5DFPA

Crystal structure of pak1 in complex with an inhibitor compound frax1036
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
293
structure length
292
Chain Sequence
SDEEILEKLRSIVSVGDPKKKYTRFEKIGQGASGTVYTAMDVATGQEVAIRQMNLQQQPKKELIINEILVMRENKNPNIVNYLDSYLVGDELWVVMEYLAGGSLTDVVTETCMDEGQIAAVCRECLQALEFLHSNQVIHRDIKSDNILLGMDGSVKLTDFGFCAQITPEQSKRSMVGTPYWMAPEVVTRKAYGPKVDIWSLGIMAIEMIEGEPPYLNENPLRALYLIATNGTPELQNPEKLSAIFRDFLNRCLEMDVEKRGSAKELLQHQFLKIAKPLSSLTPLIAAAKEAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of Selective PAK1 Inhibitor G-5555: Improving Properties by Employing an Unorthodox Low-pK a Polar Moiety.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase/transferase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Serine/threonine-protein kinase PAK 1
total genus 97
structure length 292
sequence length 293
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2015-08-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5dfpA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5dfpA01
4F9WA 2CN8A 4IADA 3LFCA 3VHKA 3KL8A 5BVWA 3CTJA 2VO6A 4LRMA 3SVVA 3M11A 4BDDA 1A9UA 2RL5A 2BKKA 5ANEA 1OIRA 5CQUA 3C4WA 3CTHA 5HLWA 5ITAA 4W4XA 3FMMA 3LFFA 3MWUA 1NVSA 4IAKA 1XH8A 4KRDA 4TXCA 2R7BA 5CT7A 3VNTA 3FWQA 4BWXA 3FHRA 3WYXA 4F4PA 2XIRA 1FGIA 3P9JA 3H9OA 3NR9A 3ORZA 4JG6A 1Q3WA 3OCBA 4RRVA 2XRUA 1GIJA 5HE0A 1KOBA 2WHBA 3D0EA 3R30A 4L6QA 4YLKA 3VHEA 4FGRA 4ZZMA 3ALNA 1O6YA 1SZMA 4WOVA 3ACJA 4WRGA 4FT5A 3UO4A 2ITZA 3O51A 4S32A 5LJJA 1TQMA 3TIZA 3BGQA 2B9HA 5I9VA 2ONLA 5DR9A 4F6SA 5KMIA 4TNDA 5E8SA 5M51A 4QNAA 3K5VA 3OS3A 4QRCA 4FKUA 3KK9A 5HIDA 3W2RA 4AT5A 2A0CX 3E3PA 4AF3A 3UC4A 4HGTA 2FH9A 4O7NA 2UVYA 4O7TA 2VRXA 4RJ3A 3A7IA 3C1XA 3ZOSA 5IEVA 4FSRA 2Z8CA 3BYOA 4WG3A 3LFEA 4FI1A 2ITOA 3R8MA 1W84A 4ID7A 1FPUA 3UOLA 5I5ZA 2PVRA 4R77A 2BIYA 3GB2A 3NUUA 4RQVA 4I41A 4LFIA 2UW3A 1P2AA 4JIAA 1YXSA 4AQCA 4UMPA 2CGUA 4FTJA 3O7LB 4ZOGA 4RGJA 3ZONA 2YITA 4KWPA 5M53A 3ZEWA 4KKGA 2OZAB 3VS5A 3RALA 4PMSA 5GJFA 4RIWA 3P7BA 5KZ0A 2EVAA 2UZLA 3NYOA 4I6QA 3WF8A 2DQ7X 5D12A 3BX5A 4O1OA 4UWYA 3DAKA 3OUNB 5EDRA 4NTSA 3DFAA 3E8DA 4NWMA 5HNGA 1DI9A 3R6XA 3SV0A 3O17A 4I22A 4J95A 4ZTNA 4BDGA 3QF9A 3VUHA 3K3IA 3R02A 4N6ZA 2HW7A 4X3JA 3IPHA 4CMOA 4QQ5A 5JKGA 4FV8A 3SD0A 5M4UA 4C34A 3ATSA 4YZ9A 3FL4A 4ORKA 1TQIA 3HAVA 4FEUA 3PXRA 1B38A 4PTEA 4EK3A 4CG8A 3TDVA 4LL5A 3LPBA 3UVRA 3COIA 2UW4A 3Q60A 4RLLA 5AV2A 5B2MA 3Q53A 4H05A 5CF5A 2GHLA 5BVEA 4DEBA 5GIPE 3TKIA 4FSZA 4HNIA 5I3RA 3QZHA 5JT2A 3OWJA 4ZSEA 4EYJA 1OL6A 3QZFA 2VV9A 3OZ6A 3TV4A 1GNGA 3MPMA 3DBDA 4I92A 4E5BA 4IWOA 4DBXA 5AP2A 4DEEA 1OBGA 1F5QA 2QLUA 4L3JA 1UNLA 2VWUA 1M52A 3LCOA 3F66A 4O0UA 4UXLA 3W8LA 4AOTA 2C47A 1Q8ZA 3MIYA 4FG8A 2J5FA 5C26A 2YIWA 4GYGA 4DGLC 5L3AA 3C4CA 5DRDA 3VS3A 4KBAA 2RIOA 1MP8A 5DH3A 4W4VA 4DLIA 4O7LA 3QTQA 3Q9ZA 5TO8A 3BHYA 1T45A 4V05A 4CKIA 5HCYA 4MTAA 3OW3A 2IZSA 3R7VA 5E92A 3U55A 2NRYA 5IQGA 2RKUA 1ZWSA 4MEDA 4D58A 5IA0A 2B9JA 2XIZA 4HCTA 4RX5A 2YERA 4KIQA 4JG7A 3AT2A 3ZDUA 5IDPA 2XJ1A 5F94A 2I0VA 4LGHA 4ZXTA 2VTRA 2IN6A 4GFOA 5A9UA 5JGDA 2QHMA 1BL7A 1OL1A 4BCOA 1ZMWA 3ZU7A 5HLPA 4O6LA 3LCKA 5KZIA 2FVDA 1ZOHA 3FC1X 4AFEA 4EQMA 4WNMA 5CT0A 3UIXA 4FEWA 4DH5A 1TVOA 2PE2A 4UYNA 1DAYA 4JQ8A 1JNKA 3UVQA 2OZOA 2PMIA 3EKNA 3G0EA 4RWLA 5K5XA 2F7EE 3OC1A 4IW0A 5D7VA 3BCEA 3SHEA 2EWAA 2IO6A 4WSYA 3THBA 2FSMX 2VTHA 3W16A 2QCSA 2V22A 2EXCX 1IAHA 2WTJA 4YJVA 1VEBA 2P2IA 3V5PA 4R5SA 1BLXA 2WMUA 2ITVA 1PMUA 4FV1A 5DE2A 4LV5A 4MNFA 5H3QA 4BIEA 5AEPA 4FSYA 2QURA 3CPBA 3P86A 4E6CA 2HAKA 1SMHA 2HOGA 3NCGA 4USEA 3JR1A 2PK9A 2ZMCA 4XLVA 1UKIA 3H4JA 2XNOA 1H24A 2YDIA 3EKKA 4BHNA 3VF8A 3FKOA 5IQHA 3R73A 4JDJA 5FXQA 5CEKA 1WBOA 3PY0A 3ZRKA 4EHVA 4CZTA 5GINE 2A27A 2WOTA 3P23A 5AM7A 4A4XA 5HD7A 2F2UA 2VUWA 3QTUA 3FPMA 3QYWA 4QP8A 4RA5A 4R8QA 4RBLA 4TRLA 3LFSA 4AT4A 4X6RA 3SX9A 3R7IA 5CAQA 1H0WA 4NFNA 3ORXA 1WMKA 2XYUA 3AC3A 4ALWA 3POZA 2ERZE 4RG0A 1A06A 1KE9A 3DV3A 3RHKA 1J3HA 3VIDA 2LAVA 3BE2A 3C4ZA 4R3RA 2YIXA 3R8PA 4BTFA 4OTPA 4QMTA 4EI4A 2J5EA 2E2BA 4ZSJA 1J7IA 1IR3A 5FEEA 4D1XA 2VTQA 4CFFA 3G6HA 2YDJA 1Q8WA 5AIRA 3PG1A 4AE9A 1JWHA 4RC2A 3TEIA 5K4IA 4L00A 3PSDA 3CQWA 4QT1A 3G2FA 5KCVA 1XH4A 3MH0A 2BVAA 4IEBA 2W9ZB 4QMNA 3RNIA 1BX6A 3A8WA 4YJTA 5IQEA 2XEZA 3UYTA 3RAHA 2OH0E 2X39A 2JFLA 3Q2JA 1Y8GA 3AXWA 4DFYA 2VTMA 4R3CA 2REIA 4O7RA 1FOTA 5FEQA 5L2QA 4LG4A 3TV6A 4EOQA 2IW9A 2PZPA 3FMEA 5JRSA 4ACHA 4IZAA 2GQRA 3EH9A 2C5NA 2YM4A 2YLEA 3CY3A 5E8VA 3VUIA 2EB2A 5EH0A 4BGQA 2W5AA 2G01A 3K54A 4RC3A 3ULIA 3TUDA 5LVPA 5DI1A 2OKRA 3D14A 3FDNA 4MX9A 4DH7A 2JLDA 1BI7A 1URCA 3I4BA 5CQWA 5A6NA 3NSZA 4B8MA 3I0OA 5CU0A 3WIGA 4ASXA 5J5SA 2CSNA 3R1NA 3REPA 4JG8A 1A48A 2CKQA 5AR7A 2BZHB 4JAIA 5I9UA 2VTOA 2HZIA 4TYIA 2HXQA 2H6DA 4I0RA 5DPVA 2X8DA 1KWPA 2QU6A 2UZBA 4KIPA 5LXMA 3EQPA 3ORIA 5GIOE 4FKLA 3I7BA 4R78A 1E9HA 1SNXA 4QP4A 2W5BA 3CCNA 4NUSA 3SDJA 4AGDA 3NAYA 4YBJA 4FZDB 5D41A 2C6TA 4HVSA 3PXQA 4AP7A 5JFSA 3VUDA 3BYUA 3ORKA 4FSTA 3UPXA 1FINA 1Q8UA 2QQ7A 3EFLA 2AYPA 4MWIA 2R2PA 4G3FA 4F0IA 3D5WA 4Q9ZA 2Z2WA 3PPKA 1XWSA 4Q5EA 3VWAA 5CAPA 3F3TA 4FKTA 5IA3A 4DEDA 5BNJA 3S1HA 4IVDA 5IF1A 5CVFA 4AGCA 5FBOA 4O22A 4AA0A 3KY2A 3DU8A 2JC6A 4GFMA 3V8SA 4OAUC 5DEWA 3M42A 4D5HA 5G6VA 3MVJA 3JY9A 2NPQA 4HNFA 2CKEA 5A4EA 2ZJWA 4AW0A 3D5XA 4BKZA 1WBVA 3O8PA 4QP9A 4DC2A 4PWNA 2BILB 1GOLA 3HMIA 5DBXA 5CU4A 3MPAA 3QKKA 1B6CB 4K6ZA 1UNHA 4DE4A 3E87A 4PRJA 1ERKA 1V0PA 3Q4UA 5D10A 1NA7A 3PJ3A 5HG9A 4GL9A 4DTKA 5BQ0A 1UKHA 3QTXA 3CLYA 3VW8A 4B99A 4I24A 3W2SA 4TYGA 3IDCA 3DJ6A 5D1JA 5CAOA 2R3GA 4BKJA 5AUTA 5LMAA 4K9YA 4RIWB 3TUCA 4G17A 4CMTA 3G0FA 3Q5IA 4EBVA 1AQ1A 2GPHA 5HBHA 4XG6A 4I5MA 4QQCA 3IQ7A 3TJDA 2ZB0A 5GJDA 3HDMA 3DBCA 2YDKA 2YZLA 5BYLA 2OFUA 2P2HA 4ANNA 4C35A 5A4QA 5I4NA 3O0GA 2VWIA 3HV3A 3SW7A 2GMXA 3JYAA 2FO0A 2VO3A 4G31A 3MW1A 4RX8A 4X2GA 5AUZA 3MFTA 3DK6A 2R3MA 2NNWB 4FODA 5AUYA 2UZVA 1PXOA 5EW9A 2RFSA 3VS0A 4ANQA 2Q0NA 3GU8A 5CVGA 3MI9A 1NVQA 1OMWA 3OT8A 4Y72A 3Q2MA 4LGGA 4Y5HA 3D15A 3I81A 4GU6A 2WMTA 2CN5A 3F88A 4YJRA 4E26A 2IJMA 4GVJA 5TT7A 3ZC5A 5IZFA 3E7VA 2ESMA 3NW6A 3IS5A 3VC4A 3I0QA 1QPEA 3D9VA 4JDKA 3UTOA 3FLSA 4YU2A 5IQDA 1NVRA 4V01A 2CCIA 3F3VA 3AMAA 1PY5A 1RJBA 3COMA 4GK3A 4JDIA 5BUJA 1GZOA 4XOYA 2QNJA 3FMDA 4A9YA 3KVWA 4PP9A 5EHOA 3VRYA 2C3IB 3Q4CA 4BTKA 3D94A 3A4PA 3A99A 3MA6A 3QLGA 3Q5ZA 3OG7A 2XK8A 2CLQA 4NL0A 1WVWA 3NIEA 2A1AB 3P08A 2VWYA 3R1SA 4KB8A 5AP6A 4QP3A 5JK3A 3QQGA 4IAAA 4EH8A 4JOAA 4RVLA 4BI2A 4BICA 4E4NA 4FKRA 2XBJA 4IVCA 3RK5A 1PXMA 1JLUE 3UQFA 2JBOA 4PF4A 2RSVA 4I4EA 5HICA 1QMZA 4EH7A 2WTWA 2YIRA 3TT0A 3HA6A 3FZSA 4H3PA 2GQGA 3N9XA 3TNHA 4AZSA 2WQBA 4NEUA 4NM3A 3NUSA 4PMMA 2BKZA 4M84A 2BRBA 4EQUA 3E64A 1FVRA 3OOMA 3O50A 4A7CA 3ZUTA 5HLNA 3HMMA 4X2NA 1ND4A 4DA5A 3S00A 2GHMA 3HDNA 2XJ2A 4ITIA 3ZUVA 4DG2E 5M4FA 3ZDIA 3R1QA 5JMSA 3VRZA 1IA9A 1PXLA 3QQLA 4YHTA 3QTSA 1ATPE 4CT2A 2WFYA 3VBYA 4QMVA 2UZWE 3L9LA 4D2TA 3GUBA 2XMYA 3BLHA 3HV4A 3VBTA 2JDVA 4RX9A 4HYHA 1YOLA 5JRQA 4AW1A 2PE0A 5CS6A 1FGKA 3BV2A 3GQLA 3NDMA 4TWNA 3LJ1A 1YW2A 3FI4A 3TWJA 1REKA 5BUEA 4L7FA 3WE4A 4PPBA 3W8QA 3LMGA 3GCUA 4YPSA 4YC6A 1WVYA 3PIYA 2O3PA 3GOPA 1XHAA 4WO5A 2PUNA 2GS7A 3F2RA 4BL1A 4BY9E 3EOCA 3GFEA 5HGIA 3FZTA 2QOBA 2X6EA 3C0HA 2XVDA 3QFVA 4GT3A 2Z7SA 4RJ6A 4P90A 3BBWA 4FTCA 2QO9A 2XIKA 3A7GA 1M7QA 3VUMA 4JVGA 4R1YA 4U6RA 4E4MA 2BFXA 3E7OA 1R1WA 2QOCA 3DBEA 3HMNA 3JS2A 3TV7A 1RW8A 5AWMA 3ALOA 3S3IA 3D4QA 2PMLX 4KABA 1UU8A 5HCXA 4E7WA 3NNWA 5HG7A 3KRJA 3R22A 2J51A 2XZSA 4FTTA 3ACKA 4M97A 5E91A 3K2LA 1V0BA 1Z9XA 4KD1A 1J1CA 4RZVA 4M12A 4IAFA 3IW8A 3CGOA 1OM1A 2JBPA 1B39A 1YDRE 2IVTA 2ONLC 2UW9A 2UVZA 4A9TA 4EC9A 4U41A 3OUKA 4H3QA 4JRNA 3WYYA 4BWPA 5EFQA 2C6EA 3WIKA 1BUHA 5EHYA 1IRKA 4GV1A 3FE3A 3VJNA 4QTAA 3W18A 4AN9A 3AT3A 3DXNA 3RPOA 3QQKA 3TTIA 4DITA 4A4OA 2C69A 5ETIA 3A4OX 5HX6A 4R7HA 2OJ9A 4F63A 4F9YA 4WRSA 3DOGA 4YC8A 3KN5A 3Q6WA 3I6WA 3EIDA 4PV0A 5JSMA 1JKKA 3IOPA 4O82A 4XG9A 2WTDA 1Q61A 2YISA 5E90A 4AA5A 4FKIA 4UB7A 3F61A 4F7NA 2BPMA 4QMZA 3N4UA 3NGAA 5CANA 4KNBA 4MXXA 5EW3A 4Y5QA 4TY1A 4FEQA 5M07A 4IWDA 3NVKI 2OK1A 2WQMA 4HOKA 4QD6A 5CEIA 4J52A 5L8KA 2OBJA 2ERKA 4TWPA 2XNNA 1LR4A 2R9SA 3JPVA 5DLSA 1GIIA 3RP9A 4CFNA 4HW7A 5KO1A 2NRUA 4IANA 4F09A 4HVGA 3KCFA 4Y46A 1W83A 3C4FA 1OECA 4XYFA 3BIZA 5HIEA 2HENA 1YDTE 4M66A 4QQTA 3MY1A 1PXNA 3QWJA 4M8TA 3KRLA 2WEVA 3KULA 2QC6A 2V5QA 4H1MA 3A60A 1M2QA 3VUGA 5ACBC 5HTCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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