5LVLA

Human pdk1 kinase domain in complex with compound ps653 bound to the atp-binding site
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
286
structure length
285
Chain Sequence
PRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLSPESKQARANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Bidirectional Allosteric Communication between the ATP-Binding Site and the Regulatory PIF Pocket in PDK1 Protein Kinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
total genus 83
structure length 285
sequence length 286
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5lvlA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5lvlA01
4S32A 5CSHA 1CKPA 2BROA 2WTDA 3PJ3A 1M7NA 3ZBXA 5AP7A 1OKWA 3PPKA 4N6YA 1XBCA 4XOYA 5FBNC 3P08A 3UVRA 2F7XE 1YHWA 3NNXA 1OUKA 4QTBA 3VHEA 5GJDA 5CTPA 5ICPA 2REIA 4EHGA 1XKKA 4JR7A 3EN6A 3QBNA 2Y4IB 3KRJA 3MJ2A 5CU6A 4ZZMA 3RK9A 3JR1A 5KMJA 5FTOA 3CSVA 4IM0A 2PVFA 4IMYA 4U97A 2JIIA 4LUDA 5HZNA 3GC7A 4CFVA 2EXMA 2J4ZA 2YCQA 5HHWA 4D1SA 1M17A 1I44A 3ZHPC 4DITA 4AZTA 2CPKE 2O8YA 2NNWB 5CEPA 2ITWA 4NK9A 1GOLA 2GFSA 5AUTA 5IUHA 2Q0BA 3QTXA 4DFUA 4AZVA 2VN9A 4U5JA 5J79A 1H26A 5G1XA 2XB7A 3DK6A 3P5KA 3EH9A 4I24A 4IAAA 4RT7A 4XX9A 4IWQA 3ZFYA 2W1HA 3PWYA 4BCHA 3LFEA 5CANA 3VIDA 2NPQA 2VTLA 4RA4A 4EHZA 4KABA 1BI7A 4LRKA 4APPA 4F6UA 1MQBA 4FVQA 3RZFA 1YXXA 5K3YA 2YFXA 3G2FA 3PA3A 4G3DA 5CEMA 2R0UA 1P14A 3BLRA 3R83A 3IDPA 2DYLA 3CJGA 2W9ZB 1F0QA 4GFOA 2XVDA 3VUTA 4AT5A 1A9UA 3MI9A 4MBIA 1E1XA 3DJ7A 4MXYA 4DEDA 3AMAA 1BUHA 3DAKA 5KMLA 4I6QA 3AD4A 5FLFA 3QFVA 2LGCA 3UGCA 5E9EA 2XIKA 3BHYA 4U43A 4Q9ZA 2OKRA 3TNWA 4EZ3A 4FV6A 5AA8A 4F7LA 3R7VA 3ZONA 5IH5A 4RQVA 4UMRA 3WF5A 2PVLA 4IEBA 2QQ7A 3QCYA 3QU0A 2Y6MA 4O0TA 5EKOA 3IDCA 3GU4A 5HCZA 5L2QA 2B54A 2VTMA 1YW2A 4MWIA 3VF9A 3WF8A 3ZRLA 4BTFA 2BZHB 2GTNA 4L7SA 3U9CA 3FMMA 4F08A 4A9SA 4O7SA 3UZRA 2CNUA 4IVCA 2C1BA 5IH6A 4E26A 4FG9A 4G1WA 2OH4A 5CSVA 1NT2A 1BLXA 4X3JA 3R9OA 5KMOA 5M09A 3R30A 4O2PA 4O7LA 3MVMA 3PRIA 2GPHA 5JFSA 2WTJA 2P33A 4C4FA 1IEPA 5LVMA 3PVGA 4RX9A 5A4LA 4ASDA 4IAKA 3MFRA 4AOJA 2IN6A 4JI9A 2X4FA 4TW9A 2OFVA 5AIKA 3BWFA 4DEEA 3HA6A 4F7SA 3Q6UA 4RJ6A 3EWHA 4Z55A 1OL2A 3PPZA 1Q8ZA 5HBJA 2OZAB 4YO6A 1KE8A 5M07A 3RNIA 2GNHA 3QAME 3DTWA 3QWJA 4XRLA 3UOLA 4RJ8A 1OI9A 3ZUUA 5HCYA 2C0TA 3JVSA 5JEBA 2VRXA 5DR6A 5IG1A 5CALA 4MXXA 3I60A 2ZM1A 4X2KA 3WI6A 2R7IA 2B0QA 4O0RA 1Z9XA 2PVKA 2GNIA 3AMYA 2E2BA 2QVSE 3H0ZA 4KBCA 3EQIA 4U3YA 5L6WL 3V8WA 4YO4A 3SOCA 2C47A 4M97A 3RK5A 5L3AA 4IZAA 2W5HA 4EH4A 4O1PA 3SRVA 5HU9A 3F88A 4HGTA 4TXCA 3EQGA 4CYIA 5FDXA 4E6DA 1VYWA 3LPBA 3VUHA 1YXTA 3RI1A 3DAEA 3QQUA 4CD0A 2YZAA 4YZDA 3KB7A 3PVBA 4X3FA 3ZM9A 3G33A 3H4JA 2CHLA 4Y5HA 3MY5A 2DUVA 4ASEA 2QO9A 3RWPA 2GQRA 2UVXA 3PY0A 3ENMA 2PVYA 3ATSA 1ZY5A 4YJUA 3VQUA 3VUKA 1F5QA 2VWZA 4JAJA 4E6AA 4EH9A 4YSJA 5AP6A 5T68A 4BBMA 5EQPA 2R3FA 3MGYA 4W4VA 4I0TA 3QQLA 4FUXA 5IISA 4IQ6A 4M68A 5C4KA 4E5BA 5IU2A 1ZYLA 1NVRA 2JDSA 2YM5A 3FHRA 4FKTA 4U8ZA 4X2JA 5DBXA 4DT8A 1YOLA 4ZIMA 4O84A 3DZQA 3OOMA 4LYNA 1Q3DA 4R8QA 5HI2A 5C03A 3NNWA 3C13A 5BUEA 5H8BA 4IVDA 4QP3A 2GSFA 4QYHA 1OIUA 3U6HA 1H08A 3Q4CA 3U54A 5HO8A 3S3IA 4HCTA 4OTRA 5K9IA 3LVPA 1CM8A 2QOKA 3NIZA 1PXJA 5JN2A 3AC3A 2OIBA 2X39A 3EYGA 3FY2A 4GT3A 4ZY5A 2PZYA 2UZBA 4O7NA 2RL5A 3BRBA 5DPVA 3BYVA 5BYLA 4YC6A 4JR3A 1J7IA 1Q8YA 1OPKA 4NM3A 4AOIA 4HYUA 5JRQA 5JSMA 2WQBA 4UV0A 4L43A 2XMYA 1JAMA 3PFQA 4UMPA 4EKLA 3I79A 2XYNA 5CASA 4MKCA 3TV6A 4UMUA 3MIYA 1TQPA 3IECA 3QD3A 3ZSIA 3KXMA 5LVNA 3SAYA 5L6PA 5LWMA 3QD4A 3E8DA 2HY81 4MHAA 3ORNA 1XJDA 2V55A 4GV1A 4YJNA 3FQSA 3RM7A 4C61A 3A4PA 4GU6A 3DCVA 4DFYA 1ZYSA 3NSZA 2JDTA 4BY9E 3UG1A 4PPCA 5EI8A 3BBWA 2HIWA 5B0XA 3TNHA 3LM0A 3LM5A 3QCQA 3DK3A 2YM7A 4U0IA 4RX7A 5I0BA 2F57A 5M4CA 3WARA 3QX4A 3ROYA 3W2RA 1U4DA 2ZJWA 3T8OA 3LE6A 3V04A 5AAFA 5CZIA 2IJMA 3CP9A 4C4IA 2W1IA 3PVUA 3FAAA 3KK9A 4YNOA 1W8CA 3OWPA 4BCFA 5HG9A 3QQKA 4FTRA 5LMKA 4MF0A 5DVRA 5DNRA 4FTJA 4RFMA 5AUWA 4DTBA 1PXMA 5HEZA 3PP1A 2J50A 1TVOA 5CAVA 2FB8A 4IWPA 5HVJA 3CY3A 3DDQA 4YJPA 4AN2A 5CSWA 5CU3A 4EQUA 4GL9A 4XLIA 4WRGA 1OUYA 4FSTA 3R7IA 4DGLC 2C6OA 4WNKA 4K2RA 3FKOA 2P2HA 2DS1A 1H28A 3BE9A 4NCTA 3PWDA 3LQ3A 4OTDA 2ITYA 4BCQA 2G1TA 4FR4A 3QTRA 4CMTA 4HVSA 4O96A 3KRLA 4UWBA 4UALA 4FK3A 3TM0A 1ZRZA 3EQBA 4LOPA 2YIXA 2ZDUA 5AR2A 4O22A 2W0JA 5H2UA 4PDPA 2FYSA 2H9VA 5KO1A 3FE3A 1CSNA 3ZXTA 4W9WA 4Z3VA 4RVLA 3MWUA 2WMWA 3EL8A 1M52A 3ZLSA 4BIEA 4RZVA 4NFMA 5IPJA 1H0VA 3OG7A 4K33A 4HVHA 4JNWA 1B38A 3QQGA 4TYEA 5DFPA 3IW5A 3COKA 3JYAA 1UNGA 3FI3A 3REPA 4FKPA 1TKIA 3IKAA 2Y8OA 5AUZA 4ACMA 1NVSA 5IQHA 3ZSHA 1V0OA 4OTFA 3EFJA 4HZRA 1G5SA 1XR1A 3R8PA 1IR3A 3F69A 4EH7A 3ALNA 4H39A 4JS8A 4U41A 5IA0A 4DEBA 2R4BA 4FIEA 2XNEA 5HX6A 5E8UA 5E91A 3LQ5A 4L3PA 2G01A 2VZ6A 1Q97A 3D0EA 3LLTA 3O96A 4IM2A 4XBUA 5E8XA 4DH5A 3SG8A 3CGFA 4LGDA 3ZFMA 3CY2A 1FQ1B 2BDJA 2XK6A 3B8RA 5ETAA 3E8NA 2Y0AA 4ZJJA 4FV3A 4GIHA 4GU9A 2HELA 4O6LA 2B9JA 3NYXA 1ZOEA 3ELJA 4HZSA 1YDRE 4CV9A 1HCKA 4JRNA 4FKLA 1XH7A 2OWBA 3R1YA 2FSMX 1OVEA 1Y8GA 4ACDA 5CXZA 2E9VA 4BVUA 2JKKA 3HRFA 4I5CA 1QPDA 3KXXA 4CCBA 4YJVA 4TWOA 3DA6A 4DH3A 3BGQA 2R3NA 2RGPA 1V1KA 4D9UA 3WZJA 5KHXA 4TN6A 3K3IA 2I0EA 1H1SA 4WIHA 2VNYA 5IA4A 3PIXA 5LVLA 5HIDA 1W82A 3LMHA 4EWHA 2XCHA 4G3CA 4WSYA 3G90X 1OBDA 4WNMA 5AR8A 3SHEA 4D55A 1LP4A 5J1VA 2RG5A 3GC8A 3NNUA 4MXAA 4XH6A 5D9HA 4E3CA 4LFIA 2WMTA 3MH0A 2YIYA 3BCEA 1Q8WA 4MXZA 5M55A 3I5NA 4G17A 4EJ7A 2A19B 2VTHA 4AF3A 4L7FA 2XP2A 2ITVA 2OW3A 4UYNA 4ANLA 2WXVA 3HMMA 5IUIA 4UXQA 5AUYA 2QOLA 3LQ8A 3OCBA 4JLCA 4O7VA 3JXWA 5C8NA 2H34A 4IJPA 5A14A 4M12A 3H9FA 3QD2B 2JAVA 2OIQA 1PXNA 3QHRA 2LAVA 4I0SA 2QD9A 2HZIA 3CR0A 2WTKB 3HRCA 5DEWA 5L4QA 1SVEA 3JY0A 4CKJA 2WTVA 2F4JA 1BL6A 1FGKA 1U5QA 3G0EA 3F3WA 4F7JA 3TI1A 4EYMA 2Z7LA 3ZDUA 1OKVA 3Q4UA 1FPUA 4MVFA 4XV3A 3PJ8A 4MWHA 4RG0A 4AP7A 2QU6A 5DIAA 2CCIA 4FT3A 4LL5A 4Q5HA 3RGFA 2ZMDA 1YXUA 5CSPA 2RFDA 5BYYA 4UWYA 5FM2A 3GI3A 3HECA 4I6FA 4C2VA 2XNNA 2QLUA 3G9NA 4G2FA 3CJFA 3MA3A 4O38A 5DR2A 3QQFA 5AEPA 4BCNA 3D94A 3QA8A 1NXKA 1UA2A 3IO7A 4XP2A 4IWOA 4ZTQA 5HO6A 4RMZA 3OC1A 4C3FA 5IQDA 4S30A 2FUMA 5I9VA 1Q24A 4BGQA 5J87A 4X3FC 1SMHA 4E5WA 4EQMA 5JMSA 4CFWA 3NMUF 3VC4A 3FV8A 1O6KA 3LFDA 2J0MB 2R3HA 5EM7A 4NM0A 5EDPA 4IVAA 4IBMA 3ZFXA 2J51A 2W96B 3KKVA 2ACXA 2XK3A 4TRLA 5FD2A 3ZZEA 4GFGA 3Q4ZA 3VRZA 5DH3A 4YZMA 1Q4LA 3P79A 2IZTA 3NIEA 3SDJA 3SLSA 3FC2A 4XG8A 4K8AA 4DA5A 1U54B 2WAJA 3BYSA 2XIRA 3O8PA 4AZSA 1E1VA 3I1AA 3OOGA 4EOSA 4Y72A 4TYIA 5EYMA 4O0XA 4J71A 5E4HA 4ZJIA 5IQGA 4RIYA 4KA3A 1XH8A 5CXHA 1UKIA 4J52A 3Q96A 5DI1A 3NUNA 5CF5A 2X9FA 4RC3A 3B8QA 3WF6A 3KREA 2CGVA 3BV2A 4AT4A 2UVYA 4V01A 1XQZA 3ORPA 1ZMVA 4FL3A 5D7AA 4FIFA 2W99B 5JZNA 2OZAA 3ANRA 3RPSA 4EQCA 2QOCA 5JGBA 5LMAA 3BGZA 4FGRA 2VV9A 4II5A 5LARA 3CE3A 3OUNB 4D4SA 5BMSA 4NL0A 1R78A 2YWVA 4BI1A 4FSUA 1JSTA 2XS0A 4DBNA 4ZSGA 4Y46A 4L44A 2QOFA 3HVCA 5AP0A 4C8BA 4MNEA 4PY1A 4X7QA 1J7LA 4IXPA 4L68A 1R0PA 2ESMA 2PZIA 4DH8A 3U6JA 4YLJA 2JLDA 3I0QA 3N9XA 1WVXA 4V0GA 4D5KA 5H8EA 2F2UA 4I6HA 4IX6A 2GHGA 3GU7A 4TWPA 5F94A 4X2NA 5EI6A 4UZDA 1NY3A 3QXPA 3QYZA 5AUVA 4RX8A 4ARKA 2W1ZA 4DTAA 4EC9A 4YTIA 3NW7A 4TT7A 3IS5A 4C34A 1G8SA 3QX2A 1Y91A 3UIUA 1O6LA 4CMOA 3SC1A 5I5ZA 3UOHA 1DAWA 4DG3E 3FKLA 3WYXA 4EBVA 2FGIA 2C6EA 4R3PA 4QYEA 5E8WA 5KUPA 2OJJA 3CCNA 4W4YA 4D4VA 3HL7A 3DBCA 4XEYA 4IX4A 2F9GA 1Z57A 4C4EA 4EORA 2C6MA 3A99A 3H30A 3C4WA 3E87A 4FNXA 5ANOA 4EOJA 5LMKC 4QQJA 1KUTA 5GZAA 2W05A 2PUNA 5IA1A 2W5AA 3FSKA 3W2CA 2YLEA 3AC8A 2G2IA 3KL8A 3PZEA 3Q53A 4G6LA 4Y73A 4USEA 3TDVA 3SA0A 5F20A 2BZIB 5FP6A 5EHLA 1LR4A 4LOQA 3QTSA 4U80A 2XKDA 3VS2A 5KKRC 4CQGA 3IONA 5AV4A 2HZNA 4PRJA 5TF9A 3UYTA 4RLLA 4U81A 5M08A 1OIYA 5JQ5A 3C4EA 3E62A 3K2LA 4LV5A 3G6HA 4IDTA 4QMUA 5I9UA 3QCSA 3GFEA 2C3KA 5I4NA 3BU5A 3FQEA 2JGZA 2PL0A 2C5NA 4JG8A 2JKMA 2E9PA 4PPBA 2R3JA 4JBQA 1FVTA 1A06A 2R7BA 1UVRA 3OTUA 3KXGA 3UVQA 3L8SA 4F1MA 4CFXA 3S0OA 5E8ZA 4O86A 2HAKA 2OF4A 4HOKA 4EL9A 3A7FA 3TEIA 3IG7A 3LOKA 1YOMA 3G5DA 4BDKA 4FV7A 4L01A 4WA9A 3O8UA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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