4OR5A

Crystal structure of hiv-1 tat complexed with human p-tefb and aff4
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
324
structure length
319
Chain Sequence
VECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKASPKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNSQPNRYNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLSTH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase/transcription
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 9
publication title Crystal structure of HIV-1 Tat complexed with human P-TEFb and AFF4.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 319
sequence length 324
chains with identical sequence F
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2014-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4or5A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4or5A01
1XH7A 4O7WA 4ZTRA 3B2WA 4QMLA 2X7OA 4D0WA 3BV3A 4OBOA 4YZNA 5FDPA 1ZMVA 1LPUA 3R9HA 2HZ0A 4C57A 4ZLZA 2BIYA 4M0YA 4IM0A 4YHTA 4D1XA 5HQ0A 4MVFA 2BRGA 3FJQE 3OUNB 3QTWA 4FTKA 4I4EA 4MD9E 4UY9A 4FTJA 4DGMA 4LRJA 5E8SA 2PZIA 4YC6A 4OBPA 2XKDA 4ERWA 5GNKA 3ZZWA 2CLQA 2YWVA 4IB1A 4RJ8A 3R7IA 5A14A 2QNJA 5CAQA 3C4WA 4YZDA 4BR3A 2PZYA 2WNTA 3M2WA 3UDBA 1WZYA 4W8DA 1H27A 5ANKA 5CEQA 2PZRA 5AP4A 4GV1A 2RF9A 5H8BA 5JFXA 5D41A 3BLRA 1J3HA 5CEPA 2WTKC 4U44A 3UTOA 4OTGA 1VYWA 3RAIA 2RGPA 2AC5A 3K54A 1MQ4A 4MXOA 1PYEA 4Y95A 2C5VA 2F49A 1O6LA 4DE4A 4XBRA 4CCUA 2X9FA 3NUAA 3QHWA 4EK6A 5J9ZA 4CZTA 5BVFA 3Q9ZA 3TNWA 2ZOQA 3GC8A 3T3VA 4RG0A 1Q8YA 4GL9A 3MBLA 2B53A 4HGLA 4EH9A 2ZM4A 3RCDA 5KE0A 2R3NA 3DKGA 3IG7A 5H2UA 1B39A 3NCGA 2ZDUA 5CU3A 2PUIA 3FAAA 5G6VA 5H9BA 5M07A 5ANEA 3L8XA 2F7XE 1NY3A 4FVPA 5DT0A 3FMMA 3F6XA 3KCFA 4AGWA 4YLKA 4IAFA 3NUNA 3ZCLA 4EHGA 5J1VA 2REIA 3ROCA 3G51A 3UZTA 4E5BA 3DAEA 3UODA 5IEVA 3KRLA 4AOJA 3UC3A 4J97A 5EOBA 1P4OA 2X4FA 3U4UA 2WMSA 2Q0BA 1IAJA 4FTCA 2VTIA 1R1WA 4QMSA 4BHZA 1GIIA 1BI8A 3MVLA 4H1JA 4FSYA 1YW2A 3WF7A 4A9RA 4AZWA 1JSVA 4DAWA 4UBAA 2GDOA 5B2KA 5F1ZA 4BC6A 3QGYA 2FGIA 4R77A 5DEWA 5GIOE 3TKHA 3ZUUA 4IAKA 2IJMA 2J90A 2W4OA 2XIKA 3LXKA 4FIHA 4IC7A 2IVUA 5HNGA 3DNEA 3LMHA 3OY1A 5TKDA 3C51A 3EQPA 4RWJA 3U9CA 4I3ZA 4TRLA 2JBOA 4DFBA 3JY9A 5TR6A 3EB0A 3PWDA 1OIYA 2IZTA 2I6LA 3QZHA 4MXXA 4OT6A 3E64A 4ZEGA 3UGCA 4D4SA 5EW8A 2R9SA 3LQ8A 5JMSA 1PXIA 3UNKA 3CE3A 3ELJA 3C13A 3DGKA 1PXJA 3HDNA 5FTQA 4AU8A 4BDDA 4EYJA 3IK3A 4GMYA 2OZAB 2G1TA 4AG8A 3VJOA 4WBOA 4BTKA 2HY0A 2YA9A 3CQEA 1KV1A 4RZWA 1FVTA 2JDOA 1CTPE 3UMXA 2J9MA 4JL9A 5L2IA 3PA5A 5ANJA 4RIXB 3DPKA 4FKWA 3EQIA 3SRVB 4C36A 5GZ8A 1H07A 2AC3A 3RI1A 3Q04A 3BRBA 1OPJA 5GJDA 2RFSA 4D4RA 1KE5A 4X2NA 1H00A 2IO6A 3F3UA 2P2HA 3L9PA 3PLSA 3DXQA 3O8TA 4I6FA 5CXHA 3FI2A 2I0YA 1UNLA 4DEHA 4DGOA 3DV3A 5C4LA 2X81A 2X39A 4FKGA 3ENHA 4HVIA 4EK4A 3R6XA 3ORNA 3DAJA 3KC3A 4J95A 3RJCA 2XF0A 4Y83A 5FBNC 2VWZA 2XRWA 4I5HA 4EOQA 4CKRA 1Q62A 3E3PA 2OJFE 4KKHA 4Z16A 2IW8A 3W2RA 3HZTA 3LCOA 2YDKA 5LMBA 3R2YA 1OKYA 3ZO1A 1FQ1B 3UG1A 2UW9A 2UW3A 4EOKA 2VGPA 3TUDA 4L3JA 1QPCA 2C6OA 4E6DA 2NPQA 3MPTA 4Y73A 2JITA 3OUKA 3QL8A 4ITJA 3ANQA 3UP7A 3OF0A 4X3JA 2Y9QA 1O9UA 3DLSA 4WG4A 3FI4A 5AR4A 3RM6A 3W8QA 4CTCA 1MQBA 3PXQA 2ZV2A 3L9NA 3G33A 3HA8A 3QWJA 4BWKA 4R3RA 3AGLA 2WQNA 4BDAA 3UYSA 4Z3VA 3UIMA 1GY3A 2PUPA 3LM5A 1APME 5G1XA 4P5QA 4DINA 5LVLA 3UO4A 3GGFA 4ZSGA 2J50A 2W1IA 2YZAA 1DAWA 5HG5A 4Y8DA 1FPUA 4NM3A 3OD6X 4DEBA 5CSWA 3SG9A 4RLLA 4FMQA 5DRBA 4BCNA 2I1MA 2XK9A 1J1CA 3OVVA 1XKKA 3PXFA 5AIRA 3HMNA 3RHXA 3TACA 5FLFA 4II5A 3UC4A 2WTCA 4RWKA 3KF4A 4MNEB 2Y0AA 4BKZA 2QC6A 4GFOA 3QXPA 3EL7A 4TYGA 5CS6A 4FIIA 3ZSGA 4IAYA 3P78A 4ONAA 4RFYA 3FMKA 2WOUA 4A9SA 1YXTA 2W1DA 4M66A 5K4IA 4KIKA 4C3RA 4S34A 5J7BA 3KULA 1XH9A 4OGRA 4J96A 3RK9A 5LOHA 4C59A 5A3XA 4AOIA 5JFSA 2P2IA 5IISA 1REJA 1UKIA 3C9WA 3I1AA 3EFWA 4K1BA 5DMZA 4PDSA 3SAYA 2R2PA 1FBNA 2XNOA 2B1PA 2ETMA 4WUNA 3FPMA 3NYVA 4L3PA 3R7GA 3W1FA 5BNJA 3CQUA 4FODA 5CANA 3A99A 2YWPA 2E2BA 3DCVA 3QRIA 4FG9A 4FKRA 4GFGA 2GCDA 5FM2A 5JRSA 3DK6A 4JQ8A 4C4EA 2UVYA 1ZLTA 2OJIA 4MD8E 1URWA 4JBQA 3VBWA 2BZKB 2EXEA 2QR7A 4IZ7A 4FZ7A 4GT5A 4ZSAA 2XM9A 1KE6A 1ZYLA 3Q60A 4NFNA 2O0UA 4PP9A 4Q5EA 5CU0A 3FPQA 5CX9A 2Z2WA 3COMA 4FK6A 3OP5A 3RWQA 5IH5A 4LYNA 3D0EA 3CIKA 5HCZA 3TL8A 3UOHA 3TNPC 4FT5A 1Q4LA 2J0LA 3V5QA 5HTBA 2RFDA 5DYJA 2XIXA 4YNOA 3TN8A 3SD0A 2HIWA 3P4KA 3OHTA 1JBPE 4IX6A 2CNUA 4HGTA 3WARA 4DGLC 2WQOA 2ZV9A 5FXQA 4RC2A 3RAKA 4LUDA 4FV8A 4W4YA 5CYIA 5ACBC 3ZEPA 3NUXA 4IZ5A 2NO3A 2W96B 3R7VA 2XEZA 3LCSA 5HGIA 4BKYA 3OOGA 4IHPA 4PY1A 1NVQA 4C0TA 4HVSA 1YXVA 2UZBA 3PRFA 4ZP5A 3SVVA 5EFQA 3MB6A 5M4IA 3LXNA 4KIQA 4YNEA 5EHYA 3N4UA 2A4LA 3OXTA 1Z5MA 4JG7A 2A27A 4BCPA 4E6AA 3HMMA 3VS4A 1KOAA 3F3WA 4MBIA 1H26A 3C4EA 4O0XA 3UJGA 3WF8A 4MXCA 2XEYA 1G8SA 4QMZA 2R3FA 1VZOA 3RWPA 3PYYA 4PRJA 4WBBB 4BVUA 1OGUA 2V0DA 2BMCA 2ITZA 4IVDA 5AR5A 2ZM3A 2XK4A 2WU7A 4GK2A 4RJ6A 2WU6A 3BHTA 3NNWA 3V6SA 3KU2A 3MIYA 3ZXZA 1LUFA 5HEZA 3R7UA 2BCJA 2BRMA 4LUEA 4OW8A 4DTAA 2KTYA 4BRXA 4G3DA 2BROA 3DKFA 5IUIA 5FQDC 2O2UA 3R8UA 2UW0A 3LFSA 2WD1A 1KE7A 2IZUA 5DR2A 4IM3A 4E6QA 4FT0A 5HO8A 4HYSA 4IVAA 4EOMA 2QOHA 3PSCA 3U87A 2C6DA 5IUHA 3R8PA 5KCVA 3E87A 4ASZA 2YJRA 1I09A 3NIZA 3MVHA 4QP1A 3VUGA 3TV4A 4O21A 2XK7A 3EQGA 4NJDA 3P7AA 5KHWA 3AC2A 2PVRA 3HV6A 3I5NA 2SRCA 2VO3A 4OTFA 5AP2A 4D2RA 4EBWA 2OLCA 2PWLA 4AA5A 1XH4A 4HCVA 2PVNA 3RBWA 2LAVA 1IR3A 3QA8A 2J0KA 4FIEA 3NVKI 4QMXA 2UW7A 4LFIA 4UMQA 3PDTA 5AA8A 2VWIA 4NTTA 3SV0A 3HV5A 3Q9YA 4O7RA 1B6CB 2UZOA 2JAMA 2J51A 1WBPA 3WF5A 3AT3A 3Q4UA 4BB4A 5EM7A 3O71A 3VULA 4U45A 4HGSA 4JAJA 5AV1A 5L2WA 4GYIA 2BZJA 2ITUA 4FL2A 2VX1A 3PXZA 4PMMA 2EUFB 4QMPA 5JEBA 4FTUA 3K2LA 3P0MA 4AXAA 1JNKA 4TWOA 4CQEA 4C2VA 4L44A 5JRQA 1PRYA 1SZMA 5FTOA 3VHKA 2OZAA 2ZAZA 4ZJVA 5BX0A 2RG6A 4FIFA 3JYAA 3QRUA 4PL4A 4XP3A 4YURA 5I0BA 3F5GA 3O8PA 3QTRA 4RIXA 4L68A 5D12A 4RVTA 4JBPA 3BI6A 4OTQA 1JKSA 4MQ2A 3SRVA 5HG7A 2Y4IB 3CPCA 4ACDA 3CCNA 4LMNA 2GSFA 1QCFA 3LQ5A 5GJFA 1PY5A 2CDZA 1M7NA 2CGWA 2ITYA 1BYGA 4DLIA 4XLIA 4HYUA 4JIKA 3CD8A 4XP2A 3AC8A 3VBYA 4DA5A 2JIIA 2Y8OA 3P1AA 2B9JA 3PFQA 5TOZA 1H8FA 1A06A 4XCUA 2EB3A 3FMNA 3HRCA 2ZM1A 3IONA 2GHMA 3MS9A 3OG7A 2OFVA 4IJPA 2GNLA 4JX7A 4Y85A 4EYMA 1S9IA 4WSYA 3E8CA 3NDMA 4CV8A 3ZFYA 5CU4A 3I0QA 5KBRA 5EI2A 5BVKA 3TV7A 4DEIA 2I7QA 3V5WA 3PZHA 2QOOA 3WZJA 2VO0A 3RAWA 1FINA 1RQQA 4FV7A 4HVDA 2BAQA 4YTCA 5CNNA 3G90X 3TI1A 3A7FA 4E5WA 2BZHB 3TWJA 3GI3A 3UMWA 3FMEA 5IMXA 1CSNA 1QMZA 4WRGA 3ALNA 3WILA 1XO2B 5D10A 1L8TA 4EHZA 1STCE 3KB7A 3OC1A 3A7GA 3BHVA 3QTZA 3UOJA 4GIHA 5HCYA 3F5UA 3GCVA 3W2CA 3NS9A 4BBFA 2X7FA 3R73A 3H30A 4G16A 4FG7A 2PY3A 5IEYA 2BVAA 4KS8A 5IU2A 3ZC6A 4F99A 2E9VA 2JD5A 4KIPA 4UN0C 1Y8GA 3EZVA 4O86A 3I7BA 3D83A 3A8XA 4UALA 3QU0A 4KABA 2OICA 3BU5A 4GCJA 1OUKA 3IDPA 4ZY6A 2JFLA 3SGCA 3NYXA 2RIOA 2XIRA 3PXYA 4FKJA 4KD1A 2ONLC 3CPBA 3E8NA 4MNEA 4UWCA 4UV0A 4EI4A 4F0FA 4CFMA 3BQCA 1DM2A 5CZHA 5HU3A 5FDXA 4PDYA 4C4GA 4JOAA 4EKKA 4EOPA 3VW8A 1HCKA 3Q5ZA 4AGUA 4F09A 4FA2A 2PSQA 4I6HA 5JN2A 3VS3A 2AYPA 1NVSA 4WNPA 4M68A 4DT8A 4RLKA 4BDHA 4K2RA 3LE6A 1PXKA 4XBUA 2H96A 3FZSA 3TDWA 3POZA 4ANLA 4M14A 2O65A 5HD4A 5JKGA 3FDNA 4E7WA 5HI2A 2C6IA 4MF0A 3ZFMA 3ZYAA 2HZ4A 4TWPA 5HNIX 3G2FA 3E7OA 4JQEA 3OFMA 2OZOA 4AN2A 5M51A 3PE1A 4PMTA 5AWMA 3ACKA 4M67A 3FLYA 5AUZA 4EH7A 4ZJIA 3FMHA 4J98A 3NUSA 3E8EA 2YZLA 3V3VA 4B0GA 1H01A 1WVWA 4BKJA 1IAHA 5AUWA 2I40A 2W5HA 4AUAA 5AV4A 4IBMA 2CGUA 1PXLA 2Z60A 3FSKA 3R8MA 3KY2A 5BYLA 2QD9A 3AT4A 4E4NA 5E8VA 2Y4IC 2Z7LA 4J53A 3TT0A 4RVMA 2VWBA 2F7ZE 3OEZA 4TZRA 2P0CA 3M1SA 4JVGA 5F94A 4A4LA 3CGOA 1JKTA 4R6VA 3NMUF 2C5NA 3EN4A 4I5PA 4YU2A 1XH6A 2WO6A 4O0SA 3H0ZA 1TQPA 1J7UA 3DJ7A 1ZWSA 2RKUA 1FGKA 3ETAA 3HUCA 5DLSA 3R7OA 3TIYA 3EWHA 3EQBA 2WGJA 1ZOEA 3O0GA 5DR9A 4UWBA 4OT5A 4CFUA 3QC9A 3ALOA 5D1JA 1JSTA 4C4HA 1PXNA 3EOCA 4FZAB 4BWPA 3WZKA 2WIHA 3ULIA 3Q6UA 3LFBA 5D7VA 3T8OA 1YRPA 2DUVA 1YKRA 2YABA 2WMTA 4DHFA 5H3QA 1T45A 3QF9A 4C7TA 4F64A 3Q3BA 5B7VA 4ZMFA 3BHUA 4OTIA 4CMTA 3FZRA 3V5TA 1NW1A 3E92A 4QP8A 2R64A 4O0WA 3CXWA 3VAPA 3MFSA 2Z7RA 4E5AX 3QTUA 3FLNC 3MA6A 4Z9LA 3ZRLA 3E3BX 1GOLA 4QP7A 4HNFA 3OROA 3NIEA 3A7IA 4EH2A 3ZS5A 2O5KA 4OTRA 5C26A 2HAKA 3RMFA 3Q4TA 4TXCA 3BLHA 1VR2A 4FKUA 2QR8A 4BDBA 3ZRMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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