4L00A

Crystal structure of the apo jak1 pseudokinase domain
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
287
structure length
277
Chain Sequence
WQPVYPMSQLSFDRILKKDLVQGEHLGRGTRTHIYSGTLMDKKIKVILKVLDPSHRDISLAFFEAASMMRQVSHKHIVYLYGVCVRDVENIMVEEFVEGGPLDLFMHRKSDVLTTPWKFKVAKQLASALSYLEDKDLVHGNVCTKNLLLAREGIDSECGPFIKLSDPGIPITVLSRQECIERIPWIAPECVEDSKNLSVAADKWSFGTTLWEICYNGEIPLKDKTLIEKERFYESRCRPVTPSCKELADLMTRCMNYDPNQRPFFRAIMRDINKLEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Structure of a pseudokinase-domain switch that controls oncogenic activation of Jak kinases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tyrosine-protein kinase JAK1
total genus 89
structure length 277
sequence length 287
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2013-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4l00A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4l00A01
3K5VA 1JAMA 5DT3A 4IMYA 4R5YA 4FVRA 2ITNA 3OUKA 3WBLA 3FQHA 4RX9A 4UXLA 2WXVA 3KRJA 3V5WA 4CFFA 1FPUA 2PVRA 1ZMUA 3LXPA 2UVXA 3NLBA 3FMDA 1YI4A 3EN6A 4FTQA 4AZTA 4E5AX 3KRLA 5GZ8A 5F4NA 4G9CA 4MWHA 4FKUA 3U4WA 3ANQA 4EORA 2X0GA 4LRMA 2QCSA 2YIWA 4N57A 4KBKA 4QYFA 4BCHA 5E8SA 3MPAA 2HXLA 2CJMA 3FI2A 4NT4A 5I3OA 4CFVA 4DEHA 4GG5A 4RC2A 3RTPA 3G15A 2EU9A 3BWJA 2C5NA 3LJ0A 4IZYA 3NUYA 2R3HA 4AOIA 5BVDA 4MTAA 2HW6A 4DT8A 4E93A 3Q9XA 4X6RA 3E3PA 4IIRA 4K2RA 2E2BA 1UNGA 4YJTA 5J8IA 5HORA 2VX0A 5KNJA 3BEAA 2C47A 3F5XA 2OXDA 1BI7A 3P7BA 5KHWA 4XH6A 5HIDA 3LXKA 3OXZA 4G3GA 4O7ZA 1YWNA 4P4CA 3FC2A 4TWCA 2OBJA 3F3ZA 3AD6A 5DRDA 4AA5A 3EB0A 4AE6A 4O0WA 2OJIA 5BVNA 1KE6A 2VZ6A 4HJOA 4N70A 4DTAA 2JD5A 3OT8A 1G8SA 3IOKA 4W4XA 2CKQA 4DCAA 4JIAA 4AZSA 4PY1A 1RJBA 1YXSA 1H08A 1KE9A 2V5QA 5H8GA 4BI1A 2XS0A 4X3FA 3MA6A 4M67A 4FE2A 2GHLA 4EEVA 1YXXA 2CGVA 4ACGA 3FYKX 5GZ9A 2X7GA 2C0IA 5EYCA 4F6UA 2PMLX 3NUPA 3QQHA 1A48A 4Y72A 1YXTA 3AMYA 4E6AA 3SVVA 1OMWA 4F7SA 2UW6A 1YDTE 3CQWA 4FKJA 2HCKA 3MB6A 2PVKA 5EOBA 2WHBA 5DMZA 3QF9A 1CKJA 2OWBA 4AF3A 1P5EA 2XH5A 5EQEA 4RMZA 4EBVA 2R3JA 2XYNA 2JAMA 3BHYA 3EFLA 3GCUA 4PPBA 5D9HA 3ZYAA 4ZS0A 4FSRA 4S32A 3ZFMA 1GZOA 4FNWA 4YGAA 5K4JA 2VTRA 4CQGA 3DJ5A 2X2MA 5FD2A 2W05A 5ANOA 2XCKA 4EOQA 5AP3A 2H9VA 2B55A 3ZLWA 4PP7A 3JVRA 4ZY6A 3FXWA 2DWBA 4H39A 4WG5A 5CF8A 5HU9A 1CTPE 2BIYA 3COIA 5KO1A 4XMOA 2ITPA 5AUVA 4QQTA 4IVBA 3ZRMA 4RBLA 2F2UA 4BVUA 5DEWA 3WF8A 3BV3A 3AQVA 1ZOEA 5E8ZA 3Q9YA 5M09A 1VR2A 4YZCA 3V8SA 2J5FA 4ID7A 5DN3A 2VWXA 3IW7A 4JG6A 3WZEA 4O6EA 3RPVA 5A9UA 3QBNA 1IEPA 2CKPA 3BBTB 4O1OA 5I0BA 3LLAA 2QKRA 3O8PA 2E9UA 5GIPE 1NY3A 1UU8A 1P4FA 3QL8A 5FM3A 3PIYA 3WOWA 3CY3A 4ENXA 5CU6A 2Y6OA 4I3ZA 3HV5A 4IQ6A 4YZMA 5CTPA 1G8AA 4ZLYA 4BKJA 2UZOA 2VTJA 4F65A 1XJDA 3CIKA 4X3JA 4NM5A 1E1VA 5HNGA 4E6CA 2CN8A 1PXKA 4RJ7A 4E4LA 5CY3A 4D5KA 4ACMA 1IG1A 2WZJA 4U0IA 5IEVA 4NL0A 4BDJA 1ND4A 1CSNA 3SG9A 4JX3A 2H34A 1U54A 3HNGA 4JT3A 4XLIA 2QR7A 2X7FA 2YA9A 4GFMA 2UZNA 2YZAA 2YEXA 2P2HA 3FI4A 3MW1A 4RPVA 2CNUA 2QLQA 5L6WL 3CTHA 3PXKA 4EUUA 3AC1A 3DLZA 4MD7E 4MWIA 5M57A 4FKIA 5ANJA 2HYYA 4I1ZA 3EQCA 3FLYA 4U80A 2XCHA 1Q24A 4BDHA 2W1FA 5LMBA 4EOIA 1XBAA 3EQDA 3G9NA 5J7BA 4D28A 4F1TA 1WBSA 4LRKA 4ZK5A 1BKXA 2WELA 4F0FA 1IAHA 3BYSA 1OKYA 2XKFA 1LUFA 3GC8A 1I44A 5CQUA 1OL5A 5IH6A 3DK3A 1PXJA 4MNFA 3NW7A 4JAJA 4L8MA 5EW9A 3GP0A 2UVZA 3ZEPA 4QQCA 3TV7A 3U6IA 4C4IA 3GUBA 4GKHA 5BUIA 3D2KA 1PMEA 2O64A 3EQBA 1OPLA 2WAJA 4M68A 3CY2A 2UW8A 4NW6A 3IK3A 4LV5A 5J7HA 3WF7A 4BR3A 3V5JA 4RLLA 4ERWA 1OECA 1XR1A 3QTXA 1YQJA 1ZZ2A 3NNVA 4LG4A 4K11A 2HAKA 1LPUA 2OJGA 3NCGA 1HOWA 5CEIA 4DA5A 4OW8A 4NIFB 3UG1A 4RFMA 2OFUA 4FL1A 2ITZA 1VJYA 3QX4A 2JC6A 3NS9A 2CMWA 4CLJA 4K18A 3HMMA 2BRHA 3JS2A 4BF2A 2UV2A 4EJNA 4MF1A 2WQOA 4AP7A 4BCIA 5I4NA 2UZDA 2ERKA 5AEPA 1H00A 4J71A 5DI1A 3SOCA 4BN1A 4IX3A 5CENA 1GZKA 3KKVA 4KS7A 3JXWA 3R30A 4QMPA 4V0GB 4AWIA 3QXPA 4DTKA 3RAIA 2YJSA 4NIFA 4PMSA 3U9CA 3R71A 3ZDIA 4A9UA 3ZM4A 2B1PA 4N4SA 5J5TA 1WBNA 1OKWA 3HL7A 1ZYJA 3ORIA 4KRDA 1XBCA 3MA3A 4GT3A 3F3VA 1IA9A 5CQWA 4E20A 3ORKA 3ATTA 2C6TA 3DK6A 5ICPA 5BX0A 4O0UA 4HZRA 4GU9A 3CD3A 3W10A 4IACA 3R8ZA 5A14A 4B8MA 1AQ1A 2JBOA 1WZYA 3RZBA 3QYWA 2HELA 2BHEA 4YZNA 4LUDA 4V0GA 1F5QA 4ASXA 4D2TA 4IWPA 3N4TA 3MVHA 2G2FA 3OCBA 3SKCA 4BZDA 5FEDA 4FTUA 4TNDA 1H1RA 2B9FA 4FUXA 4MBLA 2QU6A 4FK6A 5F1ZA 3I1AA 5K5NA 3CQUA 3EYGA 4IB1A 3KK9A 3A4OX 4A4OA 4RRVA 3GCQA 3DBFA 3FY2A 1UNHA 4ZTNA 4O7SA 4GFOA 4XV1A 1V0PA 1ZZLA 2AUHA 3IONA 4TWOA 4ANLA 5IQHA 1PMNA 2WQMA 3AMBA 3DAEA 3QCYA 4FZ6A 2A4LA 4CKJA 3TDVA 4YTHA 2HZ4A 2HW7A 4CCUA 3R9OA 1Q61A 5AWMA 4BTJA 3MFUA 4WBBB 4IVCA 2P55A 4WA9A 2VTLA 2R3MA 4E4NA 5HIEA 1UNLA 1R78A 3GFEA 3R8LA 3TWJA 5J95A 1PF8A 2QC6A 3NDMA 2PZIA 2EWAA 3ZBFA 4L68A 4GVAA 3GNIB 4C4FA 1TKIA 3PFQA 4YC8A 4D4YA 3LVPA 2VX1A 3QUEA 5A4LA 3TEIA 3F3TA 5DBXA 4U43A 1W7HA 2I0YA 3QTUA 4X7QA 3MESA 3P9JA 4IWDA 1CMKE 2UZBA 4R3PA 4F64A 2C0OA 1XH9A 3UMXA 2XM9A 4E4XA 4O2ZA 4TWNA 5J5SA 3DBEA 3EKKA 3VBVA 3A2CA 3FLWA 4QP9A 2OF2A 3Q96A 5HX6A 4ZJVA 4CFMA 3ZBXA 2B4SB 3A7GA 3D7ZA 5HICA 5F20A 2ZAZA 5DHJA 3FY0A 1NVSA 2WQEA 4LQMA 4PWNA 1NVQA 2QVSE 3BRBA 1JKKA 4L00A 4ZZMA 4F0IA 1H8FA 3Q5ZA 3TUDA 4QMVA 4UYNA 2W99B 2ZJWA 4EOLA 4BCFA 5M55A 1YXVA 3HUCA 4IW0A 5AR2A 4WT6A 3ZONA 1YI3A 3OCSA 3GC9A 3FZOA 4II5A 5C4KA 4U3ZA 3VQHA 3VIDA 4QTDA 3N4UA 4XG3A 3MV5A 2QQ7A 3BHHA 4CYJA 2WMAA 3FMEA 5CT7A 1H1QA 2G01A 3WZKA 1UU9A 3KY2A 3V5QA 4BDEA 3II5A 3Q4CA 2QI8A 3DNEA 4K1BA 1OITA 3C50A 3ZSGA 2R64A 5IU2A 4GT4A 1BL6A 5LARA 3EMGA 2W1DA 3BE9A 5IQDA 4TT7A 4XNEA 1FVRA 3PVBA 5IUIA 4IC7A 3EIDA 2HWOA 4UV0A 2HZ0A 3WYYA 4HNFA 3ODZX 2FSOX 3A60A 1Q3WA 4TWPA 1K9AA 3TNHA 2YIYA 1KOBA 1R39A 4R5SA 4X6QC 3SAYA 4CTBA 3DU8A 1PXLA 4J8NA 5J9LA 3DXPA 5I9WA 3R0TA 5CXZA 3VS7A 3VUDA 3FLSA 4USDA 2YDJA 4UEUA 3SW4A 3HV7A 3SA0A 3V8TA 1VYZA 2J0MB 3KXXA 2RFDA 3Q53A 4G1WA 5C9CA 3UVQA 4FBXA 4R3CA 4YLLA 3OEFX 4O22A 4N6ZA 4G3EA 4IDVA 5KHXA 4FVQA 4PDPA 3TL8A 3ZFYA 3VWAA 4PQNA 3PJCA 4O7LA 4FEQA 3IOPA 2UZUE 2W1HA 4Y83A 2ZM3A 4BTFA 5GJGA 2WIHA 2I7QA 4TYEA 3H4JA 2VO6A 3CS9A 2I0HA 3ZTXA 2IPXA 2VTMA 3GBZA 5HO8A 4F1OA 3EN7A 3BBWA 5JEBA 1YWRA 4E26A 5EKNA 4Y5QA 4I24A 4GJ2A 4UWBA 4I5PA 5TF9A 5L4QA 4HYHA 3F2AA 3A99A 2VTNA 3H9OA 5L2TA 4O0TA 4O2PA 3NIEA 3ROCA 4M12A 2J9MA 1M7NA 4JI9A 3AXWA 3R02A 4YZBA 4XG9A 2XJ0A 5AR3A 3ZU7A 4LFIA 4OGRA 4L42A 4QP6A 4R3RA 2VRXA 3DQWA 3W16A 4J95A 5JKGA 4MXYA 3VQUA 3QA0A 5E8WA 4FGRA 4DITA 3MJ2A 3E7OA 3I7BA 3CKXA 4KKGA 5LMAA 2C3KA 2X9EA 2GMXA 3F9NA 4H3BA 3RKBA 3SXSA 4AGWA 3TN8A 4D1SA 5LVMA 4AZEA 4C62A 5CI6A 5HBHA 4EQMA 5M4IA 1M7QA 3RZFA 3OXIA 2WO6A 4QMNA 4JR7A 3DA6A 4RWJA 4BC6A 1ZXEA 2R3RA 4M14A 2J7TA 3C1XA 3PRFA 3FE3A 2Z8CA 3VS4A 2C6MA 4QMYA 4EWHA 4IANA 4LV8A 3LXLA 2VO7A 4QYGA 3U8WA 4TN6A 2IZRA 4F9YA 3FQSA 2GNJA 5JZNA 1SVEA 3OY1A 2LAVA 3TJCA 3FJQE 1UA2A 3RCDA 3QFVA 1Q8UA 1Q8YA 5CEQA 3FLQA 2R3OA 4M7IA 5HE2A 4MCVA 4K77A 5FBOA 4EC8A 3DT1A 1IA8A 2A19B 5M4UA 2XF0A 3CXWA 4HGTA 2B53A 4P5ZA 2QU5A 2GHGA 3C4ZA 2C4GA 1OI9A 4ACCA 3QQUA 4ARKA 2RFEA 3ENMA 3BU5A 4DGMA 3EN9A 5HG7A 2XJ2A 3QUPA 2C6KA 3PJ3A 4CZUA 1L8TA 5CSVA 4DH3A 5HX8A 5HG5A 4ZTHA 3H30A 3U4UA 4D4RA 5DE2A 4FKTA 4MXZA 4L45A 2VO0A 3MH1A 1KV2A 1M17A 4J96A 4XJ0A 4LRJA 1QMZA 4NTSA 2VWWA 3LFFA 3QQFA 1XO2B 1CKIA 5DR2A 1YHWA 5EI6A 4QYHA 1H1PA 4U8ZA 4CNHA 5CSPA 5CNOA 2QO9A 4U40A 3RM6A 5AR5A 4FIHA 5IQCA 3POOA 1JLUE 3HRFA 4AW2A 3PLSA 4S34A 5LCJA 4XG6A 5AP6A 2BFYA 5HCXA 4JAIA 4FODA 5HE3A 3ZCLA 4H1MA 4FV7A 4F9CA 5HG9A 3C4EA 2VTQA 4OAVB 2Z2WA 4M97A 4N6YA 3QRTA 4JX7A 3UPXA 3BGPA 2PVJA 3MN3A 4QPMA 4QQJA 4CG9A 4P5QA 4HCUA 4M0YA 1O6LA 3OOGA 4HVHA 3E88A 3AD5A 3TI1A 4A9TA 1A9UA 4BYJA 5EQYA 4OBQA 4QNYA 4IVDA 3RGFA 5A4QA 4RC4A 4CRSA 4EWQA 4GYGA 4OT5A 2XRWA 5ACBC 3TZ9A 4Y5HA 4G5PA 3UIBA 5AP1A 4XHKB 4Z7GA 3S2PA 4CFNA 2OZAA 1H4LA 1WBOA 3ALOA 3BU3A 4DHFA 4LI5A 3BYVA 3SQQA 2CPKE 4ZS4A 3PP0A 2BUJA 5EFQA 2YM7A 3DZOA 4AUAA 4BRXA 4I94A 2GNFA 5FWKK 5M06A 4W9WA 3HRCA 5K5XA 2RG5A 3MH0A 2OFVA 5C03A 4CMOA 1YRPA 4KIKB 2FA2A 4DBNA 1HCKA 2V62A 4OR5A 3ZLXA 4WRGA 2ZM1A 2G1TA 3CGFA 5LVOA 3OTVA 2X7OA 5GNKA 1M2RA 4XV9A 3W2SA 5E9EA 1WCCA 1YHSA 4GEOA 4HYUA 4IZ5A 2C6OA 2PUPA 3SG8A 3OT3A 4DH5A 1L3RE 3UZRA 4YNOA 2XIXA 3DJ6A 4GMYA 5HLNA 3SOAA 3GXLA 1PXOA 1OM1A 1FQ1B 4IE9A 2ETMA 3HP5A 3VS1A 4PTGA 3P08A 5JZJA 4FTRA 4K8AA 4BICA 5LJJA 4C3FA 1XH4A 3D83A 4JRVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3DS6 A;  1UWJ A;  3EL7 A;  4ZAU A;  4FV5 A;  5AV2 A;  3UMW A;  5KKR C;  4IAD A;  2I6L A;  5T68 A;  4Y73 A;  2X39 A;  4MYG A;  3RPR A;  3LFD A;  4MED A;  4IM0 A;  3F5U A;  2CCH A;  3NNX A;  1QPD A;  5CU0 A;  3EYH A;  4DEA A;  5KE0 A;  5AV3 A;  4O7Y A;  1URC A;  3V5L A;  1ZY5 A;  3RAL A;  3VUI A;  4C4H A;  4M66 A;  5H9B A;  4RA5 A;  3NCZ A;  3CGO A;  4E1Z A;  3CC6 A;  2CKE A;  3VUK A;  2RGP A;  4WKQ A;  3TNI A;  3NMU F;  3AC5 A;  2Q83 A;  3VHE A;  2NP8 A;  3NVK I;  3UNK A;  4UMR A;  3CD8 A;  5A4C A;  5M4F A;  3KF7 A;  2XNG A;  2WKM A;  4O0X A;  3C4X A;  4IBM A;  5D12 A;  2ITU A;  5JGA A;  2B9H A;  3UYT A;  5L3A A;  2YLE A;  3UOL A;  5IIS A;  4GT5 A;  2A27 A;  2Y9Q A;  4QYY A;  3VJN A;  3LW0 A;  3U6H A;  4YJO A;  3DKO A;  3QZG A;  4ANM A;  2ZDT A;  3HEC A;  4C36 A;  3QHR A;  3CJG A;  4JQ8 A;  5L2Q A;  3HAM A;  3E87 A;  5HCY A;  4GUE A;  5CEK A;  2FUM A;  4LL5 A;  5HVY A;  2WIP A;  3E7V A;  1OIU A;  2P0C A;  5IA3 A;  3SXR A;  3W2O A;  2G2I A;  4G3D A;  4APP A;  1DAW A;  2IVU A;  4QTA A;  3PLA E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K5V A;  1JAM A;  5DT3 A;  4IMY A;  4R5Y A;  3O5A A;  4FVR A;  2ITN A;  3OUK A;  3WBL A;  3FQH A;  4RX9 A;  4UXL A;  2WXV A;  3KRJ A;  3V5W A;  4CFF A;  1FPU A;  2PVR A;  1ZMU A;  3LXP A;  2UVX A;  3NLB A;  3FMD A;  1YI4 A;  3EN6 A;  4FTQ A;  4AZT A;  4E5A X;  3KRL A;  5GZ8 A;  5F4N A;  4G9C A;  4MWH A;  4FKU A;  3U4W A;  3ANQ A;  4EOR A;  2X0G A;  4LRM A;  2QCS A;  2YIW A;  4N57 A;  4KBK A;  4QYF A;  4BCH A;  5E8S A;  3MPA A;  2HXL A;  2CJM A;  3FI2 A;  4NT4 A;  5I3O A;  4CFV A;  4DEH A;  4GG5 A;  4RC2 A;  3RTP A;  3G15 A;  2EU9 A;  3BWJ A;  2C5N A;  3LJ0 A;  4IZY A;  3NUY A;  2R3H A;  4AOI A;  5BVD A;  4MTA A;  2HW6 A;  4DT8 A;  4E93 A;  3Q9X A;  3NFF B;  4X6R A;  3E3P A;  4IIR A;  4K2R A;  2E2B A;  1UNG A;  4YJT A;  5J8I A;  5HOR A;  2VX0 A;  5KNJ A;  3BEA A;  2C47 A;  3F5X A;  2OXD A;  1BI7 A;  3P7B A;  5KHW A;  4XH6 A;  5HID A;  3PFY A;  3LXK A;  3OXZ A;  4G3G A;  4O7Z A;  1YWN A;  4P4C A;  3FC2 A;  4TWC A;  2OBJ A;  3F3Z A;  3AD6 A;  5DRD A;  4AA5 A;  3EB0 A;  4AE6 A;  4O0W A;  2OJI A; 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