4IEB | Genus

Total Genus 174

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	174
sequence length	477
structure length	472
Chain Sequence	LHATPGMFVQHSTAIFSDRYKGQRVLGKGSFGEVILCKDKITGQECAVKVISKRQVTDKESLLREVQLLKQLDHPNIMKLYEFFEDKGYFYLVMEVYTGGELFDEIISRKRFSEVDAARIIRQVLSGITYMHKNKIVHRDLKPENLLLESKSKDANIRIIDFGLSTHFEASKKMKDKIGTAYYIAPEVLHGTYDEKCDVWSTGVILYILLSGCPPFNGANEYDILKKVEKGKYTFEPQWKKVSESAKDLIRKMLTYVPSMRISARDALDHEWIQTYTKEQISVDVPSLDNAILNIRQFQGTQKLAQAALLYMGSKLTSQDETKELTAIFHKMDKNGDGQLDRAELIEGYKELMRMKGQDASMLDASAVEHEVDQVLDAVDFDKNGYIEYSEFVTVAMDRKTLLSRERLERAFRMFDSDNSGKISSTELATIFGVSDVDSETWKSVLSEVDKNNDGEVDFDEFQQMLLLCGNL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__8910530712115183__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__8910530712115183__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4IEB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__8910530712115183__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"8910530712115183","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4IEB/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__8910530712115183__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Toxoplasma gondii
publication title	Crystal Structure of a Gly128Met mutant of the toxoplasma CDPK, TGME49_101440 rcsb
molecule keywords	Calmodulin-domain protein kinase 1
total genus	174
structure length	472
sequence length	477
ec nomenclature	ec 2.7.11.17: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase.
pdb deposition date	2012-12-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain
A	PF13405	EF-hand_6	EF-hand domain
A	PF13499	EF-hand_7	EF-hand domain pair

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	4iebA03
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	4iebA02

5ANIA 2W1CA 4AFJA 4TYIA 3PXRA 2VO3A 3NUYA 3F2RA 3OTUA 2QO9A 3TNQB 2YAKA 3DKOA 5JFXA 2QOCA 2IZTA 1UV5A 4DN5A 2CGXA 5FWKK 4GS6A 4N4SA 5E1EA 3CQEA 2XRUA 4BDBA 5DYJA 2YJRA 1V1KA 2CCHA 3R1NA 3R0TA 2J5FA 4QPSA 2R3HA 4GYIA 2YM8A 5E8WA 3U4WA 3RZBA 4AW5A 2OF4A 4GMYA 2YM4A 3PXZA 1DM2A 5GJDA 5EW8A 5CI7A 3EN6A 1ZOGA 2OJFE 3DDPA 3HUBA 4I41A 4KWPA 5ETFA 3S0OA 1CKPA 4ZJIA 1M52A 3UVPA 5FM2A 2B53A 2UW6A 2YWPA 4D4RA 3AQVA 4TYGA 3LAUA 4ZSAA 1YOJA 1BKXA 4F7JA 1BYGA 2YFXA 3EMGA 4FOBA 2R3KA 2R7IA 4KNBA 4J98A 3ZZEA 5TR6A 3FQHA 4C57A 1S9JA 4LRJA 4X2FA 4ACCA 3MY5A 5T3QA 4C36A 3WF6A 3WF5A 1E1XA 3F5GA 2ZV8A 4K77A 4FKRA 3O8PA 1WBVA 4TYHA 5CVFA 4V0GB 3OXIA 4RA4A 3VUGA 3E8EA 1Q5KA 4QP3A 3GENA 3R22A 4HPUE 5D10A 3WI6A 1CTPE 2GNJA 4DFXE 5AP0A 2VZ6A 3UMWA 4DFBA 3ODZX 3MESA 3D7ZA 4PDPA 3WZDA 1JNKA 2I1MA 1WBPA 3QTWA 5E1SA 5HE0A 4J8NA 5LWNA 2OIDA 2RL5A 4ZSLA 1H1PA 2QG5A 5CNNA 2BZJA 3ZO2A 1M7QA 2HK5A 1JSTA 2QKRA 4MNEA 2C47A 3R00A 2J9MA 4Z9LA 2OJJA 4FTIA 5BVWA 3UIUA 4DC2A 4PPBA 3F2AA 3ZBXA 4ZS4A 4QYEA 1P2AA 4BCFA 4RZVA 2C6EA 4I5MA 4EZ5A 2ZAZA 4D2WA 2J2IB 3RI1A 1YWNA 4LUEA 1REJA 4DFZE 4M3QA 4ASZA 4FT0A 5CU0A 3MFTA 3NYOA 2W5HA 2QONA 1H28A 4ZZNA 4U3YA 2Y8OA 2BDJA 3NWWA 4IIRA 2YITA 3E7VA 4RVLA 4UMTA 3HMOA 2ITWA 4YJNA 4I93A 5JGDA 4OR5A 3MA3A 2BRMA 2UVYA 4FVQA 3U51A 4BBFA 4YLKA 4APPA 4CD0A 1H0WA 3JYAA 3K5UA 4IANA 2ZMCA 3BYMA 3RAKA 2V7OA 3QLFA 5LARA 1QPDA 2CLXA 3R1YA 5HBJA 4G6LA 1T45A 2JD5A 2RKUA 4UV0A 3PDTA 2WZJA 2R2PA 5LVLA 4BB4A 3GFEA 2JDSA 3PJCA 4ZSGA 1OIRA 4DEGA 5M4IA 2J90A 2ITQA 5EH0A 5C1QB 4DTKA 3Q32A 4QPAA 3F82A 2Y0AA 4R7HA 4U79A 4AT3A 3PSBA 1URCA 1Z5MA 2ITNA 4ZZMA 3SQQA 3GGFA 4GCJA 1UNGA 3HL7A 2GNLA 5FQDC 3TJDA 5EFQA 4KSQA 3R01A 2VTRA 2ITOA 4F1OA 1PF8A 4YSMA 3R7EA 3W2QA 2XBJA 4RLKA 4UWBA 4O7VA 1HCLA 4F1TA 3P7CA 4GEOA 3C5UA 2IW9A 1HCKA 3MVJA 3KU2A 2X6DA 1Q24A 3NSZA 2CDZA 4R5SA 4JQEA 4RIYB 2PTKA 1ND4A 1FGIA 1QPJA 2UW5A 5IEYA 1Q8YA 3L8SA 5FTQA 2B9JA 5DWRA 3EOCA 2G2IA 4GIIA 4BN1A 3S00A 2JC6A 4LI5A 2C6KA 3RALA 4G3FA 5FEEA 4E4LA 5CZIA 1IEPA 3PJ8A 3BBWA 3VS4A 3ZUTA 1A48A 3MSSA 2UVXA 4I0SA 4Y72A 2W1HA 4TZRA 3LJ2A 3GCVA 4RQVA 2YCSA 2YM3A 4QMYA 3VJOA 5J7BA 3NVKI 4LYNA 2XM8A 5I3RA 4YJTA 4RSSA 5T68A 3ZOSA 4EK4A 2J7TA 4WRSA 5F95A 2Z2WA 5L6OA 2V7AA 4N0SA 3TUCA 1TVOA 2BVAA 3MVLA 3R2YA 3LCDA 4JVGA 2DWBA 4RC2A 4XLIA 5LVNA 2BRNA 3QRKA 1H8FA 1OL2A 3ZFXA 4APCA 4Q5HA 3QTUA 3ROCA 2CNUA 3NVMB 4O7LA 3COIA 2YZAA 1J7IA 3L9LA 3UG2A 2Z7SA 2OJ9A 4FUXA 5JFSA 5JRQA 4LGGA 3NW7A 2QD9A 4Y5QA 3TV7A 5HU3A 4YHJA 3RAHA 3UMXA 4IAKA 1KE6A 2Z7QA 1WBSA 3KF7A 3UOLA 3PG1A 3QZHA 3BGZA 4IC7A 1UNLA 4HJOA 2VTAA 4XBRA 5KMIA 4DBNA 3BI6A 4JBPA 4CFUA 3F3WA 5FEDA 3MPTA 4FZAB 1SVEA 3HV6A 4MX9A 4DEBA 4Z3VA 2IPXA 4O84A 4HNFA 2FO0A 3BYSA 3L8XA 2PVLA 3EN9A 1H1RA 2QR8A 3PXKA 4IB3A 3UE4A 3AC5A 4CEGA 3SG8A 5G6VA 3H4JA 2J51A 4BHZA 4FTJA 2FVDA 4QYYA 2UW0A 4PPAA 1UKHA 2IJMA 4O2PA 3PE1A 4YLJA 3UVQA 4FEXA 4W4XA 2PK9A 4GRBA 3U4UA 3V6SA 3VHEA 5HEZA 3Q2JA 3ZLXA 5IQFA 1O9UA 3VUIA 4EHEA 5AX3A 5JQ5A 3IW4A 3HA8A 3P1AA 3QUEA 5GZ9A 4DGLC 4FTUA 3I6WA 2WMUA 2XK8A 1KE8A 4RMZA 4XV2A 4W4VA 2VO6A 2QVSE 1LPUA 1GZKA 1PJKA 3I7BA 2YCQA 3PIZA 4CKRA 3VS7A 5JFVA 3Q53A 5EQYA 4EH2A 3BX5A 4XG6A 3PIYA 4JLCA 4NM3A 3B2TA 3KN6A 3F6XA 1PMVA 5ACBC 3PY0A 1XH5A 1GIHA 4XEYA 3ZSGA 2J4ZA 4JDJA 3W55A 4BTKA 2CGWA 4IJ9A 3N9XA 2WIPA 4ACDA 1F0QA 4W9WA 4RIXA 4IZYA 4H3PA 3QA8A 1K9AA 3AMAA 5BMMA 3CGOA 4EQUA 5HTCA 1PYXA 1YHWA 3NCZA 3D5VA 5KMOA 2Y9QA 3D7TB 2XZSA 3Q52A 2DUVA 3QCXA 4BL1A 4J97A 5HKMA 4E5WA 4IWQA 4F09A 2OJGA 4IVCA 5HBEA 4XP0A 5DGZA 4C02A 2XEZA 2PZ5A 5E8ZA 4C58A 3A61A 4ZY4A 4E6CA 3G33A 2GDOA 2VAGA 3UODA 5IU2A 4FEQA 5HG9A 2P2IA 5LVMA 1SNXA 5EOBA 1A9UA 2ZV7A 5F4NA 5HORA 5KCVA 3LJ0A 4H39A 4U80A 1PY5A 4CFXA 2BTRA 4IAIA 4BKZA 4EOOA 3PG3A 1IA8A 5CF5A 5E8SA 3PP0A 3QAME 2A4LA 4AAAA 5KMMA 3RVGA 4FV1A 4M13A 4AT5A 5J5TA 4PF4A 4EYJA 2WMVA 3ORLA 4KD1A 4D55A 2Z02A 4C59A 3NDMA 1JQHA 3BGPA 1RE8A 3CC6A 5IA4A 3TKUA 3VS3A 2OK1A 2FA2A 5A6NA 5I9WA 1H1SA 2OLCA 3G51A 2J5EA 4MBLA 1PXIA 1UWHA 4FNWA 4DHFA 2J50A 3K3IA 3FYKX 4TN6A 3O17A 3QF9A 2A2AA 3PY3A 3R8UA 2B1PA 4HYIA 4AN9A 2XIRA 4TL0A 4S31A 2P33A 5I0BA 5M53A 3N4VA 4DTBA 2XIZA 3KCFA 1YI6A 3WZJA 5JRSA 2B7AA 4G5JA 4FTTA 4MHAA 3R7YA 5F94A 1Y8YA 3UOHA 4CZUA 1Q61A 3MPAA 1OM1A 2QC6A 4G9CA 4PNIA 1FVTA 4V01A 4ALWA 1MUOA 4PP7A 3U9CA 2QOKA 3RWPA 3TNIA 4EK5A 3DZOA 3TUDA 3BE2A 1UA2A 5HNGA 1JKLA 3LXNA 4JS8A 4RT7A 1ZYLA 3EZVA 3NAYA 4M84A 3QWJA 3LFNA 5EI2A 2WU6A 4DAWA 5EYKA 4TW9A 2B0QA 5AUZA 3AC8A 1X8BA 5B2MA 5JH6A 2VTQA 3NYVA 4KS7A 5AP6A 3QTQA 4QD6A 3TNPC 3QWKA 4EOMA 3GC8A 5IA0A 3HZTA 2Y4PA 3OOMA 3FE3A 3MVMA 3QALE 5HNIX 3QRTA 4HGLA 3DXQA 4HCVA 5EYCA 2VN9A 1ZARA 4USEA 2UZWE 1MRVA 4GT3A 4MYGA 2YABA 3CPCA 2I0VA 1YXTA 3E7OA 2UW9A 4JG7A 1MQBA 2O0UA 3IG7A 2UZUE 4XG4A 5LWMA 3NUSA 3C4XA 3QHRA 4HZSA 4QMSA 5M55A 2ONLA 4JL9A 5TOZA 4EKLA 3C0HA 2W4KA 4UZHA 1W84A 4AWIA 3LQ8A 4QQ5A 2G1TA 4XRJA 3PYYA 5EK7A 5AWMA 4CQEA 4ENXA 3SLSA 4PTEA 2GTNA 3QD2B 5CS6A 4CYIA 4BY9E 2QU6A 5BVFA 3HAVA 2GU8A 4X3FC 3KCKA 4NSTA 3R21A 2P3GX 3WARA 4HYSA 3WOWA 4CNHA 2RFEA 1Q97A 2H96A 4H36A 4JQ8A 3DV3A 3TZMA 3QBNA 4FICA 3UZRA 2F4JA 1KWPA 3V5QA 2J0IA 5TT7A 4FV9A 2P4IA 4EH6A 3FPMA 3OT8A 4NH1A 3L9NA 3OROA 2FUMA 2XB7A 3NUNA 3IKAA 3PVUA 2HXQA 4XHKB 5CENA 5M4FA 4HOKA 3U54A 5DOSA 4JOAA 2WOTA 3FQEA 4D2TA 4DLJA 2W5AA 4I6QA 4YGAA 2C30A 2ERZE 1SMHA 1Y6BA 3EQCA 4MQ1A 2PSQA 3R7UA 4AUAA 3RHKA 4MTAA 3B8QA 3E93A 3VS0A 2B54A 2WU7A 4CYJA 5AR2A 1PKGA 1YXUA 4KABA 4TYEA 3R9DA 4IVBA 1ZXEA 4KIOA 4ZMEA 5AR5A 3MTFA 4J99A 1WBTA 4DH5A 2WTKC 4C3PA 3UO5A 5AM7A 2EU9A 5KO1A 2NNWB 4I5CA 4V05A 4Y83A 4C2WA 3BHHA 4GJ2A 4I6BA 4FTMA 2XYNA 4RRVA 1P4OA 4BCPA 5CAVA 3MWUA 4HVSA 3NEWA 2X8EA 3JXWA 3HRCA 2OF2A 4FKPA 1DAWA 3DKFA 3R8ZA 5ITAA 4FEVA 4TKSA 4ZZOA 5JGBA 5FUTA 2GMXA 3DBDA 2X4ZA 4QMWA 4XP3A 3EFJA 3F3ZA 5AUWA 2YIXA 4HW7A 2C6TA 2X9EA 2WTJA 3UO4A 3DY7A 3GCPA 3I4BA 4FTOA 4D2VA 3GNIB 3LLAA 2WMAA 4LG4A 1BX6A 5TKDA 3I5ZA 4FV4A 3FI8A 1OIQA 2GNHA 4EOLA 4CMUA 1OKZA 4CV9A 2VGPA 2W17A 5LCKA 3VUHA 1SYKA 1KE5A 4ZY5A 2WB8A 4ZTRA 4E5BA 2W1GA 3C50A 5C4KA 2V22A 3W2OA 3DLZA 1G8AA 3VWAA 3PUPA 3DAEA 4DF3A 2ITYA 4KINA 3F5PA 3MDYA 1YI3A 3Q3BA 3DS6A 3D14A 5E7RA 4FV6A 4ARKA 1U54B 1NXKA 3OUNB 4GKHA 2RFSA 2X8DA 2V62A 5FDPA 4FKQA 2C3JA 4FV7A 3A2CA 2DS1A 5DLSA 4E8AA 3SVVA 2WQNA 3OD6X 3R28A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4IEBA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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