4L7F | Genus

Total Genus 111

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	367
structure length	354
Chain Sequence	SLDNNFYSVEIGDSTFTVLKRYQNLKPIGSGAQGIVCAAYDAILERNVAIKKLSRPFQNQTHAKRAYRELVLMKCVNHKNIIGLLNVFTPQKSLEEFQDVYIVMELMDANLCQVIQMELDHERMSYLLYQMLCGIKHLHSAGIIHRDLKPSNIVVKSDCTLKILDFGLVVTRYYRAPEVILGMGYKENVDLWSVGCIMGEMVCHKILFPGRDYIDQWNKVIEQLGTPCPEFMKKLQPTVRTYVENRPKYAGYSFEKLFPDVLFPADSEHNKLKASQARDLLSKMLVIDASKRISVDEALQHPYINVWYDPSEAEAPPPKIPDKQLDEREHTIEEWKELIYKEVMDWRKGIITIT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__136492909812147__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__136492909812147__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4L7F/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__136492909812147__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"136492909812147","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4L7F/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__136492909812147__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Hit-to-lead optimization and kinase selectivity of imidazo[1,2-a]quinoxalin-4-amine derived JNK1 inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Mitogen-activated protein kinase 8
total genus	111
structure length	354
sequence length	367
ec nomenclature	ec 2.7.11.24: Mitogen-activated protein kinase.
pdb deposition date	2013-06-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	4l7fA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	4l7fA01

4BYJA 2FSMX 5DNRA 4EH6A 4U79A 5IKWA 4BVUA 3BYVA 4FTOA 1K9AA 1JBPE 4I6HA 1OUYA 1KE9A 4I5CA 2IZUA 4RA5A 2CGWA 2R5TA 4RJ3A 2W7XA 4HW7A 3RK9A 4M0YA 3FHRA 4F1OA 1PYXA 3R9OA 5M4IA 2HXLA 3QF9A 1ZZLA 4DG0E 5LOHA 3DFAA 4XG6A 4YTHA 5A54A 4HVIA 4KABA 3BGZA 5HE3A 4C8BA 4K0YA 4A7CA 3GC8A 5LCJA 5HORA 2C6KA 2JAVA 2V7OA 3EQFA 4L7SA 4IVAA 4BDJA 4OLIA 4EI4A 4C35A 3ERKA 2XNGA 4I21A 4U0IA 1U59A 3CJFA 3IW6A 4JAIA 4O7VA 1H1QA 4NFNA 1Q61A 2WTKC 2JDTA 3F6XA 5M09A 3M11A 2VAGA 3KA0A 3IW4A 4C37A 3Q9ZA 3V8SA 3CQEA 1O6YA 1CM8A 2PPQA 2XYNA 3BEAA 4JJRA 4EOMA 3KN6A 5BVDA 2C0IA 4OBQA 5KNJA 1CDKA 4IZ5A 3TZ8A 2PVYA 4IWOA 4IZAA 3TV4A 1J91A 2JKOA 5CF5A 3C4WA 4QTBA 4DC2A 1YVJA 4D58A 4WBBB 5DG5A 5D7AA 4ACMA 4EK8A 5FP6A 3NUXA 2WTVA 3EFWA 4QP9A 3RP9A 1WBVA 4AGDA 4QQTA 3R9DA 3BLRA 2YZLA 3TV7A 3UOHA 2XVDA 1ZYLA 2RIOA 1G8SA 3S95A 2WTJA 4CKRA 4CQEA 5IEVA 5K4IA 2W5HA 4ENYA 3V5TA 3V5QA 4DE4A 4E6AA 3I1AA 3BZ3A 2AUHA 4C62A 4RQKA 5F9EA 2JFLA 3ULIA 3UG2A 4XMOA 3OMVA 5E8VA 3U9CA 4ZTQA 2XH5A 2ZV2A 2BIKB 4BBFA 4EQMA 3TUBA 3KGAA 3IPHA 1DAWA 2B9FA 4G5PA 2JAMA 2XEYA 2ZV8A 4KD1A 5AIKA 2XKFA 4FMQA 1FVRA 3TCPA 2C47A 4MXXA 2NO3A 3RCJA 1JKLA 4C33A 3UO5A 3OS3A 4RLLA 3DJ6A 4P4CA 3BLHA 2C6LA 4BYIA 4FG9A 2RKUA 4O38A 5A9UA 4EYMA 4XBRA 2OJGA 1P5EA 3SRVB 2IN6A 3LKMA 4ZK5A 3KRJA 3A4PA 3GOKA 3A4OX 1SVGA 2YHVA 3LCDA 4F9WA 2WIPA 3Q3BA 3HRBA 4FTAA 4I0TA 3R04A 3FI8A 4M68A 5CTPA 4KRCA 4I6FA 2OZAB 4E4NA 3U54A 3QU0A 3QZIA 5EM7A 3GXLA 4BGGA 3PVUA 4HGTA 3HZTA 4M14A 1ZARA 1UU8A 5E8SA 5JGDA 4IFGA 4HZSA 3EL7A 4O7ZA 3OP5A 3IKAA 4FOCA 5LVMA 4NM0A 5M4CA 3VQHA 4S34A 5IUGA 5IQBA 5ACBC 5M07A 5HTCA 5DN3A 4C36A 4FTCA 4XG7A 2Z8CA 5T6KA 2OJ9A 2F9GA 1S9IA 3EHAA 4RIWA 1JPAA 5EHYA 4AZSA 2ZDUA 5CU2A 3LMIA 2XNMA 4FTRA 4N0SA 2QD9A 2UZEA 2BAQA 3AC3A 4V0GB 2OG8A 1ATPE 3D7ZA 1JQHA 2GQSA 4M69A 2J5EA 3UZRA 3N4VA 2OLCA 4M67A 4YJSA 4FKQA 5AV3A 3FZTA 2C1BA 3MFSA 4EORA 4RWLA 3PRFA 4Q9SA 4TYEA 2UV2A 3OUNB 3FMEA 3FXWA 3RHKA 3QD4A 4O0TA 3V04A 3EQHA 5CI7A 5C4KA 3NW6A 4IH8A 2J0MB 4U97A 3VUKA 4O2PA 3VVHA 4NZWB 2W9ZB 1MQBA 2UVYA 2X6EA 4AWIA 4FKOA 3DXPA 3OXIA 5H3QA 2PZPA 4JL9A 5K0KA 3N51A 3RHXA 2WIHA 4UBAA 5M44A 3HX4A 2XBJA 4XLVA 4Y5HA 2I7QA 2FSLX 2PMNX 3LHJA 2GFCA 2ITVA 3G51A 3FZ1A 1ZOHA 2W1IA 3M1SA 1VEBA 3DDPA 4MK0A 4X6RA 2C3IB 5FTOA 2JLDA 4EBVA 4I24A 1SM2A 2J9MA 3OCBA 4MYGA 2UUEA 4GJ2A 1OL2A 5J7BA 3UIUA 4H1MA 3E8EA 5FXQA 4MH7A 4A9SA 3QZFA 4FV8A 3GCPA 1LPUA 3E92A 4CEGA 2XRUA 3OFMA 4FV7A 5HEZA 2YM8A 5L8JA 1KE8A 4L68A 2VTAA 4O86A 3LXKA 3VBQA 5DA3A 4A9TA 4AN3A 3F82A 5I4NA 1K2PA 3D14A 2HY0A 3PG3A 2GHMA 5IH5A 4EOKA 5IQCA 2XCKA 4W4VA 2DQ7X 2J4ZA 5BX0A 4QQ5A 2BDWA 2O3PA 2OIDA 1X8BA 1ZYSA 3AG9A 5I9XA 3JR1A 3GVUA 4PDPA 3TNPC 4ASXA 3K54A 1OBGA 4FZ7A 4BL1A 4QMTA 3OTUA 4F4PA 4IVDA 1F0QA 5TT7A 4M15A 1S9JA 3FPMA 4BGQA 1Q4LA 2GTNA 4R8QA 4GT3A 4YZ9A 1Q24A 4H36A 4PMTA 4ZSGA 3ZLYA 1GOLA 2LGCA 5ACKA 4TZRA 3U6JA 3UOJA 3F9NA 1YHWA 4JNWA 4RSSA 4XEYA 4BDDA 4KB8A 1DS5A 2WQOA 3WIKA 4GYGA 1IR3A 3OBGA 4QMQA 4TL0A 3IQ7A 4RRVA 5LWNA 1BKXA 1PXIA 3T3UA 2JKMA 5E1SA 3KB7A 5CVHA 5EM8A 4F6SA 4B0GA 3R7YA 3R9NA 4AUAA 1OUKA 4NKAA 3HA6A 4FTJA 4C59A 4C02A 2UZBA 4O82A 3SX9A 3DU8A 3IDBA 1WBTA 4PNIA 4Y73A 4HVSA 2GMXA 4M8TA 5HE0A 4KKGA 5AAEA 3R7IA 4MNFA 1GZ8A 3DT1A 4XP3A 4MD8E 5BVOA 4B6LA 4RVLA 3O17A 4OUCA 4XLIA 5BYZA 4OGRA 3PXYA 5AA8A 3VS7A 2XUUA 2XA4A 4DH3A 5I5ZA 4R5SA 4RIYA 2BDFA 5J8IA 3RZBA 4FV2A 2GNLA 4MF0A 4X2FA 2X2MA 3DK3A 4DEAA 5M4FA 2BIYA 3FQEA 5CANA 3VBXA 2PE1A 4RFMA 4FKTA 2OXXA 2R3MA 5CAUA 3UDBA 2OF2A 3MGYA 4JBQA 5JZJA 3SW7A 3QQKA 1CMKE 4HNIA 3TKUA 3SA0A 2CHLA 3DLZA 3A8WA 3BGQA 1YI6A 4NU1A 5IA3A 5LXMA 4LGDA 3R8PA 4Q9ZA 3GCSA 2CNUA 4O7LA 1OIRA 1YWNA 3FLNC 2EXMA 1PMVA 1ZMVA 2FSOX 3R21A 5DT3A 5FEDA 4KBAA 4MXCA 5HG9A 4BIDA 5F94A 3NUNA 4R1VA 3ZFYA 4QYHA 1NY3A 4XV1A 5IA0A 3T9IA 3HRCA 1Q8YA 4HYIA 2OXDA 5A3XA 3LAUA 3IS5A 4GFOA 5L3AA 4FVQA 4I4EA 5EDQA 4BCMA 4BZOA 4U44A 5IQHA 3A61A 4ENXA 3KF7A 3Q2JA 3LFAA 3NCZA 3NPCA 2C5NA 5BVWA 4O0UA 4EZ7A 3ZO3A 5H9BA 3PJCA 5IH6A 3QC9A 3U6HA 3KXHA 2J50A 3DTWA 1DI9A 4G6NA 3UJGA 2VZ6A 5AUTA 2ZVAA 5TE0A 3UO6A 4PWNA 4ZZNA 4FYNA 1YHSA 3EFJA 3VWAA 4KIOA 1QMZA 3AGLA 2QVSE 2WTCA 3NIZA 4FKUA 5D41A 3D9VA 3OZ6A 3P79A 4JXFA 3RK7A 3SAYA 3ZDUA 4CRSA 4EH9A 3ITZA 4DCAA 4X2NA 2W4JA 2RSVA 3QQLA 4W9WA 2VX3A 3C4FA 1PRYA 3TWJA 1JKTA 5A4CA 4ALVA 3PP0A 2UZVA 4L45A 3QUDA 3LIJA 3BV3A 1W7HA 2WKMA 4JDKA 3RAWA 2FSTX 3FMNA 3QLGA 2ITWA 5KE0A 3W2QA 4AZTA 2ZDTA 2OKRA 2X2KA 2YDJA 2YWPA 4L6QA 3KVWA 3G2FA 3GFEA 4TYGA 4F9CA 4GS6A 5CSHA 3OC1A 3FKLA 4BC6A 5A4LA 3P86A 4EOSA 4FIIA 1IG1A 4Y5QA 3OCGA 4RC3A 4L53A 3NLBA 4YR8A 1TVOA 2B55A 3H9FA 3L8SA 4G6LA 4N70A 3IGOA 2C5OA 3QTXA 3QD3A 5EHLA 2VWVA 4JI9A 3C5IA 2OH0E 3GU7A 4CMOA 3QQHA 3UIMA 5EW8A 2Z7QA 3P78A 3TG1A 1M2RA 4AOIA 2YIRA 4WO5A 5JGBA 2PWLA 3FLWA 4AXAA 4HPUE 3DKFA 1F5QA 3ZFXA 2QODA 1OPLA 5GZAA 5E90A 3UIBA 3HUBA 3VBWA 2Y0AA 3O7LD 4QPSA 5A14A 3MW1A 3JVSA 3MJ1A 3LLTA 4FV0A 2CGXA 5DGZA 2ZB1A 5HG8A 5AA9A 3CEKA 2C4GA 4QRCA 3NWWA 4S2ZA 4NJ3A 2Z2WA 1GZOA 3F5UA 4HGSA 3UPXA 2RG5A 1MQ4A 3BE9A 2VGPA 4FKGA 3TT0A 3UQCA 3HDNA 4GVJA 3P08A 4J98A 4CQGA 1SYKA 1L8TA 2R0IA 3QHWA 3CKXA 4RGJA 3II5A 4QTAA 3E8DA 2QOCA 5HE1A 1E1VA 3O7LB 2A1AB 2WQMA 4LV5A 4BDCA 5C4LA 1Q5KA 1R1WA 5AUZA 4RX9A 4AZEA 4J8MA 3A60A 1Z5MA 3LJ1A 4J8NA 4Q5EA 3R0TA 4ZLYA 1FPUA 1SNXA 4CYIA 4EL9A 3TI1A 3WZJA 1OIQA 3EQCA 2ETMA 1FGIA 3MB6A 4RWJA 5FWKK 2J5FA 3R2BA 4N4SA 3DBCA 2X8IA 3E88A 4LRJA 4IJPA 4C58A 2YN8A 2XF0A 4BDFA 4HVGA 1ZOGA 2C0TA 1U54B 4Z3VA 5CSPA 3LFSA 4GFGA 4X3FB 3Q4TA 5B2KA 3NIEA 1WVYA 3QC4A 4PTGA 2XIRA 2VTJA 3OVVA 2QR7A 4JBOA 4QNAA 4E8AA 2PVHA 3KRRA 5EW9A 3TTJA 2XJ2A 5CXHA 1Y57A 3BGPA 3NMUF 1W8CA 2ONLA 3BYSA 4DGGA 2QG5A 3MH2A 2OO8X 3VF8A 4A07A 4AGCA 3OHTA 4L7FA 3FLQA 3HUCA 5A4TA 3B8RA 4ACGA 4FIHA 4JDIA 4F0GA 3HVCA 4FZ6A 5HZNA 5KHXA 4WBOA 4M66A 2OU7A 5EDRA 3F2RA 2GFSA 4TWCA 3KU2A 5HGIA 4JDHA 1VJYA 3FY2A 5M08A 3G90X 4I6QA 2ITNA 3ORKA 2HZ0A 3DA6A 2VGOA 4AAAA 4B99A 3I7BA 2B9JA 2EB2A 4FKWA 4RFZA 3P7BA 5AR5A 4WNKA 4BDIA 3FAAA 1FQ1B 2XKCA 3C13A 2FO0A 3QCXA 4GJ3A 2UW9A 4I4FA 3ZSIA 2Q83A 5HG5A 5IQEA 3MWUA 2VWUA 3TJCA 4BCGA 5K4JA 5DE2A 2EUFB 2RFSA 1W0XC 4JQ7A 1T45A 3ROCA 2R3JA 2WMXA 5K0XA 3BPRA 4D2SA 3LQ5A 5DHJA 5DH3A 2ZM1A 1JKSA 4FF8A 4FSQA 4XG3A 4O0VA 3CS9A 3F3WA 3KQ7A 4G9RA 4OAUC 3BEGA 3D15A 3HMOA 4FX3A 2SRCA 4BCIA 3DGKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4L7FA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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