4G6LA

Crystal structure of human cdk8/cycc in the dmg-in conformation
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
362
structure length
336
Chain Sequence
DDKMDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASLPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFARLFNSPLFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQEPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-kinetic relationship study of CDK8/CycC specific compounds.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
molecule tags Transferase/transcription
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 336
sequence length 362
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2012-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4g6lA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4g6lA01
2QHMA 4HYUA 4D2RA 3POOA 2VWUA 4I92A 5FP6A 5IQGA 4FEVA 2YM5A 3ZUUA 5HO7A 4O38A 1J1BA 5C27A 1ZYDA 3PWDA 4FOCA 4L53A 4MAOA 3OWKA 3CEKA 2OJ9A 4YNEA 4XV1A 5B2MA 4X2FA 5AV1A 5LVPA 5IPJA 4FKVA 3MBLA 2CCHA 5DLSA 4DCEA 2WMRA 3FPMA 5BVNA 3HMOA 4QP6A 4P4CA 4X3FB 4E6CA 3U8WA 3BHVA 3VS4A 3TJCA 5IQEA 5JSMA 4CLIA 3UQGA 1OL7A 1UU3A 2XIXA 1OBDA 1OECA 2BRBA 3ERKA 4B0GA 1CDKA 1H00A 4CV9A 1I44A 3Q4TA 4OTPA 3EQBA 2Y8OA 1TVOA 4RSSA 3C4EA 4O0TA 1YDRE 3RINA 3UOKA 3D14A 2H34A 2BZIB 4ZJIA 5AP7A 5G1XA 5CVGA 2PZPA 5TKDA 4TL0A 5HTIA 3KREA 2O5KA 4NK9A 3AMAA 3DJ5A 2XNBA 2XJ2A 3EQFA 4LL5A 4RLLA 3VWAA 2ETKA 4G9CA 5D41A 4R7HA 4C4IA 2BAJA 1XH4A 4FZAB 4WNKA 2FGIA 1FQ1B 4ASDA 5B7VA 3POZA 4PTGA 2XS0A 1XKKA 2RL5A 4XV2A 4FYOA 2XB7A 3QD2B 3GBZA 2UVZA 2UZEA 2J9MA 3GOPA 3ORNA 4IZ5A 3UIUA 2RGPA 3Q3BA 4LUDA 4FZFB 2YDKA 3AMYA 4XHKB 4KBCA 4GU6A 3V01A 5J79A 4D1SA 3ROYA 5BVFA 3COMA 5AV3A 3UG2A 3D94A 3NX8A 3V8TA 3SW7A 4OAUC 4DF3A 4HVHA 3R8LA 2Y4PA 3FZTA 3KULB 3KA0A 4RIYA 3KRWA 3BCEA 3K2LA 4XV3A 1Q41A 3P08A 4AOIA 3GGFA 5DMZA 4FMQA 2X1NA 4KKEA 5FTOA 3VUTA 4FEXA 4EOMA 4L67A 3Q9YA 2GNHA 4DEIA 4XMOA 2QNJA 4PTEA 4C35A 4ENXA 3ZUTA 3I7BA 4KNBA 1JKLA 4NJDA 4D2SA 4FTOA 2QOKA 3OT3A 4XBUA 4CQGA 3DBEA 3G51A 3OTUA 3PVUA 3DY7A 3FKLA 1U54A 3QX4A 4DFBA 4YPSA 5AUZA 3FKOA 4GUBA 4E5AX 4BTMA 3KN5A 4IAZA 2WMXA 3QQFA 5EW9A 3LQ5A 5HX6A 3TXOA 3FLQA 2XKFA 3L8VA 3ZZEA 2VRXA 5A9UA 3R63A 3ZM9A 3LZBA 3KQ7A 2NNWB 4AZSA 3I1AA 2GU8A 2UW7A 2VZ6A 3HP2A 3EJ1A 5M06A 3MIAA 4CD0A 4UWYA 4TPTA 5E8YA 4CFMA 4EKKA 3FLNC 5IH4A 3BYSA 2IJMA 3JYAA 4FNXA 3Q6UA 5KHWA 5FM3A 4OTRA 3EMGA 5ANOA 3F3UA 4OTQA 4L3PA 1KUTA 3GQLA 3W55A 3E87A 2XK4A 4DH8A 5AP2A 3N51A 5ANJA 3W33A 4JQ7A 3HA8A 4HGSA 3FXWA 2EWAA 4O6EA 4U97A 4D2TA 1OKZA 3V3VA 2R3JA 4FT9A 2VX1A 4AUAA 5M07A 4F0GA 4PMPA 2VD5A 3FWQA 2ZMCA 1JSVA 1V0BA 5AV2A 2ESMA 4E1ZA 5KCVA 2B54A 3LOKA 4EC8A 4HJOA 3DXQA 4YLJA 5HE0A 3SLSA 3G15A 3TDVA 4F7JA 1LEWA 1KE8A 3HL7A 4AWIA 1A48A 1WCCA 4DGMA 2YERA 4E73A 2OLCA 2UUEA 4EOQA 2XEZA 2LAVA 1YXVA 3VJNA 3TL8A 2V5QA 2OH4A 3PLAE 4YZNA 1CMKE 5FDXA 5BUIA 2Z2WA 4MYGA 5CLPA 3OZ6A 1R0EA 3C5IA 1PKGA 2A0CX 3NNWA 4QTAA 3Q9ZA 4B7TA 3PG3A 1NT2A 4YR8A 4FSUA 5HNIX 3JY0A 3CIKA 4Z7GA 3T3VA 1ZYLA 2R3QA 3C9WA 4GVJA 2BTSA 4YPDA 1B38A 3ZONA 4ZY6A 3IDBA 5D7AA 4CZTA 5D1JA 3FMLA 3UVQA 5I4NA 1CTPE 5LVLA 3PA4A 3BHUA 3GEQA 4M15A 4ZZOA 5JZJA 2C5XA 2YWVA 1XO2B 3N4VA 3A4PA 3RAHA 2OJGA 5AM6A 4FNWA 2BIKB 1ZMWA 5DHJA 4CFFA 4UV0A 3U55A 4WA9A 4YMJA 3EL8A 2C1BA 4QQ5A 3MN3A 4JVGA 4FTAA 4F0FA 3AG9A 4MQ1A 1VEBA 3O51A 1XQZA 4I21A 4U3ZA 2OFVA 5I9ZA 3BLQA 2ZDUA 1DI8A 4JDIA 4ANQA 4HVSA 3KXXA 5L8KA 2QLUA 3D5VA 4LOQA 5AX3A 4AA5A 5CF8A 1R1WA 5KBRA 4JJRA 2GQSA 4AGCA 4CMOA 4GIHA 5HLPA 1Q8YA 5H8GA 4XG4A 4R1VA 3UG1A 1VJYA 2G2HA 2OF2A 4ITJA 2UVYA 4KINA 4FEQA 4BFMA 4D1XA 4FT0A 3QTZA 4JI9A 4GK4A 4X2KA 4CV8A 4QMPA 2VO0A 1DAYA 1TQPA 3PA3A 1Q4LA 4M14A 3EN7A 5IEYA 2XIYA 3CSVA 1O6LA 3VAPA 3P4KA 1VR2A 4O84A 3IG7A 5GINE 4GJ3A 4I93A 2C69A 4RWLA 4UYNA 2ITPA 4BCNA 1U59A 3LQ8A 2C6MA 4IZAA 3ZCLA 4WBOA 4B9DA 4R3RA 3E7VA 1OZ1A 3R7OA 4UX9A 3DGKA 4X3FA 2C47A 4AZTA 4MTAA 3LQ3A 3BLHA 5A14A 1JKKA 2JFMA 4TYJA 4XBRA 4Z3VA 3R7UA 1CKPA 4FBXA 4ACGA 3D0EA 2W1FA 3PUPA 3PIYA 2WO6A 4NTTA 1PXIA 1PXMA 4DFNA 3RP9A 3QCXA 3E7OA 4DINA 4IM0A 4O7RA 2IW9A 3NW5A 5HE2A 3FDNA 3IGOA 3LW0A 3QRJA 3KXZA 3ODZX 4JG7A 2WQEA 4IANA 3R7YA 4ANNA 4IB5A 4KSPA 4AE9A 4H36A 1YQJA 4L00A 3RZBA 3U4WA 2F4JA 4AF3A 4BCQA 2HENA 3EZVA 1REJA 2WD1A 1CM8A 4W8DA 5C03A 3U87A 2C0OA 4P7EA 1H8FA 3F2AA 3I79A 3OMVA 3WI6A 3GU5A 3Q4UA 3QD4A 4HNIA 3LLAA 4R5SA 3RZFA 5IQDA 4XG6A 4RVTA 1XWSA 3VUIA 3D2KA 4WHZA 2QG7A 5E8ZA 2C5OA 3Q96A 5A54A 3KVXA 1OKYA 3SOCA 1Q8UA 4OUCA 4UMTA 1BKXA 3KMUA 4QP4A 5GJGA 4FKQA 3G6HA 2CGWA 4XP3A 4NM7A 2OI4X 3KULA 4UMQA 3HRBA 3BV3A 2WTIA 3DBCA 1J7UA 4ANMA 3RWPA 3QGWA 2ITNA 3VUDA 5AA9A 1UU9A 3QTWA 3SOAA 1E9HA 4PMSA 4C3PA 3DTWA 5ANIA 2ACXA 5AR3A 4DEAA 1IG1A 2BPMA 3A8XA 4Y8DA 4QQCA 3F5GA 2CKOA 5KMIA 1H26A 3BE2A 4B6LA 3RK7A 1J3HA 5AR4A 3VRZA 4DE4A 1ZAOA 2OXXA 4U79A 3T9IA 3VUKA 5FG8A 2JFLA 2R4BA 2WTCA 2OIBA 2R3FA 3C5UA 1OI9A 2W4OA 5KX8A 2JDRA 3PYYA 4JX3A 3EQRA 3BHYA 3COKA 1NXKA 4CT1A 3R02A 3LM0A 4OR5A 3OEFX 2OH0E 4UMRA 4FSRA 2W4KA 3QA8A 3LLTA 4II5A 5HTBA 5EQPA 4NW6A 2W17A 5DT3A 3ZXZA 2BKKA 2W99B 3MVJA 4DFXE 4JDJA 3M11A 1YI3A 4PMMA 2IO6A 2QODA 3EIDA 5LMAA 4BDDA 1ZXEA 2BRMA 4IVBA 4RC3A 5EHOA 4KB8A 2CNQA 2B9FA 2OJJA 3DK7A 4QMSA 2R64A 1XBBA 2UZNA 2WQOA 4RJ8A 2OK1A 4RX8A 2JAVA 2R2PA 3QA0A 5JKGA 2QOOA 2YM8A 3EFWA 3VUHA 2CPKE 2PMOX 3FMMA 5CAPA 2WMQA 3FQEA 5EOBA 1M2PA 5HLWA 1KV2A 4BB4A 3D4QA 5IDPA 3CE3A 3E5AA 3LFFA 1PMUA 4G2FA 5IQFA 5L8LA 5HHWA 2JITA 2PY3A 3I0QA 4BZOA 5FUTA 3IONA 2QVSE 2G2IA 2YIYA 4LL0A 3GVUA 3MA3A 4BCJA 3RMFA 2BALA 3HECA 5BNJA 3MFRA 4R77A 4C62A 4RWJA 4MF0A 4XOZA 1DAWA 1BUHA 3TUCA 3ZRLA 5IG1A 4I94A 2I0HA 5CSXA 2OG8A 2C6TA 2CLXA 3NSZA 3RHXA 2BUJA 3PPKA 4OTDA 4NSTA 3ELJA 3HAVA 2XEYA 3ETAA 3NUPA 3KL8A 3RTPA 4UWBA 2XM9A 1YOLA 3A2CA 3HRCA 1KOBA 1G8SA 5J9YA 3I60A 2XNGA 4BCIA 1FOTA 3JY9A 3OXZA 5JGBA 5I9YA 2HWPA 4FTIA 3V04A 4D4VA 3ZLYA 2IVTA 4A9UA 3HZTA 3ULZA 2OIDA 1BL7A 2XNNA 1WFCA 2PVNA 4QTEA 4QP2A 3QCQA 1GZOA 4Z9LA 5IA2A 4F70A 4G34A 4WD5A 5IZFA 2W9FB 2BZKB 3QLFA 4O0SA 2J0KA 4GK3A 4BZDA 1WBNA 4ANLA 1BI7A 3CKXA 4JS8A 1P14A 3SHEA 4RJ4A 2YCFA 3L8SA 1NVSA 3S4QA 4IVCA 4J98A 4ALUA 1H4LA 3KXNA 3UMWA 4HZRA 4C37A 2RF9A 3UC4A 2WEIA 4D9UA 5KMMA 3FZOA 5M55A 3GC7A 2J2IB 3O17A 2OXDA 5ANGA 5HNGA 4XX9A 3RPSA 3SD0A 2Z7RA 4F9WA 3PXQA 2BROA 4XG2A 1FMOE 3P78A 3MJ1A 2YWPA 5FLFA 3EQCA 3SV0A 3DK3A 3BBTB 5CVFA 3NR9A 3VW8A 3CKWA 3QD0A 4AW0A 5J5SA 2WMVA 5EDQA 2QO7A 5ACKA 2P2IA 4HPTE 4E26A 4W8EA 4CXAA 4EQCA 3DOGA 4QP3A 4O1OA 4A9SA 4AA4A 4TZRA 4C4FA 3WZEA 3FI3A 2GFCA 3LCSA 3E8NA 4EOJA 4C02A 1WMKA 3BYMA 3LAUA 3FQSA 4K1BA 2QLQA 4WG4A 3THBA 2HCKA 4ZTQA 2QO2A 3RPRA 3DU8A 3OWJA 4YSMA 3LFNA 5HE3A 4O7NA 5D9HA 4FKOA 4Y83A 3D7TB 3VS7A 4C8BA 2DQ7X 4USFA 3NMUF 4FF8A 5IISA 4HCUA 4QYFA 2JC6A 2QKWB 4ZY5A 4M97A 3SRVB 3KKVA 4EUUA 3R8MA 3SA0A 5F1ZA 2EXEA 1GZNA 4GCJA 4GW8A 4JQ8A 4QNAA 2PL0A 3L9PA 4TT7A 1E1VA 4D9TA 4UZHA 3K3IA 2WTWA 4K0YA 3VUGA 2GS2A 5IUIA 2YIXA 5HVYA 2VTLA 2QG5A 3M1SA 1H0VA 4EEVA 2B1PA 4C4HA 2JKKA 3DBFA 3RK9A 3KRXA 4JNWA 4ZS0A 4BTFA 5M4UA 3GFWA 2R3PA 5E7RA 5CEPA 3CPCA 5EYCA 3KN6A 3TNPC 3DFCB 1T46A 3RHKA 4DT9A 4DEGA 5IA4A 5FBNC 2BRGA 4FUYA 3RAIA 2ONLA 2I0EA 3E8CA 4FL2A 4WNOA 4O7WA 2VGOA 2VN9A 4O1PA 3R9RA 4FKSA 4EWQA 5LJJA 5LCKA 1UU7A 5L6WL 4FT5A 4YC8A 3CPBA 1H24A 2UVXA 2HW7A 3OY1A 3UPXA 2ZV8A 3R9NA 1Y91A 2XA4A 1WVXA 4C2WA 3DQXA 5C9CA 1NW1A 5JGDA 4U80A 3EB0A 4YUQA 3OC1A 1JKTA 4GUEA 3F61A 2A2AA 4UMPA 4ZAUA 1ND4A 1SNXA 2IW6A 5AR5A 5HBEA 4I24A 2YJRA 5FEDA 4JL9A 5L6OA 4RX5A 3P79A 4EC9A 3Q6WA 4BDBA 2GMXA 3Q52A 4L01A 4UMUA 2JAMA 1YXTA 2E9VA 2BKZA 2WQBA 4IADA 5LWMA 2WIHA 1W8CA 5CVHA 4G31A 5ACBC 3SC1A 4HGLA 4QMMA 1QPEA 2VGPA 3OHTA 4QP8A 4RA4A 4EK4A 5CF5A 4NIFB 3EHAA 3GUBA 4F08A 5GNKA 4X0MA 3VW6A 2VU3A 2VTRA 5CEKA 2GSFA 4F7LA 3C1XA 4Y5HA 4HVGA 5JN2A 1Y8GA 2XCKA 4FTCA 3ZRMA 2WGJA 4CFUA 3W8QA 3Q5IA 3QLGA 2ZV7A 2ETMA 3R28A 4DC2A 4QMWA 3OWPA 5DRBA 2BAQA 3UPZA 5DBXA 4G5PA 3NUNA 5FDPA 1MQBA 4R7IA 4QPSA 5TOZA 2FSLX 4EOIA 5IH5A 2P2HA 1BL6A 4PP9A 5F4NA 4BICA 2XUUA 4I6FA 4O83A 2X2KA 3PVWA 5CENA 1M14A 4XG7A 4PWNA 4ZLOA 3UNKA 5AUUA 3CGOA 4JBVA 3RWQA 3CQWA 5CF4A 2IZTA 3FYJX 2WXVA 2RKUA 4YTIA 3QZFA 3TTIA 2XBJA 3QU0A 3DNEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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