5FP5A

Structure of cyclin-dependent kinase 2 with small-molecule ligand 4- fluorobenzoic acid (at222) in an alternate binding site.
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
295
structure length
264
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGYGVVYKARNKLTGEVVALKKITAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGLTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVPH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Detection of Secondary Binding Sites in Proteins Using Fragment Screening.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 75
structure length 264
sequence length 295
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5fp5A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5fp5A01
3QUPA 4FBXA 4O27B 4FKVA 4AT5A 3KL8A 4PL4A 5HVKA 3CGFA 2CLXA 3DBFA 3GCVA 3LM5A 4JRNA 3ODZX 4XBRA 1ZWSA 2QURA 3PJ1A 4LRKA 1LEWA 3BLHA 3B2TA 1YDTE 5C8MA 5KKRC 2O3PA 4ASDA 2UVZA 4IH8A 5I9YA 3SW7A 5E8ZA 4G31A 3TUBA 2FSMX 2EUFB 4YO6A 3SDJA 4BDCA 5CEMA 3FKOA 3O7LD 3L9MA 3C4ZA 4IFGA 1PXJA 3MPMA 3W18A 3A7FA 3E3PA 3EQHA 4FX3A 3F3ZA 4A9TA 3SC1A 3ZBFA 4QYYA 4MAOA 4FT0A 4D2PA 3MH3A 4R5SA 4PP9A 4GV1A 5ANIA 1QPJA 4AAAA 2J51A 3AC8A 4DGGA 2FB8A 3TN8A 4R78A 4H3BA 4JG6A 3RZFA 3Q9ZA 3WI6A 1XR1A 2XYUA 5E92A 4FSRA 3ZLXA 4LUEA 3PXZA 4GEOA 3PIZA 3W2SA 3ZLSA 2DQ7X 4OTGA 5HG9A 2QNJA 4ARKA 5BUIA 3ERKA 1YHWA 5F9EA 3HMNA 3UZPA 4QMLA 2OH0E 1IG1A 4RWJA 3DJ7A 4XG2A 2XIZA 3LM0A 4P90A 4DGNA 2BKKA 4MD8E 4ZP5A 4BGHA 2JD5A 4WRGA 3A8XA 3AD4A 3K5VA 1FGIA 5AADA 3SAYA 5CX9A 3LKMA 5IA4A 3RCJA 5DPVA 5AAEA 4PMSA 4WIHA 3V5JA 4EOMA 3ZM4A 3FXXA 3GU7A 3R7GA 3RPRA 3V3VA 5L4QA 2B9FA 2J0IA 3KK9A 2QG5A 1Q99A 5G6VA 3TV7A 4M12A 2XM8A 4YO4A 4C3FA 5J9ZA 4O83A 1R39A 3F3VA 3C4CA 3ZO3A 3L8PA 4OLIA 1PW2A 1MP8A 4KINA 5HQ0A 3LLAA 3R1YA 4G3DA 4NFMA 5HX8A 2YEXA 5CS6A 3ORXA 1MRYA 4KIOA 4ZTMA 4KRCA 2C6MA 2QU6A 2ZV9A 3LFCA 5CANA 4QTBA 1VR2A 2QO9A 4KUJA 4M15A 4EL9A 4BCKA 2H34A 4M66A 3ATTA 4GYGA 2REIA 4F7JA 5A9UA 4V0GB 3TI1A 4EOKA 4WG4A 2VTNA 4FZ6A 2UW9A 3FMDA 4NTSA 2EU9A 4JAJA 4NM3A 5M55A 4F09A 5E8VA 5F1ZA 4BKZA 4QQTA 1JAMA 4GT3A 2PMIA 2P2IA 3HV4A 2NO3A 3QXPA 4FTIA 4EZ3A 2F2UA 5M09A 2WPAA 2IVVA 1KUTA 4U5JA 1SMHA 3MBLA 4LRJA 3DQXA 3ALNA 4U3ZA 3PSDA 3V51A 3UQCA 4C37A 3A60A 5FXSA 3SLSA 2ERKA 3D2KA 5B2KA 4HGSA 3LZBA 4DBXA 4L6QA 3RI1A 4AS0A 4MCVA 5B2MA 2ZJWA 1WBVA 3R8LA 3FUPA 3QD0A 5IH6A 2HOGA 3COMA 2WQOA 3NCZA 3ANQA 5EOLA 3RWQA 4BIEA 4CRLA 5IA2A 2BZKB 3QTUA 1KOAA 3P7AA 4X6RA 5E1SA 4ZXTA 3KXXA 2QLUA 5D10A 3RWPA 3PVGA 3DNDA 3QWJA 4AG8A 1JLUE 4OT6A 4R3PA 1ERKA 4CFUA 3KA0A 3QU0A 4C59A 1H1PA 2HZ4A 3EYHA 4M14A 4Z55A 4QP8A 4O7NA 3DGKA 4WUNA 1OUKA 3BLRA 2R9SA 2WMBA 5BVKA 3WOWA 5AUYA 5HTBA 2E9PA 5FTQA 2YJRA 2HW6A 2VTLA 5CVHA 4TYHA 5C27A 3U6JA 1Y91A 5H9BA 3OTVA 5JZNA 3EQIA 5C26A 1WZYA 2X81A 1YXUA 3TDVA 2I40A 4L9IA 3OS3A 1JSTA 3FJQE 3HV3A 3I79A 3QC9A 2JFMA 3BHTA 3PVBA 4U9AA 5D7VA 4CKRA 4FF8A 4NM5A 5BQ0A 3GFEA 2E9UA 2WMAA 4WNKA 2C3LA 4UYAA 2E9OA 5CEQA 4O86A 2VWUA 2BDJA 2RFEA 3CR0A 4AW2A 4E3CA 2GS2A 5JGDA 5LJJA 4B9DA 4M7IA 3PG3A 4JS8A 4FK3A 2WMSA 3UIMA 3K5UA 3O0GA 2GFCA 4FSMA 4QP1A 2XBJA 2VWIA 4E6DA 4ERWA 4U44A 4C4JA 3NWWA 2R3GA 1NY3A 3QGYA 3OXIA 5EHOA 5HBJA 4R77A 3DK7A 2C3JA 4F1OA 4GIIA 4IW0A 4UMUA 3FV8A 5KKRB 4BCFA 5J5TA 2GS7A 3NYVA 4CFNA 3EZRA 2XBAA 4CXAA 3CBLA 4U8ZA 2F2CB 1W84A 5KCVA 4P5QA 5GZ8A 4FUXA 4AE6A 5I9UA 2YITA 5TF9A 5CU2A 5HNIX 2R3FA 2PHKA 2YIXA 1U4DA 3OT8A 4ZZMA 5J9LA 1PMEA 4O7RA 4W8DA 3P7BA 3ROYA 3Q4ZA 3ZDUA 1CSNA 5M53A 4FTLA 4IVCA 2I6LA 3QYWA 3N51A 5LWNA 3MPTA 4ZSGA 4EOSA 4IAAA 4QP7A 2XNOA 2VO3A 5ETFA 1M2QA 3Q60A 3P4KA 3BHYA 5BVFA 4AP7A 2ZMCA 2H8HA 2ITYA 5D1JA 2GNJA 2DS1A 4AW5A 4IHPA 5IUIA 3WZJA 2YAKA 3H0YA 5A4QA 4FV4A 5DLSA 4UB7A 3KXNA 3TIYA 3ZUTA 3N4TA 4EQCA 3AT3A 2JDOA 2UZUE 1M2RA 2E2BA 4YZCA 4HCTA 3DBDA 3TG1A 1XBAA 2Y7JA 4E5AX 2V7OA 5KHXA 1G8AA 3REPA 5IISA 4OAVB 4ZEGA 4F0GA 4B0GA 4IAYA 3VRYA 2JKMA 3MI9A 2C69A 4BI2A 3F82A 3QZHA 4CT1A 2RFNA 2J50A 3UYSA 4WNPA 2Y8OA 4QMNA 5L8JA 3Q04A 3WARA 2WELA 2X4ZA 4PDPA 4WBOA 4WG3A 2GNIA 4YC3A 4XP2A 5IQBA 3AGMA 2IVUA 4Q5EA 4W9WA 3OUNB 4EJNA 3H3CA 3CJFA 3HVCA 5ETIA 4MQ2A 4IWDA 2RSVA 3I6WA 5FEQA 1OIQA 4II5A 3KB7A 3R73A 4EOQA 2ITWA 2JEDA 4CZYB 5E7RA 5GJDA 3PTGA 2YDKA 1O6KA 5D9HA 5TE0A 3GT8A 3FY0A 3NSZA 2VGPA 4PY1A 4RBLA 2W1FA 2UZLA 2YZAA 4ZJIA 2B55A 3ORNA 1IAJA 5FD2A 4ANBA 3P86A 3KEXA 2UW5A 2QKRA 3EQDA 4QMPA 4E7WA 3UNKA 2YWVA 4YLJA 3JY9A 1JQHA 4IB3A 3DT1A 1ATPE 3R9OA 3DXQA 2WMUA 4H36A 4GJ2A 4TWCA 3QCYA 4U3YA 3P79A 5E1EA 4USFA 5EQYA 4R6VA 3A2CA 5KMMA 4ZMEA 4FIEA 2PVLA 3QKLA 1UU3A 3L9NA 5FP5A 3VUIA 5JEBA 1YDRE 4FNZA 4FTJA 3WF6A 4FV7A 1P4OA 2ITXA 3I60A 4APCA 3UJGA 4NT4A 5B0XA 3ORLA 3ZO1A 3ORMA 4QTAA 5AP3A 4O22A 4IC8A 4E73A 2BKZA 3ET7A 2QC6A 2BR1A 4PWNA 2JIIA 2R64A 2CKEA 3SOCA 4QMWA 3W55A 4MXOA 4BCGA 1P14A 3OWPA 4F9WA 5M07A 2YCRA 3DNEA 4ZSJA 4JNWA 4RFYA 2VTOA 3GC8A 2R7BA 3OZ6A 1Q61A 2GNGA 3DFCB 3P9JA 3QD3A 5C9CA 2F7EE 2WQBA 4QQ5A 2IW8A 1U5RA 4KBAA 3MFSA 2HENA 4MHAA 2C0IA 3AC2A 1WBTA 5AR4A 4YBJA 2JDRA 4H3PA 1PXOA 2OIDA 5D12A 4MKCA 3TNQB 5CWZA 1BI8A 1OBGA 4B7TA 2HY0A 2J0KA 4A9YA 4IACA 1FGKA 1E1XA 2QU5A 2Z8CA 4OTWA 2R3HA 4HZRA 4V0GA 3ULZA 3ZXTA 5AV1A 4PL5A 2R0IA 3BHHA 3S2PA 4IM2A 5EHLA 5IA1A 1XH9A 3LFBA 3POZA 1U54B 3NVMB 4MXYA 3BE2A 3CD8A 3QQUA 2G15A 2HY81 3OWJA 4Y73A 4BY9E 3NLBA 1ZRZA 3QC4A 2JLDA 3KREA 1OMWA 4WT6A 5LVNA 2X0GA 5EHYA 4D5KA 2ONLA 4PV0A 3OHTA 4F1MA 4X2KA 4TNDA 4FEWA 3HRCA 4RPVA 4TXCA 3WZKA 4YHTA 4K6ZA 5AV0A 4DAWA 2W5HA 1OGUA 2J0JA 2J9MA 2QD9A 2QHMA 3E8EA 3ORTA 4FV2A 2IO6A 5HG8A 3RAKA 1H0VA 3LPBA 5E8YA 1XBBA 3GU5A 3QAME 1YXSA 2V62A 3Q5ZA 3CXWA 3OCTA 3O7LB 5DWRA 5EKOA 3VUKA 4DH1A 4CG8A 4ITJA 2GDOA 4EBVA 4AT3A 1AQ1A 3K2LA 3FHRA 5AFVA 3CC6A 4W9XA 3DOGA 2VTPA 5EKNA 3R30A 4G3FA 3UNZA 1UU9A 3NR9A 4RZWA 2VX3A 5IMXA 3QKMA 3E8DA 4JBQA 2XJ2A 3UO6A 4MWHA 4QP4A 3QQGA 3KFAA 3F5PA 3JR1A 1SVHA 3TUCA 3SW4A 3CCNA 5HCZA 3UC3A 2ZV7A 5LVOA 3E63A 5HGIA 2YLEA 4IWOA 4FVQA 1IRKA 4NSTA 5E8WA 5TKDA 4I5HA 1W98A 4YTIA 3EN6A 2WTDA 5CNNA 3BWFA 1WVYA 3NIEA 3SKCA 2GCDA 2ACXA 3EQGA 4ZTHA 2JDVA 5HTCA 1U59A 3HMPA 3DZQA 1T46A 1Q8TA 3PPZA 5M51A 3CD3A 2I0VA 3PXFA 4QTCA 5ANKA 4LFIA 4QMOA 2PZYA 4RIXB 3BGZA 4Y5QA 1UWJA 1ZYSA 2GPHA 3MJ1A 2YM3A 4RRVA 1JKSA 1Y8YA 3R71A 2JGZA 2O0UA 5DH3A 3VRZA 4F99A 3EMGA 3U8WA 5M4IA 4RVKA 1XH4A 4FT7A 3BU5A 5JQ5A 3O71A 3VS7A 4DG3E 5DBXA 2GHGA 3U87A 2VWWA 3H4JA 3FL4A 3FQSA 3EQRA 2OO8X 4O91A 3ZONA 2OZAB 5ITAA 2PZRA 4USDA 3G0EA 4F6WA 5M44A 2XNEA 5IQGA 4O0VA 2UUEA 3DB8A 3LCDA 4FV6A 4FYNA 2VTQA 2WD1A 3NYOA 5DGZA 4IX4A 4AX8A 3TDWA 3RBWA 3LFAA 4AACA 5M06A 4EOIA 3GOKA 4HW7A 4XBUA 3O23A 3BEAA 2C0TA 4OTFA 4DEGA 1GNGA 5EW8A 5FWKK 3L9LA 5A3XA 3VS4A 3VNTA 4USEA 4DE4A 3FMJA 3RPVA 2BHHA 4CVAA 4R8QA 1FQ1B 3C4XA 4I6QA 5CAQA 2PZPA 2UVYA 4GUEA 4G16A 4G9CA 2X2KA 4HGTA 3OFMA 2BFXA 2DYLA 5KO1A 3QBNA 4UZDA 3DA6A 3ZMMA 3TNPC 2UW6A 1QCFA 5JKGA 4LM5A 3EWHA 2IWIA 3FMEA 4UN0C 4GKHA 3CPBA 3Q96A 5J5SA 1HCLA 3DBCA 3IONA 5FRIA 4FEXA 1LUFA 2P4IA 3DLZA 4F70A 4QOXA 2JKQA 1K9AA 2WOTA 4I5CA 3R2BA 4YBKA 3IGGA 5AAFA 4O0YA 4OW8A 3R83A 3RNIA 3A7JA 2YZLA 4D4RA 2PUUA 1Q8ZA 3AGLA 3NUAA 3LFDA 4KWPA 1FVTA 1PYXA 4IZYA 4S34A 5HESA 4IJPA 4IAKA 4MXZA 4DFZE 3KRLA 4EOPA 5H3QA 4MWIA 3FKLA 3HAVA 3O8PA 4FKQA 5CLPA 5LXMA 2O2UA 4S32A 4F9CA 4FG9A 2W05A 2R4BA 3TACA 4CLJA 4KBKA 4G1WA 3OROA 3FAAA 3BBTB 5DG5A 5JMSA 5T68A 2XIRA 5K9IA 5LVPA 1V0OA 4RIYB 5GJGA 1DI9A 3F7WA 2WFYA 5CVFA 2IPXA 4PF4A 2Z7RA 4NTTA 4ZS4A 4J52A 2W4OA 4F64A 5KE0A 4L46A 4CYJA 2P55A 3EQBA 5FUTA 1KE9A 3QTQA 3KVWA 3TKIA 4LMUA 2GFSA 3AT2A 4A9SA 4PRJA 4O2ZA 3VBYA 4AZEA 2CNUA 4NU1A 4AGUA 4RFMA 4D4YA 4DHFA 1G8SA 3C51A 2FA2A 4KA3A 1YQJA 5GIOE 4EKKA 3E62A 3ID6C 3A4PA 4QNYA 3LFQA 1OUYA 4FI1A 5CF4A 4RG0A 2CKOA 4O7SA 4DH5A 4HYHA 2VWBA 5M4FA 3MWUA 3PJ8A 3UZRA 3JS2A 2BUJA 3PVWA 3EQCA 3VWAA 4G5PA 5L2TA 2QOCA 3VUHA 2WNTA 5F20A 4R3CA 4R5YA 3WZDA 2EXMA 4KAOA 3GCSA 3UGCA 2JDSA 3P78A 5J87A 4FKGA 1LR4A 4XOYA 4O6EA 4D2TA 3NW7A 2P3GX 3RK5A 4FYOA 3O50A 3UP7A 2A2AA 3F9NA 4YJPA 4YJQA 4IAZA 3UE4A 2XKDA 3FZOA 2YFXA 5HVJA 5LMAA 3BU3A 3IGOA 3C0GA 3EYGA 4BHZA 2QCSA 2I0YA 5A6OA 1U54A 2EXEA 4MH7A 4YU2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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