4IMYA

The aff4 scaffold binds human p-tefb adjacent to hiv tat
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
323
structure length
314
Chain Sequence
VECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNSQPNRYNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title The AFF4 scaffold binds human P-TEFb adjacent to HIV Tat.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 9
total genus 90
structure length 314
sequence length 323
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2013-01-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4imyA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4imyA01
3IK3A 3O51A 4L00A 1IA9A 2JKOA 1SVGA 1MQBA 1V0PA 3HGKA 2YJRA 4FNWA 5J9ZA 3FQHA 3FPMA 3JS2A 3PXFA 4EK3A 4XP3A 3RHKA 4FEWA 4BKZA 5DT3A 2PUIA 2QOKA 3SVVA 3IG7A 3RNYA 4XBRA 2IJMA 4U0IA 4YPDA 1ZYLA 3TKHA 4BHNA 1IAHA 3ZRKA 3QTSA 3ORKA 3FSKA 4FK6A 4FNZA 4FTUA 3VBQA 3TCPA 4R5YA 3SDJA 5HZNA 2GMXA 2UZNA 3DBEA 2C5OA 4L3PA 3COIA 4C4EA 5IA4A 5AUXA 2O65A 4C7TA 4WT6A 3DKGA 3UIMA 4EOMA 4EI4A 5BVDA 5IZFA 4UWBA 1GIHA 4DEIA 3C4ZA 4IWQA 2DUVA 1FVRA 1PXKA 5DIAA 3ODYX 2I0EA 3NIEA 3KXXA 3GQLA 5KBQA 2R3FA 4I5MA 4LRJA 2JC6A 5C4LA 3ZSIA 3TZ8A 1OBDA 2NRUA 3PA5A 3PJ3A 4X3FA 4BBFA 5IQBA 3ZM4A 3RPSA 4ZZMA 3AC5A 3TKIA 2BFYA 4YZNA 2GU8A 1BUHA 2VWVA 3I5NA 3BZ3A 4J99A 5KHWA 4OAUC 4WRSA 5CEKA 2VTTA 4U97A 5FP6A 1UWHA 4WD5A 4ZEGA 3JYAA 2VO0A 4N4SA 4RJ3A 4D9UA 4XLVA 3KKVA 2P2HA 3EFWA 4MAOA 4KIPA 4OTDA 5GZ8A 3F3ZA 2FUMA 4FTRA 3G6HA 2G15A 3ZUUA 4C34A 3U6IA 5BVEA 3MV5A 5DEWA 2VWBA 4ACMA 4AE6A 1OI9A 1QPCA 3KC3A 4RWJA 3LFNA 5LVMA 4AT4A 3ATTA 1CM8A 2QKRA 1YOJA 2BAJA 3Q60A 1OL5A 2IZUA 3QKLA 4IC8A 4CG9A 2PL0A 5JSMA 2P55A 3U4WA 4BRXA 1ZZLA 5CNOA 5EHLA 4CG8A 2EXCX 4DH7A 1CKPA 3OC1A 2C6LA 2QONA 3CQEA 3UOKA 4EHGA 1Q24A 3HP2A 2PE0A 5JGBA 1JWHA 2CPKE 3IDBA 4JBQA 4USDA 4KUJA 4H3PA 1IEPA 3ZO1A 1WAKA 2J90A 2JDTA 4O22A 5IQFA 4NM5A 4LGGA 4F7SA 2HYYA 3C0IA 3DNEA 3RALA 3CQUA 2OJJA 3F88A 3Q2MA 5FTOA 2JDRA 5HE3A 5AMNA 3BHHA 3QRIA 5HTIA 2Q0BA 4Z55A 2YJSA 4BTFA 3ZLXA 3KB7A 4ZJVA 4OTFA 4GMYA 4AGDA 3QTWA 4FZAB 2OJIA 3G51A 3PYYA 2B9JA 4GCJA 2CMWA 5JZJA 5AV1A 4LYNA 3GNIB 4Y73A 3V8TA 2X2KA 2ITQA 2X39A 3HKOA 1FGIA 1KE6A 4UYNA 2X81A 5A9UA 3W55A 1Q41A 2JIVA 3MFSA 4OBPA 4CQEA 3MI9A 4I6QA 4FKWA 4RVTA 1URCA 4YJRA 3KXZA 2CLQA 3A60A 2QO7A 3ORPA 3ZUTA 4KIOA 2JKKA 3DJ6A 2CNUA 3F61A 5LMAA 4HVSA 1J7IA 4X3FB 4DG3E 3CD8A 2VTMA 4BI2A 5L8KA 3CR0A 4QPAA 5I9VA 4DFUA 4C8BA 5GIPE 4OTWA 2W17A 3DU8A 2C5NA 2QO2A 3OT3A 4MH7A 4CRLA 5GZ9A 4OBOA 4ZSAA 1CTPE 1XO2B 3P86A 2X6EA 4F4PA 5ACKA 4XYFA 2B9FA 5HIBA 4EL9A 3PDTA 4R6VA 5C03A 4QP6A 4FIJA 4RT7A 1XH7A 2ITWA 1ZWSA 5J79A 2BZKB 3MIAA 1MQ4A 3O8TA 4ERKA 4AFJA 3QQGA 3ITZA 4A06A 3PE2A 3AG9A 3IPHA 4MXZA 5EM7A 3DK7A 4FV9A 3NNVA 4TRLA 5GIOE 4AZTA 2VTAA 3PY3A 4L8MA 5IUIA 4D4VA 3OW4A 4E6CA 1ZOEA 4S34A 1YXVA 3ZDUA 3WZEA 4E6DA 4DBXA 4GUBA 3MA6A 2B4SB 1REJA 3MVHA 1ZXEA 1OL7A 3MH2A 1A9UA 2ITNA 3TXOA 4EOSA 1W83A 4I6HA 2BIKB 3R9DA 2F7EE 2C1BA 3HMNA 4J1RA 4L52A 5C26A 2R7BA 5ANEA 4ACCA 5JN2A 2BALA 3C1XA 2H34A 3SRVB 3ZFYA 3MW1A 4O0UA 2VWYA 4O81A 5FTGA 5E8YA 5TT7A 1KSWA 3LFBA 4EYJA 4RPVA 5KNJA 1UNHA 1WFCA 2P2IA 2HELA 1WVWA 5HD4A 3D5UA 3EQBA 4K8AA 4RQVA 5D12A 4XX9A 4MX9A 4AW1A 5AJQA 3IGGA 3MB6A 3PXKA 4ARKA 2QOQA 4WNMA 4YJUA 4NIFB 1OB3A 3QRKA 4KD1A 2J0JA 5IKWA 3VS3A 3ENMA 4MD9E 3OWPA 4BWKA 5G1XA 4CCBA 1OUYA 1UNGA 4S33A 3OZ6A 4BDBA 2J51A 2YM8A 4LV5A 2PVMA 3S1HA 2XH5A 1ZYJA 4FT5A 2WU6A 3UYSA 2E9NA 4ZSEA 4G5PA 4DG2E 3DY7A 4ANLA 2CGWA 4R5SA 3OHTA 2X7OA 3PRIA 4I23A 1PRYA 5AP0A 4EJ7A 3W2CA 2XBAA 2BRGA 1JKLA 2PVHA 4TWCA 5C8MA 3Q52A 3DDQA 4QP9A 4ZSLA 3MDYA 3TJCA 3N4UA 3GB2A 3BWJA 5I9WA 4TZRA 1H00A 3VUTA 2Y4IB 4ZSGA 2XIYA 1Q4LA 3LAUA 5EOBA 5AP6A 4FV7A 4NEUA 1KE7A 3DLSA 1CKJA 4B9DA 5AAGA 2E9UA 4DEGA 2CHLA 3R1SA 3F2NA 3LJ1A 5EYMA 3CTQA 5HICA 3HZTA 3KXNA 2ZB1A 3TNQB 1OPLA 2AYPA 3C4WA 4CZTA 1X8BA 4E73A 4BDCA 5BYYA 1PMUA 4Q5EA 2WTKC 4P90A 4G3CA 1G8AA 2QR8A 2PVLA 4FSNA 4IADA 4TYJA 2ITVA 4O7ZA 4HYIA 4XP0A 4KKGA 3KL8A 3ZCLA 3LMHA 2WKMA 2C3LA 4EZ3A 1Q8YA 2YAKA 3H10A 3NW7A 4RFMA 3SAYA 3VO3A 5BVWA 5CASA 4O83A 2W9FB 3PG3A 1ERKA 5BUJA 1NVQA 4C3FA 4DA5A 4V05A 3HMOA 3KVXA 4GIIA 5M09A 3PIXA 4Q5HA 3TNWA 5AA8A 4F6SA 3C5IA 4PL3A 4QPSA 4XEYA 2VTHA 2JFLA 2RKUA 3DAKA 4E8AA 1ZYSA 5FBOA 5BVNA 5M53A 5AA9A 3I7CA 3BV2A 3S0OA 3PLAE 4IX4A 1JQHA 4U41A 4YNEA 5IQCA 3S4QA 4PL4A 4MNEB 3FMJA 2IO6A 5M4IA 3O23A 3QC4A 4LMUA 3BPRA 5F1ZA 4I4FA 3R83A 4QMSA 1H1PA 4EUTA 4F70A 4EZ5A 4CTBA 1AD5A 4XHKB 5CQUA 3L9LA 4G3FA 4M84A 3TM0A 4R78A 5KZ0A 2H96A 2F2CB 3IW7A 4CFVA 4NT4A 3KRRA 3OCGA 2RF9A 4C3RA 4D28A 4C61A 3OUNB 1K3AA 2WB8A 3O7LD 3FZSA 3UO5A 5DVRA 2YCRA 3HYHA 2I0YA 3OXTA 3ULZA 4NW6A 2J0KA 4UXQA 3GOPA 1WBVA 4K77A 4R1YA 3RPVA 4GW8A 4IFCA 5EI8A 4KBAA 3C50A 3GC7A 3VRZA 4DYMA 2UW0A 3DNDA 2VTPA 2XNPA 4XG9A 4XRJA 4JNWA 3Q9YA 4RBLA 2PVRA 4XG6A 4M0YA 4QQCA 3WE8A 2C6IA 4QQ5A 1LR4A 2FSLX 3KREA 3EZRA 2WEVA 2IW8A 1GZOA 2HOGA 1OM1A 2XNMA 4FNYA 2IZRA 2ZDUA 4FZFB 4MD7E 5HCZA 4E7WA 1OGUA 4LQMA 4IE9A 4EQCA 5KX8A 2ZM1A 4AGUA 1W0XC 2X2MA 3I6UA 3LM5A 3A7GA 3GFEA 4II5A 4GEOA 4RJ7A 4GU6A 4XV1A 3UBDA 2OK1A 4IZAA 4HGTA 3L8VA 4IB5A 3P78A 3UQCA 5GJFA 2XVDA 2XJ1A 2X1NA 1MP8A 3HMIA 4FKQA 3RI1A 3SX9A 5HNBA 4RWLA 5HCXA 4JIAA 5LVPA 4HNFA 4BDEA 2ZOQA 4O0WA 2OW3A 3R04A 3P08A 4F09A 2BAKA 1U46A 2UZTA 4ZLYA 4OTHA 5CSHA 4YO4A 2HXQA 3PVGA 5HE1A 1H26A 2WQBA 2QOCA 4M97A 5EM5A 5FG8A 4G17A 3EH9A 4LG4A 3F7ZA 4JRVA 3M1SA 2FGIA 5D1JA 4BCNA 2C30A 3DK6A 4PUZA 4L46A 1F0QA 5AP5A 5CU6A 2WAJA 4PDOA 5AUYA 5AR7A 2NP8A 4U79A 4CEGA 1STCE 3EL7A 4KS8A 4IANA 3MY1A 3TN8A 4JOAA 4O1OA 4AX8A 3JR1A 4BTMA 1MUOA 2Z8CA 4YC8A 3NWWA 5LJJA 2O8YA 2R3LA 2DWBA 5ACBC 4Z16A 5LMBA 3O7LB 2WPAA 1OBGA 2YDIA 3JY0A 3KEXA 3PPZA 1ZAOA 2BTSA 3BX5A 3TV6A 5AM7A 1YQJA 1Y91A 5T3QA 4E4LA 1YVJA 4GFOA 2V0DA 4FUYA 2OXYA 3ROCA 3W32A 3A4PA 4AN2A 3E8CA 3QQLA 4GYIA 2J5FA 3R73A 5CEQA 3VUMA 4CV9A 4NW5A 3PWYA 5CVHA 1BL6A 3UZTA 5F94A 3GGFA 3C4XA 1OZ1A 3HRCA 4EH3A 5M51A 3HA8A 2AC3A 3CS9A 5AV0A 3ZHPC 1PXPA 2Z7SA 4JDKA 1Y8YA 1R3CA 5E8XA 3P79A 2Y4PA 2UV2A 2IVVA 2YAAA 2OF2A 3CC6A 4FKJA 4FIEA 4P2KA 2ZB0A 2CGVA 2GHMA 2YM4A 3FMNA 1Z57A 1WBNA 5EH0A 3V01A 2F9GA 2I6LA 4GG7A 4BDJA 4USEA 3AQVA 4EKKA 2WMSA 3D14A 4YSJA 2R3NA 3GP0A 3KCFA 3F3TA 2FYSA 4RX7A 4M69A 2R3IA 3FMLA 3I60A 4K11A 3UVPA 4C35A 1FOTA 4JVGA 4AN3A 5KBRA 4TYEA 3F82A 3GU5A 3G9NA 4RVMA 3BHTA 5CYIA 3CJFA 1OKWA 4JG6A 4X2FA 3VHEA 4YP8A 4DH5A 4RQKA 2JAMA 3TJDA 4JQEA 3F2RA 3SG9A 5K3YA 2JIIA 3NNXA 4JDIA 3QZHA 4IW0A 3WYYA 2VTQA 3COKA 4L53A 4FKIA 5JK3A 4C2WA 1U5QA 1XH6A 2J7TA 4KS7A 1VEBA 5CXHA 4DEBA 4ZMEA 1ZY5A 4JDHA 5E9EA 1WBPA 4EHZA 4DT8A 4XJ0A 2BHEA 4JBOA 5HNIX 4LL0A 5E8UA 3TNPC 3UO4A 2WHBA 3P1AA 1YKRA 5DG5A 1ZLTA 3NRMA 4XOYA 3EQCA 1M2PA 3V51A 3RGFA 2W5AA 4FTOA 3KGAA 3IW4A 2XM9A 5LVNA 3GI3A 3FMHA 3KRXA 4TNBA 2YCQA 2JIUA 3D94A 5J7BA 4X0MA 4HCTA 1U5RA 3LZBA 5EW8A 3ZFMA 4WG4A 3P7CA 3ZDIA 4CFNA 4AQCA 4FSMA 3ZZEA 4CYJA 2QNJA 1IAJA 4I0RA 3VS4A 1ZMWA 4LOOA 4CVAA 3DCVA 2X9EA 3CBLA 2X6DA 2Z02A 3RZBA 3ELJA 5J5SA 2UZDA 2WMRA 4V04A 4IBMA 3MFRA 4JRNA 2CKEA 2OJGA 5DBXA 5CF5A 5CU0A 5A3XA 4DLIA 4K0YA 2R2PA 4C4IA 3EFLA 3FHIA 4DH1A 3NUPA 3Q4CA 3RKBA 2XNOA 3QD0A 4TT7A 2YIRA 4IB1A 3A2CA 4RG0A 3D83A 4JXFA 2W4JA 3II5A 4ASXA 5AV3A 5C27A 4ANBA 3U6HA 3G15A 4ACDA 4FTQA 5DWRA 2YCFA 4GKIA 4FTCA 4E93A 3R7UA 3ID6C 3W33A 3KMWA 4E1ZA 2QG5A 3EN9A 3D15A 5JZNA 4WIHA 3WIGA 5EM6A 2B0QA 2WU7A 3ZLWA 3IW6A 4MK0A 5AR4A 2HW7A 4O7LA 1XBAA 2VO3A 4JX7A 2BZHB 4UY9A 4GYGA 3PJ2A 4A4OA 3UOJA 2G1TA 4O7YA 3DXPA 2VTLA 4BIDA 3PP0A 5E4HA 5E8ZA 5M4UA 3P23A 3W8QA 3R2BA 2R3KA 3HRBA 1Q8WA 1ND4A 3CD3A 2WTVA 4OBQA 2DQ7X 2OZAB 3IKAA 3NUXA 1J7UA 4XNEA 3TKUA 4PMSA 4ANQA 1P2AA 2JKQA 3C51A 4F0IA 3V5PA 1O9UA 2XKDA 2HIWA 4QMWA 4QO9A 4R7BA 4M0ZA 4IM2A 4PPAA 4W4VA 2OFUA 5LOHA 4O2ZA 4FSZA 3V6RA 3KK8A 2QHNA 3WBLA 3A7HA 1O6YA 2O63A 1F3MC 3VVHA 2CCHA 3N9XA 4BBEA 4BGQA 4A07A 1ZYDA 4O0SA 4E6AA 3FWQA 1OUKA 3PZHA 3QTIA 4ACGA 2YLFA 4DGNA 4GUEA 2KULA 2A0CX 3UZRA 4IACA 4C02A 3O71A 4NKSA 3E64A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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