5CEIA

Crystal structure of cdk8:cyclin c complex with compound 22
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
363
structure length
345
Chain Sequence
KMDYDFKVKLSSERERVEDLFEYEGCKVGRGTYGHVYKAKRKDGKDDKDYALKQIEGTGISMSACREIALLRELKHPNVISLQKVFLSHADRKVWLLFDYAEHDLWHIIKFHRASKAQLPRGMVKSLLYQILDGIHYLHANWVLHRDLKPANILVMGEGPERGRVKIADMGFARLFNSPLKPTFWYRAPELLLGARHYTKAIDIWAIGCIFAELLTSEPIFHCRQESNPYHHDQLDRIFNVMGFPADKDWEDIKKMPEHSTLMKDFRRNTYTNCSLIKYMEKHKVKPDSKAFHLLQKLLTMDPIKRITSEQAMQDPYFLEDPLPTSDVFAGCQIPYPKREFLTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Development of a Potent, Specific CDK8 Kinase Inhibitor Which Phenocopies CDK8/19 Knockout Cells.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription/transferase/inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Cyclin-dependent kinase 8
total genus 108
structure length 345
sequence length 363
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2015-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5ceiA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5ceiA01
2ZB1A 3FZRA 4FK3A 3EQPA 3C51A 3KN5A 4Y72A 5AUUA 4BDEA 3PXKA 4AW2A 4BVUA 3E93A 3EQFA 2WXVA 1ZRZA 3VJNA 3KA0A 4WRSA 4HNIA 4L3JA 4XBRA 4BFMA 2CKEA 1ZLTA 3JS2A 2OO8X 1KE8A 3UGCA 1H07A 1WMKA 5HG9A 2PVYA 2GPHA 4IAZA 1MP8A 4M8TA 4YZNA 4RSSA 4D55A 3FMKA 3OZ6A 4Y5HA 3GCQA 3C50A 3OVVA 4I94A 4AGWA 1GZKA 5F94A 3TKIA 5HO7A 4ITIA 2UW0A 3KRXA 4QPSA 4GFOA 4GFMA 3V5QA 2FYSA 3OS3A 2BIYA 4GJ3A 5CU3A 3EIDA 5J7BA 4NIFB 3DQWA 4UWCA 5EYCA 2R3JA 3DBEA 5HX6A 4ZTNA 3F2RA 4YJVA 1ZOEA 5HZNA 3U6JA 4YR8A 4IC7A 4ARKA 3P7BA 2C0TA 1UU3A 2EB3A 3C4FA 3VS6A 1Q3DA 2X39A 1JBPE 3UYSA 2IZRA 5T68A 5HTIA 4FV2A 3GC0A 4BICA 4YBKA 5CQUA 4O0UA 3K3IA 3R1SA 3NUAA 5B2LA 4PMMA 4YSJA 2X2MA 3BLHA 4G31A 4FUYA 4WBBB 3BYVA 4LOQA 2EXMA 5BPYA 4ALWA 2EVAA 4BY9E 2BRNA 4XV1A 2H8HA 3KULB 3R2YA 1R1WA 4GVAA 3FBVA 3FMJA 3PVGA 4J96A 3WZJA 4C4IA 4MWIA 4YGAA 4EUTA 5HQ0A 4DBNA 1LUFA 2F7XE 3P86A 2PE1A 4ITJA 4M84A 2BRHA 4FEXA 3MVJA 3VVHA 3PSBA 2ZM4A 5FBNC 2V55A 5C27A 4QNAA 2J9MA 4U45A 3G9NA 4DFBA 3GCVA 5BYZA 2VO3A 1UNHA 4QMMA 4MYGA 3EQCA 2IVSA 2G2FA 3VS2A 4G5PA 3EFWA 4FSWA 2OJGA 3SDJA 3EL8A 4IADA 1QPDA 4MXZA 4FTTA 5I9XA 3F3ZA 3ODZX 2WTJA 2PULA 2EU9A 4Z9LA 4RQVA 3L1SA 4IWDA 5FGKA 5CI7A 5ETAA 4ACCA 4FVQA 4I92A 5KBRA 4CFMA 3FMDA 2O0UA 1SM2A 3MI9A 4DEBA 3OHTA 1LP4A 3HVCA 3F3VA 4OTIA 4K77A 4WO5A 4M69A 4X7QA 3N51A 5LXMA 2OI4X 3BELA 2C68A 4DC2A 4ALVA 2XBAA 4EK5A 1URCA 1VYZA 3F82A 4QQTA 1JKSA 3EHAA 4TYJA 3W2OA 3U6HA 2O3PA 5HU9A 3DAEA 4OBPA 3FXZA 5CY3A 3KU2A 4DN5A 4OAUC 2XCHA 4ANQA 3MH0A 2R3RA 2ESMA 3FQSA 4GSBA 3DKOA 4USEA 3FLWA 4JL9A 4QMLA 3PVWA 4FYOA 2BR1A 2IW6A 4BCHA 2Z8CA 3ORTA 1JSTA 4CZUA 2VTHA 1P5EA 3LLTA 3VC4A 2Y4IB 5CVGA 2C5YA 4C34A 5HVYA 4FTUA 3TG1A 1PXIA 1XH7A 4DFXE 4FKRA 3BCEA 1GZOA 3DBQA 4RPVA 4JXFA 5IPJA 3WE8A 2XYNA 5JZJA 4FTAA 5CALA 2ZV2A 3Q5IA 4JDJA 4BKYA 3VRYA 4BWXA 3ALNA 3IW7A 2PZPA 2QOBA 2XIKA 3A7FA 2VGPA 4XX9A 2EXEA 4XG9A 5I9UA 5KZ0A 4AT3A 3M2WA 4ANLA 2HZIA 1JLUE 1FMKA 2FVDA 4D2PA 4ZTRA 3H9FA 2REIA 2F7EE 3KB7A 3RCJA 3I60A 1ZYLA 2JKQA 3HNGA 3DXQA 2ZOQA 4AZVA 4F4PA 2RFDA 4LUDA 4A4LA 5JZNA 3OBJA 5EW8A 4IH8A 3WZKA 4XS2A 4IWOA 4DHFA 4EOKA 5CAQA 4GKHA 4R7BA 2RG5A 3MIYA 4R5YA 2OJJA 3QUPA 5K0KA 4ZSAA 2HZ4A 4L8MA 2ETKA 3SXSA 4QTEA 2IW8A 5GZ9A 4O0RA 3DGKA 1FVTA 4NU1A 3VHEA 4G3FA 3R8PA 3L9MA 4DCAA 2E9VA 2VWVA 3JVRA 3QTQA 1WCCA 5E8WA 3BBWA 4FR4A 2X0GA 3LCSA 2PUIA 3R7OA 2CGVA 3E88A 4QTBA 3ZO3A 4EYJA 5JMSA 4DH7A 1OIUA 4AW1A 4CFWA 2QO2A 4K1BA 1YWVA 5AAFA 3GCPA 1Q8UA 4I93A 3ZSIA 2PSQA 2W1GA 2W1HA 2YDJA 2VWXA 2VTRA 3FEGA 4J53A 2BKZA 2GFSA 2PZRA 3D5XA 3E3BX 2WMSA 3BYOA 2V0DA 4HGLA 2X9FA 3VUMA 5I0BA 3RPRA 4F6SA 1G8AA 2YIRA 3TZMA 3DPKA 3WARA 3ZLXA 2VO6A 5HBEA 1KV1A 5EM8A 3RKBA 3ZHPC 4GFGA 4E5BA 1NY3A 4RGJA 2R4BA 3GFWA 3KGAA 3ROYA 3GU5A 4EOPA 3JY9A 3U4UA 4XYFA 4LL5A 2JD5A 3QCSA 2W4KA 5AV0A 4CZYB 2WPAA 2QR8A 1Y8GA 1WBPA 3BHYA 4NM3A 3VS0A 4APPA 5DPVA 2YIXA 2EWAA 3F3UA 3ZRLA 1DAWA 4I0TA 3LFAA 4AXAA 3GU7A 4DT8A 2GTMA 2Z60A 4EK6A 3UQCA 3R28A 4EI4A 1ZY4A 3F2AA 3E5AA 3CKXA 4Q5EA 5DRBA 4F7LA 4ZP5A 2XJ1A 3FZTA 4AE6A 4O6EA 5E8YA 4FTOA 2C30A 2YM4A 4YZ9A 2SRCA 4MXCA 4O84A 3BI6A 4DE4A 2YIYA 1IAHA 4BHZA 3LJ0A 3PVUA 3NIZA 4IANA 1PXPA 5JT2A 4LM5A 5ANGA 1R78A 3BZ3A 1WFCA 3RINA 2IZTA 2NRUA 3NUSA 5HVJA 1GZNA 4Y5QA 4U5JA 3IOKA 2VTPA 5CU6A 4IAKA 3C9WA 2OZAB 4XJ0A 3TKHA 2X1NA 2CSNA 1F3MC 4FX3A 4ZMEA 5I9WA 4QP8A 3TNHA 2XB7A 3HV6A 5DH3A 3HMPA 2QHMA 4ZJJA 4C57A 3QD3A 3LLAA 1MQBA 1BI7A 4MNEA 2KULA 4FG9A 4GIHA 2DQ7X 4RIWA 1MQ4A 5BUJA 4FKOA 3OBGA 2YZAA 5C8KA 1H4LA 5L3AA 2WOUA 3ZFXA 5GJGA 4EH9A 4U97A 4O7RA 4BDFA 2OFUA 2ZB0A 4IFCA 5ACBC 2CLQA 5CF5A 2ZJWA 3IQ7A 3OCBA 4GH2A 5GNKA 5K0XA 3FY2A 5CAPA 4KUJA 3F3WA 3AC4A 5JFWA 4HCUA 1PXJA 4EHZA 3NS9A 4QTAA 4YPSA 2WIHA 2G2HA 2X6DA 1QMZA 2Y6MA 4WSYA 4ANNA 3QHWA 4I5HA 3WF5A 2BIKB 1W98A 2YJRA 3KXZA 4WUAA 3PPZA 1YHSA 3Q4ZA 3GENA 4D9TA 1YXXA 2WTKB 2CGWA 4MAOA 4MBJA 2E9OA 4D1XA 5HLNA 2OJ9A 2CPKE 2XA4A 5EQPA 3R9OA 4FODA 1YKRA 3V5TA 1S9IA 1ZARA 4J99A 5B2KA 3MH1A 2V7AA 2XKFA 5J5SA 2WU6A 1WVXA 3PJ1A 3NLBA 3PLAE 3CPBA 3EWHA 4BIDA 2WEIA 3A7IA 1RDQE 3QTIA 4G6NA 4YC3A 4C37A 2QOFA 1PXNA 3QKLA 3SLSA 4RIOA 2VO0A 4U43A 3EH9A 2NP8A 5C01A 5TKDA 4DH1A 5E7RA 2X81A 2C47A 4IZ7A 4FV7A 3ODYX 2PZ5A 3Q4TA 1H1PA 3OOGA 3DFAA 3FYKX 3OT8A 4XP0A 4MBIA 1KSWA 2R3QA 4JX7A 5DHJA 2FO0A 3RI1A 5IH6A 2QQ7A 4JJRA 5KHXA 3QTRA 3N4VA 3FY0A 1OL7A 4XOYA 5IUIA 3TN8A 4CFXA 5I3OA 3C0HA 5EI2A 1FPUA 1YOMA 3PXQA 3KRJA 4HVDA 3OY3A 3NAXA 4AW0A 4CV9A 4ZSLA 2PVJA 5M44A 3UO4A 4UB7A 2QONA 2PMNX 3LXKA 4XUFA 3U9NA 4PUZA 3RWPA 4HYIA 1GOLA 1JKKA 2J0KA 2UZLA 3I5ZA 2HZ0A 4UZDA 2OW3A 3E3PA 2G15A 4QYGA 3F61A 3QKKA 3KREA 3R1YA 4M0ZA 3TV7A 4KABA 3Q6UA 3BX5A 3QU0A 3MFSA 4QTDA 3UBDA 1DI9A 3S3IA 1BMKA 4BI1A 3GNIB 4EOJA 4X2FA 3R8VA 2JIIA 4KWPA 4IVDA 5AUYA 5HCXA 4DLIA 3FUPA 4ZZOA 5KMMA 2X6EA 4OBOA 5FTGA 1XR1A 1M17A 4F9BA 4XG7A 5JFSA 3L8VA 3ENHA 3BRBA 3VUKA 2IZUA 3A60A 5HNIX 3UVRA 1H0VA 4MWHA 3OEZA 3OWPA 2OH0E 3ZONA 2ITZA 5LVPA 4D0XA 2Y6OA 2XJ2A 4B7TA 3TUCA 2BAQA 5FD2A 2YLEA 5CEQA 3DB8A 3JPVA 2AUHA 4HGEA 2VX1A 2B52A 2JDOA 4DFYA 5D12A 3NGAA 4EHGA 2C1AA 3RMFA 3ORMA 2YACA 4HYSA 4CTBA 5C03A 2DS1A 2HCKA 4DFLA 4F9CA 3WF9A 2OFVA 5LMBA 2BDJA 2QU6A 3UIUA 5IUHA 5JN2A 4FEVA 4YTFA 2CCIA 2V5QA 3GP0A 3NUNA 3QQFA 4BDKA 2PMLX 5HESA 3W55A 2GDOA 5EM5A 3ZLWA 4BRXA 5BYYA 5IQGA 1YWRA 2RFEA 2WO6A 1FOTA 2WQNA 2WGJA 3HV3A 2WQOA 3MB7A 5I9ZA 3NUUA 4YLJA 1V0BA 2QR7A 4FKTA 2W99B 5J9ZA 3FLQA 2PZIA 3LQ5A 3NNXA 4CFNA 3QKMA 2XKEA 4PL4A 3UIMA 4H3QA 4PL3A 5IH4A 2R3GA 1HCKA 1UWJA 3AC1A 3LW0A 1XQZA 2XVDA 3IW5A 4TY1A 4YJRA 5AR2A 3U4WA 4EONA 2WMAA 4O0SA 4W4XA 3C5UA 4KRCA 4IVBA 4FOCA 2RGPA 5IA0A 4RMZA 1Q4LA 3COKA 4BDAA 3RVGA 1P14A 4AZSA 4ZTLA 2VD5A 1Q41A 1OL6A 5FXRA 3TNIA 3Q04A 2HWOA 5CSXA 2W1CA 4BDGA 3UIBA 3Q9WA 3ZS5A 1I44A 4F64A 3U54A 4CKJA 3LFCA 4J8NA 5G6VA 2JITA 5C4LA 1UU8A 2BVAA 5B0XA 4X2JA 3IOPA 5EDPA 1ZY5A 4BYIA 3R7GA 5AFVA 4IZAA 4GT4A 2W96B 4RJ7A 4KIKB 1Z9XA 3N4UA 1AD5A 4EK8A 3WZDA 3VS5A 5AEPA 1PHKA 3FE3A 2JDTA 4ZS4A 5CSWA 2EUFB 5A4QA 3IO7A 3ZUVA 3CTHA 3ORNA 3HA8A 3PXFA 1BL6A 3AT3A 2J0JA 1LEZA 5FDXA 2OF2A 5C1QB 3MESA 5A54A 5M4IA 4NCTC 1YXVA 5M55A 1OBGA 4FKPA 4R1YA 4TWCA 2CJMA 5EHYA 3R9RA 1SVGA 1YI3A 4HPTE 2QOLA 3NSZA 4IHPA 4YP8A 1BLXA 4RC2A 4WKQA 2BZKB 4FVPA 1ZMWA 4CKRA 2O5KA 3TUBA 3F5GA 3FMLA 2ETMA 2XUUA 3R30A 3LPBA 3CD3A 3U6IA 2B1PA 4Y95A 2VWBA 1QCFA 2ITOA 5CLPA 3RPVA 3VS7A 4QQCA 5KMJA 1KE7A 4FKVA 3DXNA 4FT7A 4EOIA 2C4GA 3QGWA 2QURA 3O96A 1XO2B 4FEUA 3DBDA 4OTHA 3W8LA 5DA3A 4BTJA 5IMXA 2YLFA 5EW9A 4K2RA 4YURA 3DS6A 4D28A 2C3LA 3LJ2A 4JRNA 2UZOA 4PPCA 2FSOX 3MIAA 4LGHA 2IJMA 4LRJA 4WOVA 2QHNA 1GY3A 3BKBA 4DTKA 1Y6BA 4NL0A 2B9IA 3S1HA 5IMEA 5EI8A 4YTHA 4NM7A 4HGTA 3EB0A 5HX8A 3D5VA 4ZLOA 1WZYA 3A2CA 1B6CB 3CD8A 2B9JA 5ICPA 4P4CA 1KE5A 2ZM3A 4TNBA 3L9PA 4BCMA 1J91A 3D9VA 4YLLA 3D2KA 2XIXA 3V8TA 4NM5A 1L8TA 5HLPA 4BBFA 1WAKA 5EG3A 2QC6A 3PZHA 4O0WA 3D83A 3FC1X 3LFDA 3O50A 3QLGA 5EQYA 3EN6A 3PYYA 3HZTA 5E1SA 4NJ3A 4WIHA 5KCVA 5L2SA 4C4GA 5LWNA 1Q3WA 3D7ZA 4FTKA 5KO1A 3PP0A 1DS5A 5LMAA 5DEWA 2P4IA 4EBVA 1PXKA 5HORA 1KUTA 4K8AA 3PP1A 4UMUA 2W4OA 4C0TA 2W4JA 2Z7RA 2BHHA 2WMVA 3SD0A 3RJCA 4BDCA 5EQEA 3CLYA 4NUSA 3EQRA 4GS6A 4TYHA 4EQUA 5CAUA 3MTFA 3AD4A 2UVYA 3NNWA 4I3ZA 4FC0A 3ZRKA 5BUEA 3D5WA 4JDKA 3RP9A 2XCKA 4Q2AA 1Q61A 2VO7A 5FXSA 2GTNA 4QPAA 3DXPA 3BPRA 4HCTA 4Z7HA 2Q0NA 4U0IA 3TL8A 2P3GX 3PUPA 4FYNA 3V6RA 3ID6C 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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