4PY1 | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	290
structure length	289
Chain Sequence	PTVFHKRYLKKIRDLGEGHFGKVSLYCYDPTNDGTGEMVAVKALKADAGPQHRSGWKQEIDILRTLYHEHIIKYKGCCEDAGAASLQLVMEYVPLGSLRDYLPRHSIGLAQLLLFAQQICEGMAYLHSQHYIHRDLAARNVLLDNDRLVKIGDFGLAKAVPEGHEYRVREDGDSPVFWYAPECLKEYKFYYASDVWSFGVTLYELLTHCDSSQSPPTKFLELIGIAQGQMTVLRLTELLERGERLPRPDKCPAEVYHLMKNCWETEASFRPTFENLIPILKTVHEKYQG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__18940724443845758__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__18940724443845758__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4PY1/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__18940724443845758__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"18940724443845758","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4PY1/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__18940724443845758__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Kinase domain inhibition of leucine rich repeat kinase 2 (LRRK2) using a [1,2,4]triazolo[4,3-b]pyridazine scaffold. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Non-receptor tyrosine-protein kinase TYK2
total genus	93
structure length	289
sequence length	290
ec nomenclature	ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date	2014-03-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07714	Pkinase_Tyr	Protein tyrosine kinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	4py1A02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	4py1A01

3H9FA 4LOPA 2BRBA 3QZFA 3L8XA 5CX9A 4CXAA 2XNOA 2PL0A 2B52A 5C8KA 3FZSA 2PZRA 3VN9A 1IEPA 3LCOA 4N6YA 2JDSA 3LLTA 4K0YA 1REKA 1XQZA 3DQWA 4XMOA 3T3VA 5C8NA 4K8AA 3BRBA 3VS6A 1NVSA 3GU4A 3Q6UA 4S32A 4YHTA 5K3YA 3OT8A 5F20A 5BYYA 1WBSA 4FZ7A 3BEGA 3KFAA 4BCPA 5CALA 3LW0A 2HW6A 4FEUA 5HNGA 4AT3A 4QOXA 1U54B 2O3PA 2QKRA 4X2FA 3RPVA 5IDPA 2GHGA 3IGOA 3F2NA 5AV4A 3DXQA 4AP7A 1SNUA 5E4HA 2HY81 3N4UA 4L67A 3LJ0A 4F6UA 2C5VA 4IFGA 1XBBA 1WZYA 1R0PA 1ZRZA 3NR9A 4NSTA 3Q4UA 3MY0A 5FTGA 3V6SA 4IWPA 3VO3A 2VU3A 3QRJA 3LFEA 4BCHA 3OFMA 1Y91A 4QYYA 3BHTA 3JXWA 3D5XA 3ZYAA 4HW7A 1W8CA 5I3RA 5AJQA 5E9EA 4FKRA 4F0IA 5ETFA 5M53A 4FT9A 2RFSA 3G33A 3MW1A 4IBMA 3FY2A 4RFYA 1CKIA 2UZVA 3FHIA 4GFOA 5L6PA 5AR2A 4RJ8A 4UEUA 4E4XA 4PDYA 5DR6A 4CVAA 2V0DA 4D2SA 4U45A 5JT2A 3FLWA 3F5GA 4C2WA 4D0XA 3C1XA 2BZIB 4OTDA 5CNOA 5E8YA 4FV9A 2ACXA 3MPAA 4FTKA 5J1WA 4PMPA 4KIQA 4C3PA 5I0BA 3FZPA 2FSMX 4OR5A 4EUUA 4AGDA 2VWZA 4XP0A 3IDCA 4IH8A 3QC4A 2BDFA 4TYEA 4KNBA 4EHGA 1FMOE 5CS6A 5FGKA 3FBVA 4U79A 4C38A 5C01A 2Y9QA 4FTUA 1FMKA 4CKRA 5JN2A 5LOHA 2QHNA 2R2PA 2E9OA 4IDTA 5JH6A 3POOA 2X2LA 4UWCA 3PY3A 4IM2A 4YTCA 2CNUA 4I24A 3UNJA 4NUSA 3R2BA 5IUGA 2OH0E 3DFAA 3FAAA 5JGDA 4AT4A 2YAAA 3COHA 2WQMA 3N9XA 2C3JA 2X39A 3F5UA 3FI2A 4DFYA 2UV2A 5HNIX 3S00A 3VUMA 2PWLA 2ZV2A 3PVGA 3ORKA 2BHEA 4IZ5A 5IU2A 3QX4A 3Q5ZA 4QMQA 4HCVA 1AGWA 2C3LA 1XH4A 5DT4A 4BRXA 4FKPA 1H1SA 5ANKA 5EM7A 5BVWA 3RI1A 3UQCA 4ACCA 3FXWA 4M0ZA 1F3MC 2I0HA 4WT6A 5TKDA 2UZUE 4ARKA 2WFYA 4C8BA 3C4CA 1KE5A 5E8WA 1UU8A 3HAMA 3LZBA 2WMWA 4ANBA 2QOHA 4J96A 4YUQA 2EB2A 3UODA 1W84A 2GTNA 3MJ2A 2OF4A 4Y5QA 3ALOA 2A27A 3HMOA 3KKVA 5HTBA 1U5RA 3ORXA 2XEYA 3TM0A 3II5A 5LVOA 1KE8A 1QPEA 3FQHA 5DNRA 2ETMA 1PMEA 2W4OA 1OKZA 3LCKA 4DTBA 4A9YA 2R3GA 4TY1A 4D9TA 4QP1A 4U43A 4BDAA 4XCUA 3PYYA 3U51A 1J91A 3TXOA 2FSOX 3GC8A 4E8AA 3FKLA 1FINA 2R64A 4XRJA 4YSMA 2G9XA 4B8LA 1Q3WA 2A4LA 2XNNA 4YZCA 5I9XA 3TNWA 3MA6A 2OGVA 2ZJWA 4G9CA 5ANDA 2C30A 3MFUA 4LRMA 3P78A 4MXYA 5IA3A 4PTEA 4HVDA 4C3FA 2XJ1A 2PVLA 4CG9A 5CI6A 3TDVA 2PHKA 4LG4A 2VWUA 5M4CA 2CGVA 1YOJA 4F9YA 3RGFA 1JKLA 5CAVA 2ONLC 3QC9A 3VUDA 2H8HA 5EYDA 2B1PA 3BQRA 3EZVA 3DB6A 3LFFA 4K18A 4N70A 4PWNA 4JR7A 3UTOA 4O7YA 4YJVA 3OBJA 2ZMCA 3QRKA 3R0TA 4FV6A 4IZYA 4FF8A 4MQ1A 4QP7A 4EOOA 3R7OA 2BHHA 4KKHA 3BYOA 2YIRA 3NYNA 3E7OA 4O0YA 1UWJA 4CTCA 3JR1A 3FKOA 1M7NA 3LIJA 3RAWA 1LP4A 3I7BA 5HIEA 3EQRA 4AA0A 3O96A 4MD7E 2J9MA 5AP2A 2BRGA 5IA1A 1WVYA 4FL1A 4U41A 2X7FA 3U4WA 4Z7GA 1OBGA 1XH9A 5DT3A 3LFCA 2NRYA 2F4JA 4UY9A 4AW5A 4AZTA 1TQIA 2GQSA 2JIUA 2VTQA 1OL6A 4QTBA 3W2OA 4ERWA 4NFMA 3RHXA 5BVEA 5F94A 4AGCA 4DFZE 5TO8A 2XKFA 3QCSA 3F3UA 5EW9A 2FVDA 1BX6A 5A6OA 3IECA 3PUPA 2X9FA 5FQDC 4BI1A 2VTHA 4QPSA 3CJGA 3CPCA 3A7IA 3ODZX 4L7SA 3T8OA 4BZNA 3AD6A 4ZEGA 1IG1A 4B8MA 5F9EA 4CCBA 3PWDA 2GNLA 3Q2MA 1OL7A 3KL8A 3RWPA 4RC2A 3E8CA 4F99A 4JIAA 4FG7A 3V5JA 2WB8A 1QMZA 4TW9A 5IQHA 4Q5EA 4J98A 3VBTA 5BYZA 2UW9A 3IG7A 3FLNC 3BEAA 4JAJA 3TEIA 4JDJA 2I6LA 4P5ZA 3WZKA 4JI9A 4CMTA 5CANA 4BN1A 2ITVA 3QRTA 4ANSA 4D2RA 4C61A 3U6HA 4HGTA 4FOBA 2YA9A 4GMYA 5H8GA 2YIXA 3IW7A 4WUAA 4R78A 1FVRA 5A14A 2CCHA 3NCGA 3QUEA 4C7TA 2C5YA 4I5MA 2VWVA 4PP7A 5IH6A 4M69B 3FZRA 2JDRA 2QO7A 3RPOA 3FHRA 3AC3A 3FYKX 3OHTA 1WBWA 3FLSA 4D4YA 3ZLSA 2XK8A 4C57A 4CLJA 4CMUA 2OJ9A 4JBVA 2BTRA 2QOIA 1H07A 2QO9A 4RWLA 5BVDA 3QTUA 2W4KA 4C4IA 3PLAE 4DHFA 1YQJA 4BTFA 4BGQA 3NGAA 3QKMA 2VTNA 3C4WA 5DE2A 5HCZA 3UZPA 2GQRA 2XS0A 5C8MA 3GXLA 3KCKA 4E3CA 2EXEA 3E92A 1DS5A 1ZMWA 5CEOA 3ORPA 2YM4A 3DTCA 5GJGA 3CTHA 5AR8A 4ZY6A 3BIZA 3KK9A 4F64A 3FDNA 1Q8YA 2BRNA 2X8EA 4BYJA 3UNKA 1R1WA 1ZOEA 2WELA 1KUTA 2QOFA 4G31A 4C58A 2I1MA 3H4JA 5EM5A 3WOWA 3GI3A 3ROCA 4MK0A 4ZMFA 4USDA 2HW7A 1XH5A 4FSRA 2RIOA 4QMLA 3MPMA 5J5TA 5JRQA 2WHBA 3R6XA 4UMTA 4WNOA 4D5KA 3KQ7A 4YMJA 2VWBA 5CSPA 3OD6X 3QTIA 2WIHA 4IZ7A 3ZM9A 2XK7A 3PZHA 3PSDA 1XHAA 3QBNA 3UZRA 4I22A 5EHLA 1M2QA 1ZARA 4ZY5A 4ALWA 1OI9A 4LGHA 4ZLYA 4O0TA 5TF9A 1DAYA 1ZLTA 2WNTA 3BU6A 4AU8A 4GVAA 4LM5A 4BCQA 5I9YA 5AADA 4NJDA 4PTGA 3I4BA 4NIFB 3UOKA 3E3BX 3LOKA 5F95A 5C03A 3B8QA 4JNWA 3ZEWA 1MP8A 2X6DA 3VS0A 3IQ7A 4BWXA 2OJJA 2Y6MA 3S4QA 5AM6A 1OKWA 4RIWB 2YABA 3UMXA 4FG9A 4BBMA 3UVPA 2WTKC 3FPMA 4IVCA 3FI3A 1G3NA 4FTTA 1O6LA 5IPJA 3UE4A 5JFSA 4CFNA 2Q0NA 3ODYX 1KSWA 2FO0A 2W0JA 4YTHA 5HCYA 3UBDA 5AA9A 4IANA 2HCKA 4O7SA 2J50A 3SAYA 3TNHA 5HKMA 2PPQA 4E4MA 2X2KA 3OCSA 4JBOA 3R1YA 5K0XA 4PP9A 5E1EA 3KULB 4XG3A 2PUPA 5AV2A 4AQCA 5ACBC 3G90X 4L53A 4KS8A 5DFPA 3BV3A 3D7TB 4BY9E 2ZYBA 3G9LX 5DPVA 3MB6A 3RTPA 1H25A 1RW8A 4FBXA 3BQCA 4FSYA 4GU9A 5DEYA 5A4QA 3NVKI 4KBKA 4NFNA 4TKSA 2ITPA 4RWKA 3KMMA 4F09A 5J87A 2IZTA 2XYNA 2WOUA 4KKEA 4QNYA 5I4NA 3QXOA 4TYHA 2DUVA 2VTTA 2WOTA 5AUVA 2QNJA 2YLFA 2PE2A 4OLIA 4V05A 3ZH8A 2EWAA 3ORIA 3P08A 1SM2A 1OUYA 4LQMA 1G8AA 3VNTA 2LAVA 1V1KA 4MWHA 3NUXA 5KUPA 5ANIA 3EQFA 5IEVA 3PLSA 3A7JA 3VHEA 3DBEA 1G8SA 3CJFA 4MF0A 3VUTA 3RVGA 5K0KA 4QYFA 5EI6A 3HMPA 3AC2A 3WE4A 4DGNA 3I5ZA 3M1SA 4EBVA 2DS1A 4FSWA 3QTSA 3NUSA 4FV0A 2HXQA 4YTFA 3H30A 1XBCA 3NYXA 1NA7A 5FD2A 2DYLA 2YCRA 3KB7A 4QP6A 3TT0A 4ZTLA 2HIWA 4YBKA 4MXZA 5EW3A 5AUUA 5AAFA 5IMXA 2PE0A 1J1CA 3E3PA 5CI7A 4ZLZA 3QL8A 2BAKA 2WTJA 4B99A 3QCYA 2W1EA 5AUYA 2B9IA 2CSNA 3EOCA 3PG3A 4FX3A 4EOPA 4YJOA 3NNXA 3ZFMA 4RIOA 3ACKA 5LMKA 2WIPA 3N4TA 3DKFA 5HVKA 3FSKA 1PYEA 3R7YA 3BPRA 2BZKB 2GHMA 3BU5A 4BDHA 4BDCA 4EOLA 1WVXA 3IONA 2XBAA 3JUHA 1ATPE 5IQAA 2F7XE 4RG0A 5BMSA 2P2IA 5J8IA 4NTSA 5LXMA 3IW5A 4CMOA 4LL0A 5IH4A 3FMMA 2HZIA 3TWJA 3KXXA 3GGFA 5L8LA 2B54A 3CQEA 4GG5A 4BCFA 2PMOX 5JSMA 3VRYA 3GC7A 3CY2A 4HYIA 5KE0A 3PJ2A 3W2QA 2J2IB 3QZGA 4A9TA 2R5TA 5GJDA 3UC3A 4BBEA 4ASDA 4D2VA 2F7ZE 4F63A 3Q53A 4RLLA 3MH3A 4BCIA 2BKZA 3VQHA 2YWPA 3RNYA 4JDHA 4MWIA 1IR3A 4CRLA 3CQWA 5JGBA 3AT3A 3QA0A 4XV2A 1SVHA 3O8UA 4IQ6A 4Y8DA 3OOGA 4FK3A 4BYIA 3EFLA 4IXPA 5CTPA 4BGHA 2H6DA 4QMWA 2GS2A 3WF8A 2PK9A 4ACMA 4G1WA 5AUWA 5IUHA 5CXHA 3TTIA 5L2TA 3LMGA 3ZSHA 3MSSA 3EN4A 2UZBA 3SG9A 3I0OA 4IM3A 2ITQA 2YERA 3ENMA 4LRJA 4NKAA 5E7RA 1KE9A 3D9VA 2RFEA 3HP5A 3PIZA 1BKXA 5D11A 4CD0A 2Q0BA 4EK6A 3H9RA 3HGKA 4O0RA 1WBOA 1OUKA 4C0TA 4LRKA 3WF6A 4GJ3A 5CU2A 1L3RE 4FV5A 2ITNA 2UVZA 4E6QA 4O2ZA 4I6HA 3HP2A 4IB1A 1CM8A 1UKHA 2RFDA 2W5BA 4H3BA 4OTQA 1PMUA 3DU8A 3ORNA 2VWWA 3R02A 4PL3A 3ZCLA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3H9F A;  4LOP A;  2BRB A;  3VON A;  3QZF A;  3L8X A;  5CX9 A;  4CXA A;  2XNO A;  2PL0 A;  2B52 A;  5C8K A;  3FZS A;  2PZR A;  3VN9 A;  1IEP A;  3LCO A;  4N6Y A;  1ST4 A;  2JDS A;  3LLT A;  4K0Y A;  1REK A;  1XQZ A;  3DQW A;  4XMO A;  3T3V A;  5C8N A;  2XAM A;  4K8A A;  3BRB A;  3VS6 A;  1NVS A;  3GU4 A;  3Q6U A;  4S32 A;  4YHT A;  5K3Y A;  3OT8 A;  5F20 A;  5BYY A;  1WBS A;  4FZ7 A;  3BEG A;  3KFA A;  4BCP A;  5CAL A;  3LW0 A;  2HW6 A;  4FEU A;  5HNG A;  4AT3 A;  4QOX A;  1U54 B;  2O3P A;  2QKR A;  4X2F A;  3RPV A;  5IDP A;  2GHG A;  3IGO A;  3F2N A;  5AV4 A;  3DXQ A;  4AP7 A;  1SNU A;  5E4H A;  2HY8 1;  3N4U A;  4L67 A;  3LJ0 A;  4F6U A;  2C5V A;  4IFG A;  1XBB A;  1WZY A;  1R0P A;  1ZRZ A;  3NR9 A;  4NST A;  3Q4U A;  3MY0 A;  5FTG A;  3V6S A;  4IWP A;  3VO3 A;  2VU3 A;  3QRJ A;  3LFE A;  4BCH A;  3OFM A;  1Y91 A;  4QYY A;  3BHT A;  3JXW A;  3D5X A;  3ZYA A;  4HW7 A;  1W8C A;  5I3R A;  5AJQ A;  5E9E A;  4FKR A;  4F0I A;  5ETF A;  4DHJ A;  5M53 A;  4FT9 A;  2RFS A;  3G33 A;  3MW1 A;  4IBM A; 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4PY1A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

pfam database annotations