5HBJA

Cdk8-cycc in complex with 8-[2-amino-3-chloro-5-(1-methyl-1h-indazol-5-yl)-pyridin-4-yl]-2,8-diaza-spiro[4.5]decan-1-one
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
363
structure length
342
Chain Sequence
DKMDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKAVQLPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFLFNSPLVTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQSNPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFLTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of Potent, Selective, and Orally Bioavailable Small-Molecule Modulators of the Mediator Complex-Associated Kinases CDK8 and CDK19.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 94
structure length 342
sequence length 363
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2015-12-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5hbjA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5hbjA01
4C4HA 5E8YA 5LARA 3BE9A 2ZV8A 3DB8A 1YXUA 4R3CA 3BRBA 3ZS5A 2ZMCA 1GOLA 4K77A 4PL5A 5BVWA 5L8KA 2X9EA 3AMBA 4BWKA 4EHVA 2BFXA 5BYZA 4E6AA 4DEBA 3ZXZA 4AU8A 3SW7A 3F82A 3OHTA 3ZU7A 4E3CA 2PUUA 3KK8A 5JKGA 1IA9A 2QR7A 1E1XA 4FTMA 5A4CA 5KMMA 5C9CA 3UVPA 4ENXA 4IWDA 4WBOA 1U46A 2J50A 4MEDA 1H0WA 3EQCA 3QRUA 1H1SA 3BQRA 2YLFA 4PPCA 3WE8A 4YHFA 4RMZA 3WF5A 2YFXA 3MVJA 5KE0A 4B8LA 5CF5A 4OW8A 5FXSA 3D15A 3QKKA 4FTRA 2BRHA 2JITA 5HD4A 4OT5A 3MH3A 4WG4A 5IDPA 4EH7A 4MX9A 3RZBA 3KRRA 4G17A 2QO9A 5CEQA 5LCJA 4TYJA 3F5XA 5IU2A 4YC8A 3SW4A 4CV8A 2YIQA 4Y73A 5EI8A 2YITA 3DKOA 3RK9A 3CEKA 2C6MA 4O6LA 4ALWA 1UU3A 2BIKB 4FKLA 2IW6A 4KSQA 4ID7A 1Q8UA 4PQNA 4UYAA 5M56A 5EDQA 4IZYA 2J5FA 3I4BA 4CG8A 3PLAE 1H1PA 3E88A 1ZWSA 3HV3A 3QZGA 3P0MA 4FV1A 1ZRZA 4FL2A 4JQ7A 3L9MA 2C47A 3G2FA 3AT4A 4LGHA 5E7RA 2IVVA 5DYJA 1P4OA 4XX9A 3BI6A 5GZAA 3LFQA 3WBLA 3F2AA 5A4TA 4OTFA 2IZUA 3Q53A 4DE4A 3QKLA 2F49A 3OY3A 3MYGA 2WTJA 4IM2A 4A4LA 1ERKA 4GV1A 1PXLA 3LCTA 4PL4A 4RJ3A 4CQGA 2J0KA 4C37A 4NH1A 3KF7A 5CLPA 4U43A 4X0MA 1FVTA 5C8KA 2PVHA 3QLFA 4FYNA 3BBWA 3V5TA 5L2WA 4V0GA 1DAWA 3COKA 5JGAA 4ITJA 4YTIA 4FSUA 4IM0A 4XHKB 5AR4A 2HY81 4ZTNA 3V6RA 4B0GA 4FVRA 3VQUA 3HL7A 1CM8A 1QPEA 1U59A 5IH5A 3DJ6A 2JFMA 4L3JA 4H1MA 4W4VA 2GNFA 1Y91A 2JIUA 3V01A 3ZFXA 4MAOA 2IVUA 4YC3A 5E8ZA 4HCUA 5E8XA 3R7OA 2Z8CA 2H8HA 4ZMFA 3R7IA 2W1DA 1UWJA 4S34A 4JDKA 3O8PA 4ANNA 4HVIA 3LQ5A 3TG1A 2XZSA 2ITTA 2X8EA 3LM5A 3QTZA 3JY9A 4C7TA 5CF4A 3ROYA 3W10A 3NCGA 4LRMA 1MRUA 3G0EA 3QF9A 4HZSA 4XV1A 5D7AA 3UYSA 5K0XA 5LVOA 4FA2A 2IPXA 3I6UA 2R3OA 2XF0A 3II5A 3R7VA 2VN9A 1WBNA 4AP7A 2VTSA 4EH8A 5E1SA 1FOTA 4PPBA 4LL5A 4F4PA 3CIKA 3O96A 4S31A 2PMIA 3M11A 2PZRA 3CTJA 4R7HA 5H8GA 5AEPA 3TUCA 3K3IA 4A06A 2V22A 4RZVA 3HV5A 3ID6C 2ONLC 3Q32A 1R3CA 3R2YA 4IMYA 4RLKA 2YDKA 2WNTA 5CT0A 5AR2A 5IMXA 2O5KA 4CEGA 2JEDA 4Q5HA 4XOZA 3L8SA 3QKMA 4GS6A 4DEAA 4TYGA 4O21A 4N6YA 2EU9A 3ROCA 4F9WA 4EK8A 4G9CA 4QP3A 4TYHA 3RWQA 5CEPA 2Z7LA 5CANA 2IG7A 3IG7A 2UW0A 1PXMA 4TKSA 3QTUA 1XH5A 2YA9A 4TWNA 3P7BA 3EB0A 5HBEA 3PG1A 4I3ZA 3VF8A 5JK3A 2Y7JA 3N4VA 1SZMA 3QTXA 1XH7A 4AW0A 1R1WA 3I7CA 1OKYA 4HPUE 3AMYA 3ZO2A 4A9UA 5AP6A 1OITA 3F5UA 3FYKX 2EUFB 4NIFA 4F7NA 4B7TA 4XLVA 5IUIA 3WYXA 3VBWA 2XNEA 5C1QB 3ERKA 4XEYA 3Q2JA 3BGQA 4YSJA 3TDWA 3SOCA 2X6EA 1NVSA 3M42A 3W8LA 1UU7A 4W9XA 4BCFA 4D5KA 4EK4A 4CFVA 4QMXA 4CKJA 4L68A 2J7TA 4F08A 3KL8A 1K9AA 3UJGA 2ITZA 3MY1A 3OZ6A 4I5MA 2UZOA 5IEXA 1FPUA 2VUWA 4PUZA 3AGLA 3COMA 2DQ7X 3W8QA 4E4NA 3VBTA 1PF8A 3QRJA 3BU6A 2P4IA 3FPQA 4PX6A 1Y8YA 4XG6A 4QP4A 5D41A 4DFYA 3W32A 5CU2A 3VS5A 2WOUA 1OIUA 4P5QA 4C8BA 2J0LA 4KS7A 1T46A 4DLJA 3VC4A 5C26A 1F5QA 4F0GA 3DBCA 3QAME 2QNJA 4JIAA 3U9NA 2OI4X 2IW8A 2BTSA 3DQXA 2F2UA 2OWBA 3QQUA 4DCEA 4O83A 3BE2A 1NVQA 4DCAA 3SA0A 5CEOA 4J7BA 2ZDUA 4TNBA 4PNKA 2C0IA 3LKMA 1IA8A 5H9BA 3UC3A 4CTCA 3FI4A 1JOWB 2UZLA 3QHRA 5AR7A 4ANLA 5ITAA 2DS1A 1J3HA 4QNAA 5IQAA 1CSNA 3C4FA 2EXMA 4ZEGA 3TNQB 2LAVA 3THBA 2GTNA 1BLXA 4KKHA 2ESMA 4CYJA 3JXWA 3QTRA 3WF7A 3MB7A 5CU6A 5IA5A 2REIA 2QONA 3QQHA 4EJNA 5CX9A 3C0GA 4QMUA 3IOPA 1PXIA 2WMXA 5K9IA 4EOIA 2A4LA 4FEWA 5CU4A 1BL7A 3G0FA 2W9FB 3JPVA 4D28A 3G5DA 3REPA 2C3LA 3BIZA 4WNOA 3ZSHA 4DEGA 3PVWA 2JBPA 4HCTA 4L7SA 1ZYJA 2F57A 2UVZA 2C6DA 2W4JA 3U4WA 3VULA 2RG5A 4AGDA 2WMAA 4IXPA 5HZNA 4JR3A 4BCKA 3HDMA 2PZPA 4YJQA 2BAJA 4JAJA 4IANA 4RLLA 4HYHA 2I6LA 2RFEA 2O65A 4BZDA 4UX9A 1KSWA 3DTCA 5ANOA 3CY2A 5E8VA 2QURA 5KZ0A 1IASA 2B53A 3HMMA 1RDQE 4YGAA 4LQMA 1M7QA 5A3XA 3HECA 4K9YA 5HVKA 4BVUA 1K2PA 3MTLA 2VAGA 3OCGA 1IAJA 3V5QA 1ZMVA 4QYYA 2YM8A 3KEXA 3FMDA 3R1YA 2J0JA 3V5JA 1I09A 3W2OA 3D14A 2WZJA 4RJ7A 3OEFX 5I0BA 4D0XA 5GZ8A 1YDRE 2W06A 2UW6A 2XIKA 2E9OA 2PZ5A 4O38A 4FTKA 3KFAA 3QZFA 5DT4A 3ZLYA 1M52A 1XH6A 3R8MA 3KRLA 2EB3A 5HHWA 3MWUA 1XQZA 4BDGA 2NRUA 5L2SA 3LQ3A 3CCNA 2Z2WA 1DI8A 2CN5A 3H3CA 3OD6X 4USDA 2OJGA 3VJNA 2A19B 5EDPA 1YI4A 1Q41A 4M97A 2Y4IC 4RX5A 4O82A 4ALVA 1FMOE 3DOGA 4QTDA 1M14A 3TKIA 4ZTQA 1SVGA 4O0WA 1UU9A 5DPVA 3V3VA 4CT1A 4GW8A 4IVDA 2WQEA 2EXCX 1HCLA 2E9UA 2GHLA 2IW9A 4E7WA 4TL0A 5JT2A 3CJFA 4DBNA 5J5SA 3I7BA 5A6OA 2VX0A 2GNJA 4FKRA 4RFMA 5J79A 3NW7A 4IADA 1WBVA 5I9ZA 3DK7A 3PE2A 2GHGA 2ZB1A 1YKRA 2Y6OA 3T9IA 4FV3A 1IRKA 3NSZA 3OCTA 3OC1A 3PDTA 3KQ7A 4JRNA 3L1SA 4M69B 3LFFA 3TIZA 4DTKA 5AA8A 1PYXA 3HA8A 4L7FA 5A14A 1VJYA 4G3CA 3VNTA 1OZ1A 3U51A 3QWJA 4IX4A 1URWA 3QRIA 2FH9A 1UA2A 2XKEA 3GCPA 3K54A 4L53A 4D9TA 2FVDA 2P2HA 5IQGA 4FSYA 4G1WA 1KWPA 5BVOA 1GZNA 3QU0A 1LP4A 2GS2A 5EQPA 1RE8A 2PUPA 4XRJA 3ORPA 4PMSA 2X2LA 1M2RA 5CSPA 3CD8A 4CZUA 5KMOA 3UVQA 2JIVA 3B8QA 3UTOA 5A46A 5IG1A 4FZ7A 2QVSE 3LMHA 5J7BA 2IJMA 2E2BA 3KXNA 4R3PA 3PA5A 4C62A 3C50A 3PJCA 3QD4A 3SV0A 5AX9A 1STCE 4KBKA 4J8NA 3PY0A 2XIRA 4W4XA 4BWPA 4TZRA 2B9IA 5ANEA 2VO0A 4RVKA 3VQHA 2FGIA 4D2RA 4E6DA 3RM7A 3TUDA 3AC3A 3FL5A 4TPTA 4ZIMA 3RAKA 3VIDA 5AFVA 3LW0A 1E9HA 3OY1A 3FLSA 3JY0A 3DXPA 3FMEA 3ZM4A 3V5LA 4U3YA 4QOXA 5DR6A 2BAQA 3TZ9A 4UMRA 4TN6A 5IISA 3TIYA 5L8JA 3CTHA 3WIKA 3POZA 4NSTA 2O64A 4CD0A 3D83A 4M84A 5E8WA 4OR5A 4C3FA 5J1WA 4F7JA 3BU5A 2JDVA 4PF4A 2F9GA 5ANIA 4BDKA 3FUPA 4ANSA 2PUIA 3LLAA 5CAQA 4LUEA 3FYJX 1E1VA 5EKOA 4AFJA 3SG8A 3TJDA 2VWVA 4XG8A 5LMBA 4QTAA 4I41A 3CQWA 4GVAA 1U5QA 4S32A 5AWMA 3VUGA 4O86A 4ZSGA 1Y57A 4O0VA 4AFEA 2JDOA 2WQBA 4II5A 4QMLA 5FEEA 3ATTA 3EN5A 1QMZA 1VYWA 4O1OA 3UIUA 5CAPA 5FTGA 4GT4A 4GT5A 4YZNA 3ZM9A 5IH4A 1PY5A 3DPKA 1Y6AA 2RGPA 3OMVA 4M14A 4C35A 2G15A 3GCVA 2CNQA 5AUWA 4AUAA 4BCJA 3RJCA 3EHAA 3IGOA 4F9CA 4F9AA 4BCQA 4M7IA 5FGKA 4CVAA 2R3RA 3QCSA 4F09A 3FXZA 3Q5IA 4XG2A 3LXNA 1WZYA 3IW4A 3TV7A 2PULA 4PP9A 4BYIA 1IEPA 3EZRA 5FQDC 3RGFA 4CFFA 5K3YA 4EUUA 1ZZLA 3A7JA 5LVLA 4ZTHA 4NM7A 3H9FA 5ETFA 3PJ2A 4O7YA 4KINA 3EWHA 4FT0A 4FVQA 4I4EA 2W4OA 4FL1A 4RC4A 4CLIA 4Z3VA 2WIHA 2VX1A 4IAZA 3DAKA 5D10A 2J6MA 5BYLA 5HLPA 3FXWA 2XNOA 3D0EA 2A2AA 1JKSA 4NT4A 1YHWA 4L43A 3QQFA 3QUDA 4ZJVA 2OSCA 4XBUA 2WMTA 3RAIA 3F7WA 5A6NA 3PIZA 4FZDB 4RQKA 3FQSA 4CMUA 2IZTA 2X8DA 3KXZA 3OTUA 4O6EA 4JI9A 4ACDA 5EQEA 4FG7A 2UW8A 5E92A 4IFCA 4DT8A 2W1CA 2C3KA 3I0QA 2VWZA 4G2FA 3FY0A 4JT3A 4BCHA 4FTQA 5EDRA 4FE2A 5AV2A 5HIBA 3U87A 1MUOA 2O0UA 2I1MA 2X9FA 4BI1A 3DBQA 1YXVA 3I79A 3OS3A 3LFAA 3GBZA 3PA4A 2FO0A 4H1JA 2BILB 5AP1A 5CAOA 4XYFA 4H3BA 4DTAA 4O2PA 2Z60A 2UZNA 1PMVA 2V0DA 1YW2A 2J90A 2XM9A 2QO7A 1R0EA 4AZFA 4CMTA 5K4JA 3AT3A 5BUIA 2BPMA 2CNUA 1A06A 4FL3A 4AQCA 4IDVA 4OBQA 5HG9A 3C1XA 3K2LA 3POOA 4I0SA 5HU3A 5HTCA 4FSWA 1LUFA 4ONAA 5D12A 4GRBA 4WNKA 4HGLA 5DRBA 4DFZE 5TF9A 2OJIA 2OK1A 3HRBA 3EQRA 4DF3A 2WPAA 3I0OA 2PZYA 1Q99A 4IAAA 3AT2A 3RK7A 2HZIA 3EQBA 1NY3A 2GDOA 3H9RA 2RKUA 3ZDIA 4O7RA 4O0RA 4K8AA 3MDYA 4JVGA 3ZCLA 3TI1A 2CNVA 3EYGA 2O63A 4D0WA 4DA5A 2OXDA 2OLCA 3QALE 4IB0A 4EQUA 4PDPA 4AT3A 3B8RA 3Q52A 2XKFA 5EYKA 2PVNA 1PMNA 2XIZA 4R5SA 5AP3A 4QMZA 3FLWA 3DLZA 1ZYLA 4CCUA 4BY9E 4O0UA 3DAJA 3EQIA 2B9HA 3O23A 3OCBA 4B99A 5J87A 3BHVA 3L8VA 2OG8A 4BGHA 5CEMA 1G8AA 3BHTA 2C68A 3LJ0A 3HGKA 4GYIA 4V04A 4XG7A 2BDWA 3UP2A 3W2PA 2QLUA 4QPAA 5J7HA 3ZONA 5KMIA 5FTOA 4FK3A 3UG1A 2Q0BA 2OF2A 2WQOA 2YN8A 4O2ZA 4CZTA 4HVDA 2BZHB 1WBPA 1YI3A 4IDTA 2WQMA 2IWIA 2W1GA 3KMWA 4RIWB 3RI1A 3WZDA 3ZOSA 4AS0A 4BDDA 3HV4A 4G3GA 3U54A 3RINA 3I5NA 5EH0A 3KXHA 4YBJA 1V0BA 3QBNA 1SNXA 2WTIA 2YM4A 3V8WA 1XBBA 3ACKA 3EQFA 1URCA 3HRCA 3MB6A 4BCOA 5H8BA 4RWJA 2PL0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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