5DVRA

Crystal structure of tgcdpk1 from toxoplasma gondii complexed with gw780159x
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
464
structure length
386
Chain Sequence
TAIFSDRYKGQRVLGKGSFGEVILCKDKITGQECAVKVISKVKQKTDKESLLREVQLLKQLDHPNIMKLYEFFEDKGYFYLVGEVYTGGELFDEIISRKRFSEVDAARIIRQVLSGITYMHKNKIVHRDLKPENLLLESKSKDANIRIIDFGLSTHFEAKKMKDKIGTAYYIAPEVLHGTYDEKCDVWSTGVILYILLSGCPPFNGANEYDILKKVEKGKYTFELPQWKKVSESAKDLIRKMLTYVPSMRISARDALDHEWIQTYPSLDNAILNIRQFQGTQKLAQAALLYMGSKLTSETKELEHEVDVAMDRKTLLSRERLERAFRMFDSDNSGKISSTELATIFGVSDVDSETWKSVLSEVDKNNDGEVDFDEFQQMLLKLCGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of TgCDPK1 From Toxoplasma Gondii complexed with GW780159X
rcsb
molecule keywords Calmodulin-domain protein kinase 1
molecule tags Transferase
source organism Toxoplasma gondii
total genus 117
structure length 386
sequence length 464
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
A PF13405 EF-hand_6 EF-hand domain
A PF13499 EF-hand_7 EF-hand domain pair
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5dvrA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5dvrA01
1E9HA 3ZM9A 3VAPA 4A4XA 5E9EA 5LVNA 1MUOA 5EDQA 3DT1A 3ID6C 4Y5QA 2RKUA 2ZM4A 5FEEA 4L52A 4E3CA 4D2RA 2BR1A 5KMOA 2PZRA 5LVOA 3G90X 4FKVA 2JIVA 3UO4A 2VV9A 3R2YA 4PDOA 3U87A 5HG9A 4JBPA 5JRSA 3VUIA 1O6YA 3AMYA 3R01A 5E91A 4IAFA 5CASA 1PXKA 2VTSA 2JIUA 5DR6A 4D0XA 5HX8A 3W18A 4Y83A 1VJYA 5ANGA 4Y46A 3DB8A 5CEQA 4IAKA 2C47A 5AP1A 3FPQA 3GENA 1ZYJA 4RJ8A 4E4XA 3OXZA 4O0RA 5L8LA 3FLZA 4G5JA 4P2KA 5E8WA 4EK4A 4AW2A 4TW9A 2R3MA 1VEBA 4C4EA 2J90A 3MY1A 4IDVA 4LV8A 3T9IA 4YZBA 2VNYA 3I6UA 3IW5A 5HI2A 4N6YA 3UOJA 4DTAA 5IQGA 4JS8A 4TWOA 1CSNA 5K3YA 3RMFA 4ZY5A 5IKWA 1B6CB 2SRCA 3BU5A 5BMMA 3R02A 4WRSA 4ZSAA 5AUTA 3UQGA 2W1GA 3BX5A 3F3WA 3QKKA 2GHLA 4S34A 4IB5A 4XLIA 4ZLYA 4QQCA 3SHEA 4QYHA 3LJ1A 4FKPA 5AUWA 4NL0A 3R6XA 5L8JA 1G8SA 2QONA 3ZC6A 4BCIA 5DHJA 3OW4A 5E8VA 2UVYA 1P14A 1IA9A 1H0VA 5EHOA 3AG9A 4BKJA 3HV3A 4F4PA 4CTCA 3ACKA 2ITWA 3LFAA 4FMQA 4AG8A 2PVLA 3MVHA 2ETRA 4D2TA 5JH6A 5L3AA 3SAYA 3L8PA 1XBCA 1TQPA 2NRUA 3ERKA 1BL6A 2NO3A 3PPZA 4XRLA 5EW9A 3NW5A 4QNYA 5L6WL 4CFUA 5FDPA 4CFXA 3LIJA 5GZ9A 2E9VA 4AS0A 1JAMA 3EN5A 2VU3A 3BHVA 3BGZA 2VD5A 3ZSGA 4K9YA 4QP6A 4FSQA 3HDNA 5HE2A 3TNHA 1JSUA 2X2LA 1DM2A 1V0OA 3VUKA 3NIZA 3VUDA 5HCYA 2VO3A 2YIXA 3QD2B 2RG5A 2PUNA 2E9PA 4L44A 4FTJA 2HY0A 4O7NA 4RPVA 4XLVA 1PMEA 4ZJJA 2YIYA 3SDJA 1SVHA 2FSTX 3EN6A 3EN4A 4J95A 4H58A 3TN8A 1NVSA 3JVRA 3NAYA 4IACA 5HKMA 4JNWA 3MH1A 3TZ8A 1Y6AA 1OPJA 4R5YA 3AC1A 2O3PA 3I6WA 3IGOA 4J1RA 3IKAA 2GFSA 3R63A 4L46A 4XYFA 3QQFA 4EH7A 4QD6A 2VX1A 4G6OA 3Q3BA 2W5HA 3UZTA 5A4QA 1ZMUA 2KTYA 3Q9ZA 4W8EA 3T9TA 3ZFXA 5M53A 2BKZA 3D5VA 2AC5A 4J8NA 1XH8A 2VTLA 3HV6A 1YWRA 4JDIA 4TYHA 4AZSA 3VBVA 4DT8A 3A7IA 2PE0A 3ZTXA 4IM2A 4C02A 5J8IA 4G3FA 5CAPA 4FZ7A 4DFXE 2JEDA 3MIYA 2OIDA 3PVGA 4FC0A 5IMXA 3CGFA 4O22A 3LM0A 4EORA 3FBVA 4DEBA 3OCGA 3U54A 3FLSA 4D1SA 1JKLA 1YI6A 3NYOA 3GBZA 1NY3A 2VWZA 4ZTQA 4A7CA 3R71A 4ZZOA 4TZRA 5C1QB 5LWNA 2ITYA 4DA5A 1JVPP 4YUQA 2XK8A 4E93A 5LVMA 3P9JA 3BBTB 4LL0A 3KF4A 4QP1A 3RINA 2XJ2A 3GNIB 2O2UA 4U3ZA 1PF8A 5ITAA 3BV2A 3GU4A 3MA3A 1WBWA 4WRGA 2OSCA 4QQJA 2I1MA 4BCHA 5AV3A 5IUIA 5M4UA 4UMTA 4KBCA 4KUJA 5AR8A 2DS1A 4J96A 4BBFA 2R3OA 3OWKA 1NA7A 4DTKA 2Y7JA 4I94A 1ZARA 4TYGA 5CNNA 3MJ1A 4DLIA 2XP2A 1TQMA 4W4VA 2ITZA 4K8AA 4BTJA 1NVQA 3FMHA 3WIKA 2IPXA 4QYEA 3R8ZA 3O8PA 3GOPA 3VBYA 2I6LA 1YOJA 4XBUA 3UYSA 2XK9A 2W06A 4LOOA 1UWHA 2IZRA 5AX9A 3QCQA 3A8XA 5M55A 3CPCA 4NM3A 5LMAA 1J7IA 4NTTA 4G9CA 4CQGA 4EWQA 2JKQA 2WMVA 4GU9A 4GK3A 4ASEA 4BKZA 3DXQA 3V6SA 3SGCA 3VS1A 2W5AA 4C61A 2X4FA 2C3IB 2HIWA 3JY9A 3Q53A 4O96A 3WZJA 2F2UA 4P4CA 4G2FA 4XG3A 5CTPA 1PHKA 3ZFMA 4H05A 1FINA 3DTCA 4UWCA 3V5WA 3R1QA 3R7OA 4FSYA 4WSYA 5IEVA 4X2KA 4CEGA 4FKUA 2I0EA 4RIYB 4BTMA 4FKSA 3F5PA 4EKKA 4OR5A 2X2KA 4DG0E 5FWKK 4FG8A 1V1KA 3A60A 2CNVA 3FI4A 2Y8OA 5IEYA 5JFWA 3BZ3A 1GNGA 4PNKA 3KFAA 4YMJA 4RQVA 2LGCA 4GG7A 3S3IA 3C51A 4I5MA 4XBRA 2CKQA 3PIXA 3F3TA 5BVFA 4JQ7A 2F9GA 3ZC5A 2HWOA 3UP7A 4EBWA 1GIIA 3RNIA 5AP6A 1OIQA 4QMTA 2LAVA 4H1MA 2F4JA 1BX6A 3U6IA 4IMYA 2UZWE 4XG4A 5LCKA 3OG7A 2OH0E 3Q9WA 4PF4A 3MSSA 2WQEA 4OTDA 5IH6A 4WG4A 2YZLA 1GJOA 4YZMA 4GIIA 3FZ1A 1SVGA 1YDTE 2OGVA 2X6DA 2RG6A 2XH5A 3PG1A 4YZCA 3SXRA 4MH7A 2E9OA 4TWNA 4TYIA 3BE9A 4D2SA 2Y6MA 1MRVA 4JL9A 4IX6A 2W1DA 3C1XA 4FX3A 4U6RA 4ACHA 4C38A 5KMKA 4U80A 2V7OA 2YJSA 3EYGA 5CAOA 1Q8ZA 4OAVB 1GY3A 3TZ7A 3VF9A 4BCNA 3R83A 1SYKA 3UBDA 4UMRA 3ZSHA 4B4LA 2RFNA 4FKJA 4BDCA 3FQSA 4L8MA 3TNIA 4XG2A 5AP7A 5KMNA 4C4HA 5FBOA 4E73A 1Y6BA 3D7TB 1Y8YA 4IM3A 3TG1A 3HEGA 5HIDA 3RPVA 4BHNA 5BNJA 2IVUA 4AN3A 3MESA 1J1CA 3LCTA 1RJBA 4QMLA 4KKGA 4PDYA 3U6JA 4QMNA 5JN2A 3FI3A 2YDKA 5KBRA 2B4SB 5IISA 2H96A 4JG8A 2CLXA 4O0XA 4FG9A 2CKOA 3PIYA 3LFBA 1O6KA 3ZH8A 3UIUA 3NUSA 3RKBA 3QZIA 3MIAA 5L6OA 2PVRA 3FZOA 3EYHA 4LOPA 4U5JA 4XS2A 3VBWA 4BCQA 2B53A 3FEGA 2OJFE 2VWYA 4AT4A 3D7ZA 1IRKA 4OBQA 3LE6A 3UDBA 2YAKA 4GVJA 5CF8A 2OZOA 1REJA 2WTKC 2XKFA 2WQNA 4Q5EA 3HNGA 3VBQA 3EL8A 3F5UA 3P1AA 4IVCA 4NJDA 3A8WA 1XO2B 4H39A 4FIIA 4YLKA 4DBXA 5GIPE 2O8YA 4MQ2A 4KKEA 5M4CA 4I92A 4FKRA 5AV2A 3A62A 5LMKC 3FE3A 1O9UA 4M68A 2VO0A 2JAVA 3NZ0A 5AJQA 3ZZWA 5EFQA 1Z57A 3IW7A 3R21A 5FUTA 3EFKA 3FKNA 3KL8A 4WOVA 2QLUA 1Z9XA 2C3JA 2EXMA 5CQWA 2CGWA 4UALA 5CEKA 5D12A 4IVAA 3H4JA 4JT3A 2FSMX 3A2CA 4L9IA 4L01A 1PXMA 2IW8A 4CZYB 4FKTA 5KMMA 1KSWA 3W8LA 5EQPA 4XJ0A 4RA4A 4EONA 1Q62A 4IFGA 3VNTA 2WQBA 3KMUA 3HA6A 4O2PA 3RM7A 4C62A 2QD9A 2WQMA 3DBDA 4GU6A 5HZNA 1J7UA 3VUGA 5IQIA 2YZAA 4QPSA 3F61A 3P4KA 5EDPA 3RHKA 3TWJA 4FKLA 3EQPA 4UMPA 2DQ7X 4M0YA 4U3YA 4MK0A 3PFQA 4ALWA 5B2MA 3MJ2A 3FL4A 5CU4A 1CKJA 2VTIA 1OKWA 2HWPA 3QKLA 5G1XA 3DBEA 3FLQA 3NNWA 4OTIA 4XCUA 4ASXA 3KVXA 3S0OA 2XIZA 3QQHA 3ZO1A 5IDNA 3KU2A 5BVKA 4FF8A 4LGDA 3T3UA 4EQMA 4GRBA 3DXNA 2BRNA 2BMCA 3MFTA 3OT3A 5HIEA 2I7QA 4CFMA 4WG3A 4AA0A 4EOOA 1ZYSA 4CT2A 2B9JA 5EHLA 3PPKA 5HVJA 5CSVA 3NIEA 3OTUA 4IXPA 4FL3A 3CEKA 3CD3A 2JDTA 3QAME 2XA4A 2UW0A 5HG7A 3ORKA 4FI1A 2ZVAA 3ZO2A 4YLJA 3EQIA 4MWIA 5HD7A 1Q8YA 4K1BA 2XCHA 2R3RA 3BRBA 4BN1A 1MRUA 3RPRA 3I81A 3RAHA 1J91A 4BCKA 4CLIA 3QRUA 2ETKA 4AFJA 2PMNX 5GHVA 3T3VA 3PXKA 2PMLX 1VYWA 5CQUA 4HNIA 5FTGA 5FP5A 4QRCA 1WFCA 3UPZA 4FL2A 5JQ8A 4FKWA 3WI6A 3DQXA 2PL0A 3CBLA 4FSRA 4BHZA 4M97A 2UZDA 3AC5A 4FTTA 2WPAA 3AC4A 3BWJA 4BCOA 2YDJA 3R9DA 3DTWA 3E8EA 2RL5A 4ITJA 4FTOA 4O27B 5HNGA 3G33A 3ZU7A 3P79A 2X2MA 1SNUA 5IA4A 3BQCA 4MKCA 3N4VA 1DS5A 2Z60A 3DZOA 4KWPA 3F82A 5EI2A 3ZMMA 1P4OA 2CPKE 3MI9A 3LCKA 4JAIA 4C3RA 1M7NA 2PE2A 4ACGA 4DGGA 4YTFA 5L2IA 5BVEA 2XRUA 5JZNA 4FK3A 1MQ4A 3R7UA 3SXFA 3EQGA 4AZFA 5HX6A 3HVCA 2BZKB 3QRIA 3KB7A 2QOQA 4U41A 2QI8A 4BF2A 4DH1A 5I9XA 5B2LA 5KO1A 4W9WA 4X3JA 3BU3A 4FVQA 2QNJA 3MYGA 3JS2A 4HGLA 4RC3A 4EQCA 3U9CA 3NX8A 2A4LA 3C4ZA 3QX4A 4FUYA 4PMSA 4BICA 2XNNA 4NCTC 3GCUA 3DXPA 1NXKA 3GCQA 5AMNA 4C2VA 3H9RA 2A2AA 4BCFA 4FTMA 2PYWA 1T46A 4RZVA 5C4KA 2QU6A 5IMEA 3QGWA 3OHTA 1SM2A 1PKGA 1Y57A 5CT0A 1XBBA 5A4TA 3KN5A 2J0KA 2PZ5A 2QOHA 3R9NA 2PULA 3QUPA 5I3OA 3GU8A 2P2HA 4J98A 3QD3A 5T68A 2XIYA 2AUHA 2WMRA 4IZAA 4NM5A 4P5QA 3AGMA 5FP6A 5FXQA 3UO6A 1OL1A 3C4FA 5E1EA 5HO6A 2C1AA 3TUBA 1UNHA 3DBFA 4KA3A 4LMUA 2WTJA 3PRIA 3VN9A 4IANA 2FH9A 3DK3A 3KXXA 5EHYA 4JBOA 2ITPA 1WBTA 4YJSA 4BDHA 4CCUA 1R3CA 1JWHA 4DFLA 5J7HA 2VTRA 5EYDA 4F70A 5CENA 3QC9A 4L53A 2A0CX 1XWSA 3O50A 2XNMA 4YJOA 4V0GA 5KMJA 3PA4A 4G16A 2JKOA 3E8NA 3R8VA 4FEQA 4C3PA 3Q6UA 3G5DA 2GNLA 2W05A 2YWVA 3EL7A 4F63A 4RFMA 4ZTLA 3TNQB 1JKKA 5IF1A 1VZOA 2C0OA 4RJ5A 2YISA 3SA0A 1IG1A 4UV0A 4XG7A 4IJPA 2IWIA 2QKWB 4FV3A 2R3NA 1LPUA 2ZDUA 2WMXA 2Y9QA 4R6VA 4ZMEA 3QYWA 3W2CA 2JKKA 5D7AA 5IUGA 4Y8DA 3M42A 4XEYA 1T45A 3Q5ZA 4EK8A 2R0UA 5HCXA 4HVSA 3OXIA 5D10A 5HLNA 2HOGA 4E4MA 4LRMA 3ZRLA 2G9XA 4K77A 2GQGA 5AUUA 5CS6A 5B7VA 3KY2A 3UODA 4USDA 3SW7A 4O84A 4DHFA 5A4LA 5CU2A 4MBJA 2QOKA 3W2QA 2UUEA 4ZMFA 3ENHA 4BCGA 4TYJA 3F2AA 4NWMA 4FV4A 3PLSA 2R5TA 3IONA 5D41A 3QU0A 4IC7A 1OI9A 5DGZA 4J53A 3ENMA 4Y95A 1PXJA 2HZIA 2WFYA 4IJ9A 5CNOA 3WOWA 4CVAA 1OPKA 2XS0A 3QKMA 1U46A 2XMYA 4XP0A 1H8FA 2ONLA 2VNWA 4U7ZA 5DT3A 4C4JA 4IZ5A 2QOCA 2JGZA 3C9WA 5GJFA 4NIFA 1YWVA 3GP0A 5C8KA 1ZRZA 4X2GA 5BVDA 4TTHB 4IB0A 4AT3A 4FEUA 4TKSA 4ZLZA 1H28A 5H2UA 4EH3A 2WELA 4L7SA 5I9WA 1LEWA 2QCSA 3FMLA 3ORMA 4MNEB 5CSXA 4XH6A 3BV3A 1X8BA 2ZV9A 3DQWA 2CN8A 3EKKA 3CLYA 3OCSA 4Y73A 1AGWA 5A46A 3R28A 2YIQA 3LJ2A 2BDWA 1ZAOA 3ZXZA 5J9YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3GU5 A;  3KC3 A;  4UBA A;  3DFA A;  4BVU A;  1IA8 A;  3CXW A;  1H25 A;  4EJN A;  1BKX A;  3PYY A;  5K5N A;  5IG1 A;  3BYU A;  3KUL A;  1ND4 A;  2OH4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1E9H A;  3ZM9 A;  3VAP A;  4A4X A;  5E9E A;  5LVN A;  1MUO A;  5EDQ A;  3DT1 A;  3ID6 C;  4Y5Q A;  2RKU A;  2ZM4 A;  5FEE A;  4L52 A;  4E3C A;  4D2R A;  2BR1 A;  5KMO A;  2PZR A;  5LVO A;  3G90 X;  4FKV A;  2JIV A;  2A98 A;  3UO4 A;  2VV9 A;  3R2Y A;  4PDO A;  3U87 A;  5HG9 A;  4JBP A;  5JRS A;  3VUI A;  1O6Y A;  3AMY A;  3R01 A;  5E91 A;  4IAF A;  5CAS A;  1PXK A;  2VTS A;  2JIU A;  5DR6 A;  4D0X A;  5HX8 A;  3W18 A;  4Y83 A;  1VJY A;  5ANG A;  4Y46 A;  3DB8 A;  5CEQ A;  4IAK A;  2C47 A;  5AP1 A;  3FPQ A;  3GEN A;  1ZYJ A;  4RJ8 A;  4AXE A;  4E4X A;  3OXZ A;  4O0R A;  5L8L A;  3FLZ A;  4G5J A;  4P2K A;  5E8W A;  4EK4 A;  4AW2 A;  4TW9 A;  2R3M A;  1VEB A;  4C4E A;  2J90 A;  3MY1 A;  4IDV A;  4LV8 A;  3T9I A;  4YZB A;  2VNY A;  3I6U A;  3IW5 A;  5HI2 A;  4N6Y A;  3UOJ A;  4DTA A;  5IQG A;  4JS8 A;  4TWO A;  1CSN A;  5K3Y A;  3RMF A;  4ZY5 A;  5IKW A;  1B6C B;  2SRC A;  3BU5 A;  5BMM A;  3R02 A;  4WRS A;  4ZSA A;  5AUT A;  3UQG A;  2W1G A;  3BX5 A;  3F3W A;  3QKK A;  2GHL A;  4S34 A;  4IB5 A; 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