4EC9A

Crystal structure of full-length cdk9 in complex with cyclin t
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
321
structure length
306
Chain Sequence
SVECPFCDEVSKYEKLAKIGGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNSQPNRYNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The CDK9 tail determines the reaction pathway of positive transcription elongation factor b.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 9
molecule tags Transferase/protein binding
source organism Homo sapiens
total genus 87
structure length 306
sequence length 321
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2012-03-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4ec9A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4ec9A01
4QTAA 5IA3A 2RGPA 3ZLWA 1BX6A 1CKPA 3OW3A 3TZ8A 1YWNA 3ZRMA 3EN7A 3KF7A 3CD8A 4RX5A 3OTUA 1XH4A 4ZLYA 3MH3A 1O6LA 2UZWE 4O83A 4YMJA 3Q4UA 4RJ4A 4MEDA 3BYVA 4TN6A 4XEYA 2XNPA 4XS2A 3DNDA 4FVRA 1H07A 2EB3A 3QQGA 5AIRA 2HIWA 4FTQA 4FV6A 4M13A 3IW4A 4BIEA 3TUDA 4E26A 2J51A 4NTTA 1GZKA 4OBPA 2W9ZB 4JBQA 2C3IB 1YXTA 4TPTA 2Z7QA 1F3MC 3H30A 1WBTA 3R8VA 5E8WA 4WSQA 5JFSA 4X3JA 3D7TA 3CC6A 1HCLA 3PSDA 3H3CA 4FV5A 4Q2AA 4YZCA 3TTJA 3ID6C 4ZTLA 1OUYA 2OIQA 4IWPA 2B55A 4AN3A 5HNIX 3B8QA 4DCAA 3F2AA 2PSQA 5JEBA 4JDKA 3G51A 5AP6A 2C6KA 4D4RA 2RL5A 4RC2A 4I92A 4O81A 2ITUA 3F88A 2QU6A 3H10A 4FIEA 2HZ4A 3KVXA 4FKOA 4AZSA 4B8LA 1NVSA 3NYXA 3EMGA 3BZ3A 3LXLA 3M42A 2P55A 2GPHA 2BCJA 4IIRA 4LRMA 2W4OA 4O91A 2IVSA 4O2PA 4C4EA 4O82A 1Q3WA 3MIAA 4GU9A 2JAVA 1FQ1B 2QVSE 3EZVA 2WHBA 5A3XA 2VWIA 4O6EA 4TKSA 4I3ZA 5BVNA 4XNEA 2ITTA 3DKCA 3QLFA 4FKVA 2XMYA 5CEPA 4FIFA 2XK9A 1KOBA 1M52A 2Y0AA 3I5NA 4FKLA 4QP4A 4QQ5A 4W8DA 3R8MA 3WYXA 3KGAA 3R00A 4KKHA 3SOCA 4HPTE 1H08A 1PMEA 4M14A 2O3PA 3PZHA 4DGGA 4ANMA 4I23A 4ZLZA 5JZJA 3PIZA 1WVXA 2R3GA 4HNIA 4RPVA 4C38A 4AOJA 4ZZOA 3G33A 4FVQA 3FV8A 1RE8A 2CCHA 3QQFA 5A4CA 5M4IA 4JS8A 2I0HA 1REJA 1AGWA 4RX7A 3QZHA 5I9UA 2J5EA 3D2IA 3MPAA 4EH6A 3NWWA 4PL3A 4RVMA 4JT3A 2ONLC 2IVUA 4GK3A 3P1AA 4RWIA 5IQFA 3VRZA 3ZBFA 5JQ8A 3ELJA 5J5SA 3WF6A 2WIPA 3DDPA 3GQIA 4G3FA 1IG1A 2OXXA 5E1EA 5AP7A 4H58A 5HOAA 4OTDA 2C6TA 3C5UA 3PFQA 4L45A 4AGWA 2BIKB 1JNKA 4LYNA 5HVYA 1YW2A 2VAGA 3IECA 1OPLA 5HICA 1UWJA 3VAPA 2XK7A 2J0KA 3FAAA 3KK9A 4RIOA 4AS0A 4EH9A 4I4EA 4ZJVA 3PRFA 1ZOEA 3NYOA 4HCTA 3TJCA 4K1BA 2P2IA 3H9OA 4ZS0A 1XBAA 2YFXA 4OLIA 4FG8A 2OJ9A 4JR3A 3I81A 4QP7A 4RVTA 1W8CA 4O7SA 3P0MA 2WEIA 4IXPA 3BIZA 4MXXA 3V8WA 1U5QA 5FTQA 3V5PA 3AC3A 2R9SA 2X2KA 4M7IA 3ZUUA 3HGKA 2W1ZA 4UXQA 4FTUA 2XF0A 2R3IA 3LMGA 2YDKA 2FH9A 2QC6A 5G1XA 1FMOE 3VJOA 1V1KA 1W98A 3CQUA 3UNKA 4EK4A 2BRNA 2E9PA 4D9UA 2YIQA 4TRLA 3QQLA 4AW1A 4C34A 5I3RA 4H05A 4PP9A 3D7ZA 4O0RA 4DA5A 3FQEA 3EYHA 2VTMA 1OKVA 1DM2A 3ORLA 4FOBA 3KQ7A 4U43A 2QOQA 4I6QA 4ZTRA 2HYYA 3DQWA 4JAJA 2C6DA 1CKJA 3DKOA 2CGXA 2ESMA 4AACA 3W16A 4D2RA 4QTEA 2JDVA 2OK1A 3AC1A 3I1AA 5HBEA 5ACKA 4PF4A 3CBLA 5KKRC 4AU8A 5J9YA 4F6UA 2IW6A 4RIXB 1BKXA 4CTBA 4BL1A 1U5RA 4HZSA 5AP1A 3VQHA 2H8HA 1BI8A 4BR3A 4L7SA 1RJBA 5EM5A 5KNJA 1M7QA 3BLHA 4JRVA 4Y8DA 4II5A 3V04A 2JGZA 1YVJA 3TXOA 4ZSJA 2DYLA 4RFYA 5GZ8A 5K5XA 4TYIA 5EW8A 2HZNA 4DEGA 2AUHA 3CP9A 3PVGA 3IW6A 2P2HA 3CTHA 3MVJA 3GP0A 2XJ2A 3BYOA 3D5UA 3F5GA 5HNBA 2JBOA 3VC4A 3ZXTA 3R1NA 4G2FA 3QRIA 3JPVA 1JSTA 1YDTE 4L8MA 3EZRA 4BTJA 2JC6A 3UG2A 4CKIA 1YHSA 3S2PA 4ZXTA 3KN6A 3SC1A 3TZ7A 5JFWA 4FI1A 1Q8WA 4QMMA 2RFEA 2GTMA 4XRLA 2FSMX 4UEUA 1KUTA 3QUPA 5CYIA 4EH8A 4FIGA 5ANKA 5ANDA 3PDTA 3QF9A 3MIYA 4F7LA 3UOJA 1J1BA 5IEVA 2WTKB 2OG8A 1GZNA 3QRKA 4KRDA 2XRUA 4BDGA 3RAIA 5FQDC 3ROYA 5C27A 4D2TA 3U6HA 4PMMA 4F64A 4ENXA 3MB7A 4O38A 5IH4A 4YLKA 3RWQA 4GK4A 2VWVA 4AF3A 1OIYA 1H1WA 3W2SA 1WZYA 3E87A 3PA5A 3FXWA 1PYXA 3GCSA 4UALA 3S1HA 4KSQA 4KBCA 3PLAE 4O7ZA 4D4SA 5GNKA 5A14A 1Y6BA 1H8FA 3QL8A 4DINA 3EL7A 2JFLA 3FKNA 1H28A 2WMRA 3PPJA 1GJOA 2Q0NA 3NCGA 3BLQA 4X0MA 5E8TA 4PDYA 3VUKA 1DI8A 3LKMA 4YJUA 4DEEA 3FMNA 1RDQE 3BX5A 4J7BA 2W05A 1WVWA 4MBIA 4UWYA 3I6UA 3THBA 3PXQA 1WFCA 3FZOA 2XIZA 4FTOA 2XVDA 4S30A 3OHTA 1JSUA 3MVMA 4ACDA 3NZ0A 2UVZA 5HZNA 2G2IA 3BU3A 5AV3A 2VGPA 3MDYA 4C3FA 5BVEA 4YNOA 1R39A 2ZJWA 4DEHA 4BCGA 4X6QC 5FBOA 3GCQA 3NYVA 2OWBA 1SZMA 5IH5A 4YJOA 2X9EA 5JGDA 2V7OA 5EHLA 5DR6A 2G01A 1EH4A 3TZMA 5D9HA 1H00A 3RM6A 3F2NA 2VX1A 4MBLA 4OTRA 3BU5A 3ZO4A 1PXLA 3IKAA 4HJOA 4FTAA 4KS8A 4R3RA 3LCDA 3Q3BA 4NM7A 4CCUA 1NA7A 4BCPA 4AWIA 4JJRA 2X4ZA 1V0OA 3ORNA 3P79A 3EQCA 4D9TA 2O64A 4AZVA 1Q8UA 4ZK5A 5J1VA 5BVKA 4IAYA 2BHEA 2JKMA 4RQVA 2C0TA 3BHTA 4AW0A 2FB8A 4DAWA 2ONLA 3P9JA 2EXEA 4G1WA 4QTCA 1UKIA 1E9HA 3ORZA 2X8EA 1APME 3EQPA 3FLZA 4MH7A 5CEQA 3U9CA 4BYIA 3MBLA 1M2RA 1WBSA 3QCQA 4JG7A 5HLNA 2E2BA 1JLUE 4N6ZA 3R0TA 4DBNA 1H01A 1WVYA 2R7BA 4XV3A 4FNYA 4HVDA 5D7AA 4GRBA 3ZOSA 1KE8A 2I0VA 4G3DA 5L6WL 3POZA 1UNLA 3NUSA 4B4LA 3EQHA 2BDJA 4RWLA 3G2FA 4KD1A 3W8QA 1K3AA 1W7HA 4DH5A 2J9MA 4PDOA 4HYIA 4X3FA 2BKKA 2Z02A 4WBOA 1IEPA 4U81A 1HOWA 4D2VA 3PPKA 2XYNA 2HW6A 4TYGA 3BRBA 4RWJA 1L8TA 4BCIA 5LMBA 3AC5A 3DAKA 1OIRA 3WZEA 3U4UA 5BUIA 4TWPA 2PWLA 3GFEA 4L7FA 5JH6A 4D58A 2UW9A 2Y9QA 3F69A 4FZ6A 3WF9A 1XR1A 1ZZ2A 5K0KA 5JQ5A 5K4JA 4D5KA 3KRRA 3R8LA 4AP7A 4EZ5A 4NJ3A 2X6EA 3KRXA 5HESA 5TKDA 1JVPP 3RI1A 2WMSA 3D5WA 4PPCA 3LHJA 2WTVA 2PHKA 3HKOA 5FDXA 4LRJA 2W06A 5AX3A 1ZY5A 3MW1A 4C37A 4WKQA 2LAVA 2E9UA 3VUMA 2CMWA 3VULA 4E20A 2VWXA 3F66A 1OVEA 3O17A 3P4KA 2XNEA 4FSRA 3DXPA 5JN2A 3SLSA 4A4XA 3DBEA 5KZ0A 3PXFA 4LGGA 1PF8A 3RCJA 4BTMA 1XH7A 4CLJA 2ZVAA 3HRCA 4LG4A 3C51A 1BI7A 5T68A 2YCSA 4RFMA 3HECA 2VWYA 1OM1A 2B54A 2UZVA 3DKGA 4LL0A 3DXQA 3NIZA 4PDPA 4I5HA 4H39A 4AGCA 4RJ7A 4HVGA 3MH0A 3QUDA 4RA5A 1NVQA 2PUUA 4OW8A 4EBWA 3N4VA 4ITJA 4A9RA 4E1ZA 2OICA 4NCTC 4CT2A 3N4TA 1GIJA 2ITZA 2PPQA 1Q8YA 3QC9A 5M07A 3UYSA 1WBOA 3UGCA 3I6WA 2WTIA 4KSPA 3RAHA 3U54A 2QOBA 4FTRA 3UZPA 3ZO3A 4BDKA 3B2TA 4APCA 3V5JA 5LVOA 4O7WA 2PMOX 4QMLA 4U5JA 2XNMA 3QA8A 3R9DA 2XRWA 4Y5QA 4R78A 3FMDA 2VNYA 3JVRA 2FO0A 3QCYA 4OBOA 3C13A 2XIRA 2GFCA 1E1VA 3IONA 4IH8A 2WTDA 3D7TB 3F5XA 5HKMA 4NH1A 2HW7A 4BWXA 4C3PA 4DCEA 5LJJA 5CU6A 5CEOA 4GT5A 2BTRA 5EYKA 1OPKA 4F4PA 4CT1A 2PZIA 2QOOA 3FL4A 3RHXA 5AADA 4QP2A 1K2PA 2QODA 2BROA 3PJCA 3V5QA 4O7VA 4MXYA 5FXRA 3BGQA 4WT6A 3DY7A 4FK3A 4USDA 2H6DA 3EFLA 3L8PA 2UW0A 5GZAA 2OO8X 1OIQA 3DJ5A 1JOWB 4G3CA 4B0GA 3GI3A 3DB6A 1IRKA 3DOGA 3G5DA 5EOBA 3T9TA 5LCJA 2UW6A 4UYAA 5HO7A 3LFNA 3MJ2A 4N70A 4QOXA 4C4FA 2WB8A 3ZSGA 3BE2A 4JBPA 5AUXA 4ZMEA 3ZFYA 4EOMA 3C4CA 1XWSA 3I7CA 4FSQA 3A7GA 3K2LA 4W4XA 4QMZA 3FLNC 4S33A 4LV8A 4EK3A 2R3NA 3LQ8A 4V05A 5M4FA 3FHIA 2OLCA 1WBWA 3KRWA 4MF1A 4IE9A 4MNEB 3S00A 3LAUA 4E6CA 5E8XA 3SD0A 5EDRA 4QYGA 3MVHA 4XBUA 2PE1A 4ALWA 4TW9A 4NL0A 3VVHA 4HVSA 4QNAA 4IHPA 3CJGA 2WMUA 1JKSA 3PE1A 4GK2A 3SVVA 3TNPC 3BKBA 4BIBA 3Q6WA 1NW1A 2O63A 5DOSA 4B6LA 4KIQA 2XA4A 1GNGA 3TCPA 4OUCA 5LOHA 4BC6A 2YJRA 3Q52A 4FF8A 4R6VA 1XH6A 2XK6A 4RC4A 3NNWA 2JIIA 3RZFA 2JITA 3L8SA 4BGQA 4L44A 4FK6A 1OECA 3CGFA 4L3PA 2PTKA 3KEXA 3TV6A 4CMUA 4K6ZA 3RZBA 4TYEA 4DF3A 5FTGA 2HAKA 3E64A 4RJ3A 3UC4A 2JAMA 2BMCA 4QMVA 2VD5A 1CMKE 2CSNA 3W55A 4Z7HA 3JUHA 4YC3A 3SRVA 4F6SA 4X2JA 3PVBA 2OIDA 4F63A 2ERKA 2IJMA 3Q53A 2ZV8A 1OKWA 3MH2A 4MWIA 4FMQA 1ATPE 2CKEA 4ACCA 4FZ7A 4OR5A 1H1QA 2YWPA 5AAFA 3ULZA 3KVWA 3FE3A 2GNLA 4BCQA 2OJFE 3WOWA 1IA9A 3QKKA 4QMQA 2W5HA 2REIA 3SQQA 5KMMA 4S31A 2C5YA 2E9VA 4CYJA 3BBWA 4NIFA 5CSWA 5AP5A 3UO4A 5A6OA 3SGCA 4Y83A 5IMEA 4IVAA 3KMUA 1UU9A 5IEXA 4W8EA 4Q5HA 4WRGA 2OXYA 1CSNA 4YSMA 2NPQA 3OT8A 3VBQA 3FI8A 1TQIA 4FIIA 3DLSA 1FMKA 3O8TA 5FWKK 4FT0A 3ZEWA 1MRUA 4LUDA 3BYMA 3O96A 3R1SA 3TNQB 3Q6UA 4CNHA 4LOQA 2J7TA 4IZYA 4WO5A 4EZ7A 4AFEA 4BB4A 4HGEA 5IUGA 2BAKA 5BMMA 3HMOA 3A61A 3D5XA 5AUZA 3IGGA 3U6IA 5FEDA 3A4OX 5HI2A 4JL9A 3ACKA 1KE7A 5I4NA 4O7NA 3KXGA 2PK9A 3FBVA 4WG3A 3LQ3A 5FTOA 2JDSA 2P0CA 3HDNA 3HX4A 4MVFA 1OIUA 3GCPA 3HMPA 2AC3A 3NEWA 3OP5A 4G3EA 5D10A 3UP7A 2GS2A 2F7XE 2XEZA 4YJQA 5EM6A 2Y4IC 4UXLA 3W2RA 3QQKA 3GU7A 3LCKA 5D11A 5M53A 5EI6A 4GKIA 2WMAA 3L8XA 4M69A 4PMTA 5FP6A 2ZV7A 4YSJA 2XUUA 4EORA 3UMWA 5A4LA 3ZZEA 2R2PA 4BBMA 3ORIA 4ASEA 4PMPA 4IWQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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