5LVPA

Human pdk1 kinase domain in complex with an hm-peptide bound to the pif-pocket
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
285
structure length
275
Chain Sequence
RKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLNFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKLT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Bidirectional Allosteric Communication between the ATP-Binding Site and the Regulatory PIF Pocket in PDK1 Protein Kinase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords 3-phosphoinositide-dependent protein kinase 1
total genus 85
structure length 275
sequence length 285
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2016-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5lvpA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5lvpA01
3UIBA 3KVXA 3E62A 5DEYA 3ENHA 1XBBA 1B6CB 2F9GA 2ITYA 4BDHA 4E93A 4UEUA 1RE8A 4FG9A 2OIDA 1Q8YA 3LKMA 3GEQA 4Y83A 2JAVA 4LGDA 4DEBA 3RGFA 2XIYA 5AP7A 2WMRA 5HBJA 1GIJA 4QMMA 3ID6C 4FI1A 3GCSA 1URCA 2ITZA 4MD8E 3ZSHA 4EWQA 2O0UA 4V0GA 3ORTA 3PA3A 5AFVA 2W1GA 3NRMA 4AS0A 2DWBA 4RJ6A 5HCZA 3VUDA 2GFCA 3I1AA 4L44A 2VNYA 1PXOA 4G6LA 2IO6A 4QYYA 4K1BA 2VD5A 3FI4A 4WG3A 2GTNA 1MUOA 4WNMA 4YLLA 3R9NA 2XNGA 3QTRA 3VS1A 3IG7A 5IISA 4G16A 1CM8A 3QQGA 3FAAA 1XH4A 3EB0A 3G6HA 2C6IA 1B38A 3VF8A 4QTEA 4NM0A 1YDTE 3SA0A 5CTPA 4ERKA 1GY3A 5I9UA 3BWFA 3N4VA 5DGZA 3R71A 2B4SB 4U0IA 2R3OA 5AUTA 2NNWB 1M2PA 3Q4CA 5TF9A 5BVFA 4DHFA 3E8NA 5EYMA 5HBHA 4Y85A 3VULA 2WTIA 4RVTA 1TQPA 3BHHA 2UZDA 3D5UA 4Y46A 4FT5A 3E5AA 5FDXA 4L6QA 4DH7A 1U46A 4DAWA 4F0FA 3TWJA 4M7IA 5DPVA 2YCRA 4EK3A 2GMXA 2XCHA 4KWPA 4R1YA 4BCPA 4ZJJA 2PVNA 4ANBA 5DR2A 4NH1A 4DGMA 4O82A 2R3MA 2I0VA 2PTKA 3V04A 2UZOA 2J5FA 5AJQA 4TYHB 3BYUA 5BQ0A 3AGLA 4KABA 3Q5IA 3ZMMA 2NP8A 3A7GA 1FINA 4BI0A 2PVLA 4U6RA 2EUFB 3L8XA 2IJMA 5H9BA 3LJ1A 3PDTA 4NYEA 2BHHA 3R7OA 1XH5A 3K3JA 4FSYA 4F7JA 5D1JA 1PW2A 5AX9A 3ROYA 3KXXA 3LFSA 2HK5A 4IFGA 4H1JA 4X3FA 3VS5A 4F6UA 4LM5A 3EFJA 5AP2A 1F3MC 1BKXA 3ZLXA 4JRNA 1BYGA 2CJMA 1OVEA 3EKKA 4M68A 5HESA 1FOTA 2DQ7X 3ZRLA 4EUTA 3OHTA 4IMYA 4OT5A 2R3LA 4DTAA 5CQUA 5AUUA 3AMBA 1UU8A 3OW4A 2CLQA 2E9PA 2WOTA 3A8XA 2C0OA 3IDPA 3KXMA 5HCXA 4B4LA 4DFYA 1J91A 1UU7A 3DJ7A 3JS2A 4TYIA 3SV0A 3KFAA 4FIGA 1U54A 1OMWA 2VWBA 4AOIA 4BYJA 3VJOA 4P90A 4U8ZA 4HCUA 2J90A 5ANGA 1WCCA 3DB8A 3F3TA 3L8SA 4GS6A 4LOOA 2X6DA 4F9YA 4GJ2A 4PL4A 2QOLA 3AD5A 3PTGA 4CFXA 3MB7A 2C47A 3PPZA 3ATSA 5K4IA 3OFMA 3CGOA 3JY0A 4HYIA 4JX7A 3P1AA 3KGAA 4DT9A 4WUNA 4Z9LA 5J1WA 3EL7A 2IG7A 3WF8A 2YITA 5F4NA 2NPQA 2QD9A 3F88A 4DBNA 3KXHA 4EH3A 3POZA 2XK4A 3BGZA 1UNHA 4XRJA 3RPOA 5DRBA 3GOPA 4KB8A 4ZTHA 3RTPA 3M1SA 5HORA 4FVRA 1FQ1B 4FYNA 2ETKA 1F0QA 3OOMA 2XF0A 3R0TA 5DI1A 5ETIA 5FBOA 3NYXA 3F61A 4XNEA 3HRFA 2UW4A 3NVMB 5IQAA 2E9NA 4AT4A 5J5TA 2W06A 2H6DA 2ZMDA 3G2FA 3THBA 4CFWA 2VO6A 3FZSA 2JKOA 3QC4A 2C5XA 5CAVA 5FEEA 2JDOA 4U41A 4AG8A 4FV8A 2JKKA 4M12A 3EN4A 4QRCA 4EOSA 5CSVA 4MF1A 3FQEA 5E8SA 4Z16A 2GFSA 1PXPA 3ZH8A 2F2CB 4XUFA 3GXLA 4OTHA 4QP3A 5E8UA 3CCNA 3H9OA 5EDRA 3GUBA 4C37A 1H4LA 1JVPP 1VYZA 2VTAA 3UP2A 4Z3VA 5KHWA 4OUCA 2OJFE 3TXOA 4O21A 2XYUA 2VTRA 3HA6A 3GOKA 5L8JA 2B1PA 3OTVA 5HO6A 3F5GA 3C4ZA 3T3VA 3AD6A 4HVGA 3OW3A 4QYHA 1NVRA 3HV3A 1KV2A 4FKLA 2UZNA 4O2PA 5D12A 4EOKA 3R28A 3NWWA 1BUHA 2C68A 4D2VA 3R7EA 3NUPA 3PY3A 2PMIA 3OCBA 4S31A 4A4OA 4B99A 4D9TA 2ITQA 3E92A 3CTQA 4BDEA 3C5IA 5CASA 2QOHA 1NA7A 2ETRA 2YWPA 3DLZA 1SM2A 1MP8A 1VJYA 2UUEA 2WTCA 3QUPA 2YN8A 4FT0A 4W8EA 4AOTA 3D5VA 3LFEA 3QWJA 1M7QA 1YXTA 4D2PA 4QMSA 3A2CA 3OWJA 4FTTA 2OG8A 3FLQA 3PPKA 4PMSA 3I6UA 2UZTA 4XRLA 5EW3A 3W2SA 3ZTXA 2X81A 4IZ5A 4O1OA 3SG9A 4U7ZA 4LRKA 2IVVA 1P4OA 3ZZEA 3NNXA 5A46A 4QPAA 2HY81 2BRNA 4NU1A 2J0LA 3QQKA 5IU2A 4X3JA 5KNJA 3R01A 3R9HA 3OG7A 3I5NA 4MXCA 5HVYA 3MJ2A 2J5EA 2PZIA 1IASA 3LXPA 5AIRA 5AR4A 4DE4A 5G6VA 1PMVA 2OKRA 4RFZA 1UWJA 3Q2MA 2FGIA 1FPUA 3TDWA 4CNHA 4CEGA 3KQ7A 3WE4A 5E1SA 4EBVA 4BICA 4H36A 5M06A 4TTHB 5LVPA 4C3PA 5CS6A 4TXCA 5AR8A 4D4SA 4AA0A 3RKBA 4CLIA 2C3IB 2YACA 2OH4A 4BIBA 3TZ7A 3G6GA 4R5YA 2HELA 1X8BA 3FJQE 4RJ5A 4QMVA 3NMUF 3IONA 2XM8A 2SRCA 2X7OA 3QRUA 1OECA 3CTJA 3DA6A 4UYNA 5EG3A 1H1QA 2BUJA 3F6XA 2Y0AA 3KREA 4U3YA 4EYJA 2B9JA 1JWHA 2R0IA 4GJ3A 4XP2A 3HECA 3L9PA 4C57A 2BDJA 3IO7A 3K5VA 4OTRA 3VBXA 1U4DA 5A3XA 4RIOA 1O9UA 4TNDA 5E91A 4BCGA 2RIOA 1P4FA 4I5MA 4ZSLA 1OBGA 2R4BA 4PV0A 4E6QA 3MGYA 4BDGA 3WYXA 2VGOA 3AC3A 4BKJA 1Q4LA 3QZIA 5CVGA 2WNTA 4FE2A 4K8AA 3U54A 2ACXA 3KKVA 4FV7A 4A7CA 3Q04A 2YIWA 4U44A 4I92A 3BV3A 2AC3A 3R2BA 3Q6UA 3JUHA 2PE1A 4G5PA 4LFIA 4BCQA 4J8MA 4EOLA 2QOBA 3FI2A 4XP0A 3R04A 1YWNA 4OT6A 3EQRA 3LMGA 5EYDA 4HGTA 3SW4A 2ZV2A 1PKDA 3IW6A 4XV1A 3RWQA 3LZBA 2XBAA 2NRYA 2IW6A 3EQIA 5CX9A 3V51A 4BWXA 5L4QA 5M4UA 3S3IA 5J9LA 4ZS0A 2WTKB 2WMQA 3O23A 5IKWA 5E8WA 3R30A 2QNJA 4ZY6A 2VTOA 3FMNA 5A4TA 4JL9A 4U42A 4UX9A 1FVVA 4P5ZA 4GKHA 3CQWA 4PNKA 3TTJA 3VUTA 4F6WA 5M4CA 4LG4A 1M17A 2R3KA 4APPA 3PP1A 4QMTA 4M66A 3Q4TA 5C4KA 4XBRA 2WGJA 3UVPA 1LUFA 3E7VA 2WXVA 2WKMA 2XJ2A 3QZGA 1H1SA 3F3VA 2HCKA 5CXZA 2W5BA 3V5LA 4EQCA 3HV7A 1SYKA 2BKKA 5JK3A 3ZEWA 3G90X 2RFSA 2XKEA 3F2RA 3CQUA 2QOQA 3FI3A 4KIKA 5C26A 3MPTA 5EH0A 4GRBA 5IG1A 4D1SA 5CF8A 5GZAA 4BTKA 4NL0A 3Q9ZA 3VUKA 4BY9E 4H58A 3PFQA 4BL1A 5DG5A 4LUDA 5TO8A 3V8WA 5CEQA 4I0TA 4QMOA 2WTDA 4RGJA 2V7OA 5AP6A 3RPRA 3VHKA 5J1VA 3GFEA 2BMCA 2GDOA 3DXNA 3IW8A 4YTIA 3NZ0A 3HMPA 4IBMA 4M15A 4UMTA 4FV5A 3KMUA 4ZIMA 3AMYA 4IC7A 5BMSA 4YNOA 4X7QA 2YM4A 1OBDA 5GINE 3P9JA 2GQGA 2VUWA 4C33A 4E4XA 3QQFA 2CKEA 4FUXA 5M51A 1PXIA 4GUEA 2PZRA 3GQIA 1FGKA 1OB3A 5BYZA 3Q96A 2C6EA 1V1KA 4FKWA 3WIKA 4ALUA 4XG8A 4BTMA 3MFUA 2RFEA 2WQOA 2YJRA 3QZHA 5HQ0A 3RPYA 1OZ1A 4Y8DA 2QVSE 4X2GA 3PVWA 3QTUA 3C51A 2XS0A 3Q53A 3VS2A 4O0WA 2XYNA 4DBXA 5D7AA 4RQKA 4YJOA 5M4IA 3QCQA 4PP9A 3QQUA 4LL0A 4W9WA 5BVEA 1JAMA 1JKKA 3ZCLA 3FLWA 1J7IA 4QT1A 4FBXA 1JKTA 1JSUA 4FOCA 5FRIA 4MNFA 3KC3A 4RIYB 3NCZA 2RL5A 4JIAA 4L45A 5CY3A 4MVFA 5IUHA 5C8KA 1DS5A 3CPBA 3FC2A 4UWYA 2CGWA 3BWJA 2DYLA 2E2BA 4HPUE 4J8NA 4ZS4A 1Q5KA 3R63A 4G3EA 2IW9A 3SG8A 3MDYA 2J0JA 4YZ9A 4ANMA 3OEZA 1SVEA 2QG7A 3I4BA 3PA4A 1PKGA 2XIXA 1WBWA 2PE2A 5J9YA 5CEOA 3S00A 2CGUA 2Y7JA 5EYCA 3NNVA 3PJ8A 4C38A 3DV3A 1FVRA 5CI7A 4M0YA 2RGPA 3V01A 2BZKB 3OBJA 3ZUVA 3ZHPC 3QCYA 1NY3A 3TJCA 3F7ZA 3WYYA 3ZEPA 1OL5A 3F66A 4M69B 5HZNA 3QQJA 1R0PA 4EONA 4XG6A 5FM3A 3MV5A 1IG1A 4IE9A 4TYJA 4E7WA 1KSWA 5DN3A 3P86A 3NGAA 3NUYA 5BMMA 1MRUA 3LQ5A 2OU7A 5HX8A 3II5A 3DKOA 3TL8A 3RM6A 5HBEA 4MHAA 4LUEA 3BHYA 5HG8A 3MFSA 4YC8A 3GQLA 5KUPA 2VTNA 4FSNA 4YO6A 3DGKA 3QTZA 3QU0A 4LRMA 4NWMA 5CEKA 5BPYA 3DXQA 4ACDA 3DT1A 1VZOA 4N6ZA 4QP9A 3PP0A 5E4HA 3D4QA 3BU6A 4FKGA 3OT8A 5KMMA 2OJ9A 2FSMX 4FODA 4HZSA 4RJ7A 3C4FA 5ANKA 1GAGA 2IZRA 3R7YA 1REKA 3LFDA 2QURA 4HPTE 5L2TA 2QHNA 4IC8A 1R1WA 3FXXA 3DJ6A 2V5QA 3UYSA 1PXJA 5HVKA 3E63A 3HV6A 4X6RA 2CKQA 3KRLA 2BZIB 4CMTA 3VUMA 5HEZA 3KULA 3NUSA 4LV5A 4OBOA 4HNFA 2UZLA 3BEGA 2XVDA 2PVJA 3OWKA 3CIKA 4PDOA 5J95A 4EL9A 2B7AA 4B9DA 2C5NA 5ICPA 4I6FA 3MTLA 4DLJA 1YOMA 3KB7A 2ZB0A 2F7XE 2YJSA 4MXZA 4LV8A 5E8ZA 3EIDA 5DOSA 5AV2A 4FTOA 5FG8A 5KE0A 3BLHA 4FUYA 4NCTA 4O0RA 5M55A 3BU5A 3ZLYA 4TWPA 5BUJA 2VTQA 1GZ8A 2OK1A 4TYGA 3W33A 5EK7A 5TOZA 4IWOA 3UPXA 1U5RA 3A4OX 2JDRA 4GG5A 5AR7A 3BRBA 4BZNA 2J0IA 5A14A 1H28A 3R1SA 2JEDA 5FWKK 5E8YA 5J7HA 5BVDA 3CD8A 2P3GX 4H3PA 2HIWA 1OL2A 3OCGA 2CNQA 4IQ6A 1JQHA 3DZQA 2UW3A 3PIXA 4LL5A 4O6LA 5JGBA 4C58A 4OTIA 4CMOA 4KKGA 3DKFA 3R02A 4G3CA 4YZMA 3NUAA 4A4LA 2Y9QA 4ZZMA 1XH6A 3P79A 3PYYA 1YI4A 4R77A 2VTTA 4U97A 2F7EE 4XLVA 5FQDC 4ASXA 1BL6A 2PSQA 1Z5MA 4I5PA 1PXLA 3QAME 4YPDA 3GENA 4F70A 5IA4A 4EHEA 3SW7A 1OKZA 2CCHA 4AW5A 3LJ2A 2ONLA 3ENMA 5HLPA 1YHWA 5CSWA 2YDKA 4FEWA 3DAKA 4M8TA 4V0GB 5HX6A 2CGXA 3FWQA 5DT4A 3BX5A 1YQJA 4UY9A 1YDRE 4G5JA 4M84A 3U51A 1ATPE 4EOQA 2WIPA 4OAUC 4G6OA 4O7TA 3FKNA 1A48A 2ZM1A 3ZLSA 4HYSA 2XM9A 4I5HA 4JNWA 4RVKA 3FMHA 3K3IA 4FK6A 5C8MA 3R22A 4FKVA 4RFYA 4I6QA 4IZYA 1A06A 5KHXA 1R39A 3QD0A 4FZDB 4MD7E 3BGPA 1OI9A 3FYKX 4P4CA 5EHLA 5AV3A 4JJRA 2JIIA 2I1MA 3VS6A 3HV5A 2X8IA 3W1FA 1OPLA 4HOKA 2X8EA 1S9JA 3FSKA 3SOAA 1ZOGA 3UODA 4X2KA 2OJIA 3ODZX 5HLNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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