4PDPA

Crystal structure of rad53 kinase domain and scd2
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
304
structure length
261
Chain Sequence
TGIFKDFSIIATVKKAIERTTGKTFSVKIISKRKMDGVTRELEVLQKLNHPRIVRLKGFYEDSYYMVMEFVSGGDLMDFVAAHGAVGEDAGREISRQILTAIKYIHSMGISHRDLKPDNILIEQDDPVLVKITAFGLAKVQTLAYVAPEVIRRNEYSSLVDMWSMGCLVYVILTGHLPFSGSTQDQLYKQIGRGSYHEGPLKDFRISEEARDFIDSLLQVDPNNRSTAAKALNHPWIKMSPLYGDFSQISLSQSLSQQKLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase RAD53
publication title Structural basis of Rad53 kinase activation by dimerization and activation segment exchange.
pubmed doi rcsb
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 77
structure length 261
sequence length 304
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.12.1: Dual-specificity kinase.
pdb deposition date 2014-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4pdpA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4pdpA01
2XKDA 3I5ZA 3H9FA 5L6PA 1WBVA 2JAVA 5KKRB 2WEIA 2OJ9A 3R7GA 4QYHA 4YZ9A 2WO6A 2KTYA 3KMWA 4F0FA 4IB5A 5IQBA 4MBLA 4G3FA 3ENHA 3WF6A 2B4SB 4EC8A 4PTEA 5CAVA 2XNOA 3LJ1A 3QTZA 4XV2A 2BZIB 1LUFA 4XG4A 3GU4A 4Z55A 2BHEA 4ZZNA 5BVOA 2BILB 3A7FA 1LEWA 1U59A 2XA4A 3CS9A 2XH5A 4D9UA 5I9UA 4XG3A 4DH1A 3JPVA 2UZTA 2QU5A 4BI2A 4EQUA 3DXPA 2PHKA 4BCMA 4CZUA 3VS1A 1SVGA 4DGOA 5IA3A 1MRUA 4LRJA 3HECA 3SGCA 5HCXA 4F1OA 2QLUA 3LXNA 2W7XA 2XKCA 3FAAA 4FG9A 3NIEA 1Z5MA 3KVXA 4K9YA 1BL6A 5EI6A 4FKQA 3N4VA 2XIYA 4R77A 3L8XA 1Q8ZA 1WVYA 4RZVA 4DEAA 2O5KA 3V5JA 5M56A 5KZ0A 2YABA 4C3RA 4EEVA 2YA9A 4HVDA 2YIQA 3KCKA 2VTHA 3RHKA 1F5QA 4BDKA 4FODA 3UQGA 5CEOA 3COHA 1YI4A 2X7GA 3AT2A 3AXWA 3EJ1A 3NYVA 5DFPA 3A62A 4UBAA 3DKOA 3TNHA 3F5GA 2C6LA 3W16A 4CEGA 4ZLOA 4QQJA 3HAVA 2WIPA 5HTBA 1OPJA 3BPRA 4LOPA 3RWQA 4AFEA 3CPBA 4ID7A 2W1DA 3QGWA 4BTFA 5HX6A 1GZ8A 4LV5A 4PMSA 4ZTHA 4ITHA 4I3ZA 4J8MA 1PW2A 1XH6A 4I6QA 4FTUA 4JIAA 2BFXA 4ZJIA 4ACCA 4ALWA 3TWJA 4BI1A 1PRYA 2X8DA 3EQIA 3MGYA 2J5FA 2VTOA 3EQPA 3I6UA 4C57A 2YM7A 4I6BA 3VBVA 3DTWA 2YISA 1UNHA 3NAXA 4FTAA 3LJ0A 3CY3A 4I0RA 4M69A 3CTQA 4E4MA 2HWPA 1Q62A 5J79A 5E8TA 4W4XA 5M4CA 5GJDA 2GTNA 5H3QA 3OXIA 3U8WA 3QRTA 2PE0A 3P7BA 3EKKA 4QMVA 2VWWA 4IWOA 5E4HA 3R01A 2O8YA 5HG7A 2W1HA 3I7BA 3UZRA 5KUPA 3G9NA 4MTAA 3FMLA 4TYHA 3D7TA 1Y8GA 3MY5A 5AP6A 3MY1A 3UDBA 4Q9ZA 3D7ZA 1IA9A 2QOFA 4PNIA 4A06A 1YDRE 4CSVA 3VHKA 5C27A 5TOZA 3UP2A 4HJOA 3R0TA 3HP5A 3IO7A 5HG5A 3FQHA 2RFSA 4FIGA 5HE3A 4L46A 4RA5A 3OTUA 3ETAA 4H3QA 2QG5A 5AX3A 2UZOA 4AQCA 1AGWA 4JVGA 4CVAA 3MA6A 4ZSLA 3JR1A 1SMHA 3EFLA 3R2YA 2BHHA 1XQZA 2OFUA 3VBQA 3ZS5A 3FL4A 4H1MA 4BWXA 2XIZA 1YVJA 4B7TA 5AIRA 1CMKE 2W5AA 4APCA 2BR1A 4KBKA 4MXOA 2BZJA 3FLZA 3SDJA 3VF8A 5IA4A 1KV2A 2VX1A 3OVVA 3O71A 3RM7A 2DQ7X 3VVHA 1RW8A 4ZP5A 4IIRA 4L3LA 2R7IA 4U42A 3IECA 4S2ZA 3W2OA 3LFAA 3O23A 5CSHA 3A8WA 3D9VA 5IDNA 4GFMA 1PMUA 2A2AA 3IQ7A 3OOMA 2OIBA 4J97A 4J95A 4B8LA 4RT7A 4L42A 4Y83A 2E9OA 3FI3A 5AP7A 2UZVA 5HU3A 2HZIA 3E8NA 4CCUA 4DEIA 4NM3A 3EKNA 3UNKA 5KKRC 4IX3A 3UQFA 4O91A 1R0EA 3PE2A 3OCTA 5HU9A 2O64A 1L8TA 3MIAA 5HORA 3LHJA 2R3RA 2VTNA 3FMNA 4RC3A 4EL9A 5LVPA 4U79A 2VWZA 5HVKA 4FVPA 4XOYA 4ZIMA 3VS2A 2W4OA 2I0HA 3FZ1A 1JAMA 3RZFA 2Q0NA 3QAME 2OXXA 2Z02A 3MVLA 3B8RA 4DEGA 3MBLA 4M8TA 3KXXA 3Q9WA 4HGSA 2FA2A 5HHWA 3HNGA 3G51A 3E93A 3Q04A 5TO8A 4FGRA 1FMOE 3R8PA 1VEBA 3K3JA 3QYZA 5CLPA 1W84A 3NX8A 3P5KA 5DWRA 5EI2A 5J5TA 2O2UA 2EWAA 2NRYA 4JQ7A 3OWPA 3ALOA 2HYYA 5IQGA 1YXTA 3HL7A 1JLUE 5F1ZA 5HKMA 1Q8WA 4PMTA 3VS4A 4G5JA 4K2RA 3BU5A 4DGNA 2BMCA 4NFNA 2GNJA 4ACGA 3D5UA 1TQPA 3VS5A 3WZUA 4DH7A 3UTOA 4MNEA 2O0UA 5D7VA 3LFSA 3WE8A 1CKIA 5IEXA 4HNFA 5FEEA 2BDFA 3DY7A 2CN5A 3MDYA 1Y8YA 3BCEA 2WTDA 1W82A 2YFXA 3R02A 3DK6A 3Q5IA 3R9HA 4C38A 4F9WA 2GQSA 4F65A 5HOAA 4LRKA 4BZNA 2FGIA 2PVHA 3UIXA 4ASXA 3C9WA 2X81A 4YO6A 3VBYA 2QR7A 3KB7A 2OW3A 2WB8A 3S95A 3O50A 4YBJA 4DTBA 1E1VA 4M15A 4AGDA 2C4GA 3NRMA 3MTFA 4BWPA 3F2RA 5GZ8A 4MWHA 3PWDA 3PXRA 4X2KA 3WZDA 2VUWA 1BKXA 5TF9A 3VHEA 4C34A 2CNUA 5AUZA 1IG1A 5E1SA 1WCCA 1UA2A 2ZM3A 5JSMA 3U55A 1REKA 2I1MA 3I79A 3TNPC 5J9LA 2VGPA 2X6EA 1ZYLA 2X8EA 4NW5A 1J91A 4E1ZA 3MSSA 4DT8A 2VGOA 2GU8A 3HYHA 2HELA 5DBXA 2R4BA 4FSRA 3PP0A 2ZAZA 4I24A 3RALA 4ANBA 4L6QA 3E7VA 2J9MA 4FV1A 1RJBA 1ZZ2A 1OITA 3ZBFA 4EH3A 4ZZOA 5L6OA 5BPYA 4KINA 4MXYA 4F70A 4N6ZA 4Y72A 1ZAOA 5KMIA 1GOLA 4W4WA 2CN8A 3PXQA 2HW7A 3K5UA 3OUKA 2GHMA 5CSVA 4OTIA 5EI8A 5LWMA 3FPMA 3MB6A 3QA0A 1REJA 2HIWA 4YBKA 3V5QA 4DAWA 2EXEA 1XBCA 3KRXA 3WYYA 3P7AA 1PXKA 1ZYCA 4NUSA 4WNPA 5IQAA 5LMBA 3Q2JA 2C3IB 3U87A 5BVNA 3QUDA 4IVAA 2XK8A 5AP5A 2G01A 2X2LA 3F88A 5LMAA 3UVQA 3BX5A 2ETKA 4M0ZA 5FDXA 3VUGA 1QPJA 4QMLA 2PUNA 3A4PA 3PXKA 4R3RA 4XHKB 5EDQA 5CSPA 3RPRA 1BLXA 2DWBA 5EOBA 2P2HA 4M12A 3GC0A 2ZB0A 2C6KA 5CANA 3OHTA 2WOUA 5IH4A 2YZAA 4G6OA 2PUUA 4FG8A 4A9UA 4YLLA 4GVAA 4ITJA 4CFUA 4QMNA 3TZ8A 3GCUA 5I4NA 3EQDA 5JQ8A 3LCDA 2E9PA 3U51A 4KSPA 3FI4A 2FO0A 4R1YA 3ZZEA 3B8QA 3TUDA 4AOIA 4C0TA 3ZXZA 3ZUUA 1YWVA 3U54A 5KMKA 2BRMA 4Y8DA 3RMFA 3OG7A 4F7JA 3DPKA 4OT6A 4CXAA 5FUTA 1JBPE 5A4EA 3UIBA 4O0VA 5JMSA 2ERZE 1U46A 3FEGA 4L01A 2WNTA 3DJ5A 5F20A 3HVCA 5ETIA 3Q2MA 5I9YA 3QCQA 4LMNA 2YDIA 2OF4A 3NEWA 4W9WA 5IDPA 3SA0A 4FA2A 4EJ7A 4D2VA 5IPJA 4LOQA 2IVUA 4QNYA 3ZO3A 5CS6A 1OUYA 5IQIA 1LEZA 2UV2A 4Q9SA 4YURA 3F5UA 2WTVA 3RBWA 5M53A 4UZHA 3DU8A 4IQ6A 3AT3A 3BU6A 4G34A 2WELA 3ORZA 4MX9A 3BWFA 3C4XA 5DRDA 5EM6A 5I9VA 1OIYA 4IADA 4ASEA 3R8UA 2CLXA 2HWOA 3PZHA 4JQEA 4ENYA 3QTSA 2XCKA 5D10A 5FTOA 2H96A 3CD3A 2ZOQA 4NTSA 3HZTA 3G9LX 3KC3A 1IAJA 2J5EA 1KE9A 3HRFA 4MQ1A 4OUCA 5J95A 5J1VA 5FGKA 1U5QA 1OL1A 4C37A 2GFSA 1OVEA 3IDBA 4RVKA 4BWKA 2BTSA 4ORKA 3NUUA 4ZK5A 4DLJA 4X3JA 3GEQA 1V0OA 3V3VA 2CMWA 2VRXA 4YSJA 4KKEA 1A48A 3UVPA 5EHOA 1PF8A 4Y73A 2XF0A 3AC8A 4LOOA 3PJCA 3TACA 4B9DA 3FZPA 3ZZWA 4LM5A 4F1TA 1OIUA 3GB2A 5CENA 3DFCB 5IF1A 4N57A 2XIXA 3QFVA 4QYYA 4FV8A 4GFGA 2RF9A 2XIRA 2X39A 3K54A 4CMOA 3BE9A 1YXUA 4CKIA 4FX3A 3KXMA 3ORNA 3TL8A 3DK7A 4GYGA 3DS6A 1ZOGA 4K0YA 5L8JA 2YDKA 1EH4A 2XP2A 4FKTA 4UMQA 3KMUA 3VNTA 5A4CA 3PTGA 3CLYA 3WILA 4S30A 3LZBA 1M17A 5HIEA 2C5NA 4FKSA 4RC2A 4RPVA 4ZOGA 3ZDIA 4BCQA 4M14A 5FWKK 4XEYA 4IJ9A 2C5VA 4DBXA 4G3DA 4TWPA 1KE5A 2IZRA 1E1XA 3MS9A 3KULB 4WBBB 4BTJA 3DB6A 5D11A 4DH5A 4ERWA 2VTSA 1RE8A 4JIKA 3ZLWA 4D2RA 4EK6A 1HCKA 5IMXA 4PL4A 2C47A 4MVFA 4BC6A 3A7JA 3P1AA 4A4OA 2H8HA 4B8MA 4F9CA 1CTPE 2YITA 3B2WA 3ACJA 3FHRA 4FIIA 3SW4A 1OM1A 2W1ZA 4O21A 1YI3A 1Z9XA 2ITYA 4FIEA 2I6LA 3BYSA 4OTFA 4PPBA 3QD3A 3RCDA 3W2RA 3ODZX 4L7FA 3ZM9A 3QALE 4DINA 1YI6A 2PYWA 2XEYA 3VN9A 3AMAA 4ENXA 5AADA 4YJQA 3TKUA 4U5JA 4KD1A 3PJ3A 1L3RE 2AC3A 2QONA 2ZJWA 4AE6A 4QMUA 3CGOA 4FOBA 5HG8A 5CASA 4E8AA 4HYSA 4YHFA 4FL1A 3BV2A 4EOOA 1SNXA 3LXKA 5EYKA 3HEGA 4O82A 4FKOA 4EUUA 4Q2AA 1GAGA 2XBAA 3DLSA 4O6EA 5AM6A 4H39A 2CHLA 3NMUF 3FY0A 4RVLA 2IVSA 3A2CA 5KBRA 3UNZA 3WZEA 1NA7A 3VQUA 5CZIA 2F2UA 3KKVA 4I21A 4BFMA 5AWMA 4R7HA 3H0YA 4RJ7A 4X21A 2X6DA 5DT4A 1WBSA 3W2QA 1UV5A 3ZFXA 5BUIA 1SVEA 4FTIA 4GW8A 2W99B 2H9VA 2OH4A 4ZLYA 2B1PA 3MFSA 3QXPA 5AR8A 3AD4A 2RFEA 4EUTA 4HZSA 2W9ZB 1F0QA 2HW6A 4WSYA 3UOJA 3RK5A 3FY2A 4S33A 4DLIA 1SM2A 4DN5A 1OBDA 3V5PA 4BB4A 1M52A 2VZ6A 3MYGA 4C2WA 2J0KA 5CF5A 2F7XE 4MXAA 4JNWA 5AA9A 4U81A 5L2IA 2YWVA 4DTKA 4FBXA 3RPYA 4O0SA 4EHVA 5AAGA 2XKEA 2ITXA 4RIWA 2RG5A 2OIDA 4X3FC 3PJ8A 5EQYA 3CPCA 2YCRA 2Y6OA 3OCGA 4YJRA 3KY2A 4XMOA 4UB7A 2OG8A 3KRWA 4Y5HA 3UOHA 4BTKA 2PMNX 3PIZA 3VUHA 3Q32A 2G2FA 4B6LA 4RLLA 4YSMA 3RZBA 4ANOA 4G3CA 4BZOA 2FUMA 3FYJX 4L8MA 3I0OA 4PQNA 2R3KA 2WIHA 4J96A 3UMXA 3Q4CA 3SLSA 3QRIA 4V0GB 2NRUA 1H01A 2YM8A 2XK4A 3NZ0A 4FV6A 4I4EA 4BR3A 3RK9A 4KWPA 1KE6A 5AR4A 4C4GA 4IX6A 3D14A 4DFUA 1Q5KA 2A0CX 1YXSA 3LXLA 4HCUA 4A07A 3BGPA 2UW5A 4DH3A 4RIYA 2RGPA 2DYLA 3HA8A 4O7SA 5CEKA 5M55A 3AT4A 4R3PA 1O9UA 1PXOA 3DGKA 4BYIA 4WG4A 4FZ7A 3NVKI 4EH7A 4BDJA 4KRCA 4DHFA 3FPQA 4ARKA 3AC5A 5HE2A 3WI6A 5LMKA 2GNGA 3TDVA 5ANGA 2ITUA 5I3RA 1TQIA 3DNDA 3F5PA 4ZTRA 1JKLA 2WKMA 4RFYA 2QOHA 5DMZA 4I92A 2YCFA 4LMUA 1ERKA 5AV1A 3PSBA 5G6VA 2HOGA 4DC2A 4A4LA 2VWXA 3S00A 3N4UA 2W0JA 3KK8A 4QYGA 4HGTA 4OBPA 3QZIA 2IZUA 2Y7JA 3U6IA 3OUNB 2YM5A 3O2MA 3POOA 5B2LA 5DT3A 5FBOA 3N4TA 3G15A 4GSBA 4QMYA 1UU7A 3MIYA 4E7WA 3G0EA 3T8OA 5CNNA 2J0LA 2XKFA 3TV7A 2QO9A 2OICA 3F3VA 1WVXA 2P3GX 4RJ3A 3FYKX 4QOXA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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