5DBXA

Crystal structure of murine spak(t243d) in complex with amppnp
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
301
structure length
284
Chain Sequence
AVGWPIRDAYELQEVIGSGATAVVQAALCKPRQERVAIKRINLEKCQTSMDELLKEIQAMSQSHPNVVTYYTSFVVKDELWLVMKLLSGGSMLDIIKYIVNRGEHKNGVLEEAIIATILKEVLEGLDYLHRNGQIHRDLKAGNILLGEDGSVQIADFGVSAFLAFVGTPWMAPEVMEQVRGYDFKADMWSFGITAIELATGAAPYHKYPPMKVLMLTLQNDPPTLETGVEDKEMMKKYGKSFRKLLSLCLQKDPSKRPTAAELLKKFFQKAKNREYLIEKLLTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Domain-Swapping Switch Point in Ste20 Protein Kinase SPAK.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Mus musculus
molecule keywords STE20/SPS1-related proline-alanine-rich protein kinase
total genus 76
structure length 284
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2015-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5dbxA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5dbxA01
2W1GA 3G2FA 4MBLA 2VU3A 3HRBA 4RFYA 1UWHA 1WBVA 1H01A 2GTMA 4NH1A 2JLDA 4YJNA 5LVOA 1Q3DA 1DAYA 1GZOA 2BFXA 3ZMMA 2RFEA 4WOVA 3RAIA 4FKSA 4GJ3A 1Y57A 2XP2A 5IQGA 4C61A 2NRUA 2YM4A 3QCXA 4TT7A 2X2LA 3NYOA 1O6LA 3F2RA 3QQKA 4LUDA 3UG2A 3PYYA 3REPA 3ZM4A 2XKEA 4CTBA 1OIUA 2BTRA 3EQFA 3IW8A 4CFFA 5DR9A 2FSMX 2Y6MA 3QWKA 2VX0A 2C0TA 4KRCA 4FIEA 2YITA 1WBNA 4QOXA 2B4SB 5AMNA 3ZZWA 3QQUA 5EI8A 2WTVA 3PPZA 3CTHA 4MQ2A 4QQCA 2PMLX 4YBKA 3G0FA 4TWPA 3FYJX 4L00A 3RVGA 4RPVA 4B0GA 3LXKA 3LE6A 3KCKA 1GIIA 2IN6A 2J4ZA 1E1XA 4DITA 3ZONA 1GNGA 2YFXA 3QRTA 2QOOA 4FKQA 3BBTB 3BHTA 1OITA 4G9RA 4IE9A 2YERA 3NUXA 4FT3A 5EHLA 4GKHA 4UX9A 2C3KA 3R9DA 3QTWA 5CS6A 2PVHA 4E6DA 4NT4A 4DGMA 1A48A 5KE0A 4M0ZA 4NM3A 5JFSA 4D4YA 1OL2A 4E26A 2PULA 1H25A 4GIIA 4DAWA 3BE9A 3C4EA 4CMUA 4QYFA 4KIKA 4MWHA 2PMOX 4WSQA 3WYXA 3DJ7A 5IQBA 4KINA 5D7VA 2ERKA 2ZJWA 4OBQA 3MH2A 2IG7A 4ZSGA 1WVXA 1U54A 1WFCA 3QGWA 4JI9A 2UZVA 4FL3A 5J95A 2GS7A 3IQ7A 4M14A 3GQIA 3NCGA 4AW2A 4AZEA 2R3RA 4O0XA 4P90A 1YDRE 5E8UA 5IH6A 4FSQA 3VJOA 2LAVA 4G3EA 2X7OA 3WZJA 4OAUC 5IQAA 4GT4A 3UO5A 1U4DA 2XNNA 4PDPA 5HEZA 5CXZA 3LCSA 2C6IA 3FUPA 3N4UA 5IQHA 4NTTA 4PPCA 4IAFA 4ZLZA 3NW7A 5EDPA 4RGJA 4RWLA 4I21A 5FBOA 4GT5A 4ZK5A 3RMFA 4ZEGA 2X2KA 3OBGA 3BKBA 1OKVA 2W1IA 1LP4A 5HBEA 2UZWE 4IVBA 4KUJA 3R8MA 2C3IB 4EOJA 5IU2A 5B2KA 4XH6A 3FZSA 4F7NA 1KOAA 5HESA 1WVYA 1JSUA 4JBPA 4BCPA 4FTJA 5CI7A 3ZLXA 4UXLA 5BMSA 5HLWA 4GSBA 1X8BA 5AX9A 4YURA 5CEIA 3F6XA 4QMYA 2Z7RA 5IA5A 4P7EA 2VTSA 4UBAA 3WF9A 3NX8A 2QU5A 3AMBA 2VGPA 3FHIA 3QTUA 4AA5A 5IMEA 3RHXA 4OTQA 4I5CA 2PWLA 3VUHA 4E6CA 2XMYA 4FTOA 4ACCA 2H6DA 1FINA 3O7LD 3G9NA 3LHJA 3O2MA 2XM8A 2FGIA 3GT8A 5D7AA 4RQKA 2OFVA 4GU6A 4FE2A 4UZHA 3BV2A 1YXVA 3BBWA 4XBRA 4MXXA 4QMQA 5CU0A 2WU6A 3ORXA 2IW6A 4MF0A 3IGGA 5KHWA 3GFWA 5HCYA 3LFNA 4RJ7A 4CKJA 2WHBA 2EXCX 3VS0A 2BILB 1IA8A 2QR7A 1MRVA 2WMSA 2QOKA 3O96A 4IACA 5E8SA 3F5UA 4AN2A 4D2TA 3IONA 4R7HA 1GAGA 5AR7A 4FTKA 1PXOA 3L8VA 4GMYA 4MKCA 1UNHA 5EW3A 5M53A 3S4QA 2AUHA 2F49A 3MVHA 3UTOA 3UIXA 1YI6A 3S0OA 2W9FB 4QMVA 5IMXA 3QZIA 2C5YA 3D94A 4GV1A 4LM5A 4I6FA 3NDMA 3ZHPC 2JDVA 3EYGA 3JXWA 4JIKA 4BCFA 2YM6A 3BGPA 2CHLA 4QTEA 2GQSA 3R8VA 4J7BA 1H08A 1U5QA 2R3FA 2I0HA 3H9RA 2VWXA 3P86A 1ZYCA 4E5WA 3TIYA 1WBTA 4BDDA 4O2ZA 1WVWA 3QKKA 4FODA 4O7NA 3R0TA 2BR1A 4O1OA 3PA4A 3VUTA 2A2AA 3E8NA 5EDRA 5AR5A 3BI6A 4U80A 2ZMCA 3V5TA 2I7QA 1OIQA 3DJ6A 4YTIA 5EI6A 2X81A 5DI1A 4BCQA 5IF1A 4D4VA 3KRWA 4NIFA 4Y83A 5J87A 5I3RA 1PXNA 3CY2A 2HENA 3EQRA 2W9ZB 4CCBA 4O21A 4IAAA 3F3VA 4RA4A 4PTEA 2NO3A 4ZP5A 3RM6A 3RP9A 3UO4A 1W83A 3EFLA 4MYGA 3RPOA 1LPUA 3MFSA 5AR3A 3VUKA 4C57A 3ZXZA 5L2WA 2A19B 5HKMA 5LVLA 3SX9A 5AADA 3PXQA 5DG5A 3VW6A 3GCPA 5FWKK 1ERKA 2W4OA 4OTWA 5A14A 3FMHA 3MVLA 4RVMA 4CSVA 4W8DA 3JY9A 4AU8A 4EH7A 1H24A 4F7SA 4J8NA 4NJ3A 4C0TA 4AUAA 2FYSA 1FVTA 3MY5A 4GVJA 2Z7QA 3QTXA 2UZDA 4JT3A 4DH3A 2PVMA 4FC0A 4L3JA 1OL7A 2WQOA 4MBIA 3R9NA 4O84A 3ACJA 3OVVA 5LOHA 4I0SA 5HIBA 4MXOA 4RIXB 3DOGA 2VTTA 3U87A 5AFVA 4BBEA 1E1VA 5CQUA 1CDKA 2X9FA 3ZRLA 4D9TA 3E7OA 3KULB 3W8LA 2XIZA 4RLKA 2I0EA 4FVQA 5M06A 2JKOA 4IWDA 2PVFA 3P7CA 3PP1A 3FHRA 4HGEA 4NEUA 5HBJA 4R7IA 5JN2A 4ERWA 2HY0A 2JIUA 4C2VA 2ZV8A 4CEGA 3L9NA 2I6LA 5J5TA 2GQRA 4M0YA 2Z7LA 5EQYA 3VBVA 1YDTE 4FT0A 3OW3A 4P5QA 3FZTA 5HVYA 2FO0A 2FB8A 2JKMA 5EHYA 5CVGA 3T3UA 4I4FA 4QMTA 3VS7A 3C51A 4ACDA 3LQ3A 5FDPA 4FZDB 3W1FA 4AN9A 3TACA 5CAPA 2ZV2A 2WTIA 5L2QA 1RJBA 4PWNA 4C33A 3HV6A 5DHJA 2P55A 4BDIA 3UVPA 2UZLA 3LJ2A 2BCJA 5AP3A 5HG9A 4C3FA 2VTHA 3FKNA 3DZOA 3TZ8A 2OIDA 5GZ8A 4O0RA 1YXSA 4GCJA 2VWYA 4DGNA 3ZSIA 3H10A 2HWPA 5AR4A 1XBAA 3GC0A 4OT6A 4RBLA 3G6GA 3UC3A 4PDSA 4D9UA 4ANBA 1G8SA 5GZAA 1IA9A 3FMMA 3V5WA 5F20A 2YEXA 4FICA 3POOA 3FJQE 3UIBA 1SZMA 2R3NA 2R2PA 3QLGA 5F94A 1NT2A 2XKCA 2ZB1A 1E9HA 3LFFA 3QD2B 4JRNA 3EKKA 3FQSA 4MEDA 3CD8A 4ARKA 4CQGA 4GKIA 3DKFA 3L1SA 4ID7A 4S2ZA 4RIYB 1BX6A 2JDTA 5D9HA 5KBQA 1ZZ2A 3BHHA 3LXNA 2ZB0A 1ZYDA 2QLUA 4ORKA 4JAJA 5HOAA 4DTBA 4UMTA 4IW0A 4R8QA 4E93A 3EH9A 2XB7A 4USEA 2F57A 4S31A 2XIXA 3ZDIA 3ZZEA 2YWVA 3IDBA 3QQGA 3FY0A 2ITXA 5KX8A 1AD5A 3FXWA 3MH1A 3QX2A 4Y95A 3RPYA 4F6SA 1M2RA 2R3JA 5IQEA 3DQWA 3TZMA 3GOPA 2C1BA 3LCOA 3O8TA 4OTHA 3QF9A 5AP7A 4RX8A 4TRLA 2X1NA 3HMNA 5C4KA 5L2TA 4R3PA 4H1JA 3MVMA 3QTZA 4BTFA 2OGVA 5JRSA 3KKVA 3R02A 3TT0A 1OIYA 3PE1A 4Y5QA 4O7TA 2YM3A 3ZFMA 2UV2A 4WUNA 4C4FA 4EBVA 3S1HA 5L6PA 1Q99A 3MB7A 2YISA 2XIRA 1FVRA 1Z5MA 2J90A 2XKDA 2X8DA 3C4XA 4LV5A 1FPUA 2JDOA 4AGDA 5CVHA 4NYEA 4BYJA 4FT5A 4D2PA 1KE7A 3DFAA 2CNVA 3UPXA 1MQBA 3EFJA 4FKGA 3GU5A 3SC1A 3KA0A 4YZDA 5ICPA 4FKPA 4PDOA 2YCSA 2R3MA 5CF4A 5FEEA 4OBPA 5HLNA 2AC5A 3SHEA 4DF3A 1VZOA 4MD8E 2PTKA 3C9WA 3R21A 3ZO2A 3QD4A 2BAQA 3Q6UA 5EM8A 3MSSA 4DGOA 2J6MA 3SXFA 1CM8A 1RW8A 2QODA 4JDJA 3FZRA 3LPBA 1T46A 2O2UA 4Q5EA 3UIMA 4EH3A 4EQUA 3BYOA 5HE2A 3QZHA 4BL1A 4ZZMA 5L6WL 3NNUA 5ETAA 5L6OA 3EMGA 2IPXA 4JX3A 1PYXA 2YDJA 4FV8A 4A07A 4F99A 3F7ZA 4ERKA 1H26A 3ZBFA 3TEIA 4XS2A 3BU3A 3FSFA 4KIOA 3QRIA 5I5ZA 5AX3A 4YTFA 2QO2A 3E93A 2QVSE 3QQHA 2UZTA 5EK7A 5HGIA 3TJCA 4ANOA 3EB0A 4QYGA 5C01A 4Z7GA 4FIHA 3DXPA 2VGOA 2VO3A 3F61A 4PL4A 3R8UA 3SXRA 1NVQA 4DGLC 2VWZA 5I9ZA 4WRGA 5AP4A 4KS7A 1WBPA 2I40A 5GNKA 1PXPA 4FSMA 4IB0A 2FA2A 4U97A 3V5JA 4ZLYA 3DXQA 5DBXA 2F7EE 4JR7A 4F0IA 2ITVA 2R7IA 4EJNA 1YOJA 4EHVA 3F2AA 3ODYX 1JBPE 5CU3A 5EOLA 2B9FA 1H00A 2VRXA 2Z8CA 3D4QA 4BCGA 2CGWA 4FV0A 1SM2A 2WMAA 2CKEA 3ZDUA 5KMLA 5HNBA 4M84A 2P4IA 4KIPA 5LARA 1G8AA 4LQMA 4OLIA 1JAMA 3OT3A 5C8KA 4DEGA 3E88A 5CVFA 3QXPA 2HXQA 4RRVA 2I0VA 4FTLA 1KE6A 2RG6A 3QHRA 2Y0AA 4CQEA 2QCSA 2RGPA 3P9JA 5BUJA 5HO7A 4BZOA 4PMSA 3ZFXA 5L8LA 5LJJA 2QI8A 2ONLC 4W4XA 2XH5A 3NUPA 3FXXA 3GC7A 3TI1A 5A54A 2QHNA 2QR8A 3AG9A 3L8XA 3Q4ZA 4FEQA 3UYTA 4RJ6A 3W2SA 2ITTA 4ASEA 4FV6A 4U3YA 4Q9ZA 4G17A 3ORTA 4W9XA 4ACMA 4ZTMA 5LCKA 2BVAA 1H27A 4AN3A 3CBLA 2VO7A 1OL6A 1XH6A 4KRDA 1SMHA 3WZKA 1UU3A 4DHFA 4BYIA 4YR8A 2CGUA 4FSYA 4DT9A 5I9XA 4PUZA 2R3GA 2AC3A 2OI4X 5A4CA 4WA9A 4AT5A 2JAVA 4EH9A 2XEZA 5HO8A 4NUSA 2VTIA 2JFLA 3KVWA 4FSZA 4QQJA 3N51A 4N4SA 5JEBA 3DNDA 4TYHB 3HDMA 4G5JA 3BCEA 4CVAA 4D28A 2H96A 3AD6A 3DK3A 3LFEA 3LMIA 5IEVA 4NM0A 3RNYA 2JDRA 4I22A 4M15A 4QYHA 4HOKA 2XBJA 4QMUA 2X6DA 4BY9E 4EH5A 3OOGA 1UNLA 2WIPA 3KULA 4PDYA 4DT8A 2HK5A 5FUTA 2R0IA 4HGLA 4F1TA 4ZSEA 4UEUA 1OUYA 4FV5A 3SQQA 3TV6A 3A8XA 4I5MA 4FGRA 3EL7A 3N4TA 4AFJA 3QU0A 4TNBA 4U8ZA 3MI9A 2ITWA 2OXDA 4G16A 2WQMA 4O83A 3KU2A 3R2BA 4JBQA 5HIDA 3UOLA 4C58A 4EH2A 2UUEA 5A3XA 2HW7A 1ZYSA 3V5QA 4F9WA 1URWA 3CS9A 3ANRA 1IR3A 5HE0A 2R4BA 3BX5A 4FVRA 5F9EA 4IZYA 2OLCA 2JC6A 3LMHA 3I0OA 4RWJA 2QG5A 2WTDA 2RF9A 3EN6A 3GU7A 3V8WA 4EC8A 3NUYA 4P2KA 1IAJA 2LGCA 2ZM3A 3QYWA 4QTCA 2IVSA 3QZGA 2OBJA 2RFNA 5EH0A 5HVJA 3ZEWA 3I1AA 2W5AA 1QPEA 5E1EA 2PUIA 5IA3A 3HLLA 5CZIA 3V3VA 2GU8A 3OTVA 2WGJA 3DFCB 2GS2A 4TYGA 1UNGA 4CKIA 2XNEA 3DAJA 4QMLA 2C30A 5DA3A 3ZUUA 2QKWB 4FSUA 4JBVA 4OW8A 4E6AA 3AXWA 5CAUA 4B8LA 2WOTA 4YJVA 5EG3A 5CAQA 4A4OA 3D5WA 3AMAA 4HYHA 3BLRA 4LG4A 4IANA 4Y5HA 3TIZA 3FPQA 3IS5A 2RFDA 2JIVA 4MVFA 4ANLA 4APCA 3DZQA 1BMKA 5B2MA 4RG0A 4MBJA 1IAHA 3OG7A 4GS6A 3MW1A 1PMNA 4ZS4A 3F88A 4ITIA 5TT7A 3HGKA 4OBOA 3MA6A 4G6LA 3I0QA 4ZSLA 5ACBC 3PIXA 1PXMA 4DG3E 2WAJA 5E9EA 4RIYA 4ZSAA 3CP9A 5M08A 2YABA 4IVDA 5CSHA 3F9NA 1ZYJA 2YLFA 2QLQA 3FZ1A 3ZUVA 4AE9A 4IM2A 5ANIA 4YLKA 3DDPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2W1G A;  3G2F A;  4MBL A;  2VU3 A;  3HRB A;  4RFY A;  1UWH A;  1WBV A;  1H01 A;  2GTM A;  4NH1 A;  2JLD A;  4YJN A;  5LVO A;  1Q3D A;  1DAY A;  1GZO A;  2BFX A;  3ZMM A;  2RFE A;  4WOV A;  3RAI A;  4FKS A;  4GJ3 A;  1Y57 A;  2XP2 A;  5IQG A;  4C61 A;  2NRU A;  2YM4 A;  3QCX A;  4TT7 A;  2X2L A;  3NYO A;  1O6L A;  3F2R A;  3QQK A;  4LUD A;  3UG2 A;  3PYY A;  3REP A;  3ZM4 A;  2XKE A;  4CTB A;  1OIU A;  2BTR A;  3EQF A;  3IW8 A;  4CFF A;  5DR9 A;  2FSM X;  2Y6M A;  3QWK A;  2VX0 A;  2C0T A;  4KRC A;  4FIE A;  2YIT A;  1WBN A;  4QOX A;  2B4S B;  5AMN A;  3ZZW A;  3QQU A;  3NFG B;  5EI8 A;  2WTV A;  3PPZ A;  3CTH A;  4MQ2 A;  4QQC A;  2PML X;  4YBK A;  3G0F A;  4TWP A;  3FYJ X;  4L00 A;  3RVG A;  4RPV A;  4B0G A;  3LXK A;  3LE6 A;  3KCK A;  1GII A;  2IN6 A;  2J4Z A;  1E1X A;  4DIT A;  3ZON A;  1GNG A;  2YFX A;  3QRT A;  2QOO A;  4FKQ A;  3BBT B;  3BHT A;  1OIT A;  4G9R A;  4IE9 A;  2YER A;  3NUX A;  4FT3 A;  5EHL A;  4GKH A;  4UX9 A;  2C3K A;  3R9D A;  3QTW A;  5CS6 A;  2PVH A;  4E6D A;  4NT4 A; 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