4F9AA

Human cdc7 kinase in complex with dbf4 and nucleotide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
356
structure length
315
Chain Sequence
GVKKDIEKLYEAVPQLSNVFKIEDKIGEGTFSSVYLATAQLQVGPEEKIALKHLIPTSHPIRIAAELQCLTVAGGQDNVMGVKYCFRKNDHVVIAMPYLEHESFLDILNSLSFQEVREYMLNLFKALKRIHQFGIVHRDVKPSNFLYNRRLKKYALVDFGLAQGTHDTKIELLKFVQSEAQQRAGTPGFRAPEVLTKCPNQTTAIDMWSAGVIFLSLLSGRYPFYKASDDLTALAQIMTIRGSRETIQAAKTFGKSILCSKEVPAQDLRKLCERLRGWNEVPDEAYDLLDKLLDLNPASRITAEEALLHPFFKDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of human CDC7 kinase in complex with its activator DBF4.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell division cycle 7-related protein kinase
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 315
sequence length 356
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4f9aA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4f9aA01
3KXZA 2ZDUA 1QMZA 4DAWA 4F9AA 1PHKA 1ZLTA 3FI2A 4FTTA 2XA4A 3R2BA 3UJGA 4P2KA 4QMMA 3UNZA 3AC1A 3PVGA 3KXNA 3C4XA 3HEGA 2B4SB 4EOSA 3CR0A 2WMUA 2ERZE 4IIRA 4USDA 3A60A 4YBKA 3FMNA 5EI8A 4AGDA 4D1XA 4FKQA 2VTLA 3SRVA 3I79A 4EUUA 5HE3A 3RAIA 4D2SA 2B9IA 2JDSA 3UYTA 2R3OA 3AC4A 2XBJA 3ULIA 3TM0A 3MPAA 3IQ7A 3MY5A 1Q5KA 2Q0NA 4X3FB 3F3VA 4D2RA 3ORMA 4G9CA 4C61A 3U8WA 2BPMA 4KBAA 2UZEA 3ZEPA 4EZ5A 1NT2A 2O63A 2CGXA 1YXUA 3FV8A 1H8FA 3JY9A 3QWJA 4BR3A 3HV4A 3LOKA 4DGGA 3GC9A 4J52A 2R0UA 3SRVB 3FBVA 4RT7A 4GEOA 5DT3A 3TIYA 3HMNA 3NNWA 5HIBA 4Z16A 4FEUA 4DFBA 2R2PA 1IAJA 5KNJA 5H8GA 5IQCA 1WBWA 2IVTA 1M17A 2G15A 4QTAA 5GZ9A 4ZZMA 3ZCLA 4AA0A 3BHYA 1WBNA 4QQTA 3CTJA 2IVVA 1M2QA 1Q8YA 4EQCA 1JVPP 1OIRA 4BDHA 4CRSA 4ZMFA 5FXSA 3EFLA 2CCHA 4LOPA 4BBMA 5BVDA 5JRQA 4EOOA 2HW6A 2PVRA 4F9CA 4HZRA 4MX9A 3KK9A 3PPJA 3KULA 1JSTA 2NNWB 2C6TA 3QAME 3ZRKA 4YURA 2QG7A 2BKKA 2WPAA 2PSQA 3OTVA 3OC1A 3LFSA 3ZUTA 2P3GX 4ANLA 2IW9A 4QT1A 3PP0A 2QO7A 2W4JA 3BE2A 1Z57A 5D7AA 4DGMA 3GGFA 4NJ3A 4EC8A 2B9HA 4L3PA 5BYZA 3POZA 2WTKB 3ZU7A 4OTIA 5AP6A 4JS8A 4D28A 2C47A 3OVVA 4R78A 5IQIA 4BDAA 2ZOQA 2QD9A 4QMTA 1OL7A 5DOSA 3HV7A 3VUHA 1FVRA 1UU7A 2YABA 4E26A 5FTOA 2WQEA 4EOQA 3S4QA 4V04A 4YHJA 4QTDA 5M06A 4L68A 4Z3VA 2CMWA 4JQ7A 4Q2AA 4YSJA 3BLQA 1RQQA 3LZBA 2VWIA 2GNFA 5JFVA 3CLYA 4O0RA 4BCJA 4EHEA 2UW5A 4CV9A 4QTBA 4DTKA 4ZLOA 4GK3A 3QX2A 4XS2A 1BL6A 5J5TA 5CZHA 3V5TA 4DGLC 1YQJA 2E2BA 5L2IA 1ND4A 4OTQA 3BPRA 2VTQA 3P78A 4A9YA 3BEAA 2YERA 2OZOA 1DM2A 2WTCA 3UNKA 4IFGA 3GU7A 2ACXA 2HZ4A 3UPZA 1OBGA 2GHLA 3NW6A 4CRLA 2WU6A 3M1SA 4O7LA 4WG5A 4IWQA 4D0WA 4W4VA 3Q9WA 1TVOA 4XG6A 5KUPA 1HOWA 2VNYA 4CG9A 2BTSA 4HYHA 5F94A 5LWNA 3RGFA 2WD1A 3G6GA 4EL9A 5GZAA 5EHLA 3RM7A 2HW7A 3HV6A 2YN8A 4FVPA 4XX9A 5A4LA 4JAJA 3K3IA 1YWNA 2IW6A 2X8DA 3EMGA 3DBEA 3QL8A 3T3UA 2EB2A 5CF5A 4FNYA 3MA3A 3F5XA 1IR3A 2PU8A 4PF4A 3JVSA 1U59A 2WMRA 2G9XA 3DXNA 3OT3A 4O81A 2HY0A 5E8TA 5KHXA 4MXOA 2PTKA 3HKOA 4XYFA 2BIYA 3IS5A 4GIIA 4TY1A 1UWJA 4MXAA 4ANQA 4DH1A 4O84A 3H9RA 5L6OA 2J6MA 4MH7A 1UKIA 5C4LA 4RJ8A 4O82A 4LRJA 1R1WA 4O83A 4HCTA 1SMHA 3ORPA 2PY3A 2VO6A 3ZTXA 2PVHA 1OITA 2PE2A 1Q97A 4FV6A 5HGIA 5BUEA 3HZTA 4HGLA 2UW3A 4ZMEA 3DFAA 3RPRA 4FV5A 3OS3A 2G2IA 3DT1A 4M68A 5CENA 4BCHA 4E5BA 4JNWA 1NVSA 1OGUA 2XM8A 3R28A 3VF9A 4BBFA 2P55A 4BDFA 4OAVB 4MBJA 4E4MA 3HECA 5HQ0A 2WEVA 1H00A 2YIRA 5FXQA 3RP9A 5DR2A 3MVLA 1BX6A 5IQFA 4MXCA 3PVWA 5IA2A 4AXAA 5A4CA 2R5TA 2H8HA 5C01A 5HIEA 1AGWA 4O86A 4IMYA 4TW9A 4NFMA 4H36A 4F7LA 1OPJA 1OUYA 3PJ8A 1YW2A 4RBLA 4X6QC 3VHKA 4X6RA 3UOHA 1OECA 3B8RA 1OKWA 4ASEA 1UA2A 2ITXA 4H39A 4AGUA 4U7ZA 3F2RA 5E8WA 5KKRC 5TT7A 2WQOA 2WIHA 3WF5A 4JDKA 3ENMA 4ZY5A 4FV9A 2QNJA 4FYOA 3FXWA 2Z02A 5M4FA 3PXQA 3EFJA 4BKZA 4MNEA 4S31A 1J1BA 3LM5A 5L2SA 4BF2A 2XCHA 3LXNA 3U4UA 2OW3A 5AR4A 1BYGA 3OW3A 4JBOA 4ZSAA 4DEDA 3WARA 3UQFA 1Z9XA 3IW6A 2BCJA 4FK3A 1PXLA 3WIGA 3BHHA 4DEEA 5HZNA 4CVAA 5E8XA 4QQCA 4YJOA 2X8EA 3G51A 4DF3A 5CSXA 4HVDA 1SVHA 3MY0A 1W7HA 4CXAA 1OPKA 2YJRA 3NAYA 4YPDA 4LYNA 5FM2A 4IFCA 4MBLA 4QPMA 4F08A 3LMGA 3Q60A 1FBNA 4BYJA 4LMUA 3UE4A 4DFYA 3H4JA 3CD3A 2ZM4A 4OTWA 1PXPA 5CU4A 4IX3A 3SXSA 4RC3A 3D7ZA 4C8BA 3VN9A 5DEYA 3CTQA 4G6OA 4R5SA 3K54A 4ZTSA 4BZOA 2QOQA 3LCOA 4HGTA 4ANNA 4C58A 4FVRA 4PMSA 4BCQA 5L2WA 4ZJVA 3IW4A 3FY0A 3ELJA 2GDOA 3N9XA 4F1OA 3A8XA 4A07A 1ZAOA 3OTUA 2C3KA 3OCTA 3BGQA 2YWPA 3P7CA 2YCRA 3JY0A 4TYEA 3R8UA 3VC4A 4AN2A 4FX3A 5E91A 3R00A 3MPMA 3QF9A 4RIYA 2VTPA 3VIDA 1NVQA 3PFQA 4EK8A 3IONA 3GC8A 3RNYA 4QNYA 4C35A 5JK3A 2GU8A 3NS9A 5F95A 3HVCA 3WF8A 2QHMA 4XLVA 3OZ6A 4OTHA 5HE1A 4FI1A 4BKJA 4EH9A 5IQEA 3ET7A 3U9NA 4F0GA 5LCJA 4U41A 1SVGA 4BTMA 3ZFXA 3GFEA 1YI3A 2XJ0A 3Q9XA 3L9NA 4UMUA 4Y73A 2R3JA 1REKA 3R8ZA 4FV1A 4PDPA 4C38A 2O64A 2VD5A 3F2AA 4L67A 4KKGA 2A27A 4RX5A 3UIUA 3KGAA 3PZEA 2C0IA 4APPA 1G8SA 2FA2A 4LI5A 2YCSA 3U6JA 2XKFA 3ACJA 3DKFA 1ZYCA 3NW5A 4LRMA 4C33A 4NJDA 4QNAA 4F70A 2NPQA 5HNGA 2QLQA 1BMKA 2YFXA 3KMUA 2XCKA 2C6DA 4MXXA 4DBXA 2WQBA 2HENA 2VTAA 3PG3A 3VNTA 3L1SA 4NTTA 2R7IA 4QMQA 3VULA 4U40A 2WTJA 3A4OX 3BWFA 3ZUUA 5E4HA 3ZUVA 4CEGA 3R71A 1U5QA 2CKPA 4AFJA 3R22A 2FSTX 5AAGA 2WZJA 4X2GA 4EBVA 4BBEA 3RPOA 3FE3A 3PXYA 3R30A 2BHEA 4PPCA 3UZPA 5FTGA 3BBWA 5ANOA 5BVNA 3VBTA 3ZDIA 4KBKA 2QOKA 3HDMA 3NYNA 4U6RA 5FWKK 5HBHA 3KL8A 4AZTA 4I20A 3FC2A 4HW7A 4ZSLA 4FZAB 4EH4A 2REIA 5CALA 3H9OA 5HI2A 2J5FA 2YCQA 2XH5A 1L8TA 3A7JA 2GCDA 3ALOA 4O0YA 4CT1A 3HL7A 4O6EA 2C3IB 5L6PA 3BQRA 3R63A 4E93A 4CT2A 3FI4A 1WBPA 4DLJA 3KREA 2P4IA 3QUDA 4YZDA 2QOCA 5AX3A 4O0UA 1KUTA 4CYJA 4KWPA 4UWCA 4YTHA 5LWMA 3I0OA 3QTRA 4RWKA 5JGDA 3D5XA 4A9UA 3O8TA 5IUGA 3EIDA 4ZTHA 2I7QA 2PK9A 5J7BA 3RK5A 4K77A 4FKLA 4CFFA 4XV1A 5HE0A 4M3QA 2W1CA 4O38A 1YWVA 5KZIA 4CMUA 3SAYA 3MI9A 3K2LA 3LM0A 2JFLA 3F6XA 3Q2MA 4IZ5A 4KRCA 4EK5A 2VTJA 1FGKA 3WOWA 3FDNA 3B8QA 4ALUA 1GAGA 1WFCA 1Z5MA 2WU7A 2YCFA 5CWZA 3ZM9A 2YIWA 2OGVA 3MB7A 2BAQA 3R7VA 4J96A 2UUEA 3ZO2A 3TNWA 3GENA 3O50A 3G2FA 2HXQA 5KMOA 1HCKA 4B6LA 3EQIA 1ZWSA 4DH5A 5K4IA 2R3NA 2LGCA 3K3JA 1APME 2BHHA 3QLGA 3R7GA 3Q9YA 4I5CA 3QRJA 4GG5A 4MBIA 3NUPA 1WMKA 1GZOA 2W5HA 2I0HA 2J5EA 4RC2A 4DEIA 4U3ZA 1OL2A 3QKKA 2C6LA 4YC6A 5LVPA 5ANDA 3MDYA 1GZNA 3F2NA 4FG8A 3R9HA 3UP2A 1ZOEA 2EB3A 4FSUA 4FIFA 3NCZA 3EKKA 4FG7A 4PPAA 4RLLA 3D0EA 4BDGA 3BX5A 4YJUA 3NNUA 4AZSA 3MN3A 2V7OA 3RPVA 4UV0A 3R1SA 2J50A 3BYMA 2CGWA 4LGDA 1SYKA 1Q4LA 3W16A 5JT2A 3ZO3A 5FD2A 1UU8A 3QTWA 4A4LA 2X7OA 1YKRA 2X1NA 2CHLA 1H08A 3Q4TA 2JDRA 3QTXA 3I1AA 2RFEA 1VZOA 4KIPA 4IC7A 3HMIA 4RX8A 5TR6A 5AR3A 4QMXA 4U81A 1BUHA 1M2PA 4FT5A 5J87A 1XH7A 2UVYA 3KRJA 3B2WA 3NIEA 3BU5A 3QZGA 4D55A 4I5HA 3OCSA 4BI2A 4DITA 5IG1A 5KHWA 3EHAA 3ZEWA 3EQRA 3DBQA 2CGUA 4I41A 3ZLYA 4EZ3A 2X4ZA 4Q9ZA 1XBAA 3EQBA 2OO8X 3C0GA 2JDTA 1P5EA 3W1FA 3C4ZA 3HUCA 4JDIA 5T3QA 2X9FA 4RVMA 4FA2A 2CSNA 4U80A 4EUTA 2XYNA 2QC6A 4FKUA 2G2FA 3R1NA 2UW9A 3NCGA 1BKXA 4XG7A 3FQEA 5K4JA 4ZS0A 4MF1A 5IA5A 5HO7A 1XH8A 1WBSA 4RPVA 3RMFA 1FMKA 4NZWB 4NW5A 4BICA 5IISA 5D1JA 4KINA 2O2UA 4FKOA 4GUBA 5A4EA 3F7ZA 3R04A 2X81A 3A7IA 2HELA 4RZWA 4AP7A 2PVMA 2PMOX 4PMMA 1G3NA 5M55A 4I5MA 2BAJA 2I0EA 3ZH8A 3R9NA 5AEPA 5EM7A 4L00A 4L45A 4IHPA 4XP2A 2C5VA 2IVSA 3TUDA 4UMPA 4R1VA 4RQVA 2GQRA 4XOYA 3PLAE 4FUYA 5CEKA 3BI6A 2GTMA 1PKDA 3UO6A 1CMKE 2YJSA 4FZ7A 3FEGA 4KUJA 4A7CA 4JQEA 5DN3A 3NAXA 1R3CA 4QMOA 4D1ZA 5AIKA 2R64A 2Z8CA 4KD1A 5I4NA 4DINA 3EYGA 2BVAA 3D83A 4ZK5A 4C02A 3N4TA 4QMWA 3O96A 5AUYA 1XWSA 2HXLA 4BCNA 2R3FA 2EWAA 3BLHA 4BCFA 3QRKA 2H34A 4J71A 4R3RA 2C5OA 4V01A 3ZC6A 3RCDA 4F09A 4MD8E 5CAUA 2AC5A 3FAAA 4MAOA 5EH0A 4F64A 4FTNA 3CY2A 4MTAA 2W1HA 3VW6A 2FO0A 3KVWA 5AR5A 3UQCA 2UZNA 3AG9A 3IO7A 2J0LA 5IF1A 4FEXA 3TXOA 2PL0A 2HZIA 5HU9A 5CSWA 2VU3A 4U9AA 4XV2A 3DCVA 3CGOA 4D9TA 4ITHA 4QRCA 3QU0A 5DRDA 4FT0A 3JR1A 2NRUA 4GKIA 4ALWA 4EOPA 4F7JA 3CD8A 2BMCA 2WMVA 4MEDA 5AJQA 4WNMA 2BZHB 5LXMA 1A48A 2QOLA 4A4OA 2JAMA 3KCFA 4UZHA 4DG2E 4FYNA 4TZRA 4YJPA 3U55A 2QCSA 3VS6A 4H3QA 2JDVA 2W9FB 5CANA 5IQDA 2PZRA 3AGLA 4AE9A 4B8LA 1GZKA 2F2CB 2QONA 4IX6A 2XK3A 4A9RA 4BDJA 2Z7LA 3AC8A 4Z7GA 1QL6A 2A19B 4GK4A 4Y95A 3TKIA 4UMTA 3GEQA 1T45A 2PPQA 3P5KA 5AFVA 2CLQA 4RA5A 2UV2A 2LAVA 1R0EA 4AACA 3FZOA 1W0XC 2VWUA 2IW8A 4L7SA 3QGWA 3O2MA 1JBPE 4DA5A 1H0WA 1Q3WA 4K11A 4PX6A 4XLIA 3R9DA 5CAOA 5M57A 4BB4A 3CP9A 3DZQA 2XK7A 4P5QA 4DCEA 2W1DA 4RX7A 1IG1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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