4ITJA

Crystal structure of rip1 kinase in complex with necrostatin-4
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
287
structure length
261
Chain Sequence
NVIKMKSSDFLEFGKVSLAFHRTQGLMIMKTVYKGPNCIEHNEALLEEAKMMNRLRHSRVVKLLGVIIEEGKYSLVMEYMEKGNLMHVLKAEMSTPLSVKGRIILEIIEGMAYLHGKGVIHKDLKPENILVDNDFHIKIADLGLASFKMWSKLNGTLYYMAPEHLNDVNAKPTEKSDVYSFAVVLWAIFANKEPYENAIAEQQLIMAIKSGNRPDVDDITEYCPREIISLMKLCWEANPEARPTFPGIEEKFRPFYLSQLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of RIP1 Inhibition by Necrostatins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 84
structure length 261
sequence length 287
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2013-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4itjA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4itjA01
1OKZA 5CVFA 4XG2A 2J2IB 3DGKA 4D9TA 1XR1A 3LFSA 4EOJA 3BRBA 2RSVA 2UZVA 4NCTC 4FKTA 2VGOA 3FYJX 4C02A 4E7WA 5J9ZA 3A4PA 5DHJA 3HZTA 3R04A 4A06A 3KN6A 3ZRKA 2R3NA 3T3VA 1OL1A 4IZYA 1PHKA 2VWYA 3CBLA 4NTSA 4USDA 5IQFA 4RVKA 4EZ5A 4NM5A 4B4LA 3NUSA 3ZFYA 5HTIA 1TVOA 2Y8OA 4BDBA 5L6OA 2A0CX 3TKIA 3DBQA 4XCUA 5CVHA 3U9CA 4OTFA 4C4HA 3PVUA 3I5NA 1JKTA 4CYIA 3GC9A 3F7WA 4GSBA 5JEBA 1BYGA 4QMZA 4FZFB 3VJOA 1F0QA 3I6WA 4OAVB 1BI7A 1XH6A 1MRVA 2VWUA 3PYYA 4EBVA 3VS0A 3QX4A 2J0IA 2WAJA 3F5UA 4GK2A 1WBPA 4FZ6A 2HIWA 4FUXA 2OFUA 4R1YA 2QONA 3MJ1A 4NM3A 4ZSLA 4BIBA 2J50A 4QMWA 2XNPA 4FYOA 2XNOA 2FSOX 5T68A 4YR8A 3W2PA 4GT3A 4G9CA 4BDFA 4IVCA 5LOHA 1RDQE 3LXPA 3QYZA 4YZCA 1ZZ2A 2B7AA 3K3IA 2Y9QA 1ZRZA 4AACA 4D2RA 4FV0A 3QTQA 3R8LA 2PUUA 5AP7A 3RJCA 5CT0A 1NW1A 3NSZA 1DS5A 4E6CA 4ERWA 3QTSA 4GKIA 2VD5A 2GNIA 4O6EA 3MBLA 5CS6A 4IAZA 3F3UA 3ET7A 1FPUA 3F3VA 4NSTA 4UZDA 4F9BA 3QU0A 4RC4A 2R3LA 3PWDA 3Q9ZA 3AMYA 4JBVA 3G5DA 4PDOA 4FR4A 2YM5A 2XBAA 2ZM4A 4TYGA 4G3EA 5ANEA 4C33A 5L2WA 4JBQA 4RSSA 2FUMA 3SXFA 4FTTA 3HUBA 4AW0A 1FOTA 2Y4PA 3NX8A 3R9HA 1PJKA 3DZOA 5FG8A 5JSMA 2JFMA 4RX9A 5CTPA 4ZZOA 3L9LA 4FKOA 5BQ0A 2CLQA 1YXSA 3QFVA 3AMAA 3R7EA 5KMMA 4AG8A 3ZOSA 3LCOA 4YBKA 1P14A 4YPSA 3TNIA 4HGEA 3R8UA 5A54A 5CU4A 3NDMA 1YXXA 5EK7A 1FVTA 2QOHA 3QTXA 5LCJA 2ITPA 4I24A 2X0GA 3R8MA 3VUTA 4EHEA 3LMIA 4B7TA 3AT3A 5D9HA 4PDYA 4QMPA 4Z7GA 3I5ZA 5H8GA 3UGCA 3PSDA 3WBLA 3KXGA 1PXOA 4HVDA 2OJIA 2XCKA 3UJGA 3Q6UA 2FB8A 3FZ1A 4RFZA 5LMAA 1IASA 4YNEA 5FLFA 2GNGA 3IW8A 3Q9XA 1GIIA 5HE2A 2YJRA 3TXOA 5KMLA 4EBWA 4YGAA 4OBPA 3W8LA 1WBWA 2W4OA 5I4NA 1RW8A 1O6LA 3SOCA 3U8WA 3PDTA 3ORKA 3TCPA 1Y6AA 2HZIA 3VUHA 2GTMA 2R3RA 2VWWA 3R30A 2I6LA 3PVGA 4AGWA 5HVKA 4JG8A 5HE0A 3KK9A 4HYIA 4MK0A 3BV2A 4FNYA 3BU6A 3TACA 3R9NA 1OIYA 4C34A 3QD3A 1UV5A 1OL7A 2BRBA 3P4KA 4V04A 3VS3A 4GV1A 4EC8A 4E4MA 2VO6A 3II5A 3S1HA 4KS7A 4IWPA 2W1DA 1S9JA 5LARA 2YHVA 3F5XA 4CCBA 5C4KA 2FO0A 2H96A 4RG0A 2EXEA 5BUEA 2OIDA 3R1QA 5DI1A 4DEEA 3NIEA 5CU3A 3DBEA 4YJOA 4AGUA 4H39A 5DEWA 2WTKB 3KXNA 3HYHA 4C4IA 4XBRA 3AD6A 5CZHA 4BYIA 4XG6A 3PLAE 1UU9A 4MNEA 4ASEA 1JKSA 1VJYA 1YQJA 3EQBA 2B9JA 3DBFA 4I0TA 5CF6A 3KXZA 3R7IA 2UW0A 3QHWA 4CZTA 3EN6A 4UBAA 5EYCA 1H4LA 3QZHA 3IECA 3Q3BA 4FV7A 4FVQA 4M3QA 4MQ2A 5EM7A 5TR6A 5CEOA 4CKJA 5IEXA 5M4FA 2ACXA 3L9MA 1W0XC 4IB5A 4JX7A 2B55A 4O0XA 4YMJA 5LMKC 3QTIA 4QTEA 1J1CA 5AV0A 5C8NA 1M2RA 3TUDA 4UMTA 4FSQA 4GK4A 5IZFA 4BWKA 3C1XA 3VBYA 3ANQA 1JSTA 3FXXA 2R9SA 3JS2A 4M14A 3FMJA 3PY1A 1Z9XA 4CFUA 2QOQA 5ANDA 5K9IA 3PIYA 3FI2A 3EFKA 4G3GA 4C0TA 4KBKA 2PVMA 3EZVA 5A9UA 5KCVA 4O83A 3D7TA 3OCTA 4U40A 5KMOA 2QO9A 2J7TA 3Q4TA 4YURA 5FEEA 3ZXZA 2PUPA 4DG0E 4NM7A 1QPJA 4GT4A 2OFVA 4JS8A 4BTJA 4QRCA 3A8XA 3RPSA 4IE9A 4BTKA 5GIPE 3VS7A 3A7HA 2XEYA 3DV3A 3M1SA 4N6YA 4AFEA 3MESA 3HV3A 3LFFA 4HGTA 4FZDB 3C5UA 3ZRMA 1U59A 3QQFA 3PE2A 3COMA 4J7BA 3HV5A 1A9UA 3FKLA 2BMCA 5IF1A 2Q83A 2UZDA 3WF9A 4JDKA 2ZVAA 1UWJA 5BYZA 5L2SA 1WBTA 3GVUA 3OTVA 4L00A 3ZO3A 4O7TA 4XP2A 4IZ5A 3ULZA 4MBLA 2OH0E 2CNVA 2IPXA 4TRLA 4P7EA 3UOJA 4LFIA 5IH5A 4TYHB 4FNXA 3ZTXA 2OZAA 4RMZA 5IUHA 3G0EA 4KNBA 4KAOA 2J9MA 1VZOA 1E9HA 3MY5A 4M8TA 4CKRA 1BX6A 1R78A 2XIXA 3UYSA 2O65A 4KIOA 3Q96A 3SW4A 2CGUA 2YM3A 3EN4A 3TZ8A 3D5VA 3QUPA 2WTDA 3EKNA 3VS1A 5BPYA 4M12A 3EFJA 4GVJA 3CY2A 5C8MA 4ALVA 3HEGA 4NWMA 4FV8A 4DGMA 4I3ZA 1WBSA 2VTLA 3FMEA 4FTNA 5HEZA 4ZSJA 3LCKA 4U7ZA 2QR7A 4D4RA 3Q4UA 3KK8A 5AUWA 2QD9A 2XNMA 3DB6A 3QAME 4TN6A 5M55A 1FGKA 3MH3A 3P86A 2XIKA 5DNRA 4YO4A 4BBFA 5E8UA 4EOQA 5EG3A 2OG8A 1Q4LA 5FGKA 4LUEA 2WMWA 3N4VA 2BIYA 5M53A 3PUPA 3FI4A 2C6KA 3ZLYA 3KRLA 4C8BA 4IWDA 3I60A 3DBDA 3UMWA 4YLLA 2CGVA 4XS2A 4LL5A 5HNBA 1SNUA 4W9XA 2G2FA 2B0QA 3F3TA 5CXZA 2C6IA 4EWQA 4U43A 5G1XA 5KKRB 2JGZA 1NY3A 3EOCA 3L8XA 4F0GA 4I5HA 4NU1A 3TV7A 2LGCA 4OR5A 5DMZA 1FBNA 5CLPA 3R2BA 1NT2A 4M69A 3ZDUA 1ZARA 2C6TA 1BKXA 5KUPA 2CKPA 3V8TA 2QOFA 3DKOA 4BKZA 4FKPA 2XJ1A 3MIAA 3NW6A 1F5QA 3E92A 5EKOA 5K5NA 4OAUC 3KKVA 4GUEA 2IN6A 3HV4A 1GIHA 2AC3A 3FZSA 1JPAA 5BMSA 2CKQA 5HVYA 4GIHA 5ETFA 5F20A 2BCJA 2GNLA 1FMKA 3IK3A 5B2LA 4QMSA 4HJOA 4JVGA 3FPQA 4X2NA 2Z7QA 4DN5A 5A6NA 2PHKA 4RIOA 4YJNA 2PMOX 4BGQA 3O2MA 4RT7A 2X81A 4QYFA 5IDPA 2W1IA 2UW8A 3BHVA 5CSVA 3VAPA 2WQOA 4UXLA 4C58A 1P4FA 1H07A 3D2KA 3FJQE 3MA6A 3VIDA 3SVVA 3PLSA 4F08A 4IMYA 4V05A 4OTPA 4D2WA 3CC6A 3ORIA 5CNNA 2BKKA 1V0OA 5EKNA 4PTGA 2YAKA 3LFAA 4W4XA 4X2FA 3RI1A 2WTKC 4AP7A 3C4WA 2NRYA 3WIGA 3DAKA 1YI6A 4AFJA 4AE6A 1PF8A 2P55A 3ZEWA 2VN9A 2EB2A 1ERKA 4IFGA 1H27A 3R7YA 1U46A 4F70A 1H25A 4CQEA 1JVPP 3KULB 2VX3A 4G31A 4U42A 4U45A 1Q24A 4HYSA 1XBCA 4P4CA 2C30A 2WTWA 5IKWA 4F9WA 4FSZA 3BI6A 1B38A 4YJRA 3Q9WA 5AX9A 3BEAA 3RNIA 3BHTA 2EUFB 4BTFA 4DH1A 4EI4A 4FODA 2XJ0A 3TJDA 3R63A 3HDMA 1W84A 5DE2A 4O82A 1YXVA 3CS9A 3KREA 3PA4A 2CN8A 3FPMA 4PMTA 4L3PA 1YVJA 5G6VA 4FG7A 2OI4X 4ALWA 1ZLTA 4FGBA 3UPZA 2RFEA 3BE2A 4CMUA 4R7HA 5I9ZA 5F9EA 2W0JA 1YDSE 4U8ZA 3HLLA 3F7ZA 4LMNA 2UZTA 5D12A 3GB2A 3NNXA 4KD1A 3RKBA 4Z7HA 3WOWA 4DEDA 4GKHA 2H34A 3W2RA 5LVPA 4GYIA 5A4CA 4KSQA 4XV3A 3LFBA 4HCTA 3Q4ZA 5FRIA 4YHTA 4RX5A 5IA1A 3Q6WA 4QP3A 4WNMA 3BWJA 4BCMA 2VUWA 4BY9E 4GMYA 4CTCA 4QYHA 3SOAA 3C4CA 2EXCX 3BBWA 5IUIA 2VTIA 3QD4A 3V5PA 2J0LA 5J5TA 2QU6A 4H58A 1O6YA 2E2BA 2GCDA 4AW1A 3CQWA 4WOVA 1YKRA 2HY0A 2XNGA 2ZV8A 1YHWA 4F99A 4A7CA 1ZOGA 4QMYA 4PQNA 2VX1A 4RJ6A 5EHLA 1ZMWA 3W8QA 5TF9A 2C68A 3DXQA 1HCKA 3IDBA 4H1JA 4CCUA 3ZH8A 5AR8A 1H24A 3FL5A 5CENA 3RPOA 3GI3A 3I7CA 4RGJA 5K0KA 4FV5A 4RQVA 3SDJA 3U9NA 4AZVA 2WFYA 3RCDA 4UV0A 2P2IA 4M84A 4ZS0A 5IDNA 5C03A 1ATPE 2YLEA 4OTQA 3VN9A 3GOKA 5FTOA 4H3BA 3U51A 4E5BA 3QTWA 5CASA 4UMUA 5M08A 5H8BA 4YBJA 2O63A 2R5TA 4LMUA 5AJQA 4KIQA 1YI3A 4AN2A 4BC6A 2QO2A 4EOLA 4F64A 3B2TA 5EDPA 4Y95A 5A46A 4ZY4A 3F82A 3DS6A 4EK8A 3PVBA 4R1VA 3LFQA 4A07A 3ROCA 4DEIA 3F88A 4GCJA 4N6ZA 4DFZE 1FVRA 2WZJA 4GUBA 4XG4A 3RTPA 2ZAZA 3AT4A 3VS4A 5C26A 4A9TA 3KVXA 1OVEA 3BBTB 4PUZA 3UYTA 3VBVA 2C47A 4BI0A 1ZY4A 2W1ZA 4G2FA 2CNQA 1FQ1B 4JAIA 4GIIA 4GRBA 4QQJA 4Y73A 4TTHB 5EHYA 5HG9A 5TOZA 4AE9A 4DTKA 4GEOA 2UZBA 1W98A 4BDIA 3UO5A 4FGRA 3CQEA 1GZ8A 2XK4A 4U3YA 4ERKA 3SGCA 2VTQA 3D2IA 3TUCA 1UU7A 3BLHA 4MTAA 5JRSA 4DGOA 5DIAA 3LQ8A 3MV5A 3S3IA 1XBBA 3OOMA 3E5AA 5HZNA 3NNWA 1QPEA 1UVRA 5J1WA 2O8YA 2GDOA 2JDVA 5ANKA 2JKOA 4KKGA 4W4WA 2EVAA 4AA5A 4D4VA 2HELA 3BGPA 4YU2A 3UG2A 4YTFA 2XA4A 5JH6A 4HVHA 1STCE 1PXJA 5IG1A 3AXWA 2C6EA 4F6SA 2H9VA 2QLUA 2J0MB 4XEYA 3NUAA 3GCQA 5JZJA 4XLVA 4BCFA 4TW9A 4QNAA 4AW2A 2BVAA 4GL9A 3VVHA 3KL8A 1Q8WA 3PXRA 3VUKA 3NGAA 3P1AA 5L3AA 4ENXA 4I6BA 5J9YA 2PZRA 3B8QA 4BKYA 3RM7A 5AAEA 3V5QA 5JGAA 4XBUA 5ETAA 3QKKA 3PA5A 3VRYA 5KNJA 2PZPA 5J87A 4A9RA 1GY3A 3IO7A 2XRWA 2UV2A 2R3OA 3HV7A 3PJ2A 2WQNA 1WBNA 4B6LA 3OFMA 3UODA 2ETMA 2FVDA 3PJ1A 4JQEA 2HW7A 3KRRA 4X0MA 2QURA 4UN0C 3UP2A 5HU3A 3KEXA 3RZFA 3P7CA 2H8HA 3SG9A 2W96B 5AP6A 1DM2A 2X8IA 5EQPA 3I81A 2WIHA 5CQUA 5HX8A 4CGAA 3P9JA 3E64A 4PP7A 5F95A 3FKOA 2OK1A 3GU5A 3ZM4A 2J0KA 5L2QA 5CEQA 3FZTA 3ZO1A 1M2QA 5LVMA 3PXYA 4QMUA 3QBNA 1Y8YA 2R3GA 4KABA 4NT4A 4ANMA 5IA0A 1KE8A 4FL1A 3WI6A 5ANOA 4NFNA 3TWJA 3BX5A 1UNLA 5CF4A 3VW6A 2WEVA 3M2WA 4JL9A 5AMNA 4UEUA 2J90A 4EOPA 1K2PA 4FKWA 5AP0A 3DPKA 5CU2A 4ID7A 2XKFA 2JFLA 4I6FA 1P5EA 2O5KA 3LJ0A 3R8PA 4BTMA 1M14A 3DU8A 1M17A 3RAIA 4B8LA 3ID6C 2P33A 1BL7A 5CANA 4FEUA 3NAYA 5HIDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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