4OGRA

Crystal structure of p-tefb complex with aff4 and tat
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
323
structure length
314
Chain Sequence
VECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNSQPNRYNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLST
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title AFF4 binding to Tat-P-TEFb indirectly stimulates TAR recognition of super elongation complexes at the HIV promoter.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 9
molecule tags Transferase/viral protein
source organism Homo sapiens
total genus 84
structure length 314
sequence length 323
chains with identical sequence E, I
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2014-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4ogrA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4ogrA01
3GCVA 3FLQA 5IUGA 5CEPA 4DH7A 5EKNA 1YOLA 5EW3A 2C6OA 3FMMA 3ATSA 2W1CA 2XJ1A 3R83A 3V01A 4AACA 4LMUA 5AR2A 4CQGA 3EWHA 3LFAA 4J7BA 3C0HA 4YTCA 4NM3A 3E63A 5L2WA 2GNFA 3AGMA 4GFOA 5CY3A 4QMLA 4LGGA 3R7YA 3LLTA 3W2CA 2P3GX 2Z2WA 1U5QA 5I9UA 3RPRA 2YFXA 3VF8A 4CMUA 3SG8A 4X2GA 1XBBA 4IQ6A 5LMAA 3CC6A 2WU6A 4X2NA 3RAWA 2YWVA 3LLAA 1P14A 4QMZA 2ETKA 4UWYA 3UQGA 3QXOA 4FG7A 5CVGA 3MH1A 4KBAA 3MFUA 1STCE 4XLIA 3EQFA 4KUJA 2VTLA 3RALA 2UZBA 4FG8A 4ZJVA 2C68A 5A6OA 5IQCA 4P7EA 2YCFA 5KMJA 2C3KA 3NVKI 1YDSE 3TIZA 5AV3A 3E62A 3CTJA 1UKHA 2QODA 4ZSJA 3DDQA 1UKIA 5M51A 4EHEA 3CY3A 3FMHA 2OF4A 2YM4A 3GC9A 2IO6A 3BYMA 5FXQA 4EZ7A 4B0GA 4YC8A 3BWJA 1CKPA 3LFCA 3PZHA 1YOMA 1APME 5AR3A 5FQDC 3AC4A 3EQGA 1Z9XA 2EUFB 4GK2A 4LV8A 3SQQA 5HTCA 2CLQA 5H3QA 4JDHA 3RM6A 1SZMA 1OKZA 4YC6A 4QPSA 3CTHA 3COHA 2B55A 3EN5A 1I44A 3F9NA 3N51A 4FKGA 4GL9A 4LOQA 5IEXA 5LQFA 3LXNA 2RG5A 2YJRA 4J53A 1URCA 4F9CA 2J0JA 4XEYA 5GJDA 3TUBA 1H25A 4R3CA 4IXPA 5A3XA 4BDGA 1PRYA 2XEYA 4CFVA 2IVUA 2J6MA 3C4EA 3HEGA 2WO6A 3BE2A 3T3UA 5IDPA 3TKIA 3WF8A 3MA6A 3ANRA 2CSNA 2PMIA 3F7ZA 1DM2A 2X7GA 3AC8A 3O50A 4RIYA 3ODZX 1WBSA 3EIDA 1IASA 4NL0A 3QGWA 4YJPA 4A9UA 2J5FA 4F08A 3NW5A 5GZ9A 2XNBA 3ZU7A 4F7LA 5J1VA 4XG2A 2O8YA 4YTHA 3AC1A 3W8LA 5EK7A 3A7JA 4ACMA 5KHWA 5IKWA 4IHPA 5IQIA 3IONA 3KMWA 4D1ZA 3FY2A 3PSDA 4GFMA 3HP2A 3ZM4A 4FL2A 5EM8A 4NM7A 2NRUA 3DK7A 3DT1A 3EFLA 4KRCA 2XEZA 2R5TA 5L2IA 2J0LA 3K3IA 3A7IA 3FZ1A 2BZHB 4FYOA 4LI5A 4WA9A 3U6IA 3OT8A 4NTSA 1PKGA 4BCIA 3NUYA 4CKJA 2YDKA 3UE4A 4D2VA 4AG8A 4RFMA 3W2PA 3R7IA 5CF4A 1JBPE 2PZ5A 4RIYB 5DEYA 5E92A 4DCEA 2R3RA 4GT3A 3W1FA 4TRLA 2VWXA 4AP7A 1ZLTA 4NJ3A 1RQQA 2OH0E 1R3CA 4KSQA 2FSOX 1H27A 2ZMCA 3BHVA 1GZNA 1ZAOA 2CGVA 3G9NA 2BIYA 4JXFA 2RFNA 2CMWA 2DWBA 3LOKA 3VUKA 3ZUTA 5CAOA 4QP6A 5LVPA 1JVPP 5LXMA 4DG2E 5B2MA 2C5XA 4ITHA 4RWJA 2WNTA 4BCFA 4CQEA 5AV1A 1JKSA 5I5ZA 4NUSA 4FT0A 4U45A 4MCVA 3ZDUA 5LVLA 3PIXA 3LCSA 4FSWA 1YWVA 4DEIA 3ZBXA 1GZKA 4ARKA 5K9IA 4PPAA 3PE1A 1Y6AA 3ALNA 5IU2A 4WBOA 4AOTA 5L8LA 2OH4A 2BR1A 3P86A 4PQNA 2OBJA 5HE0A 1TQMA 2PVLA 3PVBA 5E8XA 5L6OA 3TIYA 3U8WA 3OXTA 4O0TA 1FMKA 2XKFA 4WNMA 4PY1A 4U80A 1U54A 5TOZA 3E87A 4A7CA 3DAKA 2QOIA 2GSFA 2B54A 3ZDIA 4ANQA 1YW2A 3FMDA 2UW5A 2WELA 4WUAA 3I6UA 2HZ0A 5GINE 3R8MA 1XHAA 4LL0A 4CSVA 3WI6A 1L8TA 1ZYDA 2J5EA 2W5HA 3VQHA 2EXEA 3ATTA 2VV9A 3QXPA 3NAXA 5D7VA 1FVRA 1FOTA 4AZEA 3C51A 4JAJA 2V0DA 4FNXA 4IIRA 3LJ1A 5AX9A 4IAYA 4OBQA 1SVEA 3Q4ZA 3A62A 5HNGA 4ZMEA 4IC8A 5EOBA 3HGKA 4GU9A 2X8EA 4OUCA 5DPVA 3R30A 2HAKA 5ACBC 3F69A 5JKGA 4U9AA 4YLKA 3HA6A 4JX3A 1U54B 4QMSA 5M08A 4EOJA 3P08A 2Z02A 4UMUA 2YAAA 3KMUA 3OBJA 3IDBA 4LOPA 3MDYA 1PXNA 3Q5IA 4GW8A 1OIUA 4FL3A 1H1SA 2W1GA 4FTIA 4R7HA 4FTJA 3FLZA 3LFFA 4JDJA 2R3FA 2X7FA 3KXZA 4OBPA 2HXQA 2JDSA 3TWJA 5DIAA 4ACDA 3VRZA 4MEDA 5IPJA 4QYHA 4ZZOA 4N57A 4PDOA 4BCHA 4FZFB 5DYJA 2BHHA 1PMUA 3QTQA 2C0TA 2HYYA 4WRSA 3HMPA 2H9VA 3E7VA 3KRXA 4I21A 4ZTSA 1YI6A 2YERA 1TQPA 3QQGA 4XOZA 5BVDA 3R8LA 2UZWE 3AMAA 2FYSA 3GU5A 4RJ5A 2W5AA 5HD7A 5HBHA 2RG6A 4S30A 3ZYAA 3ZEPA 3R6XA 5KMOA 4Y5HA 3TZ8A 3OF0A 3G6GA 4XV2A 3FHRA 2X9FA 4U41A 4L8MA 4UMTA 4AFJA 3ZS5A 2YIWA 5E8TA 4DN5A 2UVZA 4BZOA 4FTKA 5DRDA 3VS0A 3AD5A 2GTNA 3RINA 4RLKA 3ZO1A 4BFMA 5HX8A 3KRLA 4TT7A 2P33A 3HV6A 4EHGA 4V01A 4IX6A 4Y5QA 2QCSA 4EYJA 5AMNA 5I4NA 5M09A 2ZV9A 3TNIA 2GU8A 4V0GA 4E6QA 1JAMA 2C47A 5T68A 4OT5A 3OT3A 2C5NA 2UZUE 2PY3A 3L8SA 4I1ZA 4ZLYA 5HVJA 3R7EA 4IZAA 4QYYA 4PTCA 4F70A 4IFCA 3VBQA 4DFBA 3PLAE 3LMGA 3MYGA 1ZRZA 5K0KA 4AE6A 1XR1A 2PYWA 3IPHA 4J8NA 4FODA 4ZAUA 5JFSA 3F2RA 4HVSA 4X2KA 1BI8A 2ZYBA 3IW8A 3QTXA 1YQJA 3WOWA 4L00A 3UG2A 5IG1A 4H1MA 3T8OA 4UEUA 4XYFA 1PF8A 4GK4A 4NZWB 3S3IA 4PDYA 1VEBA 3L8VA 4CFMA 3ZFXA 4EHZA 4BDHA 3QLGA 3TKUA 3UVQA 4EONA 2LGCA 3BHYA 4H3PA 1OL6A 5AP6A 3CJGA 4O0WA 3T3VA 3KA0A 1OKYA 3I5NA 3P4KA 1ZYLA 4OT6A 1W8CA 4CG8A 4RA5A 4D5KA 2GMXA 4IZ5A 4RJ7A 5AX3A 3BGQA 4KIPA 4YHJA 4C2VA 2H96A 4FKQA 1OGUA 2VN9A 4LGDA 4QP3A 2OJIA 4LGHA 2UW4A 3HKOA 4M0ZA 2HW6A 4CEGA 1OBGA 5FLFA 3EN4A 4O91A 3EHAA 3AT3A 3R9RA 1LP4A 5CWZA 5HIDA 2XKEA 1UU7A 4QOXA 3G2FA 1G5SA 2J51A 1GAGA 4L01A 5DE2A 3SOCA 4OAVB 4ERWA 4JNWA 3NYOA 4W4XA 4LM5A 3BYVA 4G17A 4HCUA 5KCVA 4JBVA 4NEUA 5C26A 5BQ0A 4NM5A 4DBXA 2OXXA 3MPTA 2YA9A 4UMQA 3GQLA 4QMYA 4LOOA 3UOKA 5FRIA 4JL9A 1XWSA 4XP3A 4PMTA 4Z9LA 4GUBA 4RBLA 1KSWA 2F7XE 4O2ZA 4CG9A 3GC8A 3QL8A 3A7FA 3BHTA 3SW7A 1PXOA 5LCKA 3MVMA 2FSLX 3BYUA 2Z7SA 2BRHA 3N4VA 4S2ZA 3BZ3A 2CGXA 3G90X 1JLUE 4BC6A 4U8ZA 1KE7A 2C1BA 1BL7A 4E8AA 4CKRA 3FMKA 1E9HA 2O5KA 2PMNX 4U6RA 3E8DA 4W9XA 4ALVA 4BBFA 5CSPA 3RM7A 4O7TA 5F95A 4GSBA 4C8BA 4YLJA 4X2JA 2OZOA 2C6DA 2CJMA 3RCJA 3BV2A 3NNXA 4AZSA 1SVGA 5E9EA 5AADA 5IA0A 2A4LA 1MUOA 4FE2A 3QLFA 3OUNB 1LUFA 4CXAA 5EDPA 4C3PA 4YR8A 4YBKA 4BBEA 4CKIA 2WTDA 2X1NA 3H30A 3QZHA 1Q62A 2CNQA 2W1EA 4G3DA 4FEVA 2QO9A 4G2FA 3HZTA 2GCDA 3U6HA 3UQCA 4WSYA 4G5PA 4IAIA 5BYZA 2HWPA 2F49A 2HXLA 1OM1A 2BKZA 4FTMA 4CT1A 3G0FA 1H01A 2GNHA 4AZFA 2QOLA 1NA7A 1WBWA 2XM9A 3FI4A 5EQPA 5CAQA 3MVJA 1OMWA 4E6CA 4XRLA 5K5XA 4RWLA 2P4IA 3HAVA 1NY3A 4FKSA 3R9DA 3IKAA 2EB2A 4DF3A 4ALWA 2IZRA 5HORA 3LCTA 2XNGA 4U42A 4CRSA 3E3PA 3NRMA 4DFNA 5FDPA 4D0XA 2YAKA 1ZOHA 3G33A 3KU2A 3OEFX 4FKOA 2PE0A 4U79A 5M4UA 3OD6X 1S9JA 4RC4A 2IW6A 3EQIA 2ONLA 3MVHA 3R1NA 4FUYA 4YO6A 3UTOA 5CAUA 5IF1A 4XBUA 5IQGA 3B8QA 4OTGA 5ETAA 4FI1A 3SHEA 4R5YA 4IACA 4PMMA 5CSVA 2WMWA 2VWVA 4CV8A 4XG3A 4R7IA 5FD2A 2ACXA 5J9LA 4JIAA 5ETCA 1Q41A 2VTMA 4NKSA 5DFPA 2W1ZA 3FXXA 3TG1A 4S34A 3VHKA 5EG3A 2WPAA 4FR4A 4JOAA 1ZWSA 3PTGA 2KTYA 4FMQA 4OGRA 3ZOSA 2GQRA 4WG3A 4DFXE 4IZYA 4WNOA 5IUIA 2NRYA 2HZIA 5HE1A 3ZHPC 2VWYA 4C58A 4F7SA 3GU4A 4ZEGA 4FTQA 5FWKK 2QU5A 4RVKA 4TTHB 5K0XA 3GCQA 2R3MA 1TKIA 3CPCA 3ENMA 5KBQA 3VS2A 4IB1A 3O8TA 4DLJA 2ERKA 2YWPA 2BDJA 1J1CA 3FKLA 4OTPA 4YJOA 4TWCA 4FF8A 5AIRA 3SVVA 3CKWA 5BVFA 5KHXA 1XJDA 2OLCA 4EOPA 4ID7A 4JRVA 1GIIA 4DEDA 2VO0A 5HCZA 5BYYA 4PPBA 3ZFYA 4QQTA 2PULA 3U4UA 5FTGA 5CT0A 4CFXA 4EJNA 3RK9A 3VS7A 3VF9A 4DTKA 4ZLOA 1H8FA 4C38A 3DTCA 3OCSA 4FTUA 4O0RA 4USDA 1O9UA 2OSCA 3VAPA 3IOPA 4QMTA 3TEIA 4C61A 1F0QA 2BZKB 2B4SB 4CYJA 2JDOA 4EYMA 3NVMB 2J50A 5HVYA 3VUGA 3UODA 3N4UA 3BEAA 2HELA 2WQMA 5FEQA 2GQGA 2J0KA 3R8UA 3B2WA 4FSTA 3FI3A 3QQJA 4ASDA 4QP1A 3E7OA 3BU3A 3QTUA 4EH8A 3ZSGA 4FSYA 2ONLC 4IAFA 4KD1A 3KVWA 4KIOA 2PMLX 5IUHA 4HYIA 5I3RA 3R1YA 5DVRA 4GKIA 1XH9A 2O0UA 3DXNA 4O1OA 4ZTMA 1PY5A 4PP7A 3COIA 3KFAA 4OTHA 1RDQE 5H2UA 4I94A 4XHKB 5JSMA 3LFQA 5M44A 5IQFA 1QPJA 1H26A 2QOCA 3KKVA 3L8PA 1IAJA 1V0BA 3JY0A 3ERKA 4FX3A 1Y6BA 3FLSA 2R3JA 3PIZA 3K2LA 5K3YA 5EI8A 2W4JA 2X2MA 3EQCA 3FZOA 3NW6A 2WQEA 3RK7A 1OIQA 5A54A 5LWMA 2JFMA 4U43A 4M0YA 3GENA 4CD0A 3L9LA 1X8BA 4DT9A 4QTBA 3VQUA 4QP2A 2R3HA 4M68A 4LUDA 4ZIMA 2W1FA 4DEHA 5HVKA 4MXYA 4MAOA 4BN1A 3PFQA 2PZIA 3PPJA 5AUYA 4M3QA 2HZ4A 3CKXA 4TKSA 4IFGA 1H28A 3PY3A 5JGAA 3H4JA 2PZPA 4WNKA 5HGIA 5CEKA 5KKRC 5JT2A 2VX0A 3CPBA 2VX1A 2BKKA 2PE2A 3VO3A 3F3ZA 2B0QA 2YLFA 3QFVA 1L3RE 3I7CA 5JQ8A 4YSMA 5HG8A 2B7AA 2Y4IB 1PXMA 3MSSA 2EU9A 3A4PA 3EMGA 4FTRA 3R9HA 2C3JA 3QRUA 4PL3A 3E93A 3ZRKA 3L8XA 3QCXA 3OCGA 3A99A 3QAME 2ITZA 4BTFA 5DHJA 1R0PA 2ZM1A 3CP9A 4M12A 1BMKA 5EKOA 2RKUA 3DLSA 3F3VA 3F3UA 4FTTA 2WQNA 4BDJA 4FA2A 1CDKA 3WF9A 3F2NA 3DB6A 3MJ2A 5GZAA 4JBOA 4JBQA 4KA3A 5KMIA 3S1HA 4FYNA 3C4ZA 1KOBA 2XF0A 4BCPA 5A46A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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