5FRI | Genus

Total Genus 100

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	100
sequence length	301
structure length	301
Chain Sequence	GGTIARTIVLQESIGKGRFGEVWRGKWRGEEVAVKIFSSREERSWFREAEIYQTVMLRHENILGFIAADNKDNGTWTQLWLVSDYHEHGSLFDYLNRYTVTVEGMIKLALSTASGLAHLHMEIVGTQGKPAIAHRDLKSKNILVKKNGTCCIADLGLAVRHDSATDTIDIAPNHRVGTKRYMAPEVLDDSINMKHFESFKRADIYAMGLVFWEIARRCSIGGIHEDYQLPYYDLVPSDPSVEEMRKVVCEQKLRPNIPNRWQSCEALRVMAKIMRECWYANGAARLTALRIKKTLSQLSQQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4142782106028298__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4142782106028298__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5FRI/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4142782106028298__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4142782106028298","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5FRI/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4142782106028298__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0117ae62bc07848fda8120/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0117ae62bc07848fda8120/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0117ae62bc07848fda8120/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0117ae62bc07848fda8120/pdb.gz): 105 ms

reading 301 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

301 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:300});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Identification and optimisation of a series of N-(4-anilino-2-pyridyl)acetamide activin receptor-like kinase 1 (ALK1) inhibitors doi rcsb
molecule keywords	TGF-BETA RECEPTOR TYPE-1
molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
total genus	100
structure length	301
sequence length	301
ec nomenclature	ec 2.7.11.30: Receptor protein serine/threonine kinase.
pdb deposition date	2015-12-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00069	Pkinase	Protein kinase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	5friA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	5friA01

5D1JA 1DI9A 3SRVA 4GH2A 3S95A 2ITWA 4IB1A 4FG9A 2PVLA 2JAMA 2XH5A 3C13A 3CY3A 2C69A 5CQWA 2J5EA 3KMWA 2V62A 1ZLTA 4OTQA 3WIKA 2W05A 3EZVA 3C4WA 3KULB 4P2KA 4BWPA 4F63A 1XBBA 3TUCA 4PMSA 4L6QA 3ROCA 3CGFA 3TDWA 3PJ8A 5DH3A 5DHJA 3JUHA 5ETAA 4NUSA 5DBXA 1JKKA 2WEIA 2X2KA 4FV3A 3UQFA 1MQBA 2UZLA 3CXWA 1UWHA 5M4UA 1PYXA 4DF3A 5IA2A 4HCTA 4QQ5A 3L9NA 2JGZA 4U42A 3NYNA 3V8TA 4DITA 4LV5A 5KNJA 3GCUA 1A48A 2BTRA 4DFXE 4AXAA 3KMMA 5LVPA 1GIJA 5HG8A 2J51A 5CYIA 2C3JA 5I4NA 4FV7A 4WNPA 2OWBA 5I9VA 5IA0A 4F7LA 4UY9A 2GHGA 4CZYB 4DHFA 4FC0A 5H9BA 2GNIA 4AZTA 5EQEA 3KK8A 4NIFA 4YMJA 2QONA 2UVYA 5AA8A 3PXZA 5IA5A 4BI2A 4BVUA 1DM2A 4ANSA 5E4HA 3E7VA 4D2VA 5LCJA 3BU6A 4ALVA 4C3PA 4I1ZA 1XBAA 3CS9A 4JVGA 5ANDA 2A1AB 4O82A 4PNIA 3EL7A 5CZHA 4F6SA 4ZS0A 4EKKA 3W55A 2X7FA 3EQDA 2VTTA 3WZEA 4BDCA 4FSZA 2A0CX 4K18A 2BFXA 5J7HA 4C2WA 3BHUA 5EYMA 3QWKA 5K0XA 3AC4A 1TQMA 3ANRA 4R7IA 1A06A 5HX6A 3COKA 2C3IB 2R3LA 1CSNA 4KIKB 4QMMA 2ETKA 3RALA 3RWQA 4BCNA 3HA6A 4OTIA 1FBNA 2PL0A 3VF8A 2B0QA 3ZLWA 3GCPA 2R3NA 2WTIA 4GSBA 4UEUA 3PZHA 4XLIA 3NLBA 3VO3A 4QMPA 4JXFA 5IEXA 4MD9E 4QTEA 4G5PA 1WVYA 2IVSA 3NAXA 4FR4A 4MVFA 2ETMA 2YAAA 2AUHA 4UV0A 2HWPA 5D10A 3WF8A 3NNUA 1G8SA 2PULA 4ZZNA 3FXWA 4C7TA 4I93A 4XP0A 2GHLA 3EFJA 3GQIA 1X8BA 3V5PA 2P4IA 3PVWA 5E8UA 1ND4A 2CLXA 4X3FA 4RWJA 5HCZA 3SXRA 4USFA 3QUPA 4JQEA 4TN6A 1PYEA 4FSQA 4RJ8A 4HPUE 2XNMA 3KL8A 3T3UA 4NH1A 3D7TB 4O7WA 3FXZA 2KTYA 3ZOSA 4PP7A 3WF5A 3Q52A 2XNPA 4MD7E 5DE2A 1GY3A 4CQGA 2X1NA 2EB3A 2YCSA 4TT7A 1TQIA 2EXEA 2YISA 5EDQA 2O2UA 5B0XA 4NT4A 2PZPA 2WMSA 3EQIA 2W1EA 3UC3A 4FUYA 4Z7GA 2HY0A 4JS8A 4GKHA 4AS0A 5G1XA 4J8NA 4ZTMA 5HORA 2B9IA 3H3CA 4TTHB 2C30A 3R9OA 2VWWA 5C4LA 3FMMA 4FZ6A 3W2OA 4FKVA 4EHVA 4JR3A 5IQBA 3NPCA 1XO2B 2LGCA 3ACJA 4O1PA 4Y5QA 4RIYA 4U6RA 5AR3A 5HEZA 4C4FA 4FK6A 4CZTA 4TPTA 3QRUA 5DLSA 5EW3A 4HVDA 3D94A 2YDKA 5HNGA 4A4XA 2GNLA 2C5VA 3OTUA 2Z7LA 3AC8A 4D9TA 3BU3A 5KCVA 2GNHA 2FO0A 5EDRA 4D9UA 4PPAA 1KSWA 3QZFA 2W1FA 4M66A 5EI2A 5F94A 2HENA 4GG5A 1OL1A 1Q24A 4BGGA 4HZSA 5JEBA 5ACKA 1OBDA 4ONAA 4R5YA 2HELA 2ACXA 3C0IA 2P3GX 3TI1A 2H96A 1UNHA 2QR8A 3NCGA 3HAVA 4LG4A 4IJ9A 3AD5A 3KXHA 3RP9A 4EZ5A 3MFSA 4L44A 4AP7A 3U6IA 4MD8E 2OH4A 2VTQA 2CKQA 4E7WA 3Q6WA 4U80A 4BTMA 4OTWA 3R21A 2HZ0A 5CY3A 4OTRA 3TZ8A 2YIWA 3C4EA 4G34A 4FKLA 2YJSA 4L46A 1P14A 2WAJA 5CF8A 3QQHA 2I0VA 3O71A 4IWOA 5HKMA 5FP6A 2OXXA 3BHTA 3DJ6A 4Y5HA 1R3CA 5EHYA 5AUTA 2XEYA 4YJPA 1IA8A 3BQRA 3Q4ZA 3BV2A 1YHSA 4IIRA 3QD3A 3OD6X 2Y4PA 3PXKA 3Q53A 4C8BA 1DI8A 4GFMA 2CHLA 3S3IA 4CD0A 1LEWA 4L53A 1IAJA 3QYZA 1UNLA 2BFYA 2HW6A 5AV4A 1JQHA 4WKQA 4CNHA 3EQHA 4EK6A 3OCGA 4MBLA 5AR7A 5KMIA 2ERZE 3HV6A 4CCBA 3OHTA 3UP2A 3PLAE 3LXPA 3AQVA 3TN8A 5DR9A 3HA8A 3HDMA 4ASXA 1H00A 4FVPA 3F3VA 4FIJA 3ZRLA 3FYJX 2ZDUA 4I23A 3LQ3A 1YDSE 3GC9A 4ARKA 3LIJA 4BY9E 2BROA 5IA3A 4O27B 4EI4A 5I0BA 2ZM4A 2C3KA 3H9FA 3I4BA 4I5MA 2OU7A 3O51A 2CN5A 2OSCA 3LXLA 4FNXA 5FRIA 2C5OA 3KN5A 1Y8GA 5IKWA 3UIMA 3MTFA 3R7GA 4P5QA 3MESA 3GP0A 3POZA 4OUCA 4NTTA 3HMMA 2JDTA 4FTKA 2GSFA 2JC6A 4M67A 2XKCA 4BDEA 4TL0A 2B9JA 2X4ZA 4BIBA 3DV3A 4YURA 4PL5A 3JYAA 1A9UA 3D5VA 5C4KA 3A62A 5C8NA 5J79A 1OL7A 2ERKA 4XV1A 3PJ2A 3SW4A 4AW0A 4DGGA 4O81A 3W2SA 2GS7A 3I0OA 2O0UA 4FT7A 4F9WA 3BE2A 4IWPA 3E8EA 4BTJA 3N4TA 3ZLXA 5HESA 3AGLA 4D58A 5IDPA 4AW5A 3PJCA 4FNZA 3AC5A 3IDCA 3EFWA 4DE4A 3E8NA 4CV9A 3V5TA 5K4IA 2WQOA 4GS6A 3U9NA 5L8LA 5CF6A 4TYJA 3F3WA 3KFAA 4RBLA 5A54A 2GS2A 3HP2A 5HE1A 2F7XE 4PDSA 3VBXA 5HGIA 4IVAA 5HLNA 4AT4A 3RPYA 2X81A 2GQGA 2GQSA 4IVBA 1ZOGA 2HYYA 4E93A 5EFQA 4I5CA 2ONLA 3FL4A 3KC3A 4DEEA 1O6KA 2YM5A 5C9CA 4JLCA 3HUCA 4EK4A 5JGBA 4I20A 4UMTA 1H8FA 3ROYA 2ZAZA 2OZAA 2VTPA 5E8ZA 3W2QA 4QP2A 3KCKA 4AF3A 1QPEA 4FZDB 4KIPA 2Z8CA 4IB0A 4PTEA 4QP9A 2BRNA 4Q9SA 3PXQA 5FTQA 3UOHA 1W98A 4BDJA 2LAVA 1G3NA 2NNWB 1LR4A 2SRCA 3E8CA 4RFYA 4U43A 4FKQA 3O7LB 4J96A 4AZSA 4CRSA 5HD7A 2ZV2A 4FOBA 3PUPA 5I9UA 1R78A 3FMJA 4U81A 3ORPA 3DTWA 5FGKA 5CU0A 5FLFA 5TE0A 1VYWA 3KMUA 3D0EA 3PRFA 5HBJA 1ZZLA 3QX4A 4JJRA 3FSFA 3P23A 2YLFA 4GU6A 4H58A 2OK1A 4LOOA 4O1OA 4DH1A 2VWVA 4ZSEA 1ERKA 2J5FA 3U4WA 2C0IA 3CTQA 4DH8A 1YQJA 2H34A 5ANIA 2WQNA 5DT0A 5BUIA 1KE6A 4WG5A 4XOYA 2J0JA 2JBOA 4XG4A 4FSWA 5KMJA 2BTSA 2V5QA 3KULA 5IDNA 4BDFA 3LQ5A 3DBQA 4O91A 3UMWA 4YLLA 4NZWB 5E9EA 3LMHA 1QPCA 2UW3A 4X3FC 4KSQA 3ZFYA 5E8WA 3QGYA 2YHVA 2IWIA 3PP1A 4HVIA 4FKIA 4G31A 4RA5A 3R7EA 1WBPA 3TEIA 1ZWSA 4EBWA 1BKXA 4K1BA 4K77A 2J0LA 4L43A 4YBKA 2VZ6A 3P5KA 1PXLA 3W18A 2QNJA 3HV4A 2R0UA 5BQ0A 2H8HA 3KA0A 4M0ZA 4CFFA 3UZTA 3F7WA 4IAYA 4RA4A 3LW0A 3ZUTA 4X0MA 2PUNA 4G16A 5I5ZA 4K0YA 1WBSA 4PY1A 4L68A 4RVKA 4IHPA 1OPJA 1ZY4A 2X2LA 2ZV7A 3EHAA 3HECA 3OUKA 2X9FA 4QTDA 4G3CA 1ZYSA 3KF7A 4M68A 3DTCA 3WF6A 5M44A 4O0YA 4QNYA 2QOIA 3SOAA 1BL7A 2PZYA 4GCJA 3G9NA 3SD0A 2PYWA 2XNEA 2J90A 3H30A 4J97A 3FMEA 4RJ3A 4J95A 3TXOA 5L2TA 4BGQA 1U59A 3KY2A 4YSMA 3MPTA 3OCTA 5C26A 2XIRA 2C4GA 3VS3A 5LJJA 5I9ZA 5E91A 4FBXA 4MWIA 3VW6A 4PRJA 4M13A 4C37A 3Q2JA 1WZYA 2WTWA 5HIBA 3V5JA 3ZC6A 1CKJA 4CT2A 3UBDA 4JRNA 5KMNA 2C1BA 4L3PA 4JDIA 1TQPA 4XP2A 4JRVA 3A7GA 3QHRA 3QL8A 5CAUA 2QO7A 2XK4A 1YOLA 4V05A 5DA3A 4BFMA 3FI2A 3V5QA 4M12A 1STCE 5I3RA 5IQFA 2UZOA 3Q4TA 4X6QC 4AUAA 3CQUA 1ZOHA 5AP5A 4D5HA 4DG0E 2Y8OA 3BV3A 5JFWA 4O0UA 2ITYA 3TDVA 4D1SA 1YI6A 1M14A 1BI7A 4RIXA 1Q61A 5I9WA 1W0XC 3ZSIA 4C34A 1H1QA 5CTPA 2W5BA 3RMFA 2AC3A 2C6EA 5L8JA 4CTCA 3BE9A 5HTBA 4P4CA 3VS0A 1Q3WA 2BMCA 2O65A 3D7TA 4XEYA 4V0GA 4NW6A 3ZH8A 2PHKA 4X6RA 1ZARA 3A61A 3LFFA 1UU9A 2YZLA 4AGUA 3FKNA 3ATTA 4MEDA 3K3JA 3RAIA 3W2CA 3AC2A 3ENMA 3DS6A 2YIQA 3RZBA 4DGLC 3GU6A 1XWSA 2HK5A 4PF4A 2WMVA 4MBJA 3C0HA 4I24A 5CX9A 2WPAA 3FMDA 3FZRA 2O63A 1MRVA 2R5TA 4RX9A 3PTGA 1ZMVA 5AP2A 3SKCA 5IMXA 3R63A 3KK9A 4CFNA 1XH8A 4C0TA 4D2TA 2IVVA 3Q4CA 4XOZA 4UALA 1H1WA 4CFVA 4OTFA 3ZDIA 4FEWA 4N57A 3E5AA 5J95A 1F3MC 3CBLA 3Q9YA 3NAYA 4ACCA 1G8AA 4EOQA 5HTCA 2YAKA 4FG7A 3FZSA 2XCHA 4IAFA 1IRKA 2YM6A 4ID7A 4IAIA 4K6ZA 4LGHA 1RQQA 4RLKA 2JAVA 4F64A 4BICA 1OL2A 3LPBA 3P86A 3VQUA 4O7NA 4GKIA 3KRRA 4GRBA 1HCKA 2ITOA 3AT3A 3EQCA 3TNQB 3LXKA 4NK9A 4C57A 4B0GA 2BZIB 3MWUA 3FV8A 3O23A 5H8BA 4JOAA 3OXZA 4FV4A 4QD6A 4IVDA 4LYNA 4W8DA 2W9ZB 5T68A 5AIRA 4FYNA 3KXZA 3O0GA 4WHZA 3PLSA 4L42A 1Y6AA 4L7FA 2CNVA 4XX9A 2OXDA 4XRJA 4QPAA 4B4LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5FRIA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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