4F0FA

Crystal structure of the roco4 kinase domain bound to appcp from d. discoideum
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
276
structure length
276
Chain Sequence
RLPTLADNEIEYEKQIGKGGFGLVHKGRLVKDKSVVAIKSLILGDSEGETEMIEKFQEFQREVFIMSNLNHPNIVKLYGLMHNPPRMVMEFVPCGDLYHRLLDKAHPIKWSVKLRLMLDIALGIEYMQNQNPPIVHRDLRSPNIFLQSLDENAPVCAKVADFGLSQQSVHSVSGLLGNFQWMAPETIGAEEESYTEKADTYSFAMILYTILTGEGPFDEYSYGKIKFINMIREEGLRPTIPEDCPPRLRNVIELCWSGDPKKRPHFSYIVKELSEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase, signaling protein
source organism Dictyostelium discoideum
publication title Roco kinase structures give insights into the mechanism of Parkinson disease-related leucine-rich-repeat kinase 2 mutations.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase roco4
total genus 80
structure length 276
sequence length 276
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4f0fA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4f0fA01
2C30A 5EYMA 5HOAA 3UYSA 4Z3VA 2BRMA 2VTTA 5M4IA 3ZSHA 4MBIA 2I1MA 1KE8A 5A4LA 3OROA 3W18A 3LOKA 4AZFA 1MP8A 4EOPA 4BDAA 1DAYA 2PSQA 4CMTA 3KK8A 4G6LA 3MBLA 2NP8A 3MPMA 4MX9A 3W32A 1MQ4A 3AMYA 5DRBA 3GOPA 3F82A 3D5VA 4CFFA 4BBEA 4U44A 4I5CA 5AA8A 4FEVA 5AIKA 3PFQA 4DGGA 2PU8A 3GB2A 3LFDA 3MA6A 4DCAA 3D5XA 4X6QC 5DE2A 5TF9A 3RNYA 1H25A 4GU6A 4ZMEA 4FK6A 4KSPA 2V7AA 1WBWA 3QC9A 5HG5A 2BZKB 5IH6A 3COKA 4RZWA 1LEWA 4U0IA 5CAPA 2EXCX 5IA0A 3UC4A 3QTSA 5L8JA 1FVRA 1H0VA 3D9VA 2H6DA 1Y57A 4JNWA 4DFNA 2O64A 3FZRA 3MB6A 4O6EA 4NW6A 1R39A 5ICPA 3V5WA 3IK3A 5E8YA 3IOKA 2O5KA 3OY1A 3KCFA 3MYGA 4XG9A 5JMSA 2XIZA 2QOQA 2VWBA 5K5NA 4GL9A 5FEEA 4O2PA 4WIHA 2PZPA 1EH4A 3ENMA 4GKHA 3PIXA 4N57A 3TDVA 1DS5A 3QCSA 2C3JA 3JVRA 3R1QA 3ATSA 2XJ2A 4IIRA 2P2IA 2ZM3A 4O22A 2SRCA 2HZIA 4Y83A 2YIYA 5DVRA 1XR1A 1Y8YA 3NUPA 4FGBA 5HTCA 1OIQA 2C6LA 2ZDTA 1ZY4A 4D5KA 4S33A 3WF9A 3KF4A 3ZLWA 3UOKA 2IJMA 5HLWA 3AGMA 4QMZA 4TKSA 3PWDA 3PIZA 4WNMA 3FYJX 2H34A 3VJOA 4AA0A 2O2UA 4FT5A 4M0YA 3QXOA 3ZBFA 5LVOA 1J7LA 4D2PA 3D15A 3TT0A 2BTRA 3KXMA 4JIAA 1PXIA 2Y8OA 3IOPA 4HYHA 4MKCA 3O7LB 2ACXA 4FR4A 1SVHA 1S9IA 4EOLA 3R2BA 4USEA 3ZS5A 2UW9A 3MPAA 4LM5A 4FTUA 3D7ZA 3QD4A 4Y46A 4FVRA 4QYHA 4YZ9A 1W98A 3D7TA 3DK6A 1YI4A 3LXKA 4W8DA 3UZPA 4O1PA 2W9FB 4DGNA 3PXZA 4HVGA 4KBCA 1JKKA 4LL5A 4D0WA 2UZDA 4ACGA 4D2VA 4IMYA 4C36A 2LAVA 5CSXA 4PUZA 5JGDA 1P14A 2CMWA 4DEGA 4J98A 3FMHA 2BCJA 2VTSA 4YZCA 4EWHA 4RVKA 4B4LA 4BCQA 4BN1A 3RINA 4DLIA 3OS3A 5JFWA 4NJDA 3TCPA 5KMKA 2WGJA 4LV8A 1ZYCA 3R7VA 2FH9A 1R78A 3UIXA 3ZHPC 4UMRA 5BVFA 4RJ6A 5KMJA 3RHKA 4CFUA 5IDNA 1JQHA 2ITYA 4L68A 4QTEA 1IA8A 1Z5MA 1I44A 4PL5A 4QYEA 2JKMA 2OZAA 5CU2A 2PMOX 4BDIA 1FVVA 2ZV7A 2OF4A 4C33A 4CT1A 3TUBA 3HV5A 1OVEA 2WIHA 4RIWA 2UUEA 4D5HA 3HDNA 1DAWA 4YJRA 3LFEA 3CQEA 3T9IA 4IM2A 3QBNA 3OY3A 4QYYA 4KINA 3BBTB 3AD4A 3BYOA 3EQIA 3P7BA 4AGWA 4EH8A 4EK3A 4IHPA 3LCKA 5AUTA 3LFSA 4TW9A 5DIAA 3PVWA 1GIIA 4XG7A 5C4KA 4IDTA 4EK6A 5FDXA 4M13A 4ACHA 5JKGA 2OFUA 1FQ1B 3VS7A 3G15A 2WAJA 4FL3A 5JQ5A 2J50A 2ESMA 4YHTA 1CTPE 3NSZA 4RT7A 5HVYA 2PWLA 1Q8WA 3BHTA 4FIGA 3TKIA 4A9SA 4DE4A 2P4IA 3R9HA 2QOIA 4H3QA 4ZSJA 4X6RA 1P2AA 1UU7A 1OUKA 1FMKA 5DNRA 4QP1A 5B0XA 5FEDA 4NL0A 4FKJA 2HXLA 2X0GA 2HAKA 2XNOA 3QKKA 5ANGA 4GYIA 2XKEA 4CYIA 3OBGA 4F1TA 5J7BA 3GFWA 3GC0A 1UNGA 4Z16A 3LJ1A 1A06A 4G31A 4HNIA 4JDHA 2V55A 4RVTA 4UWBA 3MH3A 3MTFA 3ZO1A 4MH7A 4IBMA 2CNQA 3F3UA 3DAJA 4OTIA 4RVLA 4BCPA 5EQEA 3QQGA 2QVSE 4O27B 1YOMA 4NH1A 2OJIA 4RPVA 4BDBA 4O82A 4FICA 3W8QA 3ACKA 3A4PA 3BLHA 4K0YA 4JX7A 4RC4A 4YZNA 1FPUA 4FV5A 3CD3A 4QNYA 5CZHA 4BTJA 4QT1A 1I09A 4YTCA 1NVSA 5HX8A 4MD9E 2ITWA 5I9VA 5GZAA 3O2MA 4TTHB 4OUCA 5E90A 2ZVAA 4GFGA 2QO9A 2X39A 2X81A 4PMMA 4QD6A 5DWRA 5CANA 3F61A 2V7OA 3EQBA 5CSWA 5A54A 4LOPA 4EEVA 4AGDA 4USFA 4IZ7A 4NM0A 4FNWA 1YWNA 3L8VA 1W83A 4NM7A 3ZRLA 2UW0A 4M0ZA 4EZ7A 5M56A 5GIOE 5IQBA 4FUXA 4I6BA 5KBQA 5CVGA 3PWYA 3CR0A 3NUUA 3OOMA 4TPTA 4BI0A 5AP0A 4EYMA 3R71A 4C37A 2UW7A 2W4JA 3QKMA 4AN9A 4D2RA 3ANQA 3G90X 4IJPA 5IEVA 4NZWB 3RJCA 2ITVA 4L9IA 2UV2A 5K4JA 3QD2B 5IMEA 1E1XA 3MN3A 5LWNA 1LP4A 5FM3A 5CXHA 5TR6A 4YNEA 3SKCA 4BTKA 5IU2A 3F3ZA 3TV6A 1VYZA 3F3VA 2XF0A 4TNDA 3EWHA 4TT7A 2VX0A 3ZOSA 5J79A 3K54A 4J95A 3ZSIA 3Q9WA 3S0OA 4C59A 3H0YA 3DBDA 3HZTA 4BCIA 4EONA 4K33A 4EH3A 2G2IA 3WYXA 1Q99A 4FODA 1HCKA 4KS7A 4FSRA 2PUIA 4JAJA 5H8BA 2C47A 2XB7A 2YHVA 5A3XA 2R5TA 3TKHA 3GCUA 3JY9A 3BX5A 1ZOHA 4ZSGA 4ZJVA 5KBRA 4ARKA 2OXYA 4QPAA 1ZYLA 4WD5A 3GC9A 4BZOA 2B1PA 3FKNA 2XK9A 1ZZ2A 4G9CA 2ETMA 1DI8A 4ZK5A 5M51A 1YOLA 2UZTA 3FLNC 3AGLA 1YDTE 4X2JA 4IM0A 2A27A 2CKEA 4ID7A 4CLJA 4N4SA 2BRBA 4EHZA 1PJKA 3HDMA 3QCXA 4C4HA 3FDNA 5CF6A 1J91A 3LMHA 3ZYAA 1Q3DA 4ANSA 4U6RA 4O1OA 5T6KA 5EKNA 1E1VA 4YLLA 2JKOA 3RPYA 1GIJA 5CEPA 3RK9A 3FZOA 2WMVA 3L9PA 5CY3A 4G5PA 2VX3A 3OHTA 3A8XA 5ANOA 5GZ9A 4AFEA 1OBDA 2IVVA 4WNPA 3CPCA 3QC4A 4FTRA 1UKIA 4PDOA 5ANKA 5H8GA 4BF2A 3NVMB 4EH7A 2XYNA 4O83A 4PTGA 5CVHA 4R6VA 1APME 3UO5A 5CEOA 3DXNA 4IAFA 4XP0A 5CLPA 4E4NA 5I9UA 4KD1A 5AUWA 5FEQA 3F5GA 3VUKA 3MFSA 3LQ8A 3OBJA 3ORXA 3Q04A 3Q2MA 3RAHA 4W4VA 3R8UA 4APCA 4DFXE 4F1OA 3AOXA 3P23A 2B54A 4FV8A 1XJDA 2OKRA 2OFVA 4WBOA 2RKUA 3BE2A 1LEZA 2ZB0A 3PSBA 4AW5A 1XWSA 5CS6A 3AG9A 2JFLA 4F0GA 2GNJA 3ZLYA 4HVSA 5HX6A 4ZMFA 1Y6AA 2C6TA 1T46A 2RFNA 2BRNA 2YDIA 4FTCA 2VWIA 2QR8A 4ZEGA 4F70A 1B38A 3TG1A 1O9UA 3P78A 5IEYA 4KBAA 3FQSA 2WTKC 3HEGA 3V5JA 3QCQA 2W1CA 4A4XA 4PPAA 2PVLA 3FE3A 3R8PA 2PMLX 4TYIA 4MXYA 2CSNA 1YW2A 2X6EA 3HUBA 3IGGA 3NR9A 3NYXA 3QQKA 4YBJA 3R28A 5G1XA 5HIDA 4BGHA 4DN5A 5IQDA 3U55A 2YCFA 3NAYA 2YIRA 5GJFA 4ZOGA 4MD8E 3CJGA 4FZ6A 5L2WA 2BALA 3C0HA 4ACCA 3BLRA 3ZLXA 2B0QA 3MJ1A 2EXMA 2VRXA 4YJSA 3RAWA 4IFCA 3OOGA 2UZBA 5CAQA 4E5BA 2Y4PA 2E9VA 4O0WA 3KKVA 4XOZA 3MJ2A 5BQ0A 4BDDA 1NXKA 4BGQA 4MWHA 3TJCA 3V6SA 4FC0A 1BYGA 1U5RA 3FY2A 2UW6A 4O0YA 5CASA 3FKLA 4DFZE 2FSLX 4FOCA 2YM3A 3CTQA 2B9FA 3E64A 4RWKA 3WZUA 3HMOA 4BDGA 4DBXA 4NCTA 2HW6A 3COHA 4KSQA 2W99B 1P5EA 4D4RA 2ITPA 3V8WA 4D4VA 4IH8A 2XNEA 3Q96A 3DGKA 4EOQA 3DZOA 3WZKA 2R3GA 5K5XA 3ATTA 3UVRA 2AC3A 3ACJA 3M2WA 3R8VA 5HQ0A 3WYYA 4HPTE 3FZTA 4C35A 3FL4A 2C1BA 1UNHA 2IZSA 3OTVA 2GFSA 5AX9A 4RRVA 5IA5A 4UMPA 3DY7A 2VGPA 3II5A 3GC8A 4E8AA 5JFXA 2WIPA 3DQWA 3QX2A 3CBLA 2E9NA 4ZJIA 4DLJA 1PXKA 4CRLA 3QWJA 2IW9A 3UJGA 3TNQB 5AAGA 4RJ8A 5DEYA 5GINE 4EOKA 2B9IA 2XNMA 3E92A 4XBRA 4YJPA 5BVEA 5E7RA 4BBMA 2PMNX 5EOBA 2C6IA 3EHAA 4DFYA 1R3CA 3DJ7A 4IAZA 4BCKA 4QMVA 3HECA 2X7FA 3IKAA 5ACKA 2J5FA 2GTMA 2QG5A 3RZFA 3OXZA 4BHZA 2GQSA 2RGPA 3HRCA 3ORMA 5AV1A 4FEXA 4NK9A 1H1QA 3QQFA 4N6ZA 3PY1A 5LOHA 1M17A 2IZTA 5JH6A 3RGFA 3UG2A 2Z2WA 2WB8A 3UO6A 2OXXA 4KKGA 1PYXA 4NW5A 2Z7QA 3DAEA 4D2TA 4G17A 4GKIA 2QONA 2W4OA 1T45A 4G5JA 5EM5A 4EHGA 4BIDA 5HTIA 2YJSA 5C26A 1BKXA 4O7TA 3QU0A 5HU3A 1OIUA 4AA5A 4GK4A 3HMPA 4CZUA 4EYJA 1KWPA 1NT2A 3PDTA 1ZAOA 4AN3A 4FTTA 3LQ5A 4CSVA 2XJ0A 4JT3A 1CDKA 3VUDA 1PXNA 3OWPA 4DGLC 2WMXA 5IEXA 3FLWA 1L8TA 1GAGA 4IX5A 5F95A 4GIHA 4FT7A 4L52A 4FSUA 3O0GA 3R8MA 4C02A 4EQCA 5KHWA 4ERWA 5DR6A 4IAIA 2R0UA 4AE9A 4EH6A 4DEAA 3RM7A 5EQPA 5IDPA 2C1AA 3KXZA 3BYSA 4PY1A 3UNKA 1PKGA 2C5VA 4KA3A 1YDSE 4RZVA 3UOHA 3EL8A 4HVIA 5BVOA 5E8SA 4BDFA 4QP8A 2YM6A 3VHEA 2J2IB 2HZ0A 4DG3E 2P2HA 4Q5HA 3G51A 3QZIA 3EOCA 4FKUA 4I93A 4F64A 2OU7A 3ORNA 4UY9A 4AUAA 3IDBA 4YGAA 3SLSA 4L46A 4EWQA 2J7TA 2YAAA 3R21A 5CZIA 5DI1A 3RI1A 2QHMA 5DT3A 4O7YA 5EFQA 4RQVA 2C5XA 3ROYA 3R1SA 3LCSA 4FYNA 4Y72A 3QQJA 1H1WA 2GNIA 3VBQA 1QPDA 3TN8A 1FMOE 3EL7A 2YWVA 2HY0A 3GQLA 3GI3A 5CALA 1UV5A 2O0UA 3A4OX 3FMDA 2PVKA 2GTNA 2XBJA 4ITJA 4LMNA 4YO4A 3BU6A 2C0OA 3MVJA 1B39A 1QL6A 2JDSA 4NFNA 4ZY6A 2EB2A 4QTCA 2JIUA 5I3OA 5M4FA 4FZAB 5J87A 4EHEA 4FIFA 3R04A 2QO7A 3KFAA 3M11A 5L6OA 2CN5A 3VBXA 4OW8A 4UN0C 4U3YA 3R30A 4HNFA 4BZDA 3AC2A 3CIKA 4BB4A 1GZKA 1Q8YA 3W33A 5J95A 3F2AA 4DGOA 2RF9A 4A4OA 4MEDA 4XH6A 3QRUA 5J8IA 4JI9A 4UMUA 3ULZA 3KRJA 4GUBA 1M7QA 2W1ZA 1LR4A 3EFWA 4JDKA 2QU6A 4AWIA 1H27A 5CNNA 5BNJA 4L3PA 4FIJA 2KULA 4MVFA 3ZXTA 4IWOA 4ZTSA 4RQKA 2YM4A 4EC9A 3MH1A 4ZJJA 3CY2A 4OTGA 3TIYA 3KB7A 5KMIA 3BYMA 1YVJA 3FL5A 3R22A 5J5TA 3UBDA 2GQRA 1NA7A 4QMUA 3FZPA 3S1HA 5L8LA 2KTYA 2GQGA 3LLAA 4O7ZA 3A8WA 4FTQA 4H3BA 4GUEA 3KK9A 3R9OA 5M09A 4H39A 4G16A 3R9RA 3UYTA 1IAJA 4QTDA 2H9VA 4DYMA 2IO6A 1ZLTA 4IJ9A 3TWJA 4F7SA 2BR1A 3JPVA 5ETIA 4E5WA 4L8MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2C30 A;  5EYM A;  5HOA A;  3UYS A;  4Z3V A;  2BRM A;  2VTT A;  5M4I A;  3ZSH A;  4MBI A;  2I1M A;  1KE8 A;  5A4L A;  3ORO A;  3W18 A;  3LOK A;  4AZF A;  1MP8 A;  4EOP A;  4BDA A;  1DAY A;  2PSQ A;  4CMT A;  3KK8 A;  4G6L A;  3MBL A;  2NP8 A;  3MPM A;  4MX9 A;  3W32 A;  1MQ4 A;  3AMY A;  5DRB A;  3GOP A;  3F82 A;  3D5V A;  4CFF A;  4BBE A;  4U44 A;  4I5C A;  5AA8 A;  4FEV A;  5AIK A;  3PFQ A;  4DGG A;  2PU8 A;  3GB2 A;  3LFD A;  3MA6 A;  4DCA A;  3D5X A;  4X6Q C;  5DE2 A;  5TF9 A;  3RNY A;  1H25 A;  2X0P A;  4GU6 A;  4ZME A;  4FK6 A;  4KSP A;  2V7A A;  1WBW A;  3QC9 A;  5HG5 A;  2BZK B;  5IH6 A;  3COK A;  4RZW A;  1LEW A;  4U0I A;  5CAP A;  2EXC X;  5IA0 A;  3UC4 A;  3QTS A;  5L8J A;  1FVR A;  1H0V A;  3D9V A;  2H6D A;  1Y57 A;  4JNW A;  4DFN A;  2O64 A;  3FZR A;  3MB6 A;  4O6E A;  4NW6 A;  1R39 A;  5ICP A;  3V5W A;  3IK3 A;  5E8Y A;  3IOK A;  2O5K A;  3OY1 A;  3KCF A;  3MYG A;  4XG9 A;  5JMS A;  2XIZ A;  2QOQ A;  2VWB A;  5K5N A;  4GL9 A;  5FEE A;  4O2P A;  4WIH A;  2PZP A;  1EH4 A;  3ENM A; 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