4AGUA

Crystal structure of the human cdkl1 kinase domain
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
290
structure length
277
Chain Sequence
EKYEKIGKIGEGSYGVVFKCRNRDTGQIVAIKKFLESEDPVIKKIALREIRMLKQLKHPNLVNLLEVFRRKRRLHLVFEYCDHTVLHELDRYQRGVPEHLVKSITWQTLQAVNFCHKHNCIHRDVKPENILITKHSVIKLCDFGFARLLTRWYRSPELLVGDTQYGPPVDVWAIGCVFAELLSGVPLWPGKSDVDQLYLIRKTLGDLIPRHQQVFSTNQYFSGVKIPDPEDMEPLELKFPNISYPALGLLKGCLHMDPTERLTCEQLLHHPYFENIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of the Human Cdkl1 Kinase Domain
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 1
total genus 86
structure length 277
sequence length 290
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2012-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4aguA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4aguA01
4PDSA 3PRIA 3D7ZA 3O17A 3ODYX 5I9UA 4ACDA 4ORKA 3LVPA 1JKLA 4IAAA 3ZZEA 2QNJA 3IK3A 3MSSA 2QO7A 3FBVA 4XCUA 5HZNA 1G5SA 1KE5A 4ANQA 3R7OA 2R5TA 4I6HA 4U0IA 4EUUA 3BX5A 4S32A 1J91A 2B9FA 4J8MA 3CTHA 2OJFE 4J8NA 4U42A 1IA8A 4BDEA 5ETAA 3FE3A 3IGOA 5EDPA 2W1HA 2XK7A 4NIFA 3WIKA 1U5QA 4WG4A 2CN8A 4YJVA 3WE4A 3E8DA 4EH5A 1QPEA 4LM5A 4V0GA 2XKCA 3DT1A 4R1VA 4A06A 4BR3A 2FSLX 1OKWA 3NNWA 3RGFA 4AE9A 1P4OA 4BDCA 1IAHA 3F88A 3MFTA 2VX1A 4RVLA 3F3TA 4XV1A 1SMHA 1ZYCA 4G3FA 5DHJA 4DAWA 3G9NA 4ID7A 2ZYBA 1ZYLA 2G2HA 2UZOA 4JQEA 4H3PA 3BGQA 2UVYA 4YURA 4HNFA 5GZAA 5E4HA 4DEGA 3PA4A 1ZOGA 3D5XA 2GMXA 2IZTA 2W99B 2NP8A 3MJ1A 4BZNA 1PXNA 5AR2A 4F09A 1K9AA 4G6LA 3QTIA 4WG3A 4EL9A 2ACXA 1KSWA 3PXKA 2Z02A 3B2WA 4DTBA 1UU3A 3TKHA 4X2KA 4FOCA 3OCBA 2E9UA 3BIZA 4GH2A 3ZZWA 4DH8A 2JIUA 3QRUA 4MD9E 4WIHA 2ZVAA 4KIKB 4O0UA 4NYEA 4YJSA 4ZP5A 2J0IA 3ZS5A 3GU7A 3JY0A 4GU6A 4IE9A 4U7ZA 5EDQA 5IH6A 2QVSE 5K3YA 5IUIA 5CNNA 2I0YA 4IFCA 3PJ2A 5DRBA 2VWVA 2OJGA 3JXWA 3MTLA 1H00A 2J50A 4FTUA 4BCNA 1YKRA 3NMUF 3EJ1A 2O65A 2YZAA 3C13A 2PVRA 5K9IA 1W7HA 4XG4A 5DLSA 3L9PA 3TV4A 3QQJA 4A9YA 3FI3A 5HCYA 1YI6A 3DDQA 4U5JA 4EYJA 2CCIA 5AV3A 5FD2A 2X2LA 4BYIA 3PXZA 5DPVA 3EFWA 4CLJA 5J7BA 2FSMX 4Y72A 1XHAA 4I0SA 3BE2A 3I5ZA 4M69B 3UDBA 1BX6A 4ZEGA 1CTPE 3HVCA 3NUPA 4ITJA 5DMZA 5AMNA 4MBLA 4XG3A 2RL5A 3V5WA 2YM4A 3I6WA 4W9XA 5L2SA 3HNGA 4M0ZA 5JSMA 4QRCA 1R78A 4U43A 3E7VA 4GUEA 4MVFA 3R6XA 2ITUA 5IQCA 5LXMA 1J3HA 5AUZA 3W18A 1XKKA 3FPMA 1I44A 1H24A 3BYOA 2WQOA 3FY2A 3POZA 1W82A 4IACA 3O8UA 2H34A 4IW0A 5F1ZA 3MH2A 3EFKA 4UXQA 2X8IA 2R3GA 4MTAA 4FYOA 4ACMA 2ITVA 3IECA 5IKWA 3PXQA 1XJDA 3H4JA 4YO6A 4JXFA 4OUCA 3GQLA 5AA8A 3TL8A 2JDVA 2GTNA 3OXIA 4FOBA 3HV3A 3BQCA 4NT4A 3R8ZA 5EH0A 4Z3VA 4LFIA 3R83A 4YSJA 2R3NA 4HYUA 4NTSA 4JR7A 5DN3A 1KE9A 3ORXA 3R1YA 3OT8A 4YGAA 4YNOA 4TWPA 3C1XA 3FXZA 4F7NA 3TKUA 3UIXA 4UY9A 4QMNA 4E1ZA 3QD3A 2ZB1A 4O7TA 2ZOQA 4RJ7A 2VGOA 3AC2A 2EB3A 3LIJA 3I5NA 3DKFA 4PRJA 3UIBA 5CAQA 3NX8A 3EKKA 3KXXA 2OJIA 3MVJA 2AYPA 5HD7A 1ND4A 1H27A 2IVSA 2OJJA 5CZIA 4EQUA 1J7IA 2XYUA 2JDOA 5JFXA 3N4VA 3M11A 3KVWA 3Q4ZA 4FKUA 2WGJA 3PVBA 4GK4A 4I93A 5CYIA 3FYKX 4BDDA 4CZYB 3NRMA 3TIZA 4AZTA 4D4RA 4FKIA 2C6LA 3FC1X 1BMKA 1YDRE 3NCGA 5IQFA 2BIYA 1YI4A 4YZBA 5AM7A 1PKDA 4IXPA 5IQHA 3FKNA 1ZXEA 1J1CA 2OSCA 4IZ5A 4X2JA 5EOLA 5I3OA 2EB2A 4JQ8A 4KKGA 3DKOA 3E62A 4HGSA 3RZFA 3GC8A 5CNOA 3ZXZA 5AAEA 5EKOA 5K5XA 3G2FA 3MH3A 2E2BA 4R8QA 3FKOA 3ZDIA 3LFBA 4YR8A 2J0MB 3W33A 2XYNA 2F57A 3F9NA 2I0EA 2PVYA 5BUEA 4O84A 4IWPA 2GHLA 2ERKA 4MXXA 4C62A 4IM0A 3ZFMA 1GZ8A 5I9ZA 2B0QA 3COMA 3HUCA 3ZO1A 3OTVA 3PY0A 4G9CA 4QMPA 5C8NA 2CN5A 1Q4LA 2JDTA 3A62A 4NFNA 4LMNA 4GYGA 4IM3A 3MY5A 4LOQA 2ZJWA 2X8DA 1FPUA 4Q2AA 5IA5A 3VC4A 3SRVA 3G33A 3IG7A 5KMMA 4QMTA 3CQEA 3KMMA 3F3VA 3PY3A 4F9YA 3Q5IA 4C3RA 4R7HA 4BTKA 4P90A 2EXCX 5J9YA 2VN9A 3ZHPC 3U9CA 2I0VA 2W7XA 3CCNA 1STCE 4AA4A 4W8DA 4AWIA 1OKZA 4MWIA 1WVXA 3IDCA 1YHSA 3C0HA 3QRIA 5EYCA 3ZUTA 4XG8A 4AN2A 2ONLC 4FZDB 3M42A 5AIKA 4E3CA 1H1RA 3A61A 3OXTA 4G3GA 4TWOA 5H2UA 4B7TA 4UMUA 4YSMA 1LEZA 5HIBA 3VIDA 3DY7A 4FIHA 2CGXA 4HNIA 5CT7A 1OL5A 2E9OA 3KRXA 4I5PA 3W2PA 4EYMA 3SOCA 5KO1A 4EHEA 2IZUA 5E90A 2XBAA 1YW2A 3WBLA 3UNZA 5FTOA 1MRUA 4DG2E 4D28A 3LOKA 3CKXA 3F2NA 3QXPA 3NW5A 3VHEA 1OUYA 4FG9A 4I4FA 4L45A 4M15A 5BVEA 4ZLZA 4NKSA 2J0LA 3OHTA 4PMPA 3A7FA 5DH3A 2C0IA 4PNIA 3MY1A 4RG0A 4JDKA 2PVFA 5AR7A 3RTPA 3U6HA 4OAVB 3RHKA 4ZMFA 3DBDA 2W4KA 4Z9LA 5JKGA 2I7QA 2VWZA 4IWOA 4CD0A 2IW8A 4AZFA 4BBEA 4KINA 5GZ8A 3H10A 2J6MA 5AP5A 2R3FA 3ZLXA 2B53A 3W2SA 3UVRA 5IQBA 1FOTA 3NAYA 5E91A 4HVSA 4H1JA 3V5JA 2R3IA 4YZCA 4KSQA 4F9AA 4IX3A 3U8WA 4TKSA 5KBRA 1NA7A 2JFMA 3UP7A 1OM1A 2WQNA 5BUJA 3P86A 4AZEA 3KF7A 3U54A 5HX6A 5CAVA 1OL6A 2Z7SA 2OIBA 4KS8A 4R78A 3GQIA 4EH9A 2C6MA 3GI3A 4FKOA 4L9IA 5ANEA 3VF8A 4NH1A 3MA6A 3ORPA 1YXXA 4F99A 2XIZA 1YDTE 3I7BA 2J5EA 1JPAA 3F66A 3JR1A 1Y91A 2OFUA 3TJDA 4O82A 4BKZA 5KZIA 3GOKA 4QQ5A 3D7TB 4WA9A 5FXQA 2X6EA 4XNEA 3AGLA 4B4LA 4FV8A 1NVQA 2XP2A 3PLAE 1OKYA 3QQUA 3W32A 5L6OA 2QC6A 2UZDA 4ACGA 2XRUA 2WKMA 3LQ8A 3EZVA 4IZAA 4BDGA 4RIXA 5A9UA 2R0UA 2HAKA 3ULZA 4G31A 2OIDA 2VU3A 4FKQA 4ZJIA 3D5VA 3NUUA 4MBIA 1DS5A 5BX0A 2HWPA 3ALOA 1OPJA 2E9VA 2BPMA 3IDBA 2JFLA 3NNUA 4E5AX 1WMKA 2GFCA 3EYGA 2VWYA 4WG5A 3H0ZA 3FY0A 2WMAA 3LXNA 4NL0A 2R3RA 5GINE 4X2NA 5IA1A 4FE2A 4O38A 2ZM1A 2ZB0A 2IW9A 3MIAA 1M2PA 5CENA 5BVKA 2UZEA 4NTTA 1PKGA 1HCLA 3AD5A 5IUGA 3HEGA 3QKKA 5AR8A 4NIFB 4WBBB 4FTNA 4TYHA 5DE2A 3UC4A 3BV2A 3EMGA 3PIZA 4M14A 4V0GB 3HRFA 4RX9A 3ENMA 2BHHA 3K5UA 3TNWA 4JRVA 1M14A 4PDYA 1PJKA 2EVAA 1KE6A 4GIIA 4DH3A 5BNJA 4ZTMA 4BGQA 3PP0A 4OTFA 2Q0BA 1UNHA 5EFQA 1WBOA 4MF1A 4UEUA 3V5QA 3E8CA 4A9TA 2CKQA 5KMIA 2XNEA 1YOJA 4QMLA 4D5KA 3NPCA 5A4LA 2PZYA 2YM8A 1REKA 4J7BA 5A4CA 3TJCA 5KUPA 2FH9A 5FQDC 4CMOA 1OPKA 3VWAA 1J7UA 4ZY4A 2JDSA 3SXRA 3TCPA 2WOTA 3SHEA 4ZSJA 1G8SA 5CSXA 4E4LA 2UZWE 4FVQA 3V8SA 5E1SA 2Y4IC 4CCBA 4E6CA 4BIBA 3ATTA 4IAZA 4Y73A 5ACBC 4BRXA 4C61A 3N9XA 2WTIA 3WF6A 2VGPA 3DB8A 4KBKA 3TTJA 5CLPA 2WB8A 1K3AA 2HZIA 4WOVA 3VAPA 2W1EA 1H8FA 4NM0A 4WSYA 3VBVA 3ETAA 2Y6OA 3HV4A 3Q32A 3D0EA 4IJPA 4ACCA 4IJ9A 3T9IA 2WAJA 5HESA 2V5QA 1CSNA 3GFWA 3FI2A 4QYEA 4YNEA 4ANMA 3RVGA 4ASDA 3DAEA 2QLQA 3PRFA 4GK2A 4PQNA 3HGKA 5HE3A 4E6DA 3VHKA 4WNKA 3KN6A 3O7LB 5D41A 3FLSA 1SVEA 3AC3A 3OCTA 4FF8A 4CMUA 3DAJA 2FSOX 4FTTA 1YDSE 3NYVA 1KE7A 4UYAA 4DFZE 3V01A 3C4FA 3MYGA 3MY0A 3QCXA 4JBOA 3ELJA 4N6YA 4YZMA 4ASZA 3ORTA 2RIOA 4RC4A 4XV2A 4OGRA 4P5QA 4XG6A 3VS7A 2UW9A 4X3FA 5C8KA 4OT5A 4CQEA 3R2BA 5IMXA 1YVJA 4IH8A 4FL3A 3U87A 3RAIA 5M44A 5BQ0A 5HCXA 5IQGA 4YO4A 2Y6MA 3ZC5A 3HZTA 2I0HA 1YQJA 4CT1A 5L8JA 3KRJA 2JC6A 3BE9A 4BCIA 2VTRA 3BWJA 4CV9A 3MA3A 3WF7A 4WRSA 5AP7A 4GIHA 3COHA 4LGHA 5I0BA 3FJQE 2QOBA 3QC4A 2BFXA 4KIPA 2VNWA 3EZRA 4MXZA 2QKRA 3RPYA 5I3RA 2C6KA 2OIQA 4BIEA 3F5UA 2XIKA 2QOFA 3KQ7A 2C3JA 3QYWA 4FT5A 3PPZA 3CJGA 5IH4A 4PPAA 2ZMDA 5JK3A 2ITNA 1XH5A 5CWZA 5LCJA 4A7CA 5JQ5A 2P3GX 2QODA 2GHMA 1M7QA 2VTHA 3VUKA 3QC9A 3B8RA 3PE1A 4J96A 5L3AA 5E8UA 4PDOA 2XKDA 5DR2A 4HZRA 1MRVA 2C5NA 3RP9A 4CCUA 5AV2A 3DOGA 4GFGA 3CSVA 4RWLA 3P0MA 1Q99A 4L7SA 1V0OA 1W0XC 1YOMA 3P5KA 4UZDA 4TRLA 4L44A 2YIYA 3UVQA 4O7VA 1ZYDA 2VO7A 3FHRA 4BCGA 3LCDA 3LCSA 3O2MA 3W2RA 4XJ0A 1H1PA 3U9NA 3S00A 3PTGA 4RWKA 1UU9A 2YLFA 4M13A 4PNKA 4QPSA 4PP9A 3WOWA 1V0PA 2FYSA 3PFQA 3MN3A 3UP2A 3QTZA 5DT4A 3QX4A 4NJ3A 5D11A 3C4EA 3P9JA 5CU0A 4ALVA 4DA5A 5HI2A 1XH6A 3M1SA 2WOUA 5AA9A 3RKBA 4D1SA 3I4BA 3BU5A 3RPOA 2V7AA 3SAYA 5D9HA 5EYDA 3GU6A 4RFMA 4X2GA 3MVHA 4C02A 3HDNA 2VTIA 2VZ6A 5DA3A 4YJUA 1OITA 4E93A 4P4CA 3WF8A 3CGFA 3Q9ZA 1PXPA 4TNBA 2PUIA 2PL0A 3ORIA 4J52A 4JNWA 1APME 2VD5A 3UJGA 4PF4A 3SRVB 3UG1A 5DBXA 3UYSA 2BROA 3FYJX 3CE3A 2YDKA 5AV4A 3EQHA 4USEA 4JDJA 3KXMA 4FL1A 1YRPA 2QOLA 3L8SA 3QKMA 5LVMA 3GU5A 4I1ZA 3QGWA 4GJ2A 2WFYA 4FV2A 5H8BA 1L8TA 3VBXA 2IZSA 2YA9A 2JDRA 3BLRA 3PIXA 4RRVA 1WBWA 4FK3A 4F9WA 5EYMA 3F6XA 4XOZA 4BC6A 2X7FA 3VUGA 5GIPE 4GUBA 3AQVA 3RWPA 4C2VA 3DK6A 4PL5A 2W5HA 1ZRZA 2R4BA 4WNMA 1XWSA 1SNXA 4G3EA 4KIQA 4RC2A 2BRMA 4DLIA 4LRJA 4CRSA 4BDBA 2EXEA 4EOOA 5CSVA 2WEVA 2OI4X 5AV1A 1BKXA 3ZRLA 3LLAA 4XMOA 5CF6A 1OB3A 4UV0A 5D7VA 2B4SB 5G1XA 3UO6A 4IVDA 3NW6A 4LGGA 3FPQA 4HVIA 4ZS4A 3K54A 3G6GA 4I5CA 2HIWA 5CSHA 4RIYB 3H9OA 4XHKB 4I92A 3SG8A 3VS3A 2CGUA 2ZV7A 2XNOA 3G6HA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4PDS A;  3PRI A;  3D7Z A;  3O17 A;  3ODY X;  5I9U A;  4ACD A;  4ORK A;  3LVP A;  1JKL A;  4IAA A;  3ZZE A;  2QNJ A;  3IK3 A;  3MSS A;  2QO7 A;  3FBV A;  4XCU A;  5HZN A;  1G5S A;  1KE5 A;  4ANQ A;  3R7O A;  2R5T A;  4I6H A;  4U0I A;  4EUU A;  3BX5 A;  4S32 A;  1J91 A;  2B9F A;  4J8M A;  3CTH A;  2OJF E;  4J8N A;  4U42 A;  1IA8 A;  4BDE A;  5ETA A;  3FE3 A;  3IGO A;  5EDP A;  2W1H A;  2XK7 A;  4NIF A;  3WIK A;  1U5Q A;  4WG4 A;  2CN8 A;  4YJV A;  3WE4 A;  3E8D A;  4EH5 A;  1QPE A;  4LM5 A;  4V0G A;  2XKC A;  3DT1 A;  4R1V A;  4A06 A;  4BR3 A;  2FSL X;  1OKW A;  3NNW A;  3RGF A;  4AE9 A;  1P4O A;  4BDC A;  1IAH A;  3F88 A;  3MFT A;  2VX1 A;  4RVL A;  3F3T A;  4XV1 A;  1SMH A;  1ZYC A;  4G3F A;  5DHJ A;  4DAW A;  3G9N A;  4ID7 A;  2ZYB A;  1ZYL A;  2G2H A;  1W2F A;  2UZO A;  4JQE A;  4H3P A;  3BGQ A;  2UVY A;  4YUR A;  4HNF A;  5GZA A;  5E4H A;  4DEG A;  3PA4 A;  1ZOG A;  3D5X A;  2GMX A;  2IZT A;  2W99 B;  2NP8 A;  3MJ1 A;  4BZN A;  1PXN A;  5AR2 A;  4F09 A;  1K9A A;  4G6L A;  3QTI A;  4WG3 A;  4EL9 A;  2ACX A;  1KSW A;  3PXK A;  2Z02 A;  3B2W A;  4DTB A;  1UU3 A;  3TKH A;  4X2K A;  2XAL A;  4FOC A;  3OCB A;  2E9U A;  3BIZ A;  4GH2 A;  3ZZW A;  4DH8 A;  2JIU A;  3QRU A;  4MD9 E;  4WIH A;  2ZVA A;  4KIK B;  4O0U A;  4NYE A;  4YJS A;  4ZP5 A;  2J0I A;  3ZS5 A;  3GU7 A;  3JY0 A;  4GU6 A;  4IE9 A;  4U7Z A;  5EDQ A;  5IH6 A;  2QVS E;  5K3Y A;  5IUI A;  5CNN A;  2I0Y A;  4IFC A;  3PJ2 A;  5DRB A;  2VWV A;  2OJG A;  3JXW A;  3MTL A;  1H00 A;  2J50 A;  4FTU A;  4BCN A;  1YKR A;  3NMU F;  3EJ1 A;  2O65 A;  2YZA A;  3C13 A;  2PVR A;  5K9I A;  1W7H A;  4XG4 A;  5DLS A;  3L9P A;  3TV4 A;  3QQJ A;  4A9Y A;  3FI3 A;  5HCY A;  1YI6 A;  3DDQ A;  4U5J A;  4EYJ A;  2CCI A;  5AV3 A;  5FD2 A;  2X2L A;  4BYI A;  3PXZ A;  5DPV A;  3EFW A;  4CLJ A;  5J7B A;  2FSM X;  4Y72 A;  1XHA A;  4I0S A;  3BE2 A;  3I5Z A;  4M69 B;  3UDB A;  1BX6 A;  4ZEG A;  1CTP E;  3HVC A;  3NUP A;  4ITJ A;  5DMZ A;  5AMN A;  4MBL A;  4XG3 A;  2RL5 A;  3V5W A;  2YM4 A;  3I6W A;  4W9X A;  5L2S A;  3HNG A;  4M0Z A;  5JSM A;  4QRC A; 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