5HX6A

Crystal structure of rip1 kinase with a benzo[b][1,4]oxazepin-4-one
Total Genus 75

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
285
structure length
259
Chain Sequence
IKMKSSDFLESAELDSGKVSLAFHRTQGLMIMKTVYKGPNCIEHNEALLEEAKMMNRLRHSRVVKLLGVIIEEGKYSLVMEYMEKGNLMHVLKAEMSTPLSVKGRIILEIIEGMAYLHGKGVIHKDLKPENILVDNDFHIKIADLGLASFKMWSKLNGTLYYMAPEHLNDVNAKPTEKSDVYSFAVVLWAIFANKEPYEQQLIMAIKSGNRPDVDDITEYCPREIISLMKLCWEANPEARPTFPGIEEKFRPFYLSQLE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYTI2 (72-75)TIV1 (24-30)S1 (11-12)S2 (17-23)3H1 (14-16)S3 (31-36)TIV2 (36-39)S4 (40-49)S9 (152-154)TIV3 (53-56)AH1 (56-69)AH3 (112-132)3H2 (141-143)S5 (78-84)TI'1 (84-87)S6 (87-93)AH2 (100-105)S7 (98-99)TI7 (189-192)AH5 (207-223)TIV4 (136-139)TVIII1 (106-109)3H4 (249-251)TI4 (147-150)S8 (144-146)AH4 (163-168)TI6 (159-162)AH6 (234-243)TI8 (190-193)3H3 (195-197)TI9 (200-203)TII1 (197-200)TI5 (156-159)AH7 (258-268)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title DNA-Encoded Library Screening Identifies Benzo[b][1,4]oxazepin-4-ones as Highly Potent and Monoselective Receptor Interacting Protein 1 Kinase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Receptor-interacting serine/threonine-protein kinase 1
total genus 75
structure length 259
sequence length 285
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5hx6A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5hx6A01
2VTSA 3B8RA 3DBDA 3GT8A 3HMMA 2J0JA 3BYOA 4FSRA 3R7GA 4AZWA 1R0PA 4F7NA 5H3QA 4C37A 2WMRA 4C4EA 1P2AA 3KRLA 3FY2A 5CASA 2WTJA 5B2LA 4XP0A 4ZTQA 5JH6A 1PXNA 2B9FA 3PWDA 5FQDC 2EXCX 2IN6A 2YJRA 4YO4A 5M4UA 3OROA 4QMWA 3LMHA 4XJ0A 5DH3A 4APCA 2HZ4A 3NNVA 2E9UA 1YXUA 5CU0A 3IOPA 3ALOA 2QO9A 3QCXA 5CQUA 2IW8A 2R3HA 4TYGA 2VZ6A 4H3BA 1PW2A 5TR6A 1WBPA 4FYNA 4ZEGA 4HVHA 1HCKA 4QQ5A 1R78A 3P86A 4V05A 2JDVA 5HD7A 5FTOA 5JFVA 2CNVA 3JYAA 5JFWA 5DR9A 2YITA 2G2IA 3POZA 4U3YA 3QGYA 1Q3WA 2ITXA 4QMPA 4RA4A 3L8VA 5KBQA 3KC3A 4GW8A 3E93A 4I5CA 2OH0E 2VO7A 4PTGA 3KXMA 3ITZA 4V04A 1CTPE 3LCSA 4HPUE 1KE8A 3RI1A 4EC8A 3F69A 4LGDA 4O7SA 5AUYA 4RG0A 4BDEA 3ZHPC 5J7BA 3MFUA 2GQSA 4KKHA 4RX9A 2ITTA 3HV5A 3W2QA 5I3OA 1H1SA 3MFSA 4L3PA 5KMOA 3VBYA 4BCFA 4DGNA 4FX3A 4GRBA 4FG8A 5D7AA 4AA5A 1GAGA 2PL0A 4AFJA 2G2HA 3AT4A 3ZMMA 4F7SA 3IDCA 3ZFMA 4AN3A 3NVMB 5DRBA 5BUJA 1YI4A 2VU3A 5IH6A 4EBVA 4PWNA 3OY1A 4RWIA 1G8SA 4J98A 1CKJA 3QRTA 1BI7A 5F4NA 2V5QA 4RIWA 4D2TA 5L8LA 2X8EA 3BU5A 5L2SA 4Y95A 3UQFA 3O8PA 3QC4A 2GHGA 5H9BA 4IB5A 3QKKA 4TZRA 4JX7A 3KU2A 4CGAA 3ZSGA 1UKHA 2HW7A 4WO5A 4ACHA 2PHKA 4O7VA 3W2PA 2IWIA 3TZ7A 2XP2A 3DK7A 3QYWA 3TNIA 2ZB0A 3EN6A 5I4NA 4PNIA 5K4IA 3TUDA 4BDGA 4DGLC 4FSYA 4HCTA 5CU6A 1Q8UA 2C3IB 5FXRA 4K18A 3AXWA 4DTAA 4B8LA 4GKHA 1OB3A 4ZTMA 4KKEA 1Y6BA 2HK5A 4I5PA 4DAWA 1H1PA 3KB7A 4PTEA 2O64A 4UXQA 2BHEA 4O7YA 4ZZNA 4CG8A 1LP4A 2J6MA 4FKQA 4W4XA 3ENHA 4BCGA 4A9SA 1RE8A 2H9VA 4TY1A 1XBAA 3I81A 5C27A 3MB7A 4RIXA 3R8LA 3SG8A 4MD7E 5AUUA 4A9YA 3R2YA 3CTJA 4FEQA 4IE9A 3NIZA 5IA0A 2A2AA 2E9OA 5IH5A 1OVEA 5HE0A 4G3DA 1JWHA 4UMPA 5IQDA 3IECA 3O8TA 3PY3A 2R3MA 4M13A 2BRHA 3QTSA 4GK3A 3FMJA 4FNZA 4IVDA 4X3FB 2ITOA 3Q6UA 5AA9A 4PUZA 4CMOA 3OT3A 1I44A 5KMIA 2UZNA 3ORXA 4KSPA 4JRVA 3DB6A 4R1VA 4M0YA 4L01A 1Q24A 3WZKA 1YRPA 2C68A 4ZTSA 4N0SA 5CAQA 3DTCA 1PMEA 3TIYA 2IZUA 2VN9A 3RNYA 1FMKA 2UZEA 4IFGA 2BRBA 5CX9A 3IW8A 3FKOA 4FI1A 3V8SA 4BI0A 3UBDA 3V8TA 3BHUA 2WTWA 5DN3A 3CQUA 4AU8A 5IZFA 2QG5A 3DLSA 3JXWA 4JRNA 3UG2A 3DQXA 2VTTA 2UW6A 4FTQA 3H9FA 2ITYA 1OM1A 4ZP5A 4CLIA 3R22A 4F7LA 3RINA 1BMKA 2XKCA 4YGAA 4ZLYA 2IO6A 3BE2A 1UWJA 4ZOGA 2JFLA 2X8IA 3ERKA 2ERKA 1CMKE 3OOGA 3QU0A 4EOIA 2JEDA 2GSFA 1OL5A 3VVHA 3PJ3A 5C26A 2FSOX 1XH6A 2OGVA 2I40A 2VNWA 3EQIA 4RSSA 3K5UA 1APME 4BCHA 3GCVA 4X2JA 5LWMA 3CQEA 3HMPA 3EQPA 1A48A 4ZSJA 2PZYA 5EDPA 3VF8A 5JFXA 3L8PA 4QMQA 2B54A 4PMTA 3QXPA 5A54A 4KUJA 4D2PA 4CFMA 4ANNA 2CNQA 3PG1A 4KRDA 1MP8A 2W1DA 4RWJA 2OIBA 5HZNA 3VRYA 2A19B 4WG5A 3QWKA 3LKMA 3VQUA 2I1MA 3JUHA 2OG8A 4BCMA 3FEGA 2G1TA 4RVMA 1JSUA 3QRKA 3VO3A 2JIIA 2WTKB 3E5AA 3HRCA 2C5YA 3TDWA 4YJQA 1ZYCA 2QO7A 3OCSA 5CSVA 4D4RA 4QT1A 1UU7A 3EN7A 4FKRA 1PJKA 4UZDA 2WMAA 3NNUA 2Y7JA 4MNFA 3TWJA 4DG2E 2PPQA 4ZSAA 1O6KA 4BCIA 4WBBB 4G34A 3CEKA 3LFBA 3HV4A 3PXQA 4CFUA 5FLFA 5L6OA 3DZQA 5I9UA 2C47A 3LMIA 1U54B 3OFMA 4JXFA 4HPTE 4AOIA 3QZHA 3DXQA 4PV0A 4PDSA 2UZBA 4B7TA 4F09A 4RIYB 4EH6A 5CU4A 4BR3A 3UVPA 2P2HA 2XYNA 4M66A 3ACJA 3G0FA 2Y4PA 3K54A 5ANKA 4DT8A 4P4CA 4TNDA 1ND4A 3QQGA 4HOKA 4EQUA 3QX2A 2F7EE 2UVZA 2X7GA 2OZAA 1WZYA 4BGQA 4CMTA 4GYGA 3HX4A 1BYGA 4AF3A 2FSTX 4S30A 4BB4A 1ZYLA 2PVKA 5FGKA 1MRVA 3BLRA 4MYGA 1YQJA 3II5A 5LVLA 5TOZA 4FEUA 4PTCA 5D12A 2VX0A 2WPAA 4M14A 2XRUA 5AV1A 4XBUA 3CTHA 2X9EA 3A7JA 3MDYA 3R63A 4IZYA 3RTPA 2QODA 4PF4A 5BMMA 3FZRA 3NW6A 4WNKA 2LGCA 5HBJA 2W1HA 3DAKA 3QCYA 2C3KA 3COKA 3BHHA 3V5LA 5BMSA 3HA6A 4AGWA 4FTAA 3EB0A 4D5HA 3BLQA 2VV9A 2GNGA 2OSCA 2W4KA 3DY7A 4KNBA 5A3XA 3Q9XA 4BCQA 3OEFX 2VTOA 4EWHA 1IA9A 2J0MB 2BFXA 2W05A 4D2RA 2RFEA 2CGXA 4R7HA 4C62A 4QPMA 5C8MA 4I22A 3V6RA 2B9IA 4FIHA 4R1YA 3D5UA 4YZNA 3OXIA 2OO8X 5CT0A 1OL1A 5EHOA 4FL2A 4BTJA 2WZJA 3HVCA 1YHSA 3TZMA 5F9EA 5CLPA 3GI3A 3RGFA 4XUFA 3BGQA 2BDJA 2HY0A 4TYIA 4U81A 5KMKA 4EOMA 3TV6A 3E3PA 3VS6A 4AG8A 4Z3VA 1SZMA 3O17A 4JBQA 3GC8A 2QOHA 2OWBA 5HLNA 1NVRA 4XP3A 3AT2A 3NUAA 4DH5A 2O65A 4FKTA 4O0SA 3R9DA 1B38A 2X2LA 1G5SA 4BIDA 4RFYA 2R64A 2OFUA 3UNJA 4BDFA 4RBLA 3RM7A 5BVNA 1PXJA 4D0XA 3DAEA 3UPZA 5DT3A 3C4CA 5IQCA 5C8KA 4MTAA 2QOKA 2R3RA 2F57A 4FV4A 4I5MA 3WZEA 1BL6A 4QPAA 3KULB 4OBOA 3VS3A 4X7QA 2R3IA 5FTQA 3BEGA 3LM5A 4XV2A 4C58A 4Z7GA 4E1ZA 3C4WA 1ZAOA 4ANMA 2BRGA 5AP1A 3RHKA 1YOMA 4HYSA 4LOOA 3GC0A 4RVTA 2P2IA 3NUYA 3ZRMA 4DH7A 4O7TA 5L8KA 4A7CA 3FMEA 2X4ZA 4R5SA 3A7FA 4M84A 3SC1A 5CENA 3KFAA 4GS6A 2BAKA 2FO0A 3C1XA 3CKWA 4RA5A 5E92A 5EH0A 4E6QA 4NM3A 3Q4TA 2PU8A 3Q2JA 4O1OA 3DK3A 4DFZE 4FT0A 1Q97A 4JAIA 4U43A 3I5ZA 3BU6A 3HV3A 4E93A 2Z02A 3B8QA 3P79A 3A8WA 2UZOA 5AWMA 2F2CB 4LQMA 3H0YA 3I79A 3BPRA 3F3VA 3ALNA 3EYHA 4PP9A 5TE0A 4TXCA 5GHVA 2QD9A 2UZTA 4EWQA 4EOSA 2HW6A 3PY1A 2ZB1A 5IA3A 3OW4A 4CG9A 3LXKA 5T6KA 2B53A 2W1EA 2WB8A 2X6DA 4PRJA 3HAVA 2YIRA 4HVGA 4ZTLA 4BTMA 4EH7A 4H05A 4FOBA 2AYPA 4IAIA 4ZJVA 2VGOA 3FYKX 3NGAA 4IB1A 5LCKA 3PPZA 4GFOA 4AGDA 3NUSA 3E3BX 4I1ZA 4JAJA 3GU8A 3KRJA 4TW9A 3QKLA 4IC7A 4FMQA 2RIOA 2YM4A 2B9HA 2VAGA 2XM9A 2XNEA 3M1SA 4O2PA 1DI8A 4YSJA 1PY5A 4NL0A 4IX6A 2V55A 2UW0A 2V62A 1J7LA 4C4FA 1PRYA 2YLEA 2ZAZA 3LFAA 2W1CA 1UVRA 4HVDA 3FMDA 3EYGA 4AN9A 1M2QA 2JD5A 5B2MA 2W1FA 3ELJA 4H36A 5DPVA 2J0LA 3FMKA 4IX4A 3SXFA 3THBA 4JDHA 3R71A 2FSMX 5LJJA 1XQZA 1A9UA 2QO2A 3FI8A 4LMNA 3DTWA 2GS6A 4G5PA 3WBLA 4CLJA 2BCJA 1ZMUA 5BYZA 3GEQA 4P5ZA 3FSFA 5H2UA 4W9WA 2OF4A 2R3QA 3ZU7A 4H58A 3QTXA 4ZSEA 3FI2A 3R8UA 3GOKA 4B9DA 5KO1A 4G3CA 5CXZA 3OP5A 5IQHA 5GINE 2BTSA 4FT9A 3WE8A 4EOPA 1MRUA 2BPMA 2V7AA 2OFVA 4ASZA 3G6GA 4BDIA 4JR3A 4CTCA 3ORPA 2JIVA 3EL8A 1RDQE 4WUNA 3WYXA 4RC4A 4HYHA 2IVVA 2QOFA 4BDCA 4QTDA 3RWQA 3W8QA 3E62A 4JL9A 3MGYA 2QOOA 2VTMA 4IVAA 4RZWA 4YJUA 5EKNA 2EB3A 1J7UA 5AUZA 4D5KA 4J8NA 4FTRA 5IU2A 2YM3A 3LVPA 2IVTA 4Q2AA 4ERKA 4V0GB 2ESMA 4CCBA 3DPKA 3MY0A 2J9MA 3UOJA 2C4GA 2HAKA 4HYUA 5EKOA 2OF2A 4IJ9A 4KABA 3TTJA 4E4MA 1JLUE 2R3GA 4XG8A 3FUPA 3KRRA 3EFJA 4FKVA 2XS0A 4ALVA 3KK8A 1PYEA 2YCSA 3A62A 2YM8A 5CVGA 2OZOA 1ZARA 2VTPA 3FDNA 2OLCA 4J96A 3KXZA 3QFVA 3RPSA 4ZIMA 4J71A 5EM5A 5IEVA 3IW6A 3UC3A 1SVHA 1J1CA 4MVFA 2ZJWA 5E1SA 4I6BA 3VULA 3CTQA 4FKGA 2JKQA 3DB8A 4IXPA 4BWXA 3A7HA 2YFXA 2C6EA 2QOIA 3P08A 3GFEA 3PVWA 5HBHA 2UZVA 3S2PA 4FKUA 3OWJA 5IUGA 2PVNA 3OG7A 5HI2A 3SX9A 4FGRA 5LVNA 5AUVA 2RFSA 2WMTA 2GHLA 2PZRA 4XLVA 1H1QA 2ZM1A 3HEGA 4L43A 4DGMA 5J79A 4DBXA 2P0CA 5ITAA 2XRWA 1W8CA 3FXWA 4H39A 4U5JA 4GG7A 4DEAA 4YJVA 3HDMA 2ITVA 2XCKA 3L9MA 4TNBA 4BDAA 2CSNA 4ZY4A 1YDTE 2WKMA 2I0VA 1S9IA 4O0WA 4DFUA 2E9PA 3COIA 4F64A 4MCVA 2WIHA 2WMSA 4D4VA 2W1GA 3F66A 5ANJA 3VF9A 4E6CA 3EN4A 4MXCA 3RPYA 5C4LA 3U54A 3Q3BA 4FIFA 2OBJA 4JX3A 2RFDA 2C6KA 1Q8YA 3A99A 4CKJA 3R04A 4FTMA 3LFCA 4AAAA 4JQ8A 4YTCA 3PJ8A 4KB8A 4X2KA 4FBXA 3TACA 4OTHA 1Q99A 2YWPA 3AQVA 1IA8A 3KQ7A 3OTUA 4RFMA 3ZLXA 1WVWA 3MY5A 4IM2A 2YM7A 4LM5A 3SG9A 2C30A 4JJRA 1E1XA 3O7LB 4OTIA 4WUAA 3BWFA 4FF8A 1UU8A 1V0OA 2GS7A 4TYHB 5FDPA 2FVDA 2HZ0A 2JDTA 3PA4A 3N9XA 4FIJA 4IB3A 5HCYA 5HGIA 4ZZMA 3PXFA 4AZEA 2FYSA 3TXOA 1OMWA 4FVRA 2J5EA 3U4UA 4FL1A 5AFVA 3OCGA 5CNNA 3OWLA 1PMVA 1HOWA 1U5RA 5EI8A 4BWKA 4D1SA 4IFCA 4C3PA 2XH5A 2JDOA 4EHEA 3HNGA 3OMVA 3HYHA 5L2TA 4F0GA 4S33A 4OTGA 4GT3A 4ERWA 4AA0A 1AGWA 3ZO4A 2C6MA 2JLDA 3IONA 3MA3A 5AAEA 3V8WA 3DJ5A 4GU6A 4J99A 5E8WA 1ZXEA 2R3PA 5LOHA 4F63A 2YAAA 4EH4A 4JQEA 4FTJA 3JY9A 4DBNA 3HZTA 2R3OA 4IACA 1UV5A 4R7BA 4QD6A 5AP4A 2X9FA 3MVJA 2W9FB 4I6HA 3VBQA 3UDBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VTS A;  3B8R A;  3DBD A;  3GT8 A;  3HMM A;  2J0J A;  3BYO A;  4FSR A;  3R7G A;  4AZW A;  1R0P A;  4F7N A;  5H3Q A;  4C37 A;  2WMR A;  4C4E A;  1P2A A;  3KRL A;  3FY2 A;  5CAS A;  2WTJ A;  5B2L A;  4XP0 A;  4ZTQ A;  5JH6 A;  1PXN A;  2B9F A;  3PWD A;  5FQD C;  2EXC X;  2IN6 A;  2YJR A;  4YO4 A;  5M4U A;  3ORO A;  4QMW A;  3LMH A;  4XJ0 A;  5DH3 A;  4APC A;  2HZ4 A;  3NNV A;  2E9U A;  1YXU A;  5CU0 A;  3IOP A;  3ALO A;  2QO9 A;  3QCX A;  5CQU A;  2IW8 A;  2R3H A;  4TYG A;  2VZ6 A;  4H3B A;  1PW2 A;  5TR6 A;  1WBP A;  4FYN A;  4ZEG A;  4HVH A;  1HCK A;  4QQ5 A;  1R78 A;  3P86 A;  4V05 A;  2JDV A;  5HD7 A;  5FTO A;  5JFV A;  2CNV A;  3JYA A;  5JFW A;  5DR9 A;  2YIT A;  2G2I A;  3POZ A;  4U3Y A;  3QGY A;  1Q3W A;  2ITX A;  4QMP A;  4RA4 A;  3L8V A;  5KBQ A;  3KC3 A;  4GW8 A;  3E93 A;  4I5C A;  2OH0 E;  2VO7 A;  4PTG A;  3KXM A;  3ITZ A;  4V04 A;  1CTP E;  3LCS A;  4HPU E;  1KE8 A;  3RI1 A;  4EC8 A;  3F69 A;  4LGD A;  4O7S A;  5AUY A;  4RG0 A;  4BDE A;  3ZHP C;  5J7B A;  3MFU A;  2GQS A;  4KKH A; 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