4F9AA

Human cdc7 kinase in complex with dbf4 and nucleotide
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
356
structure length
315
Chain Sequence
GVKKDIEKLYEAVPQLSNVFKIEDKIGEGTFSSVYLATAQLQVGPEEKIALKHLIPTSHPIRIAAELQCLTVAGGQDNVMGVKYCFRKNDHVVIAMPYLEHESFLDILNSLSFQEVREYMLNLFKALKRIHQFGIVHRDVKPSNFLYNRRLKKYALVDFGLAQGTHDTKIELLKFVQSEAQQRAGTPGFRAPEVLTKCPNQTTAIDMWSAGVIFLSLLSGRYPFYKASDDLTALAQIMTIRGSRETIQAAKTFGKSILCSKEVPAQDLRKLCERLRGWNEVPDEAYDLLDKLLDLNPASRITAEEALLHPFFKDM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of human CDC7 kinase in complex with its activator DBF4.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cell division cycle 7-related protein kinase
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 315
sequence length 356
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4f9aA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4f9aA01
3MY1A 4WSQA 5JGAA 3QUPA 4UMPA 3UO5A 4FTLA 4OTHA 4TW9A 4EBWA 4EHGA 4QPSA 3UMWA 4AA5A 2WTJA 5CNNA 3HUCA 5AIKA 5KBQA 3CTHA 4YTIA 4JAIA 5E1SA 4FUXA 1YQJA 3IOKA 3R1YA 2R0IA 2W9FB 4IDTA 4N6ZA 2HY0A 4NK9A 3PZHA 5FG8A 3IK3A 2QO2A 2YLFA 3CKWA 3OOGA 5DHJA 3FKOA 5M4UA 2C3LA 3QGWA 4CNHA 5C27A 3OF0A 3I0QA 3PY3A 3W33A 3SOCA 3VF9A 3GU5A 3HMIA 3OTVA 5B0XA 2EVAA 3EQHA 2G2FA 3ATSA 4PWNA 3KXZA 4MNFA 4YP8A 2PK9A 4QMZA 4JAJA 4DG2E 2OG8A 4S33A 3U6HA 4ZY4A 5CSVA 5FLFA 3G9NA 3ZSGA 3GP0A 1F0QA 1YHWA 1ZY5A 4IXPA 1U5QA 4AW2A 4ITIA 2QNJA 4YJQA 3QQLA 4ZXTA 4MHAA 4QQCA 4AGDA 2IVVA 4CV8A 1H25A 1V0OA 4CZYB 2W5AA 2WQOA 4J8MA 3HP2A 3FV8A 5DOSA 4QMVA 2P2IA 4JIKA 3PIZA 4I6FA 4U40A 4YJRA 4EHEA 2VGPA 4YLLA 4NTTA 3BX5A 2O2UA 2R3QA 3DOGA 5KKRB 2WIPA 4GK2A 4PDSA 3LIJA 1NVRA 2HY81 3ULZA 4EONA 3VHEA 4OGRA 5CZHA 3WIGA 4ZTNA 4YO4A 1PW2A 3PWYA 3ALOA 4JX7A 2WMXA 1IA9A 3NVMB 5I9YA 1J7LA 2AUHA 3RALA 5D10A 3NNUA 4AZVA 5L3AA 2H8HA 3NAYA 1QPEA 2J5FA 4FTOA 2OI4X 3L8XA 4IAFA 4JDKA 2YERA 4QQJA 4TTHB 4O83A 2F57A 4AOIA 4EI4A 4DFBA 3ZS5A 1WBTA 1JSVA 2G2HA 4FX3A 3E88A 4RFZA 1SMHA 4AFEA 1GIHA 2B9FA 3KCFA 4YJVA 4K0YA 5TF9A 1YW2A 3I7CA 4FTTA 2WTVA 1IEPA 4KBAA 4BL1A 2E9UA 3NUYA 4QP8A 2PZIA 4OR5A 5CS6A 4D2SA 1ZYLA 5M56A 2W7XA 4MF0A 3G6HA 2HW7A 4TYIA 1BMKA 3HVCA 3HV5A 3UPXA 4CFFA 3KVWA 2VO6A 5I5ZA 3GCSA 5EYMA 2UZBA 3BHYA 3GU8A 2BTRA 3NPCA 3MH0A 4U9AA 4PP9A 2OIBA 5J5SA 2R3LA 2QI8A 3LLAA 3AMBA 3BYSA 4EOQA 2BVAA 4Y95A 4FNWA 3ZLSA 1UU8A 2GPHA 4C35A 3E87A 5JQ8A 2QG5A 3W55A 2PHKA 1JKSA 2ZMCA 4NUSA 3ZUVA 4DBXA 2YM5A 2EWAA 3FL4A 2WZJA 1WFCA 4XG9A 2XJ2A 4O0XA 4U8ZA 1CTPE 2OGVA 3K2LA 2J0MB 3LM5A 5LMKA 3F5XA 2AYPA 4O6EA 5M4IA 5EQYA 3EQPA 2WNTA 4O0VA 5M4FA 2VZ6A 2X6DA 2YIXA 4N6YA 5I9ZA 4HJOA 4KBKA 1PRYA 4HCTA 5EQPA 4E4XA 5TE0A 2XIRA 3QF9A 3LW0A 3QXPA 4FKWA 4F7NA 3ATTA 4QMNA 4XG7A 3DLSA 4QNAA 2A27A 3V8SA 2JITA 4JG7A 2WPAA 4UMTA 3BBWA 3NMUF 4P5ZA 4YC8A 3GXLA 4MX9A 5L6PA 2RKUA 5HD7A 4D5KA 1QMZA 2UZLA 5AUUA 2J90A 4RRVA 2JBPA 3TWJA 4UYNA 3MH3A 4R6VA 5KHXA 5C01A 3V5JA 2IVUA 3VS3A 3PZEA 3UDBA 3BEAA 5DVRA 3WYXA 4Q9ZA 5AAEA 5L2WA 3OXZA 2Q0BA 3KN5A 4BTMA 1WVYA 4K9YA 5BQ0A 4BCQA 3MW1A 2Z7SA 4L53A 4Z3VA 3BEGA 5E7RA 1PMVA 2J5EA 4XLVA 5A46A 1H24A 2W17A 3E7VA 3NW7A 4MD9E 4TPTA 3KRWA 3KULB 2BR1A 5GZAA 4CYJA 2XYUA 1WVWA 3GCPA 4XOYA 5CEIA 3IDBA 3EN6A 1YI3A 4ZSJA 4LV8A 5AIRA 5CF4A 5E4HA 4M69B 4CQEA 3OFMA 5AV1A 2F7EE 3LXNA 3P79A 5AJQA 2UZOA 5AWMA 2VWBA 2C6EA 2VWIA 4YTHA 5ETAA 4FSWA 3RAIA 5M57A 4FUYA 4NU1A 3JY0A 4Z9LA 3VVHA 3KULA 4KS8A 4YR8A 3DDQA 3QCQA 2J6MA 3CD3A 3NAXA 3AOXA 3OUNB 3P4KA 1Y57A 3O50A 4FNXA 1U46A 4AFJA 2R3OA 2WTDA 4C38A 2IWIA 5I9VA 2Y6OA 1J91A 5KCVA 3Q5ZA 2OWBA 4O0TA 2RG6A 4C4JA 5F20A 3E8NA 1PJKA 1ZMUA 2ITQA 3DK7A 4KABA 2IVSA 4RT7A 4YZ9A 4YPSA 3F69A 2HXQA 3TZ8A 1PMEA 2QCSA 4MD7E 4F6SA 5CXZA 4N57A 3DFAA 3NR9A 2QOBA 3DK3A 4EEVA 3HAMA 3N4UA 4F7JA 1KE9A 5BUJA 1I09A 4X2FA 5H8GA 4AA4A 2R3NA 4O7RA 4L44A 1OUYA 4XLIA 3Q2MA 4FT3A 5E8UA 5HVKA 2FYSA 3OXTA 3QXOA 3LOKA 4WHZA 2WQEA 4DFZE 5CF6A 3VJNA 3C13A 3W2PA 4FTNA 3F7ZA 5IEVA 3DAJA 5FGKA 5C9CA 3IDCA 3VW8A 2WMTA 5FDPA 3BHTA 4G3CA 3UGCA 2R3GA 4E5WA 5A4CA 2EB3A 5CXHA 5HE2A 5EFQA 4AT5A 4FSNA 2C5OA 2CKEA 2OZAA 1PXNA 2ITZA 4CMOA 3VBQA 5IPJA 2CKQA 5BMSA 4O21A 3QALE 4IJPA 4C33A 2J51A 3LAUA 3UO4A 2UZUE 3KVXA 2WQNA 4NJ3A 4LGGA 5CEKA 2YIQA 1HOWA 1NA7A 2Y9QA 4GIHA 2J2IB 2OK1A 3AGLA 4JQ7A 5CTPA 3QAME 3UC3A 4IFGA 5EM7A 4I6QA 4RVMA 3RPRA 4F0GA 4ZJVA 4UXQA 3BIZA 2XNGA 4BFMA 3TKIA 2C0OA 2XEYA 4EUUA 3FPQA 3G0FA 4C2WA 1ZLTA 3PIXA 4OTQA 4HYHA 4AN2A 4YJTA 3WF6A 4AWIA 2PU8A 4RWKA 5T68A 3WZKA 2VO3A 4RJ4A 4RA5A 3D9VA 3HV3A 1E1VA 4ID7A 4X0MA 5H8BA 3LHJA 3II5A 3PJ3A 4FZ7A 4O1PA 4U7ZA 3ANRA 3OWJA 4YSMA 2BCJA 5DG5A 4EK4A 4OT6A 3I4BA 4B6LA 3F2AA 3FHRA 4AN9A 4I0RA 4GH2A 1YXXA 5DRDA 4O7ZA 2HENA 3ID6C 2PZPA 2YJSA 4F9WA 4IVAA 2VRXA 3FMKA 4EH6A 2C4GA 3HMPA 3IKAA 2JKQA 5HE3A 3CD8A 3MN3A 4QMTA 3RM7A 4FOBA 4FV0A 3RZFA 3PJ8A 5J1VA 3I5ZA 4M14A 4O0UA 4XP0A 5BVWA 4PQNA 4H05A 2XNMA 4RJ7A 4ALVA 4APCA 4ZSGA 2QD9A 4C0TA 5L2IA 5LMAA 2KTYA 1RJBA 4KA3A 3COKA 3LJ1A 3LE6A 3QBNA 4BVUA 4MBLA 3PA3A 5ANJA 4DGGA 2WEIA 5EOBA 1JVPP 2OF4A 2HCKA 4BC6A 2NNWB 4C3RA 3BKBA 4GYGA 1PXPA 2WGJA 2BFYA 3L9MA 1OKYA 4JT3A 4UWYA 3UQFA 4I5HA 4YNOA 4FTQA 1DM2A 3TV7A 4O7LA 2NO3A 5EG3A 2FSMX 2JDVA 1ZXEA 2YITA 3LCTA 3MFSA 5AP6A 3R8PA 4F7SA 3NVKI 4DF3A 3ENHA 3KRRA 3UPZA 4FI1A 3RK5A 1T46A 4J99A 1U5RA 4CTCA 3WOWA 3BGZA 2HELA 3R30A 1M2RA 3FMLA 5KMIA 1ZAOA 2R64A 2CGXA 2O65A 2X2LA 2XP2A 3FLYA 3O51A 5E8XA 3RTPA 4BCGA 4BCJA 3S0OA 3DBDA 4I22A 4O7TA 1KOBA 5IMXA 1BX6A 4CFXA 4ENYA 1APME 2PZYA 3QFVA 3N4TA 3ULIA 3OWKA 3FI8A 2J50A 4I4FA 1Q8TA 2C3JA 4G6NA 5GHVA 5I9UA 4QT1A 4AE6A 3AD6A 3NW6A 4WBBB 3TNWA 2PVYA 5FQDC 5ETFA 3O2MA 3V3VA 1OPLA 5HE1A 2OJ9A 4FIJA 4F70A 5HORA 4QMUA 4WNKA 2X8EA 1UWJA 4L43A 3NUAA 3LFDA 3WYYA 3ZONA 5EYDA 3GVUA 3JS2A 4IB1A 1ZMWA 4M0ZA 5FM2A 2PZRA 5M51A 4JRVA 3OCBA 5HLWA 3EFWA 3A8WA 3C4ZA 3UIMA 2Z7QA 4FEVA 5L8LA 4PPBA 5HE0A 3FLWA 3C5IA 2PVMA 3KQ7A 2X6EA 4E26A 4E6CA 5HQ0A 1JKLA 2YEXA 4AX8A 2CN8A 4LRKA 1J1CA 2IZUA 1L3RE 4V05A 3OEZA 5IQHA 4R77A 5AA9A 4IDVA 3PXQA 2R3IA 4A4XA 4EJ7A 4FBXA 3BLRA 3QCXA 5CAQA 3FLQA 2ZB0A 2F9GA 2BPMA 4D1SA 4QOXA 4E3CA 4RIXB 5EDRA 3BV3A 3W8LA 2XK7A 1P4FA 4O84A 2ITPA 2XK9A 3CS9A 3OBGA 1IR3A 4HGEA 3V8TA 4GKIA 3HEGA 1Z5MA 3Q04A 3DY7A 3NYNA 3R2BA 3TKHA 2DQ7X 2RG5A 4ANNA 2XBJA 3D5UA 4NZWB 4UWCA 2UW3A 5JFWA 3R6XA 2ITVA 4F7LA 4HVDA 4E5BA 5CVGA 2BMCA 3COHA 5A4TA 4OAUC 3R8VA 4NH1A 1PHKA 3UE4A 5H2UA 2XK4A 3QD2B 3CC6A 4AZTA 3CKXA 2CGVA 5FDXA 4ANBA 4RIXA 3TKUA 3BHUA 4GCJA 4WIHA 2RFSA 3NEWA 5AMNA 1KE7A 3KMMA 3R71A 4O0SA 4GU9A 2CJMA 4FIIA 3VQHA 4YTCA 3CXWA 5JRSA 5JFXA 4FR4A 5CLPA 4EH2A 3F3TA 5EW9A 2YCRA 3Q3BA 3V5WA 5KMMA 3PXRA 3D14A 3FMMA 2I0VA 3F7WA 3ORMA 3BYVA 3OY1A 4RWIA 4AW0A 3LLTA 4E4LA 2XNOA 3KXXA 3P0MA 4FSTA 4WG5A 3F9NA 3PLAE 3RAWA 2GTMA 2C5XA 4I6BA 3C7QA 3FMEA 4L3LA 3TUBA 3ACKA 3U54A 4J8NA 3KFAA 3RK7A 5E8TA 2VTPA 2E9NA 4QQTA 3CIKA 4ZP5A 4W4WA 4RC4A 4M84A 5CEPA 3GI3A 2B54A 3OOMA 3RP9A 2Y4IB 3RAHA 3TG1A 3UVQA 4HYUA 4IAAA 4CG9A 3OCTA 4DFXE 5IQGA 4XYFA 4ZEGA 4U42A 2PVKA 3H30A 4XBRA 2J0LA 2NPQA 1H1QA 4L00A 5FBNC 3RK9A 3H0ZA 5GIOE 1H1PA 1SNUA 4DT9A 2X7GA 4YJNA 2W4KA 5FTGA 5LVLA 4S2ZA 4JBOA 5CWZA 4U97A 3TEIA 4BCMA 4LQMA 1Y8GA 4PMMA 3KA0A 2ONLC 1XR1A 4MXCA 2X39A 5HTCA 2JDRA 4QMXA 3UODA 4CQGA 1H28A 4GW8A 4OUCA 1ZARA 4MVFA 3QCYA 4RPVA 1E9HA 3IDPA 1GOLA 3K5VA 2OJJA 3ORNA 3COMA 4K77A 5FM3A 4PNIA 5KBRA 5KX8A 2WEVA 4AZWA 4AAAA 3BPRA 4QMWA 1XHAA 3GUBA 2RFEA 3MPAA 4USFA 5K5XA 4FT5A 4XJ0A 5I0BA 4FTAA 3A61A 1R3CA 2O64A 2I1MA 5ETIA 3Q4ZA 1BKXA 3FKNA 3KN6A 5KMKA 4GJ3A 2F7XE 3PPKA 4D0WA 5FBOA 4N0SA 2W4JA 3CPBA 3ORPA 3E3BX 2ZB1A 1PKGA 3SLSA 3FXXA 3P5KA 2G15A 1W8CA 3IW8A 1J3HA 1A48A 1ERKA 4KKEA 5FTQA 2X4ZA 3HYHA 1JPAA 4IIRA 4BTFA 5EK7A 4TYGA 3UNKA 3WBLA 2WTCA 2C69A 3QC9A 3QZIA 4ZSAA 2WB8A 2QOCA 3ODYX 5EHYA 2OU7A 4OBOA 1YI6A 1UA2A 2C5NA 4QMPA 4BKYA 3HDMA 4PDPA 3QQJA 4XRLA 2YM3A 1G3NA 4MCVA 3K3IA 3R1SA 4O6LA 1ZRZA 4WRGA 1YWVA 4DYMA 4JR3A 2BFXA 2O0UA 3WE8A 1SVHA 4RJ3A 4XUFA 2WD1A 3MTLA 4BN1A 3R83A 3HRCA 3FEGA 5CX9A 3VS0A 3AT4A 1H01A 3R04A 4D9UA 3U6JA 4U3ZA 1GZNA 3FLZA 5CQUA 3R9DA 2WHBA 3C0IA 4IZAA 3D83A 4F4PA 1V0PA 3BI6A 4I92A 4XRJA 4EQCA 1Q5KA 3MIAA 3KU2A 3W2CA 4DEBA 5CSHA 4U45A 5IQCA 3EL7A 4AW5A 3THBA 2ERKA 4F0IA 3PSCA 2HIWA 3ZCLA 3KF7A 4ZAUA 1KE8A 5AR4A 3W8QA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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