4IMYA

The aff4 scaffold binds human p-tefb adjacent to hiv tat
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
323
structure length
314
Chain Sequence
VECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNSQPNRYNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title The AFF4 scaffold binds human P-TEFb adjacent to HIV Tat.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 9
total genus 90
structure length 314
sequence length 323
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2013-01-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4imyA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4imyA01
1KUTA 3ELJA 4IQ6A 2NPQA 1XQZA 4ZXTA 1M2QA 3C51A 2BILB 4AOJA 4C4FA 1E1XA 2E9VA 2WMUA 3O23A 3BU6A 4QMZA 2YM3A 5EM6A 2HZ0A 3KB7A 2R9SA 3NUUA 2ITNA 4MWHA 3VUMA 4P5QA 1XWSA 4HYUA 1ZYCA 3OBGA 4BICA 3ZO1A 3DK3A 5BUIA 4MKCA 4I23A 3R9RA 1U4DA 5EG3A 2R3LA 3TM0A 4W9WA 4QT1A 4YC6A 3VJOA 2C1BA 4YP8A 2P2IA 3PDTA 4AOTA 4R3CA 4V05A 3UO6A 3TZ8A 5DR2A 3ULIA 1VJYA 2CKQA 4BR3A 5GJFA 4JG8A 5HESA 2JLDA 3D15A 3DZOA 3Q5IA 1T45A 4FX3A 4GW8A 5E8WA 3ZFXA 3DJ5A 3FLWA 3JVRA 4V04A 2BFYA 2PZIA 5K0XA 3KXGA 5FM2A 4XRJA 5C01A 2X6EA 1P4FA 5EHLA 4ZZNA 3F82A 4HW7A 2F2CB 4CT2A 4JLCA 2ZM3A 4F7NA 3DLSA 4O6LA 1ZYJA 1I44A 4TRLA 4WA9A 3MIYA 2PVNA 3R7IA 4ZY4A 5AAGA 4JRVA 1BL7A 2WIPA 3P7CA 4RIXA 4D5KA 2CNVA 2UUEA 4JI9A 4RC2A 2XEZA 3AXWA 4GVAA 5G6VA 1WBOA 2VTRA 5CZHA 4F4PA 1PYEA 1M7NA 2YCSA 5FEDA 5CF5A 3BU3A 4UYAA 4YZMA 4DEBA 4WG5A 3ZH8A 4FIHA 3Q4ZA 4XS2A 3A62A 3KMWA 4IFCA 4FSYA 5IH4A 3U6HA 3PXKA 1YWVA 4EH2A 4FSQA 1XJDA 2YM4A 4PPBA 1Q8YA 4TN6A 4KS7A 5AAFA 5IDPA 2IZRA 1QPJA 3NDMA 4DTKA 4UN0C 4IWOA 4XHKB 5LMAA 1WBNA 1ZMVA 3MESA 2UW5A 5E8ZA 3POZA 1KOBA 4MBJA 1U54B 3FEGA 4EC9A 5JFSA 5DG5A 3GC7A 4M14A 4BRXA 3IOKA 3FKOA 2QOIA 4DGLC 2Y6MA 2HWPA 3QX4A 2NP8A 5AMNA 2HWOA 4EOLA 4C34A 1G3NA 2IZUA 3RPSA 3A60A 3DQWA 4YGAA 3VC4A 5CI6A 2P2HA 5A4CA 1FGIA 3QRTA 2V62A 4F70A 2VAGA 5HVJA 4FTLA 4A7CA 1YVJA 4OR5A 4ANOA 3BYVA 3JS2A 2HOGA 3QQHA 4I5CA 4QYEA 3VQHA 1FINA 3KF7A 3KL8A 3OP5A 4Z3VA 3SOAA 1M2PA 3TCPA 3DCVA 5JRQA 4ZIMA 2IO6A 3KXHA 3MTFA 4RJ7A 3CP9A 5CAVA 3ZM4A 4QMNA 3EFWA 4I5HA 4O96A 4TKSA 4JG6A 4XH6A 3PJCA 4MCVA 4B9DA 4BI2A 3U6IA 4WNPA 4AFJA 2JIIA 2C6LA 1CSNA 5AR4A 4C4JA 2F7XE 3KQ7A 5CZIA 3AOXA 3Q6WA 3VRYA 3Q52A 1ZWSA 1ATPE 3E88A 5A4LA 4EBVA 5HORA 3UC4A 1OBDA 3N4TA 3W32A 5H8GA 1GOLA 2BAJA 3F5PA 3ORPA 4RG0A 3TT0A 4M66A 4QYFA 4EOQA 4UMPA 5IH5A 4PMPA 3LZBA 4O21A 3ZO2A 2Z02A 1KE6A 3UOKA 3U55A 2UZUE 2QI8A 3PTGA 3CS9A 2H8HA 4FL2A 3EYGA 4NIFB 3UODA 5J9YA 3UVQA 2J5EA 3LXKA 5DBXA 4O7ZA 2OZAA 5HTCA 1UU9A 2ITPA 4BYIA 3MN3A 4A07A 4AXAA 3ZRLA 3C4FA 1Q62A 1J7IA 5M08A 4GK4A 3UC3A 5GZ8A 2J0IA 2W5BA 3HP2A 3Q32A 4FICA 4DFLA 3F61A 3UQGA 1OZ1A 2H6DA 5DT4A 5EDQA 3IG7A 3I7BA 4QP4A 2X1NA 4C4EA 4QNYA 4FVPA 2PE1A 3QD0A 2C3KA 3D5VA 4QP8A 5CAPA 1AQ1A 1NY3A 3BLRA 4DTAA 5AJQA 1JKSA 4EOJA 4J8NA 4LL0A 3KRLA 3EQRA 4C36A 1YXSA 4DHFA 4NM3A 4FF8A 4DINA 3GQIA 4ZLOA 5CF6A 1PXNA 5M4CA 3QKKA 2W9ZB 4QD6A 3LKMA 4K11A 1U5RA 5EW8A 4YJOA 2A1AB 5I3OA 3DXPA 3SG9A 1LPUA 4MXZA 5C27A 2OW3A 2QODA 3CJFA 1ZOHA 3LOKA 4WNKA 4YO6A 4ZLYA 4AW0A 1FVTA 1PKDA 3KCKA 3OTUA 5LMKC 3FJQE 2CGWA 1K2PA 3BQRA 4C62A 4EBWA 2H9VA 4QTBA 5L3AA 4DCAA 3F7WA 4EQMA 4NFMA 3HEGA 4MBLA 4EQUA 1W98A 2HW6A 4CLJA 5JEBA 3NGAA 1ZXEA 3S95A 2J51A 4OAVB 4XG7A 1NVSA 4DH8A 2RFEA 2UZVA 1OL6A 3IECA 1YWNA 4FEVA 4XG2A 4ZTNA 4TYEA 4ORKA 5I0BA 1H4LA 2BRBA 4II5A 4MBIA 4O1OA 3C13A 5IMXA 4D9TA 3R73A 1H28A 3MSSA 3CR0A 3EN6A 4O27B 5F20A 2VZ6A 5DNRA 4C2VA 3PA3A 3FMHA 4FTKA 3I60A 3DKCA 3U9CA 1RW8A 4F1TA 3QKLA 5DH3A 1NW1A 3R00A 1YQJA 4Q5EA 4WNOA 2WTCA 3EN9A 5HG9A 3BEAA 3LIJA 4BVUA 4E4LA 3KXNA 4EZ7A 1OKYA 2R3IA 3PYYA 2JKQA 2ZDUA 3VUGA 3G5DA 5LWNA 5D7AA 4TYGA 3WZJA 1OL7A 2GNFA 1IEPA 4ACGA 2VX0A 4GG7A 4IZ5A 2W1ZA 4F1MA 3EN7A 3UNJA 1OIYA 4I4FA 3CSVA 4ACHA 2V5QA 3N9XA 1B39A 5DRDA 1K9AA 3UDBA 4RJ3A 5KNJA 3W33A 3PG3A 5CSXA 1DAYA 3AC4A 2X2MA 4DT9A 1Q3DA 3VBTA 4GCJA 1GZ8A 2PVMA 3C4EA 5DN3A 4E93A 2BKKA 1Q4LA 4ITHA 3AMAA 4LV8A 3AMYA 3W2SA 5L6PA 1R3CA 5AUYA 4GKHA 4YJSA 3ZXZA 2R2PA 4YJQA 5A4EA 4BI1A 4IW0A 4I94A 3U51A 3ZU7A 4L3LA 2EUFB 2YDKA 5BVFA 4BWPA 3TDVA 3QRUA 2QOFA 2BRGA 4GEOA 2RFDA 3A99A 3KVWA 3OCSA 4D0WA 5BYYA 3Q4CA 4JS8A 2FSOX 3UP7A 4FZ7A 4GUEA 5E8VA 3OCGA 3NVMB 3LJ0A 3CBLA 3ORNA 3Q3BA 4IM0A 4U8ZA 4EUTA 2XK4A 3ZRKA 4X2KA 4NTSA 3PVWA 3W10A 4B4LA 4YMJA 3IW4A 5CQUA 5ANIA 3QTWA 3DLZA 3FC1X 5J79A 2QHNA 4UXQA 3B8RA 2XUUA 3TV6A 4YZDA 1XBBA 4E5BA 4EOSA 3VS5A 3L9PA 3GU6A 4IWQA 3R9NA 5IDNA 2JDSA 5CASA 5IQBA 4GL9A 4UWBA 2J0LA 5CAUA 4OBPA 3M42A 4GIHA 2DWBA 5L6OA 4HVSA 3LMIA 1J3HA 3OCTA 3Q4TA 3ZOSA 4FV0A 3BGZA 2LAVA 4PMSA 2F49A 3LJ1A 4O2PA 4S31A 4AE9A 1A06A 2ZV7A 4PV0A 4FT7A 4RIXB 2PMLX 4FZFB 2YEXA 4ONAA 1M2RA 5AR2A 2FUMA 1H08A 4ZSAA 3H9FA 4X7QA 4X6RA 4CRLA 3FLNC 2YIQA 3GP0A 4J1RA 3DV3A 5EQEA 4PF4A 1UWHA 5DI1A 2QLQA 4JR7A 1KWPA 4YJNA 5DHJA 4BDBA 4R7HA 3UZPA 5HE1A 4PDPA 3EN5A 2BPMA 3GCQA 4NSTA 4KRCA 3ZSHA 4DEAA 2C6KA 4IJPA 4F08A 2C5NA 1WAKA 1YWRA 4OTFA 3DK6A 4QPMA 5DEYA 5GNKA 4X0MA 4AN2A 1JSVA 4AACA 3R8MA 5KMLA 4LOQA 5FG8A 4ACDA 4C3PA 4OTHA 2XCHA 1CMKE 3DBDA 4BBMA 4KBKA 2R0UA 3O17A 3NYOA 3LMHA 1KE9A 3FBVA 4FG8A 4BKJA 2PZRA 4MNEB 3P1AA 5JT2A 4NK9A 5EM8A 2OIDA 4C33A 3PSCA 1WBTA 1H24A 4FNWA 4CVAA 2Z7RA 5CALA 2I0VA 5CEKA 3WF8A 4QMXA 2EWAA 2W4OA 5L2QA 4CKJA 1PXKA 2YIWA 3QKMA 3TNPC 2CGXA 1CKJA 2BTSA 2W1FA 5LARA 2CN5A 3FDNA 5CVFA 5HG5A 5IQEA 2OGVA 4FL1A 4L67A 4KKEA 4D9UA 5I5ZA 3F3ZA 5HI2A 4NH1A 5HOAA 5LXMA 2F7ZE 2ITYA 2WMRA 3AD6A 4IX6A 4QMQA 4EH7A 1JBPE 2YCQA 4BCOA 1CKPA 3EWHA 3HV7A 4DH7A 4EEVA 3D94A 3D7TA 4AS0A 4FV4A 1QMZA 3FI4A 3LFAA 2P4IA 2WMVA 4BCHA 1YDSE 4FBXA 4LGGA 3Q53A 4EH6A 2GS6A 3FL4A 4HZRA 4F6WA 5DMZA 2PE2A 5HO8A 1OI9A 2PL0A 3F2AA 3GB2A 4BGHA 5IF1A 2R7IA 4YNOA 4E6DA 4BKZA 3PVUA 4L42A 1H1SA 2YAKA 2YM7A 4C58A 1IA8A 4NKAA 2B53A 4HOKA 2IJMA 4FEQA 4D4VA 5GIOE 2X2KA 3LFQA 3QU0A 2V22A 4G9CA 3F3UA 4FTOA 2RFSA 1SVHA 4LOOA 4OTPA 2E9UA 4XV2A 3UOHA 3WE8A 3V8TA 5M07A 3VS3A 2ZMDA 4R7IA 2C4GA 5EDRA 4CV8A 1OL2A 2ONLC 3ZBXA 4WIHA 4G6NA 4ZTRA 5KO1A 1E9HA 5L8LA 1KOAA 2V0DA 2NNWB 1ZY4A 2R3MA 3MIAA 4O7RA 4BKYA 2WEVA 2YDJA 4O0VA 4RFZA 1FOTA 4EHVA 4WUAA 3TACA 4E6QA 3O71A 3M2WA 3EQBA 1OUKA 3FLSA 4XCUA 4M84A 1PMUA 3SXSA 2UW3A 2E2BA 3R8PA 4QMLA 4A4XA 4I0TA 4C57A 3SAYA 2XM9A 1F5QA 4V0GA 4HVIA 2WMBA 3R2YA 5CEPA 2R3OA 3O0GA 5D41A 5FQDC 2B55A 3II5A 3ZUUA 4G5PA 3WI6A 4RT7A 4AW1A 5EYCA 4N4SA 2PZPA 4ASXA 3CGFA 3T3VA 2ITXA 1YXTA 3F66A 3Q04A 4M68A 4EH4A 1SMHA 2JDRA 2ERZE 4ACMA 1OMWA 2C6TA 4EQCA 4A9SA 4I6HA 5AX3A 3ORXA 3LQ8A 3RMFA 2W5HA 3ACKA 3QD3A 5HG8A 5L2SA 2IVTA 4UWYA 3AGMA 5LVOA 2OJFE 3QQFA 3QZFA 3GCVA 4MVFA 4PDYA 2C0TA 5AR5A 4AZVA 4CXAA 3GU5A 3R7UA 3LCKA 2J90A 4ALUA 2V55A 2ERKA 4H3BA 4M0ZA 2YN8A 3HRFA 4FK3A 4EH9A 1RE8A 4RQVA 4L00A 4ANMA 1U54A 2C0IA 4JDHA 3RWPA 4AU8A 2J5FA 3NNXA 2ETKA 2HK5A 2OBJA 4NL0A 4TZRA 3QX2A 4XG9A 2LGCA 1PXPA 2YIXA 3L9MA 5BVOA 3FLYA 5HLNA 4IAIA 4L46A 5CNNA 4YC3A 3C4ZA 2CN8A 4DT8A 3OW4A 2F9GA 2ZYBA 3FYJX 3PPJA 3VS1A 4AZFA 4CKRA 4NUSA 5AA8A 4YURA 3C0GA 3GFEA 4H36A 1GJOA 4GFMA 4O1PA 5BVEA 1W7HA 3KN5A 4FODA 3VBYA 5HBJA 5LJJA 5BYZA 3A2CA 3CY2A 3O96A 5CS6A 3VAPA 3DTCA 1VR2A 4O6EA 4BDEA 2PMNX 1OPKA 2WNTA 4QQ5A 3DXQA 3C0IA 3TTJA 3FL5A 3G6GA 3U4UA 2V7AA 3FYKX 3DNDA 3FKNA 4L7SA 1OECA 2HYYA 2YM8A 5M4UA 4NKSA 4UY9A 5CTPA 2VWBA 3FHIA 5C1QB 4K2RA 4UEUA 2WQNA 2QOCA 5AFVA 4WG4A 4BTKA 3HL7A 3EIDA 5IKWA 4C4GA 3V6SA 3RNIA 3HX4A 4IEBA 2XNGA 3COKA 2HXQA 4FKUA 4NW6A 5D10A 3WILA 4X2FA 4CFMA 4RZWA 2VTTA 2UW0A 2WZJA 4KKHA 2XVDA 3V01A 3EQHA 3K5VA 2X0GA 4NIFA 2A0CX 3MBLA 4GUBA 4FNYA 4FV6A 5ANJA 3VBWA 3NCGA 4ZAUA 2VO6A 3OT8A 4MWIA 1RQQA 4U40A 5E8SA 5IPJA 4IJ9A 4YTFA 1GAGA 2Z7QA 4DLJA 2C68A 2CJMA 3FXWA 2VWYA 3ITZA 5L6WL 4FSRA 1Y8YA 1Y6AA 4A9YA 3UPXA 5HVKA 2ZOQA 4FSMA 1Y6BA 3NPCA 4C3FA 2JD5A 4DA5A 4WBOA 3I5NA 5M53A 3MB7A 5C03A 2E9NA 3CIKA 3IOPA 4FSTA 5EM7A 3BQCA 4AOIA 3NNVA 4AQCA 4C0TA 4DG3E 3ORLA 3QHWA 3V5TA 4DH3A 5HX6A 3SW7A 1EH4A 5JKGA 4BN1A 4G1WA 3FY2A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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