5FP6A

Structure of cyclin-dependent kinase 2 with small-molecule ligand 3-(4,7-dichloro-1h-indol-3-yl)prop-2-yn-1-ol (at17833) in an alternate binding site.
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
294
structure length
278
Chain Sequence
MENFQKVEKIGEGTYGVVYKARNKLTGEVVALKKIRLDTETEGVPSTAIREISLLKELNHPNIVKLLDVIHTENKLYLVFEFLHQDLKKFMDASALTGIPLPLIKSYLFQLLQGLAFCHSHRVLHRDLKPQNLLINTEGAIKLADFGVTLWYRAPEILLGCKYYSTAVDIWSLGCIFAEMVTRRALFPGDSEIDQLFRIFRTLGTPDEVVWPGVTSMPDYKPSFPKWARQDFSKVVPPLDEDGRSLLSQMLHYDPNKRISAKAALAHPFFQDVTKPVP
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Detection of Secondary Binding Sites in Proteins Using Fragment Screening.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CYCLIN-DEPENDENT KINASE 2
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 76
structure length 278
sequence length 294
ec nomenclature ec 2.7.11.22: Cyclin-dependent kinase.
pdb deposition date 2015-11-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 5fp6A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 5fp6A01
3EQIA 5CSPA 1OZ1A 5TT7A 4BDDA 5LMKA 2C6DA 4U43A 5HIDA 3MS9A 4WG5A 4LUDA 2QU6A 4YZ9A 3WE4A 5BVOA 4MXXA 3UP2A 4GJ2A 1ZXEA 2XIRA 5E4HA 2ITPA 4F7NA 2X4ZA 5EOBA 5CF5A 3PFQA 1R3CA 3MVHA 3WILA 4G2FA 2ZVAA 1IEPA 3JYAA 1Q8WA 2F49A 5CSVA 3QQJA 4CVAA 4MBIA 3PVWA 2W9FB 3CPCA 4LI5A 4X3FB 2UVZA 3UQGA 3HAMA 2F7XE 3Q4UA 3E8CA 3LXNA 4EH6A 4LOQA 4AWIA 2PVJA 3DKOA 3MFRA 3ROCA 3NR9A 4ALVA 4GK4A 5FXQA 3W32A 4C35A 2JIIA 3OZ6A 2W1ZA 4KB8A 2QO9A 1Q62A 5BYZA 3R8UA 1UA2A 5CI7A 4GJ3A 3RHKA 3W2CA 4E5BA 4BBFA 5J9LA 4NL0A 2DYLA 3V8TA 5ICPA 3LXLA 3U9CA 4O7ZA 3QKLA 3QCSA 3SLSA 5C1QB 2PMIA 4MYGA 4A4XA 4XLVA 2WIPA 1OKZA 1ZYDA 1U5QA 5HIBA 3PA5A 1ZARA 1O6LA 3FPMA 3W18A 4JS8A 4YJQA 4EOLA 1OL5A 2OXDA 5DR2A 3P23A 3EQRA 4FTQA 1YDTE 4BFMA 4M0YA 4BIEA 5EDPA 4DAWA 5KMIA 2WTKC 3VBXA 1P4FA 4J8MA 3T3UA 4C02A 4O7YA 3ZC6A 3MH0A 4U3YA 2VWVA 4QPAA 3ZMMA 4BICA 1MQBA 3F69A 2VX3A 4FIHA 4ZTHA 2V22A 4K33A 3AMYA 4QMLA 5EI8A 2X2KA 5AX9A 4D1SA 3CBLA 1UWHA 4I92A 4U5JA 4TNDA 3POZA 4QNAA 4EBVA 3KMWA 5LVPA 4QTBA 3AGMA 3G33A 4KINA 3R83A 5LMKC 3ZLWA 1BI8A 2VWUA 3ANQA 4IAFA 4R8QA 3UNKA 5J5SA 5IG1A 4XRJA 4G5PA 2YAAA 3HUBA 5DHJA 1BUHA 2R3NA 4JG8A 2J5FA 1R39A 3LFSA 5FG8A 3LMIA 2EB3A 2WTCA 4KRCA 5G6VA 4ANMA 3FMKA 3DOGA 3ZO2A 4DH8A 2Z02A 3DBCA 4R77A 2GS6A 3MFSA 2VN9A 2YERA 4K77A 2R3GA 4IB3A 5GZ9A 3CQUA 1B38A 4DHFA 3RNIA 2QOQA 4IQ6A 4L52A 3C0IA 4ANNA 4CRSA 3U9NA 3MSSA 4L42A 4AFEA 4BDJA 2WHBA 3MGYA 4XOZA 4FTTA 3F66A 3WE8A 3A7HA 2VU3A 4MXYA 5EW3A 3SD0A 2E9NA 2CKPA 2YM5A 5M51A 3CXWA 3FKOA 1CKJA 4M66A 4PX6A 2Y9QA 5C01A 4ZS4A 3R9OA 4E4LA 5FDPA 2XF0A 5DPVA 3MESA 4F9YA 5AP5A 2NO3A 2X9FA 3DGKA 2R3QA 3JY9A 3QCXA 3DXNA 2QOHA 2UZLA 5KE0A 3ORLA 3M1SA 3C50A 1TQPA 3ENHA 2HW6A 3PXKA 2FGIA 4CCBA 5AEPA 2ITZA 3BU5A 2CN8A 4TWCA 5DT0A 4ZEGA 5TOZA 3TTIA 5CANA 3R8PA 3CJFA 4L68A 5HNBA 4D4YA 4QYFA 4AT5A 3AD4A 3G6GA 2JITA 5T3QA 1ZYSA 4MEDA 3RK9A 4R6VA 5C8NA 5K5NA 2XK9A 4QP3A 2BMCA 3W8QA 5AJQA 4YSJA 1OKYA 2C69A 3PPJA 3VUDA 4EQUA 4NH1A 3BWFA 4AP7A 3VRYA 3QTUA 4FZ6A 4EH5A 3Q4TA 3VBYA 2WQNA 5AV0A 2XJ0A 1IA9A 2R64A 1H26A 4YC8A 1MRVA 3R1NA 1J3HA 3BHVA 4I22A 4JLCA 2YZAA 4EC8A 1JKLA 4JIAA 2Y7JA 5HU3A 3F2RA 2IJMA 3FYKX 4FV0A 4OLIA 1WMKA 3FXXA 1F5QA 4FV4A 4W4VA 3MA6A 2X9EA 2JBOA 3GBZA 4L53A 4W9XA 5EM6A 1XH8A 4FTLA 3FAAA 2BCJA 3A8WA 3TIYA 4ANBA 2FH9A 3KULA 1WCCA 4M67A 3TIZA 3EYGA 3TEIA 3ALOA 4M13A 4NWMA 2BROA 2GMXA 3OUKA 5AX3A 3UMXA 2JDVA 3VHEA 5EQYA 3PZHA 3R28A 4IEBA 3G9NA 2WKMA 2PPQA 4FTAA 3OHTA 4DFZE 4Z7GA 3R22A 4MF1A 2XJ2A 5B2KA 5FBNC 2RIOA 1OPLA 3R21A 4FUXA 4O7VA 2BFYA 5ETAA 5GZAA 4X0MA 3BBWA 3HVCA 2UZVA 2W1FA 3BPRA 3UC3A 3BELA 2P3GX 3E92A 5FTOA 1WZYA 3NUAA 1M2QA 4X21A 2WZJA 3F3WA 4X6RA 2XM8A 2Y0AA 4L44A 2HY0A 1OIQA 4UMRA 2VWIA 4PNIA 4ZAUA 3O17A 4XG9A 5IMEA 4B0GA 3EB0A 1H1QA 3LCKA 1CKIA 3LVPA 4BCOA 3E93A 4WUAA 5J7BA 1VYZA 5ETIA 3NW5A 2BRBA 3U4UA 3COKA 4LMUA 3VF9A 3D7ZA 4WSYA 2BDWA 5E7RA 4P5QA 5B0XA 1TQMA 1NXKA 4AS0A 4KRDA 3WZUA 3HYHA 3MPMA 3PZEA 2OGVA 4IVBA 3QYZA 4EHVA 3P0MA 4FICA 4ZY6A 2XIZA 4O1OA 4RLKA 2GQRA 3MH3A 1U5RA 4C33A 4FV9A 4GFMA 2WQBA 3EJ1A 3ZLYA 2VO6A 2IPXA 2P0CA 4FVPA 3QGWA 3FZOA 5IA2A 4C4JA 1PKDA 1Y8YA 2FO0A 2OICA 3KMMA 4QYYA 4DFYA 5DE2A 2I1MA 1YXVA 4DCAA 3DQWA 3ZSHA 3KA0A 5E91A 3S2PA 2OFUA 2OXXA 3HZTA 4FX3A 2RG6A 4JDKA 3VS3A 3PXFA 4ANOA 4B99A 3ZH8A 2PZRA 4OTRA 4E4NA 4KIOA 2PVYA 3DLSA 3MBLA 4R3PA 3ZRKA 3F7WA 5DWRA 3FUPA 5HE2A 5T6KA 5CXHA 3QGYA 2XK6A 4DINA 3UIUA 4AZSA 3LFQA 4CG9A 3VQHA 4OTPA 2BVAA 4FV2A 1U59A 3DK7A 3MH1A 1BKXA 3EQPA 4NJDA 4O0VA 2QG5A 4OTQA 5TE0A 5TF9A 3VS4A 3P9JA 5IQIA 3V51A 4EOOA 5KMJA 1H27A 3TXOA 1GZKA 4L00A 4C38A 4FSYA 4QMXA 4GK2A 3I5ZA 5KHWA 2FSOX 1Q24A 4CEGA 1WBOA 4MVFA 4WUNA 3FLQA 4PMSA 4PY1A 4O0YA 3MN3A 2VUWA 3OCTA 3ANRA 3ZSGA 4RJ8A 3DLZA 3IO7A 2NNWB 2C6KA 2CGXA 2VGOA 3KCKA 4BHZA 3MPAA 3CSVA 2W17A 2QQ7A 3NCGA 5CF6A 4LMNA 4S30A 3PXQA 4GS6A 4FSRA 3L8XA 3G15A 4G5JA 4O91A 3VS2A 2CN5A 3P08A 2PY3A 3CIKA 2VTHA 4XG2A 4Y5QA 4C36A 4QOXA 4ACCA 3ID6C 3QHWA 3DBEA 2JBPA 3LMGA 3BYSA 1BL7A 3BKBA 3PA3A 4W8EA 2WMXA 3FLZA 3MTLA 3S95A 1YW2A 3QTQA 4C3RA 4YSMA 5CAQA 2E9VA 4BCPA 1B39A 2YIWA 3DQXA 5BVFA 2CGUA 3KXZA 2PU8A 3RVGA 3KRRA 2X7OA 3ATTA 5JFSA 2ZDTA 3FMNA 2I6LA 3PWDA 4ASZA 3WARA 2RKUA 2W1GA 4TYHB 5FDXA 4KAOA 4V0GA 3W2RA 5BQ0A 1GZ8A 5A3XA 5JGBA 4NIFB 4TNBA 5CT7A 2HELA 3EFLA 4FMQA 3I0QA 2X7GA 4AGCA 3GFWA 2ITWA 3R73A 3VS0A 3C1XA 4C58A 2X8IA 2QOFA 3NLBA 4I6HA 3NAYA 4RT7A 1YWRA 3VN9A 4CFNA 4C59A 3BBTB 4ENYA 4D2SA 5ITAA 3NS9A 3FC2A 4FSWA 3ZTXA 1BL6A 4NKSA 3K5UA 2ITUA 1OL6A 4W8DA 5ANKA 5FTGA 1CTPE 5F20A 3GU4A 5EDRA 3VJOA 1CDKA 4QQCA 4EK5A 3BGQA 5E8XA 3L1SA 2PUPA 2C47A 3UC4A 3UO5A 4AOTA 2W4KA 5IQFA 4J7BA 4BI1A 1Y91A 3G0FA 2W05A 4WO5A 4ITJA 3DV3A 3KXMA 1NVQA 1JNKA 5C8KA 5LVNA 2PE0A 3I7CA 1WAKA 2Z60A 5IDPA 1CMKE 4X3FA 3NAXA 1FVRA 1KOBA 4DT8A 1V0PA 2P55A 4RRVA 3TNWA 3V5LA 3I81A 4EUUA 4BI2A 3FHRA 4YZMA 4N70A 2XMYA 2O0UA 1Z9XA 4TWNA 3M42A 4YHTA 3RTPA 4FIIA 2OFVA 1XKKA 4FV7A 4BC6A 3U4WA 3H0ZA 1O9UA 4FKUA 4EOSA 5D11A 4N57A 1REKA 5AR4A 4JX7A 2XIXA 4F9AA 3HGKA 1M17A 4U80A 4ZLZA 3RKBA 2I7QA 3AQVA 4O7NA 2W1EA 4I1ZA 3V5PA 2XKCA 3C5UA 4EQCA 2X2LA 3PLSA 3VBQA 4JIKA 2UW6A 1VR2A 4AZFA 4FE2A 4AGWA 1BMKA 3GQLA 4NJ3A 4O0WA 2PMNX 1XBCA 4FYNA 3GP0A 5HX6A 1KE9A 4BBMA 2BAQA 2XYUA 2PMLX 1JQHA 4FG9A 5IKWA 1ZLTA 4I6QA 3EN7A 4IJPA 3JY0A 4FEXA 1PY5A 4PPCA 2WU7A 2VTIA 4JVGA 4JDHA 5JH6A 4A9YA 3FL4A 5KMKA 4DCEA 1YI3A 2JFMA 4DFBA 3R9DA 5D7AA 4CTBA 4YJNA 2YCFA 4U7ZA 4FODA 4FGBA 2C0TA 4TYJA 3RPVA 5LXMA 4TWPA 3KFAA 4BKJA 4FZAB 2VZ6A 4TYIA 3DZQA 4FNZA 3NEWA 4HCUA 4NCTA 4U9AA 1KE8A 1OVEA 2R3OA 4RFMA 3P79A 2R2PA 3PIZA 4EQMA 4EZ3A 1PXLA 2VTJA 3R04A 4FIFA 3FMEA 4X3FC 4H58A 3EQDA 4QYGA 3PSDA 1KUTA 1OB3A 4K18A 3H10A 3W8LA 5DR9A 5IH4A 3OW4A 4DTKA 1J7UA 1NW1A 4IW0A 2WEIA 2A27A 3ZYAA 1Q3WA 1MRYA 5L2QA 4ZLYA 4XP2A 5IQDA 3AC4A 3A4PA 4ZJIA 5DEYA 4GL9A 1GZNA 4PTCA 4Q9ZA 4O7TA 3D2IA 4ANSA 5ANGA 5HE0A 4F7JA 5AIKA 2EXCX 5LVLA 4NEUA 4ZTSA 3R1YA 4XEYA 4R7IA 1M7NA 2VO0A 3TCPA 4TT7A 4XUFA 5L6WL 4RFYA 3UYSA 2ITNA 2H96A 3OXIA 4IADA 2J0MB 2OZOA 5A6OA 4XNEA 4QT1A 3FQHA 4CYJA 5L6PA 4FV3A 5AWMA 3REPA 4IH8A 5CS6A 3BI6A 3SKCA 3ZCLA 1R0EA 2R5TA 3KRJA 4QMWA 4BCJA 1OITA 5BMSA 2WU6A 3G6HA 3EQCA 5HICA 3QUEA 4DT9A 5CQWA 5KZIA 2XKFA 4MD8E 3LJ2A 5LOHA 2YHVA 4IDVA 3H30A 2HXQA 2E9PA 1Q8TA 3KC3A 3HMIA 3IOKA 4ZTLA 4DEIA 2PMOX 3GC7A 4DEEA 4L01A 4Z3VA 2XBAA 4QP7A 1K3AA 4HYSA 4XG8A 2UZDA 2F7EE 5L2WA 3N4TA 3MTFA 4I5CA 4GH2A 3ORXA 4QMUA 2O8YA 2OJGA 2W06A 5HCYA 3LLAA 2WOTA 3O23A 4O83A 3SXFA 3PVUA 4C3FA 3IK3A 1OIRA 3CCNA 2BKKA 2YJSA 3F5GA 5JSMA 1ZWSA 4ACHA 2QG7A 4EORA 3KK8A 4S32A 3ZS5A 2HZ0A 1ZOGA 4RQKA 4NM0A 5J87A 1IASA 1LEZA 3SXRA 1OKWA 1YKRA 2UW0A 3KVXA 3NUNA 4RVKA 2C5VA 2QNJA 3R7YA 2VWBA 4MCVA 2J4ZA 2VX1A 2PZ5A 5I0BA 3Q9WA 3D5WA 4FKWA 4NW5A 4FGRA 3ACJA 3AC2A 5A14A 4LRJA 3UQCA 3JR1A 3QTWA 3VUTA 2CLXA 3CGOA 5C03A 4X2JA 4IAZA 4O2PA 2QI8A 2PZPA 1XWSA 2YCQA 4WD5A 3ORMA 3CD3A 4KIQA 3R7EA 3EZVA 3KGAA 3OWJA 5I9UA 3NUXA 2GS7A 4KSQA 2ZB0A 3UBDA 3EQGA 1YXXA 3UPXA 2OU7A 2V7AA 2B53A 2G9XA 2X0GA 3SHEA 4ERKA 5IQAA 4YNEA 4ZP5A 3LW0A 4ZTQA 5JRSA 4D4VA 3UIBA 3OF0A 3TV6A 1PYEA 4M0ZA 3MI9A 2JLDA 1AD5A 2UUEA 5AIRA 5HHWA 4H3BA 3D7TA 3I6WA 3N4UA 2GNGA 3C4FA 3QZGA 1PMUA 4JG6A 4WRGA 4F9CA 4YTCA 4EWQA 4JDIA 4FL3A 2YEXA 3CTJA 4DEBA 2IZUA 3QTSA 3R8MA 3PLAE 1RDQE 4TXCA 3AD6A 4AQCA 4AF3A 5KO1A 5BUIA 5HTBA 5BUJA 1XH5A 4A4OA 4JJRA 4KBKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3EQI A;  5CSP A;  1OZ1 A;  5TT7 A;  4BDD A;  5LMK A;  2C6D A;  4U43 A;  5HID A;  3MS9 A;  4WG5 A;  4LUD A;  2QU6 A;  4YZ9 A;  3WE4 A;  5BVO A;  4MXX A;  3UP2 A;  4GJ2 A;  1ZXE A;  2XIR A;  5E4H A;  2ITP A;  4F7N A;  2X4Z A;  5EOB A;  5CF5 A;  3PFQ A;  1R3C A;  3MVH A;  3WIL A;  4G2F A;  2ZVA A;  1IEP A;  3JYA A;  1Q8W A;  2F49 A;  5CSV A;  3QQJ A;  4CVA A;  4MBI A;  3PVW A;  2W9F B;  3CPC A;  4LI5 A;  4X3F B;  2UVZ A;  3UQG A;  3HAM A;  2F7X E;  3Q4U A;  3E8C A;  3LXN A;  4EH6 A;  4LOQ A;  4AWI A;  2PVJ A;  3DKO A;  3MFR A;  3ROC A;  3NR9 A;  4ALV A;  4GK4 A;  5FXQ A;  3W32 A;  4C35 A;  2JII A;  3OZ6 A;  2W1Z A;  4KB8 A;  2QO9 A;  1Q62 A;  5BYZ A;  3R8U A;  1UA2 A;  5CI7 A;  4GJ3 A;  3RHK A;  3W2C A;  4E5B A;  4BBF A;  5J9L A;  4NL0 A;  2DYL A;  3V8T A;  5ICP A;  3LXL A;  3U9C A;  4O7Z A;  3QKL A;  3QCS A;  3SLS A;  5C1Q B;  2PMI A;  4MYG A;  4A4X A;  4XLV A;  2WIP A;  1OKZ A;  1ZYD A;  1U5Q A;  5HIB A;  3PA5 A;  1ZAR A;  1O6L A;  3FPM A;  3W18 A;  4JS8 A;  4YJQ A;  4EOL A;  1OL5 A;  2OXD A; 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