4X2FA

Selection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
GTIARTIVLQESIGKGRFGEVWRGKWRGEEVAVKIFSSREERSWFREAEIYQTVMLRHENILGFIAADNKDNGTWTQLWLVSDYHEHGSLFDYLNRYTVTVEGMIKLALSTASGLAHLHMEIVGTQGKPAIAHRDLKSKNILVKKNGTCCIADLGLAVRHDSATDTIDIAPNHRVGTKRYMAPEVLDDSINMKHFESFKRADIYAMGLVFWEIARRCSIGGIHEDYQLPYYDLVPSDPSVEEMRKVVCEQKLRPNIPNRWQSCEALRVMAKIMRECWYANGAARLTALRIKKTLSQLSQQEGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Selection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TGF-beta receptor type-1
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 100
structure length 303
sequence length 303
ec nomenclature ec 2.7.11.30: Receptor protein serine/threonine kinase.
pdb deposition date 2014-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4x2fA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4x2fA01
4KKGA 1Y6BA 3ZO3A 1F5QA 4FV9A 4AWIA 4FSUA 2I0VA 4BCNA 5E8UA 4UZDA 1KUTA 2CJMA 2ZV8A 1BX6A 4UWYA 5LVLA 3ATTA 2FVDA 3KRRA 3GCVA 3TNIA 2QKWB 3SKCA 4YC6A 4NL0A 1YW2A 5D11A 3HV6A 4Y46A 4C37A 4AGCA 4AX8A 3AGLA 3P7AA 2CKEA 2XK7A 2H96A 3FE3A 4FV3A 5AX9A 3RGFA 4EHVA 4YP8A 2Y8OA 4NJ3A 3WE4A 3FL5A 4L43A 2E9VA 1H27A 4QP1A 3DAEA 4O96A 2W7XA 1OB3A 4I6HA 1ZYJA 4LV8A 1XO2B 2Z02A 5TO8A 3GVUA 3QFVA 1AD5A 3FWQA 2YM6A 4YJPA 2XF0A 4O81A 4A06A 4ZJIA 4I20A 4C0TA 3Q4UA 2DUVA 2Z7RA 5I5ZA 3IECA 2IG7A 3NNWA 3R1QA 2BIKB 4JIKA 3RM6A 5IKWA 3FEGA 5CSXA 2B7AA 4IAYA 3MS9A 2HZ0A 4ZEGA 2JDOA 1UU9A 3UOLA 4EEVA 2WXVA 4GG7A 4FTJA 4DFYA 2P2HA 3OOGA 3NVMB 2W4JA 3FZOA 3MA6A 3EN4A 4FTOA 2W9ZB 4JBVA 4HCVA 2IZRA 3AQVA 4N4SA 3QUPA 5L8JA 3ZC5A 2JFLA 3N9XA 3E8NA 3ZHPC 2YAAA 3EFJA 4NWMA 2IVTA 4Z9LA 3EZRA 2EVAA 5CS6A 5CT7A 3QQLA 4BB4A 3Q32A 4Z3VA 3FSKA 3BGQA 3EQDA 5EI8A 4ANBA 4TYEA 1FMKA 4IAZA 4EONA 3RNYA 3PPKA 4PPAA 4EHZA 2WKMA 5ITAA 4KIKB 5JRQA 3WILA 1P14A 5HLPA 1YDSE 2H9VA 4FMQA 3F7WA 5DGZA 5L3AA 3TCPA 5GZ8A 4D9UA 4CG8A 3QTQA 5DRBA 4IWDA 1YWNA 4YZCA 3R1YA 3MB6A 3OHTA 4V05A 4YNEA 4R1VA 2F49A 3FI8A 2ITZA 4KSPA 2HCKA 5EYCA 1CMKE 3ZXTA 3FYKX 4MWIA 4O7SA 5CWZA 3BE9A 2C5XA 1XH6A 3WYXA 2GSFA 3LXKA 5CU0A 4YC8A 4FX3A 4CTCA 5IEYA 3D2IA 3GCQA 3Q5IA 4FOCA 5GZ9A 4FV7A 2VWXA 3UO6A 3UIBA 3DY7A 5LVPA 3PFQA 5DPVA 5FM3A 3GC7A 4AZEA 5DR6A 4UX9A 4ID7A 3ZMMA 3EQIA 4FKJA 3ZLSA 4EH7A 2UW7A 4JBQA 3D5VA 4YNOA 3UJGA 5LMKC 4DA5A 3EQGA 3R02A 1BL7A 2YDIA 5J9LA 1FGKA 5AEPA 4QPSA 4IX5A 4EK6A 4CZTA 2UZUE 5J5TA 3LXNA 3AOXA 2LGCA 4GJ2A 5EK7A 5T3QA 4FTQA 4QRCA 4D58A 1DI8A 4O7NA 5CTPA 3E8CA 4L45A 3UTOA 3WE8A 1R0PA 3EFWA 4YTFA 4L3JA 3AMAA 5BVEA 3Q9YA 2WHBA 3KN5A 3HV5A 4EK3A 4I92A 3VS7A 4AFJA 4O82A 2R5TA 3R04A 3EN6A 4FE2A 3DV3A 3GQLA 3EIDA 2WIHA 3PJCA 3R2BA 4G9CA 4PDSA 1SVEA 4D28A 1M2RA 4GRBA 1SM2A 2PMOX 2ZOQA 1OIYA 2W1ZA 2XNEA 4JRNA 4XS2A 3MVLA 1YOMA 4V04A 5FDXA 4PX6A 4JG7A 3EN9A 5I3RA 5F4NA 4IDVA 4BCJA 2WOTA 3EFLA 2CLXA 2ZB1A 2F9GA 3PJ1A 3UNJA 4CG9A 3Q96A 4GUEA 4L67A 4RA4A 4UBAA 2UW3A 3NCGA 2X4FA 2ITVA 2YCQA 5J79A 3CPBA 4FTAA 2BTRA 4F63A 3RK9A 5D10A 5A46A 4FNWA 1V0PA 2WPAA 3R9OA 5M4UA 1XH7A 2VWVA 2VWYA 4BBEA 3ZFMA 1J91A 2BKZA 3HA6A 3O8PA 3T9IA 4D2TA 4ASEA 5L2TA 3QCYA 4MXAA 1PXPA 2CPKE 4R1YA 3R8MA 4TT7A 1Q24A 2PE0A 4J99A 2GPHA 3BEAA 3Q4TA 5M55A 1XH5A 4JDKA 3FSFA 5DFPA 4E6DA 4E4MA 4IQ6A 5GJGA 2WQNA 5JSMA 4LOPA 4FEVA 4GT5A 2ITOA 4U7ZA 3C5UA 4YJVA 3RALA 3LFEA 3TT0A 3VJNA 4BYIA 4KIQA 4QYGA 3RK7A 5EW8A 1OI9A 4MD7E 2WGJA 5J7HA 5M56A 1PY5A 3GC0A 4TWNA 5IPJA 3W2PA 4K18A 2RFEA 2OIDA 3MPTA 4I6QA 4C4JA 5DT4A 5ETCA 4XG7A 3KREA 4YHJA 3UVPA 3L9LA 4M0YA 3PY3A 2IW6A 3OROA 5JFVA 5AV0A 4WUAA 5GZAA 2BHEA 3MIAA 1FQ1B 3FXZA 4QQTA 3LMIA 2ONLA 5E8YA 3P5KA 2OU7A 4L7FA 1OVEA 2B9IA 4RFMA 2YCFA 3KN6A 3V3VA 3HMPA 5HEZA 2WB8A 4L52A 1U5RA 4OT6A 4WT6A 1OKWA 4RPVA 3QU0A 4DGLC 4XV2A 1G8SA 5J95A 2X9FA 1IASA 3GU7A 3HRFA 3VVHA 4EL9A 5FDPA 3UGCA 5KHXA 5KZ0A 3PP1A 3LMHA 3JUHA 4CYJA 2F7ZE 2JIIA 4W9XA 3BLQA 3ZOSA 1BI8A 4UN0C 3I0OA 4V01A 5HIEA 4GMYA 3EH9A 4FZ7A 3EN5A 3ELJA 5AIRA 4YZMA 2QHMA 1OUYA 1WBSA 3OD6X 2W1FA 3LHJA 3MY5A 5HTIA 4NCTA 5CSHA 2PVNA 3FBVA 3P7BA 1KWPA 1JKKA 2BAJA 2XKDA 1ZWSA 2XM8A 5GIPE 1JVPP 2YJRA 1J7UA 3DAKA 2XVDA 5DBXA 1GIJA 3NNVA 5H8BA 2C0TA 2FSOX 4KKEA 5DT3A 3ZO1A 3EHAA 3F2AA 4CD0A 4EWQA 3MI9A 3QRJA 1DM2A 2GQRA 2DWBA 2AYPA 5I9ZA 3W2CA 2QC6A 3C4WA 1ZMWA 3ZCLA 1CDKA 5CU3A 4MF1A 1UA2A 1Z9XA 4UALA 4JBPA 4EQUA 1PRYA 3PXQA 5HQ0A 3F5PA 3ZRKA 4JX3A 5BVKA 2CLQA 4ACGA 4QMQA 4BKYA 3BV2A 2UW8A 3LCKA 1OGUA 3KF4A 4FICA 4XYFA 3N51A 5HVJA 3UYTA 4C2VA 5KX8A 3QQHA 5E1EA 3GP0A 3R7UA 2VN9A 4BDDA 3R22A 2OJGA 5EKOA 4HGTA 4X2KA 4KS8A 4YPDA 4DFNA 3QKLA 3NR9A 1RE8A 3OCGA 3TTIA 3ORNA 3V5TA 1YOJA 1P4OA 4GFOA 3CY3A 4EC8A 4TNDA 4FI1A 3I7CA 1NA7A 1Q3DA 4QQJA 1VYWA 2PTKA 3ANRA 2FSLX 3RWQA 2YM3A 2IO6A 2PK9A 3NEWA 4AZFA 2VV9A 2YAKA 4L68A 2OIQA 2WTDA 4QMTA 3VS2A 4L7SA 4O86A 3R73A 4BKJA 4PMTA 4NEUA 4U9AA 4XEYA 1W84A 2A27A 4BDEA 3SW7A 4G34A 1UV5A 4AQCA 1UKHA 2XNGA 4FNXA 4BDAA 4J98A 4WUNA 4F9BA 4ZIMA 3BHYA 3OS3A 4QTCA 4KAOA 2O65A 5FP5A 4NIFB 5KE0A 3VBXA 4RJ3A 3ZRLA 4HVHA 5CF4A 3RM7A 2V0DA 4ZS4A 5KBQA 1WFCA 1GZKA 2VO7A 4AF3A 3NGAA 2LAVA 4G6LA 3UZTA 4G3FA 1CKPA 1VJYA 4RFZA 1E1VA 2ZB0A 4NH1A 3W8QA 5HIBA 3WF5A 4X7QA 5JFXA 3I4BA 1H24A 4X3JA 5CXZA 4JJRA 3KRLA 5CNOA 3FYJX 3LJ0A 3LFDA 4M3QA 5GIOE 2C69A 3KXNA 3UC3A 3LFAA 4N0SA 5AA9A 4HVGA 4I21A 3TXOA 3IGOA 3S4QA 1XBCA 4YTIA 3TNQB 3AD5A 2PVFA 3U6JA 4PQNA 2VRXA 3SGCA 2C5YA 5DOSA 4D9TA 4LGGA 4G3DA 4CCBA 3QQKA 4K9YA 5AUYA 4CQGA 4MF0A 4XV3A 1XWSA 2X0GA 3BYUA 5K4JA 4B99A 4FKLA 3C50A 5EFQA 2C6MA 2YCSA 4ZTSA 5FTQA 3ULIA 4HPTE 2IPXA 4OTDA 2Y7JA 3ZYAA 5FBNC 4Z7HA 2YJSA 4AGDA 4FTUA 1L8TA 3DQXA 4JG6A 2J2IB 3H4JA 4APPA 2YIXA 3F7ZA 3HUBA 2XK6A 4BI2A 2RG6A 3OC1A 4ZSEA 3WF8A 3W8LA 3SVVA 1YXUA 3UVRA 4QO9A 4DH1A 4GVAA 4EUTA 4USFA 3AD4A 3QCSA 4JAJA 1VYZA 4IX4A 4XUFA 3Q4ZA 1Q99A 4RWKA 5IG1A 3FUPA 4DT8A 1ZMUA 3FDNA 3E88A 5IQEA 2E9PA 2UZOA 2CNVA 5C1QB 4IMYA 3QRKA 4OBPA 3SC1A 5A6NA 4HNFA 3MDYA 4FIEA 2B9HA 3IPHA 3ZZWA 4IAAA 5L2QA 3SXFA 4DTKA 3VIDA 4NW6A 3DCVA 2VAGA 2IN6A 3G90X 3BELA 3PIXA 4HYIA 4CNHA 5DYJA 4J97A 3TDWA 4GKIA 2ZMDA 5FUTA 4OAUC 3QHWA 4Y73A 3BWFA 4QP7A 1H0WA 5IA4A 5CEOA 4CT2A 4HW7A 2J5FA 5I4NA 2X6EA 4DTAA 4L6QA 4DEGA 4E20A 1ZARA 3GFWA 4PDPA 4JQ7A 3WZEA 5HNBA 2HELA 4I41A 4DHFA 5I9YA 2XJ0A 4DFBA 3OG7A 1U54B 4RIYA 2EU9A 4XP3A 4AA4A 4EORA 1J3HA 3MA3A 4DCEA 3N4VA 4NSTA 3HKOA 4G5JA 4UWCA 2RSVA 4Y8DA 2WU7A 5AP7A 4A9SA 3Q9WA 1R78A 4L9IA 2W1HA 1DAYA 5CVHA 3E92A 3QTZA 3QUDA 2Q83A 5B2KA 5I9WA 1LP4A 3AC5A 4UYNA 2FB8A 3ZEWA 5FG8A 4ZY6A 3GBZA 3VN9A 4F70A 2PL0A 2VTTA 4XRJA 4FG7A 4PP7A 3DJ5A 4CMTA 3Q2JA 1ZLTA 2QOFA 4BIDA 2YWVA 2I0YA 4RX8A 4C7TA 5LVNA 5LMKA 2QG7A 2BFYA 3QGYA 4FL1A 4IAFA 1MQ4A 3ZDUA 2JC6A 4L00A 3A7HA 5CANA 4TW9A 3VUIA 2W1CA 1YDRE 3QTUA 2PWLA 4X2JA 3R7EA 3G15A 2PVJA 4BC6A 3BBWA 3DZOA 2CKQA 4EBWA 5AUUA 2Y9QA 2QOLA 3UDBA 5EOBA 3PXZA 2ACXA 2UUEA 2R4BA 1OECA 4ZTLA 5JFWA 5EYDA 4FSZA 4AOJA 3D7TB 5EOLA 4IAKA 2GNLA 4FIGA 4OTRA 4EOLA 2BZIB 1TQIA 5A54A 5M08A 1V0OA 3A7JA 4JQ8A 4TYHB 3VQHA 4JBOA 1IR3A 3HRBA 4BWXA 2Y0AA 3FZ1A 2O8YA 2DS1A 2H34A 3R9RA 4OW8A 4Q5EA 4BVUA 4ENYA 5CI7A 4F9YA 5F20A 3ZDIA 5L8KA 5FP6A 2Z8CA 1J1BA 4O7RA 3UOKA 4K1BA 3BKBA 3FC1X 3RHKA 2C47A 1Q5KA 3O17A 1JLUE 3QL8A 3EQCA 4ZTNA 2IW9A 3UOJA 4ITHA 3KEXA 3MFTA 3ZRMA 1Q8UA 2OXXA 2UW6A 2JDVA 3UYSA 3F66A 4XV9A 3ALNA 4JDJA 4JAIA 4BI1A 3QQFA 2XCHA 4J71A 1YXVA 5EHLA 3HP2A 4FOBA 4BZDA 4MD8E 1H1RA 3EOCA 4BWPA 4BGQA 4EZ3A 2X2KA 3HRCA 3ORIA 3QZFA 5EHOA 4BCGA 4YGAA 4MVFA 3PG1A 3VAPA 4QMWA 1H01A 2XEZA 4DH7A 4TWPA 5IQCA 3PZHA 4Y83A 1XBAA 4FK6A 1XKKA 1SNXA 4RVLA 4QP3A 4Z55A 1P2AA 4QNYA 5BMMA 5BYZA 4ZSGA 4D2WA 5J9ZA 3LQ5A 3NRMA 2VTOA 4RJ8A 1RDQE 3SOAA 1U46A 2VU3A 2VGPA 3UQGA 4FGRA 4RGJA 2WTKB 3R21A 3COHA 4BZOA 4C34A 3VC4A 4ZS0A 2W0JA 3AXWA 4HNIA 2X9EA 3PYYA 3RCJA 4IVAA 5A14A 5K5NA 3UO5A 3R9NA 2C3KA 5FD2A 4MXOA 2GS7A 3CEKA 4RRVA 5D9HA 3A7GA 5LVMA 4ANLA 5L2WA 3ZM4A 4DFZE 1FOTA 4D5KA 3BI6A 4NZWB 4YMJA 4BDGA 3DXNA 3QKKA 5HG8A 1PXKA 2OZAB 5CZHA 5FEDA 4G1WA 4GJ3A 3R7GA 2ITYA 3K2LA 5K4IA 2HXQA 4DG0E 4OTFA 4QMZA 1HCLA 2HOGA 1X8BA 4AN9A 3KC3A 3KXZA 2NP8A 2OF4A 5HBEA 3VQUA 4XOYA 3EQHA 3NW7A 5E8ZA 5C8MA 3ZSGA 3R71A 3COKA 4F9AA 4QMNA 3PA5A 3A4PA 4PPBA 4K33A 3K3JA 4AOIA 3LZBA 3TV6A 1REKA 3DFCB 4IZ5A 4YLKA 2GU8A 5CALA 4TY1A 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 4ARK A;  2JDT A;  4G3E A;  4U45 A;  2XIR A;  2OK1 A;  2IVV A;  2Y6M A;  3NCZ A;  4PPC A;  1JWH A;  2BR1 A;  3BPR A;  3GOP A;  4OTI A;  3VBQ A;  3WIG A;  4IB3 A;  1IG1 A;  5CEM A;  5KMK A;  4M97 A;  3SAY A;  2PVR A;  4B7T A;  2VTQ A;  5BNJ A;  2QCS A;  3OCB A;  3VF9 A;  5KNJ A;  3B2W A;  3CTJ A;  4WG5 A;  5K3Y A;  3RMF A;  3E87 A;  3POO A;  3D5W A;  4FKO A;  3D9V A;  2UZW E;  3P23 A;  1ZXE A;  2VTJ A;  4IZA A;  1GNG A;  2ERZ E;  3KVX A;  4ASX A;  2QR8 A;  5JKG A;  3LLA A;  5LWN A;  3P1A A;  4KIO A;  3UPX A;  5L6P A;  4FL2 A;  3S0O A;  1S9J A;  3M42 A;  3KKV A;  4UB7 A;  5I0B A;  3HMN A;  1IAH A;  1ZY4 A;  3EYH A;  2IWI A;  2R3J A;  3RAK A;  4UZH A;  2AC5 A;  5AP6 A;  5H8E A;  4ZSJ A;  4AW1 A;  3G2F A;  3KUL B;  4BCH A;  4O84 A;  3DKG A;  3JXW A;  4ZLZ A;  4ZTM A;  2YIR A;  3JVS A;  4X2F A;  4A9T A;  4YUR A;  5KMN A;  4O0S A;  3R28 A;  3QX4 A;  2FSM X;  2QOO A;  4DG2 E;  2OW3 A;  5DI1 A;  3GB2 A;  3H9R A;  5J5S A;  2HZN A;  4FTI A;  5EG3 A;  5AP4 A;  1R3C A;  3BIZ A;  5FXQ A;  3DPK A;  2CSN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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