA 3DZQA 2PHKA 3R6XA 4RWIA 4UWBA 4EOLA 4O0VA 4WNPA 4FNXA 3QAME 3FL4A 5IH5A 3DAJA 1ZMVA 3ETAA 5ACBC 5AR2A 1AD5A 3GCUA 5TO8A 4KRDA 3ZSIA 5CU4A 4FT3A 4O7ZA 3AC4A 3K3JA 2QOHA 5DHJA 3P23A 1PXMA 3P9JA 4H3BA 4Q9SA 5H2UA 4BI2A 3FKLA 3HRCA 3C50A 4IE9A 4QNAA 4I0TA 3QLGA 4C61A 5CNOA 2W17A 4O2PA 3LLAA 3U6IA 4C57A 2WD1A 4YHJA 5IQEA 1QCFA 2IZTA 4AS0A 4DGLC 5AV0A 3EFWA 5C4KA 1YOLA 3ORTA 4UMTA 5HG9A 5LVMA 2WMSA 3CCNA 4FI1A 2YLEA 4FZDB 2HZ4A 4FKTA 4LM5A 2XS0A 5FGKA 3H30A 1UKIA 4MBLA 5IUIA 3OUNB 2J0LA 5A4QA 4Q2AA 3ZUVA 3PPJA 5DT0A 3OT3A 5HTBA 2PZ5A 5ICPA 4JDIA 2VV9A 3VS5A 5F1ZA 5IDPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4HVG A;  5H3Q A;  3II5 A;  1GZO A;  3EFK A;  5F20 A;  3TIZ A;  2PZP A;  1CKI A;  1W84 A;  3UO6 A;  5FED A;  4JMQ A;  4HYI A;  3DK7 A;  2CGU A;  4FNW A;  3FZS A;  4TY1 A;  4O7S A;  4BL1 A;  3TNQ B;  4AZF A;  5LMB A;  1ZAO A;  5KKR B;  4G6N A;  1F5Q A;  2VTH A;  3OEF X;  2ZM1 A;  2XKC A;  2UZL A;  2C6E A;  4Z7G A;  4J95 A;  3V5Q A;  4D5K A;  3NX8 A;  3VUI A;  5AUT A;  4DGG A;  1PKD A;  2G01 A;  3R63 A;  3T8O A;  4GL9 A;  4KIP A;  4NKA A;  5M07 A;  3G51 A;  3NMU F;  1SM2 A;  3KXH A;  4Z9L A;  3TXO A;  4CZY B;  3UIU A;  2XK8 A;  3IPH A;  4KKE A;  4ZJJ A;  4FTN A;  4DGN A;  5FDP A;  1URW A;  5CXH A;  5IA0 A;  5J79 A;  4YTF A;  2W5H A;  4FVQ A;  3SA0 A;  4F7S A;  5IQI A;  2VZ6 A;  2J0J A;  4UAL A;  3KUL A;  3NYO A;  3ZLW A;  4AGC A;  4X7Q A;  3R9H A;  3M42 A;  4Y72 A;  2PYW A;  2PVN A;  2Y4I B;  4U43 A;  3PSD A;  3OBJ A;  3VUL A;  2BKZ A;  3ANQ A;  4G6O A;  1FVV A;  5L2I A;  5IIS A;  2OID A;  2O8Y A;  3EQP A;  2WGJ A;  4HVH A;  3ZMM A;  3E63 A;  3GCQ A;  4HNF A;  4G5P A;  4MYG A;  1IAJ A;  4TTH B; 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4DH8A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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