4F7JA

Crystal structure of human cdk8/cycc in complex with compound 3 (1-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1h-pyrazol-5-yl]-3-(2-hydroxyethyl)urea)
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
359
structure length
326
Chain Sequence
MDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRQLPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQNPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure-kinetic relationship study of CDK8/CycC specific compounds.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transcription/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
total genus 95
structure length 326
sequence length 359
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2012-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4f7jA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4f7jA01
1YXXA 4QMVA 2BRHA 2JKOA 3LXKA 1M14A 3KMMA 4R5SA 4EYMA 4BCPA 3JVRA 4XG3A 5H8BA 2QQ7A 2BROA 3SW4A 4QQTA 5M56A 4ORKA 4DT8A 1KE7A 4EI4A 4FSWA 4M69A 4UYAA 4FL2A 3CJGA 4QYFA 4O7TA 3ORPA 4O0WA 5FWKK 2W96B 2Z7QA 3AD5A 3CD8A 5EHOA 5BVEA 1ATPE 2OJGA 1I09A 5IDPA 3QQHA 4FEWA 2OJ9A 2ZV2A 5LJJA 4TYHB 4A07A 4BR3A 5LVOA 2W1ZA 3LCOA 3OVVA 4EBWA 4ZS4A 4QNYA 5GZAA 2HK5A 4K6ZA 5AP6A 5ACKA 2FA2A 4TKSA 2WEVA 2GNIA 4CMUA 4EK4A 3Q53A 3R9RA 4C02A 5IPJA 2C6TA 1PYEA 4RMZA 4TXCA 3W32A 4NYEA 2WTKC 4QTDA 4XBUA 2B4SB 4RC2A 4FEQA 3OT3A 3PZEA 3QXPA 4GVAA 4Y73A 4ZTRA 3BPRA 3CY3A 2A19B 3PY3A 4PDSA 5F20A 3VAPA 2B7AA 4AS0A 3ID6C 3ORKA 2I7QA 2R3GA 4R3PA 3FMJA 4KKHA 4YHFA 3R6XA 3ZUVA 1XH7A 1O9UA 4FSQA 3ZUTA 3OFMA 3R0TA 4YZ9A 3VJNA 3ENMA 4O82A 3WILA 4QMQA 4WHZA 5JZJA 3WE4A 4EOOA 2FSMX 2HZNA 2E9VA 1Q5KA 4UBAA 5ANKA 1RW8A 3VF8A 2QOFA 2H6DA 3PJ1A 4R5YA 1URCA 3O0GA 4ALWA 1OUYA 3SHEA 4C4JA 4D58A 4ACCA 3KU2A 4RBLA 4XP2A 3REPA 3OG7A 2R64A 4ZTSA 1XBAA 3BU5A 4LQMA 3OHTA 5IH6A 3C7QA 5BYLA 5M4FA 5FLFA 3V5QA 4IVAA 3R04A 4FNYA 4ASEA 4BCJA 5CF8A 1UU9A 3IW6A 5K5XA 3D2KA 3HVCA 1IG1A 2VWUA 2R5TA 5AMNA 1PRYA 3KXXA 1Q3WA 3TJCA 4MD9E 2CGUA 5AM7A 3P7CA 3UVRA 4OTWA 3SA0A 3PYYA 4QYGA 5CXZA 4IX5A 2JFLA 5I9UA 5DGZA 3DU8A 5AV4A 1YOLA 4DCAA 5A9UA 5DI1A 3MH2A 4E8AA 4O7SA 5A4QA 5ITAA 1JWHA 4L44A 4O22A 4ZLOA 2VWWA 4LL0A 5BVWA 4ZY6A 3BHHA 4IDVA 5I5ZA 3E5AA 4ITHA 4W4WA 3FLNC 4IAZA 4J7BA 1UV5A 2PVYA 1WMKA 5LOHA 5E9EA 5EW9A 4HNIA 5L3AA 4A9TA 2IZUA 4QNAA 4YZCA 3FLSA 4IADA 5DPVA 5AUYA 4YTIA 5IA3A 4QPMA 1A48A 3AC5A 4RRVA 5L2TA 3EIDA 1FMOE 3ORMA 3LIJA 5CVGA 4WSYA 4ZTMA 3MWUA 3C1XA 2XIKA 5CAPA 3HAVA 2B52A 4FKOA 3OOMA 2IZRA 5BPYA 4ZTQA 2C3JA 5K9IA 2I6LA 3D94A 3FDNA 2GSFA 4IM3A 3LLAA 1L3RE 3FMHA 5KZ0A 5FP5A 3JY9A 2C5XA 4XHKB 4QTEA 4U45A 4CYIA 2ITOA 1WFCA 1DM2A 4FKPA 5HTCA 4YTHA 1UU8A 1OBDA 2XNGA 3FZSA 4B8LA 4EK5A 2QKRA 3E7OA 4YSMA 1OPJA 3AC3A 5AV3A 4Z3VA 5J9ZA 3KREA 3Q5ZA 2WHBA 1J7UA 3LJ1A 3DFCB 4LUDA 4B0GA 3DA6A 3FSKA 5IA1A 4AT5A 4AX8A 2XA4A 4IACA 2PK9A 2YM6A 4FTQA 3N4VA 2VTAA 5EHLA 1BI7A 3TV4A 5AA9A 3GC7A 2GNJA 4YJOA 4NUSA 4K11A 2OW3A 2VTLA 2FSLX 3A62A 5FRIA 4BZOA 4RG0A 4DTBA 3DCVA 4RFYA 3HRCA 4PTGA 3ZBXA 4BCKA 3MB6A 2IPXA 3HUCA 3FE3A 2V5QA 3EWHA 2UZUE 2CGWA 4IWDA 3ZSIA 3FKOA 3CTQA 3SD0A 3ZHPC 5M53A 4G3GA 3K2LA 1UU3A 4EH6A 2W1DA 5CU2A 4ALVA 4MD8E 5GHVA 3F7ZA 2UZWE 4ACMA 2JBOA 3FY0A 3LE6A 3S3IA 4D2SA 4D4SA 5AAFA 4E1ZA 3R71A 4FTMA 3ACKA 3GT8A 1ZXEA 5HIBA 5IQEA 4JRNA 1YHVA 2JKQA 1TQPA 2VTQA 3EN7A 4FIJA 3MFTA 4XCUA 1Y6BA 3GC8A 2HXQA 2NPQA 3QGWA 4RX9A 3ZCLA 4KKGA 2ZB1A 3N4TA 5EK7A 3F5PA 5DA3A 3ORLA 1H01A 5F95A 4UZHA 4CG8A 5AUTA 3QZIA 4C4IA 4G9RA 2VWBA 3N51A 4MXZA 3P78A 5D1JA 5LMAA 2CKQA 5DOSA 3B2TA 4V04A 3R8LA 4OT5A 3FI4A 4GK4A 4YBJA 3TJDA 4CZUA 4K0YA 4DN5A 5B2KA 4FMQA 4U44A 3L8PA 4EZ3A 1YI4A 4ERKA 2F7EE 3E88A 4GU9A 4IWPA 5FTQA 1YXVA 3O8UA 4DGLC 4O7RA 4DH8A 4XX9A 4MBIA 4CFMA 3LFFA 4FTNA 3DXNA 2ZYBA 1YI6A 3F66A 4MD7E 4J97A 4IXPA 3U87A 1BL6A 2PE1A 2QKWB 4CZTA 2WMXA 1E1VA 3EZRA 3RCDA 4AN9A 2G15A 3COMA 3GU5A 4C4EA 3H4JA 2OFUA 1V0BA 4DFUA 4H1MA 4D2RA 4UMQA 4I93A 4FT7A 1ZARA 3FZOA 3F3ZA 2W4JA 3U51A 3SG8A 2W7XA 3HGKA 1IAHA 3P79A 3JR1A 2WQNA 3TACA 4LMNA 4E93A 1GOLA 4LRJA 3PXQA 4FV2A 4QQ5A 3C51A 5EOLA 3A7IA 2E9UA 3FMKA 4ZLZA 2VTRA 5FXSA 5AP2A 3IK3A 3QUDA 2C5YA 4BDKA 2XUUA 3E87A 3SAYA 4PP7A 4IANA 4FBXA 4BGGA 2RKUA 3QKLA 5D11A 2C6DA 3ORXA 4TYJA 5CY3A 5AM6A 5AR2A 5CSPA 5E92A 4FC0A 5EFQA 2AC3A 2JDVA 3BU3A 1VZOA 3PVWA 1JKLA 3IW7A 3QTRA 4NM5A 5TT7A 3SRVA 1EH4A 3VQUA 4TYIA 3U6IA 1BX6A 3BELA 4YZNA 5H8EA 3TV6A 2YFXA 4PMMA 4HGSA 2XKEA 4I5PA 3FC2A 3L8VA 3VRZA 1OL1A 4BDCA 3CKXA 4C33A 3G90X 3FSFA 4Q2AA 5HBJA 2F57A 3W8QA 3HP5A 3O71A 3QA0A 2Q0BA 1GAGA 1BLXA 1KV1A 2H96A 2WO6A 1FVTA 3TIZA 3TDVA 4S34A 4O7NA 3NCGA 3QQKA 3Q32A 2PULA 1V0OA 3ZFXA 4FIIA 4DFZE 2X8IA 1SVEA 3W55A 2BZJA 2A0CX 2UW5A 3PDTA 1OUKA 2CGVA 4ID7A 4BCNA 3V5TA 4BDIA 2O63A 2HXLA 5JZNA 2CKOA 2WMSA 3BQRA 4M14A 4M0YA 2VO3A 4AAAA 2DS1A 3QTXA 4DEBA 3LHJA 2WQEA 5JGAA 2I40A 5DR2A 3BZ3A 2J50A 1OL5A 2XBAA 2XCHA 1PXLA 4EOMA 3EYGA 4V0GA 3F5UA 3I7BA 4EH5A 4F9BA 4QTAA 1SMHA 5AP1A 2IN6A 4AN3A 3OCTA 3DBDA 2G2IA 3G6HA 4GKHA 4C8BA 4R7IA 4JBPA 3LJ0A 4GSBA 4Y95A 2ZM3A 2EUFB 3EH9A 1UKHA 5HG5A 3U9CA 4O81A 2OWBA 3C0GA 3KGAA 2Y6MA 2OJJA 5E1EA 2JAVA 3TKIA 1R3CA 4C2WA 1LUFA 2XZSA 2BDWA 3R2YA 4JG7A 5E8WA 2J2IB 4I6BA 4G16A 3R1SA 3PWYA 1CMKE 5AAEA 3MBLA 1H1WA 2X8EA 1JQHA 5F1ZA 1FGIA 3FJQE 1NVSA 3ULIA 4O0SA 4UV0A 3HYHA 3TZ9A 2V7OA 4X2FA 3BWFA 3ORNA 1GJOA 3WZKA 3RHKA 4E4NA 3QTSA 3AGMA 3LFAA 3DBCA 4XV9A 2V55A 1NT2A 4IVBA 3E62A 1J91A 5C4LA 2R3PA 2OIDA 2R3RA 1F5QA 1MUOA 3KRWA 4FODA 2WMVA 3AD4A 3E8NA 3NCZA 4FIFA 1YDTE 1REJA 2FH9A 3RPOA 2ITZA 3EJ1A 2R3NA 2X39A 3JY0A 4B4LA 3NAYA 4DLIA 5IQCA 3R1QA 3G5DA 1H1SA 3FMLA 2IG7A 5IH5A 5FTOA 4FF8A 4F0GA 3E63A 4GEOA 4RFMA 2CNQA 2C0TA 4O96A 4QP4A 5AV2A 3ANQA 4RZVA 2JIIA 4MXYA 4CQEA 1L8TA 3CD3A 3QKMA 3UIMA 3CJFA 2VX1A 4HGEA 4XLVA 4D4RA 2J5EA 1APME 2RGPA 3BGQA 3ET7A 1XWSA 3FWQA 5GJDA 4QQJA 5HE0A 3C13A 4YLKA 3VS3A 3P7AA 4JXFA 2P0CA 2XJ1A 3MY0A 4HYSA 4MWIA 3THBA 2FGIA 4DFBA 3FZPA 4EH8A 2H8HA 3H3CA 4UXQA 3ZXZA 2YN8A 2JD5A 3EQBA 4RA4A 2ZVAA 3ZC6A 1JLUE 4JLCA 3PUPA 2XNMA 2O2UA 2OXXA 5LVPA 5FG8A 3UTOA 5L6OA 3QFVA 1DI8A 4FKUA 5IA5A 2H34A 4EQCA 3DJ7A 4IFCA 3T3UA 2ZAZA 4ZK5A 1ZY4A 4GV1A 1RDQE 4PUZA 2ESMA 1OIRA 2R3OA 4IJ9A 3RINA 1H4LA 3BX5A 4C7TA 4RT7A 3NVMB 5HX6A 2PSQA 2VTHA 3S95A 5IA2A 4IFGA 3NRMA 5BX0A 2OJIA 3A7JA 3NNUA 2J0KA 2QVSE 5KHXA 3HV7A 3ZS5A 5E4HA 4QYHA 3UO6A 1U54A 2DYLA 4XBRA 3R2BA 4BYJA 3WF6A 2IWIA 3GQIA 4FEVA 1VR2A 1GIHA 3MB7A 4L9IA 2IZTA 3FL4A 3VBWA 2PVJA 2VTNA 1WBWA 4E20A 5IUIA 2XEYA 3C5UA 2XK4A 2GNFA 3LM5A 5M09A 3L8SA 2X9FA 5DR6A 4MVFA 5ETIA 3OUNB 3E8EA 3ZDIA 3FV8A 5ANDA 5BYYA 3MY1A 2J90A 3EN4A 4HYUA 3OBJA 4RIXB 3ACJA 3A8XA 4IB0A 3PJ2A 4EORA 5C8KA 1XO2B 4O91A 2JDTA 4R7HA 2X7GA 2X8DA 2I1MA 3AXWA 2NNWB 5GNKA 2HZ0A 2VTSA 3HMIA 4X6RA 4GG7A 2REIA 1JVPP 3QC9A 5CI6A 3DJ6A 3PRFA 4FOCA 5KMNA 2XK6A 5L8JA 3TEIA 4BCMA 2C3IB 5FP6A 1P14A 4B8MA 4KIQA 4U80A 3AT4A 2JKKA 2PZIA 4O7YA 5CYIA 3M42A 4K1BA 3EFLA 3GP0A 4YHTA 3EZVA 4LRMA 4XG9A 2X6DA 2PVNA 3GCQA 3COKA 3K5UA 4IEBA 4TPTA 4E6AA 3DNDA 5HCXA 4I92A 4U9AA 3VHKA 3ZMMA 4DG3E 4X0MA 2CSNA 3RALA 3H9OA 3DDQA 3DOGA 3NYOA 4Y83A 3DXPA 4F64A 4KIKB 5FDXA 2ZV7A 3E3PA 5G6VA 5DR9A 4KBKA 4G6NA 1DS5A 2QO2A 3FMDA 3ZM4A 5IQFA 4X3FB 3ZO3A 2ERZE 3I0QA 2FSOX 3WOWA 4ANOA 4ZSGA 4DBNA 4XOZA 4RZWA 5HU3A 2XIZA 4C38A 3RPVA 1QPCA 1PF8A 3CTHA 3FHRA 3FPMA 3GXLA 4DGNA 4XV2A 3AT2A 3COHA 4LOPA 1R78A 3CLYA 3IONA 3FLQA 4IB3A 4MNEB 4JAIA 3PFQA 1GIJA 2WMAA 3AQVA 2FSTX 4OTQA 4BY9E 3HUBA 4FT9A 3BYUA 4G9CA 3DKFA 5BMSA 3WIKA 5BNJA 3BGZA 3BBWA 4FK3A 4M8TA 4PPAA 3DV3A 4HJOA 2LAVA 3NYNA 4DEHA 4C4HA 5CENA 4E4MA 2HWPA 2O5KA 2W99B 3BKBA 4FSYA 4NM3A 5EH0A 4AP7A 4KWPA 5L2QA 1FINA 4IAAA 4O21A 5F9EA 3TNQB 3M2WA 3DAJA 2J0LA 3P7BA 3UOKA 2JIUA 3QX2A 5AP3A 3P5KA 3Q5IA 3VHEA 5HEZA 2CLXA 4CRSA 4OAUC 4L6QA 3UQFA 2WTKB 1KSWA 3W2PA 4ZJIA 5C9CA 5I9XA 4PL4A 4M69B 4CV9A 5CLPA 3OWKA 1Q4LA 4HCVA 4AF3A 4EKKA 4NM7A 3UOJA 2P33A 2WMBA 3E8DA 4KNBA 4E4LA 3R7GA 3Q9YA 2O0UA 4ANSA 2BZKB 1RQQA 4J8MA 4FZAB 1MRVA 4IHPA 3RVGA 3BWJA 3V04A 1YXUA 5F94A 2BFYA 4MQ1A 2I0EA 4OW8A 4DH5A 4XP0A 5JRQA 5CT0A 4PPCA 4PQNA 4Z9LA 3EFKA 2Z7LA 3QBNA 5H2UA 2W9ZB 1Z9XA 3TNPC 1KWPA 2R3QA 5HLPA 3W2QA 4KBAA 2FVDA 5HLNA 2UW4A 1AD5A 3DJ5A 3F7WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3Q52 A;  5A4E A;  5HOR A;  2EVA A;  5M57 A;  4JQ7 A;  1W84 A;  4IAF A;  5FEE A;  5IEY A;  3FZR A;  2GHL A;  1BL7 A;  3PXK A;  2QOC A;  3EFJ A;  4FG7 A;  1HOW A;  4WOV A;  5CF5 A;  4L3P A;  1IA9 A;  1QCF A;  3ITZ A;  2WMT A;  4B6L A;  4NK9 A;  2C5N A;  2O64 A;  4H39 A;  4MAO A;  4AZS A;  1MP8 A;  5DLS A;  4BN1 A;  4G3D A;  3D83 A;  5AAD A;  4KIK A;  1LEW A;  3FLZ A;  4D2P A;  3JVS A;  4ANB A;  5LCK A;  3WZJ A;  3VW6 A;  1XH5 A;  3NLB A;  4ZAU A;  4HZR A;  4AG8 A;  4R1Y A;  1SM2 A;  4YJT A;  4X3F A;  4O0T A;  1NVQ A;  1Q3D A;  3VW8 A;  4QTB A;  3PVG A;  4EC8 A;  5K3Y A;  4H1J A;  3P1A A;  4TY1 A;  2OXD A;  1U46 A;  5IA0 A;  2R4B A;  4I0R A;  3ZTX A;  3CXW A;  3QCQ A;  3QUE A;  3AMB A;  3TZ7 A;  1R39 A;  4BI0 A;  1V0P A;  4DCE A;  5KBR A;  4F7J A;  3QTU A;  2YIS A;  4RVK A;  2UZE A;  4M15 A;  4BTJ A;  3ZO2 A;  3RJC A;  4MNE A;  3PZH A;  4KSP A;  5EYK A;  4I21 A;  4TWP A;  5ANO A;  2OG8 A;  2XH5 A;  3VWA A;  2JLD A;  4CTC A;  3OWL A;  5K0X A;  2X4Z A;  4UB7 A;  5B2M A;  2QG7 A;  2VO0 A;  4X3F C;  3VBQ A;  1W7H A;  3WF7 A;  4PV0 A;  3D7Z A;  4JDJ A;  5FXR A;  4ZTN A;  1TVO A;  4FKV A;  2J4Z A;  3TUC A;  3ZUU A;  4KA3 A;  4I24 A;  5I0B A;  4IB5 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1YXX A;  4QMV A;  2BRH A;  2JKO A;  3LXK A;  1M14 A;  3KMM A;  4R5S A;  4EYM A;  4BCP A;  3JVR A;  4XG3 A;  5H8B A;  2QQ7 A;  2BRO A;  3SW4 A;  4QQT A;  5M56 A;  4ORK A;  3AKK A;  4DT8 A;  1KE7 A;  4EI4 A;  4FSW A;  4M69 A;  4UYA A;  4FL2 A;  3CJG A;  4QYF A;  4O7T A;  3ORP A;  4O0W A;  5FWK K;  2W96 B;  2Z7Q A;  3AD5 A;  3CD8 A;  5EHO A;  5BVE A;  1ATP E;  2OJG A;  1I09 A;  5IDP A;  3QQH A;  4FEW A;  2OJ9 A;  2ZV2 A;  5LJJ A;  4TYH B;  4A07 A;  4BR3 A;  5LVO A;  2W1Z A;  3LCO A;  3OVV A;  4EBW A;  4ZS4 A;  4QNY A;  5GZA A;  2HK5 A;  4K6Z A;  5AP6 A;  5ACK A;  2FA2 A;  4TKS A;  2WEV A;  2GNI A;  4CMU A;  4EK4 A;  3Q53 A;  3R9R A;  4C02 A;  5IPJ A;  2C6T A;  1PYE A;  4RMZ A;  4TXC A;  3W32 A;  4NYE A;  2WTK C;  4QTD A;  4XBU A;  2B4S B;  4RC2 A;  4FEQ A;  3OT3 A;  3PZE A;  3QXP A;  4GVA A;  4Y73 A;  4ZTR A;  3BPR A;  3CY3 A;  2A19 B;  3PY3 A;  4PDS A;  5F20 A;  3VAP A;  2B7A A;  4AS0 A;  3ID6 C;  3ORK A;  2I7Q A;  2R3G A;  4R3P A;  3FMJ A;  4KKH A;  4YHF A;  3R6X A;  3ZUV A;  1XH7 A;  1O9U A; 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