4ITHA

Crystal structure of rip1 kinase in complex with necrostatin-1 analog
Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
287
structure length
247
Chain Sequence
NVIKMKSSDFLVSLAFHRTQGLMIMKTVNEALLEEAKMMNRLRHSRVVKLLGVIIEEGKYSLVMEYMEKGNLMHVLKAEMSTPLSVKGRIILEIIEGMAYLHGKGVIHKDLKPENILVDNDFHIKIADLGLASFKMWSKLGTLYYMAPEHLNDVNAKPTEKSDVYSFAVVLWAIFANKEPYENAIAEQQLIMAIKSGNRPDVDDITEYCPREIISLMKLCWEANPEARPTFPGIEEKFRPFYLSQLE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (32-36)S2 (40-46)AH2 (100-105)AH1 (57-69)AH3 (112-132)TI1 (72-75)S3 (78-84)AH5 (207-223)S4 (87-93)EMPTYS5 (98-99)TI2 (95-98)AH6 (234-243)AH4 (163-168)3H2 (141-143)S6 (144-146)TI3 (147-150)3H3 (195-197)TI8 (228-231)S7 (152-154)TI5 (159-162)TI4 (156-159)TI6 (190-193)TII1 (197-200)3H1 (14-16)TII'1 (84-87)TIV3 (136-139)TIV1 (36-39)TI7 (200-203)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Structural Basis of RIP1 Inhibition by Necrostatins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
total genus 75
structure length 247
sequence length 287
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2013-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4ithA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4ithA01
4FSYA 2YN8A 3G0EA 1DAYA 2ITPA 2QHMA 2R3GA 3GOPA 3VS4A 1GZOA 1UNHA 4NW5A 1WBTA 2VU3A 3OWKA 2QOQA 4PTCA 3ZLXA 5CF5A 2XCHA 1H07A 4XJ0A 3UODA 3W16A 5E8SA 4O83A 3THBA 1B6CB 4JAIA 4FIJA 4UMRA 3EJ1A 1J1CA 3C4EA 3CS9A 3MJ2A 5A4QA 4RVKA 2AUHA 3U6JA 3QQLA 2CKOA 3U51A 3QHRA 3KL8A 2CN5A 1FOTA 2F2CB 4ZSJA 3UNKA 3BYOA 5M08A 3O71A 1LP4A 3A4OX 3LCOA 4ANBA 4HGSA 1Y6AA 2IO6A 3QHWA 4IXPA 3H0YA 4IC8A 3VJOA 3GI3A 3D7TA 3L8XA 3ZRKA 4E6CA 5J5TA 3QCQA 2R3JA 1QPDA 2VTJA 3LFEA 3AGLA 3MIAA 2BZHB 2Y4IB 2GQGA 3BBWA 2GHMA 3QD0A 4FL2A 5CSXA 2R5TA 4NZWB 3U54A 4XNEA 3HZTA 4ZS4A 4MK0A 2R3LA 3ZC5A 2YJSA 2PUUA 3ROCA 2GQSA 5ANOA 3FEGA 4YBKA 5LVPA 4JRNA 4GRBA 4U40A 3GC7A 3JY0A 5CU2A 3WF7A 3VUTA 3RVGA 4KKEA 2IVSA 4I21A 2F2UA 2X8EA 1FVRA 3EQGA 4TWOA 4HVSA 4ZXTA 2OWBA 3DBCA 2ONLA 4IAZA 3LFBA 5I3OA 3OBJA 5M06A 4H39A 4NK9A 2W1IA 2BDJA 3QRUA 5CS6A 4BDCA 4HVHA 3M11A 5EKOA 4CVAA 1MQ4A 2PK9A 3LQ5A 3QLFA 1CKIA 4AGUA 2OZAB 5IEYA 1MP8A 5L2TA 3E7VA 4O7TA 2OXXA 2YCFA 4YC3A 3ORLA 5FEEA 4L01A 1XHAA 4EOIA 3KF4A 4BKJA 4FSMA 1J3HA 3QCYA 1W8CA 2YCRA 3R2BA 5CYIA 2I0YA 3QTIA 3SAYA 3TXOA 4DHFA 4ASDA 2XUUA 3MTFA 3F3VA 3D5XA 3NUNA 3EFKA 5HIDA 2OJGA 4ALUA 5CF6A 5IA1A 4NCTC 4KKGA 3UDBA 2FUMA 2WFYA 4J1RA 5KZIA 3AMBA 4GYIA 4C62A 3MVHA 2OICA 3DT1A 4F63A 4M15A 2BPMA 4G6OA 4R3PA 4HYUA 4WRGA 3FI8A 4GFGA 4EL9A 5BMMA 4G1WA 4O0WA 4QP8A 4QT1A 2PPQA 1DI9A 2O3PA 4CGAA 2WTCA 4EHGA 5M51A 5HNGA 3Q60A 4M8TA 3O8TA 4IWPA 4M67A 4IDVA 5BYLA 1YDRE 2WQNA 2V7AA 3I0QA 3HYHA 2ERKA 4LG4A 4TRLA 3MPMA 1SNXA 3WI6A 4DGNA 2OH4A 4C3RA 4D0WA 3PSDA 4JQEA 2W1GA 3ZEPA 4I24A 5D10A 3HV6A 3A7IA 4W4WA 3KMWA 2VTMA 4LL0A 4EHZA 1IAJA 1PF8A 4JJRA 1BMKA 3LQ3A 4L68A 4IX5A 3TIZA 2HY81 4CSVA 4FT7A 4QMLA 2IZUA 3AD4A 3DGKA 1Y57A 5E92A 4E4MA 4NKAA 2ZDTA 3FZOA 3PIZA 2WQMA 2BZJA 4Z3VA 3BX5A 3U4UA 3HMOA 5BVWA 2BRHA 5GHVA 2O2UA 3W10A 3LFFA 3QTUA 5AR7A 2W1ZA 3QRJA 5KMKA 4UMPA 4ENXA 4C59A 3O23A 4IX4A 4CEGA 2W1FA 2J50A 2UV2A 2XM9A 3B2WA 1CSNA 3VNTA 2ITYA 3QF9A 2ZB0A 4QTEA 4MXCA 5AMNA 4YJSA 3IGOA 4W8DA 4ZTNA 2VX1A 4EH4A 1ZYDA 2SRCA 2WD1A 5A6OA 3DBEA 5HO7A 3KFAA 4TN6A 2P33A 3DLZA 4RJ8A 3R9HA 1M52A 4FTKA 2R9SA 4OTWA 5CLPA 3BWFA 4ITHA 4NFMA 4WBOA 5HLWA 3ALNA 2ETMA 4QMTA 4Z7HA 3QD4A 4NFNA 1TVOA 3CTHA 5AM6A 2J9MA 1T46A 3DJ7A 2UUEA 4G34A 4RWJA 3VO3A 4WO5A 4RRVA 1XR1A 2QU6A 5AADA 2YM8A 1IRKA 4BC6A 2QKRA 5LMKC 1BL7A 1M14A 2QD9A 4JDKA 5I3RA 5IQFA 1XH9A 4X3FC 4C7TA 2C6DA 4ZTLA 4YLJA 4AA4A 4O7SA 5CI6A 5CSWA 4CFXA 3UO6A 4EUUA 4K1BA 2W5AA 1JBPE 3IW6A 1GNGA 3P7CA 4I5PA 1R0EA 4PQNA 4XP2A 5J87A 3UG1A 4O0YA 3R8MA 2WXVA 4RPVA 3R7VA 5AA9A 5IA2A 4X7QA 5BVKA 4BCOA 2VRXA 4FT5A 5LWNA 3LXKA 2YDJA 4R78A 5T68A 4EJNA 3QC9A 4F6UA 4DITA 1HOWA 4TT7A 2QR8A 3VIDA 4AU8A 2PE1A 3GFWA 4O0TA 2BMCA 3QQFA 5GZ9A 1PJKA 4WA9A 3JUHA 4GT3A 4FV6A 2WTWA 4BDFA 4ERWA 3QCXA 2OI4X 5L2WA 3ZLSA 4LMUA 3V6SA 4D9UA 2J0KA 2WMTA 3LFCA 4O2ZA 3BLHA 4BDEA 4CFFA 2YACA 2Z7SA 4D55A 1GIIA 1YHSA 3COIA 3H9FA 5EDPA 5JT2A 4BDIA 4ZP5A 3R73A 3TUBA 2YCQA 2WMWA 2BFXA 3DBDA 4BIEA 3LCKA 2R3RA 5EW3A 3VN9A 3V3VA 3DPKA 1ZOHA 4A4OA 4BR3A 3VS0A 1W83A 3FMJA 2OFVA 2EXMA 2R3OA 4BL1A 3FXXA 4ARKA 3QTRA 4GW8A 4ZY5A 3NUAA 5LVMA 2IJMA 4RIWB 3QQUA 2WPAA 2XNEA 5DG5A 4BZDA 4B8MA 2OGVA 1GZ8A 2VWIA 4H05A 2ITZA 5AV3A 4WUNA 2CLXA 2E9OA 3DAJA 4J96A 3R9NA 4GVAA 2BAQA 3QTQA 4GIHA 4MF0A 1M2QA 3TJDA 2XBAA 2W1CA 3EZVA 5E1EA 1UNLA 4F9WA 2YAAA 2JIVA 4FV5A 2G15A 2UW5A 4IZ7A 1OKVA 5AUWA 4HYIA 2WMSA 2BAJA 2JEDA 1GOLA 3F9NA 3IONA 3IKAA 2LGCA 4YJOA 3RK5A 5EQYA 2YM3A 1BL6A 4YJNA 4USFA 1BX6A 4RIWA 5IMXA 4M3QA 5IDNA 3WARA 2R3QA 2QOLA 3E92A 1SM2A 5FLFA 5AP4A 3Q4TA 2X6DA 2OJ9A 3GC8A 3FKLA 3HLLA 4RLKA 4IW0A 4UZHA 4FTCA 2XK4A 1QMZA 5FXQA 3S2PA 4FSTA 4BI2A 4K77A 3FSFA 4CMOA 5CEPA 2WU7A 4YHTA 2YZLA 3R7IA 2NP8A 4HNIA 4TNBA 4ZOGA 4AT4A 4LV5A 5EQPA 4FG7A 4GG5A 4N6ZA 3BI6A 5C8KA 3TKIA 3BV2A 1XBAA 3CEKA 3ZUTA 3DFCB 4WRSA 4C2VA 3ZOSA 3F82A 4YLLA 4USEA 4LGDA 4BTJA 3S0OA 1XH7A 3C1XA 5TE0A 3BYMA 5C03A 3GGFA 3AC4A 4GU9A 5JGDA 4GJ3A 5JSMA 4FEQA 2PTKA 4R7BA 5IQHA 4NTTA 4QMPA 3DQWA 4IAIA 4QPMA 3S00A 4R77A 5DT4A 5IQBA 4QPSA 4BZNA 1WVYA 5HCZA 3MVJA 2CDZA 2RF9A 4F70A 4IVCA 5TF9A 3FMKA 4QMYA 2JD5A 3IW4A 4XBRA 3MWUA 4DG0E 5GZAA 5CU4A 4LQMA 5EOLA 1FPUA 4S2ZA 3Q5ZA 1R3CA 1BYGA 2X6EA 5IDPA 3RM7A 5I9WA 3NCZA 1XO2B 3R02A 4QP2A 2VTIA 2C5YA 2YA9A 3P4KA 5BQ0A 3QRIA 2C6MA 4IM3A 4ZTQA 1APME 5DEYA 4EH5A 3PJCA 5J95A 4J71A 4D0XA 3FLWA 5CSHA 1YKRA 5KE0A 4NU1A 1VJYA 3RPOA 1L3RE 3Q6WA 4DLJA 2QNJA 3P1AA 2W4JA 4F0GA 3UMXA 2JKOA 4ZZOA 3FQHA 3M42A 2BAKA 3PY0A 4YZCA 4BKYA 4BKZA 3DZOA 3DDQA 4MNEB 4AZWA 4RJ6A 4O0UA 1WFCA 1OIRA 5KNJA 4NW6A 4YO6A 5TO8A 3DBFA 3PTGA 3VRZA 4DTKA 3U8WA 1O6YA 3MH2A 5EI2A 5ETIA 2YERA 3DV3A 3D0EA 5CSPA 4O1PA 1AGWA 1R39A 5I9ZA 4EH6A 2YWVA 2GHLA 4D2TA 2CPKE 4CTCA 3ATTA 1A06A 3K2LA 5HIEA 2VWWA 2XJ2A 5D7AA 4RMZA 5IEXA 1OIYA 4U9AA 4JXFA 4CV9A 2NRYA 5FEQA 4Y72A 1KE7A 3HV3A 4RZVA 4XOZA 3DKFA 4H1JA 4CMTA 5I5ZA 5CI7A 3OMVA 4YPDA 2G01A 4MNEA 2OBJA 4KIKB 3NYVA 3OWLA 3ZLYA 3BGPA 4TYEA 3VS5A 4BCIA 3NW5A 4FNWA 3A7HA 3DU8A 3NR9A 4NM0A 4DYMA 4XS2A 5KMLA 4ZY6A 3HP2A 2QOOA 3UC3A 5HBEA 5AA8A 4IQ6A 4QTAA 5CZHA 4BGHA 5C26A 3ELJA 5DA3A 2GHGA 3Q9ZA 5JRQA 4MWIA 4XG6A 4AGCA 4G31A 3ID6C 1XH8A 2YITA 2ZMCA 4F9YA 2HY0A 5AJQA 4BBEA 4FEXA 4C2WA 4EKLA 5HZNA 3TZ7A 3ZO1A 2HELA 4BN1A 3A61A 4FZFB 3WE8A 4EC8A 1Q5KA 3I81A 4G3CA 1H27A 4O7LA 1J1BA 4JBOA 5HEZA 1GZKA 3TZ9A 4QRCA 3K5UA 3ZBFA 3FLNC 5FGKA 3ZUUA 4NWMA 4OTIA 3ERKA 4MH7A 2IW8A 4C4HA 4EUTA 3ZO2A 3DK6A 2X7FA 3A7FA 2YZAA 3NX8A 3PA5A 4FICA 4HCVA 2VWUA 4PL3A 4E4NA 4F4PA 4RWIA 1UU7A 3MFSA 2UZWE 3I7BA 5IUIA 5C27A 1V1KA 3ACJA 2PHKA 4M14A 3NUPA 5JFWA 4FTLA 3VAPA 4ASXA 2XCKA 5A4EA 4ZSEA 3OFMA 3MB6A 2CGUA 3D14A 5D11A 5EM5A 2X81A 4JBQA 4GUBA 3FAAA 4FL3A 2B1PA 4W4XA 3VS7A 3FMHA 4CFMA 2XNBA 4JG7A 4MNFA 4RGJA 4BIDA 3HNGA 3R00A 3VS6A 4BBMA 3OCSA 3UQFA 3PJ8A 3RK7A 5A4TA 3WE4A 4AFEA 4I92A 5B2MA 3EN7A 4PPAA 4CD0A 5DT3A 2BRGA 3CD3A 4AXAA 4B9DA 3LCDA 3PSBA 2C3KA 4DFZE 1DI8A 1OL5A 4BDKA 2GPHA 2QVSE 4N70A 3T9IA 3ALOA 2XRUA 4FKQA 4BCGA 2ZV7A 2P4IA 2UZLA 3KULA 4NCTA 4GVJA 4RA5A 3DJ6A 3R9DA 3S4QA 4AAAA 5DE2A 4LYNA 2PUIA 2I1MA 4QQ5A 5AWMA 2C3IB 3OROA 3BBTB 4GT4A 4JX3A 3FZ1A 3FI3A 3RZBA 5AX3A 5AV0A 1YDTE 2PE2A 3LJ2A 2OO8X 5L8KA 4GFMA 1FVVA 4ANMA 5HG5A 3HL7A 4RX7A 2XJ0A 1KV1A 3NRMA 5F94A 3RKBA 3NCGA 4OTPA 1Z57A 3TV6A 4QP4A 1XH6A 3O7LB 4YPSA 3SOAA 2CCHA 2IVVA 3SGCA 1I09A 2UW7A 3PY1A 4GJ2A 4QNYA 4WSYA 3SQQA 4DAWA 2HOGA 2P0CA 3RAWA 2VTHA 2XK3A 3BU3A 2RKUA 4R6VA 1K2PA 5IG1A 3CIKA 5EYKA 2XNOA 5H8GA 3T8OA 3AG9A 3E8NA 5BVFA 3SG8A 3MH1A 4OTGA 3REPA 4HVDA 2P2HA 3F5UA 4CCUA 4FA2A 3LXLA 2OLCA 3B8RA 4FBXA 1LUFA 2YIYA 4ITJA 2R3MA 3BLQA 2ZYBA 4UY9A 3FBVA 4GSBA 2J7TA 3ZSIA 5ICPA 1OMWA 3MB7A 5FM2A 3Q4CA 2QU5A 4NM7A 4O1OA 3FXWA 3C0GA 5CX9A 2J5EA 5AP2A 4IFCA 4C3PA 4E93A 4RIYB 3P23A 4U7ZA 4RIOA 2OZOA 4PPCA 3RCDA 3ZDIA 3I5ZA 5HVJA 2IZRA 4CT2A 2IZTA 5IQEA 5I0BA 2XKDA 5C1QB 4CG8A 4PNKA 3IW8A 1F0QA 3PG1A 4ZZMA 3FZPA 3F3WA 1VZOA 3SRVA 3V8SA 2OJIA 3UZPA 3E3PA 3O8UA 4HYSA 1RJBA 2B9JA 2WKMA 4KB8A 2I6LA 2WIHA 4QP6A 4P7EA 4TYJA 4B99A 4CKJA 3NW6A 3PLSA 3PXFA 3OEZA 3QQJA 5HG7A 3OT3A 4JDJA 1H0WA 5HOAA 5GJDA 2E9NA 2JAMA 4RIYA 3LMIA 4P90A 1OIUA 4U45A 3R8PA 3MESA 5IH6A 3ZMMA 3U9NA 3DBQA 3II5A 4FSWA 3D4QA 4BHNA 1ZWSA 4MEDA 3RPRA 5LMKA 5J1WA 3BPRA 3A62A 3COHA 4D5HA 5AP0A 2X39A 2X4ZA 3PJ2A 3TUDA 1FMOE 4ZJVA 3HAMA 4YBJA 4X3FA 4F9AA 4JQ7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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