4RQVA

Crystal structure of pdk1 in complex with atp and the pif-pocket ligand rs2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
289
structure length
288
Chain Sequence
PPQPRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQARANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small-molecule mimic of a peptide docking motif inhibits the protein kinase PDK1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
total genus 86
structure length 288
sequence length 289
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2014-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4rqvA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4rqvA01
1UWHA 3ZRLA 5DGZA 4NTSA 4YJUA 2BRGA 4D4VA 1BI8A 1YI3A 4FKUA 4RA5A 5I9YA 4XBUA 4JDJA 5H9BA 3TTIA 3OOMA 3V6SA 4LOPA 1GZNA 2WGJA 4LQMA 4RFMA 1Q5KA 1XH9A 2BR1A 3NEWA 4DG0E 2XK6A 4UB7A 3MH0A 3Q60A 3G2FA 2B54A 3BELA 4XG4A 2XYNA 3EQIA 3GC0A 4MH7A 1H25A 1R0PA 2VWZA 2XNMA 3ZO4A 5HD4A 4KBCA 3COHA 5CSXA 3QX2A 3L1SA 3UMXA 5JGDA 4CCBA 3R83A 2XNBA 3EWHA 5BVWA 4PPCA 2Y4PA 4JBPA 5L8JA 3W2RA 3OTVA 3EQDA 3ORLA 4MXAA 3CKWA 3O8UA 3AD5A 3TNIA 3DBCA 4DH7A 2YIQA 2GNLA 1NY3A 4EC8A 3QCQA 3HV7A 1ZYCA 2G1TA 4EHZA 5AUUA 4I6BA 2NO3A 4BDAA 1AGWA 4DBNA 3FI3A 3KRRA 3FL5A 3Q5IA 4C38A 3MBLA 3OBJA 3WE4A 3NGAA 4WD5A 3D15A 2XUUA 3RNIA 4H05A 3O23A 3R7OA 2F4JA 4LUEA 4KIOA 3FPMA 4RQVA 4FZDB 2J7TA 4GU6A 4OBPA 2C3LA 4QMLA 5KKRB 2C5XA 1PYEA 4YBJA 3FQHA 4QQCA 3VS7A 3JYAA 5CTPA 3C51A 4D4SA 4XBRA 1Q3WA 3KXGA 4I92A 1Q62A 1DI8A 4FSMA 4BZOA 3QRUA 2XJ1A 2FYSA 5EOBA 2OIQA 3JR1A 2ACXA 2XCHA 2ETMA 5GJDA 3SG8A 5E9EA 2PPQA 2QNJA 4HGSA 1YWNA 4FT5A 4C62A 5LVPA 1BYGA 2E9UA 5FDPA 5C8NA 3FKOA 1SVEA 1G5SA 3BYVA 2IZUA 3W18A 4M7IA 3QTUA 3R9RA 5M09A 3FL4A 4Y46A 4ZEGA 2B53A 5K9IA 5KCVA 3MTLA 4FTOA 4L7SA 1REKA 4M12A 4D2RA 3KEXA 2UZTA 4M13A 4IANA 4JS8A 2VV9A 1U54B 4RLLA 3F61A 4USDA 4F08A 4NYEA 4JIKA 3AD4A 1UNLA 4GYGA 5E4HA 2OF2A 4EWHA 2XK8A 4AZEA 5KMNA 3H9FA 3EOCA 3QGWA 3QC9A 3WARA 4O7ZA 2OO8X 2OG8A 3OD6X 2W06A 2PL0A 4ZTQA 2W9FB 3NNVA 4FG8A 3ZONA 1MRYA 3Q4TA 4FTMA 4ZAUA 4HYIA 3FLYA 3FZ1A 2EVAA 5ICPA 3R8VA 1JKLA 4MK0A 5CVFA 5B0XA 3HMMA 5HHWA 4IFGA 2C0OA 3OT3A 2WOUA 3LJ2A 2HENA 2WZJA 3I6WA 2AC5A 4YC3A 4K77A 3OCSA 1UU7A 3M11A 1O9UA 3NIEA 4RC2A 5BVEA 3V5QA 2PVLA 4F9AA 5JFXA 3R30A 1CSNA 2OXXA 4PP7A 2QOIA 3GQLA 4HVIA 2YWVA 3C5UA 1LR4A 3KXXA 3RAKA 4FKJA 1OL5A 2ZMCA 2FO0A 5H8EA 4QPMA 2QG5A 4RX7A 3V8TA 5C8KA 1UNGA 3LFFA 1HCLA 5DFPA 2YERA 1WBNA 4NFMA 3EFLA 1Q8UA 1KE6A 1WMKA 2R4BA 3F82A 4WUAA 2E9OA 4FNWA 3F5UA 3FMMA 4UMTA 3MB6A 1WAKA 2WPAA 3OXTA 4FKLA 1U54A 3VF8A 4R7HA 3GCVA 3MPMA 5IH4A 1U5RA 3SRVB 4TY1A 4QMMA 1KE7A 2XA4A 3UDBA 2BIKB 3AT3A 3IW8A 3UYTA 4EKLA 2XH5A 5ITAA 1PYXA 3HA6A 1OGUA 3A7FA 3OXIA 4EORA 3Q3BA 5HVJA 3EFJA 1BI7A 3EHAA 2GPHA 4FVRA 4CKRA 5IDPA 2VTHA 5L2IA 3QRIA 4TL0A 4DC2A 3DXQA 1PMVA 4RLKA 4Y73A 2OH4A 1IA8A 4O0XA 5IQCA 2PZIA 3BU3A 3LQ3A 4GU9A 2R0UA 2GNIA 4G17A 4PNIA 3C4XA 4R1YA 2W99B 4M0YA 4FE2A 2JKMA 3RAHA 2ZB1A 5L6PA 3IOPA 3O71A 2GNJA 5HG9A 4PDYA 2WKMA 4C34A 3FI8A 1ZRZA 4UBAA 2G2HA 2O65A 3NX8A 2JFLA 4JDIA 5CVGA 4FKVA 2BAKA 5ANOA 2REIA 3IONA 4FG9A 4YHFA 5GHVA 3QF9A 1H00A 3NIZA 5FLFA 5KMMA 4FTJA 4L3JA 2RSVA 3WILA 4FTTA 4D9UA 4L52A 4RIXB 2NRYA 3GUBA 3FC1X 5FP6A 4LUDA 3SDJA 4MD7E 3HVCA 4GVAA 2CSNA 3D5VA 1B39A 4KRCA 3GOKA 3NCGA 4Y95A 4LGHA 4NM0A 2PYWA 5DNRA 2V55A 2VTNA 3KRXA 4NK9A 4U7ZA 1Q99A 2W1IA 5H3QA 5D9HA 3MN3A 2WTDA 4HGLA 4QYEA 2JDVA 1Q3DA 3MV5A 4FV7A 4FG7A 3KXNA 4AGWA 2O63A 3GEQA 2QOCA 3NR9A 3TIZA 2R3PA 2WD1A 4X0MA 4ZIMA 3RPOA 5M4UA 4C33A 3WF5A 4UYAA 2ETKA 3MA6A 4IB1A 4A9TA 3ZM9A 5DT0A 3L8VA 5J87A 1DM2A 4FTQA 2ITQA 3VQHA 4JX7A 5IA2A 4OLIA 3OW4A 4RX5A 3PVWA 4KUJA 3QZFA 3K3IA 4O0SA 2WO6A 4QQ5A 3VHEA 4FZ7A 4IB0A 4U5JA 3PLAE 3SOAA 5J5SA 2XK4A 3VBYA 2NP8A 4U3ZA 1LEZA 4FKOA 3A7GA 1S9JA 3V8SA 4DEBA 4FYOA 1W82A 5DPVA 1WVWA 4E4XA 3DZOA 3AC1A 1CM8A 3OWKA 4F7NA 2Z7RA 5T6KA 4BDJA 3G9LX 3H10A 2IG7A 2B9HA 4RIWB 4BWPA 5TF9A 3PXQA 5CXZA 3RPRA 2JDSA 4EH8A 3UC3A 5FUTA 3PA5A 4IX4A 5LMKC 5BYZA 3HGKA 4K11A 1OI9A 4APPA 1FVRA 5K0KA 3MJ2A 3KXHA 4AOTA 3TUBA 1ZMVA 2YIXA 3WF7A 3HAVA 2OGVA 2PVRA 4HYSA 4WRGA 2UZBA 4C4EA 3M42A 1GNGA 2P2HA 2W1GA 4FL3A 4H39A 4IVBA 2C6LA 3FMJA 2BMCA 3VBWA 4E6QA 2Z02A 3ACJA 4A9YA 4CMUA 4ZJVA 3F2RA 4I5MA 1XBAA 2V62A 4CZUA 3G15A 3AC3A 2ITPA 4PMPA 3QQKA 1G8SA 3PIYA 4GG7A 3ANRA 5FBNC 4X2FA 2VAGA 4HVHA 4DBXA 4NIFA 4BGHA 4JI9A 2QVSE 1K3AA 1OPLA 4ASEA 4QMWA 2WTIA 4QNYA 3UC4A 4OBOA 5EM5A 5ACKA 3BGPA 4YHJA 5AP2A 5C4KA 1A48A 1ZAOA 3ACKA 1YXXA 3C7QA 3C50A 3KA0A 4DFUA 2C6OA 2PE0A 5AUVA 3VUMA 3C9WA 2X8IA 2CNUA 2F2UA 3BQCA 4BCJA 3UGCA 2QOHA 4FNZA 2VWYA 4GRBA 4RWJA 5BPYA 1F0QA 4EH6A 5DT3A 2WQNA 3CY3A 1H08A 3FYKX 4IAIA 3G33A 3ODYX 5HOAA 4AW2A 4BCMA 1NW1A 3QA0A 4O21A 5M51A 5AAFA 4JL9A 5HICA 1UKHA 5B2KA 3VULA 4F7SA 3D5XA 4IH8A 4BZNA 3IQ7A 4BICA 4FTIA 3DTCA 2F57A 1H07A 3LQ5A 3ELJA 4R1VA 3R21A 1KOAA 5FTOA 5LWNA 5EQEA 3E3PA 3LXKA 3R1SA 3D7TB 2QQ7A 4GEOA 4NCTA 4MKCA 4WRSA 3LOKA 5EM6A 1ZY5A 4FGRA 1KV2A 5J9ZA 3UJGA 5IUIA 2CLXA 4XOYA 1JSTA 2PUNA 1PMUA 4BKYA 3OC1A 3QTZA 1PKGA 5F94A 4EH3A 3ZUUA 5BYYA 3DQXA 4OTFA 4ACMA 2HIWA 2HZNA 3PJCA 2J6MA 5K3YA 3VAPA 4EQUA 4YZ9A 4A7CA 3PLSA 2QOFA 3DAJA 3G51A 4XHKB 2XCKA 3UG1A 2YM8A 3KK9A 5F20A 4E6AA 3DLSA 4FTNA 1M52A 4FKPA 5HIDA 5L4QA 4IX3A 3PRFA 4EK8A 2VNYA 5A14A 4IAZA 3RPSA 5J7BA 2HWPA 5EG3A 3UOLA 1QPDA 2FVDA 1YOJA 2PZYA 2YISA 4I0SA 4GT5A 4NKAA 4WKQA 1MQBA 5E8YA 5IA5A 3ITZA 4FV4A 3U51A 4XG7A 4A4LA 4PPBA 4O2ZA 5DHJA 3VW6A 3KKVA 3SLSA 3WIKA 2WU6A 5J5TA 1SMHA 4LRJA 3MSSA 3HMIA 2WTCA 3QWJA 3POOA 3HMOA 4XP2A 2IWIA 2VTJA 4AG8A 3F3ZA 4A9RA 4DEAA 4JNWA 2ZDTA 5H8GA 3NVKI 2V7OA 4TRLA 3E63A 4DINA 4CKJA 4PF4A 5JKGA 3OUNB 2XJ2A 3H9RA 4C57A 4JRNA 3QTQA 3W8LA 4F64A 4DGMA 2V5QA 3DAKA 4J52A 5EM8A 1XBBA 4EH9A 3TT0A 2VTSA 4DEGA 4IM3A 5ETIA 3FMNA 3ZO1A 1UV5A 1W83A 3IKAA 3NYVA 4OTIA 4DTKA 4BDHA 3ORMA 4JG6A 3FSKA 4W4XA 5C8MA 5CU4A 3FI4A 2BPMA 2QLQA 3LMIA 1W7HA 3CJFA 1WZYA 3S00A 2X7OA 1KUTA 1P5EA 4H1JA 5ANJA 3FXXA 3PY3A 2CN5A 2GQGA 2JKOA 3CJGA 3IG7A 3DY7A 4RG0A 3T3VA 4F1OA 4D0XA 4DFLA 2UW6A 2VTTA 4G3CA 2HAKA 1STCE 1YXTA 3AGMA 3R8LA 4JR7A 3RAIA 1IAJA 3NUNA 3VRZA 4JAIA 4DH8A 3F3TA 4BCNA 3RKBA 3CCNA 3LXLA 5FG8A 4GG5A 4E20A 4JRVA 4XV2A 3PWDA 5CENA 1UWJA 3PDTA 1Y8YA 4OTWA 5HTBA 5M07A 3HEGA 4EI4A 2DYLA 4EK6A 1UA2A 5CEIA 3II5A 3CBLA 3H4JA 2A27A 3P78A 4YLJA 2X4FA 4RFZA 5AV2A 3A99A 4M84A 3IW5A 4RC3A 4AW1A 3E5AA 2XNEA 4C2WA 4ZXTA 4MXCA 4WNMA 4V01A 2IVUA 4EBWA 4E3CA 1XH4A 4JVGA 1O6LA 3BHYA 2X6DA 2IW6A 2VO6A 3QRJA 1FQ1B 1OIYA 2W1ZA 4KIPA 5D11A 2BIYA 5JRQA 4L6QA 3WZJA 4EBVA 3OBGA 2J50A 3F88A 2O5KA 4IVDA 3G6HA 2JLDA 4QRCA 2BKKA 2UZOA 3HRCA 1F5QA 3QA8A 1YOMA 3TTJA 4ALWA 4BKZA 4E5AX 5HTIA 3QC4A 4A07A 1O6YA 2XNPA 3MA3A 2Y0AA 3EL8A 3HMPA 3N51A 3VS1A 3Q5ZA 3QYZA 2QONA 4MNFA 3QWKA 3HDMA 3QGYA 2W4OA 3PXKA 3PG1A 3L9PA 4JX3A 1OVEA 5IMEA 3JVSA 4ANSA 4GIHA 4E1ZA 2J9MA 1B38A 4Z9LA 3UBDA 3CQWA 3CGFA 5H8BA 2R3RA 3IW6A 4ERWA 2W5HA 4IWPA 4IAFA 4B99A 3V5TA 3UIBA 1BX6A 2QC6A 4R8QA 3S0OA 3CQUA 4U6RA 4AFJA 3MFSA 2HK5A 2XBAA 2OW3A 4CFUA 2UZDA 4J98A 5L2QA 4ZSGA 2GFCA 4D4RA 2XNNA 4G31A 4EOPA 1IG1A 3GC9A 5A4LA 2GS7A 4CTCA 2GQSA 4FUYA 3TV6A 3ZUVA 2BRNA 2VTMA 5AWMA 4O7SA 1GIHA 4TYEA 4IFCA 4PDOA 3D9VA 3MGYA 5EW3A 4FA2A 5EDRA 3ATSA 3WI6A 3JY9A 3U55A 2WTKB 3EN9A 3KRLA 4ERKA 3MFUA 4F7JA 3GT8A 1CKIA 2WQMA 4JG8A 3VUIA 1R1WA 4HZRA 3KU2A 4A4OA 3G9NA 4WG3A 4IB3A 4C7TA 4DGOA 4Z7GA 2CGXA 2GNFA 3WIGA 4HGTA 4J99A 4GVJA 4D2SA 4WA9A 4IXPA 4F0GA 1CKPA 2VZ6A 3BE2A 3DFAA 3QQGA 4GIIA 2GHGA 4HGEA 3R1NA 4GYIA 4N6YA 3TNPC 4AZVA 4DEEA 3AMAA 4YZCA 4KA3A 3OZ6A 4I23A 2YLEA 4RBLA 5K4JA 2XZSA 3IW7A 1ZLTA 4GFGA 4EKKA 3NLBA 5J8IA 2R5TA 2GHLA 4A9SA 4AACA 4IACA 3ZTXA 3OEFX 4LFIA 4RIOA 5HVKA 5EYKA 5JGAA 2YJRA 4DE4A 3AGLA 5HG5A 3UIMA 2BALA 2OIBA 3IOKA 4GJ2A 3BYSA 3B2TA 1WVXA 3QTXA 4HW7A 2R3NA 3QZIA 5GZ9A 1H1PA 5AIKA 2EXMA 4FTUA 5FXSA 1H28A 3O7LD 1OKYA 3ENMA 5DI1A 3OROA 4FT7A 3KF4A 3MTFA 4QTAA 4BDEA 2CJMA 4TN6A 3U9NA 4BWKA 3I79A 4GUEA 4ZZNA 4DF3A 4MAOA 3EB0A 3NUSA 2JFMA 5G6VA 3MVHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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