5E1E | Genus

Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	290
structure length	279
Chain Sequence	VDPTHFEKRFLKRIRDLGEGHFGKVELCRYDPEGDNTGEQVAVKSLKNHIADLKKEIEILRNLYHENIVKYKGICTNGIKLIMEFLPSGSLKEYLPKNKNKINLKQQLKYAVQICKGMDYLGSRQYVHRDLAARNVLVESEHQVKIGDFGLTKAIETDKETVKDDRDSPVFWYAPECLMQSKFYIASDVWSFGVTLHELLTYCDSDSSPMALFLKMIGPTHGQMTVTRLVNTLKEGKRLPCPPNCPDEVYQLMRKCWEFQPSNRTSFQNLIEGFEALLK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__977637711773288__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__977637711773288__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5E1E/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__977637711773288__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"977637711773288","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5E1E/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__977637711773288__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00fbf484c06aa91cdad4d8/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00fbf484c06aa91cdad4d8/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00fbf484c06aa91cdad4d8/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00fbf484c06aa91cdad4d8/pdb.gz): 536 ms

reading 279 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

279 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:278});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Identification of azabenzimidazoles as potent JAK1 selective inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Tyrosine-protein kinase JAK1
total genus	88
structure length	279
sequence length	290
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.7.10.2: Non-specific protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date	2015-09-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07714	Pkinase_Tyr	Protein tyrosine kinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	5e1eA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	5e1eA01

3V8WA 2XNOA 4IX3A 4TYGA 1Q61A 3ORIA 4ZAUA 3ZEWA 3W2RA 2ITPA 2VWZA 4WNPA 3RAHA 2CCIA 2Y6OA 4N0SA 4ZJIA 5J79A 4J1RA 2UVZA 4AU8A 4D0WA 3BLHA 3LLAA 3IGGA 3UP2A 4BDIA 5AR7A 2CNQA 2PVKA 3T9TA 4YJVA 1NVQA 1BKXA 4G3DA 4QYGA 2E9VA 3CD8A 3HMNA 4M69B 1Y6AA 2SRCA 3SXFA 2VO3A 4PTEA 4LG4A 2OO8X 1YXSA 2PVNA 2GNGA 1YHWA 1GZ8A 2FSOX 3FL4A 2XH5A 2NRYA 3P23A 4FKSA 4G6NA 2HZ4A 4L43A 4EC8A 4M69A 4O81A 4QMSA 1SNUA 3BYUA 3N9XA 2BZHB 2OLCA 3BPRA 2X1NA 4FUYA 4CCUA 3SW7A 5HEZA 1NA7A 5EDPA 3VBWA 1SVHA 2GDOA 4UEUA 4W8EA 4TWNA 4L3PA 1AQ1A 1M2RA 2QHNA 3ODYX 4FSUA 4BB4A 4IAZA 1YXUA 4MNFA 4A4XA 2O0UA 1BMKA 3MI9A 3VWAA 4EOQA 1BLXA 3OCSA 3Q4TA 4WSQA 2YDIA 3K54A 5JK3A 4FNXA 2WU7A 1ZAOA 3AD6A 3M11A 1OITA 3FZPA 3GC0A 4E26A 2DS1A 4QOXA 4UXQA 5D12A 3BYMA 3VHEA 3OT8A 3TXOA 2BALA 3V8SA 3FPMA 4LGGA 5EQEA 4IE9A 3LVPA 2IVVA 2OJIA 1H07A 2VUWA 3EN4A 4II5A 4NCTA 5DRDA 3R6XA 3ZSIA 3DLZA 3T8OA 4QNYA 3KF7A 4O0UA 5K5XA 3KMUA 3A4PA 4IB5A 4B0GA 4RX5A 5IH4A 2WTWA 3KGAA 4S31A 4IJ9A 5HBHA 4ZTQA 3BLQA 4XOZA 3NUNA 3LMGA 2BDWA 1UWJA 4OTHA 3NUPA 1GIJA 3RK5A 4HCVA 4QP3A 4BCQA 4F08A 4FYNA 5IA3A 2W1EA 5EQYA 2PVLA 3FI4A 4KAOA 4LOQA 3KB7A 5BUJA 3EQPA 4RFYA 4Y72A 3EN5A 4DFYA 3D2KA 3Q5ZA 4CEGA 3EQHA 1AGWA 2ZMDA 4H1MA 4ORKA 4DE4A 4IMYA 5AA8A 4U40A 4XX9A 2BZJA 3CTQA 4BDKA 1M7NA 3PE1A 3WF6A 2B0QA 5HNBA 3BV2A 4BI1A 2XK9A 3R1NA 2VZ6A 5FQDC 1Q5KA 2X6DA 2R3RA 5KE0A 4APCA 4DFZE 4EK8A 3SC1A 2EB3A 4D1ZA 3U9CA 4FTCA 2BKZA 4GMYA 4WUNA 2XNNA 4A9UA 5A3XA 3EN9A 2PVFA 4RLLA 4YTHA 3ZRMA 1KE6A 2P3GX 3QBNA 4LUEA 3A62A 5G1XA 2V5QA 3ODZX 2O63A 3ZC6A 4E5WA 5F1ZA 4FNWA 2VGOA 4IH8A 3UQGA 3WARA 1WBOA 3UTOA 3LFFA 3ZZWA 2WMXA 4DT9A 3LE6A 3R9DA 3QKKA 5M4FA 3DKFA 4PDOA 5DEWA 4YTCA 5CT0A 3COIA 1J7UA 3D7TB 5AIRA 3VBQA 2BHHA 2BTRA 5CXZA 4FIIA 4H3QA 1K3AA 3IW6A 3QQJA 3OOMA 3R00A 4UV0A 3DK3A 4ZSJA 5HVYA 3GB2A 5DT3A 3RKBA 4GFOA 2R3JA 3D7TA 3MH1A 3V8TA 3OG7A 4J71A 5EDRA 5ACKA 2UZUE 3PP0A 3TTIA 4FT5A 1OVEA 4BKJA 4J96A 1ND4A 3Q6WA 4PP7A 2JDSA 4KNBA 3FZRA 3MGYA 3MFUA 3LCKA 2WHBA 3PJ1A 4PV0A 3PIZA 4BN1A 4D28A 2W96B 4F63A 3S00A 3F69A 3KC3A 3QD0A 4RWIA 3KK9A 4F9BA 1QPEA 3OW4A 4FKVA 2Q0BA 2OGVA 2ZDUA 3D94A 2G01A 3R73A 4FKJA 3VS3A 4BKZA 3ORNA 4AE6A 4BF2A 3ZFMA 4DCAA 2B4SB 2HOGA 4BBMA 3ETAA 4MXAA 1FVVA 2J90A 3TNQB 5CU0A 3A99A 2FSLX 2JDVA 2W5BA 5JRSA 1VYZA 3FC2A 5GIPE 3FMDA 2OJGA 3DNDA 3DQXA 3MA6A 5EYDA 5C8KA 3R63A 1RE8A 2ONLC 2XKCA 4KB8A 2PVJA 3UZTA 3LJ0A 1JBPE 4RZVA 1HOWA 4BGGA 2G1TA 2VO7A 5GJDA 5GHVA 2BFXA 3DS6A 2A2AA 4EUTA 1BYGA 4PTCA 4FIEA 3OUKA 3MBLA 4PDPA 4RVMA 3II5A 3HP5A 4EH4A 2FGIA 4O7NA 3BZ3A 3NVMB 3PTGA 4O6LA 4U5JA 4LYNA 4XV3A 3DDPA 3A7FA 3WILA 3OWJA 3MY0A 2XRUA 5B2MA 5EK7A 4KABA 5C9CA 4M0YA 3AT2A 4R3RA 5LXMA 3ORKA 4I5PA 1UU3A 1HCLA 1DS5A 2C30A 3RPRA 3C0IA 4X3FC 4BRXA 4I1ZA 4XLIA 4AXAA 1DAYA 4UZHA 4A9TA 3VUKA 4C8BA 3LXPA 2KTYA 4AW1A 4ANNA 4JBPA 5CF4A 3S3IA 5KNJA 3QA0A 5C4LA 1Y91A 3UE4A 1PXJA 2WB8A 4K0YA 4G9RA 3M1SA 4IAKA 4BIBA 3TDWA 5DT4A 3W2SA 5HOAA 4CLIA 5D11A 3AXWA 4JG8A 3EFLA 3G51A 3I5ZA 3E5AA 3HYHA 5HG5A 5IQHA 1R78A 2W1ZA 4GFGA 5IKWA 2QO7A 4PX6A 2H6DA 3PXKA 4QMMA 1AD5A 1JNKA 5EYCA 5E91A 2C5OA 4IC7A 4LGDA 4N4SA 3E7VA 5F20A 4BR3A 5I9VA 4X2GA 4FIGA 3N4UA 4U8ZA 4E4MA 5IDPA 4V01A 2OKRA 1URCA 2BR1A 4KUJA 4LM5A 3POOA 4L44A 2G9XA 3PG1A 1J7LA 4IBMA 4FEUA 4GVAA 5I9WA 5M4UA 4BDBA 4GYIA 5DHJA 1APME 1KOAA 2ACXA 2PTKA 3JY0A 4XCUA 3SG9A 4CD0A 4O2PA 5DR2A 4F7NA 2I0EA 4Z16A 3Q9XA 3I6UA 3WE4A 1OBDA 4R77A 4FICA 1FVRA 3PXYA 4IM2A 1RW8A 4ANBA 1UNLA 2YAAA 4PPCA 4H05A 4AZSA 4YNEA 2OF2A 4OTFA 4FV6A 4RBLA 4C38A 5AV2A 4K11A 1CM8A 4D5HA 5CEMA 3HV6A 3NZ0A 4XG4A 4NKSA 1OUYA 5CAOA 4JDKA 2I0HA 4U7ZA 4EONA 2XZSA 3ZBXA 4MWIA 5IQIA 1KE5A 5IEVA 3Q4CA 3QCYA 3CGFA 4FZAB 5CNOA 4BHZA 5GZ8A 4BDJA 2C69A 2XA4A 4C59A 1KE9A 4KSQA 3TCPA 5AUUA 5H8GA 1H00A 3MH0A 2HXLA 2C47A 4PWNA 4IVBA 3R7IA 3C5UA 5E8SA 4EUUA 3CC6A 5IG1A 4F1TA 3ZXTA 1OIQA 2LGCA 2WOTA 3ZUVA 4ZSAA 2XBAA 5IISA 1DI9A 3TL8A 1XH4A 4FBXA 4KKEA 4L8MA 2BRNA 4NYEA 3QTWA 2YAKA 3QUPA 5HD7A 3DCVA 4X2NA 3UC4A 4EKLA 3IONA 2VWXA 2PE0A 2PVYA 2VTTA 3UOLA 3EH9A 4Y73A 2BRMA 1ERKA 3QL8A 4FV0A 3R9RA 3QQKA 4FT7A 4JBVA 3KKVA 2VO0A 3ORMA 3CTJA 4OUCA 4HVIA 3VF8A 2XCKA 4EORA 1NW1A 4OR5A 4ZTSA 3G9LX 3UGCA 3UOKA 3R28A 4OGRA 5CI6A 2HZIA 5LVMA 4IB3A 4EK3A 2VTRA 3NAYA 4FEVA 3PZEA 1TQIA 1JSTA 1PKDA 2VTLA 3UVPA 4MKCA 4X6RA 4IWQA 2XNBA 3JVRA 3R2YA 3D7ZA 3FMNA 3Q9ZA 4KBKA 4GKHA 3C4CA 4J52A 2CGWA 4Y8DA 2NPQA 4ZTRA 1GNGA 3F5GA 3R83A 3MY1A 4EJNA 4M68A 4DTBA 4BI2A 2V7AA 3LZBA 5BPYA 4FV2A 1FVTA 3R9NA 2H96A 3L9LA 4TN6A 2RFDA 3O23A 3LFAA 2YLFA 5EHLA 4AN2A 4BDAA 2R3KA 4ZY6A 3RJCA 3SXSA 1UNGA 5A4LA 4TPTA 3VULA 5M4CA 4DH5A 2IPXA 3QU0A 3KY2A 5IH5A 4FSMA 1DAWA 2IW9A 3KULB 3MA3A 4KS7A 4IWPA 2GMXA 2O5KA 2YABA 3QCSA 2P55A 3KULA 4D2VA 4IHPA 3KVXA 2UZWE 2YM6A 5DFPA 5FM3A 3RP9A 4E6AA 4CFFA 3HP2A 5HU3A 1JKKA 4L01A 3PA4A 3MPAA 4ASDA 1WBNA 1JKTA 3QCQA 2Z7RA 4QYEA 4YJPA 3Q04A 2W06A 3BE2A 4D2TA 5KKRB 4QP6A 4QTEA 3LCDA 4AGWA 1Q8YA 5CF8A 2BIYA 5EI6A 5AUZA 3FY0A 3DAKA 1GIHA 3DDQA 3R22A 2BRBA 3WYYA 5IDNA 1PYEA 4NT4A 2J6MA 3LXNA 4O91A 1FGKA 4JNWA 3TZ7A 5FTGA 4D4RA 3DBEA 4FV5A 4GK4A 4BKYA 2QCSA 4YLJA 4O0SA 2ZV9A 3DXPA 2F57A 3TZ9A 4HVHA 5BMMA 3OWLA 1QMZA 4RWLA 5F9EA 1H24A 4OTPA 3FZOA 3VS4A 1OGUA 2XIXA 4QP9A 2HELA 3R21A 4FSNA 4RC4A 1G8SA 2OJ9A 4XV2A 3KVWA 1H1QA 4AA5A 2JEDA 2VU3A 4WKQA 4PTGA 3EQIA 4QQ5A 4EI4A 2ETRA 4RPVA 3H9RA 5L2IA 3NNUA 4QP2A 1YXTA 3G0EA 3BIZA 4FV4A 2XNEA 4GEOA 4GS6A 1VZOA 3R7GA 4RG0A 4U45A 3KREA 3AT4A 5HLPA 3PWDA 4FSTA 5DIAA 5FXSA 2QO9A 2VO6A 4PPBA 3GU7A 5DI1A 1WVWA 3QX4A 3V51A 1L8TA 5IUGA 4UY9A 3NUSA 4FZDB 4MXYA 3P4KA 1Q41A 5AX9A 5H2UA 5KMKA 4WNOA 1MUOA 4CYIA 1G3NA 2PMNX 3T3VA 3EHAA 3QLFA 3NNXA 4QNAA 5IEXA 4FKOA 3LJ1A 3DJ5A 5JRQA 2BRHA 4UMUA 3O7LD 1FMOE 2WEVA 3ZFYA 3ZMMA 3UO4A 2XK7A 3JS2A 3RWQA 3UZRA 5L4QA 2BDJA 3LHJA 4H1JA 3U4UA 5M55A 4UYAA 4TY1A 3PSCA 4WG5A 5LCJA 2IWIA 4AE9A 3BLRA 3MFSA 2PZ5A 2YEXA 4JIAA 4DFUA 3EQGA 5ANEA 1FMKA 4I23A 2JAMA 4EKKA 3DV3A 4TYIA 2CN8A 3GT8A 2GQSA 3QKLA 2X0GA 5DWRA 4R78A 5CYIA 4KBCA 3GU6A 4EH9A 1VJYA 2LAVA 4A4OA 1JAMA 5TOZA 3LW0A 3CGOA 2A4LA 4KS8A 4RX7A 3CKWA 3KK8A 3KN5A 4AZFA 2X8DA 3OS3A 3ZBFA 4B6LA 4ANSA 4TWCA 3R7OA 1I44A 1BUHA 1ZOGA 4U42A 4MQ2A 2DYLA 1I09A 4AUAA 3BGZA 3VAPA 2PUNA 4Z9LA 2R3FA 2RKUA 3TV6A 4A06A 2CPKE 4CMUA 2WNTA 1H08A 4DEIA 2W9ZB 5AUYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5E1EA

Total Genus

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