5JRQA

Brafv600e kinase domain in complex with chemically linked vemurafenib inhibitor vem-6-vem
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
273
structure length
258
Chain Sequence
FDDWEIPDGQITVGQRIGSGSFGTVYKGKWHGDVAVKMLNVTAPTPQQLQAFKNEVGVLRKTRHVNILLFMGYSTKPQLAIVTQWCEGSSLYHHLHASETKFEMKKLIDIARQTARGMDYLHAKSIIHRDLKSNNIFLHEDNTVKIGDFGLATEKSRSILWMAPEVIRMNPYSFQSDVYAFGIVLYELMTGQLPYSNINNRDQIIEMVGRGSLSPDLSKVRSNCPKRMKRLMAECLKKKRDERPSFPRILAEIEELAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Chemically Linked Vemurafenib Inhibitors Promote an Inactive BRAF(V600E) Conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase B-raf
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 83
structure length 258
sequence length 273
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07714 Pkinase_Tyr Protein tyrosine kinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5jrqA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5jrqA01
2B0QA 4USDA 3KY2A 3SGCA 2G9XA 2X8DA 4TYIA 3AMYA 4C7TA 1YVJA 2XYUA 5F20A 2IJMA 5HGIA 2YCQA 3II5A 2J4ZA 2C6DA 2HELA 5CLPA 3IW7A 1YXUA 4DEBA 3LW0A 1UV5A 4GFGA 4M3QA 5AAFA 4O7WA 2ZDTA 3CCNA 2Z7SA 4G2FA 2PK9A 3Q2MA 2X81A 3PPKA 1M17A 1K9AA 3R1YA 1YOJA 3R8VA 2PUPA 2CCHA 3OY3A 4M13A 2O65A 1VYWA 2BZHB 3QQUA 2WTDA 4WNMA 2C1BA 2PVJA 5DRDA 4MK0A 5HU9A 2QOIA 3G9NA 3F2AA 3ZC6A 3DXNA 4QTEA 2PMNX 5I4NA 3R7GA 2X6DA 3QKMA 3QRKA 2IW6A 4FTAA 1DS5A 3TJDA 5GZ9A 2BTSA 3ZLXA 3EL8A 4X3FA 2XKEA 3R2YA 3ZSGA 4BDHA 5FTGA 2CGVA 1UVRA 2AYPA 3GC7A 3PVBA 2BHEA 5HE0A 3QXPA 5B2MA 3IKAA 3VJNA 4FUYA 3EFJA 2JITA 4I3ZA 1UU7A 4JOAA 4OBOA 2V7OA 5FXQA 2GMXA 2JFLA 3L8SA 4OTPA 5E8WA 4B0GA 3QBNA 5EW3A 1BI7A 2VGOA 3E93A 3QAME 4M0ZA 4FTMA 5L2IA 4U40A 2WPAA 2PSQA 3WF9A 2UW7A 1ZYDA 4RWIA 4IZ7A 4FVPA 3NUXA 4LI5A 3V8SA 4KS8A 4RLLA 3FC2A 4JI9A 3DK6A 5T68A 3QCSA 5TR6A 1KOAA 2EXCX 4D1ZA 2ITWA 3UG2A 4USFA 2JDVA 4WNOA 2QOFA 1XH9A 5IQCA 2ZV8A 4C61A 5HG8A 3MW1A 2WMUA 2H34A 3QLGA 4QPAA 2XNOA 3FMEA 5FEQA 3DK7A 4KKHA 5E8XA 1JKTA 4D4RA 4HVDA 5CF5A 2GDOA 4NTSA 5D9HA 3IW5A 4IACA 5CVGA 2QU6A 3C4ZA 5DIAA 3BYOA 2I6LA 4HGEA 4YC3A 1URCA 2BIKB 3FZTA 1F3MC 3PE1A 3TDVA 3BYMA 3NR9A 5JGBA 5KUPA 4DTKA 3MFSA 1OUYA 1OKVA 4FV7A 5DN3A 1BMKA 2OJIA 3DXPA 3CD8A 4Z9LA 2OFUA 5FM3A 3IDPA 3VUHA 3MV5A 5AUXA 3W2SA 1ZMWA 5L2SA 3ZM9A 4B99A 4D5KA 4FIIA 3BKBA 3H0YA 3RZBA 3VBVA 4O38A 2E9OA 4UX9A 4MXCA 1BL7A 4IX4A 4F70A 4YZCA 2HAKA 3SQQA 2FYSA 3COKA 2RG5A 3GFEA 2F9GA 3GC8A 4AT3A 4OT6A 4PMSA 4IJ9A 5TF9A 5A54A 2XRUA 4FT7A 3EWHA 4YTFA 3KXNA 2HY81 3R9HA 4FL1A 4U44A 5J87A 4O1OA 5CTPA 4K77A 2OH0E 1FMOE 5TE0A 4UYNA 4FKRA 3VVHA 2BRHA 4FTUA 5ANKA 4NM0A 5EK7A 2WMTA 5CU6A 1XBBA 5IQFA 3BV3A 4ERWA 4EHEA 4O7SA 3P5KA 5IPJA 3CTHA 3I6WA 2XMYA 2O64A 5KO1A 2R3LA 3KF7A 3EQHA 2VX0A 3GVUA 1Q24A 1R3CA 2QG5A 1YDTE 3P7BA 3RCDA 3HKOA 4J95A 4DEAA 3R1NA 1MRYA 2A1AB 2CLQA 3LLTA 5EW9A 2J5EA 4NYEA 3SV0A 3B8QA 5FTOA 4BDGA 1R78A 2XJ2A 3E63A 4QMSA 2E2BA 3DU8A 1YXXA 3OVVA 4NTTA 2W1CA 4TZRA 4YO6A 5AX3A 3SW4A 5EKNA 1RW8A 3OCTA 5CEIA 4BICA 5FWKK 5LQFA 4AOTA 1CMKE 4YTHA 1VYZA 2IVTA 5ANGA 2ZVAA 2X39A 1RDQE 4BGQA 3RINA 3UOJA 5KZIA 3NW7A 3ENMA 3SXFA 5IDPA 4XHKB 4ZLZA 4S2ZA 4G1WA 4TYHB 5HORA 4A4XA 4GH2A 3ZMMA 4MQ2A 2J0LA 3RCJA 4E5BA 4GT3A 2PUIA 3LCKA 3AC4A 4Y46A 2BAJA 4YJNA 1FGKA 4ZOGA 2R3JA 4QQCA 3UGCA 3UIUA 4X3FC 5IZFA 2Z8CA 4YZDA 2IW8A 5CF4A 2R3MA 3HLLA 1XH7A 4EBVA 3KN5A 2F7ZE 2J90A 4LRJA 2C3KA 2WTJA 1CTPE 3Q96A 4H39A 4AU8A 3MY5A 3ZYAA 3DTCA 2W7XA 3SG9A 5BYZA 4EC9A 3E3PA 3U4UA 5AA9A 1YI4A 4OTHA 1Q99A 3ROYA 2GPHA 4HGTA 2F4JA 2WQOA 3OWJA 4FKQA 4O0YA 2R3FA 3W18A 1V0PA 5E4HA 3GU8A 4JLCA 4QP8A 3DKFA 1BLXA 4AW0A 3JR1A 3AC5A 1ZAOA 4FSRA 3AT2A 4FI1A 3TCPA 4GT5A 2NRUA 4FV1A 1P14A 5IEVA 2JC6A 3GCQA 5EYKA 4MBLA 2WTVA 2ZV2A 4B6LA 2XBJA 3NNWA 4AZEA 3HV7A 5ANOA 4E5WA 3SA0A 5LCKA 3PP0A 2P2HA 3FAAA 2WTCA 4ZS0A 3ZBFA 3G51A 5BVWA 4JDIA 4NFMA 1IA9A 5LVPA 2UVZA 3OW3A 4GUBA 1S9JA 5JT2A 4XP3A 2JKOA 3T3VA 5BUIA 1Q61A 3D0EA 1PXOA 5K9IA 3MJ2A 3TZMA 5L8KA 4LGGA 2CJMA 1DI8A 1JSTA 2ZOQA 1ZYSA 2YIWA 3COMA 4JAJA 3D7TA 5FP5A 4EC8A 3BEAA 4IB1A 5FXSA 4YSJA 1P4OA 3AG9A 3RI1A 3TTIA 2YAAA 3W33A 4UALA 2WMSA 3LXPA 2XM9A 4BKYA 1JKSA 5CEQA 1P5EA 2PE0A 3EOCA 3QA0A 4GK3A 1V0BA 1G8SA 4FKWA 1OL1A 5ETIA 1CKJA 5HO7A 3QTXA 2JDTA 3IK3A 3VWAA 3EQRA 5HIEA 1PXMA 3F3TA 4RIYA 3NVMB 3JYAA 4EWQA 3AC8A 2BPMA 1H0VA 4FV9A 5HX6A 3FLNC 5DT4A 1HCKA 3S00A 1W0XC 4PX6A 5AR2A 4ZEGA 4RIWB 1IR3A 5DR9A 2H9VA 4X7QA 3K54A 4M84A 3EFWA 2W1ZA 3PTGA 4A9SA 3FXXA 4RIXB 5AUWA 4Y72A 4IQ6A 4ZSGA 2Y9QA 2V55A 3CKXA 1J3HA 4FSUA 4X0MA 1YOLA 5CEOA 5EOLA 2V22A 4MH7A 2OFVA 4BYJA 2R7IA 5A14A 4A9TA 5EQEA 5DWRA 3MA6A 1O6KA 4WIHA 5CU3A 3R1QA 3Q9WA 2HOGA 5AUTA 1O6LA 4IDTA 2BKZA 4IX5A 1R0EA 3VBYA 4U3YA 3NUUA 3VS7A 4FTIA 4UY9A 2UUEA 4FUXA 1DAYA 2Y8OA 3DS6A 4RT7A 4BWXA 4YJOA 3PVGA 5CSVA 4BCPA 5A6OA 5IDNA 4CKIA 3UQFA 2P55A 4V0GB 3C0HA 5HVJA 3MVMA 4HJOA 3R8PA 1UKHA 1H1RA 4IAYA 5A46A 4MNEA 5CXZA 4WRGA 3UP7A 2NP8A 3IECA 4EH4A 4F0FA 4A7CA 4E7WA 3OS3A 3GQIA 4RJ3A 5EI2A 3ACJA 4A9UA 4YZBA 4DEHA 1LPUA 3Q9XA 4WD5A 3NUNA 3FPMA 4NT4A 4DE4A 3A4PA 3R04A 5DRBA 3E3BX 4LG4A 2XNMA 4XRLA 3F3UA 4DLJA 5JFVA 5IQEA 4ZP5A 2W5HA 2IWIA 3GCSA 3GC0A 4JX3A 3UJGA 4CQGA 3RKBA 1XQZA 4O6EA 4IVBA 4PV0A 3T3UA 5GHVA 4BKZA 4HYIA 4CV8A 2YM4A 1PXLA 4I22A 3VUDA 4U97A 5AADA 3IS5A 4DGOA 3RAWA 3PLAE 4JG7A 1AGWA 2GS2A 2OF2A 4LUDA 4RVMA 2XH5A 5CNOA 4RX5A 2R9SA 3BPRA 4F6WA 4F65A 5CI7A 2W0JA 1WBTA 3GQLA 4RC3A 3SG8A 5LVNA 2YIYA 4MD8E 3ORNA 2ZAZA 5EI6A 4IADA 2XIZA 4PNIA 3LQ3A 1Q3DA 1WVYA 4D4VA 1B6CB 2C3IB 3CGFA 4O84A 3UDBA 5AP6A 3DJ7A 3RAIA 3Q04A 4UV0A 2B9JA 4ZY6A 5KMNA 4OTQA 5KHWA 2W96B 3QLFA 4FV6A 2EXMA 4AGDA 2WQBA 4L3JA 3U6IA 2I1MA 3NMUF 5CAUA 2PVHA 2QLUA 3LCTA 3UYTA 2ZJWA 4XBUA 5LWNA 4FL3A 5CX9A 4JRVA 3NZ0A 5H2UA 1YOMA 2QKRA 3SOCA 3TZ8A 4ANLA 4ANOA 3C0GA 5TT7A 1J7LA 4R5SA 3ORZA 1O9UA 3QD4A 5JGAA 3QYWA 2VTIA 4IANA 2B54A 4WG5A 3VW8A 2XRWA 2E9VA 1P4FA 1ZWSA 4CYIA 5FRIA 2YERA 3PP1A 4QMXA 4YZMA 3WOWA 5M07A 3TZ7A 3ZO3A 1GZKA 4EONA 4A4LA 3ATSA 5ANIA 4AACA 3ENHA 4EOQA 3FMMA 3HMNA 3A99A 1XHAA 3HNGA 4ZTLA 4DG3E 2PUNA 2ZMDA 2C68A 2X2MA 2WMAA 5E8ZA 4EK8A 4QMNA 3TIYA 4ZAUA 1LUFA 5BVKA 4IZ5A 3IQ7A 2B9FA 4DFZE 2XIKA 3I0QA 4J1RA 3R9RA 3GOPA 2HYYA 4U9AA 1KE7A 1UU9A 2WMXA 2R3HA 3T8OA 5AUUA 3DBQA 3KVWA 3O8TA 3MJ1A 3QUEA 4A9RA 4ACCA 5KKRC 1OB3A 5AIRA 2C6OA 4O2ZA 4DH1A 1J7UA 4PY1A 5C4LA 2VO3A 3JY9A 4EH8A 2QR8A 3HRFA 3QWJA 4IAKA 3POZA 5BVFA 4OTIA 5M4IA 5DE2A 2LAVA 4D0WA 1UWJA 2XKCA 5M4FA 2CKOA 5DT0A 4NFNA 1Q4LA 4BZDA 3EB0A 2IZTA 3PA3A 4G9RA 4OR5A 3AD5A 4DT8A 3KXHA 4F1MA 4S30A 5J5SA 3E92A 3UO4A 1WMKA 4P4CA 1JKKA 3UMXA 1E9HA 3E8EA 4Z16A 3N4VA 4QT1A 4YJVA 2J50A 2OIQA 4II5A 4YLLA 5L3AA 4RA5A 3S4QA 4AGWA 4BDJA 4YO4A 4BWKA 3U87A 2CNQA 4ALUA 5IQHA 5DI1A 3PYYA 4BDFA 4XYFA 2VTQA 4DEEA 5DT3A 3KEXA 2QHMA 4TPTA 5DEYA 4ANQA 1B39A 2CGXA 3G5DA 4O7NA 1QPJA 3PXYA 4CT1A 4MNFA 5CSHA 2UZEA 3IPHA 4DT9A 5DH3A 2VO6A 2WHBA 3UZPA 4DH7A 3FKLA 3LMGA 4D2TA 3MH1A 2XK3A 4IDVA 4FV5A 4IC7A 3TNPC 4LRMA 2VO7A 4Z3VA 2CKQA 4YHTA 3LXKA 1T46A 1V1KA 1OKWA 5FXRA 1XH4A 3FLZA 5EFQA 2XNNA 4RSSA 2J9MA 2X9EA 2YISA 3LCDA 5E90A 2ONLC 1YI6A 4ALWA 4R3RA 4LM5A 3LAUA 3I1AA 5F94A 2UW0A 3QQFA 5AR5A 3W16A 4RLKA 5LCJA 3WIGA 3ZH8A 5KMOA 2UZWE 2B52A 4KRDA 3EN5A 4GJ2A 4O0VA 5EW8A 4QMUA 2FSTX 4A06A 2YJSA 3OROA 3FXWA 3HUBA 4EBWA 4EK3A 4F9YA 2BKKA 4ZZOA 3V6SA 5FP6A 1MQ4A 4O27B 2OGVA 4OTFA 1OMWA 5C01A 3R7UA 5I0BA 5IA3A 4MX9A 3JVSA 3EQFA 4GFOA 4P7EA 5J1VA 4GV1A 4E4MA 4M67A 4IWPA 2QG7A 3P78A 3COHA 4RZVA 2HZ0A 3Q4ZA 5FGKA 4FTLA 2GTNA 1GZ8A 4IM0A 3W2CA 2CPKE 4YJPA 2BRGA 4DF3A 2R3GA 4U0IA 4BTKA 4AT5A 4O96A 3MESA 4R7IA 4I41A 2Y0AA 4G31A 2XNGA 4LOOA 4LQMA 3ZSIA 3UZTA 1X8BA 3SXSA 3GEQA 3HECA 2C30A 2OH4A 3IOPA 3LOKA 2C0OA 4MQ1A 4AS0A 3SVVA 4X6RA 1XO2B 5TKDA 3OWKA 1S9IA 1OZ1A 3QTQA 5JKGA 5CEPA 5HBJA 3LE6A 4FYOA 4JDKA 5IQDA 3LM5A 2G2IA 2WKMA 3AD4A 2B7AA 4QP4A 5HVYA 4H3QA 4OTWA 1JAMA 3UPXA 1GNGA 4FTNA 4MXZA 3MY0A 5IMXA 4EH5A 4O7ZA 3PFQA 3UMWA 4TYHA 3DT1A 3FI8A 4ZZNA 4MEDA 3F3WA 2UZDA 4JQ7A 4OW8A 5CAOA 5EI8A 4KIKB 4DCEA 4QYEA 1H27A 4CZYB 4EJNA 1RQQA 3UQCA 4OTGA 3NUYA 4PPCA 2PE1A 3S1HA 3FMNA 3FUPA 3Q2JA 3BBWA 4L44A 5A3XA 1RE8A 3MIYA 4L3PA 4A4OA 2UVXA 5E8TA 4E6CA 2ITVA 4L6QA 4ACDA 3FZOA 4EZ3A 5KKRB 2ITQA 3OOGA 4AGUA 2HK5A 3DA6A 4HYHA 4FEUA 4XG4A 4G3FA 4PDYA 2FO0A 3F3ZA 3LFSA 4RJ6A 4BL1A 4GIHA 4BB4A 2F49A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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