4F70A

Crystal structure of human cdk8/cycc in complex with compound 4 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1h-pyrazol-5-yl]-3-[2-(morpholin-4-yl)ethyl]urea)
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
360
structure length
327
Chain Sequence
KMDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKALPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRNPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-kinetic relationship study of CDK8/CycC specific compounds.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transcription/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
total genus 95
structure length 327
sequence length 360
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2012-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4f70A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4f70A01
3QLGA 3TJCA 1XO2B 4QNYA 4J53A 4FMQA 1Q8TA 3HMOA 4ANOA 1M17A 4XEYA 5E8UA 2RG6A 4X0MA 4D2PA 3KB7A 5CEMA 3EQFA 1QPCA 3CQEA 4TN6A 2WTKB 2X8EA 4R78A 5D11A 2WTKC 5HG7A 2VD5A 3NDMA 4PL3A 3D0EA 5AV4A 3LFFA 4IC8A 5AAFA 3VF9A 2F7EE 4YP8A 3W33A 3PVGA 5H8EA 4YJPA 2XNPA 4IB3A 4EOOA 3UNJA 3SX9A 3F2AA 4P5ZA 3V8TA 4UX9A 4F65A 3MPMA 3EJ1A 5EYCA 2FSTX 4AFJA 2PZ5A 5CF4A 3G90X 1E1XA 4F7LA 1NVRA 3LQ8A 4WUAA 4R3PA 1UNGA 3F3VA 4D9UA 4MF0A 1WBVA 3GCVA 3KRRA 4I5HA 4BGGA 4MD8E 4NJDA 2A19B 4F9BA 2P2HA 2PL0A 3U4WA 1RJBA 4BCJA 2PUPA 3QXOA 4GH2A 4O86A 4K1BA 3AT4A 4QMWA 3HRBA 4PQNA 4RJ6A 4PMSA 4IE9A 4PL5A 3C50A 4UALA 3II5A 4IM2A 2WQEA 4EH7A 2F2CB 4ONAA 3R7IA 5M07A 1U59A 1TQMA 5IQIA 3QQKA 5CF8A 3GQIA 2OH0E 4B9DA 5A4EA 2X7GA 2B52A 1V0OA 2J0LA 3V04A 4UWCA 2OO8X 1PHKA 1PKGA 3BYSA 4L8MA 2BAKA 3EOCA 3LQ5A 4ZJJA 5FBOA 2PHKA 2CGUA 2VNYA 2BIKB 5E8TA 2BPMA 3VO3A 3RPOA 4HPUE 2EXMA 2OK1A 3ODYX 3UGCA 1KOBA 4F0GA 3F3WA 2CNQA 1H27A 4AZVA 4XBUA 4QPMA 1OUKA 4XG9A 3Q53A 3DK6A 3LM5A 4NM5A 3VRYA 3HA8A 1ZZLA 2YCQA 3FLNC 3PZHA 2C68A 4YLJA 2J51A 5HE2A 4DTKA 4MNEB 4L3LA 3TZMA 4CQGA 2BZIB 3DJ6A 2VX1A 1GIJA 3BI6A 5CQWA 2R3MA 3QGWA 4IZ5A 4BBEA 4QTAA 5J79A 3FWQA 1E9HA 2H9VA 3E3PA 5IQDA 2O63A 4M69B 3D7TA 3V5JA 4GYGA 2W1IA 4BB4A 5CSPA 3DNDA 4D9TA 4NH1A 1YOMA 3TIYA 4WG4A 3NMUF 2C69A 2R3OA 2P3GX 4O22A 3ZSIA 2XKDA 4N57A 1K3AA 4AW1A 2QOIA 5KBQA 5EG3A 1J1CA 3CGFA 1YXXA 3ATTA 1Y8GA 3QTIA 4QPAA 5JFVA 5E9EA 3BGPA 3QTSA 4O6EA 2IVVA 3KFAA 1Q99A 4YBKA 3N4VA 4Y85A 5A54A 5ETAA 3UZRA 3KREA 2EWAA 3SRVA 1FOTA 3MI9A 4FV9A 3BRBA 3R63A 4CD0A 2O8YA 5AUXA 2VWXA 4QP7A 3UQCA 5I3OA 3TEIA 2XK4A 4RC4A 4BR3A 4JBPA 4NM3A 1Z57A 2CLXA 3AT3A 2ZV8A 3NSZA 4FT7A 5E8SA 4FODA 4JG6A 3VF8A 5G1XA 3GCPA 3KXHA 2P4IA 3PJ1A 4FC0A 4OW8A 4FIEA 4FG7A 2HIWA 4EJNA 4AX8A 1W84A 2YCFA 4X3FA 4EWQA 4DT9A 3FL4A 5AADA 5I0BA 3QTUA 4FTMA 3PVBA 4CFMA 3FI8A 4V01A 2QO9A 4C4GA 3BHUA 1W83A 4U8ZA 4XP2A 4DC2A 5ANEA 5ACKA 2GPHA 3EKNA 1Q8YA 4FVRA 4QYHA 2GNJA 5HD4A 5HORA 3F6XA 3PXYA 4G16A 1UNHA 1BKXA 2FA2A 5L4QA 2BRHA 3OG7A 1MQ4A 4O0YA 4L7SA 3SG9A 3FI4A 4JIKA 2F49A 5CEQA 4D1SA 3WZKA 2BROA 3K3IA 4GU9A 4BHNA 3GNIB 4ZZOA 3RI1A 2Y7JA 3S2PA 2PUNA 4JX3A 5E8WA 4CG8A 4L7FA 4WRSA 5BUEA 3QALE 2KULA 4AN3A 2JDSA 3UNZA 3R2YA 3VNTA 5I3RA 3ZLYA 5D1JA 4J97A 5D10A 2ZVAA 4DT8A 5KCVA 5FRIA 5D12A 4C61A 1UA2A 2UZVA 5KO1A 2YACA 1UU7A 3C7QA 3ZOSA 5EDQA 1MRVA 2JGZA 3CQUA 1J7IA 3UG1A 1U5RA 2H8HA 2OZAA 3VS0A 4BDBA 5CU3A 3JY9A 5EQPA 3HV7A 5AP3A 3R7GA 3W2SA 3AD4A 4AQCA 2WEVA 3OF0A 3R1SA 2EU9A 5EYDA 5EOLA 5A14A 4EHZA 2UVZA 3LHJA 4WNMA 4M3QA 4V0GA 4F9CA 4QP4A 3VS3A 4LMUA 3EFLA 2IO6A 3QRJA 3I81A 4OLIA 1DI8A 5HEZA 4G5PA 3DBDA 4M8TA 4X2KA 2G2FA 3MESA 3QZIA 4RA4A 3DZQA 3H4JA 4G6NA 2BZKB 2AUHA 3NUYA 1JSTA 2OIQA 3MB6A 5HZNA 3P7CA 3V51A 5C01A 2W1CA 3GENA 4JG7A 5ANKA 3GOKA 4U9AA 3WF7A 3RPVA 1J3HA 2OIBA 2YM7A 4QMQA 4WHZA 3D5WA 1DM2A 4PUZA 2Z02A 4IVDA 2JDTA 5AIRA 1GZKA 4BKYA 2WEIA 3PIZA 2WQOA 2ZJWA 3NW5A 3D5UA 4ZTMA 5TR6A 3QUEA 5HG5A 3PWDA 4V04A 1CSNA 1H08A 4AA0A 3E64A 3ORMA 3B2WA 3BGZA 2ZMDA 2JEDA 4MF1A 3TNHA 3ORKA 3P78A 4RX8A 2X9FA 4AGCA 2WMVA 3PP0A 2YERA 1OKYA 1G5SA 4IVCA 3KCKA 4U81A 2PVKA 4KSQA 4DFLA 3N51A 2B0QA 3CY3A 2QNJA 3I60A 1WBTA 4LOQA 5KNJA 4O0TA 2BTRA 3DOGA 4MQ2A 3PRFA 4ZZMA 4RVLA 3Q6WA 5DN3A 4HCVA 3H0ZA 4OTRA 4O84A 2CKOA 1H1SA 4NEUA 2FSOX 3NZ0A 3IG7A 3WI6A 4GFMA 3OUNB 2G2IA 2UW6A 5CVHA 2Y6MA 3RTPA 3HL7A 5E91A 5DR9A 5JFSA 4O7WA 4D4RA 5IQCA 4FTLA 4RVTA 4QMLA 4PMMA 4EK8A 4RVMA 3FMEA 2RSVA 4FV1A 3NX8A 3WYYA 4D2WA 3ZFXA 4C33A 1XH5A 2H34A 4EHVA 4RIXA 4G3DA 4RC3A 3ALOA 2Z7QA 3MVMA 5G6VA 4NL0A 4KS8A 3B8QA 3FBVA 2XIZA 3DY7A 5DRDA 3WF6A 3WE4A 5J7BA 3MDYA 2DS1A 2YM5A 2PMNX 4C4FA 1YOLA 2BFXA 3RNIA 2ITWA 4EYMA 3NUSA 3FMHA 3QX2A 3QUPA 1H24A 4TW9A 5BQ0A 4MYGA 4EOKA 1CDKA 3VUKA 3HYHA 1UVRA 3ID6C 2OLCA 1LP4A 4JDKA 4USDA 4L45A 4A07A 4MKCA 4B8MA 2ITNA 2UVXA 2OJGA 4JQEA 3QD2B 3BLHA 5IQGA 3SW4A 4BTKA 4XV1A 2PZYA 3CTJA 3ZEPA 4A4LA 3LXNA 3IGOA 3EHAA 1OKZA 3DCVA 4F63A 4BKZA 4BTJA 4EUTA 5BVWA 4TTHB 2CSNA 4WNKA 3E88A 3FKOA 2PVFA 4O0XA 4JDIA 3OCGA 3HP2A 2ZOQA 4JR7A 4ZSEA 5GINE 4KNBA 4W4YA 4UMRA 3PFQA 3F5XA 4NUSA 4PP9A 4QNAA 1OIQA 2WTVA 3NW6A 3AD6A 4CYIA 4YNOA 2HXLA 3L9NA 4S34A 2BZJA 2GNIA 5DA3A 4MXYA 3NNUA 3PSDA 2XA4A 5DH3A 2ERKA 1LEWA 4GCJA 4M84A 5HI2A 2ACXA 3FSFA 5M4UA 4C4IA 4GL9A 4OTWA 4GKHA 2PVLA 3BBWA 2W1ZA 4AACA 1SNXA 2FO0A 3W2QA 3P4KA 4BDIA 1UU3A 4EBVA 4NZWB 5E90A 3C4CA 1OVEA 4WKQA 4AE6A 3ODZX 3SVVA 4JDHA 4UMUA 3QZHA 1KE8A 3QCSA 4I21A 4QTEA 4Q2AA 2VZ6A 3LCOA 3ORPA 3I1AA 3DTCA 2O5KA 4FTKA 4O0UA 4DA5A 4KKEA 3CXWA 5M44A 4W4VA 4EK3A 3W1FA 5HTBA 4O7VA 5IA3A 4KSPA 2JBPA 3OWLA 4FV7A 4BZOA 1ERKA 4CLJA 3Q52A 5IMXA 4EHGA 2YIXA 4UMTA 1GY3A 3R2BA 3QRIA 1WCCA 4KABA 1YHSA 4DGGA 1YI6A 4OR5A 3R04A 2FUMA 4DF3A 1PMUA 4ZXTA 1LEZA 2FVDA 4A4OA 4PDSA 3G9NA 4UMQA 4XHKB 4CFUA 2P2IA 4FIFA 4O91A 2R3QA 3SOCA 2I1MA 3W18A 1EH4A 4CKRA 3RKBA 2OG8A 2PZRA 3QWJA 4ENYA 2J7TA 5HNBA 4W9WA 1WVXA 4QMTA 3KF4A 3ZSGA 4ERKA 4X21A 1IRKA 2R3HA 3VHKA 3H9RA 3ZS5A 1JSUA 3R8UA 1LUFA 3OY3A 4R8QA 4RLLA 3S95A 4CLIA 2VWVA 3L8VA 3IO7A 3IW5A 3MA6A 3UVPA 3MTFA 4LRMA 4F9YA 4CKIA 3QKLA 2VWZA 3TZ9A 1Z9XA 5BMMA 4EEVA 3E5AA 3G0FA 2C0IA 4RZWA 2XCKA 5AP6A 3C51A 4RSSA 2ERZE 3TV7A 2WHBA 3UJGA 2QKRA 2W96B 3OXTA 4X7QA 1OIUA 3FKNA 3TL8A 3VHEA 4B8LA 3K5VA 1SNUA 2BALA 2R7IA 1XQZA 1P4FA 4FEXA 4B6LA 3FXWA 3E93A 4DN5A 2WGJA 2GFCA 4W4XA 2RIOA 5EFQA 5EKOA 3CPBA 5GJGA 5HLPA 4AE9A 3QX4A 1NVQA 5EW3A 1SZMA 3C9WA 3D9VA 5HE0A 4ARKA 3BU5A 2C6TA 2HW6A 4ANSA 2C6LA 2GNHA 2WMSA 2WIPA 4R5SA 4ANMA 4OGRA 4HGSA 4FKLA 3GVUA 3PXZA 3RM6A 3TKUA 5IQBA 1B6CB 5BVNA 2J5EA 5CWZA 5EH0A 4LGGA 3DLSA 3U54A 1KSWA 3E63A 4YZMA 4D4SA 4MXZA 4PMTA 5HBEA 2OXYA 4BGHA 2VX0A 5LMKA 2ZV7A 4BIEA 1ZY5A 5DGZA 3KXNA 2JIVA 4PNKA 5J5SA 5AP5A 3IOKA 3NUPA 4NCTA 2XCHA 5J8IA 3P0MA 4CFNA 3NVKI 1KE7A 2PMIA 4BC6A 4KIQA 1JLUE 3QTQA 4RWJA 3P7AA 5I9YA 5E92A 4O7NA 1CTPE 4C3PA 4UBAA 3FQHA 4QQ5A 3QTRA 4U80A 3DAEA 5IUHA 3JY0A 3LIJA 3WZUA 2WQMA 3R22A 4XJ0A 2WMXA 3U9NA 3R9RA 4LQMA 3U6HA 2GQGA 3TIZA 3CC6A 3UOKA 4FA2A 4AP7A 1GIHA 3GXLA 3GCSA 4MXOA 1YOJA 4EKLA 2E2BA 2QODA 4D5HA 1IEPA 3DK7A 5K3YA 1BMKA 2NRUA 2CMWA 2GU8A 4MAOA 1WVYA 4H39A 3BWJA 1ZY4A 2CGXA 4O2ZA 3KVWA 5E1EA 3W8QA 1GAGA 4NIFA 1FMOE 4X2JA 2UZOA 3R00A 4C58A 2G9XA 4G6LA 2WOUA 4N0SA 2QOKA 3V5WA 4LL5A 1NT2A 3FC1X 5HNIX 4Z3VA 2C3KA 1J7LA 3MN3A 2ITZA 4FV8A 4A9UA 1OECA 3OTUA 2B53A 3Q5IA 5KMMA 2C1BA 2RFDA 3OW4A 4IH8A 2V7OA 3MH3A 1BI8A 4IQ6A 3R1YA 3GC8A 4D2VA 3ZU7A 3ACJA 1LPUA 3QFVA 4FNYA 4QP9A 5L8LA 3F69A 2W4JA 4BI1A 2PMOX 3LZBA 1IASA 1WBSA 2YLFA 4L53A 3JPVA 4IADA 5FUTA 1XHAA 5EM8A 2B9IA 3FMNA 5HTCA 2FGIA 3ERKA 1QPDA 3TV4A 3CKWA 5J5TA 3QF9A 4OBQA 2OU7A 5JZNA 2IZSA 3FUPA 5C4LA 3B8RA 4E4LA 1GZ8A 3PSBA 1XBCA 3FLYA 4NKSA 3QRTA 3UO5A 4E8AA 2W06A 4UXLA 2ZM3A 3E3BX 3ZXTA 4QMNA 4J7BA 3FXXA 5FBNC 2XK6A 3FLSA 1W82A 3GC0A 3E8DA 2QURA 4U5JA 3TN8A 3FC2A 3FZPA 4FIIA 3WBLA 4AA4A 1B38A 5DNRA 5GIPE 5F9EA 4I5MA 4YJQA 2JDVA 3ZUTA 4XRLA 3FYJX 4J95A 3BE2A 3PLSA 4DH3A 2AC5A 3F82A 4A9RA 4Y5HA 1OPJA 3ROCA 2VTOA 5KHWA 2IW8A 4BYIA 3EH9A 4TWCA 3W55A 5KMNA 1WBWA 2ZYBA 3DQWA 4IX3A 5F4NA 5B0XA 3RK7A 3ZXZA 3OD6X 3QYWA 4I0TA 3ZHPC 3GT8A 2GS7A 4YZ9A 3R9NA 3OOMA 3TACA 2JD5A 3IDPA 2BUJA 2WTIA 3VW8A 1YXSA 2OXDA 2VO3A 1O9UA 2WELA 3BU3A 4OBPA 4YSJA 4CYJA 1UKIA 4CZTA 3M2WA 3TNIA 4BCMA 4X2GA 2YITA 4BZNA 3MSSA 4C2VA 5IPJA 5J95A 5AM7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QLG A;  3TJC A;  1XO2 B;  4QNY A;  4J53 A;  4FMQ A;  1Q8T A;  3HMO A;  4ANO A;  1M17 A;  4XEY A;  5E8U A;  2RG6 A;  4X0M A;  4D2P A;  1VLR A;  3KB7 A;  5CEM A;  3EQF A;  1QPC A;  3CQE A;  4TN6 A;  2WTK B;  2X8E A;  4R78 A;  5D11 A;  2WTK C;  5HG7 A;  2VD5 A;  3NDM A;  4PL3 A;  3D0E A;  5AV4 A;  3LFF A;  4IC8 A;  5AAF A;  3VF9 A;  2F7E E;  4YP8 A;  3W33 A;  3PVG A;  5H8E A;  4YJP A;  2XNP A;  4IB3 A;  4EOO A;  3UNJ A;  3SX9 A;  3F2A A;  4P5Z A;  3V8T A;  4UX9 A;  1TFF A;  4F65 A;  3MPM A;  3EJ1 A;  5EYC A;  2FST X;  4AFJ A;  2PZ5 A;  5CF4 A;  3UDZ A;  3G90 X;  1E1X A;  4F7L A;  1NVR A;  3LQ8 A;  4WUA A;  4R3P A;  1UNG A;  3F3V A;  4D9U A;  4MF0 A;  1WBV A;  3GCV A;  3KRR A;  4I5H A;  4BGG A;  4MD8 E;  4NJD A;  2A19 B;  4F9B A;  2P2H A;  2PL0 A;  3U4W A;  1RJB A;  4BCJ A;  2PUP A;  3QXO A;  4GH2 A;  4O86 A;  4K1B A;  3AT4 A;  4QMW A;  3HRB A;  4PQN A;  4RJ6 A;  4PMS A;  4IE9 A;  4PL5 A;  3C50 A;  4UAL A;  3II5 A;  4IM2 A;  2WQE A;  4EH7 A;  2F2C B;  4ONA A;  3R7I A;  5M07 A;  1U59 A;  1TQM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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