4U44 | Genus

Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	299
structure length	286
Chain Sequence	DIDLSSLRDPAGIFELVEVVGNGTYGQVYKGRHVKTGQLAAIKVMDVTEDEEEEIKLEINMLKKYSHHRNIATYYGAFIKKSHDDQLWLVMEFCGAGSITDLVKNTKGNTLKEDWIAYISREILRGLAHLHIHHVIHRDIKGQNVLLTENAEVKLVDFGVSATFIGTPYWMAPEVIACDENPDATYDYRSDLWSCGITAIEMAEGAPPLCDMHPMRALFLIPRNPPPRLKSKKWSKKFFSFIEGCLVKNYMQRPSTEQLLKHPFIRDQPNERQVRIQLKDHIDRTR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__782553284762207__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__782553284762207__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4U44/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__782553284762207__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"782553284762207","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4U44/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__782553284762207__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Fragment-based identification and optimization of a class of potent pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazine MAP4K4 inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
total genus	88
structure length	286
sequence length	299
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date	2014-07-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	4u44A02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	4u44A01

4GS6A 4IIRA 3T9IA 5K3YA 1A9UA 1GAGA 3ZDIA 3KXNA 3U4UA 4ZTHA 3QTWA 5CWZA 3L8SA 4FZ6A 4DH1A 2FVDA 2RIOA 3B2TA 5KO1A 3SD0A 5FEQA 5DOSA 3NVKI 3BWJA 2UZDA 3WIGA 4BHZA 2Z7SA 4XJ0A 4D4RA 2BZHB 4UWBA 1O6LA 2JDTA 3AT2A 4KB8A 2CLXA 5M55A 2VUWA 5HCZA 3SOAA 4CTCA 3ZU7A 3MWUA 2FA2A 3P7CA 2HY0A 3CD8A 5IA1A 4LGDA 2HWOA 3HZTA 4WSYA 3LHJA 3AOXA 4CLJA 4XG7A 4UX9A 3VS3A 3KB7A 4GIHA 4TNDA 2BKZA 1ZYCA 3LZBA 4IXPA 4CQGA 4ANOA 2C0IA 3MPAA 1IRKA 3QRKA 2LAVA 4JX3A 1BI8A 1REJA 2WTWA 3HMOA 5LMAA 3V5TA 4O86A 3UOJA 3VUIA 4RVMA 2Y4PA 3VC4A 4Y95A 3ORXA 2CLQA 4O7TA 2G2IA 4Y73A 4MKCA 2SRCA 4O27B 5I9VA 3MGYA 4A9YA 4CFUA 4KRCA 3Q53A 4BI1A 4FL1A 1SVHA 4MXCA 4Y46A 1E1XA 3ZLXA 5HOAA 5FBNC 4GYGA 2JKOA 4M0ZA 4OGRA 1QCFA 4U3ZA 2XK8A 3NCGA 5EKOA 3NW6A 3TKIA 5H8EA 3C4CA 4CSVA 5FGKA 3H9RA 3Q4TA 4RWJA 1MUOA 4PP7A 4AQCA 4ALWA 3S4QA 5KCVA 4CMOA 2ITQA 3QLFA 3PVUA 4O6LA 1OL2A 5IMXA 3FPQA 4G6LA 2CKPA 3BHHA 5EYCA 3MJ1A 4S34A 3NUUA 1RW8A 3DK6A 3GFWA 3R73A 4IFGA 5HI2A 3SXFA 1JWHA 2WELA 3FUPA 3VHEA 3P9JA 5BYYA 2QODA 4X3FB 3PYYA 4UZHA 4F7SA 3BU5A 2YCFA 5DR2A 3RBWA 3NUXA 1H07A 5M4UA 3IW7A 3AMAA 5KMKA 4ASZA 5CLPA 2GS6A 3NUYA 1ZYLA 4TWOA 2F7ZE 1YXTA 3GNIB 2UZUE 5HG8A 4BCOA 4NK9A 3C0HA 5D41A 1U4DA 1F5QA 4A4XA 1HCLA 1PMVA 3I1AA 2GHMA 2R64A 3QQHA 3ID6C 2OXYA 4EBWA 2R3FA 5CQUA 4XG4A 5IDNA 3MB6A 2PVFA 4YJNA 3G33A 2VX0A 3FY0A 3NZ0A 4KA3A 4Y72A 4FSMA 2NO3A 3A61A 2W1GA 1K3AA 2WO6A 3IG7A 1APME 3OWLA 3QU0A 5H8BA 4EOOA 2QOBA 4GT3A 5ANIA 1YHVA 2J50A 1U54A 4CEGA 1MRUA 4EOPA 3WE8A 4J1RA 2OH0E 1CDKA 4WUAA 4L6QA 3NYOA 3MPMA 4AGWA 3KCFA 4M0YA 4C57A 2LGCA 3D7ZA 3PSDA 3TZMA 3PRFA 4YC8A 5IUIA 5EDQA 2C1BA 2R3GA 2YFXA 4G3GA 4OBPA 2OFUA 3H9OA 4X7QA 3V8TA 3QXPA 2XIZA 4HGEA 4JX7A 2X7OA 3OS3A 5AX9A 1M7QA 4PRJA 4EH7A 2W06A 4GJ3A 2HK5A 3CQEA 1YVJA 2PE1A 3PPJA 5HIBA 2VRXA 4EZ7A 4FYNA 5CF6A 4AW2A 3R8UA 2ETMA 3U55A 2WTIA 1OUYA 3UO4A 4W4VA 3QC4A 2X1NA 4YZDA 2IG7A 3BELA 2VWBA 3VS2A 5CVHA 4PP9A 4M68A 1JLUE 4E73A 5EQYA 2UZTA 3LXLA 2VWUA 4U0IA 4BIEA 2XNPA 5E90A 5CVFA 5FM3A 4BGHA 2ITPA 3DCVA 4J97A 3R7VA 5I4NA 4BCNA 3FAAA 4GK3A 4W9XA 4N57A 2WAJA 2P33A 1ZWSA 2GMXA 3FDNA 4FTRA 3NVMB 4IX4A 4OTIA 2RG5A 4FI1A 1UNHA 2H9VA 1WBPA 2VX1A 4TN6A 4UXQA 5ETCA 4YZMA 4R6VA 2CGXA 1H25A 4I3ZA 1SNXA 2XNOA 5ANJA 5J9LA 3R71A 3HAMA 4KBCA 2WMUA 3UQFA 1JBPE 2R3IA 3FKOA 3R1NA 1P4OA 1YOLA 4CNHA 3CQWA 2OLCA 1Q5KA 3FKNA 2W17A 2VTNA 3TV6A 5LWNA 4CXAA 3OOGA 1XH6A 2C3IB 2J0LA 3FHRA 3LCSA 5BYZA 5EFQA 3O96A 2VAGA 4AUAA 3H4JA 1T46A 2G9XA 2OGVA 4II5A 4KIKA 4ZLOA 2G1TA 3PP0A 5DR9A 3WF6A 2VO6A 5C8MA 5T6KA 4E93A 3ZRLA 3G15A 4AT5A 3KXGA 4O84A 2UZOA 2IVUA 3U51A 3UBDA 1I44A 4XP2A 2FUMA 3O17A 5EDPA 4C0TA 5BVWA 3KGAA 3HL7A 4FT7A 4TPTA 4TYGA 3FSKA 4QPAA 1GOLA 4YBJA 3RHKA 4DEEA 5HE0A 2C30A 4BTFA 5KMLA 4H58A 2XJ2A 3NUPA 4RFZA 3RPYA 2QURA 3JS2A 3FMKA 1WVWA 3PIZA 1M2RA 5IG1A 3DK7A 2WU7A 2VTHA 4YJUA 4QMQA 3WF5A 3QCYA 1UNLA 3DKGA 4DFZE 2VWZA 3TUBA 4A9UA 3FKLA 1Q8ZA 3OG7A 2JGZA 4CFWA 4C37A 3BU3A 3MFSA 3Q6WA 3L9MA 3KRJA 3IOPA 4D5HA 3E8EA 2WOUA 3H3CA 3FZRA 4PDSA 2C5VA 2A27A 4HOKA 5LVMA 1U54B 3FQSA 3BQCA 5BYLA 2WTKC 3TZ8A 5A9UA 3PTGA 2R3NA 3CJFA 3AC3A 5HBJA 4PNIA 2KULA 2PZ5A 3LFEA 4M7IA 2JDSA 3VRYA 3HYHA 2JIVA 4GU9A 2XIRA 2QKWB 4QMVA 4EOKA 4EOMA 4S30A 4ACDA 5K0XA 4CFFA 5L2SA 5JFVA 4IAAA 4G6OA 4QYHA 4WHZA 5J9YA 2C6LA 4KRDA 3LJ1A 4BGGA 4Y5HA 3DAJA 5DT0A 5FD2A 4ZLZA 3EKKA 1W82A 3JPVA 3S1HA 1GJOA 5M07A 4NZWB 4FTOA 4QMWA 4KKHA 4YSMA 5BNJA 4J71A 3QTZA 3PLSA 3VHKA 2ERKA 4Z9LA 3QQUA 4QYYA 1H0VA 3O2MA 4ZJIA 3TTJA 3VS1A 5LOHA 4O7NA 4BTMA 4GKIA 3VRZA 4FA2A 3KCKA 3FLYA 5IH4A 2YIWA 3HP2A 1GIHA 5HO7A 3LFDA 4QMMA 1GY3A 4ZSEA 3RPRA 2UUEA 2A19B 1OKVA 4ENXA 5A54A 2QR7A 4IX6A 1Y8YA 4APCA 4KIPA 5IU2A 2B0QA 4FEXA 5BVEA 4Y5QA 4IVBA 3MI9A 4XP3A 3R63A 3C4ZA 3TJCA 5JH6A 5GJDA 4R7BA 3EFLA 4BTKA 2YEXA 2R3MA 4WA9A 5M08A 2YLFA 4FKSA 4LV8A 4S33A 3BIZA 4YHJA 4FL2A 4L3PA 3ZXTA 4FG7A 4AA0A 2B9FA 3I5ZA 5TKDA 4CMTA 5D11A 4RJ6A 1PHKA 4D58A 4XBRA 2HYYA 5J95A 4KIKB 4JAIA 4EQMA 3TI1A 2A2AA 4GT5A 5FRIA 3S00A 4FEQA 5I9UA 4DEHA 3WIKA 2XNNA 4QT1A 4E3CA 2ZMCA 1ZXEA 1F3MC 2JDOA 3KRXA 5E8VA 3S2PA 4BC6A 5I3RA 1H1RA 1DS5A 1UNGA 2EVAA 3A7FA 2XCHA 1PXJA 3BLQA 3DU8A 4JG6A 3BWFA 2I0HA 3FYJX 3BYMA 5IQAA 5GINE 2E2BA 4FKQA 1ZOGA 2YM8A 3C5IA 1OVEA 2J7TA 4GFMA 2GQGA 3UZTA 1GZNA 1H4LA 1WBOA 2OF2A 3PG3A 3TDWA 5C9CA 3HRFA 2ONLC 4W9WA 2Z8CA 4TYEA 5E8SA 4CT2A 4IZAA 3SXRA 4HNFA 2ETKA 4R3PA 1OBGA 2ITWA 4IJPA 4J98A 3QTXA 2UZEA 3UG2A 3ANQA 2HZ4A 3E92A 4NIFA 2W9ZB 5L6WL 1RE8A 4DFNA 4ZMEA 2W99B 3MJ2A 2J0MB 3PWDA 1IR3A 2W5HA 1Q97A 3EQFA 4OT5A 3GCVA 4F9YA 4O7SA 1H8FA 4YHFA 3EQDA 4AFJA 4RLKA 5IMEA 4OTGA 5C1QB 3UZRA 4RSSA 3C50A 4FZAB 4TWPA 2UW8A 3GU7A 4ZTRA 1R39A 4AGDA 4BKZA 5A46A 5L6PA 3D2IA 3UG1A 4MVFA 3T3UA 3DGKA 4L52A 3W33A 3DBEA 4N70A 3KULA 4EQCA 3PLAE 3ENMA 2IW9A 1G8SA 3EFWA 5LMKA 4D1XA 2XNMA 3C0IA 1ZMWA 5E92A 4BB4A 3OF0A 3FPMA 3M2WA 4EWQA 3C4WA 3HAVA 4DYMA 5CY3A 1PXPA 3MVLA 4GCJA 4O1OA 3R9OA 1TQIA 2ZOQA 3C0GA 4QMPA 3ZYAA 3EZVA 4AOJA 4QP4A 4EK3A 4O6EA 4RT7A 4I22A 5DHJA 3CKXA 3L8VA 2GPHA 1NY3A 5AP7A 3VBYA 3LIJA 3UTOA 1W84A 1FMKA 2BIKB 4GKHA 2ITOA 2E9PA 3OCBA 3SXSA 4FV6A 3DJ7A 4AS0A 1MRYA 1CM8A 5KNJA 2P4IA 3EB0A 4J53A 3UO5A 3PIYA 3EWHA 2YCSA 3PVGA 4JVGA 4XH6A 2QOFA 4YHTA 1OIUA 4DHFA 2VZ6A 4EYMA 2RFNA 3D14A 4QTEA 2B9HA 4OTDA 4DG0E 1YWNA 4XG8A 4EJNA 4NM3A 3GCQA 5I9XA 1NT2A 3I4BA 5LCJA 3R7EA 4FBXA 4F0GA 4L3LA 4HVGA 3ZM4A 1O9UA 4FKPA 1R1WA 3P86A 2BHHA 2E9UA 3TZ7A 3QUPA 4LOOA 4K2RA 1VZOA 5D7VA 3Q9ZA 5DN3A 4C58A 2JEDA 2P3GX 4USDA 4I5MA 1SVGA 3TNIA 3FV8A 4ZTNA 3ZC6A 4EEVA 3QQGA 3H30A 3OW4A 5JMSA 4M12A 2VV9A 2J4ZA 4MXZA 3UODA 3DT1A 4E4XA 3S0OA 4FTLA 3V5QA 3CGFA 4NJ3A 3UNZA 3BEAA 3UP2A 3BQRA 4BKJA 3D15A 4BBMA 4LRMA 5GZAA 3F2AA 3G5DA 4MAOA 3W2SA 1VR2A 3JXWA 5BVDA 3HMNA 2ZM4A 3D0EA 2X0GA 1UKIA 1E9HA 3GQIA 4O0YA 4B8MA 2VGPA 4W8DA 2C5XA 2XB7A 2Y7JA 1FGKA 2BPMA 4JI9A 3R00A 5T68A 3UOLA 3UVQA 4CZUA 2QOHA 5CU3A 4NKAA 1XBBA 2NRYA 2W1ZA 2GNHA 2PY3A 3IOKA 2XK6A 4FGBA 4HGSA 2GHGA 2RFDA 3QGYA 3GEQA 4O22A 3W32A 5JEBA 3PJ3A 4BDIA 4NIFB 5IQBA 3FI2A 2C0OA 3QBNA 3R9DA 4O91A 4ARKA 4X3FC 3MN3A 5D10A 2W7XA 2JC6A 4PL3A 2XF0A 3VWAA 4RX7A 3TM0A 2HIWA 2UZLA 5E4HA 4F99A 5FXRA 5JQ5A 4QYEA 3W8LA 3C13A 4S32A 2BZKB 2C1AA 1IAJA 2GNIA 5IQFA 4ALVA 3VW8A 5FLFA 5EQEA 2IN6A 4XNEA 2VWYA 4C34A 3EYGA 2HAKA 3NUNA 3TNQB 3KULB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2XKF A;  3KN5 A;  4BCM A;  5B0X A;  2JII A;  4V05 A;  1J91 A;  2J2I B;  3W0M A;  4M67 A;  5DT3 A;  5K0K A;  4R1V A;  1A48 A;  3CJG A;  5JGB A;  1WFC A;  3ODY X;  3UYT A;  3W8Q A;  3O23 A;  4I4E A;  2X81 A;  5CXH A;  3TWJ A;  2WNT A;  4UZD A;  5FDX A;  4YJT A;  2BRN A;  3HA8 A;  4EBV A;  3R7O A;  4EKL A;  4YTC A;  1UWJ A;  3M1S A;  2X0Q A;  4GT4 A;  3LQ8 A;  4RLL A;  3ZH8 A;  3CCN A;  4JDJ A;  4C38 A;  2OWB A;  2J0K A;  4TWC A;  2UW3 A;  2R3K A;  3Q5I A;  3D7T A;  4EOS A;  3F7W A;  4O7Y A;  2B55 A;  4F63 A;  2F7E E;  5AV1 A;  2UVX A;  4XMO A;  3MVJ A;  5L2I A;  3FI8 A;  3D94 A;  2Z60 A;  3FI4 A;  5AAF A;  4R8Q A;  1ZZ2 A;  4MD8 E;  2A0C X;  4NWM A;  4DH3 A;  4GVJ A;  3FC2 A;  2XAL A;  2C0T A;  2CSN A;  4LUD A;  4BCI A;  2JAV A;  2YIQ A;  1U5R A;  1DAW A;  1K9A A;  3G90 X;  3OC1 A;  4FTA A;  4NFN A;  3Q4Z A;  3UNK A;  4DFB A;  1TQP A;  3COI A;  3DFA A;  4GYI A;  3CY2 A;  3N4T A;  4YJQ A;  4AG8 A;  4FSR A;  4JG8 A;  4L46 A;  4L42 A;  4BDA A;  2HZI A;  2YAK A;  4K6Z A;  4KIO A;  4UYN A;  1JSV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4U44A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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