5D9HA

Crystal structure of spak (stk39) dimer in the basal activity state
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
299
structure length
290
Chain Sequence
AVGWPICRDAYELQEVIGSGATAVVQAALCKPRQERVAIKRINLEKCQTSMDELLKEIQAMSQCSHPNVVTYYTSFVVKDELWLVMKLLSGGSMLDIIKYIVNRGEHKNGVLEEAIIATILKEVLEGLDYLHRNGQIHRDLKAGNILLGEDGSVQIADFGVSAFLATGGDVTRVGTPCWMAPEVMEQVRGYDFKADMWSFGITAIELATGAAPYHKYPPMKVLMLTLQNDPPTLETGVKEMMKKYGKSFRKLLSLCLQKDPSKRPTAAELLKCKFFQKAKNREYLIEKLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Domain-Swapping Switch Point in Ste20 Protein Kinase SPAK.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Mus musculus
molecule keywords STE20/SPS1-related proline-alanine-rich protein kinase
total genus 79
structure length 290
sequence length 299
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2015-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5d9hA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5d9hA01
4GG5A 4NM0A 2F2UA 4FKWA 4FZ6A 3FI3A 1VYZA 3Q4CA 5EYMA 4YU2A 4DH3A 4FA2A 3HMOA 1PXLA 4ZSAA 4G3EA 4U0IA 1H07A 4RA4A 4FSUA 2JKQA 3SRVB 5HNIX 2HW7A 2O64A 4UZDA 1E1VA 3E88A 1JKSA 4IBMA 4ITJA 3FZRA 4XEYA 3VBXA 4EH2A 2A19B 2CCHA 3ZO3A 4KIKB 2HCKA 4TKSA 3BU5A 5FGKA 3V51A 2HZ0A 2AC3A 5HD7A 5J7HA 3R9NA 4AE9A 1Q8ZA 3BLRA 4FZ7A 5E1EA 2BRMA 4FEUA 1QPCA 4BR3A 2OXXA 3EZRA 1OIUA 4PDOA 1R78A 4HGEA 4ZTQA 1M17A 4GMYA 5CSXA 3OWPA 2J0LA 1NVSA 4X3FA 3TCPA 2VTHA 3P7AA 2YIWA 4G3CA 4JS8A 5DR2A 3S3IA 4B7TA 5JFSA 4EYMA 1UNHA 3FZOA 3FLNC 4GIHA 4LL5A 5KMIA 1H1RA 4OGRA 2C6MA 3HP2A 5C26A 3DA6A 4S30A 1JQHA 5IUGA 5AR7A 4KUJA 2V0DA 2WMAA 3BGQA 3IDBA 4IXPA 5K3YA 2X9FA 3MWUA 4CFFA 2XKDA 3E64A 5BVEA 5LWMA 4B99A 4DBNA 4ZY4A 2NNWB 4BBMA 3ET7A 3SOCA 3AMYA 3ZC5A 4G17A 3AC3A 5C4KA 3W8LA 4DLIA 3AT4A 5IEXA 2YAAA 5T6KA 3OP5A 4NFNA 3RAWA 4PPCA 5DE2A 2ERKA 3LJ2A 4BDDA 1U46A 3Q9ZA 2QOIA 2B54A 3VS1A 4E20A 2B0QA 1UV5A 2PZ5A 3ORPA 3SXRA 4F9BA 5KCVA 3RNIA 4BKYA 1PW2A 4CZTA 3BV3A 4J95A 4DH8A 4JR7A 4V01A 4IAIA 4EH8A 4ZZOA 3GOPA 5KKRB 1ZXEA 3SX9A 5IQHA 4N0SA 2XKFA 3ZLSA 1ZZLA 4IVDA 4U43A 4ZS4A 3QF9A 4L46A 3LOKA 3KF4A 3NNVA 2O0UA 4G3DA 3R9RA 2JITA 4C4EA 1JKLA 1IEPA 2HYYA 3SA0A 2C69A 2HZ4A 3KVWA 2C1BA 4C59A 4OT6A 4BCGA 2XVDA 4I6BA 5DOSA 3VWAA 4AZEA 1WVYA 2VTLA 2W0JA 3DB8A 1PXMA 1TQMA 3WIGA 2XBAA 5M57A 1QL6A 4TYIA 3QQKA 1BL7A 2ITQA 4F6WA 4PDYA 4HZRA 4EH3A 3D5WA 2J0KA 3FAAA 1W82A 4LM5A 5CEPA 4RX8A 4K2RA 4NM3A 2PVNA 3DY7A 1VEBA 3NIEA 1XHAA 4LG4A 2CPKE 2R4BA 4IX6A 5LMKA 2WMXA 5HIEA 5ANIA 2QI8A 3W2OA 4DAWA 4FTLA 3QQLA 4JDKA 2YIRA 3LFEA 4GK3A 3R7UA 2X8EA 5IQBA 3F6XA 4LUDA 2B9JA 5L8LA 2QR8A 1R0PA 2W1EA 3W55A 4CZUA 2ZJWA 2UZUE 2DWBA 4IAYA 2XYNA 3ZU7A 3NUAA 5B2LA 4DT9A 4GUBA 4EHVA 5ANGA 4EWHA 4ZSEA 3IW4A 2GNIA 3PIZA 2UW5A 2RFSA 3A4OX 3HV6A 4JQ8A 3V3VA 1CKIA 2EU9A 4BDKA 2YACA 1A9UA 3OT3A 2W9ZB 2X2KA 4FSYA 5J1VA 3FLWA 3FPMA 3E93A 2X8DA 2C3IB 3EN9A 1XH8A 1F0QA 2GNFA 4EC8A 3UMXA 3UVPA 3P9JA 4TYJA 2Y4PA 2OSCA 2AC5A 2O65A 4N4SA 5J1WA 4FT0A 1QCFA 3R01A 1Q8UA 4F0FA 4MK0A 1S9JA 2X7OA 1APME 1PJKA 4AA0A 4OTWA 4CEGA 2I40A 2PZIA 4I5PA 3S95A 2OICA 4PP9A 3EB0A 4M97A 3PA3A 4M3QA 4ZOGA 4FVQA 4C38A 3DT1A 3LHJA 4AG8A 2UZTA 1Q8YA 4MCVA 4EK3A 3O23A 3Q60A 1U4DA 4A7CA 4C58A 5IUHA 3ODYX 1XH7A 2J2IB 2VAGA 4QPMA 5HBJA 2F57A 4YJRA 1WBVA 4TYEA 5BYYA 3A61A 4QP9A 3V04A 4FTNA 3BWJA 3QU0A 1UU7A 4KNBA 5ETFA 4K18A 4DEAA 4X3FB 2RFNA 4U7ZA 4DGNA 4IVCA 5JFXA 3NMUF 4AX8A 1J1BA 4U80A 3W2QA 2REIA 3H3CA 1ZYLA 4I92A 4RVTA 2YCQA 4X2KA 3EFKA 3C4FA 2WTKC 4E73A 4JL9A 5EM5A 3QZGA 4TY1A 2JDSA 5C9CA 1FINA 1R1WA 2J5EA 2VWZA 3BYOA 4IAFA 3DXNA 4GT4A 3VS5A 2BMCA 3DQXA 3K2LA 3QZIA 4JXFA 3VIDA 3P23A 4YSMA 3GU8A 4HGLA 1GZOA 3VW6A 2WQOA 2FYSA 3TNWA 3OCSA 3VS0A 4AUAA 4O2PA 4BI2A 2F4JA 1NW1A 1ZLTA 3UYTA 3MPMA 5H3QA 4NKSA 4PV0A 5FXSA 2W06A 4FIFA 4TWNA 2P2HA 2UW3A 2JC6A 3UOHA 3MGYA 3KREA 3FI4A 1W84A 2UZVA 5EOBA 5JGBA 4JG6A 5AMNA 5AV3A 1L8TA 5I3OA 3SDJA 2WIHA 2W4KA 3R8MA 4O7VA 1WVXA 3C4WA 4AAAA 4BFMA 1B39A 4E4MA 2X4ZA 4AW1A 4ERWA 4UY9A 1P4OA 2WTVA 3DJ6A 2QONA 5K0XA 2UUEA 3R8PA 1ZZ2A 3KRWA 2FO0A 3QQFA 4X7QA 5AUUA 2VO6A 3LFFA 3HDNA 2J5FA 1LR4A 3NUSA 1G5SA 4BYIA 2VWIA 1V0OA 4ZLZA 2OJIA 4M68A 4L3PA 3VRZA 3R9DA 4C4FA 4GFOA 1OBDA 1KE5A 4YR8A 2IWIA 2W5AA 3RAKA 3FZTA 3LCOA 3T9IA 3ZUVA 2OIBA 4BDGA 4D58A 2WTJA 4AF3A 2V7OA 4YC6A 4PTGA 2QKRA 4FTMA 5CQUA 3OBJA 2XCKA 4R6VA 4UWBA 3ZLXA 3F3UA 1J7IA 2I6LA 4FVRA 1ZYJA 2CDZA 3C5IA 4BDAA 3GT8A 2VX3A 4FKSA 3BYSA 3PY3A 4LMUA 3QHWA 5L8JA 3U9NA 3I81A 2B55A 4IAZA 2WEVA 3S0OA 5LWNA 3CE3A 3EQBA 3S00A 4KAOA 3IPHA 3CY3A 4JBQA 4K9YA 5DT0A 3DBQA 3QD3A 4M15A 3TG1A 4Z7GA 2VO3A 2OFVA 2C5NA 3HAMA 5EM6A 1KV2A 4EI4A 5HX6A 2VX0A 4IZ7A 1YHWA 4BL1A 3MH0A 2P0CA 4KD1A 3MS9A 2BCJA 4MYGA 4Q5HA 4TNDA 3RPRA 3C9WA 3DJ7A 5I9VA 3OY1A 4L52A 4RJ3A 4DBXA 4QMXA 4HOKA 3DKFA 4XJ0A 3LQ8A 5CEQA 2C6KA 5M07A 3EN6A 5LMBA 5DRBA 3LMIA 5BNJA 2R9SA 3TNIA 1REKA 5M55A 4CFNA 2QOCA 3FL5A 3LM0A 3RPYA 5IMXA 2WMSA 5JZNA 2G1TA 3NYVA 2OJ9A 5JQ8A 2R3RA 5EW8A 5HO6A 5EG3A 3UIUA 4FL1A 2GFSA 2OH4A 3GCPA 4MH7A 3NYXA 3OUKA 2JFMA 3PVWA 3QGWA 2R3JA 5AAEA 4I41A 5ANDA 4C57A 4IZAA 3CJGA 3QL8A 3BELA 3QTXA 2IW9A 4QMSA 5BUJA 5FUTA 4FKOA 5DFPA 3MFRA 3KRRA 4ZMEA 3HECA 4RWLA 2YHVA 4KBAA 4XMOA 4A06A 4DG0E 1CTPE 5DYJA 2W1DA 2XK9A 2ITXA 3P7BA 4C8BA 3CTQA 4MF0A 3R2YA 2ZV2A 2BZHB 5HICA 5M51A 4CFUA 3HGKA 1SVGA 3MFSA 2GCDA 3HV4A 3O96A 3HA8A 5D11A 4ZEGA 5KMJA 2Y4IC 3ENMA 3KMUA 5EDPA 3UOKA 4FE2A 3ODZX 4FV7A 3CJFA 4BWPA 3OMVA 3F2RA 2GS2A 4JIKA 2PUUA 3GFWA 2BALA 3KRJA 3EFWA 5D7VA 4HPTE 4FYNA 1H1PA 3EN4A 2XNPA 2PULA 4RA5A 2PWLA 2EB3A 3P86A 5CALA 4DFXE 2PSQA 4MNEB 3RAIA 3PJ2A 2W17A 2I0YA 4XG3A 3NX8A 4MTAA 2C6TA 2F9GA 3PJ3A 1FMOE 3CS9A 5CEMA 4RIYA 5IQCA 3QRTA 3DNDA 4G16A 4E1ZA 3ORMA 3COMA 3HMMA 4GS6A 5DA3A 3DKOA 2XJ0A 5HVYA 4AN9A 2O2UA 4NCTC 4A9TA 2XJ1A 4KKHA 3JS2A 4ZTLA 5CEIA 1CDKA 3UOJA 3KN5A 3QQUA 1ZMWA 4JDIA 2WZJA 4Y46A 2XA4A 3FKNA 4L7FA 3ORLA 4XH6A 2YABA 4XV9A 5EYCA 3THBA 2QOHA 1M7QA 4AGDA 2JGZA 4JRNA 5T68A 2RL5A 2GHLA 2HZNA 2PE0A 3NR9A 5CU3A 3V6SA 1FGKA 1YDRE 2ITWA 3ZFXA 5E92A 4EH7A 4TZRA 1W8CA 1X8BA 3OCTA 2IN6A 4QMUA 3Q5ZA 5HCYA 3FV8A 4FICA 3W18A 5JQ5A 5CWZA 4RFYA 4ID7A 3POZA 5DEWA 3TTJA 4ALWA 2CNQA 2A27A 4S2ZA 3VBYA 1YQJA 2JAVA 2PVYA 1MP8A 3Q04A 4A9YA 5ANJA 4PL3A 1XKKA 4F99A 4I6HA 2Y9QA 2WU7A 2W1IA 2BHHA 3NRMA 5DT3A 5BVDA 4FKUA 5KMLA 4QMZA 3NYOA 2E9UA 4BDFA 1RE8A 2RIOA 1YI6A 3I79A 4Y95A 3HMIA 4QYYA 3AT3A 3IOPA 3W32A 3COKA 5GIOE 1YHSA 4AS0A 1M2RA 3PFQA 4YHTA 3SVVA 4UWCA 2PY3A 3LKMA 2QOLA 1YOLA 2WKMA 3UGCA 3P7CA 4DTKA 2XUUA 3UBDA 2FSOX 5M4IA 3HL7A 4O7SA 2W1CA 3VBQA 5KBQA 4E6CA 5TT7A 1OKZA 4H3QA 2C0OA 3ZS5A 3ZSGA 4CGAA 3W33A 2VTIA 4OTIA 3W8QA 4O0YA 4TTHB 3QQHA 5ANKA 3FZSA 2EWAA 5HLPA 4F0IA 4Y73A 5J87A 5IQGA 3SLSA 4APPA 4RC3A 4U79A 3NNWA 5J7BA 3ANRA 2ZDUA 3BEGA 3NW5A 5C1QB 4FV8A 3ULZA 2J9MA 4FKGA 2OBJA 4AW0A 3CQUA 3EN7A 3NYNA 4OLIA 3DK3A 2OW3A 4GK2A 4NJ3A 2PMLX 3ZLWA 4FG7A 4BDCA 4BYJA 5CT7A 4JIAA 2OXYA 4LRMA 3IDPA 3ZO2A 2IJMA 1T46A 4P4CA 3ZMMA 4IJPA 1H08A 3R1NA 4F70A 4EZ7A 3E8CA 4IADA 3W2CA 2UZEA 3SV0A 3D5UA 4L68A 3UPZA 2VWXA 5FTQA 4L53A 4PNIA 5AUYA 1WBWA 4D1ZA 1DI9A 3ZUUA 4BN1A 4FOCA 4F65A 4IDTA 2FB8A 3AQVA 3EQDA 3GXLA 3P5KA 3Q52A 4MD9E 4MXAA 5G1XA 4ANOA 5LCJA 3LJ0A 4LI5A 3PP0A 3QLGA 2QG7A 5C4LA 2HXLA 5A4TA 3E7VA 3FXWA 1LP4A 4FTCA 3P79A 5KO1A 4EOPA 5HG5A 4J99A 2RKUA 3FLSA 2ACXA 2HOGA 4CKRA 3R30A 4EOQA 1QMZA 4CG8A 3IK3A 2VV9A 3DKCA 4QTBA 4FF8A 4R78A 3LLAA 3DTCA 2J90A 4ANLA 2FSMX 3KKVA 4CMOA 5E1SA 3S2PA 2YJRA 3ZEPA 1QPEA 4QMPA 4C35A 2PE1A 3K54A 3U4WA 1FVTA 5LJJA 1YDSE 4W8EA 2ITUA 3QCYA 2WMBA 5F20A 4IDVA 4LOQA 2BUJA 4HVHA 2XM8A 4O0RA 4C34A 1G8AA 3PVUA 4QYEA 4CQGA 4RIYB 3KK8A 4FTUA 1JOWB 4DGMA 3GU5A 2GNHA 3RTPA 4UZHA 3ZM4A 2Z7QA 3CEKA 5EW3A 4UMUA 2BZJA 5TO8A 4EHGA 5EHYA 2CGUA 2Z7LA 4RSSA 4U97A 3VF9A 4WNOA 3O7LB 5T3QA 1IA8A 2XIZA 5HBEA 1OITA 3TEIA 1OI9A 4GJ2A 3I60A 3FZPA 3QTIA 4GG7A 4JG7A 5JSMA 4XUFA 1BLXA 3E92A 3FC2A 4C4GA 5I9ZA 3F5XA 1LPUA 3TI1A 3WE8A 4D2VA 3FQSA 4OBQA 4XOYA 3NUXA 2JLDA 4AZFA 2GDOA 3WF6A 3AD6A 4J71A 3QXPA 1BI8A 5EQYA 1BYGA 4L44A 4ZSJA 5EH0A 4KABA 1B6CB 4L3LA 2W1ZA 4PMSA 2YAKA 2ITTA 5AR5A 4IIRA 4IM0A 4F6UA 1DM2A 3KF7A 1Q99A 2RSVA 1YXUA 2GQGA 2X81A 3NNUA 4XG2A 3TWJA 4XV3A 4DT8A 2VGPA 3FBVA 3WZUA 4EUTA 4WSYA 4DGOA 4Y85A 4YURA 1UKIA 4C0TA 1ZYDA 3FWQA 5KZIA 1WAKA 2RG6A 1PMEA 3IW5A 4FSWA 4PY1A 1EH4A 3LCTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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