5HTB | Genus

Total Genus 115

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	115
sequence length	328
structure length	328
Chain Sequence	GPVPFSHCLPTEKLQRCEKIGEGVFGEVFQTIADHTPVAIKIIAIEGPDLVNGSHQKTFEEILPEIIISKELSLLSGEVCNRTEGFIGLNSVHCVQGSYPPLLLKAWDHYNSTKGSANDRPDFFKDDQLFIVLEFEFGGIDLEQMRTKLSSLATAKSILHQLTASLAVAEASLRFEHRDLHWGNVLLKKTSLKKLHYTLNGKSSTIPSCGLQVSIIDYTLSRLERDGIVVFCDVSMDEDLFTGDGDYQFDIYRLMKKENNNRWGEYHPYSNVLWLHYLTDKMLKQMTFKTKCNTPAMKQIKRKIQEFHRTMLNFSSATDLLCQHSLFK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__3294547507381318__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__3294547507381318__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5HTB/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__3294547507381318__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"3294547507381318","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5HTB/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__3294547507381318__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0dc7f39e0af8035088a61a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0dc7f39e0af8035088a61a/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0dc7f39e0af8035088a61a/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0dc7f39e0af8035088a61a/pdb.gz): 564 ms

reading 328 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

328 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:327});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Transferase
source organism	Homo sapiens
publication title	Co-crystal structures of the protein kinase haspin with bisubstrate inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Serine/threonine-protein kinase haspin
total genus	115
structure length	328
sequence length	328
ec nomenclature	ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date	2016-01-26

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.510.10	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Transferase(Phosphotransferase); domain 1	Transferase(Phosphotransferase) domain 1	5htbA02
3.30.200.20	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Phosphorylase Kinase; domain 1	Phosphorylase Kinase; domain 1	5htbA01

4JAJA 1IAJA 3RVGA 3FAAA 3PP1A 4XYFA 3R7EA 1YDTE 2LAVA 1XH7A 3OWJA 3VJOA 5L2WA 4FTKA 3FMKA 2R3NA 2R0UA 3GBZA 3P7BA 4NZWB 3UIXA 4G16A 4UMUA 3LCOA 3FZSA 5HZNA 3T9TA 2R0IA 4BY9E 3GU7A 4EQMA 4QP8A 3NYVA 2YIWA 3IECA 3R73A 4QPAA 2BAKA 3W16A 4CD0A 4D1ZA 4RQKA 4OTFA 2OF4A 3FMMA 2XMYA 4Y5HA 3PDTA 5HBJA 1BYGA 2C6EA 4AGWA 3D5UA 2JFMA 3PA3A 3ZH8A 3ANRA 4S31A 3ITZA 5K4IA 3UIUA 2VTMA 3CXWA 5CU3A 3OROA 2XB7A 4AOTA 2H6DA 2UZVA 3O71A 4G9CA 5HVKA 1Q62A 2PE1A 4BZDA 3R7OA 3R6XA 2W1FA 1PXJA 3RAIA 4DAWA 1PW2A 4EC9A 4HYSA 3ZCLA 4FL2A 3I7BA 3VF9A 4YMJA 3MY0A 3V8SA 2CN8A 1YDSE 2WTWA 3RK9A 3HUBA 5CSWA 1V0PA 3P08A 4IWOA 4A9UA 4BWPA 3NUPA 1FPUA 3F7ZA 5DR6A 4FSNA 2HYYA 4J97A 3KXXA 4WRGA 5FDPA 3CR0A 3LFNA 3F88A 4JBOA 3MTLA 4RJ5A 5IQDA 5HO6A 3BBWA 4S30A 4XP2A 4D9TA 4O2PA 3U87A 1XR1A 5KMJA 4MAOA 3NIEA 4C58A 4MHAA 3VBYA 2ZV2A 2I7QA 3MW1A 3CY2A 4WOVA 3OD6X 1WBWA 4DGGA 1FMOE 3GNIB 3CEKA 2XIYA 3ZRLA 4P4CA 3V04A 4NKAA 5E8WA 4FKOA 5AP4A 4U3ZA 4EUUA 5HTIA 3V5QA 4O0YA 5HD7A 2ZYBA 4X3FA 4YJQA 4M0ZA 5B0XA 1XQZA 3Q2MA 4FSZA 3LKMA 2W1IA 4MD7E 4EOMA 5JSMA 4QMYA 4FT5A 3R71A 3AD4A 3MIAA 4WA9A 3GFWA 3IOKA 1OUKA 4MXZA 3R2YA 3TIZA 2Z2WA 4BDDA 3FZTA 4UN0C 5CASA 5I5ZA 1MRUA 2IJMA 4O0XA 4BIDA 3FHRA 4Q2AA 4YHTA 3LPBA 4ACCA 2HWPA 3BKBA 4YSJA 5IUGA 1Y6AA 1KSWA 4IWDA 3CD3A 3QKLA 3A8WA 1BX6A 3WYXA 2YJSA 2X1NA 5ACKA 1DS5A 4QP4A 5LMAA 4WG3A 4L7FA 1G3NA 4JRVA 4IAKA 3R7VA 3U6JA 3P4KA 3UVQA 4C8BA 3EQHA 3MV5A 1ZY4A 2C0IA 3D5VA 4PTCA 2R7IA 3G6GA 2OGVA 4QMPA 5AP2A 2Y4PA 4PX6A 4R6VA 2J5EA 5E8YA 5EH0A 5TKDA 4EOSA 2VZ6A 4N6ZA 3R1YA 4JBVA 4ZSLA 1QPJA 1LUFA 3H10A 4D2VA 4F7JA 2BRBA 1S9JA 4GW8A 4EOPA 5HG8A 2PPQA 4E1ZA 5H9BA 1JSUA 3MH3A 3VBXA 3VRZA 3BX5A 3IW8A 1R3CA 3SC1A 3V51A 2GNHA 4APPA 4G2FA 5EFQA 5BVWA 5HE2A 5EI2A 5AR7A 2ERZE 4E4LA 3TKHA 3VUDA 5HX8A 4RIWA 3MVMA 4BWXA 4AACA 4YNOA 5AWMA 2O65A 4IAIA 4MWIA 3PXRA 4KS7A 3R7YA 3VAPA 3MGYA 1DAYA 5L4QA 1QL6A 5LARA 3FEGA 3QALE 3R83A 3D4QA 4I6BA 4O96A 3W33A 4CV8A 4ZS4A 4OTGA 5EYCA 4CTBA 1PXIA 5EDRA 3QYWA 4EC8A 3UOKA 2VRXA 3H0YA 5KKRC 3T3VA 5H8BA 3C4CA 1KWPA 3GOKA 4D2TA 3PZHA 3MFRA 1STCE 3A2CA 4BKZA 4DLJA 4A07A 3FI8A 3CGOA 2V5QA 3LFSA 3FLQA 4F65A 3OBJA 4AZFA 2XNGA 5BPYA 4TYHB 5ETIA 4ALVA 2QNJA 2B9IA 1FGKA 4NM0A 1H25A 4AN9A 1H27A 1XHAA 1GZ8A 4TWNA 5L8LA 2X4FA 4J98A 3P9JA 4I6QA 5DN3A 3DGKA 5L8JA 4KWPA 5HKMA 3VUTA 2VO0A 3WZJA 5BVNA 4FG8A 1WVWA 3DTWA 3LLAA 4UZDA 3D83A 4O27B 1Y8YA 3O23A 3PTGA 4MTAA 5HE1A 2YDJA 2ONLA 4FX3A 3VRYA 3CSVA 4QTCA 3QQUA 3I4BA 3QYZA 4UV0A 5IA2A 3UP7A 3OY3A 5G1XA 4IB1A 2YCQA 3KN5A 3HECA 1YI3A 2XH5A 3E62A 1M17A 4GIIA 3O7LD 1RW8A 4F6UA 4S2ZA 4HGSA 2VNWA 2W5HA 4BKYA 4HZSA 2E9NA 4LG4A 4EK8A 3G15A 4AGCA 3TG1A 5FEEA 1OKZA 4WNMA 5JGAA 4TW9A 1W0XC 3VS3A 5LVOA 3HUCA 1Y8GA 5GINE 4J95A 1ZOGA 1FOTA 4ZTNA 5AAFA 4ZSEA 3R7GA 4GVJA 4NSTA 3TJDA 1Q24A 5DYJA 1YWVA 3QAME 4ZSGA 1ZOHA 4YNEA 1OMWA 2BFXA 3ZO1A 3EYGA 2IW8A 4E4XA 4O7RA 4ZIMA 4L00A 3NYOA 3THBA 5HLNA 4MCVA 4CFUA 2QG5A 4YC6A 4D4YA 2PVYA 5AFVA 3AC1A 5KMMA 2X2LA 2HW7A 3TNPC 5IQIA 4RIXB 1U54B 1YI4A 4JT3A 2JIVA 5E4HA 4OLIA 1XBCA 2F4JA 4WT6A 3RK5A 3LQ8A 3ZLSA 5C26A 4G9RA 3MB7A 1WBSA 3A7IA 3L9PA 2C4GA 4LOPA 3CQWA 4YP8A 1W83A 3COKA 4I41A 5L8KA 4UMRA 3VS6A 2GS6A 2VTSA 3ZDUA 5CT0A 2O0UA 3D94A 3V6RA 2W1EA 4M69A 2YZLA 3A7FA 3I0QA 4H1MA 4MYGA 2PVMA 2PMIA 4I3ZA 1HCKA 2VGOA 4B8LA 1URCA 4GIHA 3PVUA 5BUIA 2OJ9A 4E3CA 2G1TA 4FL3A 3CLYA 4D2PA 4IC7A 2ITWA 1H00A 2F49A 4DE4A 2WD1A 2QO2A 4I6HA 1YI6A 2J5FA 2ZVAA 3I7CA 3SV0A 3W8LA 4D9UA 3Q6UA 3TT0A 4V01A 2YAKA 3PWDA 1QPEA 2FGIA 5CSXA 3ZUUA 4AW1A 3GU5A 5CS6A 2QC6A 3ROCA 3BHYA 4D2SA 5D11A 3QQKA 1WZYA 4BCQA 4UMQA 4DBXA 2BHHA 4JOAA 4IEBA 5A14A 2PU8A 4HYUA 2XK8A 3TDVA 1R39A 2W99B 3C4WA 2XK7A 4JX3A 4MNEA 3OY1A 3CTQA 2C5OA 4WUNA 3RPVA 3E92A 4YJRA 3P1AA 3DLZA 4GT5A 4HNIA 1F0QA 3PSCA 4ITJA 3R9HA 5AR5A 2XM8A 3A61A 2C5YA 4CMOA 3NUUA 5T6KA 4M7IA 2VWWA 4BIBA 4UMPA 4K1BA 3F69A 2R3JA 3TCPA 5D12A 3MN3A 5HCXA 2J0MB 4IVAA 3KRLA 3KXNA 3NX8A 2WMTA 3OCTA 4MEDA 3RINA 4ZTMA 4FGRA 1PXOA 5E92A 4CT2A 2FA2A 5K0XA 3UZPA 3MVHA 2Z60A 2PVJA 2DYLA 2OH0E 1OPJA 3D14A 2YA9A 4RC2A 1M7QA 5CSPA 4O86A 3LM0A 4RC3A 2PWLA 3AT2A 4YZBA 2W1HA 2QU6A 4KABA 3RALA 3LFBA 2VNYA 1ZMUA 4ZSJA 3ANQA 1CMKE 2ITUA 4AW2A 5HU9A 4QRCA 4QQTA 4IVBA 2QKWB 4KSPA 5J8IA 3NS9A 3ZONA 4FTJA 4H36A 4YGAA 3DU8A 1XH5A 3CP9A 1FMKA 3PXFA 3M11A 1XH4A 2W1DA 4EBVA 4W4VA 2C3LA 2B53A 4KIKA 3PIXA 3MFUA 3RP9A 4D28A 3A7JA 4I5HA 3K5UA 5L6PA 5CVHA 2W7XA 3FMDA 5TF9A 4BCHA 1OIRA 2YERA 3NRMA 4YJPA 4ALWA 3PLAE 4R3CA 4HVHA 5E8ZA 4RLLA 2R3KA 4ZJVA 3TUBA 4RZWA 3CPBA 1OECA 3AG9A 5C9CA 4BBEA 4DGLC 4GK2A 2I6LA 2NRUA 2XJ1A 2UZWE 1YHSA 3ULZA 3FV8A 2Y4IB 2EB2A 4IX6A 3FPQA 3N4TA 2Q0BA 3DJ6A 4M13A 3EL8A 2R4BA 2HWOA 4C33A 4K9YA 2R3OA 4UZHA 3KB7A 2QO7A 4FZAB 3OC1A 4YC8A 4PF4A 3E5AA 3I79A 2WQBA 3KMMA 4IACA 3EB0A 3NIZA 2WTJA 4RWKA 2WIHA 4AOIA 4ZTSA 1GZKA 2CLXA 3FLSA 1ZOEA 3Q4TA 3TI1A 4EZ3A 5LMKC 4AE6A 3ID6C 3VO3A 3HKOA 1OGUA 1YXTA 3PPZA 1UV5A 4P5ZA 2XJ2A 4RJ8A 2PVLA 3SHEA 4FKRA 5CEKA 1DAWA 4JDHA 5BMMA 3RWPA 4D55A 4NJDA 4K0YA 4F1OA 5M57A 1M52A 4FKJA 2RSVA 5EOLA 3PA4A 3C0HA 5ANOA 4AXAA 4AFEA 2JGZA 5CXZA 2OZAB 4FIHA 5BUJA 5HLWA 2CJMA 2AYPA 4FKUA 3PJCA 3Q04A 4WSQA 3BGPA 3BI6A 3KVXA 4AA4A 1NXKA 4AZEA 3A60A 3T8OA 4GT3A 3IDBA 5CLPA 5IEXA 3PIYA 2IZSA 4HGEA 5E8TA 5I9UA 3HMIA 5IEVA 4O81A 5HO8A 3NUAA 2RGPA 4AS0A 4CFFA 1JSTA 2XZSA 4EYJA 4ITHA 4FT3A 4IBMA 3ZDIA 2IPXA 2REIA 4BI1A 2J90A 1H8FA 3O7LB 3MA6A 4FTUA 2XVDA 3KQ7A 4Q9SA 1OL5A 5HBEA 4UY9A 4YLKA 4MBJA 4WD5A 2HY0A 2RFEA 1PMVA 4TWPA 3C13A 3HLLA 4B99A 4IQ6A 4HNFA 3DK7A 3Q52A 4XV2A 2ZDUA 4L3JA 2Z7QA 4IHPA 4QMMA 2GFSA 3KULB 4PMTA 4FNZA 3Q6WA 4FTMA 3SAYA 3WIKA 3DK6A 3EL7A 2VN9A 2CGWA 2GMXA 3VNTA 2BKKA 2WQNA 1OBGA 4R8QA 4CCBA 4PPBA 1PY5A 2R2PA 2RKUA 3CBLA 4FKGA 4PMSA 4DYMA 1H1QA 4O1PA 3R22A 3R8ZA 4WNOA 4XS2A 3KEXA 4E73A 4E4MA 4I93A 1Q97A 5KE0A 5E9EA 1UU9A 2BZHB 2QOLA 3R28A 4QP9A 4MXAA 3RPYA 2OJJA 5AUVA 4KD1A 2QR8A 4O7LA 3OT8A 2C3IB 3QCQA 5DI1A 5DG5A 5HVYA 5FXSA 2X8DA 2XNMA 5HGIA 3RKBA 3EFLA 4RA5A 2QHMA 1ZYCA 3DXPA 2E9PA 2QOKA 5BVKA 1FQ1B 1UU7A 3BE9A 3CD8A 5KCVA 3QXOA 4EHGA 3RHKA 4EQUA 4NIFA 2QO9A 2WKMA 5CAPA 4I21A 5M53A 2XRWA 4BR3A 4U5JA 5FLFA 5KHWA 4G34A 5IQGA 3TACA 2J51A 2R64A 3HNGA 4CEGA 5CENA 3G9LX 3ORXA 4HZRA 4FG9A 2CCIA 4K11A 4F99A 1ZARA 4BDBA 1K2PA 3NR9A 4HYIA 4YJSA 2W1ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5HTBA

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