4G6LA

Crystal structure of human cdk8/cycc in the dmg-in conformation
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
362
structure length
336
Chain Sequence
DDKMDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASLPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFARLFNSPLFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQEPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase/transcription
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
publication title Structure-kinetic relationship study of CDK8/CycC specific compounds.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 336
sequence length 362
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2012-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4g6lA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4g6lA01
4IX5A 3FLYA 3VS0A 1YXTA 3MW1A 3RWQA 3ODYX 4U45A 5LARA 1O6LA 3R8MA 2Z7SA 4DEBA 3I5ZA 4N0SA 2YM8A 5EM6A 4R3CA 3PRFA 5M51A 3FYKX 2UW0A 4OTHA 4RSSA 5DRDA 2PY3A 3DLZA 5L2IA 3DA6A 4H3PA 2C6EA 5EYKA 3R9RA 4IM0A 5CT7A 4QPMA 3CE3A 2XA4A 4KA3A 3COIA 1J3HA 1Y91A 3F5XA 4R6VA 3LQ5A 2DWBA 4A9UA 4AGWA 3R7VA 3UG1A 1DI8A 4ENYA 3EZRA 5M44A 3F5GA 5I4NA 3GB2A 4X21A 3IW4A 4BDCA 3KMWA 2JDRA 3NUPA 1YXVA 4P4CA 3UO4A 4AOJA 3AD6A 2OSCA 5JRQA 5J87A 1OL7A 3COHA 2RFSA 3B8QA 2A2AA 2GQGA 2J0JA 3C1XA 5E8WA 2VTAA 4ITJA 4DFZE 4FTRA 5CWZA 5ANGA 3MY0A 4Q9ZA 4O7SA 4BY9E 2BZJA 3MJ1A 3R73A 1SM2A 2XMYA 4FNZA 2OJIA 4WNPA 3RAHA 1XQZA 3PIZA 4MQ1A 4RIXB 4WG5A 4E4NA 5KMOA 4R5SA 4YTFA 3RI1A 5IPJA 1E1XA 3ZLYA 2Y0AA 5E8SA 1DAYA 3DZOA 3ZMMA 4E6AA 3FKOA 3GCUA 3FSKA 2DYLA 3TKIA 5AV1A 1XH5A 1Q3WA 4IH8A 3NZ0A 3VUGA 5CF8A 5CQWA 3R8LA 4LGGA 4E93A 3ZUUA 4ZY4A 3UTOA 3NLBA 4O2PA 3VW6A 4BFMA 5M55A 5CTPA 2HXLA 5ANOA 2XNMA 2YJRA 2XP2A 3RK5A 4FNXA 5CEOA 1W7HA 3UMWA 1L3RE 1QMZA 4L00A 4FT3A 4UBAA 3BE9A 3ZLXA 3V51A 2R2PA 4JL9A 3PA5A 4HVSA 2WO6A 4ZTHA 3BU5A 2XNPA 3G33A 4XLIA 4DF3A 4YHTA 5AP0A 2WXVA 4I20A 4CZUA 2CGVA 3POOA 4G3EA 4N6ZA 4O0WA 4MBIA 4UYAA 5DBXA 4F1TA 1CKPA 4EH8A 4YJPA 2BKKA 2F7XE 4YLKA 2J5FA 3F66A 2GHLA 3NUSA 3QQJA 2PTKA 4O7TA 2HXQA 3EQIA 2E9UA 1PW2A 2I1MA 4JAIA 3MFRA 2ONLC 2Y6OA 4OBPA 4H1JA 4YJQA 4GKHA 4WUNA 2P0CA 2B9FA 4Y8DA 4YBJA 2VTSA 4AW2A 5LMKA 2C3KA 4O0TA 4UWBA 3VRYA 5EH0A 4FUXA 2IWIA 3P7CA 4FVPA 4KIPA 1OBGA 3RVGA 4G1WA 1E9HA 5E7RA 3SAYA 1J1BA 4WBOA 3HZTA 1XHAA 5EW8A 4F9YA 2E9OA 4QYGA 4JVGA 3VF9A 1LUFA 3DU8A 5AP4A 2BAJA 4BDFA 4PP7A 4FTIA 3PPKA 1Y8YA 4C2VA 4EC8A 1FBNA 2J90A 2GFCA 4IWQA 3VS1A 1OIQA 2WFYA 4RVLA 3UG2A 4BIDA 4Z7HA 2O65A 5DLSA 1FVVA 4GIHA 4PUZA 3CKXA 4LFIA 1KSWA 2GTNA 4FV3A 2E9VA 2UZVA 4FKOA 1U59A 2YDIA 1XH8A 2CHLA 2FH9A 3Q04A 4MXXA 4O2ZA 4U42A 5D7AA 5IKWA 1JSUA 2VGOA 3A7HA 4RX9A 4DTKA 1OI9A 3OTVA 1Q8TA 4M12A 2WQNA 2R5TA 4EH7A 5ETAA 3ACJA 4IIRA 3L9PA 2OGVA 3ENHA 2BHEA 4AT4A 1OPJA 4L42A 3M1SA 4O0YA 4JR3A 4QMTA 5HBHA 5HD7A 3FC1X 5IZFA 3TDVA 5CAUA 2O8YA 4O22A 3P4KA 3DAKA 4AZFA 4FYOA 4IFGA 4DG3E 4Y85A 3ANRA 4PDPA 2BTSA 3WZKA 4KIKA 1M52A 3AC3A 3O7LD 4FK3A 4RFMA 4CCBA 5KO1A 3OWKA 1UU9A 4I1ZA 1QPDA 4L7FA 1G8SA 3DFAA 4DT9A 4ZIMA 2Q0NA 4AN2A 5F1ZA 4U43A 4C34A 4ZSGA 3OY1A 2JKOA 1XH4A 3L9NA 4S30A 5DH3A 1Q8UA 1ZLTA 2E9NA 2J0LA 4KBKA 4FBXA 3CY2A 4DA5A 4ZMFA 4L3LA 1XH9A 2B7AA 3V5LA 5D41A 4CTBA 5AA9A 1FOTA 3T8OA 3FZRA 4QQ5A 4QRCA 2DQ7X 4G31A 3TV4A 3RHKA 3N51A 4PTGA 2BDWA 1F5QA 4EHZA 3SRVA 4EYMA 3LJ2A 3BGPA 4HPUE 4JDHA 3OEZA 4PNIA 1OM1A 3FQEA 4GEOA 4MF0A 4E5AX 4YMJA 3MDYA 2YJSA 5BNJA 2BALA 4GFMA 5E8TA 4EEVA 2OIBA 2WMRA 3R8PA 1J7LA 2HELA 5CF6A 2HCKA 3O23A 4GMYA 3FMKA 4JBOA 5HQ0A 4QP9A 2XJ0A 4NKSA 3O71A 5HU3A 2BRHA 3QRUA 4BCMA 5DT0A 1QL6A 3D5XA 1CMKE 4FSNA 5EI8A 1ZXEA 4I6HA 4KSQA 4WKQA 2J51A 4MNEA 5AR3A 4IW0A 4EWQA 5D9HA 4X2GA 4WRSA 4FKRA 5J7BA 4Y73A 2IN6A 2XRUA 4CEGA 1UKIA 3BPRA 3F3ZA 1WBNA 3JY0A 3LFEA 2W1FA 5FM3A 4R77A 2X7OA 2XB7A 5L2WA 4IE9A 4O7RA 1KOBA 2XNOA 5FTOA 2GS6A 3FMLA 2BZHB 1U54B 4RT7A 5EKNA 3UC4A 5JK3A 2GS2A 2VTLA 2UW3A 3G9LX 3HRFA 3PP1A 5KMJA 5HCZA 1SYKA 1Q8WA 4GSBA 1SVEA 3QTWA 2OG8A 2KULA 4M84A 4FG9A 4X2NA 1P4FA 3I4BA 4DEDA 3TJDA 2JFLA 3B2WA 1Z57A 2J7TA 3ZEPA 3Q5IA 3GU8A 3NNVA 3V5QA 1AGWA 4AX8A 1H24A 5IEXA 5KMLA 3FMMA 4ORKA 5J1WA 1UU3A 5ACKA 3L9LA 5FXQA 2VO6A 3LFNA 4UMUA 3RBWA 3FI4A 4HW7A 2YLFA 4QMLA 2QLUA 1V0PA 2DS1A 4KNBA 4A9RA 3F61A 5IQDA 4G5JA 5JZNA 4DFXE 1BL7A 2SRCA 5E8YA 2G2FA 5EHOA 4CYJA 3NUXA 2ESMA 3DKFA 3AGLA 5AAEA 1B6CB 1PKDA 4EJNA 4EK5A 4W8DA 4XNEA 3W2QA 1U46A 5CSVA 3P7BA 3ZO1A 5HU9A 5E1SA 5IQHA 3KKVA 1XR1A 3MVMA 5KE0A 3QTUA 2Y8OA 5G1XA 3KA0A 5KMMA 4V05A 3FL4A 3QA8A 2JDVA 4FV8A 5K3YA 2BDJA 4R8QA 4RWKA 3QAME 5A6NA 4FSWA 4IFCA 4XH6A 4USDA 2YIYA 2YAAA 3HMNA 2PL0A 3QC9A 4DCEA 5I9WA 2H96A 3FC2A 4WA9A 4J98A 5IF1A 2HOGA 3VAPA 4NM7A 4FV7A 5I3OA 3R8VA 3MH3A 4FZ6A 5BUEA 2YACA 4MEDA 4DHFA 4A07A 2YHVA 4U44A 3WIGA 3D83A 2QONA 3M2WA 4RJ3A 3CBLA 4ACHA 3Q52A 3QD2B 3VS3A 4QP6A 4EOSA 1CSNA 4O0VA 4U3ZA 3ORMA 4CRSA 5HVKA 3IKAA 4EH2A 5M57A 5K5NA 3UIXA 2X7FA 3KRLA 4GU9A 3DB8A 4B7TA 2Z8CA 4ZSLA 4PMTA 3QRKA 3KXZA 5CANA 2IW8A 2ERZE 3HUBA 3C51A 4D2PA 4F9CA 1JWHA 1UNLA 4KABA 3PSCA 1T46A 3JVSA 3A4PA 3QRIA 4NU1A 2XBJA 5HG8A 3ZONA 2WTWA 5DYJA 1M2RA 4DYMA 3VS5A 1Q61A 2XKEA 2GS7A 1Y6AA 3OTUA 3SW7A 5BYLA 3LOKA 1RDQE 3DK3A 1MQ4A 4O1PA 4O81A 2NPQA 4LGDA 4CKRA 4WBBB 3PY1A 2A4LA 4FKUA 3ZO4A 3UNKA 3BX5A 2AYPA 4C4EA 4DEGA 4QMPA 5CI7A 3CQWA 4XOYA 5AR2A 3SQQA 4A4XA 2OBJA 2YM5A 1WBWA 4P7EA 3M11A 3NS9A 3HV7A 4QYFA 5IQAA 3DK7A 4FKVA 4L43A 2QU6A 2OH4A 1Y8GA 1NA7A 2YFXA 5HE0A 1Q3DA 4FEQA 4QP2A 4AGUA 5M4CA 5TT7A 2WTVA 5DOSA 3BIZA 3UNJA 3MB7A 4RQKA 2Y6MA 4DFUA 3QKMA 4AGCA 4ZOGA 4NW5A 3R71A 4D2WA 3E87A 3RHXA 1R39A 2PVRA 4FI1A 3TEIA 1RW8A 3KFAA 5L8JA 1WMKA 2OJJA 4IBMA 4FF8A 4CVAA 4OTQA 2RL5A 4QTBA 4W4VA 2CGUA 4FKSA 1BYGA 4JBPA 5AUUA 3PTGA 4XYFA 3ATSA 3VS7A 3D2IA 3R63A 4IAKA 4H3BA 4RRVA 2WMWA 3NDMA 4P90A 4DFLA 4GFGA 1TQMA 3EKNA 3BYOA 4C38A 2EXMA 3QKKA 2BIKB 3R21A 3R2BA 4JJRA 2RG5A 3V6RA 2A0CX 3KXGA 4FSUA 2QOFA 4PMMA 5A46A 2J2IB 4W4XA 4XP2A 4M14A 2QC6A 2QVSE 1SNXA 4ZTNA 1PMNA 3QRJA 4J99A 3WZJA 3CR0A 3RMFA 3RZFA 2UUEA 4MCVA 4CKIA 4F9WA 4FMQA 4A4OA 4JQ8A 5JGDA 3TUBA 3R7GA 3E63A 5J9ZA 5KKRB 4E6DA 4ASXA 4EZ7A 1ZMVA 5M06A 2VX0A 3UVPA 3MYGA 4A9TA 4FV1A 4K18A 5CALA 3GBZA 5KNJA 5EYDA 5GJFA 3ROCA 3AC5A 2UW8A 4NJ3A 3TTJA 1UVRA 3VVHA 3RK9A 3KF7A 4BBMA 3O17A 2FO0A 3PSBA 1GIHA 1H08A 2ITXA 4E3CA 2BFYA 5C8NA 3JUHA 1YWRA 4ID7A 4Z55A 3QTRA 5HHWA 1BI8A 3NCZA 3OCSA 3QFVA 1GJOA 4IADA 1M2PA 4IQ6A 5DR2A 5FXSA 3PG1A 5TOZA 4QMWA 4F6UA 2WTKC 2I40A 3UOLA 5ANDA 4TWNA 4ZSAA 2VD5A 4NT4A 2ITWA 3DLSA 3O8PA 3OG7A 3QTQA 5IUHA 5EM7A 2GPHA 3COMA 4QQJA 4UXLA 4B8LA 4FV2A 2NO3A 5BYYA 5EHLA 4JDIA 4JLCA 2YIQA 4S33A 3NUNA 3GOKA 1NVSA 3RINA 4F64A 2B54A 5A9UA 5K4IA 3IW6A 4WT6A 4RPVA 3T3UA 3AT3A 3LCDA 3A7IA 4PPCA 3LQ8A 4EH6A 3HMOA 1DI9A 3IW5A 4BL1A 5L3AA 2FSLX 4OTWA 1JSVA 3Q96A 3QD0A 3PA3A 1G5SA 3SV0A 3TZMA 3VS2A 3UDBA 2QKRA 2WQBA 5AR5A 3W8LA 1XH7A 4L9IA 1OL1A 5AAGA 2X4ZA 2XH5A 4QNYA 2H34A 4IB0A 5KMIA 4TKSA 1WZYA 2JKQA 2B53A 4K1BA 4U80A 4PNKA 2X4FA 4BYIA 4XV9A 3LXKA 4K33A 4PL4A 5LWMA 4BCQA 3LKMA 5CVHA 4WUAA 1OL5A 3LFSA 5HICA 4FIJA 1YWVA 3KRWA 5B2KA 3QZIA 3AG9A 4O0SA 3VUIA 3LLTA 4AW0A 3BE2A 3QLGA 3RK7A 5IQEA 1GIJA 1H1RA 2YM4A 2C3JA 4TNBA 5EM5A 3CP9A 3V8WA 4FICA 1LR4A 1V0BA 2BAKA 4FV6A 4E1ZA 5J79A 2OFUA 4H39A 4LG4A 4RZVA 3IECA 4BCPA 3DK6A 5E8XA 3U6IA 2JIUA 1WAKA 2GNIA 3ZM4A 5HGIA 2Z60A 2ZMDA 3VHEA 4D2SA 4I5HA 4UN0C 4EH3A 3WILA 3UBDA 3RPYA 4CV8A 3POZA 3TG1A 4S34A 2A19B 3A99A 3W8QA 2F57A 3LFFA 3MA3A 4GUEA 4MH7A 5AFVA 1OITA 4I4FA 3NW6A 4O1OA 4D1XA 3ODZX 4JAJA 5ETFA 3WYXA 4YURA 5HLNA 4M69A 4D1ZA 4PTEA 5CSPA 2QURA 4XHKB 4MD7E 4YJTA 5C1QB 4X0MA 1YHSA 1JQHA 4G9RA 4QOXA 3RGFA 3IDPA 3QQHA 1NW1A 3A7JA 5CSHA 3TKHA 2LAVA 4YZCA 5FWKK 2OK1A 2WTJA 4OW8A 2ZV8A 3LM0A 3OHTA 2BDFA 3EHAA 3WARA 2GMXA 4FA2A 3Q2JA 3Q4ZA 2C68A 3ZRKA 4M13A 5DR6A 3LXLA 4FTCA 3Q9XA 4Q5EA 3FLZA 3FLWA 4YC8A 4ZSJA 1PYEA 3QUDA 4LOOA 3RTPA 1CKJA 4MWIA 4BDAA 4IWPA 4RIYB 4XG9A 4E4LA 1RE8A 3SXSA 3TNQB 4F1OA 2B52A 4MQ2A 4XG2A 4TYGA 3U9CA 5LVNA 4I23A 1JOWB 2VTRA 1JLUE 4ZS0A 1OMWA 4BCGA 1ZARA 2UW7A 5IMXA 3GU5A 4XV1A 3CS9A 3N9XA 2ITNA 2NP8A 2RFDA 2WIPA 3R04A 4D0XA 5CU4A 5LMBA 3OBJA 4FTAA 1ZYDA 1WBVA 2JIVA 4K6ZA 4DH5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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