5JFWA

Crystal structure of trka in complex with pf-05247452
Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
305
structure length
277
Chain Sequence
MHHHHHHLVPRGSVHHIKRRDIVLKWELGEGAFGKVFLAECHNLLPEQDKMLVAVKALKEASESARQDFQREAELLTMLQHQHIVRFFGVCTEGRPLLMVFEYMRHGDLNRFLRSHGPVAPGPLGLGQLLAVASQVAAGMVYLAGLHFVHRDLATRNCLVGQGLVVKIGDFGLPIRWMPPESILYRKFTTESDVWSFGVVLWEIFTYGKQPWYQLSNTEAIDCITQGRELERPRACPPEVYAIMRGCWQREPQQRHSIKDVHARLQALAQAPPVYLD

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title The Discovery of a Potent, Selective, and Peripherally Restricted Pan-Trk Inhibitor (PF-06273340) for the Treatment of Pain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords High affinity nerve growth factor receptor
total genus 86
structure length 277
sequence length 305
ec nomenclature ec 2.7.10.1: Receptor protein-tyrosine kinase.
pdb deposition date 2016-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5jfwA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5jfwA01
3GCVA 4D0WA 3K5UA 1XO2B 4XP3A 3R7YA 1J7IA 4PY1A 2QONA 4EHGA 3IONA 5CF6A 1FMOE 3KRJA 4I6FA 4J1RA 5AFVA 5C4KA 4UALA 1JWHA 1NA7A 3VBVA 5DI1A 1ZYLA 4IZ5A 5HIBA 2X4ZA 2BUJA 2R3GA 3Q3BA 5EM7A 4E4LA 5BUEA 1IAHA 2IVTA 3ACKA 1ZZLA 3BQRA 3ZCLA 4DA5A 3E87A 2ZV7A 5D41A 3BE9A 3UVQA 4U9AA 2J0IA 4XP2A 3EQFA 5JQ8A 3UVPA 4MQ1A 4ZP5A 4W9WA 3BLHA 5I9VA 3MYGA 4XLIA 4YLKA 2QOLA 4DGGA 3G51A 4EOMA 2VRXA 4IZAA 4KRDA 3ZC6A 4ZY5A 5CLPA 4CD0A 3RM7A 4OR5A 3VBWA 2VGPA 4ITHA 3QTXA 3THBA 3GEQA 3KXZA 2ZM1A 5J5SA 3QX4A 4P90A 4AOIA 5EDQA 3A60A 4G6NA 2VTNA 2E2BA 2UZNA 2WIHA 4TXCA 3BZ3A 4Y46A 1ZOEA 4IFCA 4DFXE 2ETKA 3S3IA 2BPMA 3IOKA 1JKSA 4KKGA 3PJ3A 4Q5HA 5DR6A 5EOLA 3ZH8A 4DEIA 4ZAUA 2NP8A 4IHPA 3CSVA 2C5OA 1ZY4A 2BDJA 5CU6A 4O7LA 3FY0A 4E7WA 4XG6A 4GT4A 3EFKA 3F69A 4YBKA 4C61A 4R7HA 4F7JA 4USEA 4RLKA 2G1TA 4YZNA 1RJBA 3FXWA 3HDNA 3QYZA 5DT0A 4PUZA 2NRUA 5L3AA 5HO6A 2GFCA 1SMHA 1FBNA 2XUUA 5BMMA 4EEVA 4FVQA 4H3BA 4QRCA 4O0RA 3F3ZA 5AR7A 3TIYA 1LUFA 4GIIA 5H8GA 2PE1A 4O22A 3DOGA 3UOLA 3EQIA 5FDPA 1OIUA 4Y5HA 2W96B 2CGXA 4Y8DA 5EHYA 2ERKA 3AC3A 3QQLA 4U80A 5IQBA 5IQCA 2BZJA 3FLNC 3R1QA 4P7EA 4MF0A 2YA9A 4J52A 2W05A 4R7BA 4I5CA 3COIA 3GP0A 3E7OA 3W32A 2BIYA 3KF7A 4XG7A 2LAVA 2W4OA 4X2KA 5JN2A 4XLVA 3QA8A 3D5WA 3RAHA 1YDSE 4C59A 2R3QA 3W2CA 3ERKA 4I6BA 5HE3A 3QCSA 4MTAA 5AUWA 4AZSA 4GK2A 3SG8A 1R78A 2Y6OA 4OTWA 1GY3A 2J90A 3AC4A 3UP7A 3P79A 1PF8A 3EZVA 4NK9A 5GHVA 2W1CA 3D14A 2X6DA 4O81A 2XNOA 1UU7A 5E90A 5HE0A 3PXZA 3NCGA 4GKIA 4QTAA 3HMPA 3DB8A 4DFLA 3I0OA 2GCDA 1M14A 4G1WA 2IW6A 2UZVA 2VV9A 3BHVA 3O23A 2ITTA 4PNIA 2XH5A 5CNOA 3KFAA 2OSCA 4W9XA 2Y4IC 4HVGA 3F3VA 4FZAB 4ZLOA 4M12A 5LMKA 5G6VA 4RBLA 3JVRA 4XJ0A 3UZRA 1OL7A 5EYDA 3WZJA 4ZLZA 3QAME 3TCPA 3Q9WA 4WG3A 3TWJA 3C51A 4FG9A 2G9XA 3QXPA 4GL9A 5JZNA 2C0TA 4O0TA 3K2LA 3SKCA 4H58A 3KRXA 1H07A 4WD5A 3DBEA 3FMMA 2VX1A 1JKLA 2ITVA 4AP7A 1ZLTA 3W2SA 4F9YA 3R7EA 2OF4A 4X6QC 4EK8A 2X8DA 2W1FA 3L9NA 1UNLA 1K2PA 4TT7A 4I24A 5KZ0A 4UEUA 3QQHA 2BDWA 1YXVA 4XH6A 4AFEA 3ORIA 1H8FA 4EZ5A 4BCOA 2HCKA 5FBNC 3EWHA 4IBMA 5E8XA 4FOCA 3ORTA 1H26A 1V0BA 2XA4A 2JC6A 4L3JA 3QHWA 1JKKA 3KXNA 4FF8A 4M3QA 4V01A 5I5ZA 3MWUA 4ASXA 4FR4A 1SVHA 3Q96A 3RPSA 3VUKA 4O86A 1F3MC 3H9OA 3PSDA 4GJ3A 4DEGA 3F6XA 3QTSA 4HW7A 2C1BA 4DT8A 2J5EA 3O8PA 1OVEA 3CXWA 3GNIB 3ZLSA 5IZFA 3BE2A 4FE2A 3PA5A 2YLFA 5E91A 4FTTA 3OCTA 2BIKB 4IXPA 3HUBA 3ZLWA 5IEXA 3R83A 3QC9A 4F64A 5C8NA 4FZDB 5CS6A 3OBGA 1BL7A 3LMIA 1YDRE 3DLZA 3BELA 4AZVA 2WAJA 4RWIA 3R8ZA 2UVZA 4V0GB 4WIHA 4I3ZA 4F65A 2PULA 2PVFA 2WQNA 2QO7A 5HVYA 3RM6A 2DYLA 2SRCA 1Y57A 5FXRA 2FYSA 4IM0A 3PTGA 4I6QA 3RNIA 4S31A 3T9TA 4E4XA 1OM1A 5ETIA 5LQFA 1GJOA 2C3IB 3MVHA 3PXRA 3QLFA 4FIGA 4Q9SA 4WBOA 3C5UA 1Q99A 2R3KA 1X8BA 3MVJA 3EQHA 2I0HA 3JPVA 5M08A 3FQHA 3OP5A 3UZTA 4WUAA 4LGHA 2RFEA 3BGZA 5DOSA 2YZLA 3C5IA 2C5VA 2OW3A 3CIKA 4HYUA 2P2IA 3PIXA 3KREA 4GMYA 4CKIA 3F2NA 3FMKA 4QTDA 1GIJA 1DM2A 4C3RA 4EWHA 3O8TA 2IO6A 5M51A 2OXDA 2PVRA 4K9YA 4MD7E 3O96A 2IZUA 4IEBA 1BI8A 3UOHA 3WILA 3MFTA 3V8SA 3COMA 4A7CA 4IAIA 5IQFA 2YAKA 4I6HA 4W4VA 4FNXA 2V0DA 2GHMA 4EK4A 4YJSA 5EOBA 3BEGA 3NEWA 4Y85A 5IF1A 2VWZA 5AP1A 1Y6BA 5H2UA 5LMAA 2R3RA 2I0VA 2VTTA 4FSWA 4BDBA 4CFWA 5HU3A 1KWPA 3PXKA 4DBNA 4BGQA 3EKKA 4DEAA 3V01A 1W82A 4FYOA 5DT4A 4E6QA 4EOPA 2J6MA 4IWDA 4AW2A 4YURA 4J95A 4JDKA 3BWFA 3ZBXA 4FICA 3R8MA 1U5RA 4EOLA 4F0FA 5EH0A 3ORPA 3RK7A 3ZC5A 3ZFYA 2VTIA 2BZKB 4EOKA 3PXYA 4DGNA 5LXMA 4DINA 3G15A 4AE6A 3COHA 2X2MA 3Q32A 3VAPA 4IQ6A 2IG7A 5DRBA 2XKDA 5KUPA 4IFGA 4AW1A 4CT1A 4R1YA 4FUXA 4HNFA 3VWAA 2R7BA 2WMWA 3LCKA 5J1WA 3FAAA 4QQ5A 4UWYA 5TR6A 1YWVA 1PYXA 2UUEA 4GG7A 1Y6AA 3Q9ZA 3LFCA 2PMNX 2R5TA 2HZ4A 4L52A 3OXTA 5BQ0A 5IH4A 4OLIA 4RJ4A 4HPTE 4MNEB 5M09A 1CKIA 3EFJA 3U4WA 4CXAA 3VF9A 1OKWA 4FTIA 1APME 5FTGA 2W0JA 3A4PA 3W2RA 4BR3A 3RK9A 2UV2A 3R21A 2QOIA 4FKLA 4KRCA 3QU0A 4E5AX 4AOJA 4ZIMA 4PMSA 5KMJA 2W06A 3OZ6A 5L2SA 4D9UA 3CY2A 2RFNA 4X2GA 2X6EA 3TJCA 1O9UA 3RCJA 1Q4LA 4JR7A 1Q8ZA 2BKZA 2XYUA 3NZ0A 3UMWA 1NW1A 4EK6A 5GZ8A 3GCUA 4QQJA 4EK5A 3HEGA 2VTSA 2X7GA 2QG5A 4JBPA 3UE4A 3GU8A 4FNWA 2I1MA 4YJTA 4RZVA 4RMZA 4F63A 5LJJA 3ZTXA 4DLJA 3SX9A 1JLUE 4DH5A 4F9CA 1Q61A 5HG7A 3E8EA 4QMPA 3ZSGA 1Z57A 3FPQA 3R9OA 3R9RA 4U0IA 4YHTA 5M06A 1UWJA 3CQUA 3HLLA 3NIZA 4C57A 3W16A 5A4EA 3UQFA 3AD5A 3N51A 3HKOA 4HPUE 3G2FA 4E5WA 5ANIA 3E8NA 2VTPA 4DGOA 2R3FA 3DTCA 5IQIA 1M2PA 1W84A 3QF9A 4FK6A 2VGOA 2XB7A 4XRJA 4NH1A 3BHYA 3LFNA 1A06A 1OPJA 3LJ2A 4LV8A 4RFZA 3LFSA 4H3QA 2Z02A 3JYAA 5CVHA 4UXLA 4BZOA 3TZ8A 4F08A 3HMIA 5CU3A 2HAKA 4KWPA 4KIPA 4J8MA 3TM0A 3FY2A 5JGDA 4K18A 3C1XA 3DBDA 2OH0E 1ZAOA 3DU8A 2WMXA 2YCRA 4BDFA 5HI2A 2W1DA 3O50A 2WMAA 4AA5A 4BWPA 2O3PA 2EXMA 5HTCA 2PY3A 2PMIA 3D7TA 4RIXB 5EM5A 2E9VA 3DJ6A 4AN2A 4EC9A 5IEVA 2ERZE 1UNHA 4CG9A 3R2BA 5HNBA 2CGUA 4E3CA 2GQRA 5AR2A 4KS7A 4WUNA 3VC4A 2XJ1A 4E5BA 3HZTA 4I23A 1CSNA 4PMMA 4FSTA 2BFXA 4WT6A 4D4YA 4QMWA 4X3FC 5C1QB 4FL3A 4LL5A 3VS0A 3ZXZA 4KBKA 5JFVA 3KC3A 2CCIA 3RJCA 1H24A 5I9YA 1FPUA 5ANOA 2WGJA 3NUSA 3A7JA 1PYEA 4U8ZA 1T46A 5AUXA 2YAAA 5HCYA 2JDTA 4EUUA 2PVJA 2VD5A 2YN8A 4FI1A 4LG4A 5K5NA 3AMAA 2ZYBA 4BYJA 1WZYA 1ZYJA 4GG5A 2BZHB 2J51A 2CNVA 1KV2A 4UWBA 4BGHA 3VW8A 4BHZA 4OAVB 3QRIA 1FVTA 1GIIA 1GAGA 3OCBA 3AMBA 3Q4ZA 5J7HA 2HWPA 4XOZA 2FO0A 3R8VA 3RINA 4CV9A 4EONA 5EG3A 3ZUVA 2F49A 4PPCA 4U44A 3UOKA 4BWKA 4L8MA 4CFVA 3R8LA 1H0VA 3GENA 1QL6A 5A4TA 2GNFA 4ACDA 4BICA 3TL8A 5HX8A 3DKFA 3LFQA 3TT0A 1YOJA 5DPVA 1G8SA 2GPHA 3OC1A 5IUHA 4PTCA 5JQ5A 1G8AA 2JDVA 2WMTA 3ORKA 2NRYA 3WBLA 3BEAA 4MK0A 3VS6A 3AQVA 4NIFB 2WTIA 4BC6A 4YU2A 3QGWA 4FZ6A 3AT2A 1KOBA 5F1ZA 1Q3DA 3IDPA 1TQMA 3DDPA 3L8XA 5J95A 3QQGA 3QCYA 4CFFA 4HOKA 4E1ZA 4FC0A 4D55A 2Y0AA 2WQBA 3BPRA 3HMMA 4FTLA 5DH3A 5K4IA 3OTVA 5LCJA 3GC0A 4UZDA 3T3VA 4MBIA 4C7TA 3JY0A 1ZYSA 4EH9A 3ZEWA 3MPMA 2J9MA 3MJ2A 3PG3A 4FSZA 2WIPA 5CT0A 2ZM4A 2C5XA 4ACCA 4KINA 5DRDA 2WPAA 5HE1A 3B2TA 2RL5A 1BYGA 2CN5A 2C6MA 3KVXA 4FTOA 2PVLA 2RIOA 4XG9A 4D1ZA 4KIOA 3V8WA 3ZLXA 2GFSA 2GU8A 2JKMA 2WEVA 5T6KA 5EW3A 2F7ZE 3KB7A 4JNWA 4B8LA 2X0GA 4RIWB 5AP4A 4AF3A 3B8RA 3A62A 4I5MA 4WO5A 1PMVA 3D7ZA 3FUPA 3R7GA 4FV4A 4U3ZA 4IWQA 5DN3A 4D5HA 5IKWA 2NO3A 2WTVA 3PYYA 2UVYA 5AP5A 4EH5A 5GJDA 1ZMUA 3TV4A 2EXEA 3F7ZA 4O6LA 4W8DA 5C8MA 4F7NA 1OKVA 4AGUA 5CF4A 5E9EA 5E8ZA 3OROA 3I5ZA 4ZTMA 3F3UA 2XIXA 4AOTA 4IVBA 4G9CA 4NM7A 4IH8A 2H9VA 3ET7A 4FBXA 3P23A 4IAZA 3FMEA 2XIYA 4GV1A 3QQJA 4JIAA 4ZEGA 2B9FA 4BCJA 4YPSA 2WTDA 3CJFA 4QMXA 4AT3A 3UMXA 4KIKA 4QMVA 2WQEA 3LQ8A 3MH1A 3OHTA 4L7SA 4ERKA 3R73A 2PL0A 3DK7A 4LGGA 5FM3A 3WZDA 4HCVA 3PSCA 5BVFA 1Q5KA 2A4LA 4IVAA 1RQQA 3Q60A 4BB4A 1YHSA 3UC4A 3PJ8A 1CDKA 2PSQA 2CNUA 2JFMA 3NUNA 1H00A 4B99A 2R7IA 5KZIA 4FV3A 4F9BA 5JK3A 2OJGA 4IZYA 3K3IA 2GTMA 2CKPA 4W4YA 3PWYA 2XKEA 3Q4CA 3W2QA 5JFSA 4RSSA 5JGAA 2JAVA 4TN6A 5FEQA 3W8QA 4I41A 3P0MA 4C58A 4JRNA 3MY0A 4BCKA 2YZAA 2ITYA 2XK4A 3TXOA 4YSMA 2VNYA 4KABA 3TN8A 2VWXA 5GZAA 5GINE 4K11A 3FKLA 3DBCA 3AC2A 4IAKA 5CALA 3NUAA 4G3CA 5HORA 3LAUA 3OTUA 4X3FB 5J8IA 3W1FA 2PVMA 3AGLA 4BZNA 4S32A 2JIVA 4CZUA 2KULA 1DAWA 3AMYA 3NX8A 1E1VA 1OUYA 2VTQA 3NYXA 4IM3A 3K5VA 2HIWA 3SHEA 2V55A 5C01A 4EH6A 4JJRA 3TZMA 3CGFA 3NMUF 5CX9A 3FMDA 5AMNA 5E8TA 2VUWA 2OFVA 4IAAA 4GSBA 1WAKA 3O51A 4O2PA 2OWBA 5CEIA 3CQEA 2QOBA 3VN9A 3TKUA 4QTCA 4UXQA 2B9HA 5JH6A 4OTIA 2R3PA 3D83A 4JQ8A 3VRZA 2QCSA 4G3GA 2VTJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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