5DVR | Genus

Total Genus 117

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	464
structure length	386
Chain Sequence	TAIFSDRYKGQRVLGKGSFGEVILCKDKITGQECAVKVISKVKQKTDKESLLREVQLLKQLDHPNIMKLYEFFEDKGYFYLVGEVYTGGELFDEIISRKRFSEVDAARIIRQVLSGITYMHKNKIVHRDLKPENLLLESKSKDANIRIIDFGLSTHFEAKKMKDKIGTAYYIAPEVLHGTYDEKCDVWSTGVILYILLSGCPPFNGANEYDILKKVEKGKYTFELPQWKKVSESAKDLIRKMLTYVPSMRISARDALDHEWIQTYPSLDNAILNIRQFQGTQKLAQAALLYMGSKLTSETKELEHEVDVAMDRKTLLSRERLERAFRMFDSDNSGKISSTELATIFGVSDVDSETWKSVLSEVDKNNDGEVDFDEFQQMLLKLCGN

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9423009833016076__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9423009833016076__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5DVR/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9423009833016076__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9423009833016076","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5DVR/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9423009833016076__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Toxoplasma gondii
publication title	Crystal Structure of TgCDPK1 From Toxoplasma Gondii complexed with GW780159X rcsb
molecule keywords	Calmodulin-domain protein kinase 1
total genus	117
structure length	386
sequence length	464
ec nomenclature
pdb deposition date	2015-09-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain
A	PF13405	EF-hand_6	EF-hand domain
A	PF13499	EF-hand_7	EF-hand domain pair

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	5dvrA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	5dvrA01

2BDFA 4EC9A 4U7ZA 2IVUA 3W2PA 3QAME 3R00A 3S00A 4PP9A 2PVFA 4F65A 1PKDA 4XV3A 4HPUE 4C2VA 2IZRA 4DA5A 3IDPA 4EOOA 1W83A 4F7JA 3QQHA 3QQKA 3FMMA 2B55A 3O23A 1ZMWA 1OGUA 4B4LA 2QVSE 3A8WA 5CT0A 3UQCA 3A2CA 1P4FA 2ITTA 5GIOE 4V04A 2PVNA 1NVQA 5K9IA 3GCPA 1PXMA 2GS6A 3KULA 4FIGA 3EIDA 1V0BA 2XK3A 5T6KA 4K11A 3WF7A 4DT8A 4X3FA 3Q32A 5CANA 3F5UA 2NRUA 5DEWA 2JIVA 5KX8A 4E8AA 5LCJA 3Q6UA 3C50A 4CRLA 2X8IA 2J0IA 2CLXA 5GIPE 1Q8TA 3QKLA 2CMWA 4IE9A 4J1RA 4JIKA 4MQ1A 5F94A 4YPDA 5DI1A 4Z9LA 4XS2A 3R0TA 3GU5A 5HBEA 4JQEA 5IF1A 5EOLA 4EORA 3HL7A 2XM8A 4XG6A 2OU7A 2FVDA 3UP7A 1Y8GA 4L53A 4KD1A 4ZK5A 4L7SA 4DFYA 4G31A 5LVOA 4U3YA 3TZMA 3U8WA 4IC8A 1ZLTA 3OCTA 2E9VA 3Q3BA 4BDBA 4BIDA 3IOKA 3HYHA 2HELA 2WMVA 1H07A 3BYOA 3DB6A 3OMVA 2R3PA 2W1CA 4UN0C 4RJ7A 2RFNA 3I7CA 4BTMA 4BDFA 2WU6A 2YLEA 4GK3A 2BROA 3EFKA 3EYGA 1OIRA 3QRUA 4LUEA 4JG6A 1IA8A 4ZY5A 2Y4IB 3MJ1A 3QD0A 4ZSJA 3RWQA 4GUEA 5F95A 3G9NA 4EOJA 3ATTA 3G33A 2RFSA 2UZLA 4EZ7A 1VYZA 3DXNA 3KRWA 2AUHA 3FQEA 3EQCA 5FTQA 5I9YA 1NXKA 4ZZNA 1F0QA 2GNFA 4FSZA 3V6RA 2OW3A 2CNQA 3MY0A 4MK0A 2R3RA 5FBOA 4QRCA 3UO5A 1BL6A 4JJRA 5ACBC 4HNFA 4BCKA 4QMMA 4S34A 2B0QA 3RPRA 3TJDA 2O65A 4I22A 3CKWA 4QP9A 2G9XA 4XEYA 3RCDA 3NGAA 3KB7A 1WAKA 3HAVA 1H1WA 1OKYA 3OVVA 2QNJA 4ASXA 5H9BA 4RGJA 4FIIA 3BLHA 3O17A 3PJ3A 3TDVA 2XJ0A 3IQ7A 4FGBA 1W0XC 3DKFA 3DQWA 3EYHA 5ETAA 2Z7RA 1KWPA 3R9RA 3MB6A 4O27B 4O7VA 2F7EE 4GW8A 3QTXA 3RCJA 4YJUA 4KRCA 4CKIA 3QRJA 5HESA 2OJIA 1BX6A 3COMA 4DN5A 3NIZA 4K18A 1JKKA 4L9IA 4LRMA 4IZYA 4C33A 2J4ZA 3BU5A 3DAEA 3NUNA 3QC9A 4OLIA 4Y83A 5HO8A 4EYJA 4F9WA 3POOA 2VTOA 3EH9A 3P7CA 1IASA 2WO6A 5HX6A 4KSPA 3IW8A 3WIGA 3PYYA 1WBOA 4Y5HA 4TW9A 3ZRKA 3LKMA 2UZWE 3P9JA 5E8UA 5CAPA 1B38A 4ITIA 4YJPA 1V0PA 2W4KA 1APME 4XBRA 4IX4A 2OKRA 4DT9A 3IW6A 3MFUA 3AD4A 4F08A 3OTUA 1H0WA 3DT1A 4X2JA 4ITJA 2OF2A 4QP3A 1Y6BA 1ZRZA 4YGAA 3TUCA 2XYNA 5M09A 4FR4A 1YDTE 4UY9A 5AJQA 5AX9A 1Q3WA 3BU3A 4XJ0A 4ERWA 3R01A 3PVUA 4PPAA 3U4WA 5C9CA 5LOHA 5A9UA 1PYEA 4G2FA 3OHTA 4YU2A 4C61A 4R3PA 3OEFX 5CAQA 4RC2A 2OG8A 4EH9A 3LCSA 3OBGA 3VUKA 5ICPA 4PP7A 5JSMA 1KE5A 5CEIA 4D2PA 3CE3A 4KBKA 2PUPA 4ALWA 4CKJA 2PHKA 5M55A 4FKRA 3LFSA 4AXAA 3HAMA 3F66A 3MVHA 1OPKA 4PTEA 2W1GA 3W16A 5BX0A 4A07A 1OPLA 4CQGA 4ZXTA 2BRMA 5AA8A 4HJOA 3OBJA 2B52A 4GRBA 4I0TA 1R3CA 2VWBA 4AS0A 3NSZA 4KUJA 3FHRA 4FIFA 2UW3A 2ETMA 2HZIA 2VTLA 4G5JA 2BRGA 4OBQA 2YDJA 5J7BA 5ANIA 3ORXA 4TPTA 4JT3A 2P3GX 3RJCA 2J2IB 2FSTX 1BUHA 1TKIA 5AP6A 4H05A 2C1AA 3GI3A 3LIJA 3PA3A 5J9YA 4U9AA 1H08A 2BRHA 2VUWA 1URCA 2V7AA 1GZNA 3FLNC 4LRKA 3R73A 3ZH8A 4BL1A 4CTCA 3NAYA 1WVXA 5J95A 4FBXA 4JS8A 4AGWA 3U6HA 3QD3A 5ETCA 4JXFA 5IUHA 4U44A 2XB7A 4EOKA 1VZOA 3VBVA 4GG5A 2CPKE 1YXVA 4I4EA 3QTIA 3VJOA 3TUDA 4MX9A 4HYSA 2VO0A 2GTMA 1SVGA 3GOKA 4YNOA 3FC2A 4D0WA 3QHWA 4OTRA 3D2IA 4CKRA 1FVVA 3PIXA 4J98A 5BYLA 4PWNA 4BY9E 2OLCA 2BAQA 3HMOA 3T9TA 3Q53A 2IN6A 2VD5A 5CZIA 3MIAA 1PXJA 1M17A 2JDSA 4DEHA 3PPKA 2W99B 4EJNA 3MYGA 1YXXA 2GNGA 3Q4TA 4F0GA 4LV8A 4R78A 3NZ0A 2UZEA 5FTGA 4FTKA 4EI4A 2VWVA 5EG3A 5BYYA 2X7FA 3P86A 3AMBA 4QP8A 1OIQA 2RG5A 3G6HA 4R5SA 3MVMA 2GCDA 3FLQA 3II5A 3P23A 5IUGA 1Z57A 3FBVA 4R1VA 3QRKA 4GU6A 4O0RA 3NW7A 4IC7A 3LAUA 4NJDA 1DI8A 3B2WA 4K2RA 2YA9A 4D2WA 5M08A 2BAJA 4H1JA 4FG7A 1FMKA 2HK5A 2ITYA 1YDSE 3E87A 3VF8A 4IB3A 3VS7A 5IA1A 4O7LA 5DEYA 4ASZA 3R02A 4FSMA 4JG8A 3P4KA 5FD2A 3MESA 5C03A 3KXXA 5HQ0A 4FTAA 2YM3A 3WF6A 2XKCA 3NCZA 3F3VA 5HE3A 2R7BA 5LMKC 5HIEA 3S0OA 3SRVA 2C0OA 3KRLA 1M14A 3PY0A 4OUCA 4FZDB 2QKWB 1SMHA 1OIUA 2PVYA 1CKIA 2BUJA 4IM2A 4KKEA 5DN3A 2BTSA 4U41A 4W4YA 4YO6A 4UX9A 2JDTA 2ZOQA 4C36A 4M3QA 3MSSA 3PE2A 3FZSA 2YM7A 3PIYA 3E3BX 1WBPA 4I6QA 5JEBA 5A54A 1W7HA 2UZUE 3DPKA 2XNNA 1M52A 3HMIA 2C47A 3R2YA 4GMYA 3QKKA 5D9HA 4CT2A 4EONA 3TTJA 3K3JA 3OFMA 4U80A 3T9IA 3VW8A 3O0GA 1PJKA 3IKAA 4L42A 3UC4A 4NU1A 3MS9A 2HZ0A 3R7YA 3SC1A 4E26A 4ZY4A 5J5TA 5KUPA 2O0UA 4DE4A 3VUTA 4E3CA 4BHZA 1GZOA 5E8WA 4MVFA 4EK5A 4I4FA 4BDCA 5FEDA 3MH0A 2WB8A 2CCHA 4J99A 4AN9A 2PUIA 4WG5A 2JFLA 5IQCA 3GUBA 3SLSA 2X2MA 4DBNA 2C6EA 4YZDA 2YIQA 4BYJA 3GCVA 3NAXA 3JVRA 5DT0A 5KMIA 1G8SA 1J7LA 5KMJA 3LM5A 5CXZA 4E7WA 5L2WA 3VBQA 2OJJA 3RZBA 1O6KA 2YCQA 3SXFA 2XCHA 2VO7A 2YCRA 5K0KA 3OUKA 2BAKA 3VBYA 4LMUA 4TNDA 3FLYA 3UIUA 1PMNA 3UVPA 3HZTA 3EFJA 3KXGA 3WYXA 5LXMA 4ITHA 2QLUA 4EH3A 4W8DA 4RA4A 4G5PA 3PZEA 2YM4A 4RWLA 1Q8YA 2OJFE 2JBPA 3FMHA 4ZY6A 3F3UA 5CU6A 2XZSA 4G9CA 3EOCA 5FXRA 3RTPA 2WQBA 2RFEA 3TZ8A 1DAYA 3KQ7A 4NIFB 4BCHA 3KRJA 2GQRA 4FTCA 2JLDA 3TV4A 4RX8A 2J0JA 2UZTA 2B7AA 2GNIA 3WIKA 4XUFA 4DBXA 4IX3A 5IH4A 2O8YA 2BVAA 4IZ5A 4ANLA 5HVKA 1REKA 2OH4A 4I5HA 2W17A 1H27A 2BZIB 2OIBA 2UV2A 5CEPA 2IWIA 1HOWA 4KSQA 5L2TA 3QTZA 4NCTA 3HMNA 3OD6X 1FVTA 3RI1A 4N0SA 3ANRA 3T3UA 4F1OA 3FPMA 2R64A 4BBEA 2C6OA 2R3FA 1PXNA 5FXSA 2QLQA 3QGWA 4EK4A 4FZAB 1PMEA 2YITA 5CX9A 3PP1A 3QQJA 4AA4A 2Y9QA 1H0VA 3OZ6A 1QPJA 2C5XA 3BQRA 1KV1A 3FC1X 3GC8A 2VWZA 5CYIA 3PXRA 5EYDA 3NLBA 3I81A 4PL5A 5CENA 2W4JA 4QMXA 3ZC5A 3JYAA 4RZVA 4NH1A 3GT8A 4D4RA 5E8XA 5DT3A 2JKOA 4I24A 4CMTA 3G9LX 4O0XA 4G3DA 4IVAA 4I94A 1S9IA 2R2PA 4CCBA 5AP2A 1PRYA 3H0YA 1P4OA 2ESMA 5DA3A 4IH8A 1OKWA 3E64A 3K3IA 2X7GA 2WTVA 3TNHA 3QYZA 3G0EA 4R1YA 4JQ8A 4O81A 4FICA 2I6LA 4DG2E 4IZAA 4EHVA 5DOSA 2JDVA 4LOOA 3QXPA 3O7LB 4U8ZA 5CF8A 4FTMA 5IU2A 4WNMA 3U55A 3TCPA 4CFXA 2G15A 3KF4A 3MFTA 4CG9A 2PMLX 3PPJA 4XCUA 1O6YA 4CD0A 2WTWA 3A7HA 5C26A 2O2UA 3R8VA 5JFXA 3DKGA 2WFYA 2WOTA 5AIKA 4K0YA 5FTOA 4BHNA 3C51A 3COKA 4AW0A 3DNDA 3OROA 5CEOA 1QPEA 2WPAA 1X8BA 4UWCA 3WE4A 1R78A 3PP0A 3ZSGA 4V05A 5HE1A 2YZLA 5H8GA 4D4SA 3MVLA 4JX3A 4EJ7A 3C4FA 3ODZX 3NWWA 5JGAA 4QTCA 5EYKA 2X1NA 1U4DA 2FO0A 2WMRA 2X7OA 3LFFA 4L8MA 5CZHA 5D1JA 2W5AA 4M14A 2X4FA 3BHVA 5HD4A 4L00A 3ZBFA 2QR8A 3BYVA 3EQRA 3FL5A 3GC7A 3OXIA 2UZOA 4IANA 2XVDA 2QOKA 3E7VA 4YZBA 2X4ZA 4KIPA 4ZSLA 2WELA 3E8DA 4JDKA 4WUAA 4O7RA 3I4BA 4FMQA 5FDPA 3R7EA 1PMUA 3R28A 4Y73A 3P5KA 3ZFXA 1GIIA 5HTIA 3M2WA 2HXLA 3UP2A 3V5PA 5F4NA 2BR1A 4E6AA 5E8SA 1M2RA 4NM5A 4AX8A 5DWRA 3SKCA 4EZ3A 3BRBA 4PDSA 3TACA 3BGZA 4JNWA 4PTCA 5IDPA 3H9RA 4Y85A 3RM6A 2LAVA 4UZHA 4CEGA 3HA6A 2F9GA 2ZM1A 3UOHA 1AD5A 4UXLA 3PLAE 4J52A 3SD0A 4HVGA 3D9VA 1YWNA 1OECA 2W5BA 4H39A 3DTCA 2XNMA 3KY2A 4U43A 1YI3A 4ZLOA 2W1EA 5GINE 4QMVA 5C27A 4ZIMA 4WRSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4AGC A;  4E6C A;  4I23 A;  3PFQ A;  3W0S A;  2UW9 A;  1Q62 A;  2CHL A;  4EYM A;  1Z9X A;  1YOL A;  3KK8 A;  4Y72 A;  4YPS A;  2VV9 A;  4L44 A;  3UIM A;  4JDJ A;  4ZP5 A;  4PMS A;  3SQQ A;  1XBA A;  5M57 A;  4AN3 A;  1JLU E;  4L3P A;  4FNY A;  4D58 A;  1EH4 A;  4FEX A;  4FIE A;  1LUF A;  5J8I A;  2C69 A;  2YCF A;  3QCS A;  3N4T A;  1Z5M A;  4QP7 A;  1OL1 A;  2XA4 A;  4QQJ A;  2XEY A;  4BIC A;  3R8U A;  2GDO A;  4FST A;  2F57 A;  4PY1 A;  4KRD A;  1CSN A;  4YJV A;  1OIY A;  1GNG A;  1ZZL A;  2A4L A;  2XK4 A;  3BE9 A;  4R7I A;  3LCT A;  2PUN A;  3RNY A;  4TWP A;  3C13 A;  3ORI A;  3FQH A;  2XAL A;  3IW5 A;  2WMX A;  2ZM3 A;  5I0B A;  4O84 A;  1Q4L A;  2GTN A;  3FI2 A;  2C30 A;  2VTR A;  3PDT A;  5A46 A;  1OVE A;  4NW6 A;  3A7I A;  2ZYB A;  4AA5 A;  1LEW A;  5HG9 A;  1CM8 A;  4C62 A;  2ONL A;  3PSD A;  1MUO A;  5HG8 A;  4IAY A;  4GUB A;  4BI0 A;  1XR1 A;  3FE3 A;  3KXZ A;  4BDA A;  2HEN A;  2GS7 A;  5F9E A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
 4F78 A;  2BDF A;  4EC9 A;  4U7Z A;  3W0M A;  2IVU A;  3W2P A;  3QAM E;  3R00 A;  3S00 A;  4PP9 A;  2PVF A;  4F65 A;  1PKD A;  4XV3 A;  4HPU E;  4C2V A;  2IZR A;  4DA5 A;  3IDP A;  4EOO A;  1W83 A;  4F7J A;  3QQH A;  3QQK A;  3FMM A;  2B55 A;  3O23 A;  1ZMW A;  1OGU A;  4B4L A;  2AEG A;  2QVS E;  3A8W A;  5CT0 A;  3UQC A;  3A2C A;  1P4F A;  2ITT A;  5GIO E;  4V04 A;  2PVN A;  1NVQ A;  5K9I A;  3GCP A;  1PXM A;  2GS6 A;  3KUL A;  4FIG A;  3W0Q A;  3EID A;  1V0B A;  2XK3 A;  5T6K A;  4K11 A;  3WF7 A;  4DT8 A;  4X3F A;  3Q32 A;  5CAN A;  3F5U A;  2NRU A;  5DEW A;  2JIV A;  5KX8 A;  4E8A A;  5LCJ A;  3Q6U A;  3C50 A;  4CRL A;  2X8I A;  2J0I A;  2CLX A;  5GIP E;  1Q8T A;  3QKL A;  2CMW A;  4IE9 A;  4J1R A;  4JIK A;  4MQ1 A;  5F94 A;  4YPD A;  5DI1 A;  4Z9L A;  4XS2 A;  3R0T A;  3GU5 A;  5HBE A;  4JQE A;  5IF1 A;  5EOL A;  4EOR A;  3HL7 A;  2XM8 A;  4XG6 A;  2OU7 A;  2FVD A;  3UP7 A;  1Y8G A;  4L53 A;  4KD1 A;  4ZK5 A;  4L7S A;  4DFY A;  4G31 A;  5LVO A;  4U3Y A;  3TZM A;  3U8W A;  4IC8 A;  1ZLT A; 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5DVRA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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