4KD1A

Cdk2 in complex with dinaciclib
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLARAFGVPVRTYTHEVVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPHLRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cyclin-dependent kinase inhibitor dinaciclib interacts with the acetyl-lysine recognition site of bromodomains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 2
molecule tags Cell cycle/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 85
structure length 298
sequence length 298
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2013-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4kd1A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4kd1A01
4GW8A 4QPMA 4AN2A 4CG9A 4B9DA 3P79A 5HIBA 4G3FA 3ORZA 3ROYA 4G3DA 4IADA 3ZM4A 2CNUA 2R7IA 4AAAA 3DAKA 3PXQA 3EZVA 2BR1A 1OKVA 5AR8A 4ZTMA 2R0IA 4EZ3A 3R1SA 2PZPA 3QQJA 2YACA 4YNOA 5CAOA 4FV8A 2UZBA 5KHWA 3SDJA 1WBVA 4IM0A 2QO7A 4UYNA 2X9FA 4GMYA 3ALNA 4EHEA 5A4EA 4Z3VA 5HEZA 3DKGA 2PHKA 4BY9E 3G0FA 3QCYA 2UZDA 3BHUA 3LFNA 4U9AA 4GVJA 4PRJA 4IWDA 5CEIA 3CGFA 3RALA 2WTKB 1PYEA 2XVDA 3VS5A 1JSUA 3NNXA 2VGPA 2J50A 3AOXA 3RK7A 1OL5A 2ZAZA 5C8KA 4NCTC 3I5ZA 2WTVA 3MVLA 3QX4A 3S4QA 1YOLA 4FTOA 5F4NA 3NVKI 5AM6A 3MJ2A 2OFUA 3Q9YA 4MXZA 5IDPA 4QP7A 3DZOA 3K5VA 3LCDA 3TI1A 5EW8A 3N4UA 3R0TA 5E4HA 4O96A 3LW0A 4EYJA 3CQWA 4F7SA 4FTLA 5E90A 1ZYJA 2JKQA 2X6EA 4CT2A 4EKKA 4F65A 4PNIA 2PZRA 3HAMA 4X3FC 3HRCA 3VAPA 1OKWA 5F1ZA 5IPJA 4FIEA 4PWNA 3Q4UA 4X2KA 3BWFA 4DBNA 2XCHA 4E6DA 2I0YA 3DTCA 4K8AA 4F7LA 1LEZA 3QRIA 4I5PA 4O21A 2I6LA 3SHEA 4D2WA 3PE2A 4FNYA 3FMKA 2JDOA 2RFNA 5CWZA 3G6GA 2XZSA 1G8AA 1NXKA 4NKSA 1XH8A 3C7QA 4O7RA 2XCKA 4NT4A 4GT4A 3MY1A 4UZDA 3OUKA 4BCNA 2P0CA 2V22A 4H58A 3E3PA 4PV0A 4A4OA 4C3FA 3UPZA 1GZOA 4ANLA 4CQGA 2VTPA 4F70A 4EH3A 5EM7A 3TNWA 4LV5A 5M56A 3VIDA 2Q83A 3GFEA 3V04A 3LFSA 3F66A 4A7CA 1NT2A 4MF0A 3SRVA 3Q53A 4QO9A 4FSZA 2YM4A 5EDPA 3VJOA 2CLQA 4ZJVA 3ORMA 5CVHA 3KN5A 3TCPA 3CKWA 1UKIA 3W2RA 4BDEA 3FY0A 3R63A 4BGQA 4EQMA 1SVGA 4E6QA 4FG8A 3OROA 4BI1A 4FV9A 3E8NA 3HLLA 2BHEA 3O96A 4DYMA 3RNIA 4NYEA 2Q0BA 1QPDA 4D5HA 3HL7A 1OPJA 5AP5A 4GT5A 4O1PA 2E9OA 4XBUA 5E92A 1B6CB 4IQ6A 5E9EA 3BHTA 2WXVA 3C4WA 2ZJWA 5IKWA 2YAAA 2JKOA 2RF9A 4H3QA 3Q4TA 2EVAA 4RC3A 2B9IA 3G51A 4YO6A 4ZSEA 3R8MA 5DR2A 2X7OA 4IXPA 2HZ4A 3NUAA 5HZNA 5KBRA 3D9VA 3PVBA 2YDIA 1VYZA 4JG6A 2OIDA 3DAEA 4XG7A 4YTIA 2ERKA 2BROA 2IW9A 3HMIA 4E73A 1K9AA 4OBPA 2B55A 3HMOA 5GZAA 4RWIA 3C13A 3ZO1A 1IR3A 4EHVA 4BR3A 2JIIA 3OT8A 4MWHA 5ANJA 4BCPA 4EOOA 2VTIA 3FLYA 3KULA 3Q6WA 3R2YA 4FTUA 3W16A 4AN3A 3AC8A 3LQ5A 3QF9A 2R4BA 4IBMA 4UBAA 3PIZA 5IEVA 2QVSE 3BCEA 2QHMA 3W2QA 4MK0A 2F9GA 4CVAA 4L3LA 3TKIA 2WMSA 5EI6A 1U54B 3HX4A 3DV3A 4IDTA 3QHRA 1LUFA 3MA6A 5EYDA 3D5UA 5J9ZA 5K4IA 2ZM4A 4NKAA 3IGOA 4IW0A 3HAVA 3UVQA 2VTOA 3OOMA 3DXQA 3EKKA 4JJRA 3ITZA 5M4FA 5JGAA 4PX6A 3LE6A 4GIHA 4FGBA 4F1TA 2WMXA 3ZTXA 3KL8A 3ZSHA 5L2SA 2QOQA 3K54A 2CNQA 5BYZA 2XEZA 5AAEA 4QMYA 1MRVA 2OG8A 4G9RA 4YJRA 5AMNA 4AN9A 3GT8A 4WNOA 3PIYA 4OUCA 1OMWA 2GMXA 2WMBA 4U81A 2ITPA 4QMMA 2PVYA 3QCXA 2BAJA 4K0YA 1J7UA 4R3RA 4YJUA 5HVJA 2A4LA 4FVQA 4OTDA 5KO1A 2X1NA 5CQWA 5IQIA 2I1MA 3KRLA 5BVWA 3T3VA 4DG2E 3SX9A 4V04A 5AV1A 5AAGA 5GJFA 4EOLA 3LAUA 3MV5A 2PZ5A 4GVAA 4EJ7A 1Q8TA 3FYKX 3DKOA 3ATTA 3MSSA 3ATSA 3IW6A 3QXOA 4A9TA 4GT3A 3D5VA 4U3YA 4USFA 5KMIA 5D41A 3UYSA 2VWIA 1PXMA 5D9HA 3IDCA 3RVGA 5JRSA 3TKHA 1QCFA 1YXSA 3FZSA 3WF6A 2OF2A 4FKJA 3FQEA 3IW7A 2PU8A 4UXLA 5AIKA 3P7BA 4EOQA 1XWSA 2IZSA 2WQEA 4ASDA 5AP4A 4W9XA 3ALOA 4M3QA 4DGGA 3PXKA 4AG8A 3R30A 3IGGA 3AD4A 5CU4A 4QT1A 4J8MA 4JR3A 3ZC5A 3RWQA 4R8QA 1CM8A 4FV3A 4HPUE 3E62A 5CXHA 2BRBA 4BDBA 3HA6A 4USDA 2I0VA 2GHGA 5GHVA 2C5NA 4IAFA 3G0EA 4J8NA 3TACA 1K3AA 1ZARA 3COHA 5A9UA 5BVDA 4TWOA 3C5IA 2VTHA 5AP1A 2OGVA 4DN5A 4D2PA 2ZB0A 4O0WA 4FV5A 4RJ4A 3R7EA 3KC3A 2X2MA 3EFWA 3MI9A 4M69A 5AV0A 5C8MA 4JLCA 3R28A 4BCJA 3QRUA 3ZFMA 3VBQA 5HTCA 4GFMA 4RWJA 5CNNA 2Z02A 4ZTNA 3VRYA 3COIA 3PJCA 3BEAA 5F20A 5J1WA 4N4SA 2PSQA 4BKYA 1JPAA 4HGTA 2XNGA 3IQ7A 3PWYA 5HD7A 3BLHA 3HZTA 4K2RA 4MKCA 3ETAA 2XKCA 4ZP5A 1BL6A 3IO7A 3O2MA 4FSUA 4RIOA 3UIUA 4B8MA 4ERKA 3GENA 5GIOE 3O7LD 2ZDUA 5DHJA 3LMIA 1Z57A 2BAKA 4RIYB 4A9RA 5J9LA 5H3QA 4ITHA 2YISA 2W1FA 2HYYA 3HEGA 1H1WA 2JLDA 1TQIA 5FGKA 5D12A 4BICA 4Y8DA 4YBKA 2F2UA 4H05A 2Y4IB 3VS1A 2YWPA 4DG0E 4O7YA 1PXNA 4AQCA 2ONLA 4I6BA 3RI1A 3LZBA 1QPCA 4AZSA 3W1FA 2B4SB 2Y6OA 2HELA 2RSVA 2LGCA 3E8CA 2NO3A 4G9CA 4MF1A 1CMKE 4O0RA 4QYYA 4XBRA 5CXZA 4IZ7A 1M2PA 3F5PA 1NVQA 4C2VA 1JWHA 3RAIA 3SGCA 5AV2A 5AUWA 1SMHA 1ZY5A 3LCTA 5HI2A 4HOKA 1Z9XA 4ZY6A 4DH3A 2PULA 1WVWA 2NPQA 3PXRA 2HZIA 3F7WA 3R7GA 4GL9A 5AUUA 5B2KA 1ZMUA 5J95A 4CNHA 4U41A 2GFSA 3QZIA 3VUIA 3TTJA 5KMOA 4DFNA 2R0UA 3I0QA 4C4HA 3RBWA 4IVCA 4KBAA 3R8VA 4O82A 3OZ6A 4JBOA 4GV1A 3N9XA 4N0SA 3U9NA 3GCPA 2XIXA 3FZPA 5JQ8A 5HKMA 3K3IA 4HCTA 5KKRC 5M06A 5FP6A 3OBGA 5FM2A 2E9PA 4BZDA 4E3CA 5CF5A 5AR3A 5AA9A 3OVVA 2PL0A 2O2UA 3V8SA 2OO8X 3Q2JA 2VWXA 3WOWA 3RM6A 4RA5A 3MS9A 3AC4A 4RBLA 2B9JA 3TZ8A 2PPQA 2X81A 1QL6A 3ZO3A 4I4EA 2GTNA 3UIBA 1SNXA 3GFWA 4O0YA 3QHWA 2ITYA 2BDJA 4F0GA 5HICA 4KIQA 4FV7A 3F7ZA 3K3JA 4XG3A 3CPCA 4TL0A 5JSMA 3E63A 5IQEA 1Y8GA 4WBOA 4J52A 4GK2A 4NSTA 5EQPA 3O23A 1E9HA 3ZS5A 5J9YA 5HLNA 2WEIA 3U54A 1KE5A 4R7IA 3TV4A 5IA0A 2WTJA 3PXFA 1J3HA 3WE4A 2ACXA 4WNPA 4C3RA 3PVUA 4O7WA 3FYJX 2OJGA 4KKEA 1R0PA 3TJCA 4EH6A 1Q4LA 4IDVA 3PJ1A 4B99A 1DI9A 5FWKK 4IAZA 3A8WA 3DKCA 3OCTA 3CLYA 2WZJA 3GOPA 4TPTA 3UOKA 3PG3A 2VWYA 5DRBA 4RX5A 3HNGA 3ACKA 1MQBA 1ZWSA 3ET7A 3MH3A 4M97A 4W4XA 2B52A 5AUXA 2WNTA 4IB0A 4Y95A 4CRLA 1XH5A 5IH6A 3TG1A 4DH7A 4R6VA 3EN5A 4ZY5A 5AAFA 4D55A 5EQEA 4F09A 3DDQA 3RM7A 4D5KA 4F9BA 5JZNA 3RHXA 2F57A 1YHVA 4CFXA 3LFFA 2GHMA 2OKRA 1U59A 3LFCA 3R9OA 3QXPA 2BZHB 4EC9A 3V5TA 4O84A 4CFMA 4ONAA 1PKDA 5FXSA 3H10A 3Q3BA 5T6KA 2PVRA 1XH4A 5HIEA 3EL8A 3FMEA 3ORPA 5CU6A 4D2RA 3UO6A 2JAMA 1H0VA 2EU9A 3G5DA 5ICPA 4J53A 1YHSA 5J1VA 3G15A 5IQDA 4E5BA 1JOWB 2FYSA 3FQHA 3KRXA 3Q4CA 3VS0A 3RPVA 4PTGA 3MN3A 4F6UA 5M4CA 4C4EA 5LMKC 1NW1A 4HZSA 5LJJA 4FV4A 2ZV2A 3JVSA 3P7CA 3QTIA 4RJ3A 3R71A 5KHXA 4ZY4A 4G5JA 2R3RA 4PTCA 3VJNA 5F94A 4EZ7A 4PDOA 4YJVA 2XK4A 3MPAA 5CVGA 2IVTA 2X8EA 4JOAA 4RVTA 2J90A 4KNBA 4YZCA 4FT5A 3UVPA 3NSZA 1UNGA 2UZUE 2X0GA 2BCJA 2CKPA 2P55A 5EG3A 3S95A 3CQEA 2X6DA 2B54A 3R7VA 4O0UA 4AA4A 2IN6A 1RJBA 2OIQA 2W5AA 4LUDA 4JG8A 1M7NA 1UA2A 2YIWA 3H0YA 4R1VA 5ANEA 2ITUA 4IE9A 4XP2A 4ZMFA 3JY9A 1P14A 1ZYLA 3RINA 3WE8A 3OFMA 3NDMA 3QYZA 5H8EA 3QTQA 3F3WA 3RK5A 4YC6A 4DITA 3DT1A 3HYHA 3VC4A 4O2PA 3ZONA 2YITA 2YM3A 1TQPA 4ALVA 3MVHA 1WBNA 1Q8ZA 4YZBA 5FP5A 3W33A 3CSVA 5FG8A 1PKGA 5HX8A 4CG8A 1XH7A 4PNKA 3VBTA 4D4RA 3UC3A 3D5XA 4AOJA 3CKXA 4USEA 5IISA 3VULA 3IKAA 3DBFA 3JPVA 3DNEA 4M68A 1UNLA 1UU7A 2BDWA 4FUXA 4QPAA 4YJOA 5G1XA 1KE7A 2R3PA 1OL6A 4E20A 3CS9A 2HXQA 3THBA 3RPRA 4AU8A 3G9NA 5HTIA 5HQ0A 2CKEA 4UWCA 3KVWA 4JDHA 4U44A 3BPRA 3RK9A 3PA3A 4G6OA 4X3FB 3U4UA 3F2NA 4O91A 2IVUA 1H08A 3PSCA 2RFDA 4PY1A 4RIYA 2P3GX 5IUHA 3AG9A 1OIRA 3NWWA 4QMSA 2ZV8A 3QRTA 3UQGA 4YC8A 4U0IA 3F88A 3LKMA 1UWHA 1TVOA 3ZEPA 5BNJA 2O3PA 5M53A 3U6IA 2XIRA 4E5AX 1H07A 2WU6A 5BVNA 4DTKA 4O38A 4H3BA 2R3JA 4O7LA 5AJQA 3ZYAA 4BIDA 1CSNA 3TZ7A 3VHEA 3PVGA 3P4KA 2XS0A 4IAIA 5CSVA 4MEDA 4PMTA 4FTRA 3KF4A 4CQEA 1IAJA 4QTCA 2BHHA 2PE0A 2Q0NA 4OTHA 3I7BA 3WZUA 4CYIA 4EQCA 4HVDA 4ITJA 2R3LA 1DAWA 3FXWA 5F9EA 5L2IA 2QKWB 5DN3A 1R3CA 4ZTLA 1YWRA 3DTWA 4KKHA 1OL2A 3D4QA 4QNAA 2CNVA 3W2OA 4QP1A 1H00A 4LRJA 4KUJA 2IWIA 5DNRA 1SVHA 5FEEA 3Q2MA 4FKSA 1UU3A 4DGOA 2KULA 2C6MA 4J95A 3EQCA 3KXZA 3PY1A 1YI4A 4XRJA 4ANNA 5L6OA 3JYAA 4XS2A 4BCGA 5M07A 2W9ZB 1PMUA 4EH7A 1ZRZA 2ITTA 3MY5A 3G9LX 2E9VA 5D11A 4L45A 3TNIA 1W83A 2XNBA 5BVFA 3F3UA 4OR5A 2HXLA 4Y72A 1LR4A 3F61A 4Y5QA 2BTSA 4GU6A 4LGHA 1PXKA 4XCUA 2V0DA 3U4WA 3SRVB 4FE2A 2YCRA 5HG7A 4DFXE 3GC9A 4G5PA 4PDPA 1DI8A 4CT1A 1PY5A 2VWBA 2W1IA 5HTBA 1GOLA 2XNNA 3BU3A 3O17A 2G2HA 5E8XA 3TEIA 3UMXA 1I09A 3EOCA 4AS0A 1H1PA 1ZZ2A 2A2AA 3MTLA 2G9XA 4XG4A 5FEDA 4ZIMA 2NNWB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3LXK A;  2HIW A;  4RG0 A;  2DYL A;  4JDK A;  5LWN A;  4TYH A;  3EQD A;  1YOJ A;  4FYO A;  2YJS A;  3HDM A;  3I5N A;  4FTQ A;  4WG3 A;  3S1H A;  3HP5 A;  2BKK A;  1MUO A;  4YTH A;  2CKO A;  3UG2 A;  1KV2 A;  2C5O A;  5JFW A;  3VN9 A;  5L2W A;  1ATP E;  4IM2 A;  3A99 A;  3K2L A;  4M12 A;  2HOG A;  3R8U A;  1Q99 A;  1ZOG A;  3L8V A;  4JQE A;  5KMK A;  3HEC A;  5LMA A;  1CKP A;  1JLU E;  5C1Q B;  2CSN A;  5CU0 A;  5HBH A;  4GG7 A;  3UBD A;  5JH6 A;  2ZV9 A;  4J96 A;  3A2C A;  3GCS A;  4I4F A;  3ZSG A;  3L8X A;  2UZL A;  4X7Q A;  4EOP A;  5EYM A;  2PYW A;  3DK3 A;  2VZ6 A;  2W1E A;  3MW1 A;  4U6R A;  3WYY A;  3GU6 A;  3ROC A;  3B2T A;  4PPA A;  3OS3 A;  5GJG A;  3SV0 A;  4YTC A;  4IIR A;  1A06 A;  4U7Z A;  3MB7 A;  4OT6 A;  2ITN A;  1G8S A;  3CTH A;  1FGI A;  4CTC A;  4I22 A;  5C4K A;  2XUU A;  4M13 A;  3NVM B;  2C1A A;  4MHA A;  1GNG A;  4JL9 A;  4R5Y A;  1U5Q A;  1AD5 A;  3ZOS A;  2FUM A;  3NUX A;  4RGJ A;  4KS8 A;  4UYA A;  5CYI A;  2OXX A;  3NX8 A;  4LMU A;  4PL3 A;  3RZB A;  3ZEW A;  3NNU A;  4KAB A;  3QUE A;  5E91 A;  5TE0 A;  3C0H A;  5CEM A;  3AMB A;  3O8T A;  3F2A A;  5DOS A;  1E1V A;  5I9V A;  2R3N A;  3CR0 A;  1PME A;  3TV6 A;  3UQC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GW8 A;  4QPM A;  4AN2 A;  4CG9 A;  4B9D A;  3P79 A;  5HIB A;  4G3F A;  3ORZ A;  4FRF A;  3ROY A;  4G3D A;  4IAD A;  3ZM4 A;  2CNU A;  2R7I A;  4AAA A;  2XAL A;  3DAK A;  3PXQ A;  3EZV A;  2BR1 A;  1OKV A;  5AR8 A;  4ZTM A;  3TYK A;  2R0I A;  4EZ3 A;  3R1S A;  2PZP A;  3QQJ A;  2YAC A;  4YNO A;  5CAO A;  4FV8 A;  2UZB A;  5KHW A;  3SDJ A;  1WBV A;  4IM0 A;  2QO7 A;  4UYN A;  2X9F A;  4GMY A;  3ALN A;  4EHE A;  5A4E A;  4Z3V A;  5HEZ A;  3DKG A;  2PHK A;  4BY9 E;  3G0F A;  3QCY A;  2UZD A;  3BHU A;  3LFN A;  4U9A A;  4GVJ A;  4PRJ A;  4IWD A;  5CEI A;  3CGF A;  3RAL A;  2WTK B;  1PYE A;  2XVD A;  3VS5 A;  1JSU A;  3NNX A;  2VGP A;  3NFF B;  2J50 A;  3AOX A;  3RK7 A;  1OL5 A;  2ZAZ A;  5C8K A;  4NCT C;  3I5Z A;  2WTV A;  3MVL A;  3QX4 A;  3S4Q A;  1YOL A;  4FTO A;  5F4N A;  3NVK I;  5AM6 A;  3MJ2 A;  2OFU A;  3Q9Y A;  4MXZ A;  5IDP A;  4QP7 A;  3DZO A;  3K5V A;  3LCD A;  3TI1 A;  5EW8 A;  3N4U A;  3R0T A;  5E4H A;  4O96 A;  3LW0 A;  4EYJ A;  3CQW A;  4F7S A;  4FTL A;  5E90 A;  1ZYJ A;  2JKQ A; 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