4U45 | Genus

Total Genus 93

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	300
structure length	289
Chain Sequence	DIDLSSLRDPAGIFELVEVVGNGTYGQVYKGRHVKTGQLAAIKVMDVTEDEEEEIKLEINMLKKYSHHRNIATYYGAFIKKSPPDDQLWLVMEFCGAGSITDLVKNTKGNTLKEDWIAYISREILRGLAHLHIHHVIHRDIKGQNVLLTENAEVKLVDFGVSANTFIGTPYWMAPEVIACDENPDATYDYRSDLWSCGITAIEMAEGAPPLCDMHPMRALFLIPRNPPPRLKSKKWSKKFFSFIEGCLVKNYMQRPSTEQLLKHPFIRDQPNERQVRIQLKDHIDRTRK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__562800030578791__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__562800030578791__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4U45/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__562800030578791__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"562800030578791","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4U45/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__562800030578791__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00b17044c4551e9231a98e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00b17044c4551e9231a98e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00b17044c4551e9231a98e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00b17044c4551e9231a98e/pdb.gz): 926 ms

reading 289 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

289 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:288});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Fragment-based identification and optimization of a class of potent pyrrolo[2,1-f][1,2,4]triazine MAP4K4 inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Mitogen-activated protein kinase kinase kinase kinase 4
molecule tags	Transferase/transferase inhibitor
source organism	Homo sapiens
total genus	93
structure length	289
sequence length	300
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date	2014-07-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	4u45A02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	4u45A01

2Z7SA 3CR0A 3W16A 3TNHA 2W05A 3A99A 4NYEA 4XCUA 4O7YA 3QYZA 4YTFA 5CI7A 2WOTA 1DI9A 1H0VA 1V0PA 3ROCA 4F7JA 3RBWA 3ZZWA 4ZLZA 3MVMA 4FTMA 3HV5A 2IVVA 1LR4A 4JBQA 3G9LX 4GFMA 5E8ZA 3VUDA 5HE1A 2X9EA 4PL5A 2R9SA 4LRKA 5HG8A 4CVAA 5A4CA 4RFZA 2YM4A 2IG7A 3KRWA 4KWPA 3QLFA 4Z7GA 2YCFA 3O7LD 3UO5A 5KKRC 1OB3A 1Q97A 4XS2A 1IASA 1DI8A 3HYHA 5IH5A 3LZBA 3THBA 1LEWA 3DA6A 2VTLA 3F2AA 4FI1A 3OS3A 4GSBA 5FTOA 4QTDA 1XH5A 3VS3A 3C50A 4B8MA 4MNFA 3F82A 3CTJA 3HEGA 5C9CA 4DN5A 4OTQA 4UX9A 2JKOA 3DK7A 3QWKA 1DS5A 3D9VA 3R71A 4FZ7A 5B0XA 3ZBFA 4M13A 3KF4A 5D10A 1YWNA 3MI9A 2QO2A 2ITTA 2WQOA 4BCNA 3ZDIA 4H36A 2J90A 4BGHA 2PYWA 3SQQA 4ENYA 4ZSAA 4ANNA 4L8MA 2XIKA 4RX5A 4B9DA 4C8BA 4KABA 1YKRA 2PE0A 3QHWA 2WHBA 4M14A 5FEDA 5HLWA 5CSVA 4YPSA 4IW0A 5CLPA 4TT7A 1H26A 4CFFA 2QG7A 2XNOA 5L6PA 3DNDA 5IEVA 4AW5A 5CSXA 3QTXA 5TR6A 3AD4A 3NR9A 3ANQA 1H24A 3Q6WA 4L01A 3QZGA 4LUEA 3KXXA 3NNUA 2IO6A 5FBNC 3W2QA 2X2MA 3KK8A 3O51A 4B6LA 4NKAA 5IA5A 4O7RA 2X4FA 5IQCA 4DEHA 1XQZA 3OF0A 1GIJA 1MRUA 4BCIA 1XH9A 2ETRA 4QT1A 3TTIA 1FMOE 3T3UA 2CGVA 1TVOA 3VUTA 1H00A 3E92A 4EOPA 5HEZA 3KXZA 3DK6A 4D5HA 5KMKA 3EFWA 5C4KA 1M17A 4QD6A 4FL3A 1A48A 4EYJA 2EUFB 4YMJA 4R7IA 1YVJA 4G3FA 3PZEA 2F2UA 5EFQA 4FV0A 1OBDA 3LE6A 4GJ2A 5EQYA 4D1ZA 4BI0A 4KS7A 2B7AA 1BMKA 5M51A 4QTEA 4DLIA 5IH4A 3C1XA 4NM3A 2X2LA 2V22A 3OT3A 2C6OA 2R64A 4XG8A 4YLLA 5AR2A 3RAIA 1ZMVA 3TV4A 3VO3A 5M53A 4HVDA 3I5NA 5JRSA 2REIA 3ORMA 3OHTA 3QGYA 5GHVA 1QPEA 4ASXA 4X3FC 2OJJA 3P7AA 4FV2A 3A61A 3HV4A 4S32A 4EOOA 4EBWA 2BPMA 1XKKA 2VWZA 5AP6A 3DCVA 3PTGA 1OKYA 2ONLC 4RIWB 4RFMA 2C3JA 3OZ6A 4QMLA 4YR8A 3SXSA 4PL3A 1P14A 4H39A 5GZAA 5LVMA 3DXPA 4FKTA 4BHNA 4D1XA 2WELA 3QD3A 5AA8A 3QX2A 2QOKA 4E6CA 3DLSA 2GNIA 3NCZA 4BTMA 2X7OA 2ZDUA 4CMOA 5DPVA 4BYJA 4W4WA 1Q24A 2HIWA 2Y7JA 4NSTA 2RG5A 3QTSA 4MNEA 5DVRA 5DA3A 2VGPA 3VAPA 2UV2A 4KA3A 4J71A 4GYIA 1REKA 4F9CA 2JKQA 2YDIA 3PVBA 3TNWA 4GT3A 3POZA 3ZCLA 2BAKA 4D2VA 2IZTA 1UV5A 3OCTA 3C7QA 3ID6C 2W9ZB 2OBJA 1FVRA 4ZZNA 5F9EA 4I20A 4TNDA 4FTTA 2I7QA 4FTOA 2BROA 4IAZA 2VWUA 5CF4A 2QONA 5L6OA 1FBNA 4F0GA 4YHJA 2VTIA 3IGOA 3TACA 5LCJA 3O23A 3JYAA 1FPUA 2YDKA 4FTIA 3HL7A 3DXNA 3BLRA 1BL7A 2IVUA 1WVWA 4R1YA 2PVLA 1W83A 4MAOA 3CJFA 4TWCA 5DYJA 2CHLA 2W4OA 3GVUA 2XCKA 2UW7A 3V3VA 1YQJA 3MW1A 3NNVA 1FOTA 5F4NA 3PFQA 1WZYA 5E8YA 5CAQA 4JOAA 2QQ7A 3TV6A 5HNGA 4FV3A 4QTBA 2ZV7A 1OECA 1W8CA 2O0UA 3DGKA 3OXZA 5IF1A 2Y6MA 4IB5A 4DT8A 3A7IA 4R8QA 3LFEA 4DEIA 4F0IA 4OT5A 4C35A 4Z7HA 4CMTA 5CANA 3AT3A 3KF7A 4KD1A 2UW6A 3QQFA 4QQ5A 2XKEA 2VWYA 1GIIA 4RG0A 5DT0A 4DFYA 2QOCA 3UC3A 3KKVA 4QQCA 5D41A 2YZLA 2JAMA 1WBSA 3L8PA 4JDKA 3S2PA 2R3LA 1JKLA 5AP0A 3FI3A 4C4FA 3AMYA 4FBXA 4CCBA 5KMJA 1YDSE 3CSVA 5DRBA 3SOAA 2OGVA 2HYYA 2YN8A 3PIYA 3ZFMA 1OITA 1G5SA 4CLJA 4FOCA 5AR5A 4EEVA 3BHYA 3ZSGA 4GFGA 4FA2A 4JNWA 1J1CA 5IEXA 2B53A 2C4GA 4MBLA 3E8CA 4DFBA 2XJ1A 4EH5A 2NNWB 4FV9A 4OTHA 5ANEA 3NX8A 4NFMA 4I4EA 4DH8A 5A4QA 4JBVA 3CQUA 5LVLA 2X81A 4YGAA 2NRUA 4OAUC 3QQHA 2OH4A 5K3YA 2R5TA 3L9LA 5E8SA 1UVRA 2CCIA 1U5RA 2XNNA 3G51A 3R6XA 3W33A 2X7GA 4CFXA 1G3NA 3QAME 3R1QA 4RIYB 5ETCA 3PWDA 1P2AA 5ACBC 4PPBA 3EQDA 5EI2A 2A4LA 5A4TA 4GRBA 5J5TA 4I93A 5HO6A 2Z60A 2ITXA 3ERKA 3IG7A 4N6YA 4EBVA 3TM0A 2PE1A 5HESA 4PDSA 4X21A 3CEKA 4FT9A 3ELJA 4ANSA 1UA2A 5LJJA 3ZH8A 4RGJA 5HIDA 4RBLA 4DG3E 4QQTA 4FSZA 2W4JA 4O1OA 4UV0A 5C8NA 2CNVA 2VRXA 4GT4A 4M12A 4AWIA 5L2TA 1G8AA 4BZNA 3PXZA 4FKLA 4G6OA 3HAMA 1JLUE 3ENMA 3MBLA 2PE2A 4QMSA 2F7XE 3QUPA 2QLQA 4UXLA 4XRLA 4ZJIA 4E26A 3UZTA 3ZO3A 2Z7RA 3OWPA 3I4BA 2ITZA 1QPDA 3FE3A 3P7BA 4JS8A 4MQ2A 3D7ZA 3RGFA 2CSNA 3DQWA 3PA3A 3R7GA 4YZBA 2PZPA 4DGNA 4IZ7A 5HU3A 4ACHA 1H1WA 2BRBA 4JQ7A 5IG1A 4DITA 1AGWA 1BLXA 3DFAA 4K0YA 3KRLA 4GEOA 3TWJA 4KS8A 3PY0A 2W5HA 2BMCA 4GG5A 2JDVA 5CVHA 5D7AA 2WKMA 3BE2A 1CDKA 3OTUA 3L1SA 2CKQA 3ODYX 4LMUA 3V6RA 4BCQA 3QQLA 5H3QA 2GDOA 2BILB 4Q5EA 4X3JA 5JSMA 2C5XA 2EXCX 3RJCA 3VF8A 5CALA 2DUVA 3D94A 1H1PA 4YJTA 5J95A 3ZC6A 5KBQA 5FP6A 4WUAA 5CXZA 3KEXA 4JR3A 3WIKA 2VTQA 4MXXA 3EN9A 1WFCA 2RF9A 4FT5A 1KV2A 2VU3A 2VTJA 5HE0A 3V01A 5AEPA 2UZDA 2YEXA 4B8LA 5BUEA 1GNGA 3BYVA 4FICA 1KE6A 5CAPA 1Q8TA 4ARKA 2A1AB 3FQSA 5BMMA 4ACMA 4FKJA 1OKZA 3FLQA 3BGZA 3PP1A 1X8BA 3NUYA 2C5VA 4LMNA 4WO5A 3DB8A 4WIHA 2XYUA 2G01A 4EHGA 4R77A 3F5PA 4FSTA 4H3PA 3RPVA 1Q8WA 1QMZA 3QD2B 1U54A 4HNFA 4TW9A 3RWPA 4IZ5A 4UALA 3Q4UA 3R7EA 1XH4A 4PDPA 2R7BA 3E93A 3W2SA 2WD1A 4F9BA 4U79A 2ZM1A 4HGLA 2BHHA 4PMTA 5EOLA 4Z3VA 4HOKA 2R3KA 3LFQA 2ZMCA 3KN5A 4KIOA 2IW9A 4BDBA 1H4LA 4RJ5A 2QR7A 3PY1A 3GENA 3W18A 5HTBA 4FKOA 3WF7A 3R7OA 4BDDA 4FUYA 5DN3A 2ITQA 4R7BA 3BU5A 3MPAA 2BZIB 3E3BX 4DINA 1I09A 3DKFA 3DS6A 4U43A 4NCTA 4UY9A 4FSQA 1OPJA 3QCYA 4YBKA 4DGLC 5FDPA 2GS2A 4G3EA 5K0XA 3FMHA 3UMWA 5HCYA 1ZY5A 2B4SB 1BL6A 3D5XA 2QOBA 5FP5A 4BDIA 4EOIA 3HRCA 3P23A 5EI8A 1OMWA 4QMZA 3FV8A 4IE9A 4PNKA 2UW4A 3U51A 5IUGA 4F7NA 3O8UA 4H05A 2Y9QA 4C37A 2YIQA 4QMVA 4K33A 5BNJA 3TIYA 3ZRMA 1JKSA 3FZ1A 3PJ1A 4HGSA 3QUDA 3UQGA 1XWSA 3LAUA 3D14A 4GIIA 4R3PA 3DAEA 3NW5A 5DRDA 5FEQA 4JG6A 3ZONA 5EKOA 4C4JA 5A6NA 5CEQA 2XJ2A 4O96A 2WQNA 5AAFA 4B0GA 1WBOA 3DPKA 5EQEA 2QU6A 4QYEA 4PL4A 3NUSA 3PVUA 5AV1A 1MP8A 2IWIA 3KCKA 2F2CB 3NUNA 1TQIA 2WTKB 4EZ7A 5HIEA 3FKNA 3B2WA 4AN9A 3BWFA 1M14A 1UU3A 4ZSGA 3AG9A 3KGAA 1UU9A 3FHIA 3SDJA 5FM2A 1UNGA 1JBPE 5G6VA 1LEZA 3FMDA 2OIQA 3R63A 1M2RA 2QVSE 3GXLA 1FGKA 4CRLA 4C3FA 4H3BA 3QKMA 1PMVA 4G3DA 4FODA 4O83A 1Z9XA 3W1FA 5HORA 2JDRA 4BZOA 3KRRA 3ALNA 3CD8A 3ZSIA 2X8DA 3PJ2A 4XP3A 4C02A 4KIKA 3LFFA 3N51A 2C30A 2AUHA 3I6WA 4QP6A 3F2RA 3K54A 1OBGA 1R0PA 2WMSA 3HP5A 5JQ5A 2WMBA 3KA0A 3O8PA 4N0SA 2VO7A 4H3QA 4FK3A 3NW6A 2QOHA 3U4UA 4MD8E 3QCXA 3C51A 3OMVA 3EB0A 3IW6A 4IDVA 4QRCA 4GV1A 5AR3A 4BCFA 4EH3A 4EWQA 4QP8A 2IPXA 5LXMA 4K8AA 5DGZA 5E91A 3ZHPC 4AUAA 4IWQA 1BKXA 3CGOA 1G8SA 4YZNA 3FYKX 1Y8GA 4BDFA 3SW7A 4ASZA 4TN6A 3OEFX 2BAJA 3E64A 3NGAA 4LYNA 3KMMA 5B2MA 3CJGA 4DEDA 2Z8CA 4ZIMA 5CENA 4DTKA 5JMSA 4E6AA 3PJ3A 3AD6A 3NW7A 5HE2A 2EWAA 2DQ7X 3K5UA 4JDJA 4LRMA 2IW8A 2FO0A 3JPVA 5AUWA 3EIDA 4QMOA 4G9RA 2Y6OA 2QOOA 3E8EA 4H58A 1Z57A 5TT7A 3GCSA 3OXIA 3VS7A 4DLJA 1ND4A 3AGMA 1WBNA 4ZAUA 4FV7A 4X2GA 3TG1A 2IJMA 2W1FA 4F6WA 2J0KA 4F6SA 5HZNA 4AE6A 5L3AA 3R9NA 3ALOA 4YC6A 4O7TA 4QPMA 4D58A 2PVJA 4QMYA 4W9XA 4YU2A 3A62A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4U45A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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